3SP3A

Lysozyme in 20% sucrose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Lysozyme in 20% sucrose
rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sp3A00
1WQMA 3TMWA 4YEMA 1C08C 4G49A 154LA 1NWGA 5ILFA 2Z2EA 1IP4A 2BQOA 1GAYA 1IP6A 1GB5A 2IHLA 2MEBA 4DYGA 1LMAA 2YBLA 5APEA 1CKCA 5I4XA 1GB0A 3ZEKA 4B1AA 4DD1A 1J1PY 1G7JC 3BKHA 5HMJA 1OQMA 1CKHA 2MEAA 2LYOA 1LZGA 4C3WA 2D4KA 1UIGA 1YKYX 4YEOA 3TXDA 4GCDA 1QQYA 3WXTA 4CHXA 2DQAA 1NHEA 3FI7A 1IP3A 1UIHA 3B6LA 5KXZA 1YAQA 1LSYA 1HFXA 1JKAA 1XGQC 1C46A 1HSXA 5DM9A 1HMKA 3B72A 1BVXA 4WM3A 1LZ5A 5FEKA 1QTKA 2VB1A 1GB8A 1W08A 2XBRA 1GBOA 1HNLA 5HNCA 5LA5A 3P66A 4N1EI 1HENA 1GDXA 2F4AA 4I8SA 1YL0X 1BB6A 1F6RA 2F4GA 4PHIA 4WLXA 5LYTA 5FSTA 1RE2A 1V7TA 3WMKA 1BVKC 5I54A 1LZDA 1LSDA 2DBTA 4OW1A 2HEBA 4CFOA 3WH1A 1O23A 4H90A 4RW1A 1JJ0A 1ALCA 5FDJA 4RW2A 2YBMA 2BQAA 5LVGA 1LMTA 3WVYA 1IEEA 3A93A 5J7CA 2D4IA 5KXXA 3OK0A 4NG1A 1GBSA 4XJBA 3CT0A 1KXXA 2BQNA 3LN2A 1JHLA 5I53A 1FLQA 1IC4Y 3AGGG 1GFJA 1LHHA 5C6JA 1UIAA 1NKHA 4NFVA 2EKSC 1IOSA 2Z19A 1D9UA 3AJNA 1HEWA 4LYTA 4Z98A 1LJKA 1E8LA 4D9ZA 1OUBA 4H92A 1BB5A 1EL1A 1GXXA 2DQGY 4II8A 3W3EA 2FBDA 2A7DA 3CQLA 1LZAA 5LYMA 4R6CA 4CGEA 2LZ2A 1XSFA 4GLVA 4H1PA 1F0WA 1IC7Y 2HUBA 1LKSA 4OWHA 4WG1A 2W1YA 1D6PA 4RDSA 4WM2A 4NWHA 4BAPA 5LINA 4GLAA 1JITA 1LSEA 2Z18A 4HTQA 5ILCA 1EQ4A 1IP7A 1B7PA 4WO9A 5LVKA 2HEDA 5HMVA 4ML7A 1C45A 4TX7A 3WPJA 1LJNA 4H9BA 1HSWA 1IWXA 2Y8PA 5LAFA 9LYZA 1GE4A 1BQLY 2CWIA 5B06A 4AXTA 2N5ZA 1GHLA 1FKVA 4TUNA 1OUGA 1B7MA 1GF9A 1VDQA 1JSFA 3B0KA 4R0FA 1GFRA 3QY4A 4MR1A 1IO5A 2BQCA 1C7PA 135LA 2MEFA 5E4PA 4NEBA 2HTXA 3AZ4A 5KXPA 1GF6A 1GDWA 1QIOA 4GCFA 3ZVQB 2GV0A 2H9JA 1CKGA 1T6VL 1IWTA 4LFPA 3OJPA 1LMNA 1UIDA 1XGRC 1LJHA 4LGKA 5I5QA 5C6LA 4IASA 5I4YA 2XJWA 3A90A 3CSQA 5AMYA 3RT5X 1VDTA 1VEDA 207LA 1HEQA 2H9KA 2I6ZA 4HP0A 1UUZC 5F81A 3RZ4A 4YENA 5FELA 4UWVA 5LVJA 1NBYC 3A94A 208LA 4NGVA 1QSAA 4W96A 2LZTA 4IJ4A 1IWVA 1LYOA 3A3QA 2FYCA 4EOFA 1IWYA 1RI8B 1LZSA 4QEQA 2MEIA 1AT6A 4M4OA 5FCPA 3AB6A 