4PPOA

First crystal structure for an oxaliplatin-protein complex
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
publication title The X-ray structure of the complex formed in the reaction between oxaliplatin and lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ppoA00
1UUZC 1WVUA 2HU1A 1TDYA 3A8ZA 4DD1A 1JWRA 3EMSA 4DYGA 1LMTA 4GCCA 1LSYA 4ZFPA 3IJVA 1C7PA 1AT5A 4HTNA 1IVMA 5I5QA 2LYOA 1YL0X 3N9CA 3A91A 3A94A 2YDGA 4GN3A 1GB0A 1B7MA 3TXGA 3WU8A 1IX0A 3P65A 4ZEEA 1JITA 4GN4A 1DI3A 5B1FA 1D6PA 1UACY 5B07A 5EBHA 1IP1A 2Z38A 3M3UA 5C6LA 4PJ2C 1GFJA 1UIDA 1Z55A 2BLXA 1IY3A 2BQIA 4OOOA 3W6CA 5APDA 5F81A 1GFKA 4WL6A 5C6IA 1ZV5L 1IP6A 1VDTA 4QDNA 1LSFA 4XENA 3RZ4A 3WYHA 1DI5A 6LYTA 4CGEA 3WMKA 1UA6Y 3EO5A 4XADA 5AMYA 4DD0A 1LZSA 1OUJA 4N8ZA 1GE2A 1LYOA 1WTNA 2Z2FA 5IDDA 4NIJA 3HBHA 4B4EA 4YENA 1B5VA 4DDAA 4HJZA 5HMJA 1BB4A 1HEOA 3WU9A 3A3QA 4H90A 1JJ1A 1T6VL 9LYZA 1LZYA 4NHIA 1BWIA 3RW8A 2MEBA 4NG8A 4LT2A 5L3IA 4GCFA 4B49A 5LYZA 1GBWA 2ZNWY 1GF9A 1HENA 1JIYA 1GXV2 1QSAA 4BAFA 5B59A 2XJWA 1IWYA 1IY4A 1LZTA 5HNLA 1WQNA 4XJFA 5I4YA 1AT6A 1REMA 2W1MA 5LA8A 5L9JA 1IWVA 1GE3A 4ANRA 5KXNA 1D0LA 4H92A 1YKYX 3CT5A 1LSBA 1HSWA 4XJDA 2BQGA 4P2EA 3ATNA 2H5ZA 4NSGA 1O23A 1GBOA 2C8PA 1RI8B 4DDBA 2CGIA 3HFMY 2W1XA 1GFUA 1H87A 2YBNA 4H93A 4QY9A 5IHGA 2FYCA 1LJFA 5LYMA 1IOSA 1GFGA 1IP5A 3BKVA 4G49A 5KXSA 3WH1A 3WXTA 1BGIA 4U3XB 1LZCA 3B6LA 5ILFA 1LSCA 5L3HA 1FLQA 1C08C 1ZMYL 4N1EI 3WUAA 1REYA 3N9EA 2BQAA 2C8OA 3N9AA 3AW6A 3GXRA 4G4HA 5LINA 1LHIA 2Z19A 4MSTA 1ALCA 1GF4A 4NGVA 1OP9B 5APCA 1V7SA 4RLNA 1LMQA 3LYOA 1KXWA 1LHMA 4NSJA 7LYZA 4LYCA 4WLYA 1C46A 1WTMA 5DLAA 3GXKA 3AZ6A 1P2CC 1YAOA 2BQCA 4PHIA 2I25L 1EL1A 2BQHA 4N1CC 3W6AA 1LSGA 1FN5A 2D4KA 1GF7A 2YVBA 1LJ4A 5M1YA 1REZA 1NBZC 2HECA 3A6CY 1FKVA 4HPEA 1LJKA 1QDTA 5I4XA 1ZVYB 2BQEA 1LJJA 5D5FA 1LZ4A 4LYTA 4WLTA 1LSNA 2G4QA 1B7OA 1INUA 4PGJB 1IR9A 3T6UA 1LCNA 1QSWA 5DN4A 1NQIA 1HHLA 3LYZA 4AGAA 2BQKA 5KXYA 1FKQA 4TTDA 3W6EA 1FBIX 4NSHA 1B5UA 4H94A 5KXWA 1YROA 1REXA 4GLVA 1HEPA 4GCBA 1LZNA 