118LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEASVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 118lA00
2OTYX 1L02A 113LA 1LGUA 3C7ZA 3L2XA 196LA 1QT7A 3DN1A 248LA 1L28A 217LA 3HUKA 1L44A 1D3JA 3RZEA 1ZYTA 5LZMA 4ARMB 1QT4A 1KW7A 3G3WA 187LA 1QT3A 3NYAA 4YX7C 149LA 1QT6A 140LA 112LA 2OU9A 252LA 2B6YA 2B74A 1D2WA 228LA 211LA 4EPIA 3C8SA 4I7NA 1L76A 1L30A 1L81A 3D4SA 1LYIA 1LGXA 1LYGA 1L47A 3SB9A 1L43A 3DNAA 1I6SA 1KY0A 3HTFA 3HT6A 3HH4A 4EXMA 1LWGA 219LA 1OVKA 1L19A 1L62A 1L93A 1P5CA 250LA 164LA 1L01A 1L23A 183LA 1CU3A 1P6YA 1G0GA 174LA 1LYFA 1XEPA 3DKEX 3PDSA 3SB8A 1P2RA 3V2WA 1LI3A 2OU0X 3LZMA 4K5YA 4PK0A 1QTVA 190LA 1L16A 1PQJA 7LZMA 2O4WA 1LW9A 3HH6A 1L54A 1C6FA 1DYEA 1OVHA 1C6KA 245LA 2RBPA 1L63A 1SWYA 1L46A 3SBAA 125LA 4EKQA 1L66A 161LA 110LA 2B7XA 188LA 1C66A 1CU5A 1JTMA 1CX6A 3GUKA 4W54A 2F2QA 3GUJA 1T8GA 3PBLA 1KW5A 3DMXA 1LI2A 255LA 1G06A 4W53A 1L92A 4W56A 1L07A 3C8QA 3DN4A 259LA 205LA 3OE0A 4W55A 2RB0X 1C61A 3HU8A 1C6IA 2OE9X 1CV6A 4ARQA 254LA 1DYAA 1L80A 1DYCA 2RB1X 216LA 1QT5A 239LA 2B75A 1CV0A 1C6EA 2L78A 1L29A 4I7OA 4EKRA 2A4TA 236LA 3C7WA 199LA 1L12A 1WTHA 1P7SA 1SSWA 1QUOA 2B6WA 3NY9A 2Z6BA 1L53A 3C7YA 1L36A 3RUNA 1L79A 120LA 3SB6A 3CDOA 1L0JA 137LA 3HH3A 4LZMA 103LA 1L68A 3DN8A 1C63A 3HUQA 198LA 1D9WA 230LA 1C65A 1OV5A 212LA 1CVKA 1P2LA 107LA 4AQNA 2LC9A 1CUQA 4EKPA 4I7JA 1L13A 237LA 1QS5A 1P46A 3GUNA 235LA 3HTBA 4ARPA 3HU9A 1SX7A 4W57A 4LDOA 3HT9A 1KY1A 1L71A 1CU0A 1QTHA 251LA 2B6TA 1LYDA 2RBOA 3DN2A 1L97A 197LA 3OE8A 4W58A 1L73A 2O7AA 4W59A 1L25A 175LA 3CDVA 1L88A 4YXCA 1L67A 1L94A 144LA 180LA 1L57A 220LA 1QUHA 201LA 218LA 123LA 238LA 1LWKA 2QARC 170LA 1DYDA 1L85A 4EKSA 165LA 1L45A 1K28A 2IGCA 182LA 231LA 4IAPA 1G0LA 2ANVA 1C60A 1L08A 1P37A 1T6HA 1L89A 2B72A 1QTBA 213LA 160LA 3CDTA 1L22A 4I7TA 1C68A 1G1VA 234LA 184LA 3HTGA 246LA 1PQDA 1LLHA 2QB0B 2NTGA 3DMVA 1LGWA 1CX7A 2OE7X 1C6BA 3JR6A 226LA 163LA 2HULA 1L58A 3F8VA 215LA 1QUGA 1CV1A 1PQKA 241LA 261LA 150LA 1KS3A 145LA 3SB7A 2F32A 4I7RA 3UONA 3ODUA 162LA 189LA 1L03A 2RAZX 1G0MA 2HUMA 