4GN5C

Obody am3l15 bound to hen egg-white lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags De novo protein/hydrolase
source organism Pyrobaculum aerophilum
publication title Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OBody AM3L15
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gn5C00
2DQJY 2N5ZA 2BQJA 1VFBC 1LJNA 5KKIA 1LSZA 1GF4A 1NMMA 3CT5A 1C46A 1LMPA 5F9XA 1LZAA 3AGHA 2RSCA 3A67Y 4NHPA 3AYQA 3P68A 2ZWBA 4ET9A 2HUBA 1GFVA 1HELA 1YKZX 5L3IA 4GN5C 4M6DA 1JITA 1LZ6A 2G4QA 4H8YA 2MEGA 4I8SA 1LZBA 2BLYA 2Z2EA 2BQBA 3HBDA 1IEEA 1NDGC 1GF3A 4H9BA 4OWEA 1GB3A 4YEOA 5KXRA 3A91A 4ETCA 2D4JA 3WUMA 4GCCA 5DN4A 1B7OA 4N1EI 1WQMA 1IWXA 1DKKA 3RW8A 4ETBA 1LSNA 5LYMA 5KXWA 207LA 4NHIA 1P2CC 4HV1A 1CKDA 4P2EA 1GBOA 4NY5A 4XN6A 3M18B 4GCEA 1YROA 2Z37A 2EKSC 3AGIA 4HSFA 1E8LA 1FKQA 1GAZA 1KXYA 5F9UA 1HSXA 5LYZA 3RT5X 1J1OY 1FLWA 2BLXA 4H8XA 4LT1A 4LYOA 1KIPC 1VEDA 2DQDY 1LZ5A 4H92A 4ETEA 1NBYC 4WM5A 4ETAA 3QY4A 1LJ3A 5KXYA 4LYTA 1IR7A 1GHLA 5KXSA 1GF6A 4WG7A 1IR8A 1YAMA 1LJ4A 4H9FA 2ZYCA 193LA 5HQ1A 1LYYA 1IP3A 1B7PA 2HTXA 3OJPA 1KIRC 1LZRA 4ET8A 2ZILA 5KXMA 1GFKA 1JSEA 1PS5A 1WQRA 5E4PA 1GFJA 1OUIA 1LJGA 2H5ZA 4TSCA 2YBJA 1YAQA 4KT3A 4NG8A 5HNCA 5LA8A 3A92A 1OUFA 2LHMA 4TWSA 4NFVA 4EMNA 1IP2A 4LFXA 1HFZA 1C10A 4GN4A 1RCMA 4NHTA 4NGVA 1B5UA 5APDA 1REZA 1JHLA 1VAUA 1QQYA 1I1ZA 4PJ2C 3W6CA 3CQLA 2Z38A 1BVXA 4N5RA 1RI8B 1BB3A 5FELA 4NGKA 1F6RA 1GB5A 4XJFA 1ZVHL 2YBMA 1LHMA 4TUNA 1GF7A 1IWUA 3OK0A 1GFRA 1CKCA 1GDXA 194LA 1IY4A 1B7LA 1UBZA 2EQLA 5I4YA 1LOZA 5M1YA 5F14A 1WQQA 4WO6A 1T6VL 2HU1A 4C3WA 4ANRA 2MEAA 1JPOA 1A2YC 5B07A 1LHIA 3TXJA 5D5FA 1XGTC 4U3XB 5HMJA 1LZGA 3B0OA 4B49A 5IDDA 3LN2A 1D9UA 1TCYA 2WARA 5L3HA 3B0KA 1HEMA 5ILCA 1BB6A 1EQ5A 1JJ1A 2EIZC 4HTKA 1CNSA 1RJCB 1LMOA 5FEKA 9LYZA 