1LLHA

Are carboxy terminii of helices coded by the local sequence or by tertiary structure contacts
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGIWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A test of proposed rules for helix capping: Implications for protein design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1llhA00
1LYHA 129LA 3PDSA 1L58A 1PQJA 1QUGA 1G0KA 3SB7A 1L60A 196LA 3SB8A 147LA 1L36A 199LA 1L76A 2LZMA 1C62A 2LC9A 7LZMA 1T8FA 1DYGA 1LW9A 4EJ4A 1LPYA 128LA 1QT4A 1L94A 167LA 1L57A 258LA 1CUPA 187LA 2OTYX 4DJHA 1L42A 3QAKA 3DKEX 1OVJA 2A4TA 1C6QA 3HWLA 4YXCA 176LA 4W53A 2O79A 2RH1A 1L16A 1CV1A 3G3VA 2O4WA 3DN6A 102LA 219LA 1C6DA 3LZMA 180LA 1LI6A 4ARMA 3DN8A 1L93A 2F32A 4DAJA 210LA 131LA 5LZMA 4YX7C 236LA 4I7RA 4PJZA 120LA 4LDEA 244LA 4I7TA 1C61A 2OTZX 3SBBC 1C6LA 1XJTA 3HUAA 174LA 4I7LA 1L30A 4ARQB 1JTMA 160LA 138LA 2B73A 195LA 1CV3A 1L82A 4LZMA 1G0LA 229LA 3HTFA 4W59A 1PQOA 1L55A 1L61A 237LA 3DN2A 1L97A 181LA 1L39A 1P56A 257LA 235LA 3GUIA 4EKPA 1DYDA 3C7WA 2HUKA 3C82A 1L88A 1G06A 3C7YA 250LA 4K5YA 4EKRA 1CV4A 1L49A 1C6TA 1C66A 1L69A 215LA 1K28A 1SSYA 1L17A 1L19A 3UONA 168LA 3DN3A 158LA 1L70A 1LGWA 223LA 252LA 3C83A 1C6MA 1C60A 1L74A 212LA 3F8VA 1G0JA 166LA 130LA 3D4SA 140LA 1L92A 1QUOA 1L13A 4W56A 2RB0X 1LLHA 175LA 1LWKA 4AQNA 1T6HA 1L00A 2LCBA 1L01A 3C8SA 2B70A 110LA 1QTBA 1L91A 240LA 155LA 1L09A 1L66A 115LA 1QTCA 1C6EA 151LA 118LA 1CX6A 3DN4A 3FADA 1L04A 1OV5A 1QSQA 3FA0A 1KW5A 2HULA 2RBQA 4I7SA 3EMLA 1QTZA 2B75A 1L14A 3V2WA 1CTWA 1C6AA 1L96A 239LA 1L79A 5I14A 1L62A 198LA 2O7AA 143LA 254LA 4I7KA 4S0WA 1T8AA 163LA 1ZWNA 1L73A 2RB1X 4EKQA 125LA 1CVKA 1QT3A 4EPFA 1L72A 1LYEA 1OVHA 3NYAA 1LYFA 3K2RA 1P6YA 1L47A 1KW7A 3CDVA 2B74A 1L50A 1L65A 2QB0B 161LA 1QS9A 1DYAA 1CU6A 170LA 1PQIA 4LDOA 3HT9A 4ARJA 1G0PA 2IGCA 1D9WA 3OE0A 3HH5A 2OE7X 2RBRA 1L80A 2OU9A 4I7NA 1P7SA 1QT7A 107LA 1L87A 4OO9A 1L06A 230LA 262LA 3DMZA 1L21A 1T8GA 1L56A 1L38A 1P2LA 109LA 119LA 112LA 1B6IA 1C6NA 1L51A 231LA 3HH4A 218LA 242LA 2Q9DA 227LA 2B6XA 3G3WA 1OWZA 1L24A 103LA 172LA 3HH3A 248LA 4PK0A 3F9LA 1L45A 1G0QA 1QUHA 1C68A 