1GF6A

Buried polar mutant human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRTVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of polar groups in the interior of a protein to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gf6A00
1GF8A 1JIYA 3WYHA 3A6CY 2VB1A 1GF6A 2Z12A 3A92A 3EMSA 2F2NA 2BQGA 4GCBA 1CJ9A 3P65A 4GN3A 4NHPA 1VDSA 1NF5A 1HFXA 3AGHA 5E9RA 1WQNA 1XEJA 5I54A 3LYZA 4N1CC 4H91A 4OOOA 4B4JA 4DT3A 5B06A 3W6BA 5M1YA 3HBDA 3LN2A 1ZMYL 1KIQC 3TXFA 1LJHA 1UIAA 1WQRA 1BB6A 4UWVA 4LT0A 1LSFA 1OUBA 5KXPA 3A93A 5LYTA 3WW5A 4DD3A 1CKHA 1BGIA 1LZAA 4L41A 6LYTA 1OQMA 1GWDA 3LZTA 5LYZA 2D4IA 2H9JA 2YBLA 4ETDA 4C3WA 3AZ7A 1B7SA 1LSDA 1IOCA 1JPOA 1UIBA 2I26L 3ZEKA 3W6EA 1GXXA 2AUBA 3WXTA 1G7MC 5I53A 4GCFA 1GF0A 1KXXA 4XJDA 4XJGA 1LJIA 3AZ4A 3WMKA 2G4QA 3M3UA 2EQLA 3A3RX 4ZEEA 1B7PA 1JHLA 2BQLA 5HNLA 1LZTA 3B72A 1XGQC 4RDSA 1LSAA 4WL6A 1NDGC 2CJLA 4GN5C 4NGZA 4ETAA 1DI5A 1GF4A 2EPEA 4B4EA 1QTEA 3AW6A 4H1PA 4NGIA 5LIOA 1YIKA 1I56A 3G3BB 1GBOA 1IC5Y 3WVXA 2HEDA 1GB7A 1A4VA 2EIZC 4H8ZA 1V7TA 3B6LA 4LGKA 4NHTA 3WW6A 2PC2A 2BQNA 1N4FA 5LVIA 2BPUA 4OWHA 4YOPA 2D4KA 1UACY 4YENA 1LZ4A 4EOFA 3P64A 3RW8A 2BQFA 1LJJA 4N5RA 1KIPC 4WLXA 1IP4A 1LJEA 1LHLA 1FKVA 1LMPA 2YBJA 4OOTA 4EMNA 3W3EA 1IP1A 1FLQA 3WVYA 1UICA 2Y8PA 4NFVA 1GD6A 1F6RA 1HNLA 3CT0A 4H9AA 2Z19A 1BB7A 1CKDA 1GF5A 4TSBA 5L3HA 4NEBA 4R6CA 1D9UA 1D0KA 2H5ZA 1ZVYB 4LFXA 4IATA 2YSSC 1B5VA 4WLDA 1J1OY 1C08C 5HMVA 1B5XA 5KKIA 4WLYA 5K7OA 4N9RA 1LZEA 1LJ3A 1LMQA 3A8ZA 1DPWA 1HHLA 4NGLA 5F14A 3A3QA 2HUBA 2MECA 2ZNWY 1B2KA 1LSGA 1BB5A 4H90A 4GLVA 3WPJA 2XBSA 5ILCA 3CSRA 1JISA 1IWWA 3EBAB 1GB5A 4WM2A 4NGJA 3N9EA 4W96A 4CGEA 1GAZA 4ET9A 5DN5A 4BAPA 2ZILA 1LHMA 1NKHA 1LSCA 3P68A 1IP7A 4XENA 3WXUA 4GLAA 2RSCA 2BQHA 2LZ2A 1DZBX 5B07A 1IVMA 4AGAA 1XSFA 4H94A 2XTHA 