1LMNA

The refined crystal structure of lysozyme from the rainbow trout (oncorhynchus mykiss)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Oncorhynchus mykiss
publication title Refined crystal structure of lysozyme from the rainbow trout (Oncorhynchus mykiss).
pubmed doi rcsb
molecule keywords RAINBOW TROUT LYSOZYME
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmnA00
3AW6A 2IFFY 1AT6A 1LYZA 1LSZA 2I25L 4N1CC 5HQ1A 1GDXA 3N9EA 3B0IA 1DKJA 4H9HA 1LAAA 4WM3A 1BVKC 4YEOA 7LYZA 1VATA 4O34A 4LYCA 1JKAA 1LHIA 1W6ZA 4LFXA 4X3BA 4ETDA 1JSEA 4QDNA 1BQLY 5LXWA 1YAOA 5I5QA 5B1FA 1IWTA 1KIQC 2ZYPA 5F16A 3TXIA 1MLCE 1GBXA 1ZVHL 4HP0A 1GXV2 2Z2FA 1XFPL 2W1MA 1IY3A 2LHMA 194LA 2BQCA 4XADA 3TMVA 3W6FA 1QUSA 1J1PY 1VAUA 1LHJA 1I1ZA 5ILCA 1NWGA 4B4JA 2Z12A 2YVBA 4KXIA 5B59A 1VDTA 2EPEA 2YBHA 4NGKA 1LZGA 1UIDA 4G4CA 5DM9A 1FKVA 5B07A 5KXXA 1CKHA 1UC0A 1WQMA 4WLDA 2XTHA 1IX0A 5F81A 3WXTA 4W96A 6LYZA 1FLQA 5LINA 2BQAA 4NGZA 4G4HA 4CFOA 1IY4A 1GEZA 4Z98A 5L3HA 2BQEA 5HNCA 1CNSA 5DN5A 1BB7A 4N0JA 1UACY 1IEEA 5APCA 1G7JC 1LYSA 1EL1A 4OWBA 2Y8PA 3TMXA 5LVJA 2HECA 2D6BA 4XJHA 3TXBA 4C5FA 4FJRA 1G7HC 1IC7Y 1LZSA 1JUGA 4HJZA 5L9JA 2H9KA 1KXWA 1IWVA 4WL7A 1QUTA 4CFPA 1HFZA 1A4VA 3WVYA 1GE3A 4MSTA 4DDAA 4GN4A 1OP9B 5ILFA 1V7SA 3KAMA 1VFBC 4TWSA 1JEFA 4YF2A 5LVIA 2BLYA 1C10A 4QEQA 3AW7A 3GXKA 4LYZA 4WL6A 3WU9A 3WVXA 1LSGA 2BQOA 5LA8A 4MR1A 5I4WA 1LZBA 1JSFA 3B6LA 5II3A 3G3AB 1IWUA 1BWHA 4UWNA 1YILA 4OWAA 3WPJA 2CGIA 2DBTA 2LYZA 2BQGA 3W6DA 1XGPC 5LVGA 1LSPA 3CT1A 4NHQA 4C3WA 4TTDA 1UIAA 1JKCA 1IORA 2FBDA 3WUMA 4PRUA 1HENA 2MECA 2XBSA 4J1AA 1HF4A 4OOTA 2ZQ3A 4HJVA 1YL0X 1DI5A 4ETAA 3A92A 134LA 1CJ9A 1VDQA 3TXKA 4AXTA 4LGKA 1LJKA 4NFVA 3LZ2A 1NQIA 4NGYA 1B5ZA 2HEAA 2EKSC 1IC5Y 4P2EA 1D0KA 1QDTA 1HELA 1NKHA 1JTTL 1GFGA 4NIJA 1BWJA 1B5XA 1LZYA 4DC4A 1GB3A 1GB2A 