4W56A

T4 lysozyme l99a with sec-butylbenzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endolysin
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w56A00
156LA 1QTCA 3UONA 170LA 1LW9A 1LYGA 2F47A 3C82A 3QAKA 4AQNA 1L52A 1C6GA 3GUOA 1L97A 1G06A 165LA 1G0LA 4YXCA 2OE4X 1P7SA 4S0WA 1QTZA 3G3XA 3HT6A 2B6TA 1DYFA 2RB1X 243LA 155LA 1L75A 1L00A 1C6FA 1L26A 3JR6A 1L70A 1L08A 148LE 1C6TA 1D2WA 167LA 1PQIA 1LYFA 1LWGA 1L20A 1OVHA 3GUNA 1CV6A 205LA 1C6JA 1JTNA 1CUQA 2IGCA 3DN2A 1L73A 1OVKA 181LA 1L77A 2F32A 3SB9A 183LA 1C6NA 120LA 1L0KA 1L79A 231LA 159LA 1DYGA 1D3NA 1G07A 1L30A 259LA 3V2WA 1QTDA 3C7ZA 1QT6A 1QT4A 197LA 2LZMA 2OTZX 1T97A 1LI6A 157LA 2O7AA 219LA 1CU3A 187LA 1L89A 246LA 1D3FA 1C6DA 2B6ZA 1LYIA 1CV0A 2QARC 1P36A 144LA 1L24A 1L17A 1LLHA 242LA 2B7XA 233LA 1L35A 1JTMA 1T6HA 1D2YA 1OVJA 3LZMA 2RBRA 1PQDA 1C6KA 232LA 4ARQA 4LDEA 1L86A 250LA 1SX2A 3NY8A 1TLAA 1L31A 1PQKA 1L10A 4DAJA 3C7WA 1L41A 3HTGA 1CV1A 1C69A 1L01A 1C6LA 1L59A 2B74A 1SWZA 1CV4A 2RH1A 1L16A 152LA 200LA 4K5YA 1ZWNA 1L11A 5I14A 206LA 4ARQB 171LA 1LYJA 1G0QA 142LA 3GUPA 166LA 2OE7X 1SWYA 1D3MA 235LA 1L28A 1L65A 4W56A 1L42A 1C6PA 1L04A 1SX7A 4EPFA 1P2RA 1QS5A 191LA 3FI5A 1JQUA 1L47A 209LA 3C8QA 4EKRA 3SB8A 1QUHA 178LA 1P37A 2Q9DA 2OE9X 3HDEA 1ZYTA 184LA 1CU5A 3GULA 2O4WA 150LA 4ARPA 1L39A 1C64A 1DYEA 3HDFA 1C6EA 2Q9EA 1CX6A 4I7KA 1L67A 3FA0A 114LA 138LA 3HU9A 1D3JA 3SB7A 247LA 3OE9A 1L46A 1L40A 1XJUA 2RBPA 1B6IA 130LA 1SSWA 1L84A 2B70A 3EMLA 2LC9A 3DN8A 1QSQA 229LA 1L03A 257LA 119LA 1CU0A 4W51A 2OTYX 2RBQA 1L43A 126LA 1KW5A 115LA 168LA 1G0MA 1L09A 1L33A 1L80A 251LA 2B6YA 4ZPUA 1C6IA 249LA 4ARLA 1KNIA 1L14A 3HTFA 2B72A 174LA 1LWKA 7LZMA 234LA 151LA 1G0KA 4I7RA 1T8FA 4DKLA 1WTHA 3VW7A 3DN3A 1L60A 227LA 1L38A 1L36A 1L93A 216LA 1C62A 160LA 1C6CA 108LA 3HT7A 1OWYA 1L61A 2A4TA 1G0GA 2QB0B 1LGXA 1L63A 1L54A 1CVKA 129LA 1T8GA 4W54A 222LA 1L82A 211LA 3NY9A 111LA 2B73A 214LA 3HT9A 1L56A 1LI3A 122LA 1DYDA 1L91A 127LA 1L34A 3CDRA 2CUUA 3L2XA 4EKSA 1T8AA 3SB5A 1QT3A 2RB2X 1L19A 1KS3A 261LA 201LA 1L02A 1L32A 3CDOA 1L57A 210LA 