1L00A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFAMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l00A00
4EKRA 1I6SA 211LA 234LA 137LA 3HU9A 3C83A 1G0PA 3L2XA 157LA 1L24A 4I7JA 1OVHA 1CV6A 155LA 239LA 1L13A 1L91A 1QTHA 3GUOA 4I7KA 1CU5A 3C7ZA 3F8VA 3FA0A 209LA 1QTBA 1L10A 251LA 1L12A 1P46A 141LA 175LA 120LA 165LA 5LZMA 1C62A 3GUPA 4I7MA 1CX6A 1JTNA 259LA 3DN1A 2B75A 1D2WA 158LA 4I7RA 1QS9A 139LA 1LYHA 1QUGA 2HUMA 2B6XA 1ZYTA 1QS5A 4W57A 3DN6A 2B72A 250LA 3OE8A 256LA 198LA 1L29A 2LCBA 3LZMA 3DMZA 1C6QA 1L65A 1OYUA 3RUNA 1L96A 126LA 1L17A 1PQDA 2F32A 4DJHA 4W53A 1LYIA 2OU8A 212LA 182LA 1G0GA 2O7AA 173LA 258LA 1D2YA 2RB0X 119LA 1L01A 2L78A 1L60A 4ARPA 3HTDA 4LDOA 4W54A 2A4TA 1C6TA 1L02A 152LA 1PQKA 1DYGA 1DYFA 4I7SA 1G0KA 1C60A 1OWYA 3CDOA 4IAPA 3DN0A 1G1VA 1JTMA 1L67A 1LGWA 1DYCA 172LA 174LA 114LA 215LA 254LA 1L20A 2Q9EA 227LA 3V2WA 261LA 1G07A 1L45A 2LC9A 170LA 3HT6A 4I7TA 1L18A 1L07A 4LZMA 5I14A 1G06A 1LPYA 3GUKA 238LA 1QUOA 4YXAC 1ZWNA 213LA 1L61A 1L69A 1L04A 205LA 1L88A 3JR6A 1P2LA 1QT4A 190LA 1C6DA 4EPFA 1L51A 2B74A 1L98A 1XEPA 177LA 144LA 1C69A 1P37A 1C66A 262LA 1L99A 147LA 255LA 230LA 143LA 201LA 4YX7C 168LA 1L62A 2OU9A 183LA 3HUAA 1G0JA 159LA 1KW5A 4GBRB 1ZURA 191LA 1QTDA 2B6YA 1CV5A 1SX2A 1P5CA 3QAKA 1L41A 1T8FA 180LA 1L00A 1L23A 1QUHA 3DN3A 3CDRA 1QUDA 1D3FA 4ARLA 2OE9X 1L06A 3C80A 3HUKA 156LA 110LA 1PQOA 1C6BA 2B6WA 3HTFA 2O4WA 192LA 3K2RA 4EKQA 1G0MA 221LA 1TLAA 2IGCA 4LDEA 1L11A 253LA 1PQJA 162LA 1L28A 122LA 3GUNA 1DYBA 1QT8A 3HUQA 1CU2A 2HUKA 4S0WA 167LA 247LA 128LA 1L48A 3G3VA 1T8GA 3SB8A 1L79A 1L86A 4DKLA 4I7PA 4PK0A 151LA 1P64A 1L74A 243LA 187LA 1C6PA 1PQIA 2RAYX 4ARMB 1SWYA 1L40A 1L58A 3SB9A 1DYDA 2CUUA 1L66A 3HH5A 4ZPUA 3GUJA 1L43A 1OV5A 1QT5A 3C8RA 3FI5A 1CU6A 196LA 200LA 1L71A 1QSQA 4EKSA 222LA 104LA 1D3MA 229LA 145LA 245LA 257LA 3HH6A 4I7NA 3SBAA 1L37A 1LYEA 1C63A 1LGXA 1L92A 1L55A 4ARJA 176LA 2HULA 1C6CA 3HWLA 1LI6A 2RAZX 1L03A 240LA 1CU0A 246LA 1LYGA 3NYAA 4W58A 1LYFA 2OE7X 1XJTA 146LA 224LA 2NTHA 2F47A 2ANVA 4EXMA 1L52A 166LA 2NTGA 