1VDQA

The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.5 angstroms resolution
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.5 angstroms resolution
rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1vdqA00
1V7TA 5LVJA 2BQAA 5KY1A 1NKHA 1YQVY 2A7FA 2BAAA 1HEWA 2XBSA 1LSPA 1JUGA 4H9HA 4LT1A 1IO5A 2MEAA 1JSFA 1VAUA 5APDA 4O34A 1LZ8A 3CT0A 3OK0A 4NG1A 2HEBA 2IFFY 4MSTA 1JTTL 3A6BY 2LYMA 4NSHA 1UA6Y 1YL1X 4NGKA 2HECA 1REMA 2BQJA 5IHGA 1A2YC 3RZ4A 2I26L 3CT5A 4NGJA 2H9JA 4NGIA 1LYOA 4BADA 4DYGA 2Z2EA 2HEEA 4AGAA 1IOSA 1JISA 2VB1A 3CB7A 1LJKA 1IP2A 4WM2A 5F14A 4LYMA 2BQGA 4LYCA 1BVKC 1TCYA 4YEOA 1DKKA 1LHJA 1B5WA 1XSFA 2WARA 3RNXA 4OOTA 208LA 4GN3A 1NQIA 4DD1A 4H91A 135LA 1GE3A 1LZ4A 1ZV5L 4FJRA 2W1XA 4XADA 5D5CA 2D91A 1GB7A 4N9RA 4N1EI 3LZTA 1B2KA 5LYTA 1XEKA 3WUMA 1HEOA 1LYYA 1YAPA 3OJPA 4LT3A 3FI7A 3AB6A 5I4WA 1GBOA 4HJZA 5B05A 5J7CA 1INUA 2MEDA 3B0KA 1HFYA 1I1ZA 3AW7A 5KKIA 1JKDA 1OUGA 1IP1A 2ZQ4A 1GE1A 1TEWA 1CKDA 1JSEA 1VDTA 1NF5A 1FLWA 1RJCB 1B7OA 3EBAB 4GLAA 1AZFA 3TXFA 3D9AC 4DC4A 2EKSC 5KXYA 5L9JA 1GBZA 4H9FA 3RT5X 1YILA 2DQAA 2MEEA 1KXXA 1WQPA 5L3IA 2F4GA 3WPJA 2FYCA 4TSCA 4EMNA 1UBZA 3B0IA 1GE4A 4G4CA 1SQ2L 1OUDA 1IWYA 1IY3A 2BPUA 4B4EA 5E4PA 4BAFA 2Z19A 1LZ5A 1MELL 2BQHA 3E3DA 1XEJA 1HSWA 4NHTA 4PHIA 4CGEA 3ULRA 1G7MC 4WM6A 4EOFA 5JENB 2D4IA 2HEFA 1TAYA 4WM1A 3RW8A 2Z37A 4KXIA 1LSDA 3K3TA 2IHLA 4DD9A 1BGIA 1QSAA 4DDCA 2DBTA 1UIEA 3W6CA 1EQEA 2FBBA 2LZTA 3G3AB 2ZYCA 5B06A 3W6BA 1JHLA 1HENA 1LJ4A 3KAMA 4NGWA 4KT3A 1VDSA 5A3EA 3WW5A 2HU3A 1GBSA 4B4JA 3WXUA 1LMAA 4H9BA 4RDSA 1FBIX 5HNLA 133LA 3CSZA 4NG8A 5KXTA 2YBMA 2Z38A 4H94A 5LYMA 4WL7A 4ETDA 2YDGA 2MECA 4WM5A 2XBRA 4LYOA 3W3EA 3AZ5A 3TXGA 4ETBA 1UICA 3BKVA 3TXEA 3IJVA 3EMSA 1LSEA 4LGKA 1BB6A 2LZ2A 1UIFA 1GF0A 4ZEEA 1FKQA 4I0CA 1NDGC 