4WM4A

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme at 800 mpa
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wm4A00
1HFZA 2WARA 3VWOA 4OWBA 1GFTA 153LA 4HV1A 5APCA 3W6AA 3ZEKA 4NGJA 1HNLA 1GFVA 4B49A 5FELA 5T3FA 5IELA 2BQNA 5I4WA 4W94A 3WUNA 1JKCA 3G3BB 2YVBA 1IWUA 1YILA 4H9IA 1GF7A 2CJLA 2HU1A 135LA 1HELA 4N9RA 1FBIX 4XJDA 3CT5A 4KPMA 1DKJA 5LVHA 2YBMA 2ZNXY 208LA 1NBZC 1LSMA 1NQIA 2Z2EA 3A6CY 1WQPA 2H9KA 4H9AA 4NWEA 4H92A 1BB6A 1VDQA 4DWXA 1B5VA 4G9SA 4DDCA 1YKZX 3AZ6A 1IX0A 2W1XA 1LJEA 4LT1A 4XJFA 3CSQA 1VDTA 2DQAA 1J1OY 4H9HA 1B5YA 1ZMYL 1D6QA 1GDWA 1XEJA 1LSPA 4HJYA 1BQLY 4Z46A 1TBYA 1UIEA 2W1YA 1IP2A 1GD6A 1BGIA 1JKBA 1LSCA 1GB2A 1B7PA 5KXYA 4YEMA 3J4GA 5II3A 3EO5A 1IC7Y 1IR9A 2ZYCA 4WO6A 4NEBA 1HEWA 4N8ZA 1C46A 1XEKA 1VDPA 4WM4A 3A95A 4LYMA 2LZ2A 5FHWA 1IC5Y 4LGKA 1D6PA 4NGZA 1IVMA 4E3UA 1IR7A 1NDGC 1GFGA 154LA 4ZIXA 1LZRA 4QDNA 5C6IA 3HFMY 1JKDA 2DQEY 3GXRA 3D9AC 4XJBA 2D4KA 5IDDA 1LMNA 1UIAA 1LYSA 4YEOA 3WXUA 5LVGA 1HMLA 4NIJA 5FSTA 1LOZA 3TXDA 1CJ7A 1W6ZA 1TCYA 2CWIA 4GCBA 3TXBA 2FBDA 2FYCA 1QIOA 1NF5A 2D91A 2DKVA 1GAZA 1XGRC 2BQFA 2YDGA 3W6DA 1GFAA 1JISA 1HSWA 1LZGA 1YIKA 2G4PA 3WH1A 1CKHA 4C5FA 1LHIA 4H8ZA 4B4EA 5LINA 1HERA 3LN2A 1TEWA 4RLNA 5FDJA 1GB0A 1NDMC 2I6ZA 1KIPC 3QE8A 5I5QA 5APEA 5LIOA 4H93A 4NHQA 4NGLA 5KXWA 3B0KA 4HV2A 1GF0A 2C8OA 4LT2A 4PRQA 4NWHA 4XJGA 3B0OA 4I0CA 1I1ZA 4H8YA 1B7LA 1DPWA 1EQ4A 4CHXA 4GCDA 4DYGA 2ZIJA 1NWGA 3WU8A 2LYMA 4NY5A 1GFEA 3GXKA 4CFOA 4ZEEA 2MEHA 1F6SA 1OUJA 2I25L 4RW1A 1LZ9A 4EOFA 2LYOA 1LSAA 1IY4A 4PRUA 2XBRA 2A7DA 2BAAA 4WG7A 1UIGA 4GCFA 1XGUC 1UIFA 3IJVA 4HJVA 1N4FA 3N9CA 2MEDA 9LYZA 4Z41A 4NSGA 1GXV2 2PC2A 3A3RX 4LYOA 1IWVA 5HNLA 1MELL 2Z37A 1LJNA 1TAYA 5LVIA 2W1MA 3MGWA 2YBIA 3WPLA 5A3EA 1YQVY 1LMOA 4UWUA 1BWHA 1GB5A 1Z55A 4HP0A 1XGPC 1GF8A 1CJ6A 1GAYA 1DI5A 3B0IA 1QQYA 4H9CA 4LFXA 4H90A 1FKVA 4HJZA 1LSZA 1IOQA 4MCKA 5J7CA 5EBHA 1TDYA 5KXRA 2MEFA 3AGIA 2MEAA 4ET9A 1VATA 1BB7A 1LZAA 1OUAA 2D6BA 4DD2A 1DKKA 1BHZA 1HEPA 4GN5C 1HMKA 