115LA 3DNAA 1L64A 181LA 3HDFA 3F9LA 2RBOA 220LA 3HTGA 3GUMA 3CDTA 3G3WA 2B7XA 1C65A 1D3NA 111LA 1L15A 1WTHA 4W56A 1L84A 1QTCA 164LA 1L89A 178LA 4YXCA 3HT7A 210LA 1T97A 3DN8A 1P56A 1LYDA 3OE9A 3VW7A 1L68A 1OWZA 1L70A 125LA 1KY0A 3GUIA 1L77A 1L16A 1L19A 161LA 1QT6A 1SSYA 1LWKA 1L83A 1QT3A 129LA 241LA 1T6HA 217LA 1C6KA 1L30A 3FADA 1DYAA 3L64A 1CVKA 3G3XA 1L87A 1L42A 1C64A 2B6ZA 1L35A 1L25A 1SX7A 3C82A 235LA 3DN4A 4ARQB 2Z6BA 4OO9A 2B70A 3SN6R 1C6EA 1PQMA 185LA 4I7QA 1L94A 1L31A 3PBLA 118LA 1LGUA 1L85A 1L95A 214LA 108LA 2OEAX 184LA 1K28A 1L75A 112LA 3HH4A 1G0LA 226LA 3PDSA 4ARQA 140LA 1P36A 1C6LA 127LA 3OE6A 3C8SA 1SSWA 171LA 2RBSA 233LA 1D9WA 109LA 223LA 138LA 1CUPA 1JQUA 3D4SA 3SBBC 1CX7A 1L27A 1L36A 3OE0A 4I7LA 1L46A 3C81A 3CDQA 1QT7A 1C68A 1OV7A 249LA 1L73A 2B73A 1LYJA 231LA 102LA 2RB2X 2RH1A 150LA 1CV4A 2RBRA 3HTBA 1L59A 3SB5A 1C6GA 1L57A 2OTZX 3EMLA 2OTYX 1L0JA 2RBNA 148LE 1L54A 1L05A 236LA 1CV0A 4PJZA 149LA 160LA 1B6IA 4DAJA 1OVJA 1L26A 3CDVA 1P2RA 4W51A 1L34A 3UONA 189LA 1L50A 4ARMA 1L53A 1KY1A 1C61A 2OE4X 1OVKA 1P7SA 3DKEX 4AQNA 1C6FA 1L09A 3SB7A 1D3JA 1C6AA 130LA 113LA 218LA 1C6JA 1L32A 3DN2A 4EPIA 1C6IA 4W59A 3HT8A 2RBPA 3HDEA 1LLHA 1L14A 260LA 228LA 1XJUA 1P6YA 3NY9A 1L44A 1C6NA 3RZEA 3NY8A 206LA 232LA 1L72A 1C6HA 2B6TA 4E97A 131LA 1C67A 3DMXA 252LA 4K5YA 1L81A 4EKPA 1L76A 1L47A 2ANXA 1CU3A 4I7OA 225LA 1LI3A 195LA 244LA 3DMVA 3HH3A 3V2YA 1L39A 1DYEA 1P3NA 1L38A 2RB1X 1NHBA 3SB6A 1CUQA 1LW9A 2F2QA 1CTWA 216LA 169LA 1L0KA 163LA 1QSBA 3ODUA 2O79A 1T8AA 107LA 199LA 103LA 1KW7A 1CV1A 3HU8A 1L22A 4W52A 2Q9DA 2RBQA 123LA 2LZMA 1QTZA 1EPYA 3C7WA 3HT9A 4GRVA 4EJ4A 219LA 2QARC 3GULA 142LA 1L56A 1LI2A 237LA 2OU0X 3C8QA 1KS3A 1SWZA 4LDLA 1G0QA 1LWGA 6LZMA 1G1WA 1QTVA 1L80A 1L97A 7LZMA 1L33A 186LA 1KNIA 197LA 1CV3A 1L82A 1L93A 242LA 2QB0B 1C6MA 4W55A 3C7YA 1L21A 188LA 1L90A 1L63A 1L08A 1L49A 248LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QDNA 3TMUA 211LA 234LA 1OUHA 3HU9A 3D9AC 1LHLA 1XGPC 4HPEA 1CV6A 1T6VL 1QTHA 3WPKA 2BQBA 1CU5A 3ZVQB 4OWEA 1MELL 1INUA 4HP0A 1LHJA 