5FEKA

Hen egg lysozyme at room temperature solved from 3600 diffraction images acquired by ultrasonic acoustic levitation method and processed by crystfel
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ultrasonic acoustic levitation for fast frame rate X-ray protein crystallography at room temperature.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5fekA00
1G7IC 3WH1A 3LYTA 1ALCA 1LJKA 4UWVA 4BAFA 1GEVA 4H8YA 3WXUA 1IC4Y 1OUAA 4OWAA 1YILA 2F30A 1LSPA 1IWWA 2G4NA 1JSFA 5AMYA 5HMJA 1GAZA 5D5FA 1MLCE 3TMVA 1LSAA 5KXNA 1AM7A 5D5CA 4WLTA 1HFZA 2ZYPA 1HEMA 1C46A 2HEEA 4E3UA 1EQEA 2ZQ4A 3N9CA 5C6JA 1WQNA 1GXXA 3ATNA 1IX0A 4NGVA 1JKDA 4FJRA 1GB7A 5DN5A 4NG8A 5T3FA 4RW2A 1XFPL 4LYOA 3ZEKA 1B7MA 4OOOA 4DD0A 5KXKA 2G4QA 4I8SA 1LZTA 1LZ8A 1AT5A 4B1AA 1LOZA 1IC7Y 1CJ6A 1B5VA 134LA 1IWZA 1CJ8A 1XEKA 1B7PA 1GFRA 1H87A 1REXA 208LA 1GBSA 2PC2A 3J4GA 4GN5C 5F16A 2ZIJA 5F14A 1ZVYB 5B05A 3A6BY 1I1ZA 3WVXA 2Q0MX 5C6LA 5APFA 2DQJY 2HEFA 5FDJA 4NGLA 1LZ4A 2I26L 4YM8A 2G4PA 1HERA 4GLAA 3P64A 1CNSA 2YBHA 5B1FA 4EOFA 1GAYA 4DD3A 1IIZA 1GDXA 3WPKA 2CDSA 5KXRA 3MGWA 3IJUA 2EPEA 2YVBA 4HSFA 1ZVHL 4KT3A 1HC0A 2BQEA 9LYZA 2ZNWY 2RSCA 4N8ZA 1QDTA 4ETBA 4H8XA 4YEOA 4ETCA 4DD2A 1IP4A 2BQOA 2HEAA 1OUDA 1WQOA 1CKCA 4L41A 1GFTA 2MEDA 4ET9A 5LAGA 3TXBA 4G49A 5FCPA 4NGWA 1LZSA 2MEGA 4DWXA 5HLLA 4GCBA 1QUTA 2BQNA 2BQIA 2FYCA 1UCOA 5LIOA 2YBIA 1LKSA 3AJNA 1FKVA 1Z55A 4J1AA 5JENB 2CJLA 1IY3A 1LZRA 2ZQ3A 3RNXA 1LZ5A 4YENA 2DQDY 5KXLA 1GB9A 3VWOA 4HTKA 1GFJA 135LA 1LYSA 3A3QA 4NGYA 2D4KA 3B0KA 4B4EA 4DD9A 3WXTA 4UWNA 4I0CA 1LZ9A 4RW1A 1MELL 5HNCA 1LJ3A 1UC0A 1LMQA 1NQIA 1LJIA 4H1PA 5LXWA 1I56A 3CT0A 1B7SA 1BVXA 4WLYA 1HEWA 1JSEA 1INUA 5DL9A 2MEFA 1KXXA 3IJVA 1UIDA 1HEQA 2A7DA 5ILCA 4CGEA 1CJ7A 5FHWA 1XGRC 1GF4A 2HTXA 4LYTA 1BB7A 5I5QA 1B5UA 1C7PA 4H9HA 1GFUA 2DQFC 1NBYC 193LA 1HF4A 4LGKA 4B4JA 2CGIA 3W6EA 5LYMA 1LHHA 3WULA 1UIAA 2FYDA 4LFPA 1HSXA 3WVYA 5DN4A 3A8ZA 4LT0A 5F9XA 4Z46A 4WM5A 1D6PA 1YROA 5J7CA 3CT1A 4MSTA 1JKAA 1IWYA 4H9BA 3A92A 2BPUA 2EIZC 4XN6A 1B5XA 1IP7A 1BGIA 