3HUAA 4GBRB 241LA 230LA 1L92A 3HH4A 139LA 1CX7A 1L53A 221LA 1DYCA 217LA 2LCBA 258LA 1QTBA 1L69A 2OEAX 226LA 1L12A 1OWZA 109LA 3DN4A 1L25A 1L96A 1L62A 1L05A 3GUMA 3K2RA 3C7YA 1G0JA 1C6AA 188LA 1D9WA 1L98A 1SSYA 4I7OA 1C65A 1P5CA 2NTGA 3SBBC 224LA 190LA 3SB6A 4I7SA 4W55A 3HH3A 3V2YA 1LGUA 1DYBA 1KW7A 3GUKA 1L45A 113LA 199LA 1CTWA 1C67A 161LA 104LA 1L21A 2HUMA 1L72A 192LA 112LA 1QT8A 1L15A 1L06A 1ZURA 3C8RA 223LA 3FADA 107LA 1PQMA 1QT7A 262LA 4YX7C 3F9LA 125LA 175LA 172LA 1CV5A 1P56A 1OYUA 1CU2A 1L49A 3GUJA 2ANXA 1C68A 103LA 1G0PA 4I7MA 1L90A 220LA 213LA 1NHBA 2HUKA 1LYDA 4LDLA 169LA 180LA 198LA 3HUKA 1L76A 186LA 1L13A 3HH6A 110LA 3OE0A 1L27A 1QUGA 238LA 3DN6A 3OE6A 1P64A 225LA 3F8VA 4EPIA 1P2LA 1L18A 158LA 1P6YA 189LA 4PK0A 1L0JA 1LGWA 3HWLA 4EXMA 3ODUA 4I7JA 4W58A 141LA 1L85A 2B6WA 3SBAA 162LA 182LA 2Z6BA 1L88A 102LA 1OV5A 2ANVA 1L74A 1I6SA 2B6XA 4IAPA 4W57A 140LA 3HT8A 128LA 1CUPA 1L87A 1L22A 1C63A 1L48A 3G3VA 3RUNA 4I7PA 1C60A 1LYHA 2OU8A 3CDQA 145LA 176LA 1OV7A 177LA 6LZMA 236LA 1L55A 2RAYX 1CU6A 1P46A 1P3NA 1L07A 1PQOA 252LA 3NYAA 1L83A 1L71A 2RBOA 173LA 3DMVA 2NTHA 2L78A 3DMXA 3HH5A 1L37A 3C81A 1L29A 2O79A 4ARMA 163LA 4DJHA 118LA 4YXAC 1L68A 248LA 137LA 239LA 1QTHA 2RBSA 3G3WA 244LA 147LA 2HULA 2F2QA 3PBLA 1LPYA 3GUIA 146LA 256LA 1G1VA 1XEPA 1L64A 185LA 1L95A 3DN1A 4I7TA 143LA 3HU8A 1KY1A 1L44A 1L66A 3DKEX 4PJZA 1LYEA 1C6QA 245LA 4I7LA 1XJTA 1PQJA 4EJ4A 164LA 2OU0X 1DYAA 1LI2A 1EPYA 255LA 3HTBA 4ARMB 1C6MA 3DNAA 4GRVA 2B75A 1QTVA 3SN6R 237LA 3OE8A 123LA 131LA 1C6BA 1L99A 1CV3A 3CDVA 240LA 4LDOA 2OU9A 3RZEA 1L58A 4W53A 4W52A 260LA 4W59A 1L23A 1QUDA 4ARJA 3DN0A 215LA 1C61A 253LA 1C66A 254LA 195LA 196LA 1KY0A 4E97A 1QSBA 1L94A 3C83A 1QS9A 4LZMA 4EKQA 3C80A 2RB0X 1K28A 1QT5A 149LA 1L51A 1QUOA 4I7NA 1G1WA 3CDTA 1L50A 2RAZX 3HUQA 3HTDA 4EKPA 2RBNA 4I7QA 3L64A 4OO9A 218LA 3D4SA 3DMZA 1L81A 1C6HA 228LA 3C8SA 5LZMA 3PDSA 212LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VB1A 4CFOA 4B4EA 1YANA 3ZVQB 5IHGA 4AQNA 1LZGA 4NSHA 3GUOA 4CHXA 2XBSA 165LA 2OE4X 1NQIA 1P7SA 1D9UA 3MGWA 4LT1A 