5FEKA

Hen egg lysozyme at room temperature solved from 3600 diffraction images acquired by ultrasonic acoustic levitation method and processed by crystfel
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Ultrasonic acoustic levitation for fast frame rate X-ray protein crystallography at room temperature.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5fekA00
2HUBA 4Z3MA 3OK0A 1C45A 1RFPA 3ATNA 5B1GA 4GN5C 1LJFA 1IC7Y 4WM2A 4CHXA 4CGEA 5KXKA 1LZRA 1B5ZA 1IVMA 4NHTA 2BQNA 1IOTA 1GFVA 4GCBA 1HFYA 4NGLA 1GFHA 4NHIA 1FLUA 1LMAA 3LN2A 2BQGA 1FKVA 2BAAA 3A95A 5DN5A 5F16A 1LAAA 5DLAA 2Z2FA 4PRQA 2BQFA 5LVHA 4ETBA 1B7OA 1GXXA 1JKAA 1I56A 3K3TA 4TSCA 3LYZA 1WQPA 1ZVHL 1C10A 4ETCA 1IWYA 4C3WA 1G7MC 1Z55A 1GFRA 1QUSA 4HJYA 4GCFA 2H5ZA 1DPWA 5KY1A 4NEBA 1KIRC 1HC0A 1JTPL 1LSFA 3HBHA 4NWHA 1BWHA 1DZBX 1GFGA 1LJJA 4LGKA 4PJ2C 1UIEA 1JEFA 1B7QA 5E4PA 1OUCA 5FELA 4H92A 2D91A 1LOZA 3B0KA 1LZDA 1JUGA 2BQOA 1LSZA 1UIHA 2IFFY 1B0DA 1JIYA 5FHWA 4DDBA 2A7FA 1E8LA 1D9UA 5ILFA 1QSWA 1QDRA 4XJGA 1IOCA 1EQEA 1YKZX 2EIZC 5LVIA 4I8SA 1IOSA 1C46A 2BQEA 4IATA 1IWWA 4H93A 4W94A 2Z2EA 4XENA 1XGRC 4YENA 4LT1A 5I54A 2FYCA 1NQIA 2RSCA 2X0AA 4HJVA 1IO5A 4ML7A 5E9RA 3AYQA 3WXTA 2HU1A 1AKIA 2BQJA 1LSGA 4QEQA 1GFTA 1GHLA 1LMPA 5KXYA 1GDXA 4LFXA 4H9HA 4ETDA 3CQLA 1SQ2L 4G49A 4GLAA 1LYOA 1NWGA 3LHMA 4HV2A 1GE0A 2GV0A 5T3FA 4C5FA 4YF2A 4YM8A 1JKBA 2I6ZA 3AGHA 1LZ4A 4XJDA 1B5UA 1UC0A 2ZILA 1CJ8A 1JSFA 4N1CC 1SLYA 4DD9A 4Z41A 1UBZA 3CSRA 1JJ3A 1XSFA 1XEIA 1WQQA 4HV1A 1AT6A 4NGYA 5IDDA 5FSTA 4OWHA 4OWAA 1UACY 1HELA 1LSAA 2BQMA 4ZFPA 1GE3A 1IP3A 3P65A 4NGIA 5LVGA 1QDTA 2AUBA 3F6ZA 5B1FA 134LA 2D4KA 1CJ7A 3AZ4A 4TTDA 4NIJA 5K7OA 1KXXA 1TBYA 1HHLA 1UIAA 1VDTA 3WU7A 3EO5A 2H9JA 2G4PA 1HEWA 2YVBA 1YAQA 2B5ZA 5KXLA 153LA 4WL7A 1D6QA 2YBHA 4CFOA 3LYOA 4NGJA 5D5CA 4MSTA 2BPUA 1GB0A 