118LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEASVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 118lA00
1L99A 2QB0B 3RZEA 3HT9A 1G0KA 260LA 4OO9A 4EJ4A 1CU5A 1L08A 1NHBA 247LA 2LC9A 1LW9A 2B6YA 2B72A 239LA 3C8RA 1SX2A 258LA 127LA 2B75A 4I7KA 1G0MA 1C6NA 1WTHA 143LA 2F32A 198LA 1L20A 237LA 4I7OA 3K2RA 1L21A 1T8FA 1C63A 1L36A 1L86A 1D2WA 1L66A 1L50A 1LLHA 214LA 1L54A 3HH3A 224LA 4ARLA 1DYEA 248LA 3HDFA 3GUIA 4EPIA 2B6TA 4DJHA 2OTYX 223LA 3FADA 1L05A 1CU0A 4ARMB 139LA 218LA 1L02A 1EPYA 3EMLA 1G0PA 1QTHA 7LZMA 1L26A 1QTDA 2OU0X 3SBBC 4W51A 4I7NA 1C6EA 1JTNA 1JQUA 219LA 2F47A 4EKPA 1C61A 1T8AA 142LA 2RAYX 1L32A 1L22A 4EKSA 109LA 1L96A 178LA 3CDRA 183LA 230LA 249LA 1C69A 1L38A 3OE8A 1QTCA 1L70A 1L63A 2ANXA 1CU3A 195LA 1L64A 192LA 1PQJA 1PQKA 1L85A 2RAZX 3L64A 4YXAC 1KS3A 1P46A 2Z6BA 4EXMA 1C6GA 3SB9A 2L78A 5LZMA 1CUQA 166LA 3OE0A 1I6SA 4W54A 1QUHA 1QT7A 4DKLA 1KY1A 1L65A 4PJZA 2Q9DA 1L98A 1L91A 201LA 3DN0A 1C6PA 4W58A 1L33A 4EKRA 232LA 2F2QA 177LA 262LA 149LA 1C6HA 1L31A 228LA 3HT8A 1B6IA 108LA 1L81A 1T6HA 1L04A 3DN4A 1PQMA 1L37A 1PQIA 205LA 1LYIA 1K28A 1L45A 1L77A 2B6WA 1L95A 1L14A 2OU8A 3PDSA 1C6IA 261LA 1LI2A 1L34A 113LA 1L61A 1L44A 1LI3A 182LA 4AQNA 1CX7A 4I7SA 1C6FA 1L53A 1L89A 3DKEX 1L00A 148LE 1G0JA 1L46A 2O79A 3V2WA 1L68A 1L87A 244LA 2RH1A 2Q9EA 2RB0X 1L84A 1P6YA 1CVKA 1C65A 1QTVA 1L12A 1DYGA 1L83A 1JTMA 3HUKA 165LA 3SB6A 1P7SA 3CDVA 1L75A 175LA 1C6JA 251LA 3HH4A 3GUJA 1P2LA 2HULA 2LCBA 1CV1A 2RB2X 4LDLA 3DMZA 3SB5A 125LA 1DYAA 1C66A 3OE6A 1L57A 3UONA 158LA 4I7JA 159LA 1CV4A 1L10A 1L47A 1T8GA 4YX7C 1G1VA 162LA 3OE9A 3HT6A 146LA 3G3VA 1ZURA 1L59A 1PQDA 1L41A 3GULA 1CV0A 1L18A 1OVJA 1L30A 1L17A 3F9LA 3GUKA 130LA 212LA 226LA 1L11A 4ARJA 1L42A 1CV5A 122LA 1L15A 1KW5A 2QARC 1G06A 1SX7A 1LGXA 1C6AA 1L82A 1QS5A 1L79A 2RBOA 1L23A 3G3WA 4IAPA 1LYHA 1L56A 145LA 1C6KA 188LA 1CU2A 181LA 1XEPA 215LA 1L06A 200LA 3NY8A 3LZMA 3HH5A 1L67A 2RB1X 3SN6R 1LWGA 1QSBA 1L51A 1QUDA 2RBQA 3DMXA 1L55A 1L74A 4W56A 243LA 2B73A 246LA 2OE9X 1D3JA 3C83A 3HDEA 1L35A 234LA 1SSYA 206LA 