5KXSA 5LA8A 3TXEA 4KT3A 3WW5A 2MECA 4Z41A 1JSEA 3W6EA 1REYA 4DD7A 5K7OA 4B0DA 2NWDX 1V7SA 4HPEA 1B5UA 1UIBA 2CDSA 3P64A 4NHPA 4XJDA 3WPKA 4NHQA 1DZBX 4G4HA 3LYOA 4J7VA 4DDCA 4DD2A 3AW6A 4NIJA 1H6MA 5DN4A 1IP1A 1UICA 4NSGA 1JEFA 4KL7A 1LZ8A 1J1XY 1LSBA 4MCKA 1CJ9A 5KXWA 3N9CA 2BQJA 2ZWBA 2CJLA 1VDPA 4GCBA 1G7MC 5APDA 1WQPA 1JTPL 1GB7A 3P4ZA 3RW8A 1WVUA 1XEJA 1LMOA 1B7NA 1MELL 4B4EA 1YIKA 1GFAA 1A4VA 2EQLA 2HEFA 2X0AA 2MEHA 4OWBA 5A3EA 1D6QA 3K3TA 2FYDA 3LHMA 4A7DA 1QDRA 1TCYA 4ETAA 1BWHA 2Z12A 3EBAB 3EXDA 3AGHA 4HSFA 1IR9A 4WLDA 3GXKA 3LYTA 4ZIXA 1B5ZA 3TXIA 2W1XA 1LMCA 1B7OA 1GE3A 1GPQC 4NSJA 5LAGA 1OUCA 1GF7A 1CJ6A 3RU5A 1IX0A 1B7RA 3W6AA 1IWWA 3TXBA 1LZNA 4BADA 5FHWA 5IELA 4KXIA 7LYZA 2F2NA 1VATA 4WLTA 1OUJA 1A2YC 3LZ2A 3N9AA 1YKZX 1IP5A 1HELA 5F9XA 3WL2A 5B1GA 4RLMA 1OP9B 3A8ZA 2DQFC 1LZYA 1IOCA 1GF5A 1FLUA 1N4FA 4UWUA 1CJ7A 4NHIA 4B4JA 2DQJY 2Z38A 1B5VA 1OUAA 6LYZA 1Z55A 132LA 1UBZA 4PGJB 4LT3A 1AM7A 4IATA 1LOZA 3TXHA 1HF4A 4ZFPA 4H91A 1CKFA 1GXV2 1NF5A 1UCOA 5DLAA 3WYHA 1HFYA 4PRQA 4EMNA 1QUSA 4FDYA 2ZYPA 4HTKA 2ZYCA 5A3ZA 1B9OA 4H9CA 1NQIA 1QTEA 1G7IC 3AZ7A 3WUAA 1YAPA 2BQBA 5EBHA 1FLYA 1LZEA 1UA6Y 4H8XA 3HBEX 3WUMA 4HJZA 1GBWA 3G3AB 1G7HC 4WOAA 1JKBA 4E3UA 1LSAA 5DN5A 5HLLA 1QDTA 1ZMYL 1IR7A 4LYBA 1GD6A 5KXLA 5L9JA 1B5WA 4H94A 4NSIA 1LSFA 1DXJA 2H5ZA 3CSRA 4NSHA 3EO5A 4N5RA 5KXKA 3CT5A 1XEKA 4I0CA 2BAAA 1FN5A 4N9RA 1GB3A 1XGPC 1LYYA 1GF0A 5APFA 4BS7A 1DPWA 2B5ZA 1NDMC 2IFFY 2DQCY 193LA 2BQFA 3HBHA 5F9UA 1KIPC 1RCMA 1JISA 1MLCE 4LYMA 4XJIA 1IY4A 1HMLA 4W94A 5KXNA 1NMMA 1IIZA 3E3DA 1LSPA 1YANA 5KXMA 1GBXA 1HFZA 1XGUC 3TXFA 194LA 2YBIA 4GCCA 3W6BA 4DD0A 4LT0A 2DKVA 4RLNA 1KIRC 1C10A 3MGWA 2RSCA 3T6UA 3LZTA 2ZQ3A 4FJRA 4L41A 5D5FA 1LZCA 1B2KA 4B4IA 1CJ8A 4NGJA 1B5YA 5IDDA 4H93A 1LHIA 1DKJA 1LJGA 5LIOA 3T36A 1GFVA 3CB7A 1RFPA 2FBBA 1JTOL 1HEMA 2BPUA 3QNGA 4WG7A 1RJCB 5HQ1A 1DI4A 1T3PA 4GN4A 4TSBA 1B5XA 1DKKA 4GCEA 4H9AA 1J1OY 1GF3A 1DPXA 4XJFA 2BLXA 4NWEA 5F16A 5B59A 2YDGA 4WMGA 3M18B 1IP2A 1GB9A 1JUGA 1LMPA 