1L70A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAAALAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l70A00
1K28A 200LA 4W53A 2Q9EA 220LA 218LA 3K2RA 1CU5A 158LA 1L09A 212LA 2CUUA 3PBLA 1G06A 3JR6A 1PQMA 3PDSA 1L85A 1L93A 2RB2X 1OWYA 1L99A 1C6AA 4PJZA 3RUNA 1CV5A 4E97A 1L55A 1CV6A 3C8QA 1C64A 1L53A 1LWKA 1L05A 140LA 3CDVA 1QTZA 175LA 1L32A 1L92A 4LZMA 1QTHA 3C7ZA 1QT5A 1P46A 3GUOA 3OE9A 1L13A 4I7NA 2O79A 1L26A 4ARMB 137LA 3F9LA 3G3XA 1G07A 1C6KA 2B6YA 189LA 128LA 256LA 2B74A 1P37A 1KS3A 4YX7C 1L20A 3CDTA 215LA 1CTWA 3NY8A 1LYIA 248LA 1L74A 3V2YA 1QT4A 3C8SA 230LA 1P5CA 1L84A 242LA 4W55A 1L44A 1L42A 1T6HA 205LA 3DN3A 1L96A 3EMLA 1C68A 1QUGA 1L06A 3GULA 3CDOA 2B7XA 3HUAA 4LDLA 139LA 4ARLA 172LA 1LYEA 3DMXA 233LA 1L50A 2RAZX 120LA 237LA 3RZEA 1C6CA 2ANXA 2QARC 4I7PA 1LYHA 229LA 3DN8A 164LA 152LA 209LA 1PQIA 3UONA 1CV3A 156LA 1L10A 4LDOA 243LA 3DN1A 169LA 3HH4A 2RH1A 1L24A 2LZMA 186LA 1LPYA 1D9WA 206LA 2LC9A 1QT8A 1QTBA 1T97A 1L07A 2F2QA 1QT3A 3HDFA 249LA 1B6IA 1SWYA 1D3JA 3C7WA 3DMVA 1L86A 4I7RA 4W52A 1JTNA 4LDEA 4W57A 1L0JA 250LA 4ZPUA 241LA 252LA 3FA0A 1OV5A 110LA 1L59A 127LA 3DN0A 217LA 4W51A 216LA 4DKLA 1L18A 1P64A 2B73A 3C83A 3SB5A 1CUPA 5LZMA 1C6IA 227LA 4YXAC 4I7SA 163LA 2OTYX 2B6TA 1KW5A 1CVKA 1L33A 1LGUA 2OU0X 180LA 1L27A 1TLAA 151LA 1L25A 1L08A 159LA 1P56A 190LA 1QT6A 3SBAA 1LWGA 167LA 2F47A 1L51A 4W59A 246LA 201LA 1LI2A 115LA 125LA 148LE 149LA 2OE4X 1C6NA 1L89A 3C82A 223LA 3GUKA 1G0LA 3SB7A 102LA 108LA 1L14A 3VW7A 1L0KA 3FI5A 1C6BA 1L98A 1WTHA 1QSQA 1L38A 1KNIA 1OWZA 3HTGA 1JQUA 1C67A 1L66A 185LA 4W56A 1L46A 144LA 4EPFA 168LA 1C63A 4I7OA 5I14A 3DMZA 109LA 1LW9A 1L73A 3GUMA 3HWLA 143LA 1L58A 1L19A 2L78A 1C61A 3HUQA 1D3NA 3SB8A 2NTGA 1L67A 2RBPA 1L35A 2HUKA 1L21A 1G0KA 1G1VA 3DNAA 4YXCA 3NY9A 1SX7A 1P2LA 1CU3A 213LA 1L62A 130LA 2F32A 1L02A 211LA 188LA 131LA 235LA 3DKEX 4K5YA 150LA 222LA 1CV4A 2HUMA 1XJTA 4EPIA 3HU9A 1OVJA 3CDQA 4EXMA 1DYDA 261LA 260LA 3HT6A 2RBQA 1L34A 3V2WA 4ARMA 4I7MA 4EJ4A 4W58A 1NHBA 4EKSA 1G0GA 2OE9X 114LA 1L01A 2OU9A 111LA 4AQNA 