1V7SA 4DDBA 3LYOA 1VAUA 5LA5A 1WVVA 2LYZA 1BVKC 1IWZA 1LJ4A 2RSCA 1FDLY 1LJKA 1WQOA 1VDSA 2DQGY 3P4ZA 2BQLA 2MECA 5KXNA 5LVKA 3W6EA 3W3EA 1IP3A 1YAOA 4UWNA 5L9JA 4QY9A 3ULRA 3RW8A 2BQIA 3IJUA 4B1AA 1B7NA 1IOCA 2F4GA 3TXJA 2HUBA 4EMNA 1LSNA 1O23A 1OUCA 1DXJA 1QSAA 4NHIA 1IR8A 1FLUA 4G49A 4B4IA 2ZIKA 1G7JC 5K7OA 1HFYA 1GE3A 5KJ9A 4IASA 5F81A 1GF5A 1LHHA 4OWAA 4Z3MA 3F6ZA 1LJFA 1MLCE 1LZSA 1OQMA 1GPQC 2Q0MX 1LZTA 4QGZA 4TSBA 5FEKA 1T3PA 1CJ8A 2XBSA 4G4HA 4XADA 1LJIA 1GE1A 3TXKA 1YL1X 1QSWA 2B5ZA 1D0MA 5APFA 6LYTA 1GF4A 3A93A 4NGKA 1SQ2L 1WTNA 4WO9A 4LYCA 4WMGA 3OJPA 2ZWBA 1LZ6A 5HMVA 2BLYA 4NG8A 3FI7A 1JEFA 1LHKA 1IWWA 4YF2A 4NSHA 4GN3A 1LHMA 2BQAA 3WULA 2BPUA 4II8A 5KXOA 8LYZA 1EQEA 3A94A 1LZEA 4WM1A 1LHLA 4NGOA 1FLWA 2G4QA 1IWXA 3A96A 1HENA 4P2EA 1KXYA 4QEQA 3TXHA 1QTKA 1LMAA 1GFJA 1LJ3A 4RDSA 5LAFA 2BQOA 5D5FA 3A34A 3EXDA 1UACY 2ZQ3A 3WPJA 2CGIA 1REXA 2DQFC 1GEVA 4DD9A 4KXIA 2A7FA 3QNGA 4WL6A 1UIHA 3P64A 1UICA 5B07A 5DL9A 4OWCA 1P2CC 1JTPL 1LZ1A 1UCOA 1RJCB 1EQ5A 1GFRA 1YANA 2BQKA 4TUNA 4XENA 4TTDA 4TWSA 4ETDA 4XJIA 1XSFA 4ETAA 4RW2A 3W6CA 4H9EA 1IEEA 3G3AB 1UIBA 1WVUA 5DN5A 4ETEA 1VEDA 3WUAA 3AYQA 132LA 4DC4A 1NBYC 1LSBA 4HTKA 5KXKA 2EIZC 4WM2A 4YOPA 4LZTA 1F10A 5KXMA 1G7HC 1REMA 3D3DA 3LYMA 5L3IA 2Z19A 1G7IC 3N9EA 3N9AA 3A6BY 3AJNA 4IATA 4BS7A 3LZTA 4J1BA 3LYZA 1FN5A 4G4BA 1LMQA 1LCNA 1WQMA 4KL7A 1GB7A 2YBLA 1I20A 1GF3A 1IOTA 2BLXA 1LZCA 2IFFY 4B4JA 1ZV5L 4WLYA 1XGTC 5I4XA 5JENB 1AT6A 1GHLA 1DQJC 2BQCA 3CSZA 3TXEA 3ZVQA 4LT3A 1JJ1A 1GF9A 1B7SA 193LA 1OUIA 1YKXX 3WVXA 2VB1A 1C7PA 1GEZA 1JJ3A 2MEIA 1LZNA 4GLVA 1DZBX 1IWYA 2MEEA 3OK0A 4LFPA 5DN4A 4ANRA 5I54A 4BADA 4PJ2C 133LA 1KIQC 1F0WA 1LMPA 4TSCA 4DT3A 5KXXA 1LPIA 3AGHA 4J1AA 3AW7A 7LYZA 5HLLA 4OOOA 1LAAA 1IP6A 1WQNA 1IOSA 2DQJY 4LYTA 2HU3A 3WUMA 4NSJA 1LSYA 3EMSA 4HPEA 1T6VL 5D5CA 1FLQA 207LA 2HEEA 4MSTA 1OUHA 3TXFA 4YM8A 1PZYA 1ALCA 1B7OA 4XYYA 4GCCA 3AZ7A 2YBJA 5LAGA 4NGYA 5IHGA 4HTQA 1B7MA 1AT5A 1GBSA 2Z18A 1HEOA 5KKIA 1LZ5A 1LJJA 5ILCA 194LA 