3WW5A

Crystal structure of hen egg white lysozyme mutant n46e/d52s
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRETDGSTSYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect on catalysis by replacement of catalytic residue from hen egg white lysozyme to Venerupis philippinarum lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ww5A00
1DI5A 3M3UA 4NFVA 1QUTA 4EMNA 2Z38A 1TAYA 4ET9A 1AZFA 1B7LA 1NBZC 2DQAA 1LYYA 1BWIA 1QIOA 1HSWA 3A8ZA 1A4VA 1LSBA 5DM9A 2LYZA 1YROA 4NY5A 1T3PA 1DPXA 4H9HA 1JISA 3WYHA 1BGIA 1OUBA 4WO9A 4WO6A 4PRQA 4ANRA 4BS7A 3GXRA 2MEEA 4WM4A 4NHIA 2BLYA 1J1XY 1LOZA 3EO5A 1VEDA 2CWIA 1GB2A 1G7IC 2YDGA 1GFEA 4CHXA 1BB3A 4RDSA 1GF4A 1BB7A 1GB6A 2LZTA 4A7DA 1C43A 1BWHA 1HF4A 5I5QA 3FI7A 1VATA 5LYZA 1YL1X 4H9FA 5I54A 1I56A 3AGGG 5LA5A 3ZVQA 5FHWA 1IP7A 134LA 5FCPA 1F6SA 4NGOA 4NIJA 5IHGA 4HPIA 5FEKA 5KXRA 3RZ4A 3E3DA 1WTNA 3N9EA 2BLXA 1YILA 5HMJA 1GF8A 4FJRA 4H8XA 4KL7A 3A6CY 2MEDA 1LSCA 5L3HA 1DI3A 3IJVA 4CJ2A 1B5ZA 4GCFA 5APCA 1UC0A 3A93A 2DQGY 2I25L 1P2CC 4GCCA 3T36A 4NGYA 1GFTA 1GFHA 1LJGA 1WQPA 4GLVA 1G7JC 1ALCA 1IP3A 2ZWBA 4ET8A 1GF5A 4B49A 5F9UA 4DD2A 1W08A 4LYBA 2BQEA 4GCEA 5KXOA 1LSAA 2H5ZA 4ZFPA 2BQJA 4Z46A 4H1PA 2ZNXY 1B7NA 1F0WA 1ZV5L 1BB5A 1HMKA 1N4FA 1GE0A 1ZVYB 4DDBA 2HU1A 1LSFA 1LZ8A 1GB3A 1GPQC 4NHQA 4OWAA 4XJDA 4NGVA 1RFPA 1LJ3A 2BQKA 1CKCA 1KXYA 5D5FA 5DN5A 1GB0A 4NSJA 4E3UA 1OUDA 1NWGA 7LYZA 4J1AA 3TMWA 1E8LA 1JITA 4G49A 3N9CA 1GDWA 4J0LA 4Z98A 2DQJY 2MEBA 5A3EA 3WXUA 4GN4A 3AGHA 1DPWA 1IWZA 1EL1A 1JJ0A 4UWUA 5B1FA 3WMKA 1WTMA 2DQFC 5LAFA 3G3AB 5HNCA 1LZTA 2VB1A 2C8PA 3A95A 4N1CC 208LA 4XN6A 1GB8A 4GLAA 4R6CA 3CSQA 4B4EA 1KIPC 1BVKC 4XJFA 4IASA 4KXIA 4H9EA 1HFYA 3RW8A 3LYOA 5DN4A 1BVXA 1HEQA 1TDYA 4WOAA 2YBLA 2F4AA 3AB6A 4J1BA 5KXYA 3WUMA 1IVMA 5LVJA 1GE4A 4EOFA 2G4PA 4OW1A 1HSXA 1LZ6A 1XGUC 3LHMA 3HBHA 3P68A 4KT3A 4DDAA 4G4BA 1JTTL 1HHLA 1IWVA 1YAOA 1QDTA 4XJBA 1JEFA 5E4PA 4GCBA 2A7FA 1B7RA 5F16A 1OUHA 2Y8PA 5I4YA 3ULRA 2ZNWY 4RW2A 3RU5A 4NHTA 3AZ4A 4NWEA 1GF9A 4GCDA 1LJ4A 1CKGA 2YBHA 1WQMA 2YVBA 