1P46A 1QTEA 1LJHA 120LA 3TXFA 165LA 1UA6Y 4I7MA 4PRUA 1HERA 2B75A 1LYHA 1LJNA 3CT1A 3TXHA 4NGLA 3W6BA 3ATNA 5LYZA 1JSFA 1GFKA 4HTQA 2F30A 2W1LA 1LSPA 3IWRA 1C6QA 4UWUA 5AMYA 1L65A 3W6EA 1OYUA 3RUNA 1L96A 2HU1A 1L17A 1F0WA 2I26L 1T3PA 1YAMA 1PQDA 2F32A 2I25L 4PRQA 4DJHA 2H9KA 4W53A 1G0GA 2I6ZA 3QNGA 4GLAA 119LA 1GF6A 4W54A 3M18B 1C6TA 2ZNWY 152LA 1PQKA 1OUBA 194LA 4O34A 1G1VA 254LA 208LA 4XJIA 4OOOA 4WG7A 1IP3A 1L45A 2LC9A 4I7TA 1LHMA 1L18A 1GB6A 2G4QA 4G4BA 2BLYA 1HSXA 1DKJA 1LHHA 1L69A 5F81A 3AW6A 1WQMA 3JR6A 3BKHA 2HEDA 2B74A 1XEPA 177LA 262LA 3IJUA 147LA 1JITA 4H90A 1GHLA 168LA 4LYCA 3WH1A 4WOAA 1GE1A 3TMVA 3TMWA 2B6YA 5LVHA 3BKVA 4G49A 1UC0A 1QUHA 4NWHA 5I54A 4U3XB 1B5VA 1IWUA 1L06A 4ZIXA 3HUKA 3T36A 1OUJA 1G7HC 4LGKA 2IGCA 4LDEA 1NWGA 4HPIA 4H9CA 4DD7A 5L3IA 1REMA 4J1AA 1CU2A 2ZQ4A 3W6CA 2HUKA 167LA 1GE0A 1CKDA 3B0OA 1GB2A 1LHKA 3SB8A 1OUFA 1L86A 4PK0A 4DQJA 4KL7A 1UIFA 1L58A 2CUUA 1JPOA 1YILA 2ZWBA 4ZPUA 5LVIA 1GFRA 1YIKA 200LA 1QSQA 4M6DA 222LA 229LA 4EOFA 1B0DA 245LA 2BQNA 1L37A 1GDXA 4ARJA 5APFA 1C6CA 3HWLA 1FKQA 2Q0MX 2OE7X 1XJTA 224LA 1BVKC 4MR1A 166LA 5FCPA 3HDFA 5K7OA 1HEQA 220LA 5C6LA 1VFBC 1GF3A 1L15A 1WTHA 1ZVYB 4G9SA 4W56A 1B5XA 1REXA 5ILCA 1L89A 1B5WA 210LA 4H9HA 3DN8A 4QEQA 1WQOA 1BGIA 1ZVHL 1NDMC 3G3AB 1YKXX 2NWDX 1JJ0A 1XGTC 1XEKA 2IFFY 3G3XA 3P4ZA 1GF9A 1C64A 1IY3A 1L35A 1L25A 3DN4A 1EL1A 3SN6R 1C6EA 1PQMA 2MEGA 4ET8A 1XSFA 4I7QA 4TWSA 1FKVA 1L94A 4HSFA 1LSMA 4NGIA 132LA 1IWWA 118LA 1LGUA 214LA 3WPJA 3PDSA 140LA 1C43A 5LVJA 1C6LA 127LA 1RCMA 171LA 2RBSA 1OQMA 4WMGA 223LA 1JKDA 3C81A 1D9UA 1GF7A 1A4VA 1TDYA 2MEEA 3AB6A 2RB2X 4NY5A 2RH1A 3ULRA 4I8SA 1WVVA 1L57A 4LYMA 4ETDA 1LMNA 3K3TA 2DQJY 1L05A 3A93A 4DAJA 1OVJA 4DD2A 1L26A 4DD1A 4XJBA 1P2RA 1G7JC 1UCOA 2VB1A 1NF5A 1L53A 1OVKA 1XEJA 1P7SA 1C6FA 1YKZX 4UWNA 3SB7A 2Z19A 1D3JA 130LA 218LA 1D6QA 2YBIA 1RI8B 1HFZA 260LA 228LA 4J0LA 1UIAA 4WLDA 1P6YA 1IP1A 1QDTA 1OUIA 3NY9A 1GB5A 232LA 1IOQA 2B6TA 2MEAA 5E4PA 252LA 4K5YA 1IC4Y 1TAYA 2B5ZA 5LVGA 5FDJA 1CU3A 2Z38A 2AUBA 195LA 244LA 3DMVA 4H9AA 1I56A 3V2YA 2XQOA 