1PQKA

Repacking of the core of t4 lysozyme by automated design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRAVLRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSIRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqkA00
1L82A 4DKLA 163LA 144LA 2OU9A 1L85A 1L46A 1L90A 1C6CA 1L39A 147LA 1CX6A 1L57A 1OVKA 177LA 170LA 1T8FA 218LA 3DMZA 3HU8A 3DKEX 192LA 3NY8A 129LA 3HH4A 3GULA 119LA 3C7YA 1L14A 1C6HA 149LA 3G3WA 1L03A 1PQOA 1QT5A 131LA 3C8SA 1P36A 2RBNA 3G3VA 3UONA 3HUKA 1KW5A 4I7SA 1DYCA 125LA 1P5CA 1L26A 222LA 3V2WA 1QS5A 173LA 4I7NA 1L24A 1LYJA 4ARJA 1L50A 1QTZA 1PQDA 4YX7C 251LA 1L28A 1L40A 4W52A 102LA 201LA 1L36A 1SWYA 1L32A 1L75A 1LYGA 1C6JA 1QTBA 245LA 3NYAA 3DMXA 1D2WA 1C67A 1C6IA 178LA 1L74A 3SB7A 3FI5A 1C60A 4ARQB 214LA 2RB1X 1LYEA 206LA 182LA 3HDFA 215LA 4I7KA 1EPYA 2B6ZA 1G0JA 4ARPA 1L84A 4EPFA 152LA 169LA 4EKSA 1L0KA 250LA 4W57A 115LA 1L05A 4YXAC 2B6YA 2O4WA 1L07A 226LA 1SWZA 2OEAX 2RH1A 1QTVA 4W58A 1JTMA 122LA 1OV7A 167LA 255LA 4I7JA 3V2YA 1L09A 1L77A 187LA 3GUJA 1QTCA 3C83A 3DN4A 3HH6A 143LA 256LA 223LA 172LA 139LA 1L0JA 2B6TA 221LA 1CVKA 1D3JA 3RZEA 1L20A 1KNIA 1L04A 108LA 1QTHA 1KY0A 3FA0A 4I7PA 1LYFA 1QUOA 4I7RA 242LA 1T8AA 146LA 137LA 4LZMA 4I7TA 1L94A 1QTDA 158LA 2OU8A 1P7SA 4ARMA 2NTGA 3HWLA 4W54A 4AQNA 7LZMA 3PDSA 248LA 1C6PA 216LA 140LA 3GUKA 3DN0A 1L12A 174LA 1CU6A 1L37A 241LA 1DYGA 3CDRA 1CV1A 1SSWA 1G0PA 2RBSA 126LA 4EKRA 1LWGA 175LA 3C80A 217LA 1QSBA 2QARC 3HTFA 3SBAA 1L92A 181LA 1LGWA 227LA 4YXCA 171LA 1L89A 166LA 2B6XA 1L35A 3C7WA 1L25A 2HUMA 1L88A 1G06A 2Q9DA 1L81A 1OYUA 3SB6A 1QUDA 3SB5A 1LI3A 1P3NA 3HU9A 2B74A 2LZMA 1L54A 1OVHA 244LA 243LA 3HUQA 1C6NA 150LA 233LA 2HUKA 190LA 1CV5A 1LYIA 2Z6BA 1LPYA 1JQUA 1DYEA 1L86A 186LA 3HT8A 1L96A 3HTBA 1L87A 4GRVA 1C6GA 1L71A 1P6YA 1C6KA 130LA 1L17A 239LA 2RBOA 5LZMA 2B73A 1L29A 1L21A 1L91A 1L49A 4LDEA 1L52A 1G07A 1G0QA 212LA 2A4TA 1DYDA 1CU3A 1KS3A 109LA 249LA 3JR6A 189LA 4EPIA 4W56A 2RB0X 3DMVA 4I7MA 1C62A 1C6TA 4I7QA 1LYDA 2O7AA 3OE8A 1CX7A 128LA 1L62A 2RBPA 209LA 225LA 1L00A 1G1WA 1CU5A 1L58A 231LA 2RAYX 