2BQHA 3GXRA 1GE0A 1LZ4A 5LXWA 5KXOA 5KY1A 2CGIA 3FE0A 3SP3A 1TDYA 4XADA 2ZQ4A 1JKCA 1SQ2L 4N8ZA 1YAOA 2W1MA 1LSNA 1B7SA 3A95A 1TEWA 4DD9A 3ATNA 1JKDA 2BQMA 2Z37A 1H87A 1XEIA 4H9HA 3A6CY 1OUFA 4J1AA 2D4JA 2BQGA 4LT2A 4CJ2A 1UIFA 1GFTA 5L3IA 5APCA 4OOTA 3P65A 3W6FA 2F30A 5KJ9A 1YQVY 1QSWA 2BQLA 4J1BA 3TMXA 3A92A 2YSSC 3A6BY 4N0JA 1OUEA 4HV1A 3TXGA 4H9FA 4ETEA 1FDLY 1HERA 3AW7A 1HC0A 4XJHA 4QY9A 1GBZA 1EQ5A 4GN5C 3ULRA 2ZILA 1GFKA 1LJJA 1FKQA 1JJ3A 5LVIA 1JIYA 1F6SA 1LAAA 3TXJA 5I4WA 4H9IA 3AZ6A 1BGIA 2HEAA 1LYSA 2G4NA 3A96A 1YL1X 2G4QA 2W1LA 1DI3A 1I1ZA 3WVXA 3WU7A 1AZFA 3A34A 4O34A 3A91A 4CFPA 4OWCA 1DQJC 1LHJA 4XYYA 1DI5A 4NGWA 1CKDA 4B49A 1LJEA 1PZYA 2EIZC 5D5CA 3VWOA 1CNSA 1GE1A 5LYZA 1ZVYB 1YROA 1GAZA 3B0IA 4PPOA 2HU1A 1KIQC 1GB6A 1BHZA 4WM5A 4XJGA 1LZBA 4NGLA 4HTNA 1D0KA 2PC2A 4NHTA 1VFBC 3WPLA 3LYMA 5HNLA 2WARA 4YOPA 3TMUA 5L3HA 1D0MA 2I25L 1XFPL 4PRUA 1FLWA 1JWRA 3F6ZA 4NGYA 2DQIY 4KPMA 1REZA 2A7FA 1UIEA 4LYOA 4WL6A 2MEEA 4XENA 4M6DA 1W6ZA 4MSTA 1VDSA 5IHGA 1GBYA 4HJYA 1LJ4A 1BWJA 2C8PA 4H9EA 2BLYA 134LA 1I20A 1ZVHL 2BQKA 3P68A 3IJVA 4LYZA 1ZV5L 3WXUA 4N1CC 2LHMA 4H8YA 1HEPA 2MEGA 1WTMA 5JENB 1LZ1A 4NGOA 4NGKA 4TTDA 1AT5A 4G9SA 1LPIA 4ZEEA 1NDGC 1BB7A 1GFHA 1YAMA 1JPOA 3D9AC 3LYZA 4DDAA 5T3FA 5LVHA 1SLYA 2I26L 4G4CA 4GN3A 1GF8A 1LHMA 2EPEA 1GB2A 2YBHA 2ZNXY 4HPIA 3IWRA 1LTMA 4NG8A 4ANRA 3EMSA 5F14A 1AKIA 4OWAA 3QE8A 1UACY 1GEZA 1LZTA 1YILA 4WL7A 3W6CA 2Z2FA 4ETDA 1GF4A 1TBYA 4Z46A 5KXRA 1LJIA 5E9RA 4ETBA 1LKRA 1LSCA 2YBJA 1IY3A 4NGIA 1GEVA 5KKJA 4H8ZA 2HU3A 2HECA 1FBIX 4TSCA 1WQNA 4YM8A 3G3BB 4X3BA 1IR8A 2YVBA 4WM4A 5C6IA 5M1YA 1NBZC 1WQRA 4ETCA 1BWIA 1LJ3A 1VAUA 2ZIKA 3WW6A 2DQDY 2LYMA 1JTTL 1XGTC 1LZ6A 2ZNWY 3TMVA 133LA 3AYQA 3ZVQA 2XTHA 1REMA 1GFGA 3BKVA 2XBSA 2AUBA 3J6KA 1QUTA 1WQQA 4QDNA 1YKXX 3WUNA 3CSZA 5B07A 1B0DA 1LMQA 2MEDA 1HHLA 1BB4A 5KXTA 4NY5A 1IORA 3W6DA 1LCNA 1F10A 1REXA 8LYZA 2Q0MX 2YBNA 4DDBA 1B7QA 3HBDA 3ATOA 3J4GA 3WULA 4DC4A 5II3A 1GFUA 2Z39A 3HFMY 2D91A 4U3XB 1WTNA 1EQEA 2ZIJA 