1LWKA

Multiple methionine substitutions are tolerated in t4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPMYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETRMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 42
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lwkA00
151LA 240LA 1C61A 2Q9DA 3HUKA 4E97A 1KW7A 1L05A 1LPYA 1L30A 130LA 1G1VA 1L28A 215LA 1L33A 2B6WA 209LA 1C6DA 1L83A 1L12A 1L48A 1D2WA 147LA 1L40A 159LA 3DMZA 3NYAA 3C8QA 1LGXA 245LA 255LA 2OE9X 2Z6BA 1LYFA 1K28A 3GUKA 1DYFA 163LA 1DYGA 235LA 1L85A 3HWLA 3C83A 102LA 2L78A 7LZMA 3G3XA 1L71A 1CV3A 1L88A 2OE4X 4I7KA 1CV6A 1L08A 2NTHA 3HH6A 1KY1A 1CX7A 3GUIA 1L42A 254LA 1C62A 1G0PA 1QTDA 1QUDA 1C65A 1CUQA 206LA 1L38A 3RUNA 3RZEA 4EPFA 2B6YA 1L72A 183LA 250LA 1L02A 2NTGA 1CU0A 1L25A 2RBPA 3HTBA 175LA 1L90A 1L79A 4I7JA 186LA 1LW9A 4LDEA 1PQJA 3L2XA 1G06A 4IAPA 1L77A 3CDRA 111LA 3UONA 232LA 1L45A 177LA 257LA 1L35A 1CU5A 4PK0A 3LZMA 248LA 4W57A 189LA 200LA 4W59A 4DJHA 3DN6A 1L41A 1OYUA 3G3WA 1C6FA 1CX6A 1L18A 1L91A 139LA 4W58A 1L68A 1LYIA 195LA 161LA 246LA 1L37A 1L98A 1L53A 4DAJA 1L10A 1L63A 178LA 1L29A 1ZWNA 1CU2A 122LA 1C63A 1D3FA 4ARLA 210LA 169LA 1L49A 213LA 3DKEX 168LA 1WTHA 1L07A 2OTYX 114LA 196LA 2ANXA 3GULA 237LA 1QUOA 1C64A 3OE9A 1L23A 1L59A 1P5CA 4EKRA 1L65A 2RAZX 3DN0A 2RB2X 1L94A 230LA 2OE7X 1D9WA 1L92A 1L00A 3K2RA 125LA 4W52A 1XEPA 1SWZA 131LA 1G0GA 2ANVA 2O7AA 3HT8A 244LA 3DN3A 3QAKA 1OWYA 1C6TA 1SX7A 1L80A 217LA 3GUPA 4I7SA 1C6EA 119LA 1LI3A 1L14A 3HTDA 1XJTA 3SB8A 4DKLA 261LA 1C6JA 4I7RA 1T8GA 1L11A 1XJUA 1C68A 205LA 4I7LA 174LA 123LA 1L69A 258LA 1QS9A 1L13A 4I7OA 3F9LA 1JQUA 3OE0A 1L27A 242LA 3DN2A 227LA 2RBRA 1L39A 1L26A 2O79A 4EXMA 3HTFA 120LA 2B6TA 103LA 4W53A 224LA 2HUKA 109LA 170LA 118LA 141LA 2O4WA 1QT8A 1G07A 1CUPA 1CV1A 2B6XA 1KS3A 1L73A 190LA 3FADA 1G0QA 3L64A 1L64A 225LA 4EJ4A 2B6ZA 1OV7A 221LA 2B73A 4EKQA 4ZPUA 4EPIA 155LA 1C6BA 4ARQA 4W55A 1PQIA 1L55A 3FA0A 1PQKA 1OWZA 1T97A 6LZMA 2OEAX 1C6LA 1G0KA 2RBNA 173LA 1D3NA 1L21A 128LA 1L0JA 1CV4A 2F32A 3CDVA 1L99A 4I7NA 4EKPA 1C6CA 3GUMA 126LA 3JR6A 1KY0A 