1C62A 1L91A 4I7JA 1D3MA 1QS9A 1L41A 1QUHA 1L52A 234LA 2LCBA 3L64A 3DN4A 1L37A 3C80A 1L97A 1L16A 3HT7A 2A4TA 183LA 1L17A 1SSWA 1C6QA 2O7AA 1DYFA 1C6MA 2OU8A 1CU0A 1SSYA 226LA 2RB1X 240LA 4GBRB 238LA 3HH5A 4DAJA 165LA 1L80A 113LA 1PQJA 1L64A 1L81A 3OE0A 157LA 4ARPA 126LA 1L43A 3GUJA 1L31A 1L79A 2IGCA 3CDRA 3DN2A 1QTVA 253LA 1C6FA 1SX2A 1L60A 1L11A 1C6PA 1L90A 4EKRA 1L87A 1C69A 3NYAA 1L94A 1L00A 1XJUA 254LA 1L72A 1L30A 112LA 160LA 1C60A 2QB0B 2B6WA 1QSBA 214LA 192LA 118LA 1P36A 4PK0A 4EKQA 1LYDA 1L12A 1LI3A 1L56A 4S0WA 1L39A 1D2YA 182LA 3SBBC 1DYEA 1L49A 1C6LA 1CX6A 191LA 1DYGA 1JTMA 177LA 1EPYA 198LA 1KY1A 3G3WA 4I7KA 1L47A 3C81A 1L40A 3C8RA 3G3VA 1QTCA 145LA 103LA 4I7TA 1P7SA 1L95A 1L83A 1LI6A 1L22A 1QS5A 3HTFA 3OE8A 4W54A 1L54A 199LA 1L36A 3F8VA 1ZURA 2RBNA 3D4SA 1T8FA 3OE6A 3LZMA 1CV0A 3HH3A 1CV1A 3DN6A 4EKPA 1PQDA 1QUDA 176LA 107LA 1D3FA 244LA 2Q9DA 187LA 4IAPA 262LA 3SB6A 162LA 1L48A 1L15A 228LA 3FADA 1LLHA 1G0MA 1G1WA 2OTZX 178LA 225LA 1L61A 1QTDA 251LA 146LA 1XEPA 1LGXA 257LA 1C6GA 1KW7A 104LA 2RBSA 1P6YA 1L68A 1PQOA 3SN6R 245LA 1L23A 1OVKA 155LA 195LA 1L03A 1OV7A 2OEAX 1C6HA 1SWZA 1C65A 3GUPA 2RB0X 138LA 1L76A 3HT9A 1G0JA 1CU6A 1G0QA 1L29A 129LA 4ARQB 247LA 1C6EA 2B75A 1L45A 1QT7A 236LA 3ODUA 2RAYX 1L88A 4DJHA 4OO9A 3HTDA 2B72A 3GUIA 1CX7A 1KY0A 1L69A 2O4WA 1C6TA 2Z6BA 1LYGA 6LZMA 166LA 1DYAA 1G0PA 1ZWNA 7LZMA 1DYBA 4GRVA 232LA 1L70A 210LA 1CU2A 3QAKA 1OYUA 2RBOA 123LA 1PQKA 1L57A 2B6ZA 3SB9A 161LA 174LA 1L04A 224LA 4I7QA 3HTBA 1ZYTA 1LGWA 2NTHA 1CUQA 2B6XA 255LA 3HH6A 1L75A 181LA 1L28A 1QUOA 258LA 2HULA 231LA 1I6SA 1L82A 4I7LA 4ARQA 1LYJA 1C66A 2OE7X 3HT8A 1L65A 2ANVA 1OVHA 170LA 3GUNA 1T8GA 1LYFA 2B70A 197LA 3L2XA 3HDEA 141LA 3C7YA 259LA 1DYCA 173LA 147LA 219LA 3HUKA 221LA 2RBRA 3HU8A 1C6DA 1L71A 1L77A 196LA 119LA 171LA 1P2RA 4ARJA 142LA 184LA 1T8AA 1P3NA 1D2WA 239LA 1C6JA 1L63A 122LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W3EA 1UC0A 1D9UA 1IP5A 1BWHA 4R0FA 1CKFA 4N8ZA 1V7TA 3JR6A 3PDSA 3B72A 1L85A 1L93A 4Z46A 2RB2X 1YAMA 1C6AA 3RUNA 1DI5A 1B7OA 5KJ9A 