4WL6A 5B07A 4D9ZA 4LT0A 1IC7Y 1VFBC 4HV2A 1FN5A 1LHHA 1LMPA 4DT3A 4B4IA 1CJ7A 4QY9A 5ILFA 2ZIJA 4LYOA 1IX0A 1F6RA 4LFXA 4NGZA 1UIEA 1IY3A 3AZ5A 5B59A 1JJ3A 2BQOA 2Z2FA 1GBWA 1WQQA 2DKVA 1TBYA 4OWHA 1LPIA 1B5VA 3AJNA 1JKDA 5C6IA 3LZTA 5HNLA 4NGJA 4WLXA 2W1LA 3TMXA 4H91A 4ZIXA 1D0LA 4WG1A 1DZBX 1KXXA 4W96A 1YKXX 3AZ7A 4XJHA 9LYZA 4ML7A 4XJIA 3TXDA 1XGQC 4UWVA 1HNLA 3HBEX 2D6BA 3B0OA 1REZA 1NDMC 4NGKA 4PGJB 4B4JA 4GN5C 1IEEA 1XGPC 4TSBA 1LJJA 1MLCE 2ZYPA 1LZCA 1DKKA 1UIGA 2PC2A 1JPOA 2BQIA 2FYDA 5I53A 4DWXA 1REXA 4X3BA 2DQDY 4CGEA 1D9UA 3B6LA 1GFJA 3ZEKA 5F14A 2EQLA 4H9BA 2BQBA 3W6FA 1OUFA 4HTNA 1D0KA 4LT1A 1IWXA 5E9RA 1HC0A 4H9IA 1GEZA 1LAAA 2DQHY 3TMUA 1LZDA 4L41A 1LMAA 2F2NA 2MEAA 1QSWA 4G4CA 5KY1A 1LSNA 2BQHA 1IWUA 2Z18A 4OOOA 5F81A 1QSAA 2MEFA 3LYMA 1XEJA 3J4GA 3WH1A 3TXFA 1EQ5A 1HEPA 1LYOA 4LYTA 1GEVA 1W6ZA 3OJPA 2BPUA 4TSCA 2YBJA 3AW7A 1V7TA 3A3RX 1GBXA 2G4QA 5APEA 5LYMA 5M1YA 3WUNA 3EMSA 4NSGA 2GV0A 5APFA 4NGLA 3A90A 5APDA 2Z19A 1GAZA 2CDSA 4YEMA 1BQLY 1KIRC 4C5FA 1LSEA 1Z55A 4H8YA 3J6KA 1GF6A 4C3WA 2HU3A 1YAPA 2EPEA 4N0JA 2ZYCA 1RJCB 4YENA 1RI8B 132LA 5HMVA 1RCMA 1B5UA 1NKHA 5DL9A 2BQAA 1B5WA 3WL2A 1LJHA 1LYSA 4G4HA 1GE2A 2EKSC 1NBYC 4CFOA 2XBSA 1OUCA 1DI4A 1G7MC 1B5YA 3TXKA 4HP0A 5KXLA 5LXWA 1YL0X 4WG7A 5LVKA 4N5RA 1HEWA 1WQOA 2MEGA 1LHMA 4LYZA 2MEHA 3CSZA 3FE0A 4H9AA 4WM3A 5KXNA 1EQ4A 6LYZA 5JENB 2CJLA 1C10A 3P66A 4N8ZA 1OP9B 1BHZA 1CJ9A 3T6UA 3TXBA 3W6CA 1LJEA 4MCKA 1GXV2 4XJGA 1TCYA 2XJWA 2HEDA 1LZRA 1JTOL 4WLTA 1GFKA 3LYTA 1JUGA 4QEQA 2FBDA 3ZVQB 4NWHA 3SP3A 4OWBA 1YKZX 6LYTA 3CQLA 4HTQA 1WVVA 1B7SA 1LYZA 1AKIA 1XEKA 2C8OA 1LSMA 1LMCA 2D91A 3GXKA 1OUEA 2ZQ4A 4LYCA 1BB4A 4WM1A 4PJ2C 2BQNA 3CT0A 4OWEA 3A94A 4I8SA 4P2EA 1VAUA 3QNGA 1ZMYL 1GBYA 4NSHA 4PRUA 1LSDA 5FSTA 2MEIA 1JKBA 1UIFA 1IOQA 1LZYA 5I4XA 194LA 1IC5Y 5A3ZA 2Z39A 1DQJC 3P4ZA 1B5XA 1PS5A 3WU9A 4HJYA 3D3DA 4RW1A 1GF3A 1IWTA 1WVUA 2DBTA 4HTKA 3QE8A 3W6AA 1FLWA 2IFFY 4ETCA 4ZEEA 1LKSA 4LT3A 4O34A 1JTPL 3D9AC 3A34A 3B0IA 3F6ZA 1LZ1A 3G3BB 2CGIA 4H92A 1QTEA 5KXXA 1GHLA 3TXJA 