228LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVAQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 228lA00
1L47A 1LGUA 3OE0A 190LA 4PK0A 3HUKA 243LA 1C6LA 1QTCA 2RBSA 1OYUA 3PBLA 125LA 3EMLA 1C6GA 3L64A 1L08A 161LA 3C7ZA 2O7AA 1L14A 4W51A 1QTHA 4ZPUA 1L00A 1L05A 4YXAC 1CU0A 1QUOA 219LA 1L71A 1OV7A 1C6KA 1D9WA 1LYHA 1B6IA 1P7SA 165LA 1QS9A 3V2WA 1CX6A 1C6NA 1L75A 256LA 1L42A 1L49A 1L67A 2O79A 3SB6A 1G0GA 1L43A 1NHBA 3LZMA 1LYGA 4W54A 216LA 169LA 4ARLA 4EKRA 3GUIA 2HUKA 3DN2A 1C65A 102LA 1LWGA 3VW7A 180LA 1DYBA 2B70A 3DN3A 2OE4X 2B75A 2CUUA 1KW7A 4DJHA 3L2XA 1LI2A 1L35A 3C8QA 1KNIA 1L97A 2OTZX 2LC9A 183LA 1QTBA 1C6TA 1C60A 195LA 1G0QA 2B74A 119LA 1L77A 4W59A 1L66A 1WTHA 160LA 1L13A 1L59A 3GUMA 144LA 1ZWNA 126LA 2HULA 232LA 4S0WA 201LA 1XJTA 3NYAA 158LA 1L38A 3HU9A 122LA 3HTFA 3GUNA 1L18A 212LA 1PQKA 1SX7A 2A4TA 1T8FA 206LA 3CDTA 1P37A 1L28A 1L04A 4I7PA 1L60A 168LA 152LA 1ZURA 217LA 113LA 2OE7X 2OU8A 151LA 3HTGA 3DMXA 3RZEA 1C68A 1QUDA 1L55A 4PJZA 1P6YA 1L82A 156LA 1L65A 2RBPA 3QAKA 1QSBA 3HH3A 3PDSA 155LA 3DNAA 3HH5A 1C6QA 104LA 1G0PA 257LA 3HDEA 112LA 214LA 244LA 1C69A 1K28A 1XJUA 2B73A 211LA 4K5YA 1LYJA 2OU0X 220LA 3G3VA 3HU8A 3GUJA 1L74A 4I7JA 130LA 1C64A 3CDVA 4I7MA 1SWYA 181LA 1L51A 247LA 197LA 1G0MA 1L15A 1C67A 3NY9A 3HUAA 1L86A 3DN0A 4W58A 3HUQA 3DN6A 131LA 4OO9A 1L24A 4EJ4A 1LYDA 2F32A 3DN8A 1QT5A 3OE6A 129LA 1L17A 210LA 221LA 145LA 1L64A 1CV0A 3OE9A 2OU9A 1L41A 1L0KA 2L78A 3HH6A 1L90A 3F9LA 2RAZX 1L40A 1CV5A 4I7QA 2RB0X 251LA 3G3WA 1L84A 2RB2X 1LGXA 3JR6A 1L23A 218LA 123LA 4EXMA 1QT6A 259LA 1SSWA 3DKEX 143LA 3SBAA 4I7TA 1L44A 1L46A 1L20A 1L03A 182LA 246LA 3CDOA 4ARQB 1G0LA 187LA 1OV5A 103LA 1QT4A 231LA 163LA 2B6YA 1CUQA 2IGCA 2RBQA 1C66A 2B6TA 4W57A 1L02A 114LA 3HTBA 1L0JA 4ARQA 1CV3A 1QSQA 2OEAX 237LA 1L21A 1D2YA 3DN1A 1L50A 108LA 1CX7A 1L22A 3G3XA 2ANVA 3HWLA 3GUOA 2B6ZA 3C82A 199LA 1PQIA 1L32A 1SSYA 4DAJA 2LZMA 1L95A 3FA0A 1I6SA 147LA 1L72A 4YXCA 1CVKA 4W53A 1L09A 139LA 1C6JA 1L33A 1PQDA 1OVHA 230LA 261LA 7LZMA 170LA 172LA 2Q9DA 1L39A 2F47A 127LA 