1IP1A 1LOZA 2FYDA 3HBHA 3LHMA 4WM6A 1LMTA 1LZ9A 1LKRA 1REZA 2LYMA 2ZNXY 3A3RX 1VDPA 3AZ4A 1HNLA 4GCFA 1GAZA 2B5ZA 3A34A 4LZTA 4UWUA 2X0AA 1GB0A 2BQFA 5KY1A 5F9XA 2CWIA 1RFPA 1IP3A 2BLXA 5C6LA 1YAPA 1NDGC 1B9OA 2F4AA 193LA 3F6ZA 4HTNA 2G4QA 3WYHA 1CKGA 1XGTC 1VDSA 2HTXA 2YBNA 3E3DA 3A6CY 4HTKA 4GLAA 1LJHA 3TXJA 1LZ6A 1BHZA 5KXLA 4Z41A 3WUAA 3WUNA 5KKIA 1MELL 1NF5A 1LZ5A 2Z18A 3LYZA 5E4PA 3WPLA 3T36A 1B7MA 3AZ6A 1AM7A 5HLLA 3EXDA 4GCDA 2A7FA 4ETBA 1GE1A 3FE0A 2DQCY 4FDYA 2EIZC 2LYOA 2MEIA 5KXTA 2HEBA 2HUBA 1B5YA 2HU3A 1QTKA 2HEFA 4LT2A 5FEKA 1FLWA 1LZAA 4DDCA 2EQLA 4NGVA 1A2YC 5D5CA 1D6PA 3P64A 1LSNA 1W08A 3A6BY 4LT1A 3WL2A 4PGJB 4B49A 1IC4Y 5DLAA 2W1LA 4ZEEA 1HEQA 3WU7A 4GCCA 1JITA 3IWRA 4XYYA 4TSCA 4G4BA 4ETEA 1LJ4A 1LZ1A 2F2NA 4ZIXA 1GPQC 1LYYA 2BQKA 4DT3A 1JJ3A 5C6IA 1BB5A 1OUIA 4I0CA 4RW2A 5M1YA 3BKHA 1UIBA 3M18B 1FN5A 4NSHA 2D4JA 1LZNA 3ATNA 1HHLA 5KXZA 4B4IA 5HMVA 3A94A 1LMPA 4NSGA 3AGIA 3WULA 1VEDA 1GHLA 4XJGA 5FDJA 1B7SA 5LAGA 1IR7A 4NSIA 1LMCA 1GB8A 2BPUA 1BWIA 1F0WA 1GBSA 4HV1A 1GFHA 1EQEA 1IR8A 1TCYA 3LYMA 5DL9A 4DD3A 4G9SA 1UIFA 4J1BA 1C43A 1LSEA 4R6CA 4WMGA 4LYOA 3ULRA 1LZCA 1OUHA 1KXXA 4GCBA 4XJBA 4CHXA 2DQFC 5JENB 1REMA 3W6AA 3CSRA 2FYCA 1INUA 2D4IA 3HFMY 1GF9A 1IIZA 4XN6A 3BKVA 1B7NA 1H87A 1LJ3A 4CGEA 1BGIA 2H9JA 1NDMC 1T3PA 1IOCA 1LTMA 4LYTA 2ZQ4A 4PHIA 1LMQA 2Z37A 1FLUA 4QGZA 3OJPA 4WO6A 4WLYA 4I8SA 4XJIA 3WU8A 3AZ7A 3A3QA 1SQ2L 5APDA 2BQNA 4OWCA 4RLNA 1C46A 1XSFA 4AGAA 1KIPC 1LJIA 1LZRA 1LMNA 5A3ZA 1UUZC 4WLTA 153LA 1LCNA 1B7RA 2Q0MX 1I56A 5KJ9A 3A67Y 1B5VA 5IDDA 1JIYA 4WO9A 4ML7A 1GF8A 2ZIKA 1C08C 1QSWA 3W6BA 4G49A 2ZWBA 1XGUC 2A7DA 4QY9A 2YBMA 4DD2A 1G7LC 3FI7A 4PRQA 1JTOL 3TMWA 1LYOA 4H93A 4NGLA 1IP5A 3A90A 5IHGA 1CJ8A 1NBZC 4ETCA 1LZEA 3QY4A 1JHLA 2W1XA 3CSZA 2C8OA 3SP3A 4XJDA 1OUBA 4DD1A 3AGHA 4H94A 1C45A 4LT0A 3CSQA 