2O79A

T4 lysozyme with c-terminal extension
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MDIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o79A00
1L62A 1CU0A 1L31A 4PK0A 2B73A 1CUQA 172LA 130LA 1L36A 1L32A 1LI3A 1P2LA 1G0GA 1L76A 1C63A 110LA 1C68A 2LCBA 118LA 215LA 115LA 1LPYA 230LA 1L43A 3RUNA 1L17A 1L64A 226LA 3UONA 1T8AA 1L89A 3C82A 1C6GA 1OVHA 4S0WA 4W56A 1L70A 1L30A 2B6TA 168LA 4EKSA 145LA 1PQKA 3HH6A 3G3XA 220LA 253LA 2QARC 1L59A 127LA 219LA 2RBRA 1CV4A 3GUNA 2B74A 1C6EA 2RH1A 2B6WA 225LA 3DKEX 1LYHA 1XJUA 2QB0B 4I7RA 4ARLA 4W59A 162LA 158LA 197LA 1L85A 1OVJA 3FADA 163LA 1CX6A 1QUOA 4W52A 2HUMA 1L15A 175LA 206LA 1L68A 1P3NA 4YXAC 218LA 1G0QA 1KW7A 229LA 1L93A 241LA 1K28A 1LI6A 2CUUA 1C6IA 3DMXA 1L61A 4ARQA 1QT4A 1L65A 4ARPA 1DYCA 180LA 1C69A 1T97A 3DN1A 1CU3A 1L57A 1C60A 2RBOA 1L0KA 7LZMA 1L60A 1OWYA 1QUDA 125LA 3SB8A 1NHBA 235LA 1L86A 1L67A 3CDRA 1L06A 157LA 1L37A 1L25A 1QT3A 184LA 4K5YA 1QTZA 4LDOA 159LA 3C7WA 1L11A 244LA 4LZMA 3ODUA 1D2WA 1L08A 107LA 3NYAA 3DNAA 1C6DA 1G07A 1CV6A 3C80A 1L45A 2OE9X 233LA 1DYBA 1G0PA 1SSYA 2IGCA 3DMZA 3HT9A 1L53A 112LA 1L98A 258LA 4GBRB 1P37A 1C6CA 1SX7A 3HDEA 171LA 1KS3A 2B6XA 4LDLA 142LA 166LA 2RAZX 3DN8A 2ANVA 2B6YA 3HTDA 242LA 1L49A 3C7YA 3HTBA 126LA 1SWZA 195LA 1LYFA 1L07A 1L13A 1C6MA 1QT6A 4ARQB 4DAJA 3L2XA 139LA 2OU0X 1G06A 2F47A 144LA 1L01A 4YX7C 1D2YA 3K2RA 4IAPA 1L95A 1L39A 174LA 2B6ZA 4I7SA 2B75A 3CDQA 1L88A 1LGXA 2OU8A 1L96A 2HUKA 122LA 228LA 3DN3A 1QT8A 1SSWA 1L18A 1L27A 1L56A 1P56A 3DN2A 1C65A 1QT5A 1L35A 1L41A 1CUPA 1L12A 4YXCA 3PDSA 1L02A 3PBLA 1L91A 4EJ4A 3HT8A 1L47A 1L71A 1L38A 3GUOA 3DMVA 1L29A 3C83A 1L66A 223LA 3SB5A 3HDFA 1L54A 187LA 147LA 1LYDA 259LA 212LA 4I7KA 3F9LA 128LA 4E97A 1QUHA 227LA 221LA 214LA 209LA 2HULA 3LZMA 1LWGA 3OE6A 160LA 1LYGA 205LA 173LA 243LA 4I7OA 3C7ZA 1CV0A 1DYDA 108LA 1LLHA 1C6LA 1D3MA 1QTDA 