1TEWA 4NGJA 2F4AA 4TUNA 1B5YA 3AGGG 1GHLA 4OOTA 1REZA 4XJFA 5F9UA 1TAYA 2LHMA 4BAPA 2NWDX 2LYMA 2YBLA 1UIHA 2ZNXY 5LVIA 3WU8A 5KXMA 2VB1A 3WUMA 1IP5A 3TXKA 4H92A 1LSYA 3EMSA 5M1YA 3LYOA 4C5FA 3LYMA 3AW6A 4M4OA 1YQVY 3ZVQA 1YL1X 4QDNA 1QIOA 1NKHA 1DPXA 3E3DA 2BQCA 4OWBA 6LYTA 1IC5Y 1AKIA 3J6KA 1IWTA 4WM1A 2W1MA 1REYA 4WM4A 1VAUA 5ILFA 4U3XB 4B0DA 4R0FA 1FLWA 1GE1A 1WTNA 1WQQA 1VDTA 1LZNA 1GFVA 2FBDA 4ZEEA 1UBZA 1JHLA 1JPOA 1PS5A 3ZVQB 1BB3A 5I4XA 1IVMA 1GD6A 1OUJA 4WG7A 3AZ7A 5APCA 3TXGA 1LZBA 4DC4A 1YKZX 4MR1A 4NHPA 1GFEA 4R6CA 3HBEX 2F2NA 5K7OA 3QE8A 1OUGA 3WW6A 4IJ4A 4NIJA 1XGTC 3TMWA 2B5ZA 5DLAA 3QY4A 1IOQA 1CKHA 3TXDA 1J1XY 2BQKA 1D9UA 1RFPA 1WTMA 2H5ZA 4NFVA 1D0MA 1LTMA 4H9CA 5APEA 1YANA 2Z37A 5KXZA 1IOTA 1G7HC 4ANRA 4W94A 5KXTA 4G9SA 1BB4A 1HEPA 1HMLA 1QQYA 2D6BA 2X0AA 4PHIA 1D0KA 1XGQC 1F10A 4O34A 4ML7A 1B7QA 2XJWA 8LYZA 5LAFA 1LPIA 1OQMA 1GBWA 4NWHA 3TXEA 5LVHA 3F6ZA 1GE0A 3B72A 1HELA 5B07A 4OWEA 1IP3A 1OUFA 5I54A 132LA 1LJ4A 1DI5A 1LZAA 1LSDA 1DI3A 1XGPC 1LSZA 1E8LA 2LZ2A 3AZ5A 1IR8A 3G3AB 1J1PY 4QY9A 1RCMA 2EKSC 4WM3A 1OUEA 5I53A 1B0DA 3B6LA 1CKFA 2Z38A 1G7MC 2D4JA 3T6UA 1C10A 4A7DA 1LHKA 3T36A 3TMXA 1LSFA 1BWJA 1GB0A 2XBRA 1B7RA 1LMCA 4LYMA 4UWUA 5HNLA 1KIPC 1GF3A 1GFHA 3D3DA 4RLMA 207LA 2I25L 1IEEA 2BQJA 3D9AC 3A3RX 1XEJA 4AXTA 3N9AA 4YF2A 2ZWBA 5L3IA 153LA 1W08A 1HNLA 2C8PA 2BQLA 4ETEA 1A2YC 3AZ6A 1LSGA 1LZYA 4H91A 4B49A 2WARA 4CJ2A 1GB6A 4NHQA 1TDYA 4Z41A 1UICA 3GXKA 1LSBA 1EL1A 1W6ZA 1JIYA 2ZYCA 3AGIA 4WL6A 4YOPA 5FEKA 1DZBX 4HV1A 5KXYA 3WMKA 1KXWA 1WQPA 4KL7A 4XJDA 1FLYA 2D91A 1LHMA 3CSZA 5KXPA 1UIFA 3TXHA 5IHGA 1LKRA 3KAMA 4LYCA 3BKVA 1NDGC 4J7VA 1GBXA 3LZ2A 4WG1A 4NSIA 4WO9A 5LA8A 4BS7A 1LJHA 3WUAA 5HQ1A 1A4VA 4DDBA 5I4WA 4N0JA 1EQ5A 2XTHA 4NG1A 1T3PA 3FI7A 4NHSA 5KXOA 4CFOA 1B7NA 1GFKA 1BHZA 4N9RA 2H9KA 2BQAA 3A95A 1GF7A 3FE0A 1FLQA 4H9FA 1IWUA 5LVJA 1D6QA 2W1XA 3WW5A 1NMMA 5KY1A 5KKIA 1LSEA 1YAPA 1OUCA 2BQBA 4LT2A 1FDLY 1DXJA 4HPIA 4LYBA 5HMVA 4YEMA 1IP1A 4LYZA 4WOAA 1WQRA 2XBSA 1DKJA 1IR7A 1OUIA 3ULRA 1OUBA 3BKHA 1LMTA 1ZMYL 