1QDRA 1HMKA 4BAFA 2A7FA 2CJLA 2ZIJA 2IFFY 2HEEA 4RW2A 1LSMA 1QUSA 4XYYA 4WM6A 134LA 1IOTA 1DPXA 1GB2A 4G4HA 4I0CA 4NIJA 1B5WA 1JTPL 4B0DA 3AZ6A 4OOOA 1B7MA 1CJ9A 1JKAA 3EBAB 4BAPA 1LZCA 1W6ZA 4J1AA 2FYDA 4NGJA 1DI3A 2HEBA 3CB7A 1B9OA 1JKBA 1G7IC 1TBYA 2CGIA 3IWRA 4GCDA 1YL0X 4NGZA 3TXFA 1WTNA 3AJNA 1NDMC 3A6CY 4LT2A 4N9RA 1QIOA 4AGAA 3A95A 3EMSA 4NEBA 2FBDA 4NG1A 2DQHY 1G7JC 1B7QA 4A7DA 2A7DA 5LIOA 4NSGA 1IC7Y 1LSDA 4QGZA 3TXIA 4H8ZA 3LYMA 3TXKA 1C45A 5LYTA 1LMTA 1LZEA 2ZNWY 5KY1A 1QTEA 1CKHA 1UIFA 3RNXA 1GEZA 1ALCA 3RZ4A 1AM7A 2LYZA 1J1XY 5LVJA 1BB7A 1KIQC 4IASA 4MSTA 1LSCA 5HNLA 132LA 1CKGA 1LHHA 3EO5A 3GXKA 3LYZA 3AW6A 4H9HA 3AB6A 4G4CA 1PZYA 1B5ZA 5DLAA 1HEQA 5HMVA 3M3UA 2DQAA 3BKHA 1WVUA 1GXV2 1LSEA 1XGQC 2DQIY 1AKIA 1WVVA 2PC2A 2ZIKA 1HSWA 1LZYA 1O23A 3EXDA 1GB6A 1GBWA 1GWDA 4ETDA 1H87A 4DDBA 3B0IA 1JISA 1GEVA 3HFMY 3WU9A 2DKVA 1B7NA 4WM3A 1BHZA 3N9EA 4CFOA 3CSRA 1WQNA 2C8PA 1OQMA 3G3AB 1DPWA 1QSAA 4H9IA 1B5XA 1JSFA 4HPEA 3TXGA 1MELL 3HBEX 5I4WA 1OUAA 1MLCE 1OUGA 4XADA 4H90A 4RLMA 3WH1A 4YOPA 4B4EA 1NBZC 5LAGA 1GFUA 2ZYPA 1GE4A 2I25L 4H1PA 4N8ZA 4OWBA 4Z98A 4PRQA 4OWAA 2GV0A 4HTQA 4PGJB 1JJ3A 1REYA 5IHGA 1HC0A 1LZ1A 1LYSA 3LZTA 4DDAA 4XJBA 1DI5A 2H9KA 1RE2A 3IJVA 2MECA 4WOAA 1LYZA 4H9AA 1LZTA 2W1MA 4WM2A 3CSQA 2BQMA 4OWHA 1GE0A 4UWNA 5DM9A 1DXJA 1SLYA 1LYOA 3LHMA 1GDWA 2DBTA 3ZVQA 4E3UA 2YDGA 3LYTA 4B4IA 1OUBA 3HBHA 5DL9A 2G4PA 5B06A 1GFAA 1FDLY 1GBSA 2XTHA 1AT6A 1J1PY 4TSBA 1IORA 1LJHA 1CKFA 4NGIA 3T6UA 4HJVA 3WU7A 1JEFA 1F6SA 1HHLA 1GBZA 5LINA 5A3ZA 3AZ5A 4N0JA 5E9RA 4WL6A 5C6LA 1IX0A 4YF2A 1IWWA 5APEA 4KXIA 4B1AA 1LZSA 3P4ZA 1IP5A 4EOFA 1HNLA 4HTNA 4PPOA 154LA 2Y8PA 5KXLA 4LT0A 2FYCA 1IIZA 1BWIA 5LVGA 3ATNA 5KXKA 1XSFA 5B59A 4G4BA 2BQEA 1LKRA 4H94A 4FDYA 1UIAA 1YQVY 1GFHA 5KXTA 1VDQA 3WW6A 