1PQKA

Repacking of the core of t4 lysozyme by automated design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRAVLRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSIRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqkA00
139LA 222LA 258LA 235LA 107LA 1L46A 256LA 2ANVA 1K28A 1OV5A 1OVKA 1L0KA 1XJUA 1L36A 1P64A 232LA 1L56A 199LA 2Q9EA 148LE 1D3FA 2LC9A 195LA 1L08A 1L84A 103LA 4GRVA 4K5YA 1KW5A 1CU3A 4EPFA 4W55A 4W53A 3DKEX 1L51A 254LA 1I6SA 1L75A 1QT6A 4I7QA 4I7MA 3GUJA 1CX7A 1L38A 4ARJA 1L47A 1SX2A 3HWLA 3OE0A 228LA 2O4WA 1QS9A 162LA 1P3NA 3UONA 231LA 3HH4A 118LA 4LDOA 1L34A 1TLAA 4ARPA 1C65A 3DNAA 138LA 1KY0A 234LA 1L93A 1L05A 4ARMA 5I14A 1L00A 3DMVA 3DN6A 1C6JA 4W56A 4W54A 1L22A 4PJZA 1C6TA 2RB1X 173LA 1L72A 1QUGA 1C6FA 3CDRA 158LA 3CDQA 1L48A 183LA 1L74A 1C6EA 1T8GA 3HH6A 213LA 1KY1A 227LA 2B6TA 1CU6A 4I7JA 1L89A 1P36A 4S0WA 3SB6A 1D2YA 163LA 130LA 1L09A 3DN1A 151LA 191LA 1L66A 212LA 5LZMA 205LA 3SB5A 1L94A 230LA 102LA 192LA 201LA 2B6XA 229LA 1L65A 1QSQA 1QT4A 2F32A 1L18A 3G3VA 1L71A 3G3XA 2OU9A 2L78A 4EKQA 1L76A 1C6QA 2RB2X 1KW7A 186LA 1QT7A 3C8SA 1L03A 1L59A 1G0MA 176LA 238LA 2RBPA 4DAJA 119LA 4ARQA 2LZMA 2B73A 3CDTA 1L31A 3HH3A 2HUKA 1CX6A 120LA 1L28A 126LA 182LA 1L60A 1L49A 200LA 1L19A 145LA 161LA 170LA 1OYUA 2OEAX 251LA 3GUNA 257LA 137LA 1P2LA 3PBLA 1L90A 168LA 1G1WA 1C64A 1LPYA 1P6YA 2B6WA 1CU0A 3HT7A 1DYGA 1L37A 3DMZA 4I7KA 1L77A 249LA 1L39A 122LA 211LA 4PK0A 1LYIA 224LA 2A4TA 1CVKA 1LYJA 1LYDA 123LA 226LA 188LA 4ARMB 1C66A 1CUQA 1L73A 1L16A 3SBBC 3F9LA 2F2QA 252LA 169LA 3GUOA 1PQJA 1C6DA 4W52A 1G1VA 3HTFA 1OWZA 3PDSA 146LA 253LA 3EMLA 243LA 1C63A 4E97A 1QTCA 1C6NA 2OU0X 3HDFA 3F8VA 3GUKA 236LA 2NTHA 4DKLA 246LA 1LW9A 2OE9X 4ARLA 3SB7A 1L21A 1L62A 1LGUA 1LYFA 233LA 241LA 160LA 2HUMA 1DYEA 3SN6R 147LA 1L81A 1L61A 111LA 1LYHA 218LA 3NY8A 3OE8A 155LA 164LA 1L88A 3DN8A 4IAPA 1JQUA 1C6LA 1C6BA 1L87A 152LA 4EKSA 1KNIA 244LA 240LA 1CU2A 1L15A 4YXAC 1NHBA 1L44A 1OWYA 3GUMA 171LA 141LA 131LA 216LA 1G0KA 1C67A 1L35A 1QTHA 3HT6A 1SWZA 4I7PA 1L45A 1L67A 1JTMA 4ARQB 114LA 1PQMA 2QARC 1L64A 