9LYZA 4XYYA 140LA 2F30A 1L32A 3CB7A 4LT0A 4LZMA 5B59A 5KXPA 5LAFA 4B1AA 2Q0MX 5HMVA 137LA 1B7RA 3A91A 2B6YA 1GD6A 1KS3A 1L20A 4GN3A 215LA 1CTWA 1KXWA 3AGGG 248LA 1L74A 1IOCA 1P5CA 4L41A 1BB4A 1L84A 1LKRA 2HEDA 1UIFA 205LA 1L42A 2W1MA 1L96A 1L06A 3HUAA 4LDLA 5IHGA 1WVVA 2D4KA 4ARLA 172LA 3DMXA 1G7LC 4G9SA 233LA 5E4PA 4YEOA 1LYHA 1PZYA 156LA 1JSFA 4MSTA 2LZMA 1UBZA 1IP3A 4OOOA 4N0JA 1QT8A 1TDYA 1T97A 3A67Y 1GE3A 1QT3A 1WTNA 1XSFA 3A8ZA 1L86A 1DI3A 4ZPUA 241LA 1B7PA 1L59A 3DN0A 3SP3A 1GFJA 4W51A 1LMTA 1T6VL 3WXTA 1P64A 1J1XY 5LZMA 4G4CA 2B6TA 2ZWBA 1CVKA 2OU0X 1GB3A 1L27A 1BWJA 1IWZA 1WVUA 4GLVA 1GF5A 4W59A 246LA 3AW7A 1VEDA 115LA 1L89A 3T6UA 1W6ZA 3ZVQA 4H9FA 1DQJC 2D4JA 1LYOA 1C6BA 4C3WA 1N4FA 2N5ZA 3TXKA 1QDRA 4BS7A 3TMVA 3CT0A 1JQUA 185LA 4H8YA 2DQJY 4W94A 1L46A 4I7OA 1VDSA 4CFPA 1LJFA 2LYMA 1GB9A 1OQMA 5KKIA 1D3NA 1V7SA 1G0KA 4ZFPA 1J1PY 1P2LA 1CJ8A 4P2EA 2XBSA 1L62A 130LA 2F32A 5FDJA 150LA 1FLWA 1XFPL 3HU9A 3P68A 1DYDA 1G7HC 2G4NA 4M6DA 3WMKA 260LA 3HT6A 1L34A 4WM1A 1IWXA 3CT5A 3V2WA 1ALCA 2YBIA 4I7MA 4W58A 5DLAA 1NHBA 1HMLA 4ARMA 1G0GA 1OUDA 2H5ZA 4HJYA 5AMYA 1C62A 1L91A 4I7JA 234LA 3L64A 2BQCA 1L16A 2A4TA 5APFA 4YF2A 1REYA 1C6QA 4HV1A 1CU0A 1GB8A 240LA 5LYTA 4WG1A 3B0IA 2Z12A 238LA 1GB7A 4DAJA 5B05A 5DM9A 3W6BA 1VDTA 5KXZA 1GBZA 1L81A 157LA 1LSPA 126LA 1AT6A 4CHXA 4H90A 1L31A 4FJRA 1QTVA 4CFOA 253LA 1C6FA 1EQ5A 1L60A 4EKRA 1LMQA 1IO5A 1L87A 1HERA 1LZCA 4UWNA 1L94A 1XJUA 1C60A 2QB0B 1YROA 5HNCA 1BB7A 1P36A 2RSCA 1LYDA 1L12A 1QUSA 1D2YA 4OWBA 4RW2A 1LZAA 4XJBA 4A7DA 4WM6A 1GDWA 1MELL 1FLYA 1DYGA 1LSDA 3QNGA 1HMKA 2BQMA 4NEBA 1CJ7A 4I7TA 3AZ5A 1P7SA 1L83A 1LI6A 2ZNWY 4DQ5A 3OE8A 1FBIX 1RCMA 199LA 1LHHA 3F8VA 5JENB 1HHLA 1ZURA 2RBNA 3D4SA 5LVKA 1I56A 1FLQA 3AZ4A 3WUAA 3DN6A 1WTMA 107LA 5I4YA 1B0DA 244LA 6LYTA 4H9AA 1LZRA 2G4PA 5KXLA 262LA 1BQLY 1KIRC 1L48A 1D0MA 4NY5A 1LMPA 1LLHA 1G1WA 178LA 2Z2EA 1L61A 1C45A 1XEPA 1B7LA 104LA 4I0CA 1IC4Y 1LYSA 1YKXX 5DN4A 3IJVA 1OVKA 1XEKA 4H9EA 155LA 2CGIA 4NWEA 4TUNA 2OEAX 3WUNA 1DPWA 1FKQA 5APCA 4MR1A 4AGAA 1CU6A 1F6RA 247LA 1B5WA 4KL7A 