260LA 178LA 1PQOA 1L72A 1G1VA 2RBQA 3CDTA 3FI5A 200LA 1C6FA 3HT7A 1C6PA 3C8QA 1PQDA 1L52A 3QAKA 1PQJA 2RB1X 1C67A 1D3FA 1OYUA 1DYEA 4W54A 4EKPA 3F8VA 1L51A 240LA 247LA 186LA 250LA 188LA 257LA 3V2YA 152LA 1L33A 2Z6BA 1L92A 2A4TA 1P2RA 167LA 1D3NA 161LA 4DJHA 3HH4A 4GRVA 1QTBA 3HT6A 3SBAA 261LA 211LA 1WTHA 1QTHA 2NTHA 1D3JA 2RB2X 1C6BA 1L00A 262LA 224LA 4I7NA 2OTYX 169LA 232LA 3HWLA 1L99A 2OE4X 131LA 1QS5A 4AQNA 1C62A 1P7SA 1OV5A 3HUAA 1L87A 1C6KA 2B72A 231LA 2O79A 2RB0X 2RAYX 1LYIA 1ZURA 1KNIA 1XEPA 1KW5A 256LA 3SB9A 4EKQA 143LA 103LA 183LA 1QSBA 1TLAA 2OEAX 4EKRA 1L46A 1C6QA 1L34A 210LA 1KY1A 4DKLA 3SN6R 1LW9A 1T8FA 1L90A 170LA 3EMLA 3G3VA 4W55A 3SB6A 1P6YA 151LA 1KY0A 1P5CA 1CV3A 1L0JA 2LZMA 192LA 2ANXA 1L22A 4EXMA 198LA 4OO9A 4I7MA 164LA 2RBSA 3C8SA 1L10A 1CU6A 3HU9A 113LA 146LA 3D4SA 1L75A 217LA 3GUPA 3HU8A 1PQMA 1L04A 155LA 251LA 1L48A 237LA 1JTMA 3GUKA 1C6AA 3L64A 1LYJA 1DYFA 119LA 1OWZA 245LA 3DN6A 1L03A 196LA 1D9WA 4ARMA 1L42A 4I7QA 4I7PA 3JR6A 3G3WA 1QTVA 2F2QA 1LYEA 165LA 1L82A 1L23A 1SWYA 4EPFA 3OE9A 1L05A 182LA 1SX2A 254LA 252LA 1L79A 1P46A 2OE7X 6LZMA 137LA 4LDEA 3VW7A 1P36A 1L16A 3GUJA 3SBBC 1L94A 213LA 1L58A 109LA 249LA 3GUMA 1L81A 1QUGA 216LA 1DYAA 1L73A 1T8GA 4I7LA 1CU2A 1DYGA 190LA 1L44A 111LA 1L74A 129LA 3V2WA 1L80A 1G1WA 2L78A 1C64A 3GUIA 181LA 1C6HA 3HTGA 1G0MA 3NY8A 3RZEA 191LA 1L19A 3CDVA 1L20A 2Q9EA 3C81A 176LA 1JTNA 1T6HA 1QTCA 1C6TA 138LA 201LA 1LGUA 2F32A 3DN4A 238LA 2OU9A 1B6IA 149LA 1G0JA 2B70A 1L26A 3HUQA 1L55A 3HH3A 150LA 255LA 4ARMB 1C61A 1CU5A 239LA 140LA 104LA 246LA 5I14A 185LA 4EPIA 199LA 222LA 2LC9A 5LZMA 3DN0A 1ZYTA 4I7JA 1C6JA 177LA 3HH5A 1XJTA 1G0LA 3HTFA 1CX7A 1EPYA 4W58A 148LE 2OTZX 1PQIA 2RBPA 1L21A 3HUKA 123LA 189LA 1CV5A 1JQUA 3OE0A 2NTGA 3SB7A 120LA 234LA 1CV1A 1L77A 3FA0A 4ARJA 1I6SA 4W51A 1P64A 4ZPUA 4I7TA 1G0KA 1ZWNA 4W53A 248LA 141LA 2O4WA 3NY9A 