2RH1A 159LA 189LA 2OE4X 2NTGA 3C8QA 1ZWNA 1L02A 3NYAA 2Q9DA 210LA 1T8AA 3HTBA 1CV4A 248LA 1P2RA 1P37A 3HUQA 1QS5A 1G06A 1L80A 1SWYA 4I7SA 2F47A 1LLHA 165LA 1C62A 1QSBA 3GULA 127LA 1L86A 4AQNA 1L32A 3FA0A 2O79A 4GBRB 209LA 3C7ZA 1LYEA 1L24A 3NY9A 3L64A 149LA 4I7LA 1L69A 180LA 261LA 1EPYA 1L20A 142LA 4I7RA 1DYBA 1DYAA 1CV5A 1G0JA 4YXCA 3ODUA 187LA 1ZURA 1L57A 2OU8A 128LA 2B74A 1KS3A 1DYCA 1PQDA 1L97A 3V2YA 219LA 172LA 3C81A 3HH5A 1C60A 1CV6A 2ANXA 4EKRA 1C6GA 3DN3A 1D3NA 225LA 3V2WA 3FI5A 1G0LA 4EPIA 242LA 2IGCA 1G07A 2B7XA 1QUOA 109LA 167LA 3K2RA 110LA 4I7TA 1L98A 3CDOA 1L11A 1L83A 3GUPA 1QT3A 237LA 3SB9A 1WTHA 262LA 2HULA 174LA 3HT9A 3JR6A 1G0PA 2LCBA 1LGXA 1QTBA 3CDVA 1L01A 2RBQA 2RAZX 3VW7A 1C6PA 3GUIA 1ZYTA 255LA 1CV1A 1L85A 1L33A 3C83A 217LA 3HUAA 220LA 1L17A 1L91A 1SX7A 3D4SA 4W57A 1P7SA 2RBNA 1L23A 3C8RA 1C69A 1C6HA 2B72A 3SBAA 1L27A 1L58A 1L68A 3C82A 1T8FA 3G3WA 4ZPUA 4EXMA 1QUDA 2RAYX 112LA 1CV3A 4DJHA 1L04A 1OV7A 3DMXA 1QTZA 223LA 1QTDA 3DN2A 4OO9A 1L95A 3HT8A 1XJTA 1L10A 3RUNA 1QUHA 3OE9A 1SSWA 1L55A 239LA 2Z6BA 1T6HA 108LA 1OVJA 3DN0A 215LA 1T97A 190LA 4I7NA 2B6YA 198LA 115LA 2OTYX 3HUKA 1L63A 157LA 4LZMA 4W58A 125LA 1L42A 1L92A 1LI2A 1D3JA 3LZMA 197LA 1SSYA 1L54A 1CV0A 2OTZX 2RBRA 1C6KA 260LA 1L40A 3HTGA 1CTWA 4LDEA 250LA 2RB0X 1B6IA 181LA 4W51A 3C80A 178LA 143LA 196LA 4LDLA 1G0GA 1LWGA 2B6ZA 1C6IA 2O7AA 3C7WA 1QTVA 2B70A 1P56A 3HDEA 144LA 1LI3A 4I7OA 1P46A 2QB0B 185LA 1LWKA 3C7YA 3FADA 7LZMA 1QT5A 3OE6A 177LA 206LA 221LA 1XEPA 1JTNA 3QAKA 1L41A 166LA 1C6AA 2RBOA 1LYGA 175LA 1L14A 1L52A 1L50A 1QT8A 259LA 1PQOA 2OE7X 4W59A 113LA 247LA 1LGWA 4EKPA 6LZMA 245LA 1G0QA 1L0JA 3HU8A 1D9WA 1OVHA 156LA 1L13A 1C68A 1L99A 1PQKA 1L82A 1L25A 3HU9A 2CUUA 1L07A 1P5CA 2RBSA 1L26A 4EJ4A 1C61A 1LI6A 1DYDA 1L30A 1C6CA 214LA 4YX7C 3HTDA 140LA 184LA 1L53A 129LA 150LA 3SB8A 1C6MA 1CU5A 3L2XA 1PQIA 1L96A 1D2WA 1DYFA 104LA 1L43A 2B75A 1L70A 1L79A 1L06A 3DN4A 3RZEA 1L12A 1L29A 1D3MA 1CUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTPL 2CDSA 1VFBC 1OUFA 235LA 5T3FA 1L46A 256LA 2EQLA 1NHEA 1LPIA 5DLAA 1P64A 