1L41A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAHLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVDGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l41A00
4W51A 4EPIA 1L51A 113LA 1L48A 4I7RA 217LA 1JQUA 233LA 222LA 112LA 118LA 2RB1X 251LA 3CDTA 1C6AA 1C6LA 243LA 2B6TA 1L47A 1L13A 1P2RA 2RBOA 4I7OA 4I7NA 3ODUA 3D4SA 1C66A 109LA 4EJ4A 216LA 1CU3A 3GUMA 1L14A 227LA 1CX7A 1QUOA 1L67A 250LA 2ANXA 2RH1A 3HDFA 1LYIA 1LWGA 173LA 3G3XA 1L66A 110LA 185LA 255LA 1NHBA 1L12A 1OVKA 261LA 239LA 254LA 187LA 169LA 1CU2A 149LA 4EKSA 2Q9DA 2ANVA 3HUQA 3SB9A 1LI3A 2RBNA 3SBAA 4EKPA 2LZMA 3C8QA 146LA 102LA 4AQNA 1P5CA 3CDQA 1QTZA 2B6YA 1L98A 151LA 4W52A 156LA 2B7XA 1QT4A 1C64A 249LA 157LA 240LA 1P36A 1C6FA 2F47A 1D2WA 167LA 241LA 2OTZX 1L95A 1L70A 138LA 1ZURA 223LA 2RAZX 1L40A 1XJTA 3GUPA 1L41A 2RAYX 1L26A 1LLHA 2Z6BA 127LA 177LA 1LGWA 2RB2X 1LYEA 2L78A 1L90A 1P6YA 3DMXA 1L07A 226LA 224LA 256LA 3C7YA 1L53A 176LA 3SBBC 2B75A 3HWLA 1C60A 3RUNA 1T6HA 3PBLA 1L73A 125LA 1SSWA 253LA 1LYHA 213LA 1QS9A 1L69A 3JR6A 155LA 4YXCA 1L60A 3HUKA 1LGXA 1LWKA 1CU6A 1L35A 1TLAA 1L64A 4S0WA 3SB8A 3V2YA 1C6GA 1DYCA 122LA 232LA 3GUNA 3NY9A 1L82A 2B6WA 104LA 144LA 211LA 1L71A 3C83A 1CX6A 4ARQB 4LZMA 3C8RA 4E97A 1G1WA 1T8FA 1L0KA 1G0QA 120LA 1L0JA 196LA 2B74A 3C81A 3HH6A 1EPYA 178LA 1CV4A 3C80A 3L2XA 189LA 3FI5A 231LA 2B6ZA 1L02A 3GULA 3CDRA 3C82A 1L99A 1C6PA 1SSYA 3HU9A 3SB6A 3DMZA 1C6QA 1L80A 3L64A 210LA 2OE4X 143LA 2RBPA 1L89A 205LA 119LA 1T97A 1L38A 245LA 1L22A 248LA 259LA 1L04A 1L72A 2HUMA 2OU8A 115LA 197LA 3HH5A 246LA 114LA 1L65A 1L93A 3OE9A 161LA 108LA 2OEAX 4GRVA 1OV5A 142LA 1C6IA 3HTBA 148LE 1L17A 175LA 103LA 2OE7X 4W54A 1QTVA 1CV3A 260LA 1CU5A 1T8GA 3V2WA 1L39A 1L81A 3PDSA 1PQOA 3OE6A 235LA 1L84A 1L55A 1L30A 1QT7A 3C7ZA 1LYDA 183LA 1D3MA 4ARPA 3DN6A 1C6MA 1CTWA 2CUUA 3G3WA 4W53A 1P56A 1QS5A 4YX7C 4EXMA 1D3NA 4W57A 1G0MA 1SX7A 1LGUA 3GUOA 1C6NA 1L76A 1L25A 1P2LA 107LA 4ARMA 141LA 3DKEX 1L20A 1L29A 145LA 1L00A 1JTNA 209LA 2QB0B 4PK0A 5I14A 1G1VA 152LA 1L77A 3HT6A 3DNAA 186LA 1DYFA 4W55A 