1TAYA 3AZ5A 1LSZA 4LT1A 1LZ9A 4C5FA 1IVMA 3AGIA 4P2EA 1LHLA 1KXWA 1LZRA 1B7LA 3B0OA 4WM6A 4PJ2C 1LSGA 1IOTA 1IC5Y 1LYZA 2G4PA 1BB3A 4DT3A 4OOOA 4ET9A 3A67Y 2HEEA 4LFXA 1D0LA 2BQEA 3D3DA 4J0LA 1GFEA 4UWNA 3IJUA 1IWZA 4Z3MA 1WVVA 3RNXA 4NGZA 4ET8A 1LSMA 1IOQA 1IWUA 4WLYA 4WM1A 1OUHA 3A3RX 4HV2A 4AGAA 1KXYA 1GE2A 1UC0A 2DQHY 4OWEA 2C8OA 3KAMA 5KKIA 3TXKA 4DD3A 5B1FA 1P2CC 6LYTA 4BAFA 4HJVA 4WO6A 3CT1A 4LZTA 1INUA 2D6BA 2DQEY 1G7LC 1LHKA 2BQDA 4QGZA 4TWSA 2BQIA 1C43A 4G4BA 4NHSA 4XN6A 1OUDA 1I56A 1LJFA 4LYCA 1OUIA 3M3UA 1JJ1A 3N9EA 5DL9A 1GWDA 1HEOA 5B05A 153LA 3WU8A 4YF2A 3WU9A 1PS5A 5KXYA 2LYZA 4DWXA 1WQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G49A 119LA 3QAKA 2B6XA 2OTZX 1LMAA 2YBLA 1G7JC 1CKHA 180LA 1QUDA 3WXTA 1YKYX 3DN8A 1IP3A 3CDRA 3B6LA 1LSYA 1JKAA 1BVXA 1GB8A 1W08A 1GBOA 5HNCA 1DYAA 225LA 152LA 1V7TA 3WMKA 5I54A 1L66A 1LZDA 3UONA 4H90A 1SWYA 1JJ0A 1D3MA 2OEAX 1IEEA 3A93A 2D4IA 3OK0A 1GBSA 2BQNA 3LN2A 241LA 4I7QA 1NKHA 1OUBA 190LA 1BB5A 3W3EA 2FBDA 173LA 4ARPA 4GLVA 1LKSA 4OWHA 1L81A 2W1YA 4BAPA 1JITA 2Z18A 1EQ4A 5LVKA 4H9BA 1HSWA 1IWXA 1GE4A 5B06A 2N5ZA 1GHLA 3DN0A 131LA 1JSFA 2BQCA 1C7PA 3PBLA 3AZ4A 5KXPA 175LA 2H9JA 260LA 219LA 3OJPA 3RUNA 1XGRC 197LA 1LJHA 1C6QA 5I4YA 2XJWA 3CSQA 5AMYA 218LA 2XQOA 2H9KA 1HEQA 1G0LA 1G0KA 4YENA 159LA 1G0JA 5FELA 1OV5A 4ARMB 4IJ4A 1LYOA 3A3QA 2FYCA 4M4OA 4QEQA 5LA8A 4KT3A 4B0DA 2NWDX 2B72A 2CDSA 4NHQA 1DZBX 4J7VA 3DN1A 4NIJA 1L31A 1UICA 1JEFA 200LA 1J1XY 1LSBA 1PQKA 5APDA 3P4ZA 1L23A 170LA 1T8GA 1B7NA 1G1WA 5A3EA 2EQLA 1D6QA 4HSFA 2B7XA 1GE3A 1L18A 1CJ6A 1IX0A 3DN3A 1T6HA 5FHWA 1YKZX 3WL2A 1HELA 4DJHA 1CU2A 1OP9B 1L01A 1L58A 1IOCA 1LZYA 1GF5A 1QTVA 1FLUA 1N4FA 1CJ7A 1JTNA 1Z55A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WQM A;  3TMW A;  4YEM A;  1C08 C;  4G49 A;  154L A;  1NWG A;  5ILF A;  2Z2E A;  1IP4 A;  2BQO A;  1GAY A;  1IP6 A;  1GB5 A;  2IHL A;  2MEB A;  4DYG A;  1LMA A;  2YBL A;  5APE A;  1CKC A;  5I4X A;  1GB0 A;  3ZEK A;  4B1A A;  4DD1 