3LYOA

Cross-linked chicken lysozyme crystal in 95% acetonitrile-water
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title X-ray studies on cross-linked lysozyme crystals in acetonitrile-water mixture.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3lyoA00
2LYMA 2FYDA 3TMXA 1G7IC 2BQAA 3GXKA 3W6BA 3AW6A 4NGLA 1A4VA 1IP1A 5APFA 2YBLA 3HBEX 4M6DA 3AYQA 2HUBA 1TDYA 3W6FA 3KAMA 135LA 3N9AA 1JISA 3FE0A 3OJPA 4GCEA 1UBZA 1C45A 1JEFA 3B72A 1GAYA 1JTOL 3W3EA 3OK0A 4WM5A 3BKVA 2DQHY 1HFYA 3WPKA 1NWGA 4OWAA 3TXEA 5F9XA 5KXPA 1LZ6A 4ETDA 1XGQC 1HSXA 3WXUA 3TMUA 4ETCA 2HU1A 3WU9A 1N4FA 1WQMA 5B1GA 4DWXA 3G3AB 4ZFPA 4OWEA 1WVUA 4H90A 5KJ9A 4XJBA 1WVVA 5KKJA 3BKHA 3AJNA 2YBMA 2YBNA 1OUBA 2VB1A 4NHIA 1GWDA 5KXWA 1LJ4A 1JJ3A 1GE2A 1IOTA 1V7TA 1LHLA 1GPQC 1LSEA 1LJHA 2CJLA 3ATNA 1BWJA 1CJ6A 3AZ4A 3LN2A 4I8SA 2BQJA 1GHLA 4ETEA 154LA 1ZMYL 132LA 3TXDA 1QQYA 4OWCA 5LAFA 1GBOA 1LSYA 4YEOA 4N1EI 4R6CA 4NGOA 4WLYA 3TMVA 2BQCA 1HHLA 3WUAA 4NG8A 5LIOA 5K7OA 1B9OA 1LZ4A 1GFGA 1KIQC 3N9CA 4QY9A 3WVXA 4D9ZA 3AGGG 1OUEA 3QE8A 4AGAA 4C5FA 3CSQA 4TSBA 1ZVHL 3WYHA 3CT5A 1HMLA 4H8YA 2HEAA 4WG1A 5KXTA 4EMNA 1IWVA 3T6UA 1T3PA 5F14A 1JJ0A 2ZNXY 1SQ2L 1GB6A 2W1LA 4ET8A 5T3FA 1GFHA 2HEFA 4NY5A 2HEBA 1IOSA 1G7LC 5LAGA 1HFXA 1KXYA 2ZYPA 2D6BA 4B49A 2YBIA 4CHXA 1CKFA 5B59A 1REXA 4QDNA 5KXZA 3G3BB 1AKIA 4LYBA 1HFZA 3P66A 1LHMA 4HV1A 4PRQA 1P2CC 1YL1X 3VWOA 1LZBA 2Z18A 1F6SA 4MSTA 5FSTA 4J1BA 4H92A 4WLTA 4J7VA 3WUMA 4LYCA 3TXIA 1GE1A 1GF6A 4Z98A 1G7JC 1GEZA 4LZTA 5LYMA 2EKSC 5LVJA 5APDA 1BB3A 1GBXA 4GCFA 4EOFA 5KXMA 4ML7A 1OQMA 1LZGA 1GF8A 1HNLA 1F10A 5I4XA 3F6ZA 1LMTA 3ZVQB 1GBWA 1ZVYB 1OUCA 1Z55A 4HJZA 1NHEA 2ZQ3A 1DI3A 1RCMA 1XGPC 2YBJA 4X3BA 1UUZC 1B7QA 2BQEA 2LYOA 4HP0A 3D9AC 1OUFA 4RW2A 3WH1A 1LJIA 1IIZA 3CT1A 3LZ2A 1LHIA 1UIFA 1GF7A 1LPIA 3EBAB 134LA 4WM3A 1AT6A 3A3QA 4H9BA 5E4PA 5FCPA 1VDSA 1IR9A 1LKRA 4NSJA 5B05A 2BQKA 1GB0A 5KXOA 153LA 1KXWA 1VDTA 207LA 2DQCY 1GB8A 4CFOA 1IY3A 1INUA 1B7PA 4WO6A 1GFVA 2WARA 4YOPA 1JKAA 1GB9A 4NG1A 1LJGA 1BWHA 4OOTA 