2O4WA 1CV0A 3EMLA 1CV5A 212LA 1OWZA 163LA 1C6BA 4I7QA 3VW7A 3DN4A 2F2QA 192LA 1L34A 165LA 1QTDA 1SWYA 4IAPA 4ZPUA 4DJHA 1G0GA 1L58A 1L59A 3F9LA 2O7AA 1L33A 1JTMA 2RB0X 4W59A 1L63A 1LYJA 1L10A 1P37A 182LA 2B73A 1L61A 181LA 1LPYA 139LA 3SB7A 1CV1A 1G0LA 1L97A 3C8SA 1L52A 1KNIA 1PQJA 3SN6R 1L96A 1C62A 140LA 1OVHA 1PQMA 3HTFA 201LA 1G06A 150LA 2OE9X 3OE0A 1I6SA 1L91A 3GUKA 1L32A 1L86A 4DAJA 1DYAA 1G0JA 1OYUA 131LA 257LA 3DMVA 1C6JA 1L46A 1PQKA 4I7KA 1L15A 1P3NA 1L79A 1L92A 1L05A 1OVJA 1L57A 1C6EA 3DN1A 1XJUA 234LA 1ZWNA 3DN8A 1L74A 160LA 1C61A 1XEPA 3DN0A 1CUPA 1L18A 1QSBA 184LA 1KS3A 1SX2A 111LA 2IGCA 1DYBA 128LA 130LA 1C63A 3LZMA 3DN3A 123LA 1QUDA 1P64A 3F8VA 3GUJA 4PJZA 4ARLA 1L94A 4LDLA 1L83A 3HH3A 4I7MA 1G0KA 1L28A 1LYGA 1QT6A 1L68A 172LA 1C67A 3HH4A 3HU8A 174LA 2OTYX 2B72A 180LA 3NYAA 2Q9EA 4EKRA 225LA 1C6DA 4GBRB 1CU0A 4I7LA 4ARQA 3GUIA 2LCBA 3RZEA 1DYGA 4I7TA 171LA 4W58A 1QT8A 3HUAA 2RBQA 3NY8A 5LZMA 1KW5A 198LA 1L21A 229LA 1C68A 221LA 1QT5A 1L24A 170LA 162LA 1C6HA 129LA 1L16A 2HULA 3UONA 3HDEA 1D3FA 3HT7A 1L54A 1CVKA 188LA 1L11A 1LI2A 1L62A 2OU0X 242LA 3HTDA 1P7SA 2NTGA 164LA 1L19A 1SWZA 3HT9A 1L31A 1L09A 1L45A 1L87A 158LA 166LA 247LA 159LA 1C69A 4ARJA 4LDOA 4K5YA 3CDOA 1PQIA 199LA 1L23A 1K28A 252LA 4LDEA 6LZMA 1C6KA 1G07A 1L03A 1L42A 4YXAC 2OU9A 4I7PA 1WTHA 1QT3A 3DN2A 3K2RA 1KW7A 1LW9A 1OWYA 168LA 3FADA 2NTHA 1L08A 1G0PA 1L49A 1D9WA 4EPFA 1LI6A 1B6IA 4I7JA 3OE8A 1QTBA 1LYFA 1QTHA 228LA 1C6TA 3G3VA 1L06A 1CV6A 1L88A 1L56A 1L37A 1D2YA 137LA 230LA 200LA 1P46A 1PQDA 1OV7A 2A4TA 1L75A 1L50A 1QUGA 191LA 1CUQA 195LA 1DYDA 1L01A 3QAKA 2LC9A 1L43A 4OO9A 236LA 1L36A 1T8AA 2HUKA 1KY0A 1C65A 2QARC 1DYEA 237LA 238LA 1L27A 1QTCA 3SB5A 2RBRA 4W56A 215LA 1D3JA 4DKLA 4I7SA 4EKQA 1L85A 147LA 1QSQA 1QUHA 3C7WA 3HT8A 7LZMA 1L44A 214LA 262LA 220LA 126LA 2O79A 2F32A 244LA 219LA 190LA 206LA 218LA 3CDVA 1C6CA 3FA0A 2B6XA 2RBSA 258LA 1KY1A 4ARMB 3HTGA 2B70A 1ZYTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W51A 4N0JA 5M1YA 3MGWA 3QE8A 217LA 4H8YA 233LA 222LA 5LYTA 1L47A 1DKKA 1YROA 3ODUA 