1LGWA 1C6NA 3CDOA 3OE8A 2RBNA 1L09A 236LA 1L63A 102LA 1L14A 1QS9A 1LI2A 156LA 4PJZA 1LWKA 2B7XA 1QT7A 1L97A 2O7AA 1L69A 2Q9DA 1L28A 1L40A 1CTWA 1OV7A 1L24A 1L50A 1C66A 4W57A 114LA 1CVKA 3GULA 1OVKA 3C8RA 1L84A 1L83A 1QSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU0A 130LA 1L32A 1LI3A 1LJ4A 1WVVA 2LCBA 2EPEA 3GXRA 4NHQA 4NHIA 2YVBA 3RUNA 4QY9A 1L64A 226LA 6LYZA 1CJ7A 3P66A 4S0WA 1L70A 4XJDA 1LZBA 1HHLA 1KXWA 2Z2FA 1FLQA 5D5CA 4ET9A 1F0WA 1LZAA 1FKQA 3MGWA 2QARC 2BLYA 3RZ4A 1VEDA 1IP6A 1CV4A 1FN5A 1JITA 2HEBA 1HFZA 3WH1A 1C6EA 4ANRA 2B6WA 4W59A 4G9SA 1BGIA 4H8YA 4C5FA 5F81A 2F4GA 1QDRA 175LA 4XJIA 206LA 1KW7A 1OUFA 2PC2A 1LI6A 2CUUA 1C6IA 1EL1A 3DMXA 5FELA 3CSQA 4UWVA 1IR8A 1L57A 1B7PA 1TAYA 4MCKA 1KIRC 1L0KA 1AKIA 4H94A 4J1BA 1GF9A 3CDRA 157LA 1DPXA 3CT0A 1L25A 5KXWA 2MEGA 1IP5A 1QTZA 159LA 3F6ZA 1LYSA 244LA 1D2WA 2CWIA 2YBIA 3DNAA 5FEKA 1C6DA 1G07A 3HT9A 1G0PA 4BADA 1L98A 4GBRB 4PGJB 154LA 1B7OA 2A7FA 2B6XA 1IVMA 142LA 2ANVA 2B6YA 1BB7A 3P64A 1IWUA 4PRQA 4DQ7A 1L07A 2I26L 1LZ5A 1C6MA 1LHHA 4DAJA 2F47A 1JSFA 4D9ZA 4YX7C 1D2YA 3K2RA 1YILA 4P2EA 174LA 1DQJC 2B75A 5AMYA 1LAAA 4WO9A 5FSTA 1IIZA 4DDBA 5C6JA 3DN3A 1L18A 1L56A 1XEJA 1CKFA 1CUPA 1HELA 3A8ZA 3DMVA 3C83A 1L66A 3SB5A 1LMNA 3M18B 187LA 3BKHA 1C45A 4NGOA 1UIEA 4FDYA 3F9LA 1UA6Y 221LA 2BQBA 4W96A 1D0MA 1I20A 205LA 1JTTL 3P68A 4NGWA 1ZVHL 3C7ZA 1CV0A 1DYDA 1LZ1A 1IWTA 1GPQC 1W08A 1V7TA 4XJHA 1AZFA 2NWDX 4LGKA 1L52A 2G4QA 2BQIA 1LMPA 1JTOL 1GAZA 4W54A 240LA 3A91A 186LA 250LA 4PPOA 188LA 4B4JA 1IEEA 152LA 1L92A 1P2RA 1D3NA 4H9IA 1LJNA 3RNXA 1LHMA 3ZEKA 1JJ0A 4OW1A 261LA 3P4ZA 1H87A 4OWHA 1WTHA 1D3JA 1C6BA 4H1PA 5J7CA 224LA 3EMSA 4I7NA 4GCEA 1OUAA 1L99A 1QS5A 1HERA 3A6BY 1L87A 4HSFA 1LSFA 3SB9A 3TXGA 1OUIA 2Y8PA 1IC5Y 103LA 1LMAA 1QSBA 1YL1X 1IP2A 5HMJA 4EKRA 4LT3A 4OWEA 1EQ5A 1NQIA 4DT3A 2MEDA 2XJWA 4GCBA 1P6YA 135LA 5E9RA 151LA 