A;  1J1P Y;  1G7J C;  3BKH A;  5HMJ A;  1OQM A;  1CKH A;  2MEA A;  2LYO A;  1LZG A;  4C3W A;  2D4K A;  1UIG A;  1YKY X;  4YEO A;  3TXD A;  4GCD A;  1QQY A;  3WXT A;  4CHX A;  2DQA A;  1NHE A;  3FI7 A;  1IP3 A;  1UIH A;  3B6L A;  5KXZ A;  1YAQ A;  1LSY A;  1HFX A;  1JKA A;  1XGQ C;  1C46 A;  1HSX A;  5DM9 A;  1HMK A;  3B72 A;  1BVX A;  4WM3 A;  1LZ5 A;  5FEK A;  1QTK A;  2VB1 A;  1GB8 A;  1W08 A;  2XBR A;  1GBO A;  1HNL A;  5HNC A;  5LA5 A;  3P66 A;  4N1E I;  1HEN A;  1GDX A;  2F4A A;  4I8S A;  1YL0 X;  1BB6 A;  1F6R A;  2F4G A;  4PHI A;  4WLX A;  5LYT A;  5FST A;  1RE2 A;  1V7T A;  3WMK A;  1BVK C;  5I54 A;  1LZD A;  1LSD A;  2DBT A;  4OW1 A;  2HEB A;  4CFO A;  3WH1 A;  1O23 A;  4H90 A;  4RW1 A;  1JJ0 A;  1ALC A;  5FDJ A;  4RW2 A;  2YBM A;  2BQA A;  5LVG A;  1LMT A; 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 3ZVQ A;  2XTH A;  1REM A;  1GFG A;  3BKV A;  2XBS A;  2AUB A;  3J6K A;  1QUT A;  1WQQ A;  4QDN A;  1YKX X;  3WUN A;  3CSZ A;  5B07 A;  1B0D A;  1LMQ A;  2MED A;  1HHL A;  1BB4 A;  5KXT A;  4NY5 A;  1IOR A;  3W6D A;  1LCN A;  1F10 A;  1REX A;  8LYZ A;  2Q0M X;  2YBN A;  4DDB A;  1B7Q A;  3HBD A;  3ATO A;  3J4G A;  3WUL A;  4DC4 A;  5II3 A;  1GFU A;  2Z39 A;  3HFM Y;  2D91 A;  4U3X B;  1WTN A;  1EQE A;  2ZIJ A;  1TAY A;  3AZ5 A;  1LSZ A;  4LT1 A;  1LZ9 A;  4C5F A;  1IVM A;  3AGI A;  4P2E A;  1LHL A;  1KXW A;  1LZR A;  1B7L A;  3B0O A;  4WM6 A;  4PJ2 C;  1LSG A;  1IOT A;  1IC5 Y;  1LYZ A;  2G4P A;  1BB3 A;  4DT3 A;  4OOO A;  4ET9 A;  3A67 Y;  2HEE A;  4LFX A;  1D0L A;  2BQE A;  3D3D A;  4J0L A;  1GFE A;  4UWN A;  3IJU A;  1IWZ A;  4Z3M A;  1WVV A;  3RNX A;  4NGZ A;  4ET8 A;  1LSM A;  1IOQ A;  1IWU A;  4WLY A;  4WM1 A;  1OUH A;  3A3R X;  4HV2 A;  4AGA A;  1KXY A;  1GE2 A;  1UC0 A;  2DQH Y;  4OWE A;  2C8O A;  3KAM A;  5KKI A;  3TXK A;  4DD3 A;  5B1F A;  1P2C C;  6LYT A;  4BAF A;  4HJV A;  4WO6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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