4RW1A 5F14A 5E9RA 3A93A 1LAAA 1ZVHL 2BQOA 2LZTA 1B0DA 1DPXA 1LMNA 4HTKA 1GFHA 4LT0A 4UWVA 5E4PA 5KXOA 4ETAA 4OWCA 1YL1X 4WM2A 4Z3MA 2MEHA 1RCMA 154LA 1WQMA 5KJ9A 3RNXA 3ATOA 4BAPA 1B2KA 3CSZA 1GB9A 3ULRA 2HTXA 1GFAA 5LXWA 1GAZA 1VDPA 1YKZX 1UCOA 3LYTA 4M6DA 2YBMA 1LJNA 4GN5C 2VB1A 1UIEA 5LAFA 2G4PA 2AUBA 2F4GA 4WG1A 1IIZA 4PPOA 3TMWA 2X0AA 1GF5A 5D5CA 5LVGA 1BB7A 3TMXA 1TEWA 1LJ3A 3AGGG 1GB2A 2YBJA 1EQ4A 1JTTL 4OWHA 4RLMA 4YF2A 153LA 4CJ2A 1GXXA 1LHJA 1DKKA 1W6ZA 3TXEA 3WU7A 1YANA 3AYQA 4TX7A 4XJBA 3WULA 4XN6A 5I54A 4HSFA 4YOPA 5LVHA 1GF0A 2D91A 1GD6A 3AGIA 2Y8PA 1BQLY 5LAGA 1BB6A 2HEFA 5LA5A 1IORA 2W1YA 1C45A 1JSEA 1GE4A 2F4AA 4H9AA 4NG1A 1KXXA 3J4GA 4HTQA 1JISA 1E8LA 4WMGA 2D6BA 1IP7A 1C10A 1LZ1A 1MELL 1QIOA 1JKAA 1IWUA 1LSAA 1UIHA 1J1OY 4J1AA 3TXFA 1BWJA 1F6RA 1WVVA 5APFA 1B7PA 5II3A 4Z46A 1LSPA 1UICA 4R6CA 1B5YA 2ZIJA 6LYZA 1B5WA 1XGRC 2BAAA 5IELA 5HNCA 1TBYA 1SQ2L 1G7LC 2DQCY 1GDXA 1RE2A 3WVYA 4N9RA 1JKCA 2DQHY 4NGJA 4LYOA 4I8SA 1GAYA 4UWUA 1AZFA 3B0KA 5C6JA 5KXTA 1GF6A 1IEEA 4KXIA 4NGIA 3WPKA 4BS7A 1LSDA 194LA 2EKSC 2I26L 2ZWBA 133LA 1AM7A 1LYZA 3B0IA 1DI4A 4DT3A 3A96A 4H9HA 4M4OA 1YAQA 1KIRC 4WLXA 4II8A 1HMKA 5KXMA 1KIPC 4IATA 4QGZA 3AZ7A 1I20A 1UIGA 4TSCA 4TSBA 1LOZA 5KXZA 4ETBA 3LZTA 1PZYA 3FE0A 4HP0A 4ET9A 5F9UA 1TCYA 1DZBX 1LYSA 1HEWA 2FBBA 2RSCA 2DQAA 3AZ5A 4IASA 1GE1A 3LYMA 3HBEX 4OWAA 3A6BY 3TXHA 1UIFA 3TXKA 1LSZA 2W1LA 2GV0A 4B4JA 4NGWA 4ET8A 2NWDX 1F10A 1B7SA 3A92A 3W6FA 2XBSA 2ZYPA 3A95A 2A7FA 1IO5A 5LVKA 5ILCA 3A34A 2Z39A 1NDMC 4KT3A 3TMUA 1LZDA 1JPOA 1LMAA 1IP3A 1RFPA 4NGZA 1DXJA 4WL7A 1GBSA 1T3PA 4OW1A 4R0FA 1J1XY 2ZYCA 4LT1A 3G3AB 5KY1A 3RT5X 2EIZC 1LMCA 4B4IA 1GFRA 3AJNA 2FBDA 1WQOA 1WQPA 2YBLA 1IC7Y 3AZ4A 1LPIA 2DBTA 2HEBA 1LSEA 1YILA 1JKDA 4PRUA 1GB8A 4WG7A 3HBDA 3WL2A 2N5ZA 5FHWA 1XGQC 4NWEA 4W96A 1N4FA 3TXBA 2LZ2A 1GB6A 3CSQA 4OWBA 5F16A 3LN2A 4ML7A 1OUFA 2B5ZA 2HEDA 208LA 4UWNA 1GDWA 3D3DA 2EQLA 1WQRA 1EQEA 2F30A 3CB7A 4WM3A 1LJEA 1GBYA 1JJ3A 2BQDA 3CT1A 1DQJC 2HUBA 1QTEA 1IR8A 3CQLA 5KXPA 1IOCA 5KXKA 