1LCNA 1LHJA 1YAQA 5KKJA 1IY4A 4WMGA 1HEOA 1JKAA 5KXPA 1FKVA 1MELL 3WW6A 5LVHA 3EXDA 1JIYA 1IOTA 4IATA 2NWDX 3A6BY 1WQRA 5AMYA 1QUSA 2N5ZA 2BQDA 1IC4Y 3TMVA 1HENA 1LSYA 5DLAA 4NEBA 4YEOA 4ETDA 5F9XA 1GWDA 4Z41A 1IOSA 3WU8A 4H90A 1VDTA 2H9KA 1INUA 3OK0A 1GFRA 4MSTA 3TXIA 4NHPA 1B9OA 4FDYA 1GE3A 5C6JA 3RNXA 1GF7A 4WLYA 1FLUA 3AGIA 3CT1A 1OQMA 1YQVY 5KJ9A 1NMMA 4ETBA 3AYQA 3BKVA 1FLYA 1LMNA 2Z12A 4DD9A 1JSFA 4LGKA 4BADA 1FDLY 5KXTA 2LYOA 3AZ6A 4AGAA 1GFUA 1IP2A 1FKQA 4M6DA 2W1XA 1KIQC 1UIBA 2HEAA 5LINA 2FBBA 1D6QA 3W6EA 1C08C 1TEWA 3QY4A 5KXWA 1LSZA 1OUAA 1UA6Y 1LJFA 1IP5A 1IOCA 1DXJA 2BQLA 5B06A 3N9AA 2RSCA 3ATOA 3MGWA 1GB7A 1CNSA 3HFMY 5IELA 1CKHA 4LZTA 5HQ1A 3A91A 4BAFA 5FELA 1LZ4A 193LA 4XADA 1XEIA 1GF0A 1LMQA 4XYYA 133LA 5IDDA 3CB7A 4U3XB 2F30A 4N1EI 4DDCA 5LVGA 1BB6A 1SQ2L 4DD0A 5LAGA 5LYTA 1KXWA 4LT2A 1NHEA 2X0AA 1GBSA 1F10A 1XSFA 1VDSA 1XGRC 1BWJA 2MECA 3LN2A 2HECA 1IP4A 1D0MA 2D4KA 1LZ9A 4BAPA 2YBNA 1B2KA 1HFZA 1HMLA 2Q0MX 4HPEA 1GXXA 1GB9A 4ETAA 5I4WA 1D6PA 4DD3A 4IJ4A 4II8A 3TXGA 1IP6A 1G7LC 1LMOA 1LZEA 1QDRA 2BAAA 4DD7A 4YF2A 1G7HC 1JKCA 4YM8A 1LKRA 1B0DA 2ZIKA 4WM6A 3LZ2A 4CFPA 1UBZA 4B0DA 2D4IA 5FDJA 207LA 3B0KA 4RLMA 4HJZA 3WPLA 3WPJA 1YKYX 1DKJA 3WULA 4LFPA 1B7QA 1LJIA 1IO5A 4DYGA 1JHLA 3AW6A 1AT6A 1GFAA 2DQCY 5LVIA 1I1ZA 4B1AA 1IIZA 1O23A 1LSPA 4H93A 3TXHA 3WW5A 1A2YC 4AXTA 1AT5A 1JJ1A 1OUJA 1UCOA 2B5ZA 5KXKA 1UIAA 5D5CA 2DQEY 1LZGA 2Z37A 2BQGA 1GFVA 2EIZC 5T3FA 3A3QA 1LZBA 1NQIA 1GAYA 4YOPA 2HEEA 1REMA 2YSSC 1B7PA 1T6VL 1LSGA 1LHIA 4TTDA 4XENA 1YANA 4QDNA 3CT5A 154LA 1GBOA 1J1OY 4KPMA 4G9SA 4RLNA 4M4OA 2HUBA 3A67Y 2IHLA 3TXEA 3WU7A 1REYA 1J1PY 1CJ6A 3WPKA 4PHIA 4PPOA 2A7DA 1YIKA 1JSEA 2WARA 4HV1A 1SLYA 4N9RA 3WXTA 2XTHA 1IORA 1HFXA 153LA 1YAMA 1RE2A 3M18B 2YBMA 1UIDA 1IR9A 2W1MA 4TX7A 2DQIY 4MR1A 4NGWA 5EBHA 3WUAA 1VDPA 4W94A 1LZNA 8LYZA 2ZILA 1LTMA 4NG8A 1CKFA 1NF5A 1LHLA 4WM5A 5LIOA 4DD1A 4GN3A 4QGZA 1GDXA 5KXMA 1IP1A 3IJUA 4H9CA 4Z3MA 4J7VA 1JWRA 2F4GA 2ZQ3A 135LA 3W6BA 5KKIA 2H9JA 1GFGA 4DC4A 3LYZA 4NGIA 1UIHA 5L3IA 1FBIX 1C7PA 