1LSFA 3TMVA 3WVYA 3K3TA 5E9RA 1LYOA 3TXGA 6LYZA 1B0DA 2BQDA 2BQMA 4U3XB 4PGJB 1IP5A 4A7DA 4AGAA 1ZVYB 1LKRA 4NHPA 4UWVA 4WOAA 3A3QA 3AGGG 1LYYA 1GBXA 1I56A 1OUBA 3P66A 1B7RA 1DI4A 1VFBC 1IP1A 1HFXA 3TMXA 1GF6A 1JJ0A 4CGEA 4J7VA 5E4PA 5B59A 4OWEA 3TMWA 5KXTA 1JHLA 3LZ2A 3W6FA 1LKSA 2Y8PA 4ET8A 3RT5X 4NSIA 2HEDA 2Z39A 1GBYA 4NGVA 1GB9A 3WU7A 1GE0A 4M4OA 2H5ZA 134LA 1GFHA 1GE2A 2H9JA 1LJHA 1LMTA 3RZ4A 2FYDA 1LZDA 3ZVQB 5KXLA 1WTMA 4NFVA 2DQDY 1LZBA 4H9BA 3A91A 4GCEA 1UIDA 3ATOA 5AMYA 1UC0A 1BWJA 1GFKA 3CSRA 3CT0A 1IY3A 3T6UA 4ETBA 1IWTA 1KXXA 2NWDX 3HBEX 3P65A 4R0FA 1HC0A 1JTOL 1IC4Y 2XJWA 1GDXA 1GWDA 2EPEA 3AZ4A 1BVXA 2I26L 4R6CA 1CJ9A 4WL7A 1REZA 4O34A 2DBTA 1FKQA 2D4IA 1OUFA 2LHMA 2MEBA 5LYMA 4WM5A 4BAFA 1GBZA 1OUGA 1NKHA 2AUBA 3B6LA 4LYBA 3HBDA 5DM9A 1B5XA 2C8PA 5KY1A 2BQJA 4W96A 1JSEA 1BWIA 1IP4A 2BQHA 4H1PA 4BAPA 1JWRA 1B5UA 1B5WA 3M18B 1IORA 1QTEA 3J6KA 1C43A 1LYZA 1LSEA 2IHLA 1A4VA 4N0JA 5A3ZA 2Z38A 4WLXA 5KKJA 5HQ1A 2F4AA 1HSXA 4GN4A 3AW6A 4DD7A 4NGIA 4FJRA 4HTNA 5LXWA 1J1XY 3B72A 4H9FA 4HSFA 5KXPA 3E3DA 1JKAA 4TX7A 2ZILA 4KT3A 1B2KA 3WMKA 4FDYA 1JUGA 2HEAA 5F14A 2EKSC 4WM6A 4N5RA 5LVJA 5L3HA 3WL2A 4M6DA 1RFPA 3AZ5A 3CB7A 3WW6A 1WQQA 3CQLA 3P68A 4B0DA 2YBNA 4OWHA 1B5ZA 1HF4A 1LMCA 2DQIY 1GXXA 1XFPL 2N5ZA 4DDAA 5F9XA 1G7MC 1J1PY 4OW1A 4H94A 4N1CC 3W6BA 1G7LC 1C08C 1SLYA 1LZ4A 2YBHA 4ZFPA 3A92A 4WG1A 1W08A 4DD3A 1GB6A 1YROA 2G4NA 1UA6Y 4CFPA 1PS5A 1LZ8A 3RNXA 2D4JA 5M1YA 1CKCA 4XN6A 1AM7A 4X3BA 2BQEA 4LT0A 2GV0A 3RU5A 1IP7A 1BB4A 1CNSA 4J0LA 2BQBA 2CDSA 2ZNWY 1LSGA 1CKDA 1HEMA 2XTHA 1D0KA 4RLMA 2F30A 3A8ZA 4C3WA 4ETCA 5FCPA 5APDA 1LSDA 1DPXA 1YAPA 5HMJA 3HBHA 4NHSA 5B06A 4PHIA 3WW5A 1OUDA 1YAMA 5KXZA 4YENA 5LYTA 4NHTA 1YL0X 5LA8A 4D9ZA 1LHJA 1ZVHL 1D0LA 5I4YA 3TXIA 4NGWA 1GBOA 1NMMA 2HTXA 1YAQA 1GB3A 3EBAB 5C6LA 3AB6A 3LYTA 1QDRA 1UUZC 4IJ4A 4XJHA 2BQGA 1UBZA 4LYZA 3CT1A 4AXTA 1JPOA 1JIYA 1LZYA 2LZTA 1CKFA 4I8SA 5HNCA 3A67Y 1HHLA 1NHEA 1F6RA 1XEIA 4GLAA 1IO5A 4G4CA 1AZFA 4L41A 2W1LA 5I53A 3BKHA 