250LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVATKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 250lA00
242LA 161LA 2CUUA 163LA 1L31A 3DMXA 3EMLA 178LA 1C6AA 3SB5A 1C6PA 4DKLA 1L76A 1L80A 1C6BA 162LA 1L05A 3C80A 1XJTA 1T8AA 1OV5A 3DN2A 1L53A 1L64A 2OE9X 3FI5A 4IAPA 2QARC 1L55A 238LA 3LZMA 246LA 7LZMA 1LWKA 229LA 176LA 128LA 1L66A 4ARQA 150LA 1DYBA 4I7LA 158LA 1L12A 250LA 2RAZX 2Z6BA 1L69A 3DN1A 1L70A 103LA 200LA 3CDTA 3GUNA 4YXAC 1D3NA 3HUQA 260LA 4ARMA 3GUMA 226LA 217LA 4W57A 1CV1A 1L82A 4E97A 109LA 1QTHA 3HTFA 6LZMA 1LI2A 1L79A 1L02A 1L35A 1QSQA 3SB8A 1C6CA 1SSYA 2B75A 127LA 1C6IA 4ZPUA 3SBAA 3UONA 1L47A 122LA 1G1VA 1L83A 1L65A 3HU8A 3GUIA 3OE8A 1L14A 181LA 210LA 1L15A 1QTCA 1DYFA 140LA 4GBRB 3FA0A 130LA 111LA 157LA 139LA 1I6SA 2Q9EA 2B6WA 1L17A 141LA 1L43A 199LA 4ARQB 137LA 4EKSA 1DYDA 2RBQA 3NY8A 3C7YA 3DKEX 1OVJA 1P56A 1LW9A 3ODUA 220LA 218LA 4ARMB 1C6KA 3HT8A 1K28A 4I7OA 2B72A 4I7QA 1L39A 1L29A 3C83A 1SX2A 3C81A 1P2LA 1CV6A 1L50A 1L40A 1P37A 3SB9A 3HDEA 1QUGA 1T6HA 2OEAX 232LA 2RBPA 4W53A 4AQNA 1CU3A 3HWLA 3C7WA 1L93A 1QT5A 2RBNA 1LLHA 1C68A 3V2WA 3GULA 1CU0A 2HUMA 3GUOA 197LA 160LA 4EPFA 1QT4A 1LWGA 3HDFA 215LA 3HH5A 2QB0B 2O4WA 221LA 1P46A 171LA 2B73A 1C6DA 2LC9A 1P36A 2B74A 1D3JA 254LA 102LA 1LYHA 1C66A 1C65A 1L98A 1P3NA 1ZYTA 1QS5A 1L59A 131LA 1L73A 1PQOA 4W56A 1L26A 1P5CA 1L30A 3CDRA 1L61A 1DYGA 1L34A 1L99A 1LGUA 1P7SA 1OWYA 1QTZA 1T97A 3C8RA 1L00A 1D2YA 1WTHA 173LA 3JR6A 1D3MA 1C6EA 2HULA 1C6LA 2RBOA 1CUPA 1L67A 2B70A 1C6HA 3C82A 240LA 3HUAA 3HT7A 1ZWNA 3QAKA 2LZMA 1L60A 2B6ZA 1L84A 184LA 1C6MA 1L44A 3K2RA 1L16A 2NTGA 4W54A 4I7RA 195LA 1DYCA 2OTYX 180LA 261LA 1DYAA 3G3VA 1L18A 1QT7A 4EKRA 1LYGA 1L23A 4GRVA 182LA 1L37A 3FADA 2B6XA 4LDEA 1L42A 156LA 1L94A 2NTHA 4I7SA 1CV3A 4I7KA 3GUPA 1CU2A 4OO9A 2RH1A 3PDSA 1C60A 1OWZA 1L77A 4EPIA 1L36A 1L52A 1L71A 1KY0A 3HT9A 189LA 1C6NA 2LCBA 169LA 146LA 174LA 1L96A 1L07A 1L95A 1LYEA 125LA 1OV7A 201LA 1G1WA 144LA 4YX7C 239LA 2B6TA 212LA 5LZMA 1CTWA 1L32A 138LA 1L54A 216LA 1L27A 4YXCA 3HTDA 5I14A 