2XBRA 5LA8A 1GB5A 1LMTA 3WVYA 5KXZA 2BQMA 1EQEA 2BQFA 3BKHA 3HBDA 3B72A 4NHSA 4OOTA 3P64A 3W3EA 1NDGC 3EBAB 4HJVA 3ATNA 1HERA 1ZVHL 4NSIA 1LZ5A 1LHKA 4HSFA 4H94A 4OWCA 1IWWA 1GD6A 2AUBA 4WL7A 1WQNA 1QTKA 2I6ZA 5C6LA 5HLLA 1GBZA 2Z2EA 1AM7A 2HEBA 4R0FA 1QQYA 1C45A 1UACY 3A96A 1IR8A 4TWSA 4TUNA 1H87A 1OUIA 5KXSA 4WM2A 2G4NA 1XGTC 2FYCA 1H6MA 1CKDA 3RT5X 1UICA 1GE1A 3VWOA 1V7SA 3KAMA 1LZSA 5II3A 1LJNA 5B1GA 1LZAA 1IR7A 1OUGA 3A92A 4NG1A 2LHMA 1FLQA 3K3TA 1XFPL 4H8ZA 1C46A 1LJKA 2W1YA 1UUZC 5B05A 5K7OA 4ETEA 2I26L 1CJ8A 4UWNA 2HEFA 2D4JA 4WLDA 5ILCA 1HEMA 2BQCA 1VDQA 1PZYA 4LYMA 1IWYA 3CSRA 3W6DA 1B7OA 2LYMA 2YBIA 2HTXA 1B7MA 3IWRA 1I20A 5L9JA 2LZ2A 3P65A 1HELA 5J7CA 4I0CA 3WVXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NFVA 2Z38A 1TAYA 107LA 4ET9A 1AZFA 1NBZC 1LSBA 2B73A 5DM9A 4DJHA 1L79A 5LZMA 158LA 1LYHA 4WO9A 4BS7A 4EPIA 3UONA 1L51A 1P2RA 251LA 1GFEA 1C6TA 4E97A 4RDSA 1XJTA 4I7JA 4K5YA 4I7PA 5I5QA 1L09A 3FI7A 1VATA 1L30A 145LA 1YL1X 4H9FA 5LA5A 4W52A 1IP7A 134LA 3DNAA 1D3JA 5FEKA 5KXRA 1PQOA 5HMJA 4FJRA 4KL7A 1L55A 2MEDA 5L3HA 3G3WA 1L37A 1L81A 253LA 1GFTA 1LJGA 1ALCA 1IP3A 2RH1A 1JTMA 2BQEA 1T8AA 4GCEA 128LA 5KXOA 1LSAA 3FA0A 3QAKA 1CV6A 260LA 4W54A 1ZV5L 1BB5A 1GE0A 252LA 2HU1A 4XJDA 4OWAA 4NGVA 1RFPA 5DN5A 1C64A 1QUGA 170LA 4G49A 4J0LA 2DQJY 2Z6BA 3AGHA 3WMKA 5B1FA 1QTBA 1WTMA 2DQFC 2VB1A 3A95A 2RAYX 1GB8A 4R6CA 1KIPC 4XJFA 3HTBA 1XEPA 1HFYA 4OO9A 5DN4A 1HEQA 5KXYA 1IVMA 4EOFA 4DDAA 3LHMA 1JQUA 4G4BA 5E4PA 1B7RA 1OUHA 4NWEA 2B6YA 2YBHA 1C6AA 5B07A 1FN5A 1LHHA 1CJ7A 1P56A 1C63A 4LYOA 1L20A 4NGZA 1UIEA 3AZ5A 1L26A 198LA 1L14A 2DKVA 3C8RA 4WLXA 2W1LA 1D0LA 1L38A 4W96A 1DYAA 1YKXX 4ML7A 239LA 3HBEX 4PGJB 4GN5C 3NY9A 2B7XA 2ZYPA 1DKKA 1P37A 2BQIA 4DWXA 1REXA 4X3BA 2DQDY 3HDEA 4LT1A 1IWXA 4L41A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DI5 A;  3M3U A;  4NFV A;  1QUT A;  4EMN A;  2Z38 A;  1TAY A;  4ET9 A;  1AZF A;  1B7L A;  1NBZ C;  2DQA A;  1LYY A;  1BWI A;  1QIO A;  1HSW A;  3A8Z A;  1A4V A;  1LSB A;  5DM9 A;  2LYZ A;  1YRO