2ZQ3A 1OQMA 4I0CA 1LYYA 1IWXA 1HMLA 1XGPC 4WM1A 1IR7A 1GEVA 5B1GA 4GCDA 4NGKA 1VFBC 3OK0A 4L41A 2IHLA 1XGTC 132LA 1JTOL 4ETCA 1VATA 3B72A 1LJGA 4EMNA 1GPQC 1AKIA 1D6QA 1CNSA 4Z98A 5FDJA 1OUIA 2XTHA 4WM4A 1LKRA 4WM6A 3P68A 4LT3A 1LSMA 1GEZA 2F2NA 4X3BA 1QTKA 4N0JA 1GWDA 2DQEY 2DQGY 1OUCA 2BQBA 2PC2A 5KKJA 3M18B 1HERA 1NBYC 2MECA 3A90A 1XFPL 4H9CA 2FYDA 4N5RA 4PRQA 1UIBA 5T3FA 1BB3A 1LZAA 1EQ5A 4NFVA 3IJUA 3OJPA 4LYZA 4NWHA 2Z18A 4G9SA 1IC4Y 3QY4A 1LZ5A 1HF4A 5HQ1A 2D4IA 2Z12A 1GBXA 1BB5A 1C43A 3QE8A 2MEGA 1JTPL 2Z37A 2WARA 4W94A 2LYZA 1XEKA 3RU5A 2CJLA 5LVJA 1NKHA 4H8XA 4OOTA 3AB6A 2D4JA 2XBRA 1UC0A 4HV1A 4LFXA 1HFZA 1NHEA 1HFYA 5A3EA 3F6ZA 2MEIA 1B5XA 1LTMA 1OUAA 1FLUA 2BQJA 4J0LA 1LHKA 4A7DA 1XSFA 1DKJA 1NF5A 1MLCE 2YBIA 4Z41A 5B05A 5HMVA 3P64A 2I6ZA 1D9UA 3WPLA 4OWEA 1LZEA 4NEBA 3LHMA 1HFXA 1XEJA 2Q0MX 3EXDA 1HEQA 2A7DA 4H9BA 2ZILA 5I53A 1UIAA 2IFFY 2ZIKA 1B9OA 3AGHA 3A3RX 3QNGA 4WLDA 1G7IC 5DM9A 4YEMA 1GB7A 4GCEA 3A67Y 4J1BA 1NWGA 2YSSC 1LJHA 4GLAA 4CHXA 1QDRA 5FEKA 1CJ9A 2CWIA 3T36A 4J7VA 3VWOA 1B7RA 1LZ9A 1CKFA 2MEFA 4E3UA 3W3EA 4TUNA 3ZEKA 1OUDA 4FJRA 1GB3A 1YQVY 1CKHA 2DKVA 1LKSA 1IC5Y 1KXYA 1VAUA 2HEAA 5F9XA 3W6BA 4WO6A 5APEA 1QQYA 4NY5A 3KAMA 4HJYA 1UBZA 1OUGA 3WUMA 4G4CA 3WXUA 2MEEA 1CKDA 2DQFC 1VDQA 2BLYA 3P4ZA 4H8YA 3IWRA 1HNLA 1YKXX 3FI7A 3G3BB 1GFVA 1JUGA 4HV2A 4QEQA 4RDSA 4DD7A 4FDYA 5K7OA 1LHHA 1CJ7A 1OUBA 3P66A 1OUHA 4C5FA 1HSXA 1CKGA 4HPIA 4LYBA 4XJIA 4XJHA 4H9EA 4B0DA 4EOFA 5KKIA 1FLWA 4MR1A 4DD3A 4YEOA 1IWTA 2LYMA 1W08A 5FCPA 4RW2A 2MEAA 4H1PA 4LZTA 2HU3A 4IJ4A 3WUNA 1FDLY 1PS5A 1JHLA 5DL9A 1YAPA 4H91A 4B1AA 1V7TA 134LA 1IOTA 3K3TA 4NHPA 5KXLA 4H9FA 5B06A 3WPJA 1B5ZA 1JEFA 1I1ZA 5FELA 2BQNA 1D0MA 4TWSA 5JENB 2BQLA 1OUEA 5I4WA 4XYYA 3WVXA 1LZGA 135LA 4H9IA 2DQDY 3MGWA 4LGKA 5LYTA 4ETDA 4H8ZA 1NDGC 4NSIA 1BWHA 2LHMA 4KL7A 3TXJA 4ETEA 5KXRA 1GFEA 1HEMA 1IOQA 4AXTA 1CJ6A 1F0WA 1XEIA 2MEDA 1H6MA 5HLLA 1LZ8A 4G4BA 3LZ2A 1HELA 1QUSA 2CDSA 4NGOA 2HEEA 1F6SA 4HJVA 4WM5A 4WOAA 3SP3A 3TXDA 1SLYA 4ZIXA 1A4VA 4DDCA 2DQIY 