3C8SA 149LA 1P3NA 140LA 2RBQA 1L43A 4YXCA 1QT6A 1L24A 1QTHA 1G1WA 4OO9A 192LA 3DN4A 2A4TA 172LA 1L15A 2B74A 3CDQA 1LYHA 1QT5A 1C6NA 4GRVA 1L46A 167LA 1CTWA 1L96A 4ARQB 1L50A 1L95A 4I7MA 199LA 176LA 1QTVA 3HT9A 1L82A 212LA 1C6HA 4YXAC 1L67A 1D3JA 4ARJA 1C66A 251LA 1QT4A 3V2YA 182LA 2HULA 1C6MA 1L22A 1CU6A 1LYJA 3C80A 4AQNA 1KNIA 2QB0B 3HDFA 1DYCA 1L01A 1QT3A 4W56A 5LZMA 1CV0A 1P6YA 1OV5A 160LA 152LA 3CDTA 150LA 4ARPA 1LI2A 1TLAA 1DYEA 1L58A 1PQOA 1C6AA 1L75A 3C8RA 218LA 3HH4A 137LA 1QTBA 127LA 1KW5A 1PQDA 1LGUA 4GBRB 3PBLA 256LA 3SB9A 3C7ZA 262LA 4K5YA 4I7PA 5I14A 234LA 238LA 164LA 1SX2A 3NY8A 3HDEA 2RAYX 3C82A 2RB1X 1L04A 108LA 1L19A 1OVHA 104LA 229LA 188LA 2HUMA 3DN1A 3HUAA 1SWYA 2F47A 2RH1A 1P56A 1C6GA 1L32A 2B70A 1LI6A 1L84A 219LA 4LDOA 2RBSA 228LA 156LA 157LA 3HT7A 1OVKA 222LA 260LA 1T8FA 3V2WA 3FI5A 115LA 220LA 211LA 2LCBA 1C6IA 214LA 158LA 3F8VA 1LWGA 2Q9EA 1L52A 3OE6A 1QSQA 1T6HA 1T8AA 185LA 4W51A 259LA 1D3MA 1LYEA 2LZMA 1L16A 236LA 2F2QA 1L81A 3HT6A 3HH3A 1CU3A 4LDLA 1L06A 1QTCA 3SB6A 3HUQA 146LA 1C60A 1C67A 1L62A 3DMXA 1P37A 3GUJA 1L54A 226LA 1ZYTA 1L34A 1C6KA 1EPYA 1L09A 3SB7A 4ARMA 1L70A 1JTMA 3D4SA 2B7XA 1C6PA 1G0MA 112LA 1NHBA 3SN6R 2QARC 1DYDA 2LC9A 1CVKA 143LA 216LA 3ODUA 1L47A 1D2YA 1QUGA 4LZMA 1L44A 110LA 1B6IA 1QS5A 201LA 165LA 1C6QA 4W54A 1OVJA 142LA 3CDOA 181LA 3NY9A 1SSWA 4YX7C 1L87A 2OU8A 144LA 3HH5A 4ARMB 4PJZA 1P2LA 1DYBA 1P46A 243LA 223LA 2B72A 113LA 4S0WA 3C81A 198LA 1L56A 1P7SA 1L66A 1L74A 2OTZX 3VW7A 241LA 138LA 1LYGA 233LA 3DMVA 1L36A 1QT7A 3SB5A 187LA 3OE8A 2RBOA 1L60A 162LA 249LA 1L61A 1SSYA 1L57A 4EKSA 2IGCA 1CV5A 1L76A 1C69A 1L03A 1PQMA 1L89A 247LA 1LWKA 3GUNA 3G3VA 1L97A 3GUOA 107LA 197LA 2CUUA 252LA 191LA 231LA 184LA 2OU9A 1ZURA 1L17A 2B75A 166LA 1L93A 171LA 3DN8A 3DNAA 1L86A 180LA 3SBAA 1QTZA 3C7YA 3EMLA 1LYDA 1L51A 1L20A 1I6SA 1P36A 129LA 1G0JA 1JTNA 3PDSA 1QSBA 2OU0X 1L31A 4I7TA 1P64A 3HU8A 1LLHA 3HU9A 3C7WA 239LA 4I7QA 145LA 1DYAA 1L0KA 3SBBC 1G0LA 3HTGA 148LE 1LGWA 1P2RA 2RB0X 1QUHA 253LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA6Y 1RFPA 4E97A 2F4AA 