1LYDA 1QT3A 1TLAA 118LA 1LYFA 262LA 3C8QA 1PQMA 4EJ4A 1L46A 167LA 2RB2X 183LA 1L85A 2ANXA 3DN4A 2RBRA 104LA 172LA 1CX6A 224LA 4PK0A 1CUQA 151LA 1XEPA 1L22A 1C69A 3SB6A 1L97A 1PQDA 1KS3A 185LA 1KY1A 3DN3A 3D4SA 1QUDA 1C61A 4EKQA 236LA 258LA 1L28A 1EPYA 2ANVA 107LA 1QUHA 1D2WA 1L03A 1C6GA 1SSWA 1L63A 3G3XA 3SN6R 123LA 1QTDA 114LA 1C64A 228LA 1C6FA 3HH6A 1L72A 3L2XA 253LA 213LA 2Q9DA 3HUKA 233LA 4W52A 198LA 1L62A 1L45A 1LGWA 3L64A 1L13A 1OVHA 3HU9A 3DN6A 241LA 1QS9A 248LA 120LA 1LYJA 2O7AA 1B6IA 1L68A 205LA 1C6JA 1L21A 3NY9A 1L0JA 149LA 1L57A 1CU5A 2OU8A 110LA 1LGXA 1OYUA 1QUOA 1C67A 192LA 1T8FA 3C8SA 1ZURA 214LA 1C62A 243LA 1JTNA 255LA 223LA 3PBLA 1D9WA 1L09A 1L20A 1SWZA 142LA 256LA 4LDLA 2RB0X 4EXMA 143LA 1G0KA 225LA 2RB1X 3CDVA 2B6YA 1LI3A 1CV4A 170LA 2F32A 2RAYX 159LA 1P2RA 1G0GA 1P6YA 227LA 145LA 1L56A 1L41A 129LA 1CV0A 191LA 1QTBA 2OTZX 1L04A 1D3FA 126LA 4PJZA 148LE 1JQUA 1QT6A 3NYAA 3F9LA 1G0LA 1CV5A 1T8GA 3DN0A 234LA 3HH4A 1L88A 1L10A 2OU9A 1P64A 1L0KA 4ARPA 190LA 3HTGA 113LA 2OE4X 3DMVA 209LA 196LA 4DJHA 1L92A 3HT6A 1L25A 1LPYA 1L19A 112LA 4W59A 1G0MA 1L49A 4W58A 175LA 1L87A 168LA 3V2YA 1PQJA 1KNIA 2L78A 3OE0A 247LA 4I7TA 231LA 211LA 1PQKA 1SX7A 1C63A 230LA 4K5YA 1XJUA 3SBBC 164LA 1L06A 1L48A 1L91A 186LA 4I7MA 166LA 1L51A 4DAJA 1G0JA 4S0WA 235LA 1KW5A 1G0PA 3SB7A 4EKPA 2F47A 4W51A 1QT8A 1CVKA 1L24A 219LA 1CX7A 3G3WA 1L38A 222LA 1L33A 1C6QA 237LA 4ARLA 152LA 1L11A 1L89A 177LA 1QSBA 1G07A 1L75A 1CU6A 1QTVA 249LA 165LA 3F8VA 245LA 4I7NA 1L86A 4LZMA 3C7ZA 3RUNA 1SWYA 2OE7X 244LA 1L90A 4I7JA 3DMZA 3HH3A 2B7XA 4I7PA 147LA 1PQIA 1L74A 2F2QA 4W55A 251LA 259LA 1L01A 1KW7A 1C6TA 4LDOA 3DN8A 1DYEA 187LA 1G0QA 3DNAA 2OU0X 1G06A 1OVKA 252LA 2IGCA 188LA 2RBSA 155LA 3GUJA 115LA 2HUKA 119LA 3CDQA 3HTBA 1L08A 3OE9A 3RZEA 3VW7A 4ARJA 1LI6A 257LA 2O79A 3CDOA 3GUKA 1L58A 1L81A 2A4TA 108LA 1NHBA 1LYIA 1JTMA 3OE6A 206LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FYCA 4H8XA 163LA 4CHXA 3DMXA 1L76A 162LA 3C80A 1T8AA 4XJGA 4QY9A 1LJGA 1L55A 1YILA 3A91A 238LA 1WQPA 3A95A 