1WQRA 3WPKA 4HPIA 1JSFA 1RE2A 5LYZA 5C6JA 1C45A 2Z12A 1IIZA 1HEQA 4ML7A 5B1GA 1INUA 4WM3A 5F9UA 4WLTA 1A2YC 5DLAA 1OUEA 2YSSC 1GE4A 1OP9B 1QDTA 2ZYPA 4DD1A 2Z2FA 1JITA 1BB5A 3SP3A 4Z98A 1REYA 2F2NA 2HEBA 1E8LA 5F16A 3WU9A 3QY4A 1RI8B 1V7TA 1YKYX 2FBBA 2MEGA 2HECA 3ATNA 1AKIA 1B9OA 3M3UA 2X0AA 1XGQC 1CKGA 2HEFA 1DI3A 1LTMA 4MR1A 3TMUA 2EQLA 3FE0A 4CJ2A 4H91A 3IWRA 4H8XA 1GB8A 4PPOA 5B1FA 3BKVA 5B05A 1KXWA 3T36A 2DQHY 4DD0A 3WYHA 5ILFA 1D9UA 5KXSA 4NG1A 4WLDA 1GBWA 1KIRC 1BB3A 1C10A 3KAMA 1QUSA 1QUTA 1RCMA 4OOTA 1B7QA 1H87A 1EL1A 4N1EI 1LJGA 3WXTA 2ZQ4A 3A90A 2DQCY 3LHMA 1JTTL 1H6MA 1FLYA 1GFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFTA 234LA 1HNLA 2RBNA 1QUHA 1XJTA 1C6JA 1C64A 1DKJA 2YBMA 1L02A 1NQIA 4NWEA 1VDQA 1YKZX 3AZ6A 4XJFA 1J1OY 1B5YA 1D6QA 1BQLY 158LA 2W1YA 1IP2A 3HT8A 1GD6A 1BGIA 1CV0A 1B7PA 5KXYA 3J4GA 1IR9A 2ZYCA 185LA 4WO6A 1HEWA 1XEKA 3A95A 1IC5Y 1IVMA 4ARLA 3HU8A 174LA 5C6IA 3GXRA 4XJBA 2B72A 261LA 4NIJA 213LA 169LA 2DKVA 2BQFA 2Q9DA 3WH1A 1L64A 4C5FA 5LINA 5I5QA 4RLNA 5FDJA 1NDMC 4YX7C 4NGLA 3B0KA 1GF0A 4LT2A 4PRQA 4W57A 4I0CA 1LGWA 3GXKA 1LGUA 2MEHA 1L76A 4ARMA 1IY4A 1LYGA 2XBRA 2A7DA 1XGUC 1UIFA 2OU8A 2B74A 2MEDA 1L68A 3C83A 3A3RX 1IWVA 2Z37A 1EPYA 2W1MA 3MGWA 3WPLA 1YQVY 2Z6BA 1LMOA 4UWUA 3SN6R 1BWHA 1GAYA 4H90A 3GUMA 1FKVA 1VATA 1BB7A 1HEPA 1V7SA 4DDBA 1IWZA 2RSCA 227LA 1FDLY 3GULA 3P4ZA 3W3EA 1LYFA 1YAOA 5L9JA 4QY9A 2BQIA 3TXJA 1L98A 4LDEA 1C66A 4EMNA 1LSNA 137LA 1O23A 1QSAA 4NHIA 1L47A 5K7OA 1HFYA 4I7OA 2HUKA 1GF5A 4OO9A 3F6ZA 1GPQC 5FEKA 1T3PA 1C6LA 131LA 165LA 2B5ZA 3GUJA 4NGKA 1SQ2L 104LA 5HMVA 3FI7A 1JEFA 1QTZA 4YF2A 229LA 2BPUA 5KXOA 4WM1A 1IWXA 1HENA 4P2EA 3TXHA 4W56A 4RDSA 2BQOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HFZ A;  2WAR A;  3VWO A;  4OWB A;  1GFT A;  153L A;  4HV1 A;  5APC A;  3W6A A;  3ZEK A;  4NGJ A;  1HNL A;  1GFV A;  4B49 A;  5FEL A;  5T3F A;  5IEL A;  2BQN A;  5I4W A;  4W94 A;  3WUN A;  1JKC A;  3G3B B;  2YVB A;  1IWU A;  1YIL A;  4H9I