4KL7A 130LA 2HEEA 1GF7A 3WPKA 2W1YA 2BQFA 1C6DA 4YM8A 3WVYA 1JJ1A 1LMOA 1MLCE 4WG1A 2I6ZA 1LYSA 245LA 4UWVA 1JTTL 1DYFA 2ZWBA 1LJ4A 1HF4A 134LA 1WQNA 5B05A 3C83A 7LZMA 3G3XA 5F81A 4NSIA 4Z41A 4YOPA 5LAFA 4W94A 3TXKA 2NTHA 1GB5A 3AZ4A 1C62A 1G0PA 1QTDA 1QUDA 1C65A 5A3EA 1L38A 4EPFA 2RSCA 1J1OY 4H9FA 1HEOA 1L02A 2NTGA 175LA 4I7JA 2ZNWY 4LDEA 4G9SA 1LZCA 1WQQA 1B7MA 1QQYA 4IAPA 5F14A 5C6LA 4M4OA 4I8SA 189LA 4HJYA 4W59A 1LTMA 4H8XA 1FDLY 5LYZA 2W1XA 3G3WA 1LZ1A 1CX6A 139LA 1YAPA 1L68A 195LA 4WM5A 1L37A 5ILCA 2EPEA 3LYTA 1L63A 1L29A 1FKQA 1CU2A 4HPIA 4H90A 169LA 3J4GA 1LYYA 2Z38A 1XEIA 196LA 1BVXA 237LA 1REMA 2HEBA 1L23A 1JJ0A 4NHIA 4EKRA 4EMNA 3TXFA 7LYZA 3WU8A 1LMTA 230LA 4XADA 5KXKA 1L92A 1IWXA 1XEPA 1F10A 1GBWA 1LSGA 3HT8A 4LYMA 3QAKA 1YL0X 217LA 1JITA 1ALCA 4W96A 1HSXA 3RW8A 1XGPC 1C6JA 4AXTA 1XJUA 3WXUA 3BKVA 1LSBA 4WM4A 1RI8B 1UICA 1C10A 1IC4Y 2YBJA 3OE0A 3TMUA 4LZTA 2D91A 3EO5A 1L39A 4EXMA 5DN5A 1HEQA 5J7CA 4E3UA 3HBDA 109LA 4DD0A 154LA 2DQCY 3WPJA 2B6XA 4N1CC 2HTXA 1L73A 1B7NA 1LHHA 4GCBA 3G3AB 4YENA 1L64A 4AGAA 1GB7A 2C8PA 2IFFY 4Z3MA 1D9UA 2XJWA 1BB5A 4NHPA 4W55A 1QDTA 5K7OA 1LJHA 2MEEA 1PQKA 1OWZA 1QUTA 1T97A 1GF4A 1UUZC 1L21A 1LJJA 4HP0A 4EKPA 3CSZA 4GCEA 126LA 3EBAB 140LA 4TWSA 1QT6A 1QTHA 172LA 1FBIX 1L15A 1C6NA 4HJZA 1IWTA 4ETAA 1TAYA 1IP5A 3AGHA 1L82A 4YXAC 1BWHA 3WUMA 182LA 1C6MA 1L22A 1GFHA 1FLQA 3N9EA 4AQNA 2QB0B 1JISA 3G3BB 4W56A 1LMNA 1OV5A 3CDTA 6LYTA 1LJFA 4B4EA 5L9JA 1FLYA 1L58A 1LJIA 3D9AC 1C6AA 3LYOA 137LA 1KW5A 1PQDA 1LGUA 3PBLA 5KJ9A 256LA 1BWJA 4K5YA 3WVXA 1SX2A 2RAYX 3C82A 1L04A 108LA 194LA 104LA 1LJ3A 2D4IA 3KAMA 2B70A 2BLXA 219LA 4LDOA 2LZTA 228LA 1IP3A 2EIZC 1KXXA 1IP2A 222LA 1T8FA 3FI5A 2FYCA 220LA 3F8VA 1I1ZA 3ULRA 1XFPL 1L52A 1A4VA 3OE6A 1RJCB 6LYZA 1XGQC 185LA 1JKAA 2MEDA 259LA 1D3MA 1LYEA 2LZMA 1L16A 1FN5A 1CU3A 4MCKA 1DZBX 2DQIY 1L62A 2FBDA 3GUJA 1CJ8A 2MEIA 1ZYTA 1L34A 5C6JA 1JTMA 1NHBA 3WUAA 1DYDA 1CKDA 4PGJB 4LT0A 216LA 2B5ZA 3QY4A 1LSEA 1B6IA 1IY3A 165LA 1C6QA 4GLVA 181LA 4B4IA 4O34A 144LA 4ARMB 1HMKA 3B0KA 223LA 2B72A 4MSTA 1IP7A 1NDGC 3C81A 3WW5A 198LA 3N9CA 1F6SA 