1VAUA 1YILA 3ZVQA 1GB7A 4GCEA 4HTQA 3TXJA 4N5RA 4NY5A 3FE0A 1V7TA 3T36A 4RW1A 3W6AA 1GF9A 2CGIA 1GBWA 2F4GA 2FBDA 1MLCE 1GD6A 1QIOA 4G9SA 2BQAA 2C8OA 3QY4A 4G4HA 1VDPA 1BWIA 2MEAA 4HJZA 4N8ZA 5LYMA 1XGPC 4H8YA 2BQBA 1OUFA 3GXKA 3A67Y 4GN4A 1TDYA 1LSCA 4R6CA 3ZEKA 4H1PA 1LCNA 4RLMA 4UWUA 4H9FA 1CKCA 1JSEA 1VFBC 5I4YA 1LMQA 1IY4A 4WM3A 1I20A 4O34A 2Z38A 1LHHA 4II8A 3P4ZA 5LA8A 3A34A 6LYZA 1VDSA 3AW7A 3N9AA 1H87A 1UIFA 5APFA 1BB3A 1B5WA 2C8PA 4FJRA 1REXA 4PRUA 2MEIA 1HEPA 4D9ZA 4YOPA 1MELL 3IJVA 1G7IC 4MR1A 1RCMA 3N9CA 1LZBA 1JPOA 5JENB 1BHZA 1GB9A 3WUNA 1LZNA 3TXIA 3A92A 1QSAA 3AZ5A 1JJ1A 1CNSA 5HLLA 1BB7A 1B5XA 2YBMA 1W6ZA 3G3AB 3AW6A 4NHSA 2ZYCA 4ETAA 1YAMA 3ZVQB 5I4WA 1OUBA 4DC4A 5B05A 1B5VA 1N4FA 1GF7A 5L9JA 1BB6A 4NGKA 1CJ9A 1LZ6A 1DQJC 1YAPA 3A8ZA 2DQFC 3GXRA 1LSEA 3N9EA 3TXDA 3A96A 1WQRA 1FN5A 4CJ2A 1B7NA 1YANA 1IWXA 4ZEEA 1XGTC 4OW1A 1FBIX 3WU8A 4HTNA 4WG7A 1GEZA 1GFKA 4DD0A 2LZTA 1YL0X 3RT5X 1OUIA 2D4IA 5DM9A 1LZEA 3W6CA 4B4JA 1OUGA 4B4EA 4PHIA 3A6BY 1LHMA 1LZYA 2Z18A 1KXYA 2EPEA 3A90A 3HBDA 4ANRA 3KAMA 135LA 2BQHA 1CKGA 5LAGA 1IR9A 1LZ9A 1GXV2 1WTMA 3QE8A 4FDYA 1UUZC 1G7LC 2DQDY 4LYOA 2D6BA 1NMMA 1HSXA 3ATOA 4TSBA 1F6SA 1IC4Y 4OOOA 1IORA 3A94A 3B0IA 3BKHA 1LZ1A 3TXEA 5F9XA 5FDJA 4X3BA 1B7SA 5I53A 4P2EA 1LHIA 4OOTA 3AZ7A 2XJWA 5ILCA 3WH1A 4WLTA 4YEOA 5B59A 4EMNA 194LA 4ZIXA 1PS5A 5F9UA 1IP4A 5IHGA 1IP1A 1IY3A 3FI7A 1BGIA 1WVUA 4LFPA 3BKVA 5LYTA 4WLYA 2BQLA 1JITA 4TWSA 1UIGA 1C7PA 2HEAA 1O23A 2ZWBA 1EQ4A 4LYBA 4DT3A 1LSBA 5C6LA 3J6KA 2LYMA 1YKXX 5KXWA 154LA 4AGAA 5KXZA 1GF8A 3AJNA 3A6CY 1B7LA 8LYZA 2ZNWY 3TXKA 4E3UA 5M1YA 5B06A 1IC5Y 4QGZA 3A91A 1IP5A 1LJEA 2ZQ4A 4WM5A 3EBAB 4Z46A 2WARA 5A3ZA 3AGGG 3G3BB 3LYTA 4I0CA 1JISA 2CWIA 5LVKA 5F14A 1UICA 3TXBA 1JKDA 4LZTA 5LAFA 5C6JA 3D3DA 2MEFA 1QTKA 1J1PY 1ZMYL 1INUA 3WUAA 1LZAA 2F4AA 1UIDA 