3GUMA 3K2RA 4PK0A 238LA 1L10A 1B6IA 254LA 1SX2A 3SN6R 164LA 4ARLA 1PQKA 4ZPUA 156LA 1QT7A 3ODUA 1P46A 4DJHA 1C6FA 224LA 1L18A 230LA 262LA 1D3FA 1OV5A 168LA 155LA 2HULA 1L73A 1LI6A 1L65A 1C69A 1CU2A 3GUOA 1L19A 4EKQA 4E97A 1L66A 1CTWA 1G1VA 3HDEA 161LA 2Q9EA 2NTHA 1L98A 1L41A 4EXMA 1QT3A 4W51A 220LA 1L64A 1L97A 4K5YA 3QAKA 5I14A 103LA 1C6DA 3NY9A 1L23A 1ZYTA 1CV3A 229LA 236LA 2B6WA 114LA 1L72A 3DN2A 3F9LA 3FADA 3D4SA 1G0MA 2F47A 3OE9A 3SB8A 1P2LA 2QB0B 1C6BA 1ZURA 2F2QA 111LA 1LGXA 3EMLA 1L01A 1D2YA 1XJTA 1L06A 195LA 261LA 196LA 4ARMB 3LZMA 4W53A 1L48A 257LA 1SX7A 180LA 1SSYA 104LA 1L79A 1LW9A 138LA 159LA 228LA 1L83A 1OWZA 1TLAA 3PBLA 247LA 1I6SA 2F32A 3GUNA 1L33A 3HH5A 3L64A 1PQMA 1T97A 3HH3A 1QSQA 191LA 1PQJA 1QT6A 1L47A 258LA 1P37A 240LA 1L31A 1C6AA 1LGUA 3CDTA 3CDVA 4OO9A 3C8RA 4S0WA 213LA 252LA 2LCBA 2B70A 1T6HA 210LA 1JTNA 3C8QA 1C68A 219LA 4PJZA 1C66A 2RBRA 2B75A 1L42A 1PQIA 2RBQA 120LA 1XJUA 3CDOA 148LE 165LA 237LA 1CV4A 110LA 141LA 3DNAA 1P56A 1C6LA 3GUPA 160LA 142LA 3C7ZA 1C6QA 1C61A 3HT6A 1CUPA 1DYBA 1L44A 1G0LA 200LA 188LA 1OWYA 157LA 232LA 1KW7A 1L51A 1DYFA 260LA 234LA 3SBBC 162LA 1L60A 3HTDA 4ARQA 2B72A 1L76A 3C81A 123LA 3L2XA 211LA 2OE9X 1QS9A 2OTYX 127LA 1QT8A 3HT7A 3DN1A 118LA 3VW7A 1L69A 1L80A 4EKPA 145LA 1P2RA 2OE7X 4DAJA 176LA 1C64A 1L16A 4GBRB 1L08A 1L27A 1L56A 4W59A 2OE4X 1L43A 1DYAA 1L02A 4I7LA 4LDLA 1QT4A 4W55A 4EJ4A 1L63A 199LA 1C65A 1ZWNA 1L99A 2OU0X 4LDOA 1D3MA 1L61A 3F8VA 113LA 185LA 1L38A 1CUQA 1G0KA 1L53A 198LA 3DN3A 3HTGA 1L11A 2IGCA 2L78A 3RUNA 1L68A 6LZMA 1L15A 3C82A 1WTHA 1L22A 1LI2A 1LLHA 2ANVA 3OE0A 1K28A 151LA 259LA 1T8GA 1KY1A 253LA 1CV6A 246LA 2RAZX 1L59A 2ANXA 1QUGA 2LC9A 4I7OA 2OTZX 1L93A 1L67A 2B7XA 184LA 2CUUA 2RB2X 3CDQA 1LWKA 4IAPA 107LA 1C63A 1XEPA 1L70A 112LA 1L13A 3HT9A 1L45A 3GUIA 3HUAA 1QUHA 197LA 205LA 1CU0A 1C6MA 1D3NA 183LA 235LA 1C6EA 1D9WA 1OVJA 1LYHA 1G0GA 1P64A 3SB9A 2O79A 1L30A 1L55A 3OE6A 1NHBA 1CV0A 3DN6A 1L95A 1L34A 3DN8A 3G3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