1UC0A 4PGJB 2MEIA 4NGVA 4B0DA 1OUJA 2W1MA 2BQCA 4RLNA 1GFUA 3WU7A 2BQDA 1IOCA 1RFPA 3QY4A 4XYYA 5C6IA 1WVVA 3P4ZA 1HEMA 2CDSA 1HMKA 1LZAA 1C08C 1HMLA 4ML7A 4ET9A 2ZWBA 4UWNA 1TDYA 4OOOA 3TXKA 3VWOA 2DQGY 3G3BB 1GBYA 1GF8A 3T36A 1ZVHL 3TMUA 1F0WA 1Z55A 1LMPA 1GF4A 4HTNA 4G49A 4DT3A 4HV2A 4Z98A 1GFJA 4J1BA 1B7RA 1B5UA 4CJ2A 1FKVA 1WQNA 3LYTA 3LZ2A 3TXJA 2Z39A 1HC0A 5B59A 4ETAA 4H9IA 2I6ZA 1LMTA 1VDPA 3HBHA 4W94A 3SP3A 1IC7Y 1GB5A 5FEKA 1F10A 3A95A 1KIQC 2ZIJA 3WVYA 1BB5A 1JKBA 2YVBA 4Z3MA 4C3WA 1LHIA 2Z2FA 4NGOA 2BQMA 1MLCE 3WUNA 5E9RA 3A8ZA 1QUTA 4CHXA 1HEQA 4LT2A 4HSFA 1WVUA 1YKYX 2YBJA 4H8YA 1QUSA 1XEIA 2LYOA 3A92A 1ZVYB 3N9AA 3CSRA 5LINA 1CJ9A 1GFRA 4GN4A 1FLYA 3D3DA 4RW1A 5FDJA 3B72A 4U3XB 1GB9A 1DPXA 1JPOA 2EPEA 1IP7A 4J0LA 1YROA 4LYTA 1GB3A 1JIYA 4I8SA 1D0LA 4H9EA 4GCEA 2DQDY 1REXA 2Z12A 1IP3A 2CJLA 1JKCA 3AGHA 5KXZA 1IX0A 1C7PA 4TUNA 1LSCA 1YAMA 2RSCA 3A67Y 4PRQA 2MEHA 1LMQA 4H1PA 1GFVA 5LVHA 1CKGA 1KIRC 1AM7A 2F2NA 4WOAA 1HELA 1UCOA 1XGTC 4WLDA 1LJFA 1BWJA 4M4OA 2CGIA 4TX7A 1BB7A 1B7SA 1NMMA 4DD0A 4WG7A 1B5VA 1WQOA 1B5XA 1LHMA 1PS5A 4NGLA 1BWHA 4PPOA 2YBNA 3A3QA 4NEBA 3WL2A 5KXWA 1DXJA 4R0FA 1LZGA 2X0AA 3WPKA 1RCMA 1NBYC 1OUCA 4CFPA 1GXV2 2D4KA 4MR1A 3LYZA 1REZA 5HMJA 3TMWA 5KXXA 1YAOA 2ZYPA 1LSAA 1EL1A 1FDLY 2H9KA 5LVKA 4GCDA 5KXLA 4FDYA 1IWZA 1GHLA 4L41A 4XJDA 1GDXA 5C6LA 1LMCA 2ZNXY 1CJ7A 5HLLA 1G7IC 1LZ9A 5B1GA 1GFTA 3WULA 4II8A 4NGYA 1V7SA 5DM9A 1LZ6A 5II3A 1BQLY 1C46A 2DQJY 4NHIA 1IIZA 1IR9A 1LSGA 5LA5A 4NHPA 1CKCA 1HEPA 5FELA 4DD2A 2DQFC 5F81A 2F30A 1XGQC 1JJ1A 1KIPC 1UIDA 2DQEY 3AGIA 2ZNWY 4WL6A 1UACY 4NHSA 4N1CC 4H9AA 4WM3A 5FSTA 1LCNA 3P68A 4WO6A 1D0MA 3FE0A 1N4FA 3A6CY 3A91A 1IEEA 4D9ZA 3M3UA 5LVGA 1IOTA 4IATA 3IWRA 2H5ZA 3WMKA 2NWDX 2XJWA 4UWUA 2BQLA 4HV1A 1P2CC 1LZEA 1T3PA 4H90A 4GCBA 1F6RA 