1NHEA 1ALCA 2LYOA 2F2QA 1CTWA 216LA 169LA 1IWYA 1QSBA 3ODUA 4WL6A 4WO6A 1T8AA 4IJ4A 103LA 1GDWA 1XGUC 4G4CA 5DN4A 6LYZA 1EPYA 2W1MA 3C7WA 1XFPL 3CB7A 2QARC 2WARA 1JHLA 1LWGA 4H1PA 2DQDY 1JKBA 1NKHA 1VDSA 1C7PA 1LSZA 1CV3A 1HNLA 1UIBA 1LYSA 4TSBA 3C7YA 1Z55A 3WMKA 1L21A 2BQHA 1UICA 1L08A 248LA 5LVKA 2FYCA 5KXPA 137LA 1B7QA 4LT3A 4X3BA 1LZTA 5J7CA 1B5ZA 4WLXA 4WO9A 4I7KA 1GBWA 4WL7A 3F8VA 3FA0A 1IR8A 3SP3A 209LA 3QE8A 1HMKA 4DC4A 1IR7A 2H9JA 1OUEA 175LA 3A94A 3LYTA 1JISA 4HTNA 4LYZA 3HBEX 2LZTA 1HEOA 1LMPA 3G3BB 3DN1A 2Z37A 1B7NA 1D2WA 4I7RA 4NHIA 1QUGA 139LA 1LZYA 5DL9A 2HUMA 2B6XA 4NSIA 1JKAA 1QS5A 4W57A 2B72A 1IP2A 3AZ5A 1GXV2 2LCBA 2MEIA 3KAMA 2FBBA 126LA 3T6UA 2FYDA 6LYTA 2XTHA 5HMVA 1HF4A 3W6DA 2O7AA 258LA 1HSWA 3IJVA 1CKFA 3TXKA 4ARPA 2CGIA 4XADA 1DYFA 1G0KA 4IAPA 4OWCA 1JTMA 1L67A 172LA 1UIDA 1UUZC 5FHWA 1YANA 227LA 3V2WA 170LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4QDN A;  3TMU A;  211L A;  234L A;  1OUH A;  3HU9 A;  3D9A C;  1LHL A;  1XGP C;  4HPE A;  1CV6 A;  1T6V L;  1QTH A;  3WPK A;  2BQB A;  1CU5 A;  3ZVQ B;  4OWE A;  1MEL L;  1INU A;  4HP0 A;  1LHJ A;  1P46 A;  1QTE A;  1LJH A;  120L A;  3TXF A;  165L A;  1UA6 Y;  4I7M A;  4PRU A;  1HER A;  2B75 A;  1LYH A;  1LJN A;  3CT1 A;  3TXH A;  4NGL A;  3W6B A;  3ATN A;  5LYZ A;  1JSF A;  1GFK A;  4HTQ A;  2F30 A;  2W1L A;  1LSP A;  3IWR A;  1C6Q A;  4UWU A;  5AMY A;  1L65 A;  3W6E A;  1OYU A;  3RUN A;  1L96 A;  2HU1 A;  1L17 A;  1F0W A;  2I26 L;  1T3P A;  1YAM A;  1PQD A;  2F32 A;  2I25 L;  4PRQ A;  4DJH A;  2H9K A;  4W53 A;  1G0G A;  2I6Z A;  3QNG A;  4GLA A;  119L A;  1GF6 A;  4W54 A;  3M18 B;  1C6T A;  2ZNW Y;  152L A;  1PQK A;  1OUB A;  194L A;  4O34 A;  1G1V A;  254L A;  208L A;  4XJI A;  4OOO A;  4WG7 A;  1IP3 A;  1L45 A;  2LC9 A;  4I7T A;  1LHM A;  1L18 A;  1GB6 A;  2G4Q A;  4G4B A;  2BLY A;  1HSX A;  1DKJ A;  1LHH A;  1L69 A;  5F81 A;  3AW6 A;  1WQM A;  3JR6 A;  3BKH A;  2HED A;  2B74 A;  1XEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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