4AQNA 1L79A 1L68A 3HT7A 233LA 3RUNA 5LZMA 1SX2A 4LZMA 1L45A 1LWKA 1L70A 1KY1A 2ANXA 159LA 1T8AA 3HT9A 5I14A 1L61A 1PQMA 189LA 1OWYA 1L85A 1L93A 1L92A 166LA 1CTWA 3HDFA 1L99A 1PQJA 1C6EA 1LYIA 6LZMA 2RH1A 1L26A 2B72A 229LA 1OVJA 213LA 3C80A 1L98A 1L54A 1L30A 4I7LA 109LA 4DKLA 1P2LA 167LA 1C6CA 1LLHA 1ZYTA 1KY0A 2LCBA 3SB8A 3OE8A 2RAYX 205LA 238LA 175LA 1L34A 3D4SA 1QT3A 1G0JA 1PQOA 1C6DA 1L11A 2B7XA 4LDOA 1LPYA 4EPFA 226LA 1JTNA 1OVKA 3C7WA 1DYGA 1TLAA 2NTHA 1C6PA 1L27A 1L29A 157LA 2Q9EA 1L96A 1T97A 186LA 2OE9X 4I7RA 1DYAA 1L88A 3F8VA 1LW9A 1QTVA 3SB9A 3C83A 1L12A 1L19A 1L83A 1G06A 254LA 1CV6A 1XEPA 1QUHA 1L31A 4I7OA 1CU3A 191LA 150LA 137LA 227LA 260LA 1CUPA 107LA 3HT6A 1L91A 120LA 110LA 1KS3A 1QTDA 239LA 225LA 224LA 173LA 1C6BA 252LA 2O4WA 128LA 1L10A 1OWZA 1JTMA 148LE 1EPYA 2RBOA 1L80A 1C61A 1P3NA 1QT8A 4YX7C 1DYCA 1QTZA 242LA 3C8RA 4I7SA 262LA 4LDLA 1P46A 4EKSA 1QS5A 1G07A 1LYFA 1T8GA 1P2RA 245LA 3SN6R 171LA 1D3NA 1CU6A 115LA 3CDRA 149LA 1C6MA 223LA 4EKQA 198LA 142LA 1P36A 248LA 1C6IA 2F2QA 1SWZA 1G1WA 1LI6A 249LA 2HUMA 1L62A 241LA 1L69A 3NY8A 4W56A 2B6XA 1DYEA 1L89A 1L53A 4I7NA 4E97A 1CU2A 1P56A 188LA 1L57A 4W55A 3DMVA 3UONA 222LA 1C6FA 2QB0B 1C63A 235LA 1JQUA 4GRVA 3K2RA 146LA 253LA 1D2WA 1CV1A 178LA 2OTYX 140LA 1L36A 2NTGA 3HH4A 1CU5A 1L16A 1LI3A 236LA 141LA 1QUGA 2QARC 1DYFA 3DMZA 4EKPA 228LA 1L63A 3CDQA 4ARMB 1P64A 1L56A 4ARPA 2RBNA 164LA 3GUPA 200LA 3HTDA 2Z6BA 1D3MA 209LA 138LA 184LA 1KW5A 1QT7A 3C8SA 3ODUA 174LA 3FI5A 2RB1X 4ARMA 1L87A 196LA 250LA 1L58A 255LA 185LA 234LA 177LA 1L01A 4LDEA 3SB7A 1L25A 215LA 1LYEA 176LA 1C6HA 1L73A 240LA 2RBRA 4ARJA 1L52A 1CV4A 3GUKA 3GULA 4GBRB 111LA 1D3JA 1LGWA 1L48A 1P5CA 162LA 1L07A 3DN4A 1T6HA 192LA 1D3FA 1L06A 3C81A 4W52A 4EPIA 1G0KA 4I7KA 1C6AA 3V2YA 1L76A 1L81A 1L94A 3C7YA 118LA 3HT8A 1DYDA 258LA 4IAPA 2B6WA 3SB5A 3FADA 1C62A 3SBBC 1G1VA 1L37A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBWA 190LA 1YKYX 1T3PA 1GE4A 243LA 3RW8A 5M1YA 1QTCA 4G9SA 1C7PA 2RBSA 4TTDA 1LZ8A 4IASA 1IY4A 3C7ZA 1QTHA 1L00A 219LA 4UWNA 1IP7A 