2BQFA 1HEOA 2XBRA 4XENA 3A6BY 2BQOA 2W1XA 4NHSA 2I26L 2F4GA 2YSSC 3SP3A 3ZEKA 1D0LA 5LXWA 1GB8A 3A3QA 1G7HC 3N9CA 4CFPA 2DQFC 5AMYA 5APFA 3W6DA 1LSGA 2HU3A 3CSZA 1FKVA 1LCNA 2H9JA 3GXRA 4NSIA 4WM4A 5K7OA 1B0DA 1IOCA 1B5VA 1T3PA 1UIBA 1EQ4A 1FLYA 4ZIXA 1LHLA 4MCKA 4HJZA 2MEEA 4CJ2A 1IY3A 5KXZA 2YBLA 4WLTA 3ZVQB 5II3A 5JENB 1LHJA 4WO9A 4H91A 1IC5Y 4GCBA 1TDYA 4LZTA 4R0FA 1UUZC 3AW7A 5FSTA 4CHXA 5KXOA 1YKYX 1BWJA 1HFYA 1REMA 1UIDA 1BB4A 1QTKA 2AUBA 2Z19A 2Z12A 5DN5A 1LJKA 2BQNA 3D3DA 2Z18A 3WYHA 4TTDA 2YBHA 2G4NA 4GCFA 1LSFA 4MR1A 3B6LA 1GB0A 1JWRA 4OW1A 1UCOA 4IJ4A 4UWUA 4NSJA 1B7SA 2MEHA 4B4JA 1LSBA 1QSWA 4ZEEA 3WPJA 5KXXA 1GE1A 1XGPC 4H9EA 3RU5A 1LSPA 4RLNA 1IVMA 4BS7A 1GF9A 1INUA 2Q0MX 1I56A 2I6ZA 1C08C 5APCA 4HPIA 1OUEA 1UA6Y 3W3EA 1LTMA 2F30A 4HV2A 4J7VA 4H93A 4WLXA 1IOSA 5ILFA 1AZFA 1IC4Y 5FDJA 5LVKA 3TXBA 1XEKA 4WMGA 5T3FA 1F0WA 1OUDA 1JUGA 5B05A 1NHEA 3T36A 3TXDA 2LYMA 2CWIA 4XJGA 4AXTA 2YBIA 4N1CC 4OOTA 1TEWA 4DD2A 3W6EA 3E3DA 4LYBA 4G9SA 4NWHA 3WULA 5EBHA 1C43A 1OUJA 1GFEA 2X0AA 3BKVA 4LYMA 1GF5A 6LYTA 1JIYA 1GAYA 1RFPA 2XJWA 153LA 2B5ZA 1GFGA 2HEFA 4CGEA 1LJIA 3TXEA 5LA5A 1UC0A 2DQGY 1IWZA 1LSYA 4X3BA 2MEFA 4KL7A 1UIGA 1D0MA 4PRUA 2F2NA 2NWDX 1BWHA 1LSAA 2BQAA 4LYCA 4M4OA 1GF0A 3CT1A 3K3TA 2W1YA 2ZQ4A 1GPQC 4NHQA 4NSHA 2F4AA 2ZQ3A 4DYGA 3A94A 1YL1X 3KAMA 4FJRA 1C7PA 1LKSA 1LJJA 1HF4A 1EL1A 2MEIA 4NGLA 5FCPA 1AT5A 3B72A 1F10A 4YEMA 1FN5A 8LYZA 1GXXA 3AZ7A 4XJDA 4BADA 5I4XA 1LZDA 5LVHA 2MEDA 2YVBA 1LJEA 1N4FA 1WTMA 1XEIA 1G7MC 1YKXX 4KPMA 1V7TA 2BQKA 3J6KA 1NF5A 1NWGA 4WLDA 4XJIA 1LMAA 5B1GA 4HJYA 2LZ2A 3A34A 1NQIA 1B7RA 4LFPA 4DWXA 5HLLA 5C6JA 3A3RX 1FLUA 1QUTA 3W6AA 1BB5A 2HEAA 1DQJC 3LZ2A 1B2KA 7LYZA 2BQHA 3FI7A 4W94A 4XJHA 5F16A 1I20A 3VWOA 4Z41A 4DC4A 4O34A 4DD1A 4IATA 1IP4A 3WVXA 1DI4A 