144LA 1IY3A 5LVHA 5FELA 1L85A 2FBBA 3A3QA 1LZ4A 147LA 1OVKA 3LYOA 4B4IA 1LZBA 3B6LA 1T8FA 1JTPL 3HU8A 3DMZA 4NHTA 4GCEA 3NY8A 3GULA 2BQEA 1JEFA 3FE0A 1XGRC 2XJWA 1HSWA 4PHIA 4H8XA 1P5CA 3QE8A 4HJYA 1LKSA 4ETEA 1AT5A 1L50A 1QTZA 1VAUA 1HEQA 1L28A 4N1EI 1GB7A 1IP3A 1L75A 1C67A 3FI5A 2WARA 1C60A 1J1XY 1O23A 214LA 206LA 3HDFA 5F9UA 3RNXA 1EPYA 2ZWBA 4EPFA 3SP3A 169LA 1T3PA 4DWXA 4WL6A 3QNGA 1LTMA 1KIQC 4WG1A 1IR9A 1L05A 5LVJA 1IC5Y 1L07A 1VDTA 226LA 2OEAX 2RH1A 3ZVQA 1JTMA 1OV7A 5AMYA 4I7JA 3V2YA 1L77A 3GUJA 1GF4A 1QTCA 1ZV5L 3DN4A 3HH6A 4J1AA 256LA 4QGZA 4XADA 1B7PA 4CFPA 1B7NA 1GE2A 1IR7A 1P2CC 3CT0A 4G9SA 1QTHA 1E8LA 5KXTA 242LA 1T8AA 3P66A 1CKGA 146LA 4DDAA 1L94A 4ARMA 4ETAA 1NBYC 4KXIA 3TMXA 2XQOA 1C6PA 216LA 140LA 2YDGA 2LZ2A 4Z41A 4BADA 1LSEA 4WM3A 1YKYX 126LA 175LA 1OUDA 3QY4A 2FBDA 1IO5A 1KXYA 2ZILA 3W6BA 1WQPA 2B6XA 1L35A 4TUNA 5FEKA 2BQFA 2Q9DA 2ZQ4A 1L54A 1OVHA 1PS5A 2FYDA 3BKVA 1LZ8A 3HUQA 2YBJA 1LHMA 1IWXA 1LYYA 233LA 2F30A 2DQEY 1LYIA 5KKJA 3HTBA 4OWAA 1GEVA 4GRVA 4WO9A 2DKVA 239LA 1G7HC 5LZMA 1BB4A 1L91A 4LDEA 3D3DA 4DD1A 212LA 1DYDA 3AGIA 1KS3A 249LA 5B07A 5KXOA 1ALCA 1IWTA 4I7MA 1LYDA 2HEEA 4QY9A 3A91A 128LA 1JWRA 5KY1A 2RBPA 225LA 1G1WA 3K2RA 1BB7A 1GE3A 1A2YC 1L10A 1SX2A 1PQKA 4ZPUA 1HNLA 1YANA 4RDSA 1HELA 1OUEA 1GF0A 1L18A 4NSHA 168LA 1L73A 1A4VA 1L65A 1G7IC 3GUOA 1UIGA 1L19A 1QUTA 2ZNWY 1HFXA 2C8PA 3HDEA 3WVXA 2Q9EA 1RE2A 4BS7A 4WM4A 1VFBC 4ETDA 1VDSA 1LMNA 220LA 1L64A 1L97A 3QAKA 103LA 1GFJA 236LA 1IY4A 3DN2A 3F9LA 4NHPA 1EQ4A 1GFVA 1LJNA 5B05A 1WQRA 3CT5A 5B59A 2QB0B 1C6BA 1OQMA 2EKSC 1XJTA 3WXTA 261LA 3LZMA 5APFA 3A6CY 1YAMA 4NGLA 180LA 104LA 5F16A 5KKIA 5KXRA 228LA 1AKIA 1AZFA 4OW1A 3PBLA 3W6FA 5HMVA 3GUNA 2MEDA 4DD3A 1QQYA 3L64A 191LA 1QT6A 240LA 1L31A 4GLVA 1C6AA 4DD2A 2B70A 4OWBA 1JUGA 1C68A 1OUBA 4PJZA 4H90A 2B75A 1N4FA 1L42A 5I4XA 1QDRA 3WH1A 1T6VL 120LA 1XJUA 3CDOA 3K3TA 1CV4A 141LA 1C6LA 4YEMA 1D0MA 3TMUA 1C6QA 1C61A 3HT6A 3BKHA 3EMSA 1DPXA 4HV2A 4XJHA 5KXPA 1L51A 1OUHA 4LT3A 3SBBC 1GXXA 4H92A 1YIKA 4H9IA 2OTYX 1CKFA 4H1PA 3HT7A 1WVVA 9LYZA 2I25L 176LA 1REYA 1L08A 1L43A 1DYAA 1PZYA 1REMA 1QT4A 1LZDA 2Z2EA 4YOPA 