4HSFA 3D4SA 109LA 1OUCA 216LA 3GUMA 5B1GA 227LA 3N9CA 1GBOA 1QUOA 5II3A 250LA 4W94A 3HDFA 1BHZA 1L66A 2Z18A 4H92A 1OVKA 261LA 2MEBA 1TBYA 3WH1A 1CU2A 149LA 2F2NA 3A94A 1VDPA 3AZ5A 2RBNA 4EKPA 2LZMA 102LA 5C6LA 3CDQA 1L98A 151LA 5B06A 6LYZA 1XEIA 2B7XA 1OUEA 4J0LA 1QT4A 5KXPA 1DXJA 1P36A 4NWEA 3TMVA 1L95A 4ZIXA 1L70A 5F9UA 138LA 223LA 5LVHA 1JJ3A 4XJHA 2RAYX 2Z6BA 1XGPC 1FN5A 127LA 177LA 5LVKA 2I26L 1JEFA 1GHLA 1L90A 1L07A 256LA 5LINA 1L53A 3HWLA 4GCEA 1HNLA 1SSWA 1GE4A 213LA 135LA 1L69A 3ULRA 1LMCA 2Z2EA 5I5QA 3QY4A 1L64A 3V2YA 4CJ2A 122LA 3NY9A 1L82A 3T36A 104LA 144LA 1YKXX 1EQ5A 1L71A 1CX6A 2FYCA 2YVBA 1LHIA 2BQMA 3LHMA 1D6QA 1REMA 2B74A 1IWTA 1EPYA 178LA 1CV4A 3ATOA 3L2XA 4HPIA 2B6ZA 5KXZA 2LHMA 3LZ2A 3C82A 4GCCA 3HU9A 1LMAA 3L64A 4NY5A 1IR8A 1T97A 4WM1A 1QTEA 2BLXA 248LA 1GE1A 2ZIJA 1D6PA 3RNXA 1IC5Y 1LKSA 3OE9A 1L93A 161LA 2OEAX 1TDYA 1OV5A 142LA 1C6IA 3G3BB 3HTBA 1HEPA 1L17A 3WPKA 1LZ9A 1CU5A 3TXBA 4WOAA 1L39A 1AT6A 2FBBA 3PDSA 5B1FA 2ZILA 1L55A 3C7ZA 4P2EA 1LSGA 1GF6A 4U3XB 1JSFA 1C6MA 1HMKA 3G3WA 5FCPA 3FI7A 1GXV2 1LJFA 4IASA 3CQLA 4DQ5A 5LVGA 1B5YA 1L76A 4ARMA 2G4QA 141LA 3DKEX 1GF8A 1L20A 1ZMYL 2DQJY 5LA5A 209LA 1IOSA 1B7QA 1RCMA 4PK0A 1JTTL 1KXXA 4NSGA 2O4WA 1G7MC 8LYZA 1TAYA 1OWZA 5F81A 2MEFA 1I20A 1LJGA 192LA 1LJIA 1G0GA 1L58A 1C10A 1DPXA 1P37A 1L10A 1D0LA 1GF4A 2YBHA 4NG1A 1G0LA 1L97A 140LA 1PQMA 2HU3A 2BQBA 4G9SA 4HV1A 4NFVA 1G06A 1JKCA 5KXOA 1RFPA 3OE0A 1L91A 3GUKA 4WG1A 3WUAA 1LJJA 1G0JA 1OYUA 1LKRA 1LSCA 4DDBA 1L46A 1XSFA 1ALCA 1YAMA 1L05A 2I6ZA 1OVJA 1IY4A 1C08C 1LSPA 1XJUA 1IR9A 1GAYA 1OUGA 2BQDA 4Z98A 1ZWNA 160LA 5F9XA 2F30A 4LGKA 3P68A 1F6SA 1JUGA 3ZVQA 1KS3A 2IGCA 3WXTA 1KIQC 1MLCE 1C63A 3LZMA 1WVUA 1LJKA 5KXSA 1LJ4A 1LSAA 4CFPA 4LZTA 4NHQA 1B7MA 5KXKA 1GFEA 2BQNA 4KXIA 1L94A 2ZNXY 3VWOA 1GF9A 4MSTA 1T3PA 1D0MA 4TSBA 4XADA 180LA 1AM7A 3NYAA 1HENA 4GBRB 1QIOA 4I7LA 1NDMC 3BKHA 4M6DA 3P4ZA 1QT8A 4CFOA 2RBQA 4NGLA 229LA 5LAFA 1C68A 5KXMA 1QT5A 5B05A 4HJVA 162LA 1L16A 4TX7A 3HDEA 1L54A 188LA 1LI2A 1IP5A 2D91A 1B7SA 3ATNA 1LPIA 1L09A 3CT0A 1L87A 4UWNA 