1NMMA 5KXNA 1CV3A 2ANXA 198LA 4I7MA 5C6LA 3C8SA 1GFKA 1QUTA 3HU9A 2BQNA 4DD0A 1WTNA 1HMLA 1PQMA 251LA 5LVHA 1JTMA 1LJJA 3L64A 1JKBA 3A3RX 1OWZA 3WUMA 1D9WA 1L42A 3TXHA 1F6SA 1LYEA 1SWYA 5LAFA 2OE7X 6LZMA 4PJ2C 1P36A 3GUJA 2A7DA 1J1PY 5LIOA 4GCCA 1DYAA 1CU2A 190LA 4HJZA 1OP9B 129LA 2EKSC 3V2WA 1QSAA 1GXV2 2GV0A 3A92A 4R6CA 1G1WA 3GUIA 4ZIXA 1UIFA 1L20A 3C81A 1JTNA 4RW2A 1HEWA 1AM7A 2DQCY 1OUEA 4X3BA 2F32A 1C46A 1LZCA 5LAGA 1B6IA 3HBDA 1BB3A 1EQ4A 4H92A 1HMKA 1HSWA 3HUQA 2DQDY 4DWXA 255LA 5L9JA 1C61A 185LA 199LA 2LC9A 4WM4A 1VATA 2D4IA 1C6JA 4N9RA 3HH5A 3TMWA 4XN6A 1G0LA 1BWIA 1KXYA 1CX7A 3HTFA 4NGIA 1GFUA 1L21A 4HV1A 1DKKA 189LA 3P65A 234LA 1CV1A 3FA0A 2H9KA 2YSSC 4W51A 1P64A 4ZPUA 1ZWNA 1B5YA 3RT5X 3A96A 4KPMA 4LFPA 236LA 1FLWA 2IHLA 1L97A 1B7LA 1KIPC 4HTKA 5FCPA 3N9CA 4BAFA 1FLYA 1C66A 1WQQA 3WXUA 1BVKC 4NG8A 5I54A 1QUGA 6LYTA 1CUQA 2D6BA 1BWJA 3W6AA 4E3UA 110LA 215LA 2BLXA 5ILFA 4G4BA 2ZNWY 4N1EI 1YIKA 3C82A 4ET8A 3QNGA 1GFAA 4C3WA 3K3TA 4GLVA 194LA 4AGAA 1QTEA 1BHZA 2ZQ3A 2HECA 1WQOA 1PQKA 1RFPA 3HH6A 253LA 1LHJA 1L59A 2IFFY 1IR7A 3GUNA 5JENB 4H9CA 2RH1A 1LJ3A 1LYHA 2QB0B 197LA 2XTHA 1L85A 3AB6A 1DXJA 2H5ZA 1IP1A 2ZYCA 1IX0A 1JKCA 2ZIJA 4G4HA 5IHGA 4YXAC 2BQAA 1TBYA 4B1AA 1GE2A 4HTQA 2MEAA 3HBHA 4TSCA 1BB6A 1LZ8A 4ARQA 1LSDA 1QT4A 4ARPA 2ZQ4A 2XBRA 1UIAA 3A67Y 1T97A 3DN1A 1CU3A 2BAAA 1ZMYL 2RBOA 7LZMA 4RLMA 1DKJA 4OOTA 125LA 3KAMA 1ALCA 3AGGG 235LA 1L86A 4LYZA 1GF4A 2DQGY 5KKJA 2Z12A 5F9XA 3TMXA 1L37A 1GF3A 1QT3A 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4YF2A 192LA 4YEOA 2HTXA 1LZ4A 1LZTA 4XJFA 2RBSA 1CU6A 4NY5A 113LA 4GN5C 1L75A 217LA 1L04A 237LA 1F6RA 3GUKA 1T6VL 119LA 4WL7A 245LA 3WUNA 1LSNA 196LA 1YANA 4ARMA 4I7QA 4TSBA 1QTVA 5LYMA 4OWBA 2F2QA 4NFVA 4A7DA 1XFPL 1L23A 4EPFA 4N5RA 1L05A 4QDNA 1SX2A 4G49A 1TDYA 5DN5A 1GFGA 4LDEA 5C6IA 3VW7A 5ILCA 3WL2A 1L16A 3W6CA 213LA 1L58A 