4B49A 5J7CA 1UIHA 3CT1A 4TSBA 1BB3A 1L12A 6LYZA 1GBYA 1L70A 103LA 2I25L 4ETEA 1N4FA 1RJCB 4ARMA 3GUMA 1A4VA 4G49A 1V7TA 4XJHA 109LA 1QTHA 1L35A 1QSQA 1JHLA 4H8YA 1C6CA 1SSYA 5B07A 3SB8A 1FDLY 1G1VA 2BPUA 4PPOA 1GBOA 1L65A 3D3DA 4RLNA 140LA 2G4QA 1LHKA 157LA 4FJRA 1FN5A 1I6SA 1DYDA 2LHMA 4J1AA 1OVJA 2HU1A 3TXIA 1JJ1A 2XBRA 5LVHA 1C6KA 3QY4A 1KXWA 2CGIA 1L29A 2HECA 1SX2A 2DQHY 5DLAA 2ZQ4A 1HERA 1QUGA 2CJLA 2OEAX 3A96A 2LYZA 3C7WA 1L93A 4LYMA 1LLHA 2Z38A 5HNLA 1CU0A 3W6DA 2HUMA 3GUOA 2MEHA 4EPFA 1JKAA 2BLXA 215LA 5FELA 1I20A 4OWHA 1EQ5A 171LA 1KXXA 2C8OA 1YAPA 1P36A 1YAOA 254LA 3LHMA 4M4OA 4HPIA 1ZYTA 1GXXA 1GFEA 5HMJA 1QS5A 2Z39A 4NHSA 1LSCA 1L99A 4IASA 4CGEA 3C8RA 1D2YA 2F4AA 3JR6A 1GXV2 2HULA 2RBOA 4WM6A 2DBTA 3AZ6A 1F0WA 1GB2A 3HT7A 3QAKA 2LZMA 1DZBX 5I54A 1L84A 2C8PA 184LA 3A94A 4ETBA 4W54A 2BQOA 3GXKA 2OTYX 180LA 2N5ZA 5I5QA 3WU8A 1IP6A 4YF2A 1ZV5L 1QT7A 4H9IA 4E3UA 3TXKA 3A90A 5DN5A 5KXWA 4MCKA 4GRVA 4WM1A 1LSZA 3LYMA 3FADA 4TSCA 1LJFA 4Z98A 1BB6A 1LPIA 1L94A 2NTHA 1IWVA 4CFPA 1CV3A 1LZSA 5FCPA 1IOSA 4OWBA 3PDSA 2EPEA 1C60A 1NHEA 1OWZA 1L77A 4QEQA 1L36A 3TMUA 3HT9A 1UACY 1IWYA 1V7SA 1UA6Y 1LYEA 125LA 3B72A 1BQLY 201LA 3CSRA 3QNGA 4TWSA 3W6AA 2B6TA 1CTWA 138LA 1GEVA 2BQMA 3AB6A 4I8SA 1GAYA 1TLAA 118LA 1UIAA 4II8A 1XFPL 3LN2A 1OUEA 1GF7A 183LA 2D4KA 1HEWA 4PHIA 4WO6A 2RBRA 4ET8A 2EQLA 172LA 4DQ5A 2IFFY 4NGLA 4H9EA 4N1EI 4NHIA 1QUTA 185LA 2H9JA 3D4SA 3A6BY 236LA 1L28A 2ANVA 1IVMA 132LA 1D2WA 5I53A 1YQVY 1L03A 4PGJB 1L63A 3G3XA 3SN6R 1VAUA 1C64A 1JJ0A 1T6VL 3L2XA 253LA 5KKIA 1UIGA 233LA 4KPMA 3P64A 1INUA 1L13A 4NIJA 241LA 1QS9A 248LA 1L68A 205LA 3HBDA 1BVXA 1REXA 1HFXA 1CU5A 1HEPA 4HTNA 1GEZA 4B1AA 1JTNA 4Z46A 3PBLA 1GF5A 1L20A 1IWXA 142LA 3W6EA 1OUHA 2RB0X 4HPEA 3CDVA 2B6YA 1LI3A 2ZIKA 4WG1A 4LYTA 1BGIA 1G0GA 2A7DA 5KXRA 3A93A 1L41A 2F30A 129LA 5LA5A 3TXGA 1FKQA 4PJZA 1JQUA 1QT6A 1LZ1A 1JTOL 5KY1A 4H1PA 1CV5A 2DQCY 3DN0A 4ZEEA 2BQNA 1B9OA 1RFPA 2YVBA 196LA 1RCMA 1L25A 1OUJA 1IWUA 4W59A 1LSBA 175LA 2YBJA 3V2YA 1E8LA 1PQJA 5IDDA 1UIEA 1QUSA 4G9SA 1C63A 3M3UA 1XSFA 