1OUDA 4OWBA 148LE 3A6BY 2EKSC 1V7TA 1UIFA 1CU3A 4EPFA 1LJIA 3HBEX 4W53A 3WUNA 1B5UA 1QT6A 3GUJA 4KPMA 2XBRA 3B0OA 228LA 1FLUA 2O4WA 1FDLY 1LZ9A 1UA6Y 5LVKA 1LKRA 1UIBA 2F4GA 1HEQA 1CKFA 1JTTL 3ULRA 5C6LA 1TLAA 4ARPA 1C65A 4IATA 1YROA 2Z2FA 5HNCA 234LA 1L93A 2EPEA 5LIOA 4ARMA 5I14A 1L00A 1C6JA 2HUBA 3WVYA 4W54A 1H87A 3P4ZA 4XJBA 4MSTA 1C6FA 3CDRA 1LZEA 3TMVA 1L48A 1LSYA 4ANRA 1KY1A 4LT2A 2B6TA 1P36A 5KKIA 4XN6A 1OUBA 130LA 1L09A 3DN1A 1GWDA 1HFYA 205LA 3SB5A 230LA 102LA 5HMVA 1L65A 1IEEA 1QSQA 5B1FA 4H94A 1IC7Y 3AGGG 1L71A 5B05A 4EKQA 4DD7A 4PJ2C 1VAUA 1HC0A 3W6AA 5HQ1A 2MEGA 119LA 3CDTA 1GEZA 2NWDX 4XJHA 1L28A 182LA 1L60A 1LZ4A 1T6VL 200LA 3GUNA 2DQJY 4DD2A 1HFXA 4DC4A 1LPYA 1G1WA 1C64A 1P6YA 1LMAA 2G4NA 3WULA 1L37A 1L77A 4M4OA 249LA 211LA 4G4HA 1OQMA 2FYCA 1QDTA 1LZ6A 1LYDA 4RDSA 5FHWA 226LA 188LA 4ARMB 4DYGA 5D5FA 3TXBA 2YVBA 5J7CA 2F2QA 3LHMA 1LZDA 5HLLA 3AZ5A 4W52A 1XGQC 1G1VA 3VWOA 1B5VA 1GE1A 253LA 2BQOA 4UWUA 1C63A 1FLYA 1C6NA 4LYMA 1CJ6A 4NWEA 1B7OA 1C08C 1L21A 1IWTA 1L62A 1LGUA 1LYFA 3M3UA 1VDSA 1DYEA 5B1GA 1L81A 2DQFC 1L61A 164LA 3HBHA 1B2KA 4ET8A 152LA 4EKSA 1OUEA 2YBNA 3WPJA 1CU2A 1L15A 193LA 1IOCA 4YXAC 1NHBA 4N1CC 4FDYA 4XADA 3AZ7A 4E3UA 1LSDA 4N1EI 1UC0A 1YL0X 5DL9A 3A3QA 4GCDA 189LA 5KXKA 4HJVA 1ZWNA 3NYAA 1T8AA 3HTBA 1CV4A 248LA 1P2RA 1LZYA 4WM4A 1GB2A 1BB6A 1REXA 4I7SA 4EMNA 127LA 1W08A 2H9JA 2O79A 1LSZA 4WLDA 1LYEA 1UIEA 1LMPA 5D5CA 3ZVQA 3NY9A 2CJLA 1IR9A 1BWHA 180LA 1EPYA 1L20A 1LJ4A 142LA 1NBZC 1G0JA 2ZIJA 1F10A 3A96A 3A8ZA 4WM3A 5KJ9A 219LA 172LA 1CV6A 1CKGA 2XBSA 1V7SA 1GFKA 225LA 4C5FA 1YKXX 3FI5A 1G0LA 4ETEA 2BQJA 2LYOA 1UIGA 109LA 3AGIA 3B72A 4I7TA 3CDOA 1L11A 1G7IC 237LA 3SB9A 4HJYA 262LA 174LA 1G0PA 1REMA 1LGXA 3IWRA 2BQFA 1L01A 1LHJA 2RAZX 2B5ZA 4NGLA 4DD0A 3EBAB 1B7NA 4WM6A 3RNXA 217LA 220LA 1L91A 3A6CY 2RBNA 3C8RA 1GE4A 3ATNA 2B72A 1IOSA 3AW6A 1L68A 4EXMA 5KXPA 112LA 1OV7A 3DMXA 1QTDA 4OO9A 1L95A 1XJTA 3RUNA 3QNGA 4J0LA 5LVHA 2Z18A 1B5YA 1IP4A 1IC4Y 5F81A 190LA 2B6YA 2EIZC 198LA 3GXRA 115LA 2LZTA 4WG1A 4ETBA 1YAQA 4W58A 1L92A 1LI2A 1JIYA 4LZTA 1IWZA 1Z55A 4DWXA 153LA 