1L41A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAHLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVDGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l41A00
2B7XA 2B6XA 245LA 113LA 1L77A 139LA 1JTNA 1T8FA 214LA 171LA 3SB5A 1XJUA 1LI6A 3G3XA 4EKPA 232LA 1B6IA 1QUOA 1G07A 3HU8A 137LA 1L07A 2B75A 1L35A 2CUUA 3HUAA 1L16A 190LA 3HWLA 1L96A 2OE4X 1LWKA 3C82A 158LA 233LA 151LA 107LA 1L19A 175LA 1QT7A 1P3NA 2LC9A 1L81A 4W56A 257LA 1G0GA 2RB0X 4OO9A 1CV3A 217LA 4PK0A 164LA 111LA 3L64A 1L00A 2QB0B 2B6WA 219LA 155LA 1WTHA 4EPFA 234LA 3HU9A 209LA 210LA 4S0WA 3HTGA 3V2WA 3C8QA 212LA 253LA 1L26A 215LA 3OE6A 1QTCA 4EKRA 4ARMB 1T97A 1ZURA 1L42A 2Q9EA 1L57A 1G1VA 1SX7A 1L55A 3HUKA 1C6NA 4I7QA 2O7AA 1PQJA 123LA 1L97A 3DN6A 255LA 3F9LA 4PJZA 1D3MA 126LA 1SSWA 2F32A 2OU9A 1L08A 1L50A 4EKQA 1L18A 1L0KA 1LI3A 1L87A 1C67A 1L32A 2NTGA 2RAZX 1G0QA 173LA 1OV7A 2IGCA 2Q9DA 1P46A 1C6AA 1L52A 197LA 168LA 103LA 4K5YA 1L80A 1L48A 1G0PA 4DJHA 3K2RA 4E97A 1C64A 1XJTA 1JQUA 1CU5A 1CV1A 143LA 1CV0A 2B6YA 1L75A 2LZMA 4ARPA 1L44A 1K28A 236LA 241LA 4GBRB 1OVJA 1LLHA 3EMLA 4GRVA 4I7OA 1DYAA 1C6BA 1C66A 3OE9A 118LA 4ARMA 260LA 2OTYX 3SB6A 5I14A 4W53A 1G0MA 146LA 4I7NA 1L24A 1EPYA 239LA 2LCBA 1CU0A 1L88A 3C8RA 127LA 200LA 3FADA 2RBRA 1OV5A 1L58A 244LA 1OWZA 2B74A 4ARLA 1C6HA 174LA 198LA 104LA 2OU0X 1CX6A 1LGXA 1QUGA 2RBSA 3HDFA 1PQMA 1C6TA 231LA 240LA 3F8VA 1L25A 1L62A 216LA 4I7TA 1QTVA 1C6IA 1P56A 1T8GA 102LA 1CX7A 226LA 144LA 237LA 1L99A 1CU2A 3HTDA 4W51A 1L49A 3FA0A 156LA 4I7KA 3GUNA 1C6MA 4EXMA 1L84A 185LA 1L69A 1L64A 4ZPUA 3GUJA 1QT3A 1L43A 3DN8A 1G0LA 196LA 1QSBA 1QT4A 2RB2X 4AQNA 3DN0A 221LA 1L29A 145LA 1SWYA 2NTHA 1L76A 1C6QA 3GUKA 1L10A 1LWGA 1L71A 206LA 2B6TA 224LA 1L06A 3UONA 4ARQA 157LA 1L46A 1L12A 3CDQA 1L04A 1CTWA 2OU8A 1PQOA 1L0JA 1L82A 1L67A 170LA 261LA 3C7ZA 1C69A 1PQDA 3SB8A 1LPYA 1L92A 199LA 1L79A 1KY1A 1L68A 2B70A 1L74A 2OTZX 1L30A 2F47A 122LA 220LA 4LZMA 1L89A 1NHBA 3C81A 1L02A 1L66A 4I7JA 1L60A 1L33A 110LA 1C60A 1G06A 222LA 4LDLA 1L65A 1OVKA 3HDEA 3VW7A 2RBNA 4I7PA 252LA 