1PQKA 256LA 3GUKA 3G3XA 1KY1A 1CU0A 192LA 3SB5A 177LA 171LA 1D3FA 4ARMB 1L02A 108LA 1C67A 241LA 1C6FA 1L64A 3C8QA 1L98A 1G0GA 184LA 261LA 3DMVA 169LA 1L26A 1L23A 1PQMA 3OE8A 1EPYA 1L37A 1QT5A 3CDQA 191LA 4YXAC 1QS5A 1CX7A 1OV7A 1L03A 4W51A 1SX2A 238LA 3SB9A 145LA 1L20A 1QTHA 4W58A 1LI2A 1D3JA 216LA 2RAYX 2B6TA 4ARPA 1L41A 3OE6A 4E97A 1L22A 1L0KA 260LA 152LA 213LA 3C80A 190LA 139LA 228LA 1L12A 1KNIA 183LA 2NTHA 3DMXA 2Q9EA 1C6JA 1LYJA 205LA 3HDFA 3GUJA 3FI5A 1SWYA 1D3MA 1CU2A 3OE9A 1L86A 1L32A 3RZEA 259LA 1L68A 226LA 2ANVA 233LA 1JQUA 217LA 3SB6A 221LA 1C69A 1KY0A 122LA 1L08A 1QT6A 3JR6A 3NY8A 234LA 4I7OA 3HU8A 1C6KA 4W57A 1G0MA 1L99A 3SBAA 150LA 1L67A 137LA 1P37A 2HUMA 197LA 3C8RA 1CU5A 1LGUA 1OWYA 162LA 144LA 1L52A 1L05A 2F47A 1QUDA 1I6SA 148LE 4W52A 188LA 200LA 186LA 113LA 2RBSA 141LA 3PBLA 1L59A 3GUOA 2RBPA 4W54A 3HTBA 1L75A 185LA 164LA 104LA 1DYBA 1QSBA 3VW7A 2RBNA 1L15A 2Z6BA 224LA 1OYUA 4ARQA 211LA 214LA 225LA 1SSWA 1DYCA 1P46A 1L31A 4I7PA 159LA 178LA 127LA 1L48A 146LA 3DN1A 3GUPA 1C6IA 4GBRB 1L71A 2RB2X 4I7QA 1L11A 149LA 1L81A 4IAPA 1D2YA 1L90A 209LA 1DYFA 4LDLA 3C81A 4GRVA 4W55A 1LYDA 1LYGA 1CV0A 1D2WA 1QTDA 2B7XA 1L35A 1G1VA 1L18A 6LZMA 3HTGA 247LA 243LA 1TLAA 2OU0X 1OVKA 1L28A 249LA 3HU9A 1L83A 201LA 1L0JA 1L85A 1L89A 1ZURA 4EXMA 173LA 1CUQA 3NY9A 182LA 232LA 1L34A 2RAZX 1D3NA 4I7MA 189LA 1L07A 1LYIA 3V2YA 4EPIA 126LA 3ODUA 1JTNA 3CDRA 253LA 3C7ZA 1CU3A 1L25A 1L46A 1QTVA 3CDTA 3DN0A 1LWGA 2QARC 1C64A 1L84A 1NHBA 245LA 4DKLA 123LA 3HDEA 3HH6A 1L40A 4ZPUA 1P2RA 2OU8A 3RUNA 1L63A 1QT8A 1CV6A 1L29A 114LA 1P5CA 1C6GA 1L95A 1L77A 1DYEA 3CDOA 1T97A 222LA 3SN6R 2CUUA 3DNAA 2B6WA 3L64A 1C6CA 1KS3A 2OEAX 3GULA 1LI3A 1C63A 2B6ZA 2ANXA 1L43A 206LA 1P36A 2RBOA 1C6BA 3HT8A 2B6YA 156LA 2L78A 1L54A 1PQDA 1LGXA 2OE4X 3HUQA 4EKSA 4ARLA 220LA 1L27A 3GUNA 3HTDA 1XJUA 111LA 2B72A 1C65A 1SX7A 3HT6A 165LA 2OE9X 2F2QA 1L53A 3HT7A 142LA 1C6HA 3GUMA 1WTHA 1L33A 1P3NA 251LA 1G07A 1P64A 157LA 2NTGA 1G1WA 255LA 1L10A 1CV5A 3L2XA 4I7JA 246LA 1SWZA 1L44A 3HUKA 1C6PA 1ZYTA 1XEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L58A 1PQJA 5I4WA 1LHKA 