A;  4NY5 A;  1T3P A;  1DPX A;  4H9H A;  1JIS A;  3WYH A;  1BGI A;  1OUB A;  4WO9 A;  4WO6 A;  4PRQ A;  4ANR A;  4BS7 A;  3GXR A;  2MEE A;  4WM4 A;  4NHI A;  2BLY A;  1J1X Y;  1LOZ A;  3EO5 A;  1VED A;  2CWI A;  1GB2 A;  1G7I C;  2YDG A;  1GFE A;  4CHX A;  1BB3 A;  4RDS A;  1GF4 A;  1BB7 A;  1GB6 A;  2LZT A;  4A7D A;  1C43 A;  1BWH A;  1HF4 A;  5I5Q A;  3FI7 A;  1VAT A;  5LYZ A;  1YL1 X;  4H9F A;  5I54 A;  1I56 A;  3AGG G;  5LA5 A;  3ZVQ A;  5FHW A;  1IP7 A;  134L A;  5FCP A;  1F6S A;  4NGO A;  4NIJ A;  5IHG A;  4HPI A;  5FEK A;  5KXR A;  3RZ4 A;  3E3D A;  1WTN A;  3N9E A;  2BLX A;  1YIL A;  5HMJ A;  1GF8 A;  4FJR A;  4H8X A;  4KL7 A;  3A6C Y;  2MED A;  1LSC A;  5L3H A;  1DI3 A;  3IJV A;  4CJ2 A;  1B5Z A;  4GCF A;  5APC A;  1UC0 A;  3A93 A;  2DQG Y;  2I25 L;  1P2C C;  4GCC A;  3T36 A;  4NGY A;  1GFT A; 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 8LYZ A;  2ZIL A;  1LTM A;  4NG8 A;  1CKF A;  1NF5 A;  1LHL A;  4WM5 A;  5LIO A;  4DD1 A;  4GN3 A;  4QGZ A;  1GDX A;  5KXM A;  1IP1 A;  3IJU A;  4H9C A;  4Z3M A;  4J7V A;  1JWR A;  2F4G A;  2ZQ3 A;  135L A;  3W6B A;  5KKI A;  2H9J A;  1GFG A;  4DC4 A;  3LYZ A;  4NGI A;  1UIH A;  5L3I A;  1FBI X;  1C7P A;  2XBR A;  5LA8 A;  1GB5 A;  1LMT A;  3WVY A;  5KXZ A;  2BQM A;  1EQE A;  2BQF A;  3BKH A;  3HBD A;  3B72 A;  4NHS A;  4OOT A;  3P64 A;  3W3E A;  1NDG C;  3EBA B;  4HJV A;  3ATN A;  1HER A;  1ZVH L;  4NSI A;  1LZ5 A;  1LHK A;  4HSF A;  4H94 A;  4OWC A;  1IWW A;  1GD6 A;  2AUB A;  4WL7 A;  1WQN A;  1QTK A;  2I6Z A;  5C6L A;  5HLL A;  1GBZ A;  2Z2E A;  1AM7 A;  2HEB A;  4R0F A;  1QQY A;  1C45 A;  1UAC Y;  3A96 A;  1IR8 A;  4TWS A;  4TUN A;  1H87 A;  1OUI A;  5KXS A;  4WM2 A;  2G4N A;  1XGT C;  2FYC A;  1H6M A;  1CKD A;  3RT5 X;  1UIC A;  1GE1 A;  3VWO A;  1V7S A;  3KAM A;  1LZS A;  5II3 A;  1LJN A;  5B1G A;  1LZA A;  1IR7 A;  1OUG A;  3A92 A;  4NG1 A;  2LHM A;  1FLQ A;  3K3T A;  1XFP L;  4H8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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