3WW5A 1C6NA 4NGZA 1L75A 256LA 3AW7A 1L42A 4LYZA 3LZMA 4W54A 1QQYA 9LYZA 1G7MC 1LWGA 3VW7A 180LA 1UC0A 4GCDA 2B75A 3ZVQB 5HNLA 5L9JA 1YILA 5LXWA 3TMUA 1KXWA 1L35A 1LSYA 2OTZX 1FBIX 4I0CA 1LYYA 4HTNA 4RW1A 1J1XY 4W59A 160LA 1L13A 207LA 4G49A 1D0KA 3W6AA 3NYAA 122LA 1JTPL 1MLCE 1CJ8A 1GEVA 212LA 1D9UA 2A4TA 3W6BA 206LA 1GBSA 4I7PA 3G3AB 2CJLA 5LYMA 1DPWA 113LA 1B7SA 2OU8A 1REYA 134LA 1L82A 5E9RA 156LA 2HU1A 2H9JA 2BLXA 155LA 1LKRA 2GV0A 1IP2A 1K28A 1W08A 2B73A 211LA 3K3TA 2DQEY 1GFVA 4OWEA 3CDVA 4NHSA 1IR8A 2BQOA 1L51A 247LA 3BKHA 3DN6A 4OOOA 1NKHA 4EMNA 1L24A 4EJ4A 3B0IA 3DN8A 3OE6A 4FJRA 1L17A 4H9HA 5F81A 1JKAA 4NHIA 3HH6A 2MEEA 4XJHA 1L90A 4I7QA 1FDLY 1L84A 3WVYA 4TSBA 4NHPA 4O34A 1SSWA 4WLYA 1BHZA 4I7TA 1L44A 2EPEA 2CWIA 182LA 4ARQB 1GBYA 1IOQA 163LA 4NGLA 1CUQA 5KXYA 4UWUA 1JJ3A 3P66A 4NEBA 1CV3A 1UIHA 1VDTA 1QSQA 4GLAA 5ILCA 1RCMA 1L21A 3G3XA 3GUOA 1PQIA 1L32A 1L95A 1D0LA 1LSZA 1I6SA 147LA 1L72A 4WM1A 1IVMA 1UIDA 3ULRA 153LA 1GE3A 4I8SA 139LA 5LAFA 1GB5A 1JKCA 5C6JA 1L33A 1PQDA 1OVHA 170LA 1YKXX 2Q9DA 1WQOA 1XEJA 1JSFA 4H8YA 1JEFA 4H9AA 1L68A 4GCCA 1BB7A 1VDQA 1F10A 3OJPA 1L45A 6LYZA 4LYMA 1KY1A 1GBOA 1YROA 2F4AA 3W6CA 2XBSA 1WVVA 3HDFA 1C6EA 1D0MA 1WQNA 2RH1A 2B72A 4DT3A 1OVJA 213LA 1AT6A 1BQLY 5KXOA 1L30A 4DKLA 3TMVA 1C6CA 1ZYTA 4XJDA 3OE8A 4U3XB 4LZTA 4NSJA 2H5ZA 1G0JA 1PQOA 1GWDA 3B72A 1H6MA 1A2YC 1L29A 4ETAA 4LYCA 2OE9X 4I7RA 4NGYA 1DYAA 2IFFY 1CV6A 2BQAA 4PRUA 4HPEA 4I7OA 1HF4A 1HELA 1CUPA 107LA 1GFEA 1B5VA 1B7PA 4EOFA 1IP6A 4R0FA 154LA 4MSTA 2ZIKA 2IHLA 3CT5A 1JTMA 1D6PA 1C61A 4ZIXA 3A95A 4B4IA 4WMGA 3CSQA 1QS5A 1T8GA 245LA 5I53A 1GDWA 4BADA 1NQIA 4DWXA 3CDRA 4EKQA 1C6IA 2F2QA 1SWZA 249LA 1WVUA 2WARA 1XFPL 2HEBA 5IELA 2YBIA 5LA5A 3NY8A 1DYEA 4HTQA 1L53A 4NY5A 4I7NA 3AB6A 1CU2A 2LZTA 4NGOA 5I5QA 1ZMYL 4PRQA 4W55A 3UONA 1QTKA 3B6LA 235LA 1BWIA 4B4JA 4DDAA 1D2WA 4LT0A 1CV1A 2N5ZA 2MEGA 4N1EI 1LJIA 1KXYA 1IP3A 4TUNA 1CU5A 3DMZA 141LA 1HHLA 3CSZA 4ARMB 4ARPA 3GUPA 1CNSA 200LA 2Z6BA 5I4YA 4QY9A 2DQJY 1ALCA 1QT7A 174LA 1YIKA 2DQDY 250LA 1G7IC 234LA 1V7TA 1XGQC 5B07A 3QNGA 