2RSCA

Solution structure of the bombyx mori lysozyme
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
GKTFTRCGLVHELRKHGFEENLMRNWVCLVEHESSRDTSKTNTNRNGSKDYGLFQINDRYWCSKGASPGKDCNVKCSDLLTDDITKAAKCAKKIYKRHRFDAWYGWKNHCQGSLPDISSC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Solution Structure of the Bombyx Mori LYSOZYME
rcsb
source organism Bombyx mori
total genus 42
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rscA00
4WO9A 1IWTA 3LYMA 4B4IA 5HNCA 1GFAA 4HP0A 1E8LA 5APEA 1C46A 4HV2A 3A3QA 3CSZA 4J0LA 4R6CA 1QSWA 1IP6A 3ZVQA 1AKIA 7LYZA 4GCDA 5KXMA 5LAFA 1GFGA 2AUBA 4KT3A 4WM2A 1GF8A 1IOTA 1HEWA 1XGPC 2DQFC 3A6CY 5I4WA 5LVHA 1HSXA 1TDYA 1KIRC 1BB6A 1QDTA 2YBJA 4TSBA 1GFTA 5LXWA 1QUTA 1GB3A 1LHJA 2Z37A 1GE1A 1WVVA 1ZV5L 5LVIA 1NDGC 5KXWA 2YBHA 3LYTA 2Z38A 2C8PA 2W1MA 2DQEY 1DPXA 4H9IA 4NSJA 4R0FA 1LSCA 2HU1A 1OUFA 1C45A 4KPMA 3TMUA 4Z3MA 2BQDA 5LINA 1GWDA 1XFPL 4WM6A 4HTQA 1HMLA 1B5XA 1LJJA 1LYYA 4PGJB 4DDBA 4NGWA 1NDMC 2ZWBA 4HV1A 1LSAA 2Z2FA 1LZRA 3CB7A 1DKKA 1GBWA 5L3HA 4LT0A 3WXUA 4EOFA 2F2NA 1KXYA 4Z41A 9LYZA 1RCMA 2BPUA 2HEFA 3LYOA 4NEBA 154LA 4RW1A 1REZA 4CHXA 2BQMA 2ZILA 4IJ4A 1UA6Y 3A67Y 4TX7A 5II3A 1JTTL 1WQPA 1LOZA 2MEEA 5LVKA 1IEEA 1LZSA 1B7NA 2FYDA 2I25L 5DN4A 2BQBA 4NHIA 5APFA 2RSCA 4UWVA 1LZEA 5FELA 1LTMA 1KIQC 1LHMA 2D4IA 3P64A 4QDNA 3T6UA 5J7CA 1IOCA 1LSEA 5KKIA 3ATOA 5LA8A 1C08C 1UIFA 4MCKA 4J1BA 1JSFA 5F14A 2PC2A 4YF2A 1BVXA 5APCA 4N1CC 1C7PA 1UICA 4Z98A 1GF5A 2H9KA 1YIKA 4XJDA 4M6DA 1YROA 1LZDA 3LZTA 1TEWA 1JKAA 1OUJA 1REYA 2XBSA 3N9CA 5HMVA 1A2YC 1YKYX 1IWVA 1G7LC 1XGUC 3AZ7A 4XJHA 1LZ8A 2W1LA 2YBIA 4BAPA 1LMQA 1JKDA 1NKHA 2F30A 194LA 1LZ6A 4WLYA 4WG7A 2MEBA 4XJBA 1D0MA 4BS7A 1HEOA 2DQDY 4NSHA 4NWHA 1GB9A 1LZNA 4G4HA 4RLMA 3WPLA 2CGIA 4WLDA 4H8YA 4WM4A 1IWYA 3AW6A 1LKRA 3TMXA 4PPOA 1G7MC 4XENA 1SLYA 1LJIA 1GFHA 1GXV2 2BQJA 4H93A 1HSWA 1QQYA 1F10A 1OUEA 4XADA 4LYTA 2FBBA 1WQMA 4LT1A 3EO5A 4NY5A 2BQNA 2BQOA 2DQHY 1IR8A 2MEDA 3J4GA 3N9AA 1LSYA 4YM8A 1QSAA 5AMYA 5L9JA 2Z2EA 3E3DA 2ZQ3A 3TXIA 5KXSA 1LZ9A 1IP2A 3A3RX 4H9BA 3AZ4A 1BWIA 