2DQIY 4H9EA 4WL7A 5F81A 4HP0A 1GBOA 4TX7A 4RDSA 1IOCA 3AW7A 1GF9A 1VDQA 4N1EI 4GCEA 4H94A 3OK0A 1FLUA 4PRUA 3A6CY 3AB6A 3LZTA 4PRQA 5E9RA 4H93A 4XENA 1G7LC 4IASA 1QSAA 1NBZC 4PPOA 4XJGA 3WPJA 1BWIA 1BQLY 5KXSA 4RLNA 5L9JA 4H9AA 2HU1A 4M6DA 2MEHA 2EQLA 5KJ9A 194LA 2A7FA 1GB2A 7LYZA 1IO5A 2YBMA 4XJBA 1REMA 2BQGA 5DM9A 1BB6A 1GFGA 1HMKA 3G3BB 4X3BA 1OUHA 4G4HA 4ET8A 2YSSC 1B7OA 4DD7A 2HECA 4FDYA 1HFYA 4XADA 4LT1A 1BVKC 4ZIXA 1CKDA 1NF5A 1LCNA 1BWHA 3WUNA 1GF0A 3W6CA 1GBYA 4HV2A 1LJGA 1IWXA 1HENA 5II3A 1YIKA 1LZ1A 2HU3A 3A96A 4DT3A 4H9IA 1DQJC 4OWHA 5KKJA 1LJNA 5I4YA 1JWRA 1VEDA 1JTOL 3K3TA 1GDWA 1UIGA 1WVVA 2DQAA 2DQEY 3W6FA 4J0LA 2W1LA 1YAOA 2F4GA 3EBAB 4OWCA 2MEBA 1KIRC 5FELA 1IOSA 2LZTA 1XGUC 3W6DA 1GE3A 4N1CC 4WLDA 1LZDA 3A34A 1JUGA 1LHJA 3TMUA 2Y8PA 1GF8A 2I6ZA 2MECA 4IATA 3QNGA 1FN5A 1SQ2L 1UA6Y 4GCCA 3A67Y 4HJYA 3CSRA 1J1OY 1DKKA 3SP3A 1YL0X 2W1YA 3RZ4A 1H6MA 4ETAA 1LMNA 1NWGA 4DYGA 1P2CC 3CB7A 1IR9A 1KXYA 4XYYA 4NWEA 1JTPL 2C8OA 1GXV2 1LYYA 4HPEA 4LZTA 3IWRA 5A3EA 1YKYX 4NHIA 3RU5A 4XJIA 1TBYA 2GV0A 4CHXA 2IFFY 1GE4A 3WL2A 4CFPA 1IP2A 1LJJA 2ZILA 1ZV5L 4Z3MA 5LYTA 4MCKA 1GWDA 1UUZC 4DDCA 4WMGA 1I20A 1QUSA 3LN2A 3W3EA 4WM6A 1VDSA 1O23A 2Z2FA 5L3HA 1RI8B 4G4BA 2LYOA 3A94A 1NHEA 1GB5A 1GEZA 3CSQA 1GB3A 1C45A 3LYZA 1VDPA 4NSHA 2BQHA 1HSWA 3P68A 1B9OA 4NSGA 4ETDA 2BLXA 1LMOA 2BQDA 3WPLA 2MEIA 5LA5A 1LSMA 5E4PA 1YKXX 1LYOA 4KPMA 2HEDA 5A3ZA 4BADA 4HJZA 2DBTA 3M18B 1VFBC 4NEBA 5LVGA 1LZEA 3A90A 3TXFA 4AGAA 5LYZA 1LSNA 4TWSA 1AT6A 2BQMA 3RW8A 2D4IA 1GBZA 1RJCB 1JKBA 1V7SA 3A91A 1NDMC 1LJFA 3CQLA 4H8ZA 1JEFA 2YBJA 5KXXA 2Z18A 1XSFA 3ATOA 3OJPA 1N4FA 4HTQA 1T6VL 4Z98A 5IDDA 4GCDA 3WYHA 1DI4A 1LZCA 5C6IA 5FSTA 3AGHA 4KXIA 4WO6A 1B2KA 3HBHA 1JITA 4II8A 2MEEA 1VATA 2ZIKA 4P2EA 2N5ZA 1WQMA 4NY5A 1IWVA 4WM2A 5B1GA 4J1BA 1LMPA 1LJEA 2FBBA 1GB8A 1JISA 1HHLA 1JJ3A 1F6SA 4NSJA 4D9ZA 3B0IA 2H9JA 5B06A 1LHIA 1PZYA 2BAAA 2Z39A 3M3UA 4QGZA 4GN3A 2DQCY 2LYZA 3P66A 5LINA 5IELA 3WU7A 1GPQC 3WU9A 2HUBA 3EO5A 4B4IA 2BLYA 1HFXA 1LZ6A 3W6BA 4GCFA 4EMNA 1LSCA 4OW1A 1LMAA 