3AW6A 2HU1A 3CQLA 5HQ1A 1VFBC 2PC2A 5F16A 1LZ1A 5LVIA 1QQYA 1RE2A 3EXDA 1CJ6A 5LIOA 5DL9A 4HJVA 4ZIXA 1LJHA 3A34A 7LYZA 1GWDA 1LTMA 2D6BA 3WVXA 1WTMA 2HTXA 1GPQC 2HUBA 4B1AA 5HNCA 1GFEA 3AJNA 1KXYA 2YBIA 4WLYA 2W1YA 4QGZA 2F4AA 1WQRA 5C6JA 4NY5A 1LJNA 1QDTA 3J6KA 3LYOA 4IASA 1LPIA 1XGRC 5IDDA 4DDBA 1DI3A 2FBDA 3HFMY 4NIJA 5LAFA 1UIAA 1RI8B 5KXMA 3F6ZA 2DKVA 3WXTA 1LJGA 4WLXA 2BLYA 134LA 1GAYA 3TXBA 1LZYA 1IOQA 1IWXA 3P64A 4H93A 3CT1A 1JEFA 1HSXA 4OWCA 5ILCA 1JTPL 4RLMA 1JKAA 4ANRA 4X3BA 4QY9A 1KXWA 4OWAA 1GFAA 1IORA 1CJ8A 1LYSA 4XJFA 5LXWA 3A94A 4QEQA 4E3UA 4YEMA 1W6ZA 1J1OY 2ZQ3A 1BB4A 1W08A 1G7HC 1HF4A 3WUAA 1LKSA 5KKJA 1GEVA 154LA 1OQMA 5KXRA 2I25L 1LKRA 4WMGA 1B9OA 1B7LA 4LFXA 5KXKA 1REYA 1GF5A 1H6MA 2BQIA 5HMVA 4G4BA 3WW6A 4J1AA 3GXKA 1AKIA 1GFKA 4HP0A 4ZFPA 1VDQA 5I4XA 1LHKA 1LZRA 4Z41A 3M18B 4NFVA 5IELA 1LZSA 1B5YA 5B07A 2BQFA 2D4JA 2HEAA 3J4GA 4NWEA 4OWEA 2W1LA 1AT6A 3GXRA 1PZYA 4HPEA 1SLYA 4XN6A 3ZVQB 1DI5A 4WO9A 1OUAA 2N5ZA 4NGZA 4AXTA 4BS7A 1GFHA 4YOPA 1A4VA 1LSNA 3A90A 3A96A 1GF3A 1VEDA 3W6EA 3AZ7A 4LYZA 1D6QA 1LZCA 4OW1A 1LSZA 4LYBA 3TXDA 3WYHA 4GLVA 3AZ6A 3N9CA 2ZIKA 1IR8A 4N0JA 4WM4A 5FHWA 1QTKA 1YAQA 5I5QA 5APEA 4GCFA 1OP9B 5A3ZA 1QDRA 1HFZA 8LYZA 3B6LA 1IC4Y 4KPMA 1LMOA 1D6PA 207LA 1T6VL 1BVXA 3A93A 1YKXX 1ZMYL 4HPIA 1ALCA 5KXSA 9LYZA 4OWBA 4H8XA 4DD3A 3LN2A 2BQKA 1DZBX 2LHMA 1LHHA 1GEZA 1LHLA 1UIHA 1B5ZA 6LYZA 5ILFA 1IWWA 1WQQA 3WPLA 4UWVA 1FN5A 4A7DA 1FLUA 4YM8A 4MCKA 5APFA 4XJGA 1OUEA 132LA 1IP6A 1GB2A 4J7VA 5KXNA 4BAPA 1HERA 4KL7A 4ETCA 4B49A 1GDWA 1B7NA 1QTEA 4G4HA 3TMVA 4B4IA 1GBXA 3QE8A 193LA 1I20A 1BWIA 4TSBA 1IWTA 1TBYA 1LSBA 2BQOA 2AUBA 5AMYA 3BKHA 4XJHA 1OUHA 1GB8A 1NDMC 1IWUA 2XTHA 3TXIA 3HBEX 4CFOA 1OUBA 1LSMA 1FLQA 4HTKA 1IY4A 3RU5A 1IP4A 5K7OA 3WH1A 3AYQA 3W6FA 1LJ3A 2G4QA 3LHMA 