1HEWA 1DKJA 2LZ2A 4BS7A 1LZTA 4II8A 4FDYA 4WMGA 3WMKA 1DPWA 3TXFA 4DC4A 1FLUA 4NEBA 5C6IA 5JENB 1DI5A 1D9UA 1HEQA 2C8OA 1BB6A 3WW5A 1HELA 3IJVA 1H87A 3LZTA 3WW6A 5IELA 1LJFA 2ZIJA 3FI7A 2ZYCA 1LSCA 3TXGA 4HPIA 1OUHA 1YKXX 1CKGA 3W6EA 5I4WA 5KXSA 2EIZC 4TTDA 2CDSA 4H9IA 1IOQA 2G4NA 2ZILA 1DXJA 3CQLA 1WQPA 4HV2A 4WLDA 3A6CY 1LMPA 1C43A 1IX0A 1REYA 4XJFA 4AXTA 4DD7A 1CNSA 1YROA 1REMA 4RLMA 5DM9A 3IWRA 3AGIA 3LYZA 2YDGA 1HC0A 4XENA 2HEEA 1E8LA 1EQ5A 4PPOA 1MLCE 1LMNA 2BQBA 2BQMA 1AM7A 1LSDA 4B4JA 2MEGA 4E3UA 1HEMA 1LSFA 3EXDA 1J1PY 5B07A 1LHJA 2A7DA 2DQDY 1DQJC 4A7DA 5LVGA 1OUAA 3P4ZA 4OWHA 1REZA 2BLXA 2CGIA 1RJCB 4GCBA 1FBIX 4WL6A 1YANA 3AZ6A 5KXYA 1BQLY 4WL7A 1FLWA 1I56A 2BPUA 4DDAA 1I20A 1JSFA 1BWIA 4XJDA 3A3RX 1HERA 1EQ4A 1LYZA 1GBSA 1SLYA 4NGIA 1GB5A 1IOCA 1D0KA 1LTMA 2D91A 4RLNA 1YAMA 4TWSA 4B4IA 1G7MC 5I5QA 2H9KA 2B5ZA 3CT0A 5ILFA 2DKVA 4LYZA 1KXXA 1OP9B 4PJ2C 4O34A 5F9UA 3RT5X 1GFUA 3A96A 4Z41A 2Y8PA 1GFJA 1KIPC 9LYZA 5I54A 4ZEEA 3E3DA 3EO5A 2X0AA 3D3DA 1LSZA 1GF4A 3LYOA 4HTNA 2H9JA 3TXKA 2ZIKA 1IR7A 1LHKA 1LSMA 5A3EA 4YENA 1NQIA 1LZNA 1LJ3A 1CKHA 3B0IA 1UIGA 2MEDA 2DQFC 3WPJA 4ZIXA 2FBDA 1V7SA 194LA 5HNLA 1D0LA 1LZEA 1TBYA 4UWNA 4OWBA 1BVXA 1IP5A 5LA5A 4LT3A 1EL1A 1NKHA 2Z12A 1YKZX 2YBHA 1YQVY 1NDMC 2ZNWY 1BHZA 1B7NA 4KPMA 3K3TA 1DKKA 4NHTA 5B06A 5L9JA 1AT5A 3EMSA 1OUIA 1LSNA 4TX7A 4M4OA 1FLYA 5DLAA 1WQOA 1LMAA 5KXXA 4N9RA 2XTHA 4GN3A 4J0LA 4H9CA 5FDJA 1B0DA 5D5FA 1HENA 2MEBA 1JWRA 1WQNA 3RW8A 3QY4A 1F6RA 4PRUA 5HQ1A 2BQHA 1XGUC 4NGYA 5DN5A 4WM6A 3AZ7A 1UACY 1C08C 1YILA 2W1MA 1XGRC 4Z46A 5A3ZA 5C6JA 1NMMA 4B0DA 2DQGY 3WU8A 4H9AA 4GLAA 5E9RA 4GN4A 1VDPA 2I6ZA 4Z3MA 1OUGA 2W1XA 2MEEA 1UICA 4N8ZA 1GB2A 5L3IA 3A34A 2C8PA 1YKYX 1BB5A 2NWDX 1LSPA 2I25L 2XBSA 1W6ZA 1B7LA 1D0MA 1GBZA 1GBYA 1UC0A 4LYTA 3W6DA 1IEEA 1LYYA 4H9EA 1GDXA 1UCOA 4UWUA 3ZEKA 4HSFA 4WM1A 1YAPA 4G4HA 5FELA 1JHLA 1WQRA 3ZVQA 4DD9A 1FLQA 4DDCA 2BQFA 1B5VA 2DQJY 4HJYA 3RZ4A 1TEWA 3SP3A 5HLLA 3A90A 3A93A 1LJEA 1A2YC 4RDSA 1B7RA 2MEFA 5LXWA 1EQEA 1QDRA 5L3HA 