1LWKA

Multiple methionine substitutions are tolerated in t4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPMYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETRMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 42
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lwkA00
3C8QA 1L94A 1L66A 3SBAA 1L75A 3C80A 4ZPUA 1L95A 1L59A 1C6JA 142LA 1L38A 3F8VA 3GUPA 1L34A 1L49A 1L89A 3NY8A 1ZURA 1L47A 1LPYA 2B6TA 108LA 2ANXA 3C7WA 1TLAA 152LA 1L62A 6LZMA 1SX2A 107LA 4W53A 1LWKA 3HTGA 1C6PA 1G0QA 1G0JA 1L70A 1C6BA 1L68A 1L04A 3CDVA 2QARC 1C61A 2OU0X 1L57A 224LA 1LLHA 144LA 1LWGA 1CV4A 4W58A 1CU2A 4I7NA 1D3JA 3OE8A 1L96A 1PQOA 1L19A 1CU6A 4I7QA 4LZMA 1L37A 223LA 4LDLA 1OVJA 2HUMA 190LA 1D9WA 1L67A 238LA 126LA 173LA 1LYJA 4ARPA 3DN1A 104LA 1L32A 3VW7A 7LZMA 156LA 2Q9DA 1L55A 137LA 1L71A 3DN6A 3HT7A 1C6IA 1OWZA 1XJUA 1LGUA 3HDEA 3FA0A 1P3NA 4GBRB 257LA 3DN3A 3GULA 4EJ4A 197LA 111LA 3SN6R 1D3NA 1P36A 200LA 2HULA 163LA 1T8FA 2F32A 1L11A 189LA 3GUMA 1L07A 1L90A 1QT7A 1QT3A 112LA 1LYFA 165LA 227LA 1L77A 1KS3A 4ARJA 248LA 143LA 2OEAX 4AQNA 3F9LA 3RUNA 2RAZX 175LA 1L27A 1L24A 213LA 1P2LA 4W57A 3CDQA 115LA 4LDOA 3RZEA 198LA 3DN4A 3HT9A 217LA 1C6HA 1JTNA 1SWYA 3OE9A 1DYEA 125LA 3UONA 4DJHA 1L74A 4E97A 3DN8A 1XJTA 1LYGA 3LZMA 2OE9X 131LA 250LA 2B6WA 1DYGA 1LYEA 113LA 1C6CA 1L14A 4EXMA 191LA 120LA 1L79A 1QTDA 1L82A 1P7SA 1QS5A 159LA 1L20A 2LC9A 3DMZA 3ODUA 1L56A 1G1WA 1C6TA 1DYBA 235LA 3HUAA 4EKRA 1L80A 3C82A 1C6LA 1CTWA 1L41A 1XEPA 260LA 1C66A 1L25A 3DN2A 1L03A 196LA 1DYCA 239LA 1CV0A 4I7RA 138LA 2NTHA 1L63A 4I7OA 216LA 199LA 1L0KA 1L81A 1OVKA 214LA 1L12A 4YX7C 186LA 168LA 169LA 1CU0A 3HTFA 3HU9A 3HU8A 1SWZA 123LA 2F47A 3C81A 3HUKA 209LA 1OV5A 2LCBA 3FI5A 1L08A 4ARMB 1QTZA 228LA 249LA 4LDEA 110LA 2CUUA 4YXCA 2QB0B 1KW7A 1L39A 147LA 1LW9A 1C6DA 4ARQB 183LA 195LA 1L29A 149LA 1D2WA 1T8GA 1C6AA 241LA 1SX7A 4W52A 3HH6A 1D3MA 1L85A 3DNAA 2B72A 1ZYTA 2RB0X 3C8RA 130LA 2B7XA 1DYFA 1QUOA 212LA 4ARMA 255LA 226LA 253LA 4DAJA 192LA 1D2YA 1L73A 148LE 1L13A 1L10A 1QT8A 128LA 1L35A 256LA 3SB8A 4ARQA 221LA 2A4TA 1CX6A 2L78A 4I7KA 109LA 