3C7WA 1DYGA 235LA 1QUHA 130LA 1D3FA 167LA 254LA 1QSQA 1L73A 1LGUA 229LA 1QS9A 1L31A 258LA 1CV6A 1KW7A 1C6LA 4LDOA 1L51A 4ARJA 1C65A 243LA 3CDOA 3DN3A 3CDRA 1G0KA 1L11A 1DYDA 2OE7X 4DAJA 3HUQA 1C6GA 1L13A 1QTZA 1LI2A 1L37A 1JTMA 119LA 1D3JA 256LA 1QTBA 172LA 3C8SA 2QARC 3DMVA 2ANVA 1TLAA 1L59A 4LDEA 6LZMA 1D2YA 3HTBA 2O79A 1C68A 262LA 3FI5A 2RBPA 4YXCA 4YX7C 1L54A 1C61A 248LA 1CU3A 3DMXA 141LA 3DN4A 1PQKA 2RBOA 3NYAA 1L27A 213LA 4W52A 148LE 1L86A 3HH3A 160LA 1QS5A 188LA 1I6SA 142LA 2RBQA 115LA 1L23A 182LA 1G0JA 3C83A 1LGWA 1C6FA 249LA 3DN1A 4W55A 4ARQB 1CUPA 1CU6A 2ANXA 223LA 227LA 150LA 186LA 3SB7A 131LA 1C6PA 147LA 3NY8A 159LA 1KS3A 1C6JA 4W54A 4I7LA 4DKLA 2RAYX 1OYUA 1C62A 3SBBC 1L45A 4I7RA 177LA 2OEAX 3HH6A 247LA 2O4WA 211LA 1L34A 1L63A 128LA 2OE9X 3DKEX 1L14A 1CVKA 1L95A 2F2QA 3C7YA 1DYFA 176LA 3GUIA 1C6CA 1C6EA 1P64A 3CDVA 230LA 1LYIA 4W58A 3DNAA 1L01A 3QAKA 1KNIA 162LA 138LA 192LA 3SN6R 184LA 1DYEA 2B73A 1LYFA 259LA 3HH5A 1P6YA 3HT8A 4YXAC 2B72A 3G3WA 1DYCA 3C80A 1L94A 3JR6A 4EPIA 2B6ZA 1P5CA 1L47A 1L72A 1OVHA 1SWZA 4IAPA 180LA 114LA 1ZWNA 1LYJA 1L91A 195LA 3G3VA 3GUOA 1QT8A 1L03A 1LW9A 238LA 1L41A 1KY0A 2HULA 4W57A 1D2WA 166LA 3D4SA 3OE8A 1QT6A 3PDSA 1OWYA 1L38A 4I7SA 163LA 1L36A 1L17A 1T8AA 1L93A 1CV4A 2RH1A 129LA 1P37A 183LA 3SB9A 1QTDA 1L53A 1LYEA 112LA 161LA 181LA 1L21A 1L40A 108LA 1QUDA 3GUMA 3HT9A 3RZEA 1CUQA 1KW5A 1L83A 152LA 1L56A 3HH4A 201LA 125LA 1L20A 7LZMA 3NY9A 1QTHA 3OE0A 191LA 1P2LA 2RB1X 140LA 1DYBA 1G1WA 1L98A 1C6KA 3HT6A 1L09A 1P7SA 1L22A 1QT5A 1XEPA 1L15A 1D3NA 109LA 189LA 4EKSA 178LA 2HUMA 1D9WA 1L28A 1L05A 165LA 3HTFA 3ODUA 1SX2A 1PQIA 251LA 3CDTA 1P36A 1L70A 250LA 149LA 3GUPA 1SSYA 3SBAA 1LYGA 228LA 3L2XA 3GULA 2Z6BA 1C6DA 3PBLA 1L61A 3DN2A 1ZYTA 4I7MA 3HT7A 169LA 1P2RA 4W59A 218LA 5LZMA 3V2YA 1L85A 1L39A 4EJ4A 242LA 1CV5A 3LZMA 225LA 2HUKA 187LA 120LA 2A4TA 3RUNA 2L78A 1L90A 205LA 1C63A 1LYDA 3DMZA 246LA 1T6HA 1LYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B7XA 2B6XA 2AUBA 1L77A 139LA 5F9UA 1T8FA 1VDQA 1XGTC 4E3UA 1QSWA 4LYOA 5LAFA 1YAMA 