3HT6A 1DYFA 2RB1X 243LA 1L75A 2BQCA 4GCCA 1GFAA 5APFA 1L26A 1L08A 4NGZA 167LA 1LWGA 1CV6A 1ZV5L 1VDPA 2Z39A 1L77A 1B0DA 159LA 1V7TA 1D3NA 5B06A 4NGLA 1LSYA 259LA 2BAAA 3V2WA 1QTDA 2LZMA 1T97A 3AB6A 1QQYA 4XJGA 1CU3A 1WTMA 1D3FA 1LYIA 4XJDA 1WVVA 5KXSA 3WW5A 3D9AC 5I4YA 1C08C 1L24A 1L17A 1GE0A 1GXV2 1GBXA 1L35A 1D2YA 1OVJA 5LYTA 1JKCA 1HHLA 4N1CC 250LA 4NHQA 1LSAA 5LVKA 1N4FA 4DAJA 1HF4A 4LT2A 1EQ4A 2MEIA 2Z38A 1LYSA 1GB8A 1FN5A 1C6LA 1KIRC 1UA6Y 1L16A 5FHWA 152LA 5DLAA 1FKQA 5I14A 1YAPA 1LYJA 1HFYA 1OUDA 1G0QA 3GUPA 166LA 4XJIA 2OE7X 1XGQC 1B5VA 1L28A 1IR7A 4NGOA 1CKHA 1P2RA 1HSXA 3C8QA 1L47A 209LA 1RE2A 1LZAA 2Q9DA 3EO5A 2MEHA 4NIJA 2YSSC 207LA 1CU5A 4RDSA 2O4WA 3LYMA 1C64A 2ZYPA 3HDFA 5F9XA 1LZEA 2RSCA 4I7KA 114LA 138LA 4DC4A 1GHLA 1GB5A 3HU9A 1L46A 1KXWA 4NHIA 5KXKA 2RBPA 3M3UA 1B6IA 1SSWA 2Z12A 1JSEA 1L84A 1LAAA 1XEKA 1QSQA 1L03A 257LA 119LA 1T3PA 4PRUA 4W51A 1L43A 126LA 1WVUA 5LIOA 2BQEA 168LA 3WVYA 1BQLY 4ZPUA 1IP2A 4ARLA 4H8ZA 5KXLA 133LA 4DD1A 4I7RA 1GEZA 1WTHA 5A3EA 1L60A 1L36A 1L93A 1C6CA 1F10A 1KXYA 2DQEY 2A4TA 1LGXA 1L63A 1BB5A 2MEAA 129LA 211LA 1L82A 3HT9A 122LA 4WLYA 1L91A 2DQDY 1L34A 5KJ9A 4EKSA 1L19A 1MELL 3HFMY 1TAYA 1BWJA 3WYHA 1GXXA 3CDOA 5KXRA 1RI8B 3OJPA 3E3DA 2HEBA 1L69A 2OEAX 2C8OA 3G3BB 4TX7A 1B7LA 1QTEA 109LA 3DN4A 1QUSA 1HMLA 5F14A 4PRQA 4H8XA 1L62A 3IWRA 1C7PA 4HJVA 1G0JA 1C6AA 1SSYA 1REMA 4I7OA 4NGYA 1P5CA 1LJIA 1GE1A 190LA 1QTKA 3A67Y 4N1EI 1KW7A 2CDSA 4DD2A 1LJGA 5KXWA 3ULRA 1FBIX 3VWOA 1IP3A 1DI4A 3CT0A 112LA 1LMCA 4OOTA 3C8RA 3FADA 2FBBA 4NGVA 1CV5A 4WLXA 3BKVA 4NHTA 3WUMA 220LA 1NHBA 3WPLA 2HUKA 2MEBA 4LDLA 2GV0A 4D9ZA 180LA 5DM9A 1YL1X 5EBHA 1UACY 1UIDA 2Z37A 2Z2EA 4MR1A 5LVIA 1IWZA 225LA 3N9AA 4DDCA 5II3A 2G4PA 1J1PY 3HWLA 1QSAA 4PGJB 2BQJA 2B6WA 162LA 182LA 4CFPA 2IHLA 1IP5A 1OV5A 194LA 2ANVA 1FLUA 4PHIA 1G7MC 4GN4A 1L87A 3RUNA 1SLYA 3CDQA 4WM5A 145LA 2N5ZA 2BQMA 2MEGA 1JHLA 1LSZA 1XEJA 5LINA 5LYMA 4XJFA 1F0WA 1HMKA 1PS5A 1WQQA 239LA 1F6RA 2YBMA 1LYYA 2F2QA 1LPYA 3GUIA 4WO6A 1G1VA 1GWDA 1XEPA 3CT5A 1HFXA 2MEEA 4I0CA 5B07A 4I7TA 143LA 4HJZA 4R6CA 