3AYQA 1KIQC 1B5WA 1UACY 2AUBA 4NGZA 1LHLA 4N5RA 4NGIA 1RE2A 154LA 3AZ4A 2DQGY 1YAMA 1GFAA 4LFXA 4WLXA 1XEIA 2MEAA 3N9EA 3LHMA 1QTKA 1CKGA 4QEQA 1CJ9A 4NGOA 1G7JC 1LZGA 1BB5A 3HBDA 2Z12A 5EBHA 1GF6A 1D0LA 1F6RA 1IY4A 1QDRA 1QSWA 4G4CA 1C08C 1GF5A 1JJ1A 3A93A 3HFMY 4C3WA 4NGKA 1QTEA 1UIEA 2YBNA 2YDGA 4HJVA 3EXDA 3P4ZA 4LT3A 4HTNA 4W96A 4GLVA 4TTDA 1JJ0A 133LA 1V7TA 2BQFA 4XJHA 1F0WA 1IP6A 1B7LA 4DD1A 1GE2A 3P65A 1HEOA 5LVKA 2DQHY 4PJ2C 1AZFA 1JTTL 2CWIA 4DDAA 1FBIX 1LYZA 2Z19A 3W6AA 4TSBA 2IHLA 5APDA 3RT5X 4GN4A 3CT5A 1EQ4A 6LYZA 1OP9B 1SLYA 3B0OA 1B5ZA 1YAQA 2HEBA 4NHTA 4TSCA 1FKQA 2DKVA 4PGJB 1JKCA 1LAAA 1UIBA 1DPWA 4H90A 3TXJA 1TCYA 3GXRA 2Z2EA 5KXWA 5B59A 1C43A 4ZFPA 1WVUA 1IORA 3TXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LGWA 1G7IC 4W52A 1LYGA 3VW7A 1L26A 5HMJA 1MLCE 1AM7A 1B6IA 232LA 1CU3A 4I7MA 212LA 3G3WA 2ZYPA 1C46A 1EQEA 1GXXA 1C6PA 1L0KA 245LA 4NGVA 4FJRA 3V2WA 4RW2A 4DD0A 1LZTA 1LOZA 1B7PA 1QTBA 2Q0MX 2DQJY 3QAKA 215LA 3FADA 4EOFA 1GAYA 4DD3A 3WPKA 5KXRA 2EPEA 1C66A 2BQEA 2ZNWY 2RSCA 1QDTA 4W53A 1P5CA 1G0MA 1L62A 235LA 1IP4A 1LYEA 2HEAA 1CKCA 3TXBA 1OYUA 2FYCA 198LA 1UCOA 2YBIA 1LKSA 1Z55A 2B70A 254LA 1LZ5A 4PJZA 1L47A 1LLHA 242LA 1L20A 4B4EA 1QT7A 1G1VA 4I0CA 4RW1A 1MELL 1UC0A 3CT0A 1B7SA 5DL9A 1JSEA 1INUA 2MEFA 1KXXA 1ZYTA 5ILCA 4CGEA 160LA 1XGRC 1L75A 1DYCA 4LYTA 4I7NA 2DQFC 4LGKA 209LA 1LHHA 1D2WA 3HDEA 5DN4A 3A8ZA 4LT0A 4Z46A 6LZMA 4W51A 1YROA 4MSTA 166LA 4H9BA 2QB0B 2RH1A 4OOTA 4BAPA 3HUKA 1C6CA 2LHMA 1C6GA 1C6IA 5KXMA 197LA 2F2QA 3WUMA 1LSYA 5M1YA 3AW6A 4M4OA 3GULA 1L73A 4QDNA 1NKHA 3JR6A 1C6BA 1AKIA 3NYAA 4WM1A 3DNAA 1LZNA 112LA 1P2RA 1GFVA 2FBDA 4ZEEA 3SB8A 1JHLA 3C7YA 1IVMA 1OUJA 1C62A 1GFEA 4R6CA 2F2NA 5K7OA 4IJ4A 4LDLA 1D9UA 130LA 1WTMA 1YANA 183LA 3DN0A 3L64A 4ANRA 1HEPA 2D6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7I C;  3WH1 A;  3LYT A;  1ALC A;  1LJK A;  4UWV A;  4BAF A;  1GEV A;  4H8Y A;  3WXU A;  1IC4 Y;  1OUA A;  4OWA A;  1YIL A;  2F30 A;  1LSP A;  1IWW A;  2G4N A;  1JSF A;  5AMY A;  5HMJ A;  