5II3A 4H9EA 1G7JC 3TXFA 1CJ6A 1GFAA 2Z19A 1DKKA 3WPLA 3M18B 1GBSA 4NGVA 2MEDA 2MEBA 4WO9A 1C08C 4NHQA 1LYYA 2DKVA 2HEEA 2LHMA 1FLWA 3LZ2A 1GE4A 4B0DA 4DDCA 3WUMA 2XBSA 3IJUA 4G4CA 4WOAA 4KPMA 1LMOA 4WLDA 1LTMA 4U3XB 1GF4A 5LXWA 1GE2A 1T3PA 4L41A 3RNXA 1DPXA 4BS7A 1LZ5A 2EQLA 1J1OY 1GBOA 208LA 1FLQA 1LJHA 1P2CC 1WQNA 207LA 4J1AA 1LJGA 3ULRA 3B0OA 1GB8A 1B7PA 1LPIA 1LSDA 133LA 1LSPA 4NSHA 3IWRA 4NSJA 193LA 4J7VA 5J7CA 4TUNA 5FCPA 2MEEA 2MECA 3J4GA 1LZCA 1UIBA 1XEKA 5AMYA 4IJ4A 5L3HA 5KXXA 3P64A 2DQGY 1YIKA 2DQJY 4XYYA 1IP2A 1IX0A 5F81A 1KIQC 1HFXA 1REYA 4OWBA 1BWJA 2HTXA 2YBLA 4H91A 2MEGA 1LHLA 1XFPL 1GF6A 3A3RX 4H8ZA 2G4QA 4RDSA 4H9IA 5KXMA 1IR8A 3CT5A 2HECA 3WXUA 1LMNA 1WQMA 3CB7A 1GB2A 2F30A 4Z98A 4QY9A 3P66A 2A7DA 2Q0MX 1GBZA 4GCCA 4WM6A 4XJBA 5B07A 2LYOA 1T6VL 3WPJA 2BQDA 2W1XA 4NG1A 1LSYA 1B9OA 5HNLA 2H9KA 2DQIY 4NGOA 4WLXA 132LA 1LMTA 4UWNA 4LT2A 2Z37A 4WM1A 1REZA 3EMSA 5LIOA 4H94A 2YDGA 1IIZA 2I25L 4HP0A 6LYTA 5KXTA 1OUJA 2DQAA 3WYHA 2XTHA 3CT0A 5HMJA 1OUDA 2F2NA 1NDMC 4XN6A 3WVXA 3A93A 5APCA 1VEDA 5FEKA 4B4IA 3WVYA 3SP3A 4XJFA 5I5QA 1CKDA 1GBYA 1XGUC 4NGZA 4UWVA 1LJ4A 1YQVY 2BQIA 2DQHY 3A3QA 4WG1A 4DYGA 1DXJA 2FYDA 9LYZA 4LT3A 1ZVYB 2NWDX 1QQYA 4H90A 4RW2A 1I1ZA 1LYZA 1D0LA 1DI4A 1HF4A 1HSWA 3RW8A 1QUTA 1XEJA 1LHKA 3AB6A 4NHPA 1RJCB 1LZ8A 3WMKA 1HNLA 2N5ZA 5DN4A 1F6RA 5APEA 1HMLA 1LJ3A 4KL7A 1GF5A 1GDWA 3MGWA 1GB6A 1YL1X 4NGWA 4H9BA 4EOFA 2D4JA 4J0LA 2YBIA 5I4XA 4YEMA 1TCYA 1GPQC 1EL1A 1AZFA 3HFMY 4XJHA 1A4VA 3WULA 3W6DA 1GF0A 1XGQC 5HQ1A 2BQKA 1IP7A 3W6BA 1RE2A 1NBYC 1UA6Y 1GB5A 5LA5A 1EQ5A 1JKCA 5KJ9A 4NSGA 4W96A 2LYZA 2Z12A 1BB5A 2Z39A 4WO6A 1IWUA 1GFJA 5HMVA 3B6LA 1F10A 1LKRA 4M4OA 4DD7A 4PPOA 1GB3A 3WU9A 1A2YC 4N9RA 1B5YA 1LSNA 1VATA 1LHJA 1AT5A 4ETEA 3TMWA 4DD1A 2HU3A 4HTKA 3WW5A 3RZ4A 5LYZA 1GAZA 1JTOL 3WW6A 4HPIA 4N0JA 4TX7A 