1KY1A 2I25L 4C3WA 1XJTA 1HENA 1PQJA 1LI2A 1EPYA 4TSBA 5I4WA 2CWIA 3CDVA 1L99A 1CV3A 3TXKA 1NMMA 4LYCA 2NWDX 1L58A 1BB3A 4W53A 4W52A 260LA 3DN0A 1LJ3A 1REXA 4J7VA 1C66A 2D4IA 2YDGA 3T6UA 1LJKA 4LZMA 1L94A 5B05A 4UWUA 3CSRA 1EQEA 149LA 5KKJA 5FDJA 4I7NA 3QNGA 5I5QA 4KXIA 2RBNA 3TXBA 3CQLA 228LA 3RT5X 3LZ2A 4NGWA 1LKRA 170LA 1G7LC 2F47A 3QAKA 1GDWA 4XENA 1LSCA 1YKYX 1G0LA 4YXCA 1JTTL 1GF9A 5LYZA 2B6TA 1GE2A 4Z98A 1C6TA 1REZA 1L20A 2Z19A 4OW1A 3DN2A 2IGCA 1DKKA 183LA 4BS7A 1G07A 5L9JA 1INUA 4LYBA 1L30A 3RNXA 3HBHA 3CB7A 2ZQ4A 4H9HA 5JENB 1QT6A 157LA 1LSEA 2O7AA 187LA 1L89A 1GF5A 4HPEA 4N8ZA 5KXXA 1CV0A 5LVGA 1XFPL 1P36A 4MCKA 4HP0A 1LLHA 4P2EA 242LA 2B7XA 193LA 1JTMA 1T6HA 4NHSA 1LZ4A 1ALCA 3A92A 1PQDA 3M18B 1C6KA 4ARQA 2XBRA 1AKIA 1RFPA 2HECA 3NY8A 1DI5A 1B5YA 4XJBA 1L41A 3RZ4A 5HMVA 1CV1A 1YROA 1C69A 3A95A 3AGIA 2B74A 4WL6A 206LA 4ARQB 1DZBX 4B0DA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VB1 A;  4CFO A;  4B4E A;  1YAN A;  3ZVQ B;  5IHG A;  4AQN A;  1LZG A;  4NSH A;  3GUO A;  4CHX A;  2XBS A;  165L A;  2OE4 X;  1NQI A;  1P7S A;  1D9U A;  3MGW A;  4LT1 A;  3HT6 A;  1DYF A;  2RB1 X;  243L A;  1L75 A;  2BQC A;  4GCC A;  1GFA A;  5APF A;  1L26 A;  1L08 A;  4NGZ A;  167L A;  1LWG A;  1CV6 A;  1ZV5 L;  1VDP A;  2Z39 A;  1L77 A;  1B0D A;  159L A;  1V7T A;  1D3N A;  5B06 A;  4NGL A;  1LSY A;  259L A;  2BAA A;  3V2W A;  1QTD A;  2LZM A;  1T97 A;  3AB6 A;  1QQY A;  4XJG A;  1CU3 A;  1WTM A;  1D3F A;  1LYI A;  4XJD A;  1WVV A;  5KXS A;  3WW5 A;  3D9A C;  5I4Y A;  1C08 C;  1L24 A;  1L17 A;  1GE0 A;  1GXV 2;  1GBX A;  1L35 A;  1D2Y A;  1OVJ A;  5LYT A;  1JKC A;  1HHL A;  4N1C C;  250L A;  4NHQ A;  1LSA A;  5LVK A;  1N4F A;  4DAJ A;  1HF4 A;  4LT2 A;  1EQ4 A;  2MEI A;  2Z38 A;  1LYS A;  1GB8 A;  1FN5 A;  1C6L A;  1KIR C;  1UA6 Y;  1L16 A;  5FHW A;  152L A;  5DLA A;  1FKQ A;  5I14 A;  1YAP A;  1LYJ A;  1HFY A;  1OUD A;  1G0Q A;  3GUP A;  166L A;  4XJI A;  2OE7 X;  1XGQ C;  1B5V A;  1L28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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