4W54A 1L87A 2RBOA 127LA 201LA 2RB2X 170LA 1QS9A 3V2YA 2IGCA 1SSWA 1PQJA 1L76A 3HT6A 177LA 1C63A 140LA 1L18A 1L05A 182LA 1L98A 1G0KA 1SSYA 3SB9A 1L15A 3HDFA 2OTYX 3NY9A 206LA 1CU5A 1P2RA 1C69A 1G0PA 3GUIA 188LA 2RBSA 2O79A 1L06A 1C65A 205LA 4I7SA 2B73A 244LA 3OE0A 1CUQA 1NHBA 114LA 1OWYA 3HT8A 171LA 1L58A 2B6YA 261LA 1L84A 2RBPA 3C7YA 3JR6A 1L30A 119LA 3HWLA 1L93A 1T8AA 259LA 3G3WA 3GUJA 1QUHA 1LI3A 180LA 129LA 220LA 1QT6A 2B6XA 1DYDA 1C62A 1L23A 222LA 4W55A 1C6EA 3GUOA 3G3XA 3CDTA 141LA 2NTGA 2O7AA 231LA 1CV6A 1PQIA 1OV7A 4EPIA 229LA 1L44A 4I7PA 5LZMA 1L54A 1L99A 4EKSA 225LA 146LA 1LYHA 1T97A 2RB1X 4YXAC 3HH3A 151LA 1C60A 3PDSA 164LA 161LA 1CUPA 4GRVA 3DN0A 4IAPA 4EKQA 1CVKA 160LA 1I6SA 1CX7A 1LYIA 1JQUA 176LA 1OVHA 1JTMA 1KY0A 3SB7A 1WTHA 3L64A 4W51A 4PJZA 2B70A 122LA 4I7JA 184LA 2ANVA 2B75A 1L22A 1C64A 3V2WA 1L09A 215LA 1L42A 1P6YA 1PQKA 2HUKA 3SBBC 3GUNA 4ARLA 1L21A 174LA 1L86A 2RBQA 103LA 3CDRA 1LGXA 1L83A 1KW5A 1G0GA 4K5YA 1L28A 1C68A 2OU8A 181LA 1QT4A 4W59A 1K28A 1LYDA 3NYAA 4EPFA 1G0MA 1KNIA 254LA 1L53A 1LI6A 2RAYX 5I14A 3DKEX 246LA 2Z6BA 210LA 1G1VA 2B6ZA 178LA 1L48A 1QSQA 2OTZX 1P37A 1L91A 4S0WA 2RBRA 1CU3A 102LA 118LA 1L0JA 1L46A 1L31A 219LA 1D3FA 157LA 1QUDA 145LA 1PQMA 1B6IA 1L02A 1L50A 3OE6A 1QT5A 1PQDA 242LA 1ZWNA 1L45A 1CV5A 3HUQA 1L69A 218LA 172LA 240LA 3C83A 1L52A 1KY1A 1QTHA 187LA 211LA 4W56A 1DYAA 1L00A 4EKPA 1G07A 2Q9EA 2LZMA 1QSBA 1C67A 1L16A 1OYUA 243LA 1C6NA 230LA 139LA 245LA 1EPYA 2B74A 1L72A 166LA 3K2RA 4I7MA 155LA 1L92A 1QTVA 3D4SA 2OE7X 251LA 1G0LA 1C6FA 167LA 1L43A 2O4WA 1L64A 1C6GA 3GUKA 3L2XA 252LA 162LA 158LA 1QTCA 1L17A 3DMVA 1P5CA 1L88A 3PBLA 3C8SA 1G06A 247LA 237LA 1L36A 2RH1A 1L01A 150LA 3SB5A 1L40A 3G3VA 3QAKA 234LA 1LI2A 3C7ZA 2RBNA 1C6KA 1QUGA 3HTDA 2OU9A 1CV3A 1CV1A 258LA 262LA 3EMLA 2OE4X 1L51A 4I7LA 3DMXA 236LA 1L65A 1L60A 1C6MA 1L97A 4PK0A 1L33A 1P64A 185LA 3HTBA 3HH4A 3CDOA 4OO9A 233LA 1LGWA 3SB6A 1QTBA 1C6QA 1P46A 1T6HA 1P56A 1L26A 4I7TA 232LA 4DKLA 3FADA 2F2QA 1L61A 3HH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F16A 1YAQA 1L75A 4ZPUA 4UWNA 1L95A 3P66A 1GB8A 