1GAZ A;  5D5F A;  1MLC E;  3TMV A;  1LSA A;  5KXN A;  1AM7 A;  5D5C A;  4WLT A;  1HFZ A;  2ZYP A;  1HEM A;  1C46 A;  2HEE A;  4E3U A;  1EQE A;  2ZQ4 A;  3N9C A;  5C6J A;  1WQN A;  1GXX A;  3ATN A;  1IX0 A;  4NGV A;  1JKD A;  4FJR A;  1GB7 A;  5DN5 A;  4NG8 A;  5T3F A;  4RW2 A;  1XFP L;  4LYO A;  3ZEK A;  1B7M A;  4OOO A;  4DD0 A;  5KXK A;  2G4Q A;  4I8S A;  1LZT A;  1LZ8 A;  1AT5 A;  4B1A A;  1LOZ A;  1IC7 Y;  1CJ6 A;  1B5V A;  134L A;  1IWZ A;  1CJ8 A;  1XEK A;  1B7P A;  1GFR A;  1H87 A;  1REX A;  208L A;  1GBS A;  2PC2 A;  3J4G A;  4GN5 C;  5F16 A;  2ZIJ A;  5F14 A;  1ZVY B;  5B05 A;  3A6B Y;  1I1Z A;  3WVX A;  2Q0M X;  5C6L A;  5APF A;  2DQJ Y;  2HEF A;  5FDJ A;  4NGL A;  1LZ4 A;  2I26 L;  4YM8 A;  2G4P A;  1HER A;  4GLA A;  3P64 A;  1CNS A;  2YBH A;  5B1F A;  4EOF A;  1GAY A;  4DD3 A;  1IIZ A;  1GDX A; 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 4NSJ A;  4D9Z A;  3B0I A;  2H9J A;  5B06 A;  1LHI A;  1PZY A;  2BAA A;  2Z39 A;  3M3U A;  4QGZ A;  4GN3 A;  2DQC Y;  2LYZ A;  3P66 A;  5LIN A;  5IEL A;  3WU7 A;  1GPQ C;  3WU9 A;  2HUB A;  3EO5 A;  4B4I A;  2BLY A;  1HFX A;  1LZ6 A;  3W6B A;  4GCF A;  4EMN A;  1LSC A;  4OW1 A;  1LMA A;  3AYQ A;  1KIQ C;  1B5W A;  1UAC Y;  2AUB A;  4NGZ A;  1LHL A;  4N5R A;  4NGI A;  1RE2 A;  154L A;  3AZ4 A;  2DQG Y;  1YAM A;  1GFA A;  4LFX A;  4WLX A;  1XEI A;  2MEA A;  3N9E A;  3LHM A;  1QTK A;  1CKG A;  4QEQ A;  1CJ9 A;  4NGO A;  1G7J C;  1LZG A;  1BB5 A;  3HBD A;  2Z12 A;  5EBH A;  1GF6 A;  1D0L A;  1F6R A;  1IY4 A;  1QDR A;  1QSW A;  4G4C A;  1C08 C;  1GF5 A;  1JJ1 A;  3A93 A;  3HFM Y;  4C3W A;  4NGK A;  1QTE A;  1UIE A;  2YBN A;  2YDG A;  4HJV A;  3EXD A;  3P4Z A;  4LT3 A;  4HTN A;  4W96 A;  4GLV A;  4TTD A;  1JJ0 A;  133L A;  1V7T A;  2BQF A;  4XJH A;  1F0W A;  1IP6 A;  1B7L A;  4DD1 A;  1GE2 A;  3P65 A;  1HEO A;  5LVK A;  2DQH Y;  4PJ2 C;  1AZF A;  1JTT L;  2CWI A;  4DDA A;  1FBI X;  1LYZ A;  2Z19 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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