1B0DA 5D5FA 4B49A 4ETEA 3W6FA 1D9UA 3BKVA 1ZMYL 3G3AB 4OOOA 1GF6A 1LJFA 2Z19A 5F81A 1GBYA 4WL6A 4ETCA 2CDSA 1FLQA 2ZNXY 1PS5A 1HELA 4WG1A 3A93A 1LSDA 4LYZA 2DQGY 1HFZA 1FDLY 1YAMA 4H90A 3W6DA 5HQ1A 1LJEA 1NHEA 1LSFA 1EQ4A 1QUSA 4LGKA 1HNLA 4DYGA 1BGIA 3GXRA 1BB4A 1LJ4A 2C8OA 2EPEA 1GF7A 2DQAA 3AZ6A 3HBHA 5B05A 3AGGG 5A3EA 2N5ZA 1I56A 1ZVYB 2LZTA 4EMNA 3WPKA 3W3EA 3P66A 1G7IC 1GBOA 3EBAB 4XYYA 5KXTA 3AJNA 5DL9A 1BB5A 4RDSA 1IOQA 5EBHA 1NF5A 4OOTA 2HUBA 5LAGA 1B5WA 4ANRA 1JJ0A 1V7TA 1YL0X 2Y8PA 3LYZA 4HJYA 4DD9A 1LZBA 2EKSC 2LYZA 1XEKA 4E3UA 2BQCA 1LJKA 1LYZA 1D0LA 3N9EA 193LA 4DD0A 2HEDA 2BQGA 1GE3A 3EMSA 4H9HA 3ZVQB 1IWWA 1UUZC 2BQAA 3RT5X 1B7PA 2DBTA 4YOPA 134LA 3WPJA 4N8ZA 5LVJA 3AYQA 3J6KA 1Z55A 1YANA 1JKCA 2LYMA 4X3BA 1UIEA 4L41A 4DD3A 1LMPA 2DQCY 5KJ9A 2HTXA 1HERA 4W94A 2FYCA 3A95A 2LHMA 4HPEA 3OK0A 5C6LA 1BB3A 4N1EI 4NSIA 1TCYA 1JKBA 3IJVA 1GFUA 1LZGA 1XGRC 1IP5A 3P68A 3WVYA 1XGTC 4I8SA 2H5ZA 3HFMY 3AW7A 1D0KA 2EQLA 2XBRA 2YBNA 132LA 2BQHA 2D4JA 2ZYPA 4H91A 1RJCB 4MR1A 1GB6A 4IASA 4OWBA 4GN4A 4HTNA 1REXA 2YVBA 2BQEA 4AXTA 5M1YA 2A7FA 1JTPL 1GBXA 1IORA 4LYOA 2BQLA 1CJ8A 3W6BA 1LHHA 4DD2A 4NHQA 1G7JC 1LYSA 1UIAA 4XJIA 1GE4A 1YAPA 1GE0A 208LA 3FI7A 4LFPA 3RNXA 1NQIA 1B7MA 1YQVY 5IELA 4TSCA 4LYMA 1LZTA 5F9XA 1GB5A 2IFFY 4NGLA 1LHLA 4MSTA 1YILA 5KY1A 5KXXA 1OUGA 4OWAA 1LJ3A 1LZ5A 4NHSA 3A96A 1OUIA 4HTKA 1BHZA 3WUAA 1GD6A 1LAAA 5DM9A 1FLYA 2CJLA 3D3DA 4J7VA 4I0CA 4WOAA 1WQNA 4N0JA 1IP3A 1IR9A 1B7QA 4QY9A 1F6RA 4NFVA 5B07A 1GDXA 2G4PA 1CKGA 1YL1X 1IVMA 3B6LA 1LJGA 5A3ZA 4GN3A 1RFPA 1VDTA 4CFPA 1O23A 8LYZA 5HLLA 2YSSC 1JEFA 1GFJA 1A4VA 1JIYA 3CT1A 4IATA 5KKJA 1UIDA 2I26L 4RLNA 5FSTA 5LYMA 1IC4Y 1JJ3A 5B59A 4PJ2C 2BQFA 1WQOA 3M3UA 5IHGA 1N4FA 1GFRA 4HPIA 4FDYA 1YAOA 2F4GA 4C3WA 1QIOA 4WM3A 1HF4A 1JJ1A 1GAZA 3QE8A 4OW1A 1DI4A 4TTDA 1ALCA 2ZYCA 1MLCE 5LIOA 2NWDX 5C6JA 4YEOA 1DXJA 1GPQC 3WU9A 3A8ZA 1FKQA 3CT5A 4XN6A 4OWHA 4CFOA 5I53A 1NMMA 1GEVA 1C10A 3QNGA 1VDPA 4GLAA 3TXHA 2LZ2A 3ZEKA 1INUA 1LZAA 4ZEEA 1IO5A 1T3PA 1DI5A 1QDRA 4DD7A 4RW2A 1IOSA 2B5ZA 1B7OA 1GAYA 