1GFTA 1LZ1A 1QUTA 4G4BA 1C7PA 1IWTA 2BQOA 1B5ZA 4YM8A 1ALCA 3ATOA 5AMYA 3A94A 4WG7A 4N1CC 1IWXA 3WU7A 1RFPA 1IP3A 4H8ZA 4DD1A 1IR8A 2H5ZA 4XADA 4ANRA 3WULA 3B0OA 2FYCA 1IY4A 1JTPL 3A67Y 1LJNA 3N9EA 1XEIA 1HF4A 3W6CA 5HMVA 4NWHA 2DQIY 3A95A 4BAFA 4DDBA 3P65A 1LJJA 4YF2A 1VFBC 1B5YA 4NIJA 2F30A 1QUSA 4LT2A 1LZYA 3CSRA 2Z2EA 4H91A 1GFRA 3T36A 1BB7A 1BGIA 1LZ9A 1CJ9A 1GXV2 4NHPA 3AW7A 2A7FA 1FN5A 1IC5Y 5IHGA 3WVYA 1CKCA 4C3WA 4NSIA 1LCNA 4NWEA 1LZCA 5HMJA 1IORA 1B5WA 1JIYA 1WTMA 1LHHA 1B5XA 2IFFY 5LVIA 1NBYC 1IP7A 3TXBA 1AZFA 4PGJB 2G4QA 1VAUA 2Z2FA 3LYTA 1WQQA 2BAAA 1VATA 1GF9A 4XYYA 1HEOA 1GEVA 4NGZA 5LYZA 3ULRA 3B0KA 5LA8A 1TCYA 4BAPA 1JSEA 2Z37A 3WXTA 2W1YA 4LT0A 4U3XB 1QTEA 2CWIA 1I1ZA 208LA 4GN5C 1H6MA 1B7OA 1JKBA 1GF5A 4J1AA 4WO9A 4L41A 5II3A 2XBRA 4G4CA 3TMWA 1DZBX 1LAAA 1IP4A 4LGKA 4TSCA 3A91A 5M1YA 5I53A 3W6AA 2D4JA 2AUBA 4G9SA 4DYGA 3A8ZA 3J6KA 1XEKA 4PHIA 4TUNA 5F81A 1LOZA 1YL0X 1UIHA 2BLYA 1WTNA 1LKSA 4ET9A 1LZDA 5LINA 1IWZA 1B5UA 1GAZA 1UIBA 5EBHA 2I26L 2DQEY 2ZQ4A 1LMOA 3HBHA 4CJ2A 5KY1A 5LYTA 1JUGA 4NGWA 1IWWA 5LVHA 1RI8B 4HTKA 4KXIA 1XSFA 2F4AA 1B2KA 3CSZA 4H9HA 3RU5A 1LMQA 1LYOA 2D4KA 4UWVA 2BQGA 1PS5A 5KKIA 4B4EA 1NF5A 2YVBA 3IJUA 1KIRC 4NGKA 1YAOA 1RE2A 2HECA 4WM2A 2MEAA 1IO5A 5D5CA 3P68A 1FKQA 1UIAA 5LVKA 3P64A 6LYTA 3GXRA 3WUNA 4GLVA 1GE4A 4HPEA 2FBBA 4LFXA 1OUDA 4W94A 3RNXA 1C10A 3TXJA 2DQAA 2MEIA 4NHQA 1IC7Y 1NDGC 1GF3A 2ZWBA 4HTQA 5IDDA 5B1FA 193LA 1UA6Y 2BQDA 1B7MA 1IVMA 1D6PA 2LHMA 1GFAA 2MECA 3M3UA 5I4YA 4WOAA 1QDTA 1JJ1A 4NHSA 5DN4A 2BQNA 1JKCA 1JTTL 2Z19A 2EPEA 7LYZA 4P2EA 1CKDA 1FDLY 1J1OY 4N5RA 3A6BY 2Q0MX 3QNGA 4NFVA 2XJWA 1LJKA 1UIDA 2F4GA 5KXLA 1MELL 4CGEA 1W08A 4HJVA 4NSGA 4W96A 2BQIA 4GCCA 4XN6A 2MEHA 2N5ZA 3AZ5A 4XJHA 5KXNA 4R0FA 1GF0A 4MR1A 1GDWA 3CB7A 5C6LA 1JITA 1HEPA 4OW1A 3WL2A 5HNCA 1G7HC 4RW1A 5KXRA 1BVKC 4IASA 5ILCA 1LZSA 1QTKA 4MCKA 4DD0A 4KL7A 1CJ8A 4LYOA 4LYMA 1LZ8A 1QSWA 1YIKA 2HTXA 3AB6A 1UIEA 1IWUA 4YEMA 4H9FA 3MGWA 1GE3A 2F2NA 5KXKA 4NSHA 1JKDA 1PZYA 3LHMA 1GFKA 4N0JA 4WLXA 4H1PA 1LSAA 2YSSC 4ETBA 1QIOA 1CJ7A 4XJIA 1HSWA 1XEJA 4I0CA 4CFPA 2RSCA 1B7SA 1GD6A 1GE0A 1ZV5L 2HU3A 2Z39A 4FJRA 4XJGA 4DD2A 3HBDA 3M18B 3TXHA 4NGVA 2DBTA 4B1AA 1GB3A 4NGJA 4OOOA 4WM4A 2IHLA 1VDQA 3WPLA 2HEDA 4KT3A 4ETAA 5APCA 3A92A 5APEA 4H94A 1IC4Y 3J4GA 1FKVA 2D4IA 4BADA 4IATA 1GXXA 1LYSA 5FEKA 4LT1A 4DD3A 1F0WA 1GB7A 1T6VL 2EQLA 4H8XA 1BB4A 1IWYA 2BQLA 1TAYA 2LYZA 5DL9A 1VEDA 4H93A 4IJ4A 5F16A 133LA 1IP2A 1GFEA 1HMKA 2LZTA 1DI4A 1LMCA 1LSGA 1LZRA 1LSBA 1J1XY 2GV0A 1QSAA 1XFPL 8LYZA 5J7CA 4LFPA 5FHWA 4DT3A 1NBZC 1LZAA 3B6LA 4QEQA 1XGTC 1O23A 1LZ5A 1YAQA 3AGHA 2PC2A 3HFMY 2G4PA 4G49A 6LYZA 4QGZA 2Z38A 1C46A 3LYMA 1OUJA 1IP6A 4GCDA 1JPOA 1DPXA 1D6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FYDA 1G7IC 2B72A 3KAMA 1XJTA 3GUPA 7LZMA 3N9AA 1JISA 1LYFA 3OJPA 1CVKA 1L39A 3OK0A 4WM5A 5F9XA 1LZ6A 1L44A 5LZMA 4K5YA 3WU9A 5B1GA 5KKJA 3AJNA 1OUBA 144LA 4XJHA 1GE2A 1IOTA 230LA 3LN2A 1C6NA 3TXDA 4OWCA 5LAFA 1SSYA 253LA 1L54A 2F47A 2BQCA 1HHLA 4NG8A 4QY9A 3C8RA 3AGGG 1OUEA 1HMLA 4GBRB 3DN3A 5F14A 2ZNXY 3L2XA 1SQ2L 1GB6A 2W1LA 1GFHA 3C8SA 4W57A 1C6EA 2D6BA 4B49A 1CKFA 5B59A 1REXA 4QDNA 109LA 1AKIA 1LHMA 4PRQA 1F6SA 4MSTA 4J1BA 1L43A 4H92A 4I7JA 4WLTA 3WUMA 1G7JC 1GEZA 201LA 5LYMA 2EKSC 5APDA 5I4XA 1GBWA 2F32A 1DI3A 1XGPC 4W54A 1C6AA 1OUFA 1LJIA 1LHIA 3V2WA 145LA 3EBAB 4WM3A 5E4PA 200LA 1OVJA 1VDTA 1GB8A 1INUA 1P2LA 4OOTA 1HEWA 1LZTA 4II8A 3WMKA 3WW5A 4YX7C 3IJVA 1H87A 3LZTA 3NY9A 2ZYCA 215LA 1LSCA 1CKGA 3W6EA 4WLDA 1L84A 4Z46A 1WQPA 1REYA 140LA 197LA 3LYZA 2YDGA 1HC0A 166LA 1AM7A 1LSDA 148LE 112LA 5B07A 1LHJA 2A7DA 1DQJC 4OWHA 1RJCB 205LA 1L25A 1I56A 4DDAA 1I20A 1L18A 1BWIA 196LA 3A3RX 1HERA 1C6JA 119LA 4RLNA 3TMXA 1GB5A 1LTMA 4TWSA 4B4IA 5I5QA 2H9KA 5ILFA 3RT5X 3A96A 1GFJA 1KIPC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LYM A;  2FYD A;  3TMX A;  1G7I C;  2BQA A;  3GXK A;  3W6B A;  3AW6 A;  4NGL A;  1A4V A;  1IP1 A;  5APF A;  2YBL A;  3HBE X;  4M6D A;  3AYQ A;  2HUB A;  1TDY A;  3W6F A;  3KAM A;  135L A;  3N9A A;  1JIS A;  3FE0 