3W6EA 3WPKA 4DD7A 1IOSA 1GB6A 5D5FA 3GXRA 5KXOA 1EQ4A 1YKXX 1FLYA 4NHTA 4J7VA 4ET9A 1IP6A 3CQLA 4N1EI 3WMKA 1TBYA 1QQYA 4HPEA 1HEMA 1HERA 1HEPA 3A93A 3P68A 1IWZA 4H90A 4HSFA 3W3EA 2I26L 4DYGA 4H9FA 1G7MC 4EOFA 1EQ5A 1PS5A 2IHLA 2MEGA 5K7OA 3EBAB 1LHHA 3M3UA 1LJFA 5LYZA 1LHMA 4NSJA 1BVXA 4DD0A 1G7IC 4Z46A 5KXRA 2DQJY 1HFYA 2BQIA 1GE0A 3B0KA 2RSCA 2BQJA 3B72A 4H8XA 4R0FA 1DZBX 1LZ4A 1UIEA 4XJFA 2ZIJA 1B7LA 1DI4A 4WM2A 4CJ2A 1NBYC 1YKYX 1GFTA 3RZ4A 1FDLY 4WM4A 4H9IA 1DPXA 4WM1A 1WQNA 4B1AA 2MEDA 4DD9A 1UA6Y 1LJEA 5KXKA 4IATA 5APEA 1HEWA 1YANA 2AUBA 2W1YA 2BQHA 1B5UA 1O23A 1QTEA 2FBBA 4WOAA 8LYZA 1GB7A 1RE2A 1GFVA 5KXSA 1YAMA 1CKCA 4GLVA 1OUCA 4D9ZA 5LAFA 2LZ2A 3TXGA 5LA5A 1IWWA 3AB6A 1GFUA 1GE2A 1GE4A 1WQOA 3K3TA 1DQJC 5L3IA 3AJNA 4RDSA 1GF4A 3LYOA 1UIHA 4ET8A 3OK0A 1KIRC 1NMMA 2MEFA 4NHSA 2C8PA 4OOOA 4WG7A 3LN2A 4DDBA 4MCKA 2F4GA 1IO5A 5HMJA 1YROA 1DKKA 1LZDA 4KL7A 5FELA 4NGOA 1YL1X 4ZFPA 1GBZA 4NG8A 5KXYA 1B2KA 1H6MA 1QIOA 3D9AC 4NHPA 4U3XB 4H92A 5DN4A 4H8YA 1B7PA 3A95A 1GB5A 5J7CA 4J0LA 1JKBA 1WVVA 1B7QA 1IWXA 1B0DA 5FSTA 5LYMA 1V7TA 4IASA 3J6KA 5KXPA 3TXEA 4TX7A 1RCMA 1F6RA 1BB3A 1LKSA 2D91A 3WW6A 1GXXA 1IVMA 3RU5A 1GFKA 4EMNA 1IOTA 5B1GA 1IOQA 1GF6A 1XEIA 1REXA 1CKFA 1D9UA 2MEBA 4TSBA 5IELA 4OWHA 1GFJA 2PC2A 1JPOA 2Z38A 1HC0A 1RI8B 2N5ZA 2G4NA 1TEWA 3TXDA 1WQRA 4NWEA 4B4EA 208LA 3A91A 2BQBA 4YM8A 1LZ8A 1LSBA 1XGRC 3HBEX 4HJYA 5KXWA 4HV2A 1I20A 2CJLA 2H5ZA 4H9AA 1LSAA 1GBYA 1YIKA 1IWYA 4GN5C 1XEKA 1E8LA 5B06A 3P65A 4M6DA 1NHEA 1REYA 1WTNA 1LHKA 2BQLA 4WLXA 207LA 5EBHA 5LVKA 5E9RA 4N8ZA 3HBDA 1UICA 3WW5A 5F14A 1OQMA 1BB4A 2ZYCA 2DKVA 3CT5A 3EMSA 1GBWA 4Z3MA 2DQAA 5I4YA 3LZTA 3B0OA 3D3DA 2GV0A 3LYTA 1GWDA 1HMKA 3CB7A 4OWEA 2CDSA 3T6UA 3IJVA 4H8ZA 3QNGA 4BADA 1GD6A 3WH1A 4BAPA 3J4GA 2MEAA 1CJ6A 2ZNWY 4H1PA 4TUNA 3W6CA 5LIOA 1IR9A 1F10A 1OUEA 