2BPUA 1GF8A 1IP2A 1B7LA 5FSTA 1GF3A 2BQFA 1B7NA 4CFOA 4YM8A 1XGUC 2ZQ4A 3J6KA 4DWXA 207LA 4DD2A 3TXIA 1FLYA 1YAMA 5KXXA 5LIOA 1LMOA 2YBHA 1CKCA 3EBAB 1LZRA 4NHQA 5A3ZA 1BVKC 3W6DA 2DQJY 1GB5A 1JJ0A 1JKBA 3WW5A 4WO9A 193LA 5DN5A 4D9ZA 8LYZA 2Z2EA 4LYMA 1LZ6A 1BVXA 3CSRA 1G7MC 3CT0A 3D9AC 1VDSA 2EPEA 4NGYA 1GFTA 1HC0A 1VEDA 4MCKA 5J7CA 4NGLA 1JSFA 1G7HC 1TAYA 4BADA 1IWWA 1IP4A 1B7QA 1LMPA 1J1PY 1YIKA 4XJGA 3BKHA 3WW6A 1LHLA 1GHLA 3AW7A 4KPMA 4DC4A 2H9KA 3B0OA 4CFPA 3E3DA 1NMMA 1KIQC 2G4NA 3ZVQA 4NHSA 2BQMA 1RJCB 3TMVA 1GBZA 2ZNXY 1LZBA 4LFPA 4DD9A 1IWZA 1A2YC 1I56A 1LJIA 4O34A 1D0KA 1QUTA 1DPWA 4NHTA 3ZVQB 4C3WA 1WQQA 2H9JA 5LVIA 1BHZA 1CJ8A 1G7JC 1GE0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HU1A 3L64A 4GCCA 4ZFPA 3N9CA 1YL0X 3A91A 114LA 1C66A 1JITA 1UACY 5C6LA 1D2WA 4OOOA 1UIDA 1Z55A 1IY3A 198LA 1LI2A 3RZ4A 1QTHA 2F32A 4CGEA 1P3NA 5AMYA 4DD0A 1LZSA 2B75A 3C81A 3HBHA 4B4EA 1B5VA 255LA 5HMJA 1BB4A 3A3QA 1T6VL 3DN4A 3RW8A 2OU0X 1L36A 2MEBA 2ZNWY 5B59A 122LA 5I4YA 1WQNA 1L41A 4XJFA 1AT6A 3GUJA 4H92A 1LSBA 1PQKA 4P2EA 1L98A 2H5ZA 4NSGA 1O23A 1OVKA 199LA 162LA 1H87A 4QY9A 5LYMA 4G49A 3BKVA 1L72A 1L39A 2O7AA 5L3HA 1P36A 4N1EI 1REYA 219LA 3AW6A 3GXRA 174LA 171LA 1LHIA 2Q9DA 1GF4A 4NGVA 234LA 4NSJA 3FADA 3GXKA 256LA 1D3FA 1KW5A 3A6CY 1LJKA 2BQEA 1LJJA 237LA 242LA 4LYTA 1L16A 181LA 1INUA 5DN4A 1NQIA 1HHLA 3C82A 4W59A 1FKQA 3W6EA 4NSHA 1YROA 4GCBA 1LZNA 3HWLA 1L29A 1L60A 2LZTA 4HTKA 5E4PA 2MEHA 154LA 5KJ9A 3RNXA 4BAPA 1P56A 2HTXA 1GFAA 4ARJA 1GAZA 1VDPA 1YKZX 1UCOA 205LA 1LJNA 4GN5C 5LAFA 2AUBA 4PPOA 2X0AA 4I7JA 1GF5A 3C80A 5D5CA 3SB7A 1BB7A 3TMXA 1TEWA 3HTFA 1JTTL 4OWHA 4YF2A 1LHJA 168LA 228LA 248LA 3TXEA 3WU7A 4TX7A 5I54A 4XJBA 1LGWA 1P2LA 1BB6A 2HEFA 1L76A 3LZMA 1DYFA 2RBRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UUZ C;  1WVU A;  2HU1 A;  1TDY A;  3A8Z A;  4DD1 A;  1JWR A;  3EMS A;  4DYG A;  1LMT A;  4GCC A;  1LSY A;  4ZFP A;  3IJV A;  1C7P A;  1AT5 A;  4HTN A;  1IVM A;  5I5Q A;  2LYO A;  1YL0 X;  3N9C A;  3A91 A;  