1C6LA 126LA 102LA 1QS9A 4LDOA 164LA 3NYAA 180LA 174LA 1OV5A 1CUPA 1L27A 157LA 1L73A 227LA 3CDTA 3C80A 1DYBA 4GRVA 151LA 1L76A 1P36A 168LA 1L49A 4W52A 241LA 3JR6A 1QT5A 255LA 2OU9A 1L93A 1KW7A 1G0QA 1L07A 231LA 257LA 3C81A 4DAJA 229LA 1SWZA 1SSWA 1C6QA 209LA 3QAKA 1P37A 3SB8A 1L0JA 1L24A 161LA 1L40A 1PQOA 1XJTA 3SBAA 4K5YA 1L60A 1CU6A 2LZMA 240LA 189LA 2B7XA 185LA 1CX6A 3HTBA 1L48A 3HU9A 259LA 1C67A 1L01A 1D3MA 2OE7X 1G07A 191LA 3GUPA 236LA 140LA 131LA 1C6TA 2B70A 1L52A 4LZMA 4W53A 250LA 123LA 3C8SA 160LA 3DN3A 197LA 4I7RA 3CDQA 1D3NA 1OWZA 1LGWA 199LA 163LA 1KNIA 1QSQA 1LYDA 2NTGA 1DYFA 1CV6A 3RUNA 1OWYA 4I7QA 2CUUA 4LDEA 129LA 1LWKA 128LA 1P2RA 4W59A 2RBRA 170LA 1LYFA 1C6BA 1P56A 235LA 3HH6A 3HWLA 184LA 172LA 103LA 1QUGA 1C60A 1TLAA 187LA 1LPYA 2O7AA 1L71A 242LA 3HT7A 167LA 1L80A 4ARQA 4GBRB 1LGUA 1QT6A 186LA 3NY9A 3DN8A 4W55A 1SWYA 1L62A 1QT3A 2A4TA 1C62A 238LA 1DYDA 225LA 254LA 4I7MA 3HTGA 2OE4X 104LA 1T97A 3G3XA 3C7ZA 114LA 222LA 3GUNA 1L09A 3HU8A 6LZMA 217LA 3C8QA 1L94A 150LA 1QT8A 3HTDA 216LA 111LA 1L88A 1L03A 4EKQA 155LA 1D2YA 152LA 3SB7A 1L25A 1L92A 1LYGA 210LA 3HUAA 3GUOA 2ANVA 2RBPA 2B74A 1L97A 119LA 196LA 252LA 3GUMA 171LA 1KY0A 173LA 3C7YA 4E97A 2NTHA 3FI5A 3PBLA 211LA 1LYJA 1G0LA 233LA 2HUMA 3DN6A 3FA0A 1L19A 4S0WA 4YXCA 1OVKA 245LA 1D3FA 2RBSA 3L2XA 3C7WA 4EPFA 144LA 138LA 110LA 176LA 2B6XA 3D4SA 3CDOA 3DN1A 220LA 3HTFA 256LA 120LA 137LA 1CTWA 2OTZX 1DYCA 3VW7A 5I14A 2RBNA 3F8VA 1LYEA 1QUOA 1L58A 147LA 4I7LA 213LA 2B6ZA 3DMVA 1L13A 107LA 1G1WA 2O4WA 221LA 4ARMA 1L90A 190LA 3DN2A 112LA 1XJUA 1QTZA 1C6CA 1L0KA 4ARPA 1QTBA 4I7PA 4ARQB 115LA 3V2YA 141LA 118LA 3DNAA 1P64A 1OV7A 1ZYTA 1L39A 1QT4A 2OEAX 3HUQA 1G0GA 1LI6A 253LA 1C6MA 2HUKA 1L69A 1L28A 1L43A 2IGCA 169LA 1P5CA 1L29A 3C82A 4I7TA 4ZPUA 1P3NA 1OYUA 1C68A 3ODUA 1D9WA 4PK0A 156LA 4W57A 1CV3A 1C6DA 1ZWNA 1C64A 1L72A 1OVHA 1L16A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L99A 2QB0B 3RZEA 5KXNA 2GV0A 2ZQ3A 1IWWA 2MEDA 4HV1A 4KL7A 127LA 2B75A 5B1GA 1C6NA 3CSRA 143LA 3WW6A 4D9ZA 237LA 1KIPC 1T8FA 1LZTA 