4WM6A 2DQHY 1TDYA 3QE8A 1IWZA 1HF4A 1DXJA 3A95A 1Z55A 1D0LA 1GE0A 1RFPA 3SP3A 2I6ZA 4HPIA 1KXWA 5KXTA 5L3IA 3AYQA 5HLLA 2HEBA 1PS5A 1RE2A 2F4AA 4GCEA 4PJ2C 2MEIA 3J6KA 3N9AA 4NSGA 2FBDA 1GF7A 1QTKA 1WVVA 4TSCA 2D91A 1IO5A 5LXWA 3T36A 4HPEA 1LJ4A 4HJVA 4NGKA 1GAYA 1C46A 5C6LA 1XGPC 1NDMC 1LSNA 4WM5A 1OUHA 3N9CA 1JJ3A 1BWJA 1GBSA 1VEDA 1INUA 1IWVA 1LZDA 4DDAA 1F6SA 3TMUA 2D6BA 2ZIKA 3MGWA 4OWAA 5B59A 1ZVHL 7LYZA 1QSAA 5KKJA 2F4GA 4J0LA 4LT2A 1XGTC 4WG1A 5DLAA 1B5YA 1LZ9A 2DQIY 2LYMA 3B0IA 3WUAA 3G3AB 1DPXA 1IEEA 1LYZA 2XBRA 5APCA 4TX7A 2C8OA 4G9SA 4B4IA 2DQCY 5LVKA 2CWIA 154LA 4PRUA 4Z98A 1MLCE 5B1FA 1VAUA 3CQLA 5LAGA 1LZ8A 5KXOA 1B0DA 2Z37A 1B7NA 4LYOA 1P2CC 1NWGA 1I1ZA 4WM3A 2HU3A 2G4NA 4H8XA 4NSJA 1GBXA 1G7IC 1LHKA 3IJUA 8LYZA 2BQMA 4KXIA 2YBIA 3A96A 3TXDA 2DQEY 1YROA 4PGJB 1GFEA 1XFPL 3EO5A 1JKAA 2HU1A 1LYOA 1LOZA 135LA 4PHIA 1BB3A 4HJYA 4DYGA 2ZQ4A 1GBWA 2MEAA 4G49A 2BLYA 3LYMA 2N5ZA 4XYYA 3QNGA 1YL1X 1GBYA 2YBNA 1LZNA 5LYMA 3TXKA 2IHLA 4NSIA 1C7PA 5APFA 1UCOA 4MCKA 3WULA 1W08A 1IY4A 1D0MA 4WL7A 4KT3A 3ATNA 3WU9A 2DQJY 134LA 2MEBA 4OWEA 5C6IA 4ZIXA 5IELA 3VWOA 1LKSA 1OUJA 4H8YA 2WARA 4TUNA 4UWUA 3WPLA 4B0DA 4DD9A 5LA8A 1LMNA 1NHEA 2BLXA 3IWRA 1CJ7A 4XJFA 5I4WA 5LVJA 3HBEX 1GFRA 4WG7A 4KPMA 1RJCB 4LZTA 1IOQA 1GE4A 1JTTL 2ZIJA 5C6JA 4C5FA 5EBHA 2BQJA 3D3DA 5B05A 1BVXA 5A3EA 1B7LA 1EQEA 1GFUA 1I20A 1JUGA 3HFMY 5I4YA 193LA 1GB6A 1GXV2 5D5FA 4E3UA 4XJHA 2DQDY 2BQEA 1YKYX 4O34A 2DKVA 3W6AA 2X0AA 4NG8A 4YEOA 4LFPA 4P2EA 1LZCA 2ZYCA 3GXKA 208LA 4HSFA 1UIHA 4QY9A 1NBZC 1HFYA 4X3BA 1C43A 1H87A 3A91A 5F16A 4WLTA 9LYZA 2ZWBA 1LJGA 4H9EA 2B5ZA 3A67Y 5B1GA 1WTMA 4LYZA 3P4ZA 4J7VA 5D5CA 4G4HA 1LZ5A 1BHZA 1HELA 1OUCA 1PZYA 2H9KA 2MEHA 4NGWA 1IR7A 1YKXX 1C45A 2HEFA 4J1AA 4ANRA 1UC0A 1GFVA 1HEWA 4WO6A 2DQGY 1HSXA 1LZBA 2YDGA 2DBTA 