A;  3OJP A;  4GCE A;  1UBZ A;  1C45 A;  1JEF A;  3B72 A;  1GAY A;  1JTO L;  3W3E A;  3OK0 A;  4WM5 A;  3BKV A;  2DQH Y;  1HFY A;  3WPK A;  1NWG A;  4OWA A;  3TXE A;  5F9X A;  5KXP A;  1LZ6 A;  4ETD A;  1XGQ C;  1HSX A;  3WXU A;  3TMU A;  4ETC A;  2HU1 A;  3WU9 A;  1N4F A;  1WQM A;  5B1G A;  4DWX A;  3G3A B;  4ZFP A;  4OWE A;  1WVU A;  4H90 A;  5KJ9 A;  4XJB A;  1WVV A;  5KKJ A;  3BKH A;  3AJN A;  2YBM A;  2YBN A;  1OUB A;  2VB1 A;  4NHI A;  1GWD A;  5KXW A;  1LJ4 A;  1JJ3 A;  1GE2 A;  1IOT A;  1V7T A;  1LHL A;  1GPQ C;  1LSE A;  1LJH A;  2CJL A;  3ATN A;  1BWJ A;  1CJ6 A;  3AZ4 A;  3LN2 A;  4I8S A;  2BQJ A;  1GHL A;  4ETE A;  154L A;  1ZMY L;  132L A;  3TXD A;  1QQY A;  4OWC A;  5LAF A;  1GBO A;  1LSY A;  4YEO A;  4N1E I;  4R6C A;  4NGO A;  4WLY A;  3TMV A;  2BQC A;  1HHL A;  3WUA A; 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 1HEP A;  4OW1 A;  3WL2 A;  5HNC A;  1G7H C;  4RW1 A;  5KXR A;  1BVK C;  4IAS A;  5ILC A;  1LZS A;  1QTK A;  4MCK A;  4DD0 A;  4KL7 A;  1CJ8 A;  4LYO A;  4LYM A;  1LZ8 A;  1QSW A;  1YIK A;  2HTX A;  3AB6 A;  1UIE A;  1IWU A;  4YEM A;  4H9F A;  3MGW A;  1GE3 A;  2F2N A;  5KXK A;  4NSH A;  1JKD A;  1PZY A;  3LHM A;  1GFK A;  4N0J A;  4WLX A;  4H1P A;  1LSA A;  2YSS C;  4ETB A;  1QIO A;  1CJ7 A;  4XJI A;  1HSW A;  1XEJ A;  4I0C A;  4CFP A;  2RSC A;  1B7S A;  1GD6 A;  1GE0 A;  1ZV5 L;  2HU3 A;  2Z39 A;  4FJR A;  4XJG A;  4DD2 A;  3HBD A;  3M18 B;  3TXH A;  4NGV A;  2DBT A;  4B1A A;  1GB3 A;  4NGJ A;  4OOO A;  4WM4 A;  2IHL A;  1VDQ A;  3WPL A;  2HED A;  4KT3 A;  4ETA A;  5APC A;  3A92 A;  5APE A;  4H94 A;  1IC4 Y;  3J4G A;  1FKV A;  2D4I A;  4BAD A;  4IAT A;  1GXX A;  1LYS A;  5FEK A;  4LT1 A;  4DD3 A;  1F0W A;  1GB7 A;  1T6V L;  2EQL A;  4H8X A;  1BB4 A;  1IWY A;  2BQL A;  1TAY A;  2LYZ A;  5DL9 A;  1VED A;  4H93 A;  4IJ4 A;  5F16 A;  133L A;  1IP2 A;  1GFE A;  1HMK A;  2LZT A;  1DI4 A;  1LMC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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