4ARJA 1LHMA 4G4HA 1C45A 4ETBA 2YBHA 111LA 2DKVA 3P64A 2Z2EA 5F9XA 4ET9A 192LA 1D3FA 2Z39A 4EPIA 4I7KA 3WPLA 4DQJA 1HERA 1YAQA 3A3QA 3D9AC 2F30A 1LZRA 4IAPA 1HEOA 3SBBC 2HTXA 1L47A 1LGUA 4WLXA 2BQCA 1C6LA 1JHLA 1LPIA 1OYUA 4WLTA 2HEDA 3EMLA 5D5FA 1UIBA 4NGVA 4C3WA 5LVHA 5C6IA 1RFPA 4ZPUA 5B1GA 4TWSA 4YXAC 1B7QA 1OV7A 3CT1A 1C6KA 1QS9A 3V2WA 1CX6A 4HV1A 1GFGA 1EQEA 4M6DA 4YM8A 1G7LC 2O79A 1L49A 3SB6A 4KXIA 1F0WA 3GUIA 3DN2A 102LA 1TEWA 4N0JA 1DYBA 3DN3A 4NGKA 4H9FA 4NHQA 4IATA 3L2XA 1LI2A 1CKCA 3VWOA 1L97A 1IWYA 183LA 1QTBA 2LC9A 5DN5A 119LA 4NGWA 193LA 3GUMA 4NWHA 2HULA 2YDGA 201LA 4NFVA 3GUNA 1VATA 4ANRA 1SLYA 4MCKA 1IP5A 1SX7A 4WG7A 1T8FA 3CDTA 4WM3A 5I54A 1GB9A 4H9BA 4DDCA 5LAGA 1YQVY 1ZURA 1YAOA 2XTHA 4WM2A 1LJNA 3WVXA 3HTGA 3DMXA 3RZEA 1C68A 1L55A 4OWBA 4PJZA 1P6YA 3QAKA 1HFZA 3WMKA 104LA 1G0PA 3TXDA 5APEA 3HDEA 214LA 1IWVA 1XJUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBW A;  190L A;  1YKY X;  1T3P A;  1GE4 A;  243L A;  3RW8 A;  5M1Y A;  1QTC A;  4G9S A;  1C7P A;  2RBS A;  4TTD A;  1LZ8 A;  4IAS A;  1IY4 A;  3C7Z A;  1QTH A;  1L00 A;  219L A;  4UWN A;  1IP7 A;  3WW5 A;  1C6N A;  4NGZ A;  1L75 A;  256L A;  3AW7 A;  1L42 A;  4LYZ A;  3LZM A;  4W54 A;  1QQY A;  9LYZ A;  1G7M C;  1LWG A;  3VW7 A;  180L A;  1UC0 A;  4GCD A;  2B75 A;  3ZVQ B;  5HNL A;  5L9J A;  1YIL A;  5LXW A;  3TMU A;  1KXW A;  1L35 A;  1LSY A;  2OTZ X;  1FBI X;  4I0C A;  1LYY A;  4HTN A;  4RW1 A;  1J1X Y;  4W59 A;  160L A;  1L13 A;  207L A;  4G49 A;  1D0K A;  3W6A A;  3NYA A;  122L A;  1JTP L;  1MLC E;  1CJ8 A;  1GEV A;  212L A;  1D9U A;  2A4T A;  3W6B A;  206L A;  1GBS A;  4I7P A;  3G3A B;  2CJL A;  5LYM A;  1DPW A;  113L A;  1B7S A;  2OU8 A;  1REY A;  134L A;  1L82 A;  5E9R A;  156L A;  2HU1 A;  2H9J A;  2BLX A;  155L A;  1LKR A;  2GV0 A;  1IP2 A;  1K28 A;  1W08 A;  2B73 A;  211L A;  3K3T A;  2DQE Y;  1GFV A;  4OWE A;  3CDV A;  4NHS A;  1IR8 A;  2BQO A;  1L51 A;  247L A;  3BKH A;  3DN6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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