3TXIA 4LYMA 4D9ZA 3W6DA 4HV2A 1GB3A 1D6PA 1T6VL 3LYOA 4QDNA 4BS7A 4LT1A 4OWBA 2MEEA 1IP5A 3ATOA 4N0JA 4ETCA 2HEAA 4H93A 4NG1A 1GB8A 4NSHA 5HNCA 1JSEA 1B5UA 1GEZA 1REYA 1LZSA 2DQAA 1NMMA 1QSWA 3AB6A 4GCCA 5LA5A 4CFPA 5KJ9A 4M4OA 1FN5A 2YBHA 4QGZA 1AT6A 1REMA 5F9XA 3RZ4A 2Z2FA 1KIRC 4HP0A 1LZ6A 1LHHA 4TWSA 4FDYA 2XJWA 1LSYA 4Z3MA 1JTPL 4H9HA 1YANA 6LYZA 1LTMA 1LCNA 1AKIA 1B7QA 1EQ5A 1NQIA 5HMJA 1GPQC 2I25L 3IJVA 2HECA 4DD1A 1JEFA 5HQ1A 1F10A 3WU8A 2A7FA 5KXLA 5II3A 1TEWA 2D4JA 1MELL 1LHIA 4YF2A 1W6ZA 1WQPA 3WUMA 4XJIA 1BQLY 2LYZA 5DL9A 3D9AC 1CKCA 1FLYA 1HEOA 2LHMA 5LVHA 4LYCA 1LJKA 1LSZA 2Q0MX 4W94A 1O23A 1AT5A 1T3PA 4H9IA 1GB2A 1REXA 4HTQA 2ZYPA 3WU7A 1IC4Y 5FHWA 1XGRC 1J1XY 1RCMA 2LZTA 2FBBA 4PPOA 4WO9A 5IHGA 1AZFA 1OUAA 4DD2A 1LSPA 1YAMA 4OWCA 1GB0A 1LZYA 1IC7Y 1XGUC 1LZ1A 1VFBC 3CSQA 4ETEA 1LPIA 1CNSA 1UIEA 3BKVA 5L9JA 5KXRA 1EQ4A 1UA6Y 1VATA 4GCDA 4UWNA 1UIGA 1HERA 1VDQA 2FYDA 5FELA 1HEMA 4I0CA 1RI8B 4DWXA 4NHQA 1UUZC 1JTOL 1JKCA 3E3DA 4RLMA 3TMXA 4KL7A 1D6QA 5F9UA 4Z46A 1GFGA 1NBYC 2C8PA 1GFJA 1KXYA 3M18B 2CDSA 1TAYA 3CT5A 4CFOA 2W1XA 1GDXA 1A2YC 3LZ2A 3B0OA 4IASA 4BAFA 5KXWA 1LMCA 1B7OA 1YQVY 1IR8A 4XN6A 4WMGA 4Z41A 1XEKA 5T3FA 1YILA 4M6DA 1BB4A 1GF9A 1HC0A 1OUGA 2BQAA 1IWTA 4N8ZA 4PRQA 1JKDA 1IORA 1GDWA 3QY4A 5ILFA 3TXGA 4NIJA 4MSTA 1CKGA 4RLNA 5AMYA 1LAAA 2CGIA 3ZVQA 3W6FA 1DQJC 1QDRA 1IWYA 1B7MA 1DKJA 4R0FA 1GHLA 4NGOA 3FE0A 1JSFA 2FYCA 1GBZA 1AM7A 5KXSA 3TXHA 1LYYA 5I4XA 1WTNA 4YEMA 2G4PA 1VDPA 1GF3A 4DD7A 2HTXA 3FI7A 3B0KA 1IOTA 3A90A 2Z18A 3J4GA 132LA 1IP6A 1JJ1A 1QUTA 1JITA 3A34A 1BVKC 5LAFA 1V7SA 4WOAA 1LYSA 4ZFPA 3CT1A 3AZ5A 2BQDA 5IDDA 3T6UA 2YVBA 1LMTA 2BQKA 4AXTA 4WM4A 1J1PY 4J1BA 1VDTA 4B49A 1WQQA 133LA 4NGYA 4NWHA 1FLUA 2W1YA 1LMOA 4H92A 1WVUA 1YL0X 4CHXA 4DDBA 4TTDA 1LHJA 2A7DA 5KXYA 1B7RA 