109LA 2G4NA 3GUMA 1L81A 1XEKA 1GAYA 1BWHA 1L73A 1T8GA 3IWRA 4M4OA 3AW6A 2L78A 1GB0A 181LA 1QTKA 1E8LA 1C6HA 3HTGA 4NHSA 3CDVA 2HEFA 1CKHA 4CJ2A 4U3XB 1QTCA 1HFYA 1LGUA 4L41A 1XGRC 1L26A 2B70A 4LFXA 1JSEA 4ETCA 1OUDA 239LA 1TCYA 1GBWA 4Z3MA 246LA 4W94A 3WU9A 3DN0A 1ZYTA 1GEZA 4DD9A 1EPYA 1PQIA 1YAMA 1B9OA 3HUKA 5KKIA 1CV5A 1JQUA 4WG7A 3SB7A 1HC0A 1I6SA 1REZA 1GBXA 2C8OA 3CDOA 3OE8A 1IY3A 5HQ1A 5B06A 1GE0A 1LSZA 1L40A 1CTWA 1L24A 1OUGA 2DKVA 1L50A 114LA 1CVKA 3M3UA 1OVKA 1DI4A 1L83A 1L62A 2W1XA 1GB6A 9LYZA 4HTNA 172LA 1GBOA 1OQMA 1L36A 3TMVA 1DI5A 1P2LA 1YQVY 1YROA 4G4CA 1C68A 118LA 3AZ4A 230LA 1DPWA 1IWXA 5LINA 1C10A 3UONA 4H91A 3WW5A 2ZIKA 5B59A 1GDXA 1LZGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CU0 A;  130L A;  1L32 A;  1LI3 A;  1LJ4 A;  1WVV A;  2LCB A;  2EPE A;  3GXR A;  4NHQ A;  4NHI A;  2YVB A;  3RUN A;  4QY9 A;  1L64 A;  226L A;  6LYZ A;  1CJ7 A;  3P66 A;  4S0W A;  1L70 A;  4XJD A;  1LZB A;  1HHL A;  1KXW A;  2Z2F A;  1FLQ A;  5D5C A;  4ET9 A;  1F0W A;  1LZA A;  1FKQ A;  3MGW A;  2QAR C;  2BLY A;  3RZ4 A;  1VED A;  1IP6 A;  1CV4 A;  1FN5 A;  1JIT A;  2HEB A;  1HFZ A;  3WH1 A;  1C6E A;  4ANR A;  2B6W A;  4W59 A;  4G9S A;  1BGI A;  4H8Y A;  4C5F A;  5F81 A;  2F4G A;  1QDR A;  175L A;  4XJI A;  206L A;  1KW7 A;  1OUF A;  2PC2 A;  1LI6 A;  2CUU A;  1C6I A;  1EL1 A;  3DMX A;  5FEL A;  3CSQ A;  4UWV A;  1IR8 A;  1L57 A;  1B7P A;  1TAY A;  4MCK A;  1KIR C;  1L0K A;  1AKI A;  4H94 A;  4J1B A;  1GF9 A;  3CDR A;  157L A;  1DPX A;  3CT0 A;  1L25 A;  5KXW A;  2MEG A;  1IP5 A;  1QTZ A;  159L A;  3F6Z A;  1LYS A;  244L A;  1D2W A;  2CWI A;  2YBI A;  3DNA A;  5FEK A;  1C6D A;  1G07 A;  3HT9 A;  1G0P A;  4BAD A;  1L98 A;  4GBR B;  4PGJ B;  154L A;  1B7O A;  2A7F A;  2B6X A;  1IVM A;  142L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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