1L59A 1L24A 1SSYA 2RBQA 1L60A 181LA 4I7MA 1C6NA 192LA 1QUDA 1L75A 4I7QA 1L38A 229LA 2RBSA 1C6QA 128LA 4I7PA 1L49A 1L82A 152LA 126LA 3SBBC 3CDQA 1P56A 222LA 171LA 3GUIA 157LA 258LA 1PQOA 224LA 1KNIA 3G3XA 1DYBA 225LA 3C80A 1OWYA 2RB2X 2RH1A 1L34A 4I7SA 1LYEA 1QTCA 4ZPUA 3HT8A 1L31A 1OYUA 5I14A 168LA 1C6PA 2OE4X 1B6IA 1C6GA 2LCBA 4I7KA 1LPYA 1C6DA 3V2YA 2LZMA 2B73A 2OTZX 1L77A 1QS9A 2RBNA 3FI5A 1QT8A 1D3NA 3FA0A 2B70A 1C67A 1EPYA 3GUMA 4LDLA 4ARJA 1G0QA 3GUPA 1L69A 3SB5A 186LA 240LA 4ARQB 1L70A 1L33A 191LA 1L09A 115LA 1L15A 3C81A 3GUOA 4ARMA 1L20A 1OV7A 4EPFA 142LA 1L96A 1XJTA 3HH5A 1L26A 1T8FA 3HWLA 2OU8A 247LA 1L04A 1OVJA 214LA 1CTWA 3DN0A 2Q9EA 1SX2A 1QTZA 3QAKA 4I7LA 1L74A 232LA 146LA 1L50A 108LA 1CV3A 118LA 4E97A 1C6MA 2HUKA 3DN6A 3HT7A 1L06A 1L42A 1L51A 249LA 169LA 185LA 3NY8A 1LI6A 1TLAA 1L0KA 1QSQA 122LA 166LA 4W52A 156LA 1L10A 3FADA 1L39A 2F47A 2B6ZA 1L27A 3F9LA 3HTDA 4OO9A 1G0PA 1L90A 1QSBA 1CU6A 1QTDA 4YXAC 2Q9DA 1XJUA 3SN6R 4EJ4A 1L64A 104LA 3OE6A 1DYFA 1L84A 2CUUA 1P3NA 1L48A 210LA 1G0KA 1C6LA 1L17A 1P36A 233LA 131LA 256LA 1L00A 114LA 139LA 1C6TA 243LA 1ZURA 1CUPA 127LA 221LA 158LA 2RAYX 1L05A 1G0JA 1T97A 3K2RA 109LA 1OWZA 1LYJA 4GBRB 3DN3A 1L56A 223LA 3CDRA 1JTNA 1NHBA 148LE 1C69A 1ZWNA 3C83A 1LYHA 151LA 1CV4A 172LA 1L95A 1L21A 102LA 1L32A 1PQIA 119LA 1CU2A 1L40A 178LA 155LA 200LA 4DAJA 3HDEA 4ARLA 1C6CA 1L61A 159LA 3C82A 4W51A 1L83A 2B6XA 1L91A 242LA 143LA 257LA 4LDEA 1L41A 3C8RA 147LA 1L87A 3GULA 3L64A 1T8AA 1G1WA 1L11A 138LA 1L65A 1L72A 227LA 3EMLA 4S0WA 176LA 262LA 1L98A 111LA 1D3FA 1D2YA 2NTHA 1L86A 3G3VA 4DKLA 129LA 1D3MA 195LA 1L35A 1L14A 244LA 4PJZA 6LZMA 1DYGA 130LA 1C6HA 2O79A 260LA 177LA 1PQMA 4GRVA 2RBRA 2ANXA 1L37A 1C64A 209LA 3VW7A 141LA 206LA 1L18A 1L52A 253LA 1C62A 3HUAA 1G07A 167LA 3DMZA 1C6AA 1P64A 3OE9A 1L55A 1L99A 1JQUA 2OEAX 173LA 4DJHA 1CV5A 1SWZA 3HDFA 1C6JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OW1A 4G4HA 2CJLA 1LGUA 5II3A 248LA 1L44A 1ZYTA 1NDGC 1LYOA 4H90A 2D4IA 2MEHA 4WLYA 2B6YA 2BQDA 4DD3A 1LHJA 1L30A 1LZGA 1L81A 1LGXA 