1E8LA 2BQIA 4MR1A 1B5ZA 1UIDA 5KY1A 4CJ2A 1GE2A 1OUDA 1YKZX 1HEQA 1JKBA 5E4PA 3W6CA 1LZGA 3TXBA 1GEVA 1IX0A 5APDA 3BKHA 194LA 3P66A 1CJ6A 5KXXA 5LVGA 4A7DA 4ET8A 5KXNA 4HTKA 4I8SA 2YBMA 1SLYA 3GXRA 3RT5X 4G4BA 1DKKA 1IP2A 3ZVQB 1DI4A 3EXDA 5FCPA 1WQMA 1IOSA 4ETBA 1FBIX 2IFFY 4FJRA 3TXJA 1JJ0A 1IIZA 3OJPA 1QIOA 1GE1A 1GFAA 1IWUA 1UIFA 4NY5A 3RU5A 1LSMA 3AZ6A 3KAMA 4G4CA 1GFHA 207LA 4NHSA 1OUIA 2HEEA 3HBHA 1QUSA 1SQ2L 5APEA 1HFZA 1YAQA 4N1EI 1C10A 1EL1A 2BQCA 1G7HC 2DQFC 4RW1A 1LKRA 4NGVA 4NWEA 2NWDX 1GFKA 1YAPA 3OK0A 4DC4A 4ML7A 2LYOA 1B9OA 1LJFA 1CKFA 1LSEA 2W1LA 4LT3A 1TBYA 1GB9A 1HMKA 3RNXA 5KXMA 3AGIA 1HSWA 5FSTA 3F6ZA 4B1AA 3CSZA 4HJZA 1LSBA 1OUFA 1WQOA 2MEGA 5FDJA 1GE3A 2BAAA 1JWRA 5LINA 5JENB 5I5QA 3TXEA 5KXKA 1BWHA 1YAOA 1XEIA 1ZV5L 3LYTA 3K3TA 1LMAA 1UBZA 2EKSC 4GN4A 4DDCA 1ALCA 5FEKA 3TMWA 3A94A 1QDTA 4QEQA 3WUNA 1QQYA 3CB7A 2ZQ3A 2MEFA 4YM8A 1OUEA 3TMVA 3A6BY 4LYBA 1IY3A 3ULRA 1BWIA 4RW2A 1HEPA 2W1MA 2Z2EA 3AGGG 1OP9B 4H9BA 4XADA 2BQOA 1G7JC 4U3XB 4DD0A 4IJ4A 1HMLA 1FKQA 1GFTA 4H9FA 4LYTA 4NHIA 4OW1A 3WH1A 4II8A 3AJNA 2F30A 3AW7A 4BADA 1DI3A 3LHMA 2Z38A 1REZA 2ZNXY 1LJNA 1F0WA 1LZRA 1IR9A 3WPKA 153LA 5J7CA 1IWXA 2BQBA 4WM1A 1TCYA 1B5WA 4XJBA 1FDLY 1G7LC 4HTNA 2GV0A 4H9CA 5KXZA 5A3ZA 1IP3A 1HENA 1H6MA 5DN4A 1FLWA 2MEDA 1CJ8A 2Z39A 5DM9A 5F81A 3WL2A 4HV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZURA 3A6CY 3EMSA 3SBBC 2Q9EA 2F2NA 1VDSA 1QTCA 3AGHA 1WQNA 3LYZA 4OOOA 3FI5A 3TXFA 1LJHA 1UIAA 1WQRA 5KXPA 3WW5A 1LZAA 5LYZA 2H9JA 169LA 1L09A 1LSDA 1IOCA 1UIBA 2I26L 3WXTA 1GF0A 1QT6A 3AZ4A 3A3RX 237LA 4RDSA 1LSAA 2CJLA 1GF4A 3AW6A 3WVXA 150LA 210LA 4LGKA 1LWKA 5LVIA 1LZ4A 1OWZA 1QT7A 2B73A 4N5RA 1KIPC 2OE7X 1LHLA 1QUDA 4EKSA 4EMNA 1IP1A 1C6NA 212LA 3WVYA 3C80A 2Y8PA 2Z19A 2OU9A 1P64A 200LA 4R6CA 4WLYA 