2IHLA 3A8ZA 1L36A 199LA 1JSEA 1C62A 1MELL 1LW9A 1B7NA 1HSWA 4G9SA 5HNCA 4B4EA 4U3XB 1IWZA 1OVJA 2H9KA 2A4TA 1C6QA 1C45A 1HF4A 3ATNA 3CSRA 1GDWA 5E9RA 3TXFA 176LA 2O79A 3G3VA 2O4WA 5APCA 3P68A 2W1XA 1C6DA 4J1BA 3K3TA 4HV2A 1LI6A 5DL9A 4ARMA 1VFBC 4ETDA 2F32A 4DAJA 131LA 236LA 4PJZA 1FLUA 244LA 3SBBC 4DQ5A 3HUAA 1UBZA 2Y8PA 3IWRA 4I7LA 1JJ1A 2D91A 4XJBA 195LA 1HC0A 4W59A 1B5VA 3RW8A 1FKQA 1L55A 1A4VA 134LA 3EMSA 1BWHA 1L39A 1P56A 2VB1A 257LA 3GUIA 1GE1A 3LYZA 1AZFA 3W6BA 1B5XA 2DQIY 5APDA 4MCKA 1C66A 5FSTA 1SSYA 3UONA 1LZ8A 3E3DA 1IR9A 3ZVQA 3TMXA 1C6MA 1LZ4A 1L74A 132LA 1YKZX 1JTPL 1KXYA 4N8ZA 4OW1A 5T3FA 140LA 3D3DA 1L13A 2MECA 2YBMA 2RB0X 4YEMA 1OQMA 1T6HA 1LMQA 1LJJA 4QGZA 1LZ1A 1LZTA 115LA 1HEPA 1C6EA 1GB6A 1UCOA 1F10A 2LZ2A 1GBYA 2C8OA 2B75A 1IP4A 4GLAA 1L96A 2ZIKA 1HMLA 2BPUA 143LA 4I7KA 1BB4A 4WMGA 5F81A 1B5ZA 4DD1A 208LA 1LJKA 4N0JA 2BLXA 1UIEA 2Z12A 1GE3A 1BWIA 1OVHA 3NYAA 1LYFA 154LA 4LT3A 1P6YA 3CDVA 1WTMA 4WO6A 4NG1A 4LT1A 1LZRA 2Z18A 4NSGA 170LA 2BQCA 1LZBA 4H90A 1D6QA 4ARJA 4NWHA 3W6DA 3HH5A 4I7NA 1P7SA 1QT7A 107LA 1LSBA 4NHPA 1YL0X 3DMZA 207LA 2W1MA 3TMVA 119LA 1XGTC 1LSDA 112LA 1LHMA 2Q9DA 1LMCA 4XENA 3A3QA 1IR8A 1FBIX 3F9LA 1L45A 1G0QA 1LJHA 4H9IA 2IFFY 1GF7A 5KXZA 1OUJA 3W6AA 241LA 4B4JA 1G0GA 3WULA 2CJLA 3HBEX 2BQAA 1IY4A 3TXDA 4WLXA 4GN4A 4NGIA 5LYMA 1PQMA 4XADA 1LHLA 2EQLA 3CDQA 4G49A 2YBIA 1L03A 4W51A 1LMAA 145LA 1HEOA 4W58A 2LHMA 1LSEA 1GB0A 1LTMA 1QUSA 5L3IA 1HEQA 3AGGG 2Z37A 4EMNA 1YAPA 228LA 1KNIA 1NBYC 2FYCA 3GUJA 2D6BA 1JPOA 1LHJA 2MEFA 1GF4A 1L86A 3RZEA 1B5UA 2MEEA 226LA 2ANVA 3TXGA 4EOFA 1LOZA 1LZYA 122LA 2Z2FA 4I7OA 1C6KA 1G0MA 2Z2EA 1P37A 1L67A 137LA 3SBAA 197LA 1LGUA 5B06A 1L52A 1BGIA 4W52A 3PBLA 3GUOA 1LSGA 1JSFA 3J4GA 1L75A 1DXJA 185LA 104LA 1I1ZA 3VW7A 4RDSA 4NHTA 1GBZA 1GF6A 4DD0A 5KXXA 224LA 2DQJY 2D4KA 3GUPA 4H8ZA 2RB2X 1BB5A 3A94A 3A95A 1Z55A 1T3PA 1VDPA 3QNGA 3J6KA 3LYOA 1VDSA 1QTDA 4AXTA 1IEEA 3VWOA 1L35A 4LZTA 1G1VA 1L18A 4CHXA 247LA 1VEDA 4HTQA 3P64A 1L83A 1L0JA 1IP3A 173LA 4EXMA 2RAZX 1D3NA 2XJWA 189LA 1WQNA 2BQMA 1EQ5A 3V2YA 126LA 5FEKA 4QDNA 1JJ0A 3ODUA 1JTNA 253LA 5I4XA 1JKDA 1C43A 