2W1XA 5LA5A 3HBEX 1L34A 1B7OA 5IHGA 152LA 1GXV2 1G0QA 4B1AA 1B9OA 1CKDA 5J7CA 1LMNA 224LA 2Z12A 4WM2A 1I56A 1LWGA 1NWGA 4W58A 2YDGA 2XTHA 1CU2A 3P68A 2ZNXY 1GE3A 1L96A 2HEDA 3A94A 5I5QA 4C5FA 1LAAA 1YKYX 5FDJA 4KPMA 2LYOA 223LA 2NWDX 2HUMA 1LZBA 1GF8A 2LYMA 5F14A 3T6UA 1JKDA 4ARPA 1N4FA 133LA 2LZTA 1NKHA 1L71A 3HT7A 1XJUA 1H87A 4NHQA 3TMVA 3EO5A 1CNSA 3DN3A 4ETAA 1UIFA 111LA 5II3A 1D9UA 4B4JA 1B2KA 2HULA 3GUMA 4TUNA 1LYYA 112LA 1JTTL 3A92A 1KS3A 4ARJA 143LA 4AQNA 1JEFA 1B7PA 3F9LA 1L27A 213LA 3WXUA 4WG7A 5E4PA 3CDQA 4LDOA 3TXGA 3RZEA 3DN4A 3HT9A 4J1BA 1C6HA 2BLXA 1GF6A 1L74A 5KXRA 2HU3A 3DN8A 2ZILA 1XEJA 4Z46A 3LHMA 2B6WA 1UIBA 1DYGA 1LYEA 4CGEA 1LZDA 4EXMA 2Y8PA 4ZIXA 1L20A 1VFBC 3LYZA 1JSEA 2W1LA 1G1WA 1DYBA 1JKCA 2PC2A 1L41A 2Z39A 3LYOA 3B0IA 4LYTA 1XEPA 1FKQA 3W6CA 1L25A 2F4AA 2GV0A 1REXA 1CV0A 4I7RA 2NTHA 2BQFA 1L63A 4LYBA 1F0WA 216LA 3WU9A 1B5ZA 1BB4A 1HNLA 1L81A 2C8OA 1L12A 1LZ9A 4NGWA 4O34A 169LA 2VB1A 1W6ZA 2YBNA 4B4IA 1DQJC 2XQOA 3C81A 4N9RA 3FI5A 2LCBA 4H93A 1V7TA 1L08A 4NG1A 1YL1X 110LA 2CUUA 4XENA 2BQOA 1OUHA 4ARQB 5ILFA 1EL1A 1D2WA 1GB5A 1HENA 241LA 1DKJA 1EQ5A 4W52A 1UA6Y 3DNAA 1LSYA 1LOZA 2B7XA 1UIAA 3M3UA 1DPWA 1OUFA 1FKVA 4DAJA 192LA 1D2YA 1L13A 1L10A 1UUZC 1BWHA 3W6BA 1GFRA 1T3PA 1LSPA 2BQBA 2A4TA 1CX6A 4H9FA 3V2YA 5FELA 3SP3A 1CJ6A 1L76A 1T6VL 4H8YA 3LZTA 2D6BA 1JIYA 140LA 1L18A 3SB9A 3HDFA 2OTYX 3NY9A 3TXHA 1RI8B 3HBDA 3W6DA 4XJGA 4AXTA 4XN6A 1G0PA 1QTKA 2RBSA 205LA 4I7SA 244LA 1WQRA 2DBTA 1L58A 3WYHA 4G4HA 1LSGA 1FLWA 3OK0A 2Z2FA 119LA 5M1YA 3A95A 1J1XY 3GUJA 4QGZA 1LI3A 1GFVA 2XBSA 1C6EA 5F9UA 3GUOA 2NTGA 1LZ8A 4NWEA 1CV6A 1IEEA 1KXWA 5LZMA 1L44A 1LMAA 2CGIA 1LYHA 4YXAC 3PDSA 1C60A 164LA 161LA 5L9JA 2DQIY 4IAPA 4EKQA 1UIHA 3CB7A 1LSBA 3B0OA 5E9RA 1OVHA 5JENB 1WTHA 1DKKA 4WLDA 1ZMYL 4GLAA 3FE0A 1GF0A 5B06A 1C64A 3V2WA 4H91A 5FHWA 1PQKA 174LA 3TXKA 3IJUA 3CDRA 3ZVQB 2D4KA 1GAYA 1KW5A 1L83A 1G0GA 1YANA 4CFOA 2ZNWY 2EPEA 1QIOA 4W59A 1K28A 1B7RA 1LYSA 3NYAA 4EOFA 254LA 2RAYX 3D3DA 3DKEX 4GCDA 210LA 2F4GA 4OWAA 102LA 5F81A 2F30A 1E8LA 157LA 1GB7A 3KAMA 3OE6A 1QT5A 2BQNA 4NGLA 2DQJY 1L69A 240LA 1B5VA 