5APDA 3OJPA 4WM4A 2BQCA 1B2KA 1OP9B 2HEDA 1PZYA 5DL9A 5KXSA 1NBZC 5L3IA 5IELA 3EXDA 1HENA 1J1XY 2IHLA 2DQEY 4DD2A 3AZ6A 4OWEA 1IEEA 4HSFA 4MCKA 1GFUA 1GWDA 1GF3A 1DKJA 2HEFA 1W08A 4ET8A 1NF5A 4NG8A 2XBRA 1FLYA 4PGJB 4XADA 1LJKA 1CKFA 1LSMA 4WL6A 5EBHA 1H6MA 4KT3A 5KKIA 1IR7A 4H8XA 2PC2A 4LYCA 7LYZA 1JWRA 2MEHA 4H9CA 5LINA 1AM7A 1YKYX 4NSIA 1HEMA 1LYSA 3LYMA 3TMVA 2VB1A 5A3EA 2W1YA 1HEOA 3D9AC 4XJIA 1CKHA 1NKHA 2W1MA 1TEWA 4J1BA 5KXNA 3W6EA 4BADA 1DI3A 4B49A 1DI5A 1LMCA 4LYTA 4BAFA 4DD3A 3QNGA 3AGIA 1B7RA 1REMA 2BLXA 2YBNA 2CJLA 1BVKC 3CT1A 1YAOA 1G7HC 1NHEA 2YSSC 3WL2A 1HMKA 1TAYA 4R0FA 1B7MA 1GAYA 1LZGA 1OUAA 1FKQA 4DDAA 1GE1A 4LYMA 2W1LA 1LZTA 1IOQA 4WMGA 2I26L 3LZTA 4AXTA 1BQLY 3W3EA 1C43A 1GFEA 1JTTL 4DWXA 3RU5A 1WQOA 2HEBA 3VWOA 1BB4A 4G4BA 1BVXA 5D5FA 3TMUA 2FBBA 1HFZA 2G4NA 3W6FA 1OUEA 2ZIKA 4LT0A 1IWTA 3B72A 3T6UA 4HPEA 5KXPA 3P68A 1HERA 1NDGC 5HNCA 2LZ2A 3M3UA 4GCDA 5LVJA 1D0MA 3HBEX 3CSQA 4IASA 4GLVA 1WTNA 3TXGA 1ALCA 1IP6A 1YROA 3TXHA 1RI8B 4A7DA 4ET9A 1D6PA 1GBXA 1IWVA 1IWZA 1KIPC 1QTEA 4N1EI 1GEVA 4OWCA 5KXOA 5KXRA 4RLNA 1OQMA 2CDSA 4H9AA 4GN3A 4BAPA 2ZIJA 5KKJA 5C6IA 4NWEA 1HEQA 1LJNA 1UCOA 2DBTA 4KXIA 2YBJA 2Y8PA 1LZSA 2DQCY 4M6DA 4NFVA 1D0KA 1JHLA 4QDNA 3WPKA 1ZV5L 1OUHA 3CSZA 1VDQA 3E3DA 1WVVA 4CFPA 2EKSC 2ZYPA 2ZQ3A 4LYZA 1KXWA 1JJ0A 1V7SA 3TMXA 2ZNXY 4B1AA 2BLYA 1F0WA 1LKSA 1LJIA 1FDLY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
160LA 1C45A 3ATNA 4GN5C 4I7JA 4WM2A 1IVMA 1L48A 1L82A 1HFYA 242LA 3HTBA 1FLUA 2BAAA 5F16A 3A95A 5DLAA 228LA 2BQFA 1B7OA 4TSCA 1ZVHL 4ETCA 1GFRA 4W56A 4NEBA 1L05A 3HBHA 4NWHA 1DZBX 1B7QA 5E4PA 197LA 102LA 1OUCA 5FELA 1LZDA 2IFFY 3DNAA 4I7KA 1KW7A 2A7FA 1E8LA 1EQEA 1QT6A 4I7TA 4IATA 4W94A 4H93A 258LA 5I54A 5E9RA 3WXTA 3CQLA 4G49A 4ZPUA 211LA 3DN2A 149LA 1JKBA 2I6ZA 2OU8A 2Q9EA 1UC0A 2ZILA 