1G7HC 1GD6A 2QARC 1L84A 5LVJA 4XJFA 4QY9A 4ML7A 2GV0A 2Z38A 3CT1A 1NWGA 2BQOA 2XBRA 1CV6A 114LA 4LT2A 1L95A 3T36A 1LZEA 1BHZA 222LA 3SN6R 2CUUA 1VATA 2FYDA 3DNAA 1C6CA 2HEDA 4LFXA 9LYZA 5DN4A 156LA 1L54A 3WU9A 1LGXA 3TXJA 1NDMC 3M3UA 4EKSA 3F6ZA 220LA 3GUNA 2F4GA 1FLQA 111LA 2B72A 2EPEA 1LZDA 2I6ZA 4O34A 2MEIA 3HT7A 5LVGA 5LA8A 4OWBA 255LA 4I7JA 4PJ2C 3HUKA 2RSCA 5C6JA 4NGVA 1XEPA 3W6CA 1IR7A 3WXUA 1G0KA 4G4CA 3SB8A 4LYMA 4H8YA 4J0LA 3D9AC 4HJZA 1IC7Y 1GFRA 1QT4A 258LA 1LZCA 1L42A 2CWIA 3QAKA 1B7SA 3HWLA 2RH1A 4H9AA 4XJHA 1CV1A 1LJGA 3AZ4A 219LA 4QEQA 1O23A 4WLTA 180LA 1GB9A 4TSBA 1UIAA 4NGJA 4YX7C 1CKFA 1XGRC 1C61A 4NGZA 1C6LA 1B5YA 174LA 4HP0A 4N1EI 4XJGA 5A3ZA 4TUNA 1L82A 1HFYA 1PQOA 1L97A 1YAMA 181LA 5M1YA 235LA 4NSHA 2HUKA 1G06A 3A67Y 4DDAA 1OUFA 1LSAA 1CV4A 1L49A 1LKRA 4E3UA 3N9CA 3WPKA 3DN3A 1L70A 1HEWA 1UIBA 4GLVA 3WPJA 1QDTA 212LA 3CB7A 2BAAA 1INUA 1JITA 2AUBA 3MGWA 1REZA 4W56A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L58 A;  1PQJ A;  5I4W A;  1LHK A;  2IHL A;  3A8Z A;  1L36 A;  199L A;  1JSE A;  1C62 A;  1MEL L;  1LW9 A;  1B7N A;  1HSW A;  4G9S A;  5HNC A;  4B4E A;  4U3X B;  1IWZ A;  1OVJ A;  2H9K A;  2A4T A;  1C6Q A;  1C45 A;  1HF4 A;  3ATN A;  3CSR A;  1GDW A;  5E9R A;  3TXF A;  176L A;  2O79 A;  3G3V A;  2O4W A;  5APC A;  3P68 A;  2W1X A;  1C6D A;  4J1B A;  3K3T A;  4HV2 A;  1LI6 A;  5DL9 A;  4ARM A;  1VFB C;  4ETD A;  2F32 A;  4DAJ A;  131L A;  236L A;  4PJZ A;  1FLU A;  244L A;  3SBB C;  4DQ5 A;  3HUA A;  1UBZ A;  2Y8P A;  3IWR A;  4I7L A;  1JJ1 A;  2D91 A;  4XJB A;  195L A;  1HC0 A;  4W59 A;  1B5V A;  3RW8 A;  1FKQ A;  1L55 A;  1A4V A;  134L A;  3EMS A;  1BWH A;  1L39 A;  1P56 A;  2VB1 A;  257L A;  3GUI A;  1GE1 A;  3LYZ A;  1AZF A;  3W6B A;  1B5X A;  2DQI Y;  5APD A;  4MCK A;  1C66 A;  5FST A;  1SSY A;  3UON A;  1LZ8 A;  3E3D A;  1IR9 A;  3ZVQ A;  3TMX A;  1C6M A;  1LZ4 A;  1L74 A;  132L A;  1YKZ X;  1JTP L;  1KXY A;  4N8Z A;  4OW1 A;  5T3F A;  140L A;  3D3D A;  1L13 A;  2MEC A;  2YBM A;  2RB0 X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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