3A6BY 3AJNA 3HTFA 2DQFC 5FDJA 1FLWA 1LJHA 1LAAA 1VATA 3N9EA 1L01A 3N9CA 1P2CC 1LYSA 1CU3A 1P6YA 1G0GA 3DKEX 3SB8A 3PDSA 4CFOA 1XEKA 2BQJA 1PQJA 5DM9A 4LYZA 1LW9A 1IWUA 4EMNA 1GB2A 2IFFY 1LMCA 1FBIX 3SBAA 2G4NA 4LYTA 1GB6A 161LA 2B7XA 2XJWA 1UIDA 1IVMA 4NGKA 3AYQA 1JTMA 1CX6A 1GFAA 2MEGA 2F2QA 4ETDA 1REMA 3PBLA 1BGIA 1LI2A 1G06A 2YSSC 4W56A 4LYCA 2W1YA 1L07A 205LA 3OE0A 4OOOA 1H87A 2F4GA 4ARQA 2B5ZA 216LA 4PJ2C 5B05A 2CDSA 7LYZA 4KXIA 4DWXA 1GB8A 3C7WA 236LA 1LMTA 2FYDA 1P7SA 1WQPA 2N5ZA 1GDWA 4NWEA 3WW5A 1L79A 1LCNA 4I0CA 4XJIA 1L0JA 137LA 3DN8A 198LA 230LA 4AQNA 1MLCE 1P2LA 2HEBA 1HERA 2W1MA 2ZNXY 4A7DA 4LT2A 4PRUA 3B72A 1P46A 5DLAA 235LA 3HU9A 4H9BA 3HT9A 1CU0A 4QGZA 1DZBX 197LA 3OE8A 1JSFA 3P4ZA 1T6VL 2YBHA 4W59A 5L3HA 2D4JA 3CDVA 2DQJY 1LSCA 1HHLA 180LA 1GF3A 4N1EI 1GBWA 1F0WA 1CJ7A 1CKFA 4EKSA 5C6LA 1L45A 1HSWA 1YKZX 2Q0MX 182LA 4IAPA 1FLQA 1G0LA 3CB7A 1C60A 1P37A 1L89A 4QY9A 1GAZA 4XJBA 8LYZA 1RCMA 1G1VA 1I56A 1HNLA 3HTGA 1JWRA 246LA 2QB0B 3D3DA 4PGJB 4H9HA 3W6DA 1QSWA 4NGIA 4DD0A 4DT3A 1IC5Y 3LN2A 4W94A 3P64A 1KIRC 163LA 1LZ9A 3F8VA 1CV1A 1I1ZA 4H9IA 4KT3A 3SB7A 4I7RA 1JJ0A 2HTXA 162LA 1UIBA 1QUTA 189LA 1WQNA 1L03A 3T36A 2C8OA 1G0MA 1AM7A 4YEOA 1L60A 1C45A 4YENA 5B59A 3P68A 4D9ZA 1VDTA 3IJVA 1QUDA 3QNGA 1L38A 1GE2A 229LA 4WL6A 1YKYX 3FE0A 2FYCA 2ZIJA 171LA 1UIGA 3TXIA 258LA 2HECA 1PQOA 1JPOA 5LIOA 5B06A 3WULA 2D6BA 1GF6A 5AMYA 1JJ3A 4I7SA 1QTCA 2MEAA 2ZIKA 1L31A 168LA 2OE4X 2MEIA 4DD9A 4I7KA 1LPYA 1C6DA 4C5FA 2ZYPA 4L41A 1LMPA 2RBNA 1A4VA 1QS9A 4H94A 4NSIA 4TTDA 4GN5C 4LDLA 4ARJA 1L70A 191LA 1L09A 115LA 3AW6A 5APCA 1YQVY 4RLMA 3RZ4A 2Z19A 3J4GA 142LA 1L26A 4UWUA 4WM6A 1GFEA 1D9UA 4ETEA 3QAKA 4I7LA 232LA 4XADA 5LYMA 3HBDA 5HMJA 108LA 1RJCB 3DN6A 1EQEA 4Z98A 5LAFA 185LA 2BQMA 3QE8A 4W52A 1OUBA 4FJRA 1HEWA 3F9LA 3HTDA 1L90A 1CU6A 3SN6R 5KXKA 5I5QA 4NG1A 1VFBC 3N9AA 4HSFA 3WPKA 2BQBA 256LA 1UACY 1C6TA 127LA 1DQJC 1XSFA 3CDRA 223LA 1LHLA 2MECA 4GCFA 4HV2A 4WL7A 1LSGA 3WL2A 1L95A 1OUEA 1L32A 3HBEX 4NGVA 5E4PA 4N0JA 5HNCA 1L40A 200LA 4DAJA 1LJGA 2W1LA 4M6DA 4LT0A 5FHWA 4WMGA 