1KIPC 1OUGA 5HMVA 164LA 9LYZA 1OUCA 1LZ6A 5EBHA 3A3QA 5I4YA 166LA 4HJZA 1YKYX 4S0WA 4I0CA 235LA 2HEFA 1KW5A 1IC7Y 1YIKA 5FDJA 1MLCE 2ZYPA 4XADA 5LYTA 4H93A 1G07A 1CU6A 249LA 165LA 3F8VA 1FLQA 4I7NA 1TAYA 1L86A 1JKCA 1GD6A 4WL7A 2BQFA 1HMLA 1B7OA 2F2QA 4NG1A 4W55A 1B5UA 1H87A 259LA 1KW7A 1LKSA 4WL6A 187LA 3RZ4A 1IY3A 3W3EA 1JISA 4GLVA 1BHZA 1HFYA 1LZ9A 115LA 119LA 2H9KA 3VW7A 3OE9A 2LYMA 1UUZC 2O79A 3CDOA 108LA 1IEEA 1LYIA 1W6ZA 206LA 3FI7A 2BQHA 3WUMA 178LA 1GFHA 208LA 4OOOA 1XJTA 3AZ7A 1REZA 2QARC 5D5FA 5KXPA 1LZ8A 3LZMA 4NGZA 1GFRA 229LA 176LA 1LSNA 1T3PA 3ATOA 1HC0A 3A3RX 2EKSC 1GDXA 3DN1A 1IOTA 5E4PA 2B5ZA 3CDTA 3GUNA 4YXAC 3IWRA 3TXHA 4E97A 1L82A 4PRUA 1L02A 1XGRC 4ZPUA 3SBAA 3TMVA 1EL1A 1L47A 122LA 1GE4A 3A34A 1JWRA 5KXYA 1IP5A 1VDTA 1L15A 1DYFA 1D6PA 130LA 2I26L 2Q9EA 2B6WA 4EKSA 4TUNA 4DYGA 1FLUA 1P56A 218LA 3WVXA 2W1XA 1JIYA 3W6FA 4ARMB 1LSAA 5DL9A 1GFTA 1GAZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FYC A;  4H8X A;  163L A;  4CHX A;  3DMX A;  1L76 A;  162L A;  3C80 A;  1T8A A;  4XJG A;  4QY9 A;  1LJG A;  1L55 A;  1YIL A;  3A91 A;  238L A;  1WQP A;  3A95 A;  4B49 A;  5J7C A;  1UIH A;  3CT1 A;  4TSB A;  1BB3 A;  1L12 A;  6LYZ A;  1GBY A;  1L70 A;  103L A;  2I25 L;  4ETE A;  1N4F A;  1RJC B;  4ARM A;  3GUM A;  1A4V A;  4G49 A;  1V7T A;  4XJH A;  109L A;  1QTH A;  1L35 A;  1QSQ A;  1JHL A;  4H8Y A;  1C6C A;  1SSY A;  5B07 A;  3SB8 A;  1FDL Y;  1G1V A;  2BPU A;  4PPO A;  1GBO A;  1L65 A;  3D3D A;  4RLN A;  140L A;  2G4Q A;  1LHK A;  157L A;  4FJR A;  1FN5 A;  1I6S A;  1DYD A;  2LHM A;  4J1A A;  1OVJ A;  2HU1 A;  3TXI A;  1JJ1 A;  2XBR A;  5LVH A;  1C6K A;  3QY4 A;  1KXW A;  2CGI A;  1L29 A;  2HEC A;  1SX2 A;  2DQH Y;  5DLA A;  2ZQ4 A;  1HER A;  1QUG A;  2CJL A;  2OEA X;  3A96 A;  2LYZ A;  3C7W A;  1L93 A;  4LYM A;  1LLH A;  2Z38 A;  5HNL A;  1CU0 A;  3W6D A;  2HUM A;  3GUO A;  2MEH A;  4EPF A;  1JKA A;  2BLX A;  215L A;  5FEL A;  1I20 A;  4OWH A;  1EQ5 A;  171L A;  1KXX A;  2C8O A;  1YAP A; 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