3D9AC 4D9ZA 3TMWA 5C6IA 3G3BB 2D6BA 3FE0A 3J4GA 3WMKA 4PHIA 1JKCA 2BAAA 1IWVA 1GB7A 4NGOA 3P65A 1LJFA 2D4KA 5KXNA 2C8OA 4DD3A 4Z46A 1LZ9A 3WUAA 4ML7A 1OP9B 5KJ9A 1IP7A 1TAYA 1W08A 1CJ7A 5LAFA 3WL2A 1REXA 2W1LA 1YAPA 4J1BA 1YAOA 1GE3A 1LZ8A 1IWTA 4YM8A 4W96A 2IHLA 1IO5A 4ZFPA 1KXWA 5I5QA 4DDCA 3WXTA 1IOQA 1GB9A 2BQGA 1NKHA 3N9AA 1IR9A 1XFPL 5F81A 1VDPA 1HERA 3A8ZA 1XEJA 4NGYA 5A3EA 5B1FA 2XBSA 1YILA 1HEPA 2LYOA 1H6MA 2VB1A 2Z2FA 3AZ4A 1IP1A 3WVYA 1JJ0A 3TMXA 2YBNA 1IWYA 1XGUC 135LA 4GLAA 3A90A 1D6PA 3AGGG 4NWEA 4YENA 1CJ8A 1LMCA 1ZVYB 3WU8A 4DD7A 1VDSA 1D0KA 2ZNXY 1FBIX 1LMQA 4J0LA 1ZV5L 4LT3A 4QY9A 1GFTA 1HEWA 1JTTL 1LMNA 5D5CA 1GF8A 4WLYA 1HFXA 3WXUA 1G7LC 1UIHA 1CJ6A 1GD6A 1Z55A 2CDSA 3IJUA 133LA 1HMLA 3LYOA 5FHWA 3ULRA 5J7CA 2Z39A 3CT0A 5I53A 1GBXA 2BQIA 4QDNA 4GN3A 2BQLA 3TMVA 4DD9A 4Z3MA 1LPIA 2EPEA 1BVKC 4WM1A 4II8A 3W6BA 2BPUA 1LAAA 1OUHA 1SQ2L 2MEBA 1EQEA 4RW1A 3WPLA 3F6ZA 1YIKA 5I54A 1YANA 3QE8A 1BGIA 4WL7A 4RDSA 1LHKA 1UIEA 4DT3A 1ZMYL 4LYZA 1VDTA 208LA 2D91A 4R6CA 1DZBX 1WQOA 4GLVA 3MGWA 4LGKA 3A96A 3A93A 4WG1A 1V7SA 1KXXA 6LYZA 1XGRC 4HP0A 4TX7A 4L41A 4QEQA 1D6QA 3WPKA 4H9CA 3P66A 1QDTA 4NGWA 3TMUA 2BQCA 1VATA 5L9JA 1A4VA 1GE2A 3WUNA 1LZ4A 5IELA 1IP6A 1UACY 1JKDA 2HECA 4OWCA 1B5YA 1GBYA 3W6FA 4G49A 1LZNA 1BQLY 2DQCY 3WW5A 5KKJA 1DKJA 1FLQA 1WQPA 4C5FA 2LZTA 1OUCA 3TXHA 2D4IA 2BQDA 4UWVA 3P64A 2HEDA 5KXPA 4DD0A 3ATOA 5LVIA 2DQEY 1JTOL 3QNGA 1UICA 2FBBA 1HENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJNA 1LMPA 3AGHA 2RSCA 3A67Y 4NHPA 195LA 4ET9A 2HUBA 1YKZX 4GN5C 1LZ6A 4I8SA 4DQ5A 1GB3A 4LDLA 4ETCA 2D4JA 4GCCA 5DN4A 1B7OA 1C6TA 3RW8A 5LYMA 4NHIA 1P2CC 4HV1A 1L16A 2EKSC 3C81A 1KXYA 4W53A 5LYZA 1J1OY 238LA 2DQDY 1LZ5A 1C61A 3QY4A 5KXYA 1LI6A 4H9FA 3V2YA 3OJPA 1L54A 1QT4A 1WQRA 