3SB5A 6LYTA 1LI6A 1OUAA 1HFYA 1HEOA 4R6CA 1G7LC 1B6IA 3M3UA 5HNCA 1L35A 1DI5A 1HEMA 3HWLA 1L96A 5C6IA 158LA 4NY5A 5KY1A 1DPXA 1D0KA 3HBEX 1GFRA 5KKJA 1P3NA 2LC9A 1INUA 4OO9A 4OOOA 4OWBA 3WUAA 1REZA 1IIZA 1BQLY 1L00A 210LA 2Z39A 5A3ZA 253LA 1L26A 215LA 2BQKA 4EKRA 4U3XB 4WM4A 1L42A 1G1VA 1L55A 4ANRA 1B2KA 2DQAA 3TXJA 123LA 3ZEKA 1TDYA 4DD2A 154LA 1L87A 4W94A 2RAZX 173LA 4NHQA 4FDYA 1J1OY 4K5YA 1L48A 1G0PA 3P4ZA 4LT3A 4E97A 1C64A 1OUIA 1XJTA 2D4KA 1CU5A 1CKGA 1CV0A 2YBLA 4ETEA 4LFPA 1L75A 4NSHA 1L44A 1K28A 1FDLY 3ZVQB 1QTKA 4LT1A 3EMLA 1JIYA 1LZ1A 4NEBA 3AGHA 5I14A 4W53A 1G0MA 1IVMA 1HSWA 5DL9A 1L24A 1EPYA 4H92A 1IWZA 2RBRA 2CJLA 4XYYA 1SQ2L 2B74A 3A95A 1CJ6A 1DI4A 1LSFA 4GCDA 2GV0A 2RBSA 1EL1A 5II3A 3HDFA 1PQMA 4RLMA 4I7TA 1JUGA 2F30A 1DXJA 3KAMA 1P56A 1B7SA 237LA 1L99A 3LYMA 4IATA 1QUSA 4W51A 4WG1A 2HEAA 3B0OA 3F6ZA 3FA0A 3GUNA 1H87A 4LGKA 1P2CC 1ALCA 1LSMA 2ZNWY 5FSTA 2CWIA 196LA 1BB3A 1LZTA 1GXXA 4ML7A 4AQNA 1IORA 1TCYA 1BWHA 1VDTA 1JPOA 5LINA 1LHKA 3GUKA 1L71A 1LMOA 2DQIY 2H9JA 1XGPC 5LYZA 1RE2A 1PQOA 1L82A 2BQAA 4RW1A 261LA 1C69A 1B5UA 1KIPC 199LA 5LA8A 2F47A 122LA 1LZ8A 3LYTA 1OUDA 4UWUA 2BQHA 1NHBA 1GDWA 3WH1A 1GFKA 1YILA 1IC5Y 1L60A 1C60A 4LDLA 4ETBA 1OVKA 5LAGA 1DYGA 1YL0X 4NGLA 235LA 2LZ2A 2ZYCA 1JISA 1QUHA 1GB6A 1QSQA 1DQJC 1LGUA 3A93A 1QDRA 2YBMA 1QS9A 1G7IC 4YEMA 1ZV5L 1VDSA 4ARJA 5DM9A 4OOTA 1IOQA 2HTXA 243LA 1L37A 256LA 172LA 132LA 2ANVA 1TLAA 5B06A 4WLYA 1CKHA 4R0FA 4TWSA 1YL1X 1V7TA 1SLYA 1C61A 141LA 3NYAA 1PQKA 1FLQA 4CFPA 1LZDA 188LA 1I6SA 182LA 3N9AA 1LMQA 4W55A 3SB7A 1YKXX 3B6LA 1JJ1A 1B7OA 3N9EA 2Z37A 147LA 2HECA 3WU9A 2EKSC 3WPJA 2HEEA 5APEA 3N9CA 2I26L 3SBBC 2BQOA 4I7RA 2OEAX 3TXHA 1NKHA 1L63A 4X3BA 1CVKA 4NHSA 176LA 3GUIA 4H93A 1YIKA 2F4GA 1HFZA 5KXWA 3CDVA 2YSSC 230LA 4WO9A 1JKCA 3QY4A 4W58A 1L01A 2HUBA 4NSJA 3TMXA 3W6DA 3SN6R 1LYFA 3CT0A 2MEFA 4YXAC 4DD1A 2B72A 2YBJA 3G3WA 1GBSA 1LZBA 1L94A 3JR6A 4TSBA 3ULRA 4TSCA 1A4VA 1L47A 1L72A 4ET8A 1OVHA 1C7PA 1ZWNA 1JTTL 1LSCA 1JTPL 3AZ4A 1GB8A 2BPUA 1GWDA 1XGUC 4W57A 3T6UA 166LA 2MEDA 3SP3A 1OWYA 1HC0A 