1OUGA 2YBJA 2YSSC 4NGIA 1ALCA 4NY5A 4BAFA 5C6JA 4W94A 1LPIA 1AT5A 1LMAA 1LHLA 1OUFA 3N9CA 4H9CA 3TXFA 4KPMA 1HFXA 1C7PA 2YBIA 2G4PA 3RW8A 3EO5A 2F30A 2XJWA 1N4FA 4HTQA 4II8A 1SLYA 3RNXA 1D6QA 1HEOA 4ANRA 2MEHA 1JISA 1J1OY 3QE8A 133LA 5A3EA 3AZ5A 1GFAA 1B7OA 1LSYA 135LA 2HEEA 1BB6A 1XGQC 2XBRA 2YDGA 1QSAA 1RJCB 1ZMYL 2Z19A 5FHWA 3AGGG 1PZYA 4RW1A 1LMOA 4IJ4A 1TDYA 4N9RA 1GB9A 1KXYA 3N9AA 4NG1A 2BQDA 1F6SA 4H9BA 2Z2EA 3ZVQB 1UCOA 1ZVYB 1LJGA 2DQEY 1D0MA 1FBIX 5F9UA 3ZVQA 9LYZA 1LSMA 1GDWA 4OW1A 1GFEA 1P2CC 4PPOA 3AYQA 5FCPA 1LSDA 1XEJA 2NWDX 1WQPA 4KT3A 2YBLA 4LYBA 2Z39A 3RT5X 1JWRA 1TAYA 4DWXA 4M4OA 6LYTA 5HNLA 2MEEA 2VB1A 1AKIA 1LJNA 4UWVA 4YEMA 4A7DA 1YQVY 5I54A 5KKJA 154LA 4HPIA 1IP2A 1GF0A 4NHIA 4LFPA 1YAQA 1LJJA 5LYTA 1DI3A 1LZTA 4L41A 2DQDY 3WXUA 4E3UA 3G3BB 2LZTA 1GAYA 3IJUA 1HSWA 2ZILA 5I53A 1CJ7A 1LSFA 2HU1A 1YKZX 2D4KA 1UIGA 4GN3A 1WQQA 132LA 4H9EA 4LT3A 4YENA 4XENA 2WARA 1HSXA 1D0LA 5KXNA 4WM5A 1DXJA 1IP4A 3MGWA 2DQIY 1Z55A 1UBZA 1B5WA 4LYMA 1GBOA 3A8ZA 4B0DA 1GF7A 1OUAA 4NWHA 5LVHA 4NGJA 1ZV5L 2I6ZA 1HMLA 1JJ0A 3ATOA 4N5RA 1LSCA 2BQMA 1GEVA 5B05A 3VWOA 2HEDA 1CKDA 1T6VL 5APFA 1JTPL 3TXHA 5AMYA 3TMUA 4BS7A 1GFRA 4NEBA 2BAAA 4RLMA 1WVUA 4PJ2C 5T3FA 4NGWA 3CT0A 5I4XA 1WTMA 4GCEA 1IP7A 1AZFA 1JJ1A 1GF5A 2DQHY 3ZEKA 4WG1A 1OUJA 1QDRA 1JKDA 1J1XY 2DQGY 3A96A 5KXMA 1DPWA 3P66A 3P4ZA 4YOPA 4H91A 1GF3A 1OUDA 1FKQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
222LA 109LA 253LA 4H9HA 1C6FA 1BVKC 1VATA 4O34A 1L57A 1L74A 1W6ZA 4X3BA 4QDNA 1BQLY 1YAOA 1KIQC 1MLCE 3GUIA 2LHMA 3HTGA 3OE9A 145LA 196LA 1NWGA 5B59A 2YBHA 1UIDA 2HUKA 3GUOA 5KXXA 218LA 1CX6A 1IX0A 5F81A 151LA 156LA 4NGZA 1L25A 4G4HA 1IY4A 1GEZA 4Z98A 5L3HA 1CNSA 138LA 1LYSA 1EL1A 4OWBA 4XJHA 1IC7Y 1JUGA 4DQ7A 1KXWA 7LZMA 4WL7A 4CFPA 1SWZA 4I7KA 1GE3A 4GN4A 5ILFA 3KAMA 1VFBC 4TWSA 