3A94 A;  2YDG A;  4GN3 A;  1GB0 A;  1B7M A;  3TXG A;  3WU8 A;  1IX0 A;  3P65 A;  4ZEE A;  1JIT A;  4GN4 A;  1DI3 A;  5B1F A;  1D6P A;  1UAC Y;  5B07 A;  5EBH A;  1IP1 A;  2Z38 A;  3M3U A;  5C6L A;  4PJ2 C;  1GFJ A;  1UID A;  1Z55 A;  2BLX A;  1IY3 A;  2BQI A;  4OOO A;  3W6C A;  5APD A;  5F81 A;  1GFK A;  4WL6 A;  5C6I A;  1ZV5 L;  1IP6 A;  1VDT A;  4QDN A;  1LSF A;  4XEN A;  3RZ4 A;  3WYH A;  1DI5 A;  6LYT A;  4CGE A;  3WMK A;  1UA6 Y;  3EO5 A;  4XAD A;  5AMY A;  4DD0 A;  1LZS A;  1OUJ A;  4N8Z A;  1GE2 A;  1LYO A;  1WTN A;  2Z2F A;  5IDD A;  4NIJ A;  3HBH A;  4B4E A;  4YEN A;  1B5V A;  4DDA A;  4HJZ A;  5HMJ A;  1BB4 A;  1HEO A;  3WU9 A;  3A3Q A;  4H90 A;  1JJ1 A;  1T6V L;  9LYZ A;  1LZY A;  4NHI A;  1BWI A;  3RW8 A;  2MEB A;  4NG8 A;  4LT2 A;  5L3I A;  4GCF A;  4B49 A;  5LYZ A;  1GBW A; 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 4H8Z A;  1NDG C;  4NSI A;  1BWH A;  2LHM A;  4KL7 A;  3TXJ A;  4ETE A;  5KXR A;  1GFE A;  1HEM A;  1IOQ A;  4AXT A;  1CJ6 A;  1F0W A;  1XEI A;  2MED A;  1H6M A;  5HLL A;  1LZ8 A;  4G4B A;  3LZ2 A;  1HEL A;  1QUS A;  2CDS A;  4NGO A;  2HEE A;  1F6S A;  4HJV A;  4WM5 A;  4WOA A;  3SP3 A;  3TXD A;  1SLY A;  4ZIX A;  1A4V A;  4DDC A;  2DQI Y;  2BPU A;  1GF8 A;  1IP2 A;  1B7L A;  5FST A;  1GF3 A;  2BQF A;  1B7N A;  4CFO A;  4YM8 A;  1XGU C;  2ZQ4 A;  3J6K A;  4DWX A;  207L A;  4DD2 A;  3TXI A;  1FLY A;  1YAM A;  5KXX A;  5LIO A;  1LMO A;  2YBH A;  1CKC A;  3EBA B;  1LZR A;  4NHQ A;  5A3Z A;  1BVK C;  3W6D A;  2DQJ Y;  1GB5 A;  1JJ0 A;  1JKB A;  3WW5 A;  4WO9 A;  193L A;  5DN5 A;  4D9Z A;  8LYZ A;  2Z2E A;  4LYM A;  1LZ6 A;  1BVX A;  3CSR A;  1G7M C;  3CT0 A;  3D9A C;  1VDS A;  2EPE A;  4NGY A;  1GFT A;  1HC0 A;  1VED A;  4MCK A;  5J7C A;  4NGL A;  1JSF A;  1G7H C;  1TAY A;  4BAD A;  1IWW A;  1IP4 A;  1B7Q A;  1LMP A;  1J1P Y;  1YIK A;  4XJG A;  3BKH A;  3WW6 A;  1LHL A;  1GHL A;  3AW7 A;  4KPM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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