1HEQA 3WH1A 2DQIY 1PZYA 3W6AA 1HFYA 4H9AA 1CKDA 2ZIKA 1TAYA 4LFXA 2D6BA 3TMVA 1IC5Y 3ULRA 4Z46A 2G4NA 3IJUA 4PRQA 5T3FA 5FDJA 1IWZA 2BQKA 3AGIA 4TUNA 4BADA 1IY4A 1GE2A 1P2CC 2IHLA 1EQ5A 1YKZX 1GB8A 1HENA 1LHKA 1LSGA 2HEAA 4KXIA 4LZTA 4NGJA 4NG1A 3WL2A 3WW6A 1CKCA 4TWSA 5HMJA 2HECA 4O34A 1GFKA 4NHPA 1JISA 1LZCA 1WTNA 2FBDA 1F6SA 1IX0A 1W6ZA 2ZQ4A 3AGHA 3B0KA 133LA 1IP7A 4PRUA 1HC0A 4LT2A 1NWGA 1UCOA 1WQRA 3TXKA 4XJGA 1KIPC 1VDQA 1GFEA 2BAAA 1GDWA 3WU8A 5I4YA 1DZBX 1H87A 3WVXA 1BQLY 2MEGA 4H1PA 1AT5A 3LHMA 4NSGA 4NGIA 3WULA 1GF0A 1LZ4A 5D5CA 2Q0MX 4H9EA 3CSQA 5LYZA 1UIHA 1ZVHL 1H6MA 4NG8A 4DT3A 1CKHA 153LA 1WQQA 1KXXA 2WARA 4GCCA 1B2KA 4WM1A 1IIZA 1IP1A 2W1YA 4QGZA 1J1PY 3WXTA 3WU7A 2Z18A 4WLXA 1J1OY 1UACY 1CNSA 3KAMA 1LJHA 1GFVA 1OUAA 1OUBA 1JPOA 4FJRA 3WYHA 1CJ7A 2MEHA 4WO6A 4NGYA 4GCFA 4XJFA 3HBDA 4H9CA 2I6ZA 1XEJA 4GCEA 3QY4A 3A90A 1LPIA 1XEIA 3EXDA 3CQLA 1LMNA 4II8A 1B7RA 1DKJA 1FLUA 4QEQA 2GV0A 1GEZA 5E4PA 1HFXA 1XSFA 1NBZC 1B9OA 4B4EA 3TXEA 4ETBA 6LYTA 3A94A 4UWUA 4J1AA 3TXGA 1VAUA 1FLWA 4ZFPA 1GF4A 1EL1A 1AM7A 1VATA 4NGKA 4CGEA 1LSPA 1EQEA 1XGQC 2VB1A 3AB6A 1CJ9A 4DDCA 4H8XA 5KXOA 1D6QA 2G4QA 5B1GA 1DI3A 6LYZA 3A92A 135LA 2D4KA 4GLVA 1T6VL 1LMAA 3TMWA 5APDA 4A7DA 2BLXA 4ML7A 4G4CA 4D9ZA 2H9JA 5E9RA 3MGWA 5LA5A 1GBZA 5KXNA 2ZIJA 3F6ZA 1UC0A 2Z39A 3B72A 1LMCA 2MECA 2ZNWY 4OWCA 5FEKA 5IDDA 3RU5A 2XJWA 4OWEA 4ETDA 1GF9A 5B1FA 1G7HC 4DD1A 1BWJA 1JITA 5KXPA 2LYOA 2MEIA 1FN5A 2MEFA 3WUMA 4UWNA 4WMGA 5F9UA 1JSEA 207LA 1B7SA 4U3XB 1B5YA 1LMTA 4BAFA 4H9FA 3RZ4A 1C43A 1W08A 1B7LA 3SP3A 4YEMA 3A34A 3W6EA 2HEBA 1LCNA 3M18B 4WM5A 4WLTA 4B4JA 1HEMA 1GXXA 2X0AA 3G3BB 2YDGA 4PHIA 4GCBA 1CJ6A 1OUCA 1DQJC 5KXYA 1D6PA 1I1ZA 1IC7Y 1GB0A 3P65A 4NGVA 1FBIX 1NBYC 2HEEA 5ILFA 1B5ZA 5DN5A 1YAQA 1B5VA 5FHWA 1TBYA 2EIZC 4DDAA 3W6CA 3HBEX 5I5QA 4H92A 5KXZA 1SQ2L 4NGZA 5DLAA 3TXBA 1IWUA 1IY3A 4ET9A 3BKHA 5LYTA 3D9AC 5KXLA 1LZ1A 5L3IA 3LZ2A 1LJNA 2DKVA 3A91A 2BQIA 3ATNA 4C5FA 2YBMA 3OJPA 1OP9B 1OUDA 2CWIA 1WTMA 1AT6A 3WMKA 5LVGA 1LSZA 1MELL 2F4AA 4ET8A 3A6BY 1LSBA 5I4XA 5C6IA 1GB7A 