1YL0X 1GFGA 4LZTA 4HTQA 194LA 1JITA 4R6CA 1GB6A 2G4PA 1AT5A 3ATOA 1GF7A 3W6AA 1WQMA 3WU9A 3LYMA 5T3FA 4N8ZA 1H87A 1J1PY 4GCCA 1DQJC 1DKJA 3N9EA 1B7MA 4NSGA 2DQHY 3TMXA 2DQIY 2EQLA 1LSFA 2LYZA 4LT0A 3B0OA 1LOZA 4NWHA 5L3HA 3P65A 5LA8A 4NSJA 1HNLA 1QSWA 5LYZA 4TWSA 2HEDA 1IWVA 4P2EA 1OUFA 4DDAA 1YKZX 1IVMA 4M6DA 4Z46A 2BQEA 3HBDA 2EIZC 1GAZA 4H92A 1JJ3A 4ETEA 1D9UA 5I4YA 1LSYA 1D0KA 1B7QA 4HJYA 4NHQA 2MEFA 3ZVQA 1GB0A 3AZ4A 4TTDA 1VATA 1QIOA 1OUIA 1LJJA 153LA 2DQCY 5B1FA 1BB3A 1I56A 4DD7A 2FYDA 3AGGG 4XENA 1GF6A 2B5ZA 1LJEA 1C10A 1HFXA 1GD6A 4QDNA 3EO5A 1LZTA 2BQNA 2Z18A 5KXOA 1NWGA 1EQ5A 1GE0A 1LZNA 4C5FA 5EBHA 4H8ZA 1IP5A 5FCPA 2BQBA 4XJIA 1LAAA 5F9XA 1GXXA 1LZDA 2MEGA 3A3RX 1DPWA 4YENA 4ET8A 1G7JC 1LMNA 4NSIA 1BHZA 5DN4A 1GBWA 1UIGA 1YANA 5APCA 1GF9A 1HHLA 1B7PA 1JJ0A 4N5RA 3CSQA 1F6SA 1IR7A 5KXPA 4GN5C 4WLTA 1NBZC 2A7DA 2ZILA 2YBHA 4PRUA 3MGWA 5D5FA 3QNGA 3T6UA 3ZEKA 1C45A 1C43A 1XFPL 5DN5A 3IJUA 1O23A 3P66A 4G9SA 2GV0A 4RW2A 4WG1A 4W96A 1E8LA 1CKHA 2YBLA 1G7LC 2YSSC 3WU8A 5KJ9A 1B0DA 1LYZA 2C8OA 2G4NA 4H9CA 5DLAA 1UUZC 5I53A 1YIKA 3W6DA 1LZBA 1XGUC 4OWHA 4LFPA 4PJ2C 4XJBA 4DWXA 5LAGA 1LJIA 1NHEA 1CNSA 2C8PA 2Y8PA 1DI4A 4IJ4A 5I54A 1XGPC 1JWRA 5F9UA 2CWIA 1EQ4A 1JTOL 1UIBA 2Q0MX 1WTNA 1GE2A 4YF2A 1IC5Y 2BLXA 6LYTA 1J1XY 3TXHA 5M1YA 3ATNA 1CKFA 2MEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVJA 1NKHA 2A7FA 2BAAA 4DQ7A 1LSPA 1JUGA 1LZ8A 1L46A 3OK0A 230LA 1PQKA 4NSHA 3A6BY 1C6GA 1L06A 4NGIA 4BADA 3C80A 4LYCA 1BVKC 1TCYA 1DKKA 3PDSA 1L55A 4DD1A 4H91A 1ZV5L 1LZ4A 5D5CA 1NHBA 4N1EI 216LA 3WUMA 1LYYA 3FI7A 177LA 219LA 2ZQ4A 1P36A 1VDTA 1B7OA 3K2RA 4I7TA 2EKSC 5L9JA 1GBZA 3CDTA 1WQPA 2F4GA 4EMNA 2FYCA 1UBZA 1L50A 1OUDA 1CU0A 1XJTA 2Z19A 1L73A 3ULRA 4EXMA 1OWYA 5JENB 1CV6A 2HEFA 1TAYA 1LYGA 2IHLA 4DD9A 1BGIA 