1KY1A 3RZ4A 1QTHA 187LA 1KIPC 4GCEA 3GXRA 1G07A 3WU7A 2HECA 1C67A 4YM8A 230LA 5K7OA 2B74A 1L72A 3ATOA 1G7MC 2BQJA 3WPJA 4NFVA 3P65A 155LA 3AJNA 3D4SA 1IX0A 1G0LA 1XGPC 1SQ2L 2YBHA 5APEA 5LVGA 1QTCA 1LHLA 4RLMA 1IC4Y 1DZBX 2RH1A 1L01A 2MEIA 1ZVHL 3SB5A 3G3VA 1GFHA 1P2CC 3TMWA 3WVXA 5KXWA 1BWIA 1C6KA 2D4JA 4LT2A 1LZTA 1CV1A 1LSNA 262LA 1GFGA 3G3BB 1L65A 1L97A 4PK0A 4RW2A 1GDWA 1IR7A 1HEMA 1LKSA 1T6HA 1H6MA 4I7TA 5I4XA 1HELA 1IWXA 3LYTA 1L38A 142LA 4UWVA 1LMTA 2MEEA 1KXXA 1L89A 1GEVA 3NY8A 1LPYA 2BQIA 4H9HA 2ANXA 1XEKA 1GXXA 2DQAA 2I26L 107LA 4W53A 1LWKA 1CKHA 1G0JA 7LYZA 4I8SA 4QEQA 4X3BA 2QARC 1BB6A 3MGWA 1C43A 1C61A 4TSCA 144LA 1IP4A 5LA8A 1CV4A 1LZSA 2N5ZA 2EKSC 1XEIA 1PQOA 4R0FA 1UACY 2MEDA 1GAZA 1L37A 3WPKA 1OVJA 2WARA 1L67A 126LA 4H9EA 3E3DA 5C6IA 7LZMA 3AZ6A 2G4NA 5KJ9A 1FN5A 1IR9A 1LHJA 1IWTA 3RNXA 2DQGY 1CKCA 1XFPL 3HDEA 1P3NA 4GBRB 4EJ4A 3SN6R 4HV2A 2F32A 1L11A 1QT7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5F16 A;  1YAQ A;  1L75 A;  4ZPU A;  4UWN A;  1L95 A;  3P66 A;  1GB8 A;  2W1X A;  5LA5 A;  3HBE X;  1L34 A;  1B7O A;  5IHG A;  152L A;  1GXV 2;  1G0Q A;  4B1A A;  1B9O A;  1CKD A;  5J7C A;  1LMN A;  224L A;  2Z12 A;  4WM2 A;  1I56 A;  1LWG A;  1NWG A;  4W58 A;  2YDG A;  2XTH A;  1CU2 A;  3P68 A;  2ZNX Y;  1GE3 A;  1L96 A;  2HED A;  3A94 A;  5I5Q A;  4C5F A;  1LAA A;  1YKY X;  5FDJ A;  4KPM A;  2LYO A;  223L A;  2NWD X;  2HUM A;  1LZB A;  1GF8 A;  2LYM A;  5F14 A;  3T6U A;  1JKD A;  4ARP A;  1N4F A;  133L A;  2LZT A;  1NKH A;  1L71 A;  3HT7 A;  1XJU A;  1H87 A;  4NHQ A;  3TMV A;  3EO5 A;  1CNS A;  3DN3 A;  4ETA A;  1UIF A;  111L A;  5II3 A;  1D9U A;  4B4J A;  1B2K A;  2HUL A;  3GUM A;  4TUN A;  1LYY A;  112L A;  1JTT L;  3A92 A;  1KS3 A;  4ARJ A;  143L A;  4AQN A;  1JEF A;  1B7P A;  3F9L A;  1L27 A;  213L A;  3WXU A;  4WG7 A;  5E4P A;  3CDQ A;  4LDO A;  3TXG A;  3RZE A;  3DN4 A;  3HT9 A;  4J1B A;  1C6H A;  2BLX A;  1GF6 A;  1L74 A;  5KXR A;  2HU3 A;  3DN8 A;  2ZIL A;  1XEJ A;  4Z46 A;  3LHM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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