3VWOA 1HHLA 1VDSA 4CJ2A 1WVUA 1GF3A 4HSFA 5FCPA 4W96A 4H94A 4NWEA 3IWRA 5I54A 1LYOA 1RE2A 1FKVA 1HEPA 1OQMA 1AZFA 1BVKC 4NGOA 1QTEA 1B5UA 1UIBA 3AZ5A 2MEAA 3FE0A 4LYBA 1YKXX 5HNLA 5ILCA 4NIJA 1LZYA 3B0OA 1GBSA 1VEDA 3T36A 1JTOL 3GXKA 5B06A 1HMKA 4G4BA 3RW8A 4B0DA 4B1AA 1J1XY 1RI8B 3LN2A 4LT3A 3WUNA 2W1XA 1GB2A 2XTHA 4G49A 4M4OA 1BB7A 1REMA 1UIGA 1F0WA 1I20A 4ETAA 2BLYA 2Z12A 3CT0A 4N5RA 4DWXA 2DQJY 4HJVA 5KXRA 3TXDA 4YENA 4KL7A 2HU3A 1KXWA 3TXFA 1V7SA 4DC4A 1IWXA 2A7DA 1JHLA 1UBZA 3P4ZA 1DPWA 4AGAA 4LYCA 1IR7A 1LKSA 2D91A 2YBLA 1GHLA 4HJZA 4NHTA 1LHIA 5KXKA 3K3TA 1OUHA 1LSMA 1IP4A 1QTKA 1JWRA 4G9SA 4ZIXA 1JUGA 1VFBC 3WW5A 3CSRA 4WL7A 1LSNA 4GN5C 4H8ZA 3TXJA 5F16A 5JENB 1BWHA 1CKFA 1LMOA 3B0IA 4N9RA 4P2EA 5K7OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WO9A 1C46A 3DN4A 4R6CA 1QSWA 1AKIA 1DYCA 5KXMA 4KT3A 1HEWA 1XGPC 5LVHA 1XJUA 167LA 1KIRC 2OU8A 1QDTA 3SB7A 1LHJA 3HH5A 1GE1A 1WVVA 5LVIA 5KXWA 4DKLA 3LYTA 1DPXA 2O7AA 1L73A 1L21A 1OUFA 4KPMA 1XFPL 1HMLA 4ARMA 1LSAA 2Z2FA 186LA 5L3HA 1SSYA 4LT0A 1RCMA 4NEBA 1UA6Y 1C6LA 261LA 2FYDA 2I25L 1L49A 5APFA 2RSCA 5FELA 1LTMA 1KIQC 3P64A 1C6KA 2H9KA 4XJDA 3LZTA 1LZDA 1TEWA 5HMVA 1YKYX 1G7LC 109LA 7LYZA 194LA 1LZ6A 1L68A 4WLYA 4XJBA 1D0MA 120LA 217LA 4NSHA 4G4HA 1IWYA 1C6DA 1G7MC 1LJIA 1GFHA 1EPYA 3HH4A 145LA 1HSWA 1L14A 1QT5A 4LYTA 1JQUA 1WQMA 3V2WA 169LA 1CU0A 1G0JA 2BQNA 1IR8A 3OE6A 1QSAA 1LW9A 3TXIA 5KXSA 3AZ4A 1D9UA 1L58A 3BKVA 5F81A 2Z19A 151LA 1LSDA 3W6DA 5HQ1A 171LA 1LJEA 1ZYTA 209LA 184LA 4DYGA 1BGIA 3UONA 1T97A 1ZVYB 242LA 1CV5A 5DL9A 1IOQA 1T8AA 3G3XA 4EPFA 3HTDA 1B5WA 183LA 1L56A 1OVKA 2EKSC 2LZMA 1LJKA 3ZVQB 3RT5X 1B7PA 2DBTA 4YOPA 3AYQA 3HUKA 4DD3A 1JKCA 1L48A 2DQCY 1CU2A 2HTXA 4W94A 2LHMA 4NSIA 1XGRC 3P68A 2H5ZA 3AW7A 2YBNA 132LA 4H91A 4OWBA 4GN4A 4HTNA 1C6PA 5M1YA 1JTPL 4ARQB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WO9 A;  1IWT A;  3LYM A;  4B4I A;  5HNC A;  1GFA A;  4HP0 A;  1E8L A;  5APE A;  1C46 A;  4HV2 A;  3A3Q A;  3CSZ A;  4J0L A;  4R6C A;  1QSW A;  1IP6 A;  3ZVQ A;  1AKI A;  7LYZ A;  4GCD A;  5KXM A;  5LAF A;  1GFG A;  2AUB A;  4KT3 A;  4WM2 A;  1GF8 A;  1IOT A;  1HEW A;  1XGP C;  2DQF C;  3A6C Y;  5I4W A;  5LVH A;  1HSX A;  1TDY A;  1KIR C;  1BB6 A;  1QDT A;  2YBJ A;  4TSB A;  1GFT A;  5LXW A;  1QUT A;  1GB3 A;  1LHJ A;  2Z37 A;  1GE1 A;  1WVV A;  1ZV5 L;  5LVI A;  1NDG C;  5KXW A;  2YBH A;  3LYT A;  2Z38 A;  2C8P A;  2W1M A;  2DQE Y;  1DPX A;  4H9I A;  4NSJ A;  4R0F A;  1LSC A;  2HU1 A;  1OUF A;  1C45 A;  4KPM A;  3TMU A;  4Z3M A;  2BQD A;  5LIN A;  1GWD A;  1XFP L;  4WM6 A;  4HTQ A;  1HML A;  1B5X A;  1LJJ A;  1LYY A;  4PGJ B;  4DDB A;  4NGW A;  1NDM C;  2ZWB A;  4HV1 A;  1LSA A;  2Z2F A;  1LZR A;  3CB7 A;  1DKK A;  1GBW A;  5L3H A;  4LT0 A;  3WXU A;  4EOF A;  2F2N A;  1KXY A;  4Z41 A;  9LYZ A;  1RCM A;  2BPU A;  2HEF A;  3LYO A;  4NEB A;  154L A;  4RW1 A;  1REZ A;  4CHX A;  2BQM A;  2ZIL A; 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 5KXL A;  1LZ1 A;  5L3I A;  3LZ2 A;  1LJN A;  2DKV A;  3A91 A;  2BQI A;  3ATN A;  4C5F A;  2YBM A;  3OJP A;  1OP9 B;  1OUD A;  2CWI A;  1WTM A;  1AT6 A;  3WMK A;  5LVG A;  1LSZ A;  1MEL L;  2F4A A;  4ET8 A;  3A6B Y;  1LSB A;  5I4X A;  5C6I A;  1GB7 A;  3VWO A;  1HHL A;  1VDS A;  4CJ2 A;  1WVU A;  1GF3 A;  4HSF A;  5FCP A;  4W96 A;  4H94 A;  4NWE A;  3IWR A;  5I54 A;  1LYO A;  1RE2 A;  1FKV A;  1HEP A;  1OQM A;  1AZF A;  1BVK C;  4NGO A;  1QTE A;  1B5U A;  1UIB A;  3AZ5 A;  2MEA A;  3FE0 A;  4LYB A;  1YKX X;  5HNL A;  5ILC A;  4NIJ A;  1LZY A;  3B0O A;  1GBS A;  1VED A;  3T36 A;  1JTO L;  3GXK A;  5B06 A;  1HMK A;  4G4B A;  3RW8 A;  4B0D A;  4B1A A;  1J1X Y;  1RI8 B;  3LN2 A;  4LT3 A;  3WUN A;  2W1X A;  1GB2 A;  2XTH A;  4G49 A;  4M4O A;  1BB7 A;  1REM A;  1UIG A;  1F0W A;  1I20 A;  4ETA A;  2BLY A;  2Z12 A;  3CT0 A;  4N5R A;  4DWX A;  2DQJ Y;  4HJV A;  5KXR A;  3TXD A;  4YEN A;  4KL7 A;  2HU3 A;  1KXW A;  3TXF A;  1V7S A;  4DC4 A;  1IWX A;  2A7D A;  1JHL A;  1UBZ A;  3P4Z A;  1DPW A;  4AGA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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