1QSAA 3HT9A 1UIEA 142LA 189LA 1L02A 1LJ4A 4NGWA 4KT3A 3SN6R 1L90A 5A3EA 1GBSA 4B4JA 5HNLA 3CSZA 1L07A 4ETDA 247LA 1XEPA 4ETBA 3TXEA 4ARQB 1BB6A 3HH4A 4I0CA 2MEIA 4PGJB 1ZURA 2BQDA 5C6IA 3P4ZA 1ZVHL 1LMPA 1GF4A 4DT3A 2O4WA 1B7RA 4E97A 4CJ2A 3TXJA 5B59A 1L87A 249LA 1L23A 1LLHA 2YVBA 3DN0A 3HWLA 2LYOA 1LYDA 1CJ9A 4GN4A 1G0MA 5FDJA 4U3XB 1DPXA 212LA 1YROA 4W55A 1GB3A 4LDLA 4H9EA 4GCEA 130LA 1REXA 1G0GA 1IP3A 2CJLA 3AGHA 1IX0A 1YAMA 1L53A 3A67Y 1L86A 1LMQA 1CU3A 1GFVA 1KIRC 4WOAA 1HELA 4WLDA 1LGWA 3HH6A 114LA 239LA 1NMMA 4WG7A 1WQOA 1LHMA 1PS5A 4PPOA 2YBNA 4R0FA 2X0AA 1NBYC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V7T A;  5LVJ A;  2BQA A;  5KY1 A;  1NKH A;  1YQV Y;  2A7F A;  2BAA A;  1HEW A;  2XBS A;  1LSP A;  1JUG A;  4H9H A;  4LT1 A;  1IO5 A;  2MEA A;  1JSF A;  1VAU A;  5APD A;  4O34 A;  1LZ8 A;  3CT0 A;  3OK0 A;  4NG1 A;  2HEB A;  2IFF Y;  4MST A;  1JTT L;  3A6B Y;  2LYM A;  4NSH A;  1UA6 Y;  1YL1 X;  4NGK A;  2HEC A;  1REM A;  2BQJ A;  5IHG A;  1A2Y C;  3RZ4 A;  2I26 L;  3CT5 A;  4NGJ A;  2H9J A;  4NGI A;  1LYO A;  4BAD A;  4DYG A;  2Z2E A;  2HEE A;  4AGA A;  1IOS A;  1JIS A;  2VB1 A;  3CB7 A;  1LJK A;  1IP2 A;  4WM2 A;  5F14 A;  4LYM A;  2BQG A;  4LYC A;  1BVK C;  1TCY A;  4YEO A;  1DKK A;  1LHJ A;  1B5W A;  1XSF A;  2WAR A;  3RNX A;  4OOT A;  208L A;  4GN3 A;  1NQI A;  4DD1 A;  4H91 A;  135L A;  1GE3 A;  1LZ4 A;  1ZV5 L;  4FJR A;  2W1X A;  4XAD A;  5D5C A;  2D91 A;  1GB7 A;  4N9R A;  4N1E I;  3LZT A;  1B2K A;  5LYT A;  1XEK A;  3WUM A;  1HEO A;  1LYY A;  1YAP A;  3OJP A;  4LT3 A;  3FI7 A;  3AB6 A;  5I4W A;  1GBO A;  4HJZ A;  5B05 A;  5J7C A;  1INU A;  2MED A;  3B0K A;  1HFY A;  1I1Z A;  3AW7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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