3HH3A 224LA 3EXDA 4Z98A 1WTMA 1DYEA 248LA 3GUIA 3P64A 1QSWA 3TXIA 218LA 1G0PA 3A95A 1LOZA 1VATA 1JQUA 5T3FA 1T8AA 1HMKA 5HLLA 4EKSA 3CDRA 3A91A 3QNGA 1L38A 5C6LA 3OE8A 1QTCA 1L63A 4OW1A 195LA 1L64A 5M1YA 4NHSA 2L78A 5LZMA 1CUQA 3OE0A 4W54A 1QUHA 3W6AA 1QT7A 4KPMA 4DKLA 4YENA 1YKYX 2Q9DA 2EQLA 4OWBA 1G7JC 3GXKA 1JHLA 4H8YA 1L33A 2FBBA 1QIOA 262LA 2DQFC 1C6HA 208LA 4B49A 2F2NA 5LXWA 2MECA 4NHTA 134LA 1EQEA 1PQMA 1GE1A 205LA 1JJ0A 1LYIA 1OUAA 3QY4A 1LMQA 5HNLA 1D6QA 1IC5Y 1C6IA 5B06A 1L34A 3WL2A 1L44A 1LI3A 182LA 1L53A 2BQLA 1DKKA 1L00A 1LHMA 3B0KA 3P68A 1L46A 3TMWA 4ZIXA 2Q9EA 4W96A 1HERA 1B5ZA 3WU9A 5KXOA 1JWRA 3W3EA 3WXTA 1CKCA 2YBLA 1C65A 4HTNA 5HMJA 1GBSA 1QTVA 1W08A 4H9BA 3HUKA 165LA 3E3DA 3WH1A 3A3QA 4NG8A 1L75A 3HH4A 1LMNA 3GUJA 4BADA 4NHIA 2HULA 4CGEA 3AZ7A 3DMZA 1C43A 193LA 1GAYA 3TMVA 3A90A 4RDSA 1IC4Y 4EMNA 5B1FA 1CV4A 1L47A 5C6JA 1C7PA 162LA 3HT6A 3A92A 1ZURA 1L41A 3GULA 1CV0A 5LYMA 1L18A 1OVJA 1L30A 1DQJC 1L42A 4HTKA 4H91A 5D5CA 4LYOA 2QARC 1G06A 5LVIA 5LAGA 5AMYA 1L82A 1QS5A 4R0FA 1GF7A 4IAPA 4XJBA 1IWUA 145LA 1C6KA 1YAQA 1JTOL 1CU2A 1GB7A 200LA 4LYZA 1L67A 3SN6R 1HHLA 6LYZA 4FJRA 1L74A 1XGPC 1IOQA 2XQOA 2BQGA 2B73A 246LA 9LYZA 1TBYA 1FLWA 4H93A 4OWEA 2Z19A 5B59A 1UACY 4LDOA 1OUEA 1OV5A 4NY5A 4ET9A 1L73A 3CDTA 1TCYA 4PHIA 4L41A 4GRVA 4ETEA 1FBIX 1RE2A 4GCCA 1AT5A 3ATOA 1L49A 2ZWBA 3P4ZA 2RSCA 255LA 4NGKA 4ZFPA 2HEBA 257LA 3OJPA 4LFXA 2HEDA 2BPUA 1NQIA 1P37A 1L24A 1JSEA 5F14A 2ZIKA 1XJTA 1JTTL 1L60A 1HEMA 1BWIA 1CU6A 240LA 1D0MA 3A93A 189LA 1GDWA 1LSPA 1RFPA 2D6BA 3HBHA 185LA 4NWEA 4LGKA 1UIFA 1C67A 2OE7X 4QY9A 3A96A 140LA 131LA 2B70A 1L52A 2D4IA 4W53A 197LA 3G3BB 3DN3A 1D3NA 1LMTA 1OWZA 199LA 3AYQA 1QSQA 4N8ZA 1HF4A 1GF3A 1VEDA 5F16A 4W59A 5I53A 2F30A 3HH6A 3AZ5A 3HWLA 3A6BY 4GCFA 4E3UA 1LPYA 2O7AA 4WM6A 3HT7A 167LA 1L80A 4ARQA 5EBHA 1LGUA 3NY9A 3WPJA 2A4TA 4WO9A 4NSJA 1GDXA 225LA 254LA 4LT0A 1B7LA 104LA 3P66A 1QDTA 1XFPL 3C7ZA 222LA 2YVBA 1SLYA 6LZMA 5LA8A 2HEAA 2BQNA 3C8QA 150LA 1G7MC 3HTDA 4BAFA 1REYA 1D2YA 5DN5A 152LA 3KAMA 1UA6Y 4DD3A 5LINA 3HUAA 3N9EA 1L97A 