3WU8A 5M1YA 1GAZA 3WW5A 2RAYX 1LZEA 1L69A 1WQOA 2Z6BA 166LA 3RU5A 1DYAA 4E3UA 1ZVHL 4XENA 4ETCA 1DYBA 2G4QA 2B5ZA 232LA 4RLMA 4D9ZA 4GCBA 1L57A 4Z41A 5F14A 1YKZX 1L04A 3A3RX 4GCEA 3HTBA 1GF4A 2B6XA 2MEAA 4G4BA 2HULA 258LA 4HJVA 4DDAA 1GF6A 231LA 2Z38A 3J4GA 1I6SA 5A3ZA 1L82A 3P4ZA 1GF7A 1C66A 4GCFA 3IJUA 2EIZC 2BQDA 1DYCA 1LSAA 5L3IA 1G7IC 4B4JA 4G49A 2RBRA 4ET8A 4RW1A 1GXXA 196LA 171LA 1UIAA 1GFEA 184LA 1GFGA 1P3NA 1K28A 4DDCA 1IR8A 3TXDA 2Q9EA 2EKSC 2C8OA 4XJDA 133LA 212LA 2CUUA 5FSTA 4NG8A 1IP4A 1PQMA 1W08A 3WH1A 2YDGA 1OWYA 1AM7A 1AZFA 2EPEA 1CV5A 4E97A 4XJGA 1LZ1A 1C7PA 1YL1X 2CJLA 1L05A 2YBMA 1QTZA 175LA 1T3PA 1QTHA 1TEWA 1LZTA 1L13A 4I7NA 1NBZC 3P64A 2O79A 3F9LA 3TXFA 1C6KA 128LA 256LA 4YX7C 3CDTA 1WQQA 1LYIA 2ZIKA 1DI4A 4N9RA 1GB6A 4ML7A 1QT4A 4LYOA 1C08C 1GF0A 4DD9A 4GCDA 4W55A 4HPEA 3EMLA 5F16A 2YBLA 3CDOA 2ZQ3A 1CKGA 1SQ2L 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W3E A;  1UC0 A;  1D9U A;  1IP5 A;  1BWH A;  4R0F A;  1CKF A;  4N8Z A;  1V7T A;  3JR6 A;  3PDS A;  3B72 A;  1L85 A;  1L93 A;  4Z46 A;  2RB2 X;  1YAM A;  1C6A A;  3RUN A;  1DI5 A;  1B7O A;  5KJ9 A;  9LYZ A;  4XYY A;  140L A;  2F30 A;  1L32 A;  3CB7 A;  4LT0 A;  4LZM A;  5B59 A;  5KXP A;  5LAF A;  4B1A A;  2Q0M X;  5HMV A;  137L A;  1B7R A;  3A91 A;  2B6Y A;  1GD6 A;  1KS3 A;  1L20 A;  4GN3 A;  215L A;  1CTW A;  1KXW A;  3AGG G;  248L A;  1L74 A;  1IOC A;  1P5C A;  4L41 A;  1BB4 A;  1L84 A;  1LKR A;  2HED A;  1UIF A;  205L A;  1L42 A;  2W1M A;  1L96 A;  1L06 A;  3HUA A;  4LDL A;  5IHG A;  1WVV A;  2D4K A;  4ARL A;  172L A;  3DMX A;  1G7L C;  4G9S A;  233L A;  5E4P A;  4YEO A;  1LYH A;  1PZY A;  156L A;  1JSF A;  4MST A;  2LZM A;  1UBZ A;  1IP3 A;  4OOO A;  4N0J A;  1QT8 A;  1TDY A;  1T97 A;  3A67 Y;  1GE3 A;  1QT3 A;  1WTN A;  1XSF A;  3A8Z A;  1L86 A;  1DI3 A;  4ZPU A;  241L A;  1B7P A;  1L59 A;  3DN0 A;  3SP3 A;  1GFJ A;  4W51 A;  1LMT A;  1T6V L;  3WXT A;  1P64 A;  1J1X Y;  5LZM A;  4G4C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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