166LA 159LA 4K5YA 2ZYPA 1L23A 252LA 1UIBA 2MEHA 4TUNA 4YXAC 3WULA 5J7CA 1BWHA 4G4HA 3CB7A 3K3TA 2BQHA 3AW6A 4OWHA 1WTHA 4NGZA 1J1OY 1LW9A 193LA 3FADA 1BB5A 1L08A 4H9FA 1G0PA 1L49A 1EL1A 3A90A 1LSBA 3G3VA 1LZRA 4WMGA 1L37A 1D2YA 4BAPA 137LA 2Z19A 1P46A 1PQDA 1BB7A 1BVXA 2A4TA 1IX0A 1JWRA 1LJHA 1DYDA 1L01A 1GB2A 236LA 1T8AA 2H9JA 2HUKA 1DYEA 3SB5A 1CKFA 1OUHA 4W56A 215LA 4DKLA 1OUBA 4EKQA 3B0IA 1CNSA 3HBDA 147LA 1BWJA 7LZMA 3N9EA 3TMWA 4DT3A 244LA 1IY3A 219LA 4WLTA 1H87A 4WM3A 2RBSA 4RLNA 1JITA 1KXYA 1L48A 4CGEA 5L9JA 1C6AA 1C6LA 3BKVA 2D4JA 4NHSA 1D0KA 2W1YA 1EQEA 1P2RA 4N9RA 2RBOA 4H94A 1YKYX 2A7DA 4HP0A 1LMPA 1CKDA 1YQVY 5E9RA 5T3FA 4UWUA 3TXKA 1OUFA 2ANXA 1WQRA 3W3EA 1LYIA 3LYZA 1W08A 3G3XA 4N1EI 1NHBA 3A93A 1L12A 4KL7A 1WQNA 4OWEA 1B5VA 1RE2A 1HERA 2XJWA 1GDXA 4EKSA 1FBIX 1HSXA 1LYZA 3SB9A 3SBAA 4KPMA 146LA 1PS5A 9LYZA 1FLYA 2DQAA 5DL9A 1C64A 249LA 4WM5A 1C6FA 2F47A 2BPUA 3WW6A 241LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W51 A;  4N0J A;  5M1Y A;  3MGW A;  3QE8 A;  217L A;  4H8Y A;  233L A;  222L A;  5LYT A;  1L47 A;  1DKK A;  1YRO A;  3ODU A;  4HSF A;  3D4S A;  109L A;  1OUC A;  216L A;  3GUM A;  5B1G A;  227L A;  3N9C A;  1GBO A;  1QUO A;  5II3 A;  250L A;  4W94 A;  3HDF A;  1BHZ A;  1L66 A;  2Z18 A;  4H92 A;  1OVK A;  261L A;  2MEB A;  1TBY A;  3WH1 A;  1CU2 A;  149L A;  2F2N A;  3A94 A;  1VDP A;  3AZ5 A;  2RBN A;  4EKP A;  2LZM A;  102L A;  5C6L A;  3CDQ A;  1L98 A;  151L A;  5B06 A;  6LYZ A;  1XEI A;  2B7X A;  1OUE A;  4J0L A;  1QT4 A;  5KXP A;  1DXJ A;  1P36 A;  4NWE A;  3TMV A;  1L95 A;  4ZIX A;  1L70 A;  5F9U A;  138L A;  223L A;  5LVH A;  1JJ3 A;  4XJH A;  2RAY X;  2Z6B A;  1XGP C;  1FN5 A;  127L A;  177L A;  5LVK A;  2I26 L;  1JEF A;  1GHL A;  1L90 A;  1L07 A;  256L A;  5LIN A;  1L53 A;  3HWL A;  4GCE A;  1HNL A;  1SSW A;  1GE4 A;  213L A;  135L A;  1L69 A;  3ULR A;  1LMC A;  2Z2E A;  5I5Q A;  3QY4 A;  1L64 A;  3V2Y A;  4CJ2 A;  122L A;  3NY9 A;  1L82 A;  3T36 A;  104L A;  144L A;  1YKX X;  1EQ5 A; 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