1NKHA 4II8A 2W1XA 4G4HA 196LA 3GUMA 1IOCA 4E97A 1LKSA 1GBYA 5APEA 3PBLA 233LA 3DN6A 3K3TA 1E8LA 1IP5A 1REZA 138LA 110LA 1OUHA 3D4SA 3CDOA 4GLAA 2H5ZA 4EOFA 5F81A 2WARA 1YL1X 3DMVA 1L13A 107LA 1LJHA 1B5YA 2O4WA 190LA 1XJUA 2ZNWY 4ARPA 1HEPA 5LIOA 4I7PA 1CJ8A 3AZ4A 3M3UA 3WUAA 4ETDA 3DNAA 1ZYTA 4GCEA 1LJ3A 5K7OA 1NBZC 3LZTA 4QGZA 1KIQC 1B5XA 4Z46A 1LI6A 1C6MA 4WMGA 1L28A 169LA 3C82A 4I7TA 2I6ZA 1P3NA 1FLYA 1UIAA 1WQMA 1T3PA 4PK0A 4W57A 4WLTA 1LHJA 1D6PA 1MELL 2BQDA 4GN4A 2D4KA 1CV3A 1ZWNA 1C64A 1L72A 1B7SA 1GF8A 4EJ4A 2YBHA 1CU5A 1NHBA 2EIZC 2B72A 3C8RA 4YM8A 4I7KA 2F32A 198LA 1L20A 3K2RA 2MEFA 1WQQA 1L21A 1C63A 1L86A 4CFOA 1L50A 1IR7A 214LA 1L54A 4EPIA 1D0KA 1LAAA 5D5FA 2OTYX 4QEQA 223LA 1UUZC 1LKRA 1L02A 5LVJA 4WLXA 4XJIA 4H90A 1QTHA 1LSAA 1WTNA 1QQYA 1C6EA 1JTNA 219LA 1DI5A 1J1OY 4EKPA 1C61A 142LA 1LZGA 2RAYX 1L32A 178LA 3HBDA 4XJFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L99 A;  2QB0 B;  3RZE A;  5KXN A;  2GV0 A;  2ZQ3 A;  1IWW A;  2MED A;  4HV1 A;  4KL7 A;  127L A;  2B75 A;  5B1G A;  1C6N A;  3CSR A;  143L A;  3WW6 A;  4D9Z A;  237L A;  1KIP C;  1T8F A;  1LZT A;  3HH3 A;  224L A;  3EXD A;  4Z98 A;  1WTM A;  1DYE A;  248L A;  3GUI A;  3P64 A;  1QSW A;  3TXI A;  218L A;  1G0P A;  3A95 A;  1LOZ A;  1VAT A;  1JQU A;  5T3F A;  1T8A A;  1HMK A;  5HLL A;  4EKS A;  3CDR A;  3A91 A;  3QNG A;  1L38 A;  5C6L A;  3OE8 A;  1QTC A;  1L63 A;  4OW1 A;  195L A;  1L64 A;  5M1Y A;  4NHS A;  2L78 A;  5LZM A;  1CUQ A;  3OE0 A;  4W54 A;  1QUH A;  3W6A A;  1QT7 A;  4KPM A;  4DKL A;  4YEN A;  1YKY X;  2Q9D A;  2EQL A;  4OWB A;  1G7J C;  3GXK A;  1JHL A;  4H8Y A;  1L33 A;  2FBB A;  1QIO A;  262L A;  2DQF C;  1C6H A;  208L A;  4B49 A;  2F2N A;  5LXW A;  2MEC A;  4NHT A;  134L A;  1EQE A;  1PQM A;  1GE1 A;  205L A;  1JJ0 A;  1LYI A;  1OUA A;  3QY4 A;  1LMQ A;  5HNL A;  1D6Q A;  1IC5 Y;  1C6I A;  5B06 A;  1L34 A;  3WL2 A;  1L44 A;  1LI3 A;  182L A;  1L53 A;  2BQL A;  1DKK A;  1L00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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