4H9AA 4H91A 1B7LA 1YAMA 1JKBA 1B0DA 1LSFA 4B49A 4W51A 178LA 1G0GA 5B59A 1C6IA 5LYMA 1CKCA 1GD6A 1I1ZA 1B5XA 2G4QA 1RFPA 3HDEA 4HPEA 1LMOA 1C43A 1LI3A 4I7OA 3C7YA 5DM9A 4YM8A 2BQLA 7LZMA 4NG8A 3QAKA 4OWAA 1L14A 1L52A 1QT8A 113LA 6LZMA 1G0QA 3E3DA 3HU8A 3P68A 1L13A 1L99A 1LSEA 1L82A 2ZNXY 1L25A 1L07A 1C46A 3WW6A 1IP3A 5A3EA 2RBSA 1LMQA 1L26A 2HECA 1LI6A 1DYDA 214LA 4YX7C 3AJNA 3HTDA 1L53A 184LA 129LA 4XJFA 1VDQA 4AXTA 1WQRA 1IWXA 1D2WA 1DYFA 104LA 1L43A 1L06A 1QQYA 3RZEA 1L12A 1GFGA 4QEQA 1B7RA 4NGWA 2ANVA 1HELA 1OV5A 199LA 1D3FA 1LYSA 1L08A 1LOZA 1JKAA 1KW5A 1GB9A 4H8XA 4OOOA 1YKYX 4CFPA 4RLNA 1GDXA 4I7QA 4I7MA 1IX0A 8LYZA 1DKKA 3W6FA 2FBBA 3N9AA 3UONA 2GV0A 1GEVA 3CT5A 1DPXA 133LA 138LA 1B5ZA 1EQ4A 2IHLA 1RCMA 4NHSA 1WVUA 1LZTA 2RB1X 173LA 1BVXA 1UIDA 1GAYA 1L72A 1GFAA 4YENA 4PRQA 158LA 2RSCA 183LA 1RI8B 4C3WA 3HH6A 4DDAA 1LCNA 2CGIA 1LHHA 1CJ9A 1DI4A 4ZIXA 1CU6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JTP L;  2CDS A;  1VFB C;  1OUF A;  235L A;  5T3F A;  1L46 A;  256L A;  2EQL A;  1NHE A;  1LPI A;  5DLA A;  1P64 A;  1OUD A;  4OWB A;  148L E;  3A6B Y;  2EKS C;  1V7T A;  1UIF A;  1CU3 A;  4EPF A;  1LJI A;  3HBE X;  4W53 A;  3WUN A;  1B5U A;  1QT6 A;  3GUJ A;  4KPM A;  2XBR A;  3B0O A;  228L A;  1FLU A;  2O4W A;  1FDL Y;  1LZ9 A;  1UA6 Y;  5LVK A;  1LKR A;  1UIB A;  2F4G A;  1HEQ A;  1CKF A;  1JTT L;  3ULR A;  5C6L A;  1TLA A;  4ARP A;  1C65 A;  4IAT A;  1YRO A;  2Z2F A;  5HNC A;  234L A;  1L93 A;  2EPE A;  5LIO A;  4ARM A;  5I14 A;  1L00 A;  1C6J A;  2HUB A;  3WVY A;  4W54 A;  1H87 A;  3P4Z A;  4XJB A;  4MST A;  1C6F A;  3CDR A;  1LZE A;  3TMV A;  1L48 A;  1LSY A;  4ANR A;  1KY1 A;  4LT2 A;  2B6T A;  1P36 A;  5KKI A;  4XN6 A;  1OUB A;  130L A;  1L09 A;  3DN1 A;  1GWD A;  1HFY A;  205L A;  3SB5 A;  230L A;  102L A;  5HMV A;  1L65 A;  1IEE A;  1QSQ A;  5B1F A;  4H94 A;  1IC7 Y;  3AGG G;  1L71 A;  5B05 A;  4EKQ A;  4DD7 A;  4PJ2 C;  1VAU A;  1HC0 A;  3W6A A;  5HQ1 A;  2MEG A;  119L A;  3CDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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