4DD9A 1UBZA 5IDDA 1AT6A 2RBSA 5LZMA 4ZFPA 1GE3A 3P65A 4NGIA 2AUBA 4TTDA 1SSYA 1VDTA 2RB2X 2H9JA 2NTGA 153LA 1D6QA 1CX7A 5D5CA 2BPUA 1L61A 3ZVQA 4HTQA 4NY5A 1LI3A 4I7QA 1GD6A 4ARQA 4G9SA 1L64A 1G0QA 1VDPA 2O4WA 4HJZA 4N8ZA 4ARJA 1C6BA 224LA 3RZEA 2BQBA 4GN4A 235LA 245LA 4R6CA 4H1PA 1L88A 1QTDA 5I4YA 1LMQA 260LA 4II8A 3AW7A 1H87A 5APFA 1BB3A 4EKQA 2MEIA 1C60A 184LA 1RCMA 5JENB 1BHZA 1L72A 1JJ1A 1JQUA 1LYFA 2ZYCA 1CV3A 2QARC 145LA 1P36A 1G0LA 215LA 1P2RA 1C68A 5L9JA 2ANVA 1BB6A 1YAPA 3N9EA 1YANA 253LA 4ZEEA 1C6EA 3OE9A 4WG7A 137LA 1CX6A 1YL0X 1L40A 1OUIA 1SX7A 3W6CA 4B4JA 1OUGA 4B4EA 1LZYA 1KXYA 3GUJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HUB A;  4Z3M A;  3OK0 A;  1C45 A;  1RFP A;  3ATN A;  5B1G A;  4GN5 C;  1LJF A;  1IC7 Y;  4WM2 A;  4CHX A;  4CGE A;  5KXK A;  1LZR A;  1B5Z A;  1IVM A;  4NHT A;  2BQN A;  1IOT A;  1GFV A;  4GCB A;  1HFY A;  4NGL A;  1GFH A;  4NHI A;  1FLU A;  1LMA A;  3LN2 A;  2BQG A;  1FKV A;  2BAA A;  3A95 A;  5DN5 A;  5F16 A;  1LAA A;  5DLA A;  2Z2F A;  4PRQ A;  2BQF A;  5LVH A;  4ETB A;  1B7O A;  1GXX A;  1JKA A;  1I56 A;  3K3T A;  4TSC A;  3LYZ A;  1WQP A;  1ZVH L;  1C10 A;  4ETC A;  1IWY A;  4C3W A;  1G7M C;  1Z55 A;  1GFR A;  1QUS A;  4HJY A;  4GCF A;  2H5Z A;  1DPW A;  5KY1 A;  4NEB A;  1KIR C;  1HC0 A;  1JTP L;  1LSF A;  3HBH A;  4NWH A;  1BWH A;  1DZB X;  1GFG A;  1LJJ A;  4LGK A;  4PJ2 C;  1UIE A;  1JEF A;  1B7Q A;  5E4P A;  1OUC A;  5FEL A;  4H92 A;  2D91 A;  1LOZ A;  3B0K A;  1LZD A;  1JUG A;  2BQO A;  1LSZ A;  1UIH A;  2IFF Y;  1B0D A;  1JIY A;  5FHW A;  4DDB A;  2A7F A;  1E8L A;  1D9U A;  5ILF A;  1QSW A;  1QDR A;  4XJG A;  1IOC A;  1EQE A;  1YKZ X;  2EIZ C;  5LVI A;  4I8S A;  1IOS A;  1C46 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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