1C6CA 1L61A 3WMKA 1LZ4A 1L91A 143LA 1LMAA 1OUGA 1L87A 1LZ5A 3GULA 1DI3A 1L65A 4NY5A 3LHMA 4S0WA 1IWWA 3AB6A 2ZNWY 5I4YA 111LA 1D3FA 3G3VA 3RNXA 1YAQA 129LA 2G4QA 1JKBA 3RT5X 1GB3A 5LYZA 2DQEY 177LA 4BAFA 1PQMA 4ETCA 4NIJA 1DI5A 1IP5A 1F6SA 141LA 1L18A 4HTNA 4DDBA 5KXRA 1LZAA 1C62A 3ULRA 1JJ1A 1GFJA 5KKJA 3OE9A 5KXTA 5HMVA 1UUZC 1C6JA 5F14A 2OTYX 3A6CY 4DQ5A 1QT7A 2WARA 1QTEA 1IP4A 1D3JA 5APDA 5LZMA 4ARMB 3G3WA 1TCYA 1QT6A 252LA 2HU1A 5FEKA 4LGKA 3C8SA 4I7NA 3D4SA 1B7RA 3DNAA 1KY0A 2RSCA 1SQ2L 2BQCA 1OVKA 1L62A 1L93A 1UICA 2EPEA 183LA 3TXDA 1XEPA 1P2RA 1IORA 2F4AA 4H8XA 5DN5A 4PHIA 3EXDA 1BWJA 4BAPA 1LI3A 3OK0A 1HFYA 2BPUA 3G3BB 4PK0A 1LHMA 7LZMA 4KL7A 3AW7A 1L54A 1C6FA 1DYEA 1OVHA 5LVJA 1CKGA 1C6KA 1EL1A 1C43A 1IY3A 4I8SA 125LA 2HU3A 1L66A 110LA 4H1PA 3KAMA 1VEDA 5KJ9A 1DI4A 1C66A 1SLYA 1LHIA 4W54A 4UWNA 3A67Y 255LA 1LJIA 4IATA 4PRQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OW1 A;  4G4H A;  2CJL A;  1LGU A;  5II3 A;  248L A;  1L44 A;  1ZYT A;  1NDG C;  1LYO A;  4H90 A;  2D4I A;  2MEH A;  4WLY A;  2B6Y A;  2BQD A;  4DD3 A;  1LHJ A;  1L30 A;  1LZG A;  1L81 A;  1LGX A;  3A6B Y;  3AJN A;  3HTF A;  2DQF C;  5FDJ A;  1FLW A;  1LJH A;  1LAA A;  1VAT A;  3N9E A;  1L01 A;  3N9C A;  1P2C C;  1LYS A;  1CU3 A;  1P6Y A;  1G0G A;  3DKE X;  3SB8 A;  3PDS A;  4CFO A;  1XEK A;  2BQJ A;  1PQJ A;  5DM9 A;  4LYZ A;  1LW9 A;  1IWU A;  4EMN A;  1GB2 A;  2IFF Y;  1LMC A;  1FBI X;  3SBA A;  2G4N A;  4LYT A;  1GB6 A;  161L A;  2B7X A;  2XJW A;  1UID A;  1IVM A;  4NGK A;  3AYQ A;  1JTM A;  1CX6 A;  1GFA A;  2MEG A;  2F2Q A;  4ETD A;  1REM A;  3PBL A;  1BGI A;  1LI2 A;  1G06 A;  2YSS C;  4W56 A;  4LYC A;  2W1Y A;  1L07 A;  205L A;  3OE0 A;  4OOO A;  1H87 A;  2F4G A;  4ARQ A;  2B5Z A;  216L A;  4PJ2 C;  5B05 A;  2CDS A;  7LYZ A;  4KXI A;  4DWX A;  1GB8 A;  3C7W A;  236L A;  1LMT A;  2FYD A;  1P7S A;  1WQP A;  2N5Z A;  1GDW A;  4NWE A;  3WW5 A;  1L79 A;  1LCN A;  4I0C A;  4XJI A;  1L0J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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