A;  1GF7 A;  2CJL A;  2HU1 A;  135L A;  1HEL A;  4N9R A;  1FBI X;  4XJD A;  3CT5 A;  4KPM A;  1DKJ A;  5LVH A;  2YBM A;  2ZNX Y;  208L A;  1NBZ C;  1LSM A;  1NQI A;  2Z2E A;  3A6C Y;  1WQP A;  2H9K A;  4H9A A;  4NWE A;  4H92 A;  1BB6 A;  1VDQ A;  4DWX A;  1B5V A;  4G9S A;  4DDC A;  1YKZ X;  3AZ6 A;  1IX0 A;  2W1X A;  1LJE A;  4LT1 A;  4XJF A;  3CSQ A;  1VDT A;  2DQA A;  1J1O Y;  4H9H A;  1B5Y A;  1ZMY L;  1D6Q A;  1GDW A;  1XEJ A;  1LSP A;  4HJY A;  1BQL Y;  4Z46 A;  1TBY A;  1UIE A;  2W1Y A;  1IP2 A;  1GD6 A;  1BGI A;  1JKB A;  1LSC A;  1GB2 A;  1B7P A;  5KXY A;  4YEM A;  3J4G A;  5II3 A;  3EO5 A;  1IC7 Y;  1IR9 A;  2ZYC A;  4WO6 A;  4NEB A;  1HEW A;  4N8Z A;  1C46 A;  1XEK A;  1VDP A;  4WM4 A;  3A95 A;  4LYM A;  2LZ2 A;  5FHW A;  1IC5 Y;  4LGK A;  1D6P A; 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 4NHT A;  1YL0 X;  5LA8 A;  4D9Z A;  1LHJ A;  1ZVH L;  1D0L A;  5I4Y A;  3TXI A;  4NGW A;  1GBO A;  1NMM A;  2HTX A;  1YAQ A;  1GB3 A;  3EBA B;  5C6L A;  3AB6 A;  3LYT A;  1QDR A;  1UUZ C;  4IJ4 A;  4XJH A;  2BQG A;  1UBZ A;  4LYZ A;  3CT1 A;  4AXT A;  1JPO A;  1JIY A;  1LZY A;  2LZT A;  1CKF A;  4I8S A;  5HNC A;  3A67 Y;  1HHL A;  1NHE A;  1F6R A;  1XEI A;  4GLA A;  1IO5 A;  4G4C A;  1AZF A;  4L41 A;  2W1L A;  5I53 A;  3BKH A;  1WQR A;  3WPK A;  4HPI A;  1JSF A;  1RE2 A;  5LYZ A;  5C6J A;  1C45 A;  2Z12 A;  1IIZ A;  1HEQ A;  4ML7 A;  5B1G A;  1INU A;  4WM3 A;  5F9U A;  4WLT A;  1A2Y C;  5DLA A;  1OUE A;  2YSS C;  1GE4 A;  1OP9 B;  1QDT A;  2ZYP A;  4DD1 A;  2Z2F A;  1JIT A;  1BB5 A;  3SP3 A;  4Z98 A;  1REY A;  2F2N A;  2HEB A;  1E8L A;  5F16 A;  3WU9 A;  3QY4 A;  1RI8 B;  1V7T A;  1YKY X;  2FBB A;  2MEG A;  2HEC A;  3ATN A;  1AKI A;  1B9O A;  3M3U A;  2X0A A;  1XGQ C;  1CKG A;  2HEF A;  1DI3 A;  1LTM A;  4MR1 A;  3TMU A;  2EQL A;  3FE0 A;  4CJ2 A;  4H91 A;  3IWR A;  4H8X A;  1GB8 A;  4PPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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