1LZ9A 194LA 6LYTA 1FLUA 3D9AC 1C65A 1L99A 1XGUC 1LZ6A 1D3MA 3WW5A 3F8VA 3OK0A 185LA 4YF2A 1IOCA 2HU3A 1CJ6A 2L78A 4AGAA 3LZ2A 1GBZA 4BAFA 2RAZX 1L59A 4XJBA 4I7OA 1D6QA 2B7XA 1BGIA 2CUUA 3CDQA 1C63A 4DT3A 4WG7A 3GUIA 1GDWA 4LYMA 1UBZA 4J0LA 4LYOA 5ILFA 1G0GA 4C3WA 1P64A 4NHIA 1XEKA 1L30A 1L55A 4LT0A 3ATOA 3DN6A 3G3XA 134LA 1L82A 1BWJA 163LA 2DQGY 1IP4A 4DKLA 2OU9A 4TSCA 3W3EA 154LA 1L39A 1CX6A 1IWYA 3F6ZA 1EQEA 1G7JC 2DQJY 4OWEA 1IP2A 1XFPL 192LA 1QUSA 8LYZA 1IVMA 1XGPC 3HH4A 4EMNA 3W6DA 119LA 1FLWA 1H87A 1L03A 1RI8B 131LA 3C8SA 5HLLA 3A94A 2RBNA 4NWHA 4LYZA 3UONA 1XEIA 125LA 2ZNXY 1L26A 3VWOA 1QS5A 173LA 4I7NA 1LYJA 1PQDA 4YX7C 1GE4A 1W6ZA 1NKHA 3HBEX 4W52A 1GF9A 2BQCA 1L32A 1LYGA 4UWVA 178LA 1CNSA 1REZA 2B6ZA 2YBIA 4ARPA 152LA 3TXGA 4HSFA 1BB5A 1L0KA 1WTMA 1FBIX 3CQLA 4IASA 4E3UA 2B6YA 4LFPA 1SWZA 4W58A 122LA 5KXSA 5LVIA 5IDDA 1DZBX 1LYOA 1GBSA 1L0JA 3ATNA 3CSZA 2DQFC 1D3JA 1J1OY 2YBLA 4P2EA 1KNIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 144L A;  1IY3 A;  5LVH A;  5FEL A;  1L85 A;  2FBB A;  3A3Q A;  1LZ4 A;  147L A;  1OVK A;  3LYO A;  4B4I A;  1LZB A;  3B6L A;  1T8F A;  1JTP L;  3HU8 A;  3DMZ A;  4NHT A;  4GCE A;  3NY8 A;  3GUL A;  2BQE A;  1JEF A;  3FE0 A;  1XGR C;  2XJW A;  1HSW A;  4PHI A;  4H8X A;  1P5C A;  3QE8 A;  4HJY A;  1LKS A;  4ETE A;  1AT5 A;  1L50 A;  1QTZ A;  1VAU A;  1HEQ A;  1L28 A;  4N1E I;  1GB7 A;  1IP3 A;  1L75 A;  1C67 A;  3FI5 A;  2WAR A;  1C60 A;  1J1X Y;  1O23 A;  214L A;  206L A;  3HDF A;  5F9U A;  3RNX A;  1EPY A;  2ZWB A;  4EPF A;  3SP3 A;  169L A;  1T3P A;  4DWX A;  4WL6 A;  3QNG A;  1LTM A;  1KIQ C;  4WG1 A;  1IR9 A;  1L05 A;  5LVJ A;  1IC5 Y;  1L07 A;  1VDT A;  226L A;  2OEA X;  2RH1 A;  3ZVQ A;  1JTM A;  1OV7 A;  5AMY A;  4I7J A;  3V2Y A;  1L77 A;  3GUJ A;  1GF4 A;  1QTC A;  1ZV5 L;  3DN4 A;  3HH6 A;  4J1A A;  256L A;  4QGZ A;  4XAD A;  1B7P A;  4CFP A;  1B7N A;  1GE2 A;  1IR7 A;  1P2C C;  3CT0 A;  4G9S A;  1QTH A;  1E8L A;  5KXT A;  242L A;  1T8A A;  3P66 A;  1CKG A;  146L A;  4DDA A;  1L94 A; 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