1P7SA 2Z37A 2OTZX 4WLTA 3VW7A 1LSCA 138LA 1BHZA 153LA 3ZVQA 2DQGY 1WVUA 3OE8A 162LA 5KXNA 5EBHA 4EKSA 1GFJA 1GE4A 1L76A 1C69A 1MELL 1IIZA 4NWEA 4HSFA 1DQJC 1PQMA 3M3UA 2NWDX 1G7MC 4NGIA 191LA 1LOZA 1IP6A 5KXXA 2OU9A 2DQHY 4H9HA 1L93A 3DN8A 1QTEA 2Z2EA 1L20A 129LA 3WU7A 1G0JA 2ZILA 3K3TA 3HU8A 3HU9A 3C7WA 3WULA 145LA 4H9CA 1G0LA 4OWEA 4DQJA 148LE 4OWBA 4HTQA 4GN4A 4ET8A 1P2RA 2Z39A 5E9RA 151LA 1OUFA 3HUKA 4GCCA 1L30A 3WUNA 1G1VA 1L28A 2A7FA 1L33A 2B6WA 1YKZX 1UCOA 1GF6A 1QSWA 1B5UA 1IOSA 1D2WA 1HNLA 4GCFA 1L40A 3W6BA 1T6VL 5B06A 2ZYCA 2H5ZA 3DMZA 5HNLA 1LHKA 1GF9A 1LYFA 1K28A 3GUKA 4H9AA 1LZBA 3F6ZA 1L85A 1A2YC 4LGKA 4CHXA 5APEA 2L78A 3N9AA 1L88A 4CFOA 5A3ZA 1CV6A 1L08A 3HH6A 3IJUA 4DC4A 1CX7A 3GUIA 3AGGG 1L42A 3GXRA 3RU5A 2ZQ4A 3RUNA 3RZEA 5APDA 4PJ2C 4B1AA 1CU0A 1LZ8A 3HTBA 1YILA 1WTNA 1IVMA 186LA 1LW9A 5F9UA 4YEOA 3A94A 5II3A 4R0FA 3TXGA 1GF5A 5DL9A 2I25L 4WM6A 1L45A 4ML7A 177LA 1HERA 2MEFA 4PK0A 1BB3A 200LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UA6 Y;  1RFP A;  4E97 A;  2F4A A;  4KL7 A;  130L A;  2HEE A;  1GF7 A;  3WPK A;  2W1Y A;  2BQF A;  1C6D A;  4YM8 A;  3WVY A;  1JJ1 A;  1LMO A;  1MLC E;  4WG1 A;  2I6Z A;  1LYS A;  245L A;  4UWV A;  1JTT L;  1DYF A;  2ZWB A;  1LJ4 A;  1HF4 A;  134L A;  1WQN A;  5B05 A;  3C83 A;  7LZM A;  3G3X A;  5F81 A;  4NSI A;  4Z41 A;  4YOP A;  5LAF A;  4W94 A;  3TXK A;  2NTH A;  1GB5 A;  3AZ4 A;  1C62 A;  1G0P A;  1QTD A;  1QUD A;  1C65 A;  5A3E A;  1L38 A;  4EPF A;  2RSC A;  1J1O Y;  4H9F A;  1HEO A;  1L02 A;  2NTG A;  175L A;  4I7J A;  2ZNW Y;  4LDE A;  4G9S A;  1LZC A;  1WQQ A;  1B7M A;  1QQY A;  4IAP A;  5F14 A;  5C6L A;  4M4O A;  4I8S A;  189L A;  4HJY A;  4W59 A;  1LTM A;  4H8X A;  1FDL Y;  5LYZ A;  2W1X A;  3G3W A;  1LZ1 A;  1CX6 A;  139L A;  1YAP A;  1L68 A;  195L A;  4WM5 A;  1L37 A;  5ILC A;  2EPE A;  3LYT A;  1L63 A;  1L29 A;  1FKQ A;  1CU2 A;  4HPI A;  4H90 A;  169L A;  3J4G A;  1LYY A;  2Z38 A;  1XEI A;  196L A;  1BVX A;  237L A;  1REM A;  2HEB A;  1L23 A;  1JJ0 A;  4NHI A;  4EKR A;  4EMN A; 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