4I7SA 163LA 1T8AA 4XJGA 5I4WA 1L93A 2RH1A 1GE3A 4XJFA 129LA 1MELL 5FDJA 1IP3A 3SB9A 5KKIA 181LA 3WUMA 1GFGA 4ETDA 4AXTA 152LA 1JKAA 2DQGY 4MSTA 2BLYA 5F81A 3NY9A 1VEDA 1QTHA 1GB0A 3OE0A 4RW2A 1IR9A 1G1WA 2BQNA 3WVXA 4J1AA 1C6KA 3W3EA 4WLTA 1LMNA 4O34A 1FLWA 1GB5A 4YENA 3EO5A 1FN5A 165LA 2HEDA 1HELA 2W1YA 1IP5A 251LA 1L70A 4OWHA 1HMKA 1LYGA 228LA 3PBLA 1C6DA 4ET9A 4I7MA 2F2NA 3AYQA 1P2RA 1C46A 1CJ9A 2LYZA 1UICA 242LA 1GB9A 1RCMA 1ZMYL 1FKVA 1B0DA 4H9HA 5F16A 246LA 3RZ4A 2XQOA 1LHIA 1D0LA 113LA 5KXMA 1IP6A 1XEJA 3A6BY 3TXBA 2YBIA 1QSAA 1XJUA 2Z38A 3G3XA 4EKPA 232LA 4GCEA 1GAYA 1G07A 1I1ZA 4KL7A 1GBYA 1CJ8A 3HUAA 1PZYA 2H5ZA 1GF6A 4NWEA 5I5QA 1OUFA 233LA 151LA 4HSFA 3LHMA 1L81A 1GB2A 3FE0A 4QGZA 5A3EA 1CNSA 1CV3A 1UBZA 217LA 3L64A 2QB0B 155LA 4WMGA 4EPFA 1B5YA 4LYBA 3HTGA 3TMVA 212LA 1KIQC 1OUJA 1QTCA 5KJ9A 3EBAB 4GLVA 1LZGA 3A67Y 5LVJA 1LJJA 1C6NA 4I7QA 5LIOA 3LZ2A 1XFPL 1L97A 255LA 4PJZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B7X A;  2B6X A;  2AUB A;  1L77 A;  139L A;  5F9U A;  1T8F A;  1VDQ A;  1XGT C;  4E3U A;  1QSW A;  4LYO A;  5LAF A;  1YAM A;  3SB5 A;  6LYT A;  1LI6 A;  1OUA A;  1HFY A;  1HEO A;  4R6C A;  1G7L C;  1B6I A;  3M3U A;  5HNC A;  1L35 A;  1DI5 A;  1HEM A;  3HWL A;  1L96 A;  5C6I A;  158L A;  4NY5 A;  5KY1 A;  1DPX A;  1D0K A;  3HBE X;  1GFR A;  5KKJ A;  1P3N A;  2LC9 A;  1INU A;  4OO9 A;  4OOO A;  4OWB A;  3WUA A;  1REZ A;  1IIZ A;  1BQL Y;  1L00 A;  210L A;  2Z39 A;  5A3Z A;  253L A;  1L26 A;  215L A;  2BQK A;  4EKR A;  4U3X B;  4WM4 A;  1L42 A;  1G1V A;  1L55 A;  4ANR A;  1B2K A;  2DQA A;  3TXJ A;  123L A;  3ZEK A;  1TDY A;  4DD2 A;  154L A;  1L87 A;  4W94 A;  2RAZ X;  173L A;  4NHQ A;  4FDY A;  1J1O Y;  4K5Y A;  1L48 A;  1G0P A;  3P4Z A;  4LT3 A;  4E97 A;  1C64 A;  1OUI A;  1XJT A;  2D4K A;  1CU5 A;  1CKG A;  1CV0 A;  2YBL A;  4ETE A;  4LFP A;  1L75 A;  4NSH A;  1L44 A;  1K28 A;  1FDL Y;  3ZVQ B;  1QTK A;  4LT1 A;  3EML A;  1JIY A;  1LZ1 A;  4NEB A;  3AGH A;  5I14 A;  4W53 A;  1G0M A;  1IVM A; 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