4ARLA 4YF2A 3AW7A 3WU9A 4WL6A 1P6YA 2A4TA 5LA8A 1LWKA 2OEAX 5I4WA 1C69A 1BWHA 1YILA 3WPJA 1L60A 2DBTA 1XGPC 4NHQA 2CUUA 1UIAA 1JKCA 2FBDA 2XBSA 1HF4A 2ZQ3A 1DI5A 3A92A 3LZ2A 1CX7A 1D0KA 1JTMA 1QDTA 4NIJA 1JTTL 1B5XA 3DMVA 6LZMA 1SX2A 2FYDA 3LHMA 1LMTA 3A3RX 1LKRA 2LYMA 1QSBA 3AZ4A 4GCFA 1GAZA 3A34A 4UWUA 2BQFA 2CWIA 2Z6BA 2OE9X 1IP3A 3DN8A 1C64A 1SSYA 1CKGA 2HTXA 1I6SA 3A6CY 3HTDA 2B6TA 3WUNA 5KKIA 1NF5A 5E4PA 1B7MA 1L38A 1L14A 3AZ6A 3C82A 1L0JA 3DN1A 1AM7A 5HLLA 2A7FA 4ETBA 2HUMA 4PK0A 4LT2A 1C6EA 5FEKA 1CU5A 1LZAA 3P64A 1LSNA 2O79A 4ZEEA 1HEQA 2HULA 4GBRB 210LA 4XYYA 4TSCA 4G4BA 1L64A 1GPQC 1JJ3A 4RW2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AW6 A;  2IFF Y;  1AT6 A;  1LYZ A;  1LSZ A;  2I25 L;  4N1C C;  5HQ1 A;  1GDX A;  3N9E A;  3B0I A;  1DKJ A;  4H9H A;  1LAA A;  4WM3 A;  1BVK C;  4YEO A;  7LYZ A;  1VAT A;  4O34 A;  4LYC A;  1JKA A;  1LHI A;  1W6Z A;  4LFX A;  4X3B A;  4ETD A;  1JSE A;  4QDN A;  1BQL Y;  5LXW A;  1YAO A;  5I5Q A;  5B1F A;  1IWT A;  1KIQ C;  2ZYP A;  5F16 A;  3TXI A;  1MLC E;  1GBX A;  1ZVH L;  4HP0 A;  1GXV 2;  2Z2F A;  1XFP L;  2W1M A;  1IY3 A;  2LHM A;  194L A;  2BQC A;  4XAD A;  3TMV A;  3W6F A;  1QUS A;  1J1P Y;  1VAU A;  1LHJ A;  1I1Z A;  5ILC A;  1NWG A;  4B4J A;  2Z12 A;  2YVB A;  4KXI A;  5B59 A;  1VDT A;  2EPE A;  2YBH A;  4NGK A;  1LZG A;  1UID A;  4G4C A;  5DM9 A;  1FKV A;  5B07 A;  5KXX A;  1CKH A;  1UC0 A;  1WQM A;  4WLD A;  2XTH A;  1IX0 A;  5F81 A;  3WXT A;  4W96 A;  6LYZ A;  1FLQ A;  5LIN A;  2BQA A;  4NGZ A;  4G4H A;  4CFO A;  1IY4 A;  1GEZ A;  4Z98 A;  5L3H A;  2BQE A;  5HNC A;  1CNS A;  5DN5 A;  1BB7 A;  4N0J A;  1UAC Y;  1IEE A;  5APC A;  1G7J C;  1LYS A;  1EL1 A;  4OWB A;  2Y8P A;  3TMX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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