3A8ZA 1DPWA 1HHLA 5LZMA 3A3QA 3WPJA 4GLVA 3CSRA 165LA 4WM2A 1L34A 4ET9A 4BAPA 4ARQA 2ZILA 2RBPA 2RSCA 1DZBX 4Z98A 4WM6A 1L94A 1L32A 3A95A 1D0LA 3GUNA 4HPIA 1RE2A 3N9AA 2RAYX 4NSGA 1GF7A 3T36A 1XGPC 1KS3A 1LSNA 1VEDA 157LA 1INUA 1LZDA 2D6BA 2ZIKA 5B59A 5KKJA 4J0LA 3B0IA 3G3AB 1DPXA 2XBRA 2DQCY 5LVKA 1MLCE 1P56A 5KXOA 1G07A 1L75A 1B7NA 1P2CC 4WM3A 2HU3A 1L84A 4NSJA 3DMZA 4KXIA 1YROA 2O4WA 4PGJB 162LA 1P37A 3QNGA 1CTWA 115LA 1QTVA 1D0MA 4KT3A 3WU9A 2DQJY 2MEBA 250LA 2WARA 3WPLA 5LA8A 1NHEA 3FA0A 3IWRA 1GFRA 1L35A 1D3MA 4C5FA 2BQJA 5B05A 5A3EA 1L56A 3GUKA 186LA 170LA 4X3BA 1H87A 4WLTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF8 A;  1JIY A;  3WYH A;  3A6C Y;  2VB1 A;  1GF6 A;  2Z12 A;  3A92 A;  3EMS A;  2F2N A;  2BQG A;  4GCB A;  1CJ9 A;  3P65 A;  4GN3 A;  4NHP A;  1VDS A;  1NF5 A;  1HFX A;  3AGH A;  5E9R A;  1WQN A;  1XEJ A;  5I54 A;  3LYZ A;  4N1C C;  4H91 A;  4OOO A;  4B4J A;  4DT3 A;  5B06 A;  3W6B A;  5M1Y A;  3HBD A;  3LN2 A;  1ZMY L;  1KIQ C;  3TXF A;  1LJH A;  1UIA A;  1WQR A;  1BB6 A;  4UWV A;  4LT0 A;  1LSF A;  1OUB A;  5KXP A;  3A93 A;  5LYT A;  3WW5 A;  4DD3 A;  1CKH A;  1BGI A;  1LZA A;  4L41 A;  6LYT A;  1OQM A;  1GWD A;  3LZT A;  5LYZ A;  2D4I A;  2H9J A;  2YBL A;  4ETD A;  4C3W A;  3AZ7 A;  1B7S A;  1LSD A;  1IOC A;  1JPO A;  1UIB A;  2I26 L;  3ZEK A;  3W6E A;  1GXX A;  2AUB A;  3WXT A;  1G7M C;  5I53 A;  4GCF A;  1GF0 A;  1KXX A;  4XJD A;  4XJG A;  1LJI A;  3AZ4 A;  3WMK A;  2G4Q A;  3M3U A;  2EQL A;  3A3R X;  4ZEE A;  1B7P A;  1JHL A;  2BQL A;  5HNL A;  1LZT A;  3B72 A;  1XGQ C;  4RDS A;  1LSA A;  4WL6 A;  1NDG C;  2CJL A;  4GN5 C;  4NGZ A;  4ETA A;  1DI5 A;  1GF4 A;  2EPE A;  4B4E A;  1QTE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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