1YAQA 168LA 1QTCA 3CDVA 4NFVA 1C10A 4NHTA 3DMVA 3PDSA 4LZMA 5APDA 1QQYA 1C6HA 1BVXA 108LA 4NGKA 4XJFA 1ZVHL 1LHMA 1GFRA 3RZEA 1GDXA 1B7LA 3G3VA 3GUOA 258LA 5F14A 4WO6A 1T6VL 4ANRA 2MEAA 3TXJA 5D5FA 3SB8A 1D9UA 1TCYA 3JR6A 5L3HA 1HEMA 1BB6A 4HTKA 1C6JA 1QS9A 149LA 2HEEA 4RW2A 1QUSA 4I0CA 1B5WA 1JTPL 4B0DA 1JKAA 4W55A 2FYDA 231LA 1DI3A 2HEBA 3CB7A 1TBYA 2CGIA 4NGZA 3C8QA 3TXFA 3C7WA 220LA 4N9RA 1QIOA 146LA 236LA 180LA 166LA 4NG1A 1B7QA 176LA 228LA 4A7DA 2A7DA 4NSGA 1IC7Y 1T8GA 1QTEA 3RNXA 1ALCA 2LYZA 1J1XY 219LA 1BB7A 4MSTA 167LA 4BAFA 3GXKA 3OE0A 1PZYA 1LI3A 1HEQA 3M3UA 2B6WA 1GXV2 1XGQC 3F8VA 1L28A 2DQIY 1WVVA 1L87A 2ZIKA 1GWDA 1L94A 1H87A 1GEVA 3HFMY 3WU9A 2LZMA 1BHZA 3N9EA 3CSRA 1WTHA 2C8PA 1DPWA 4H9IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DQJ Y;  2N5Z A;  2BQJ A;  1VFB C;  1LJN A;  5KKI A;  1LSZ A;  1GF4 A;  1NMM A;  3CT5 A;  1C46 A;  1LMP A;  5F9X A;  1LZA A;  3AGH A;  2RSC A;  3A67 Y;  4NHP A;  3AYQ A;  3P68 A;  2ZWB A;  4ET9 A;  2HUB A;  1GFV A;  1HEL A;  1YKZ X;  5L3I A;  4GN5 C;  4M6D A;  1JIT A;  1LZ6 A;  2G4Q A;  4H8Y A;  2MEG A;  4I8S A;  1LZB A;  2BLY A;  2Z2E A;  2BQB A;  3HBD A;  1IEE A;  1NDG C;  1GF3 A;  4H9B A;  4OWE A;  1GB3 A;  4YEO A;  5KXR A;  3A91 A;  4ETC A;  2D4J A;  3WUM A;  4GCC A;  5DN4 A;  1B7O A;  4N1E I;  1WQM A;  1IWX A;  1DKK A;  3RW8 A;  4ETB A;  1LSN A;  5LYM A;  5KXW A;  207L A;  4NHI A;  1P2C C;  4HV1 A;  1CKD A;  4P2E A;  1GBO A;  4NY5 A;  4XN6 A;  3M18 B;  4GCE A;  1YRO A;  2Z37 A;  2EKS C;  3AGI A;  4HSF A;  1E8L A;  1FKQ A;  1GAZ A;  1KXY A;  5F9U A;  1HSX A;  5LYZ A;  3RT5 X;  1J1O Y;  1FLW A;  2BLX A;  4H8X A;  4LT1 A;  4LYO A;  1KIP C;  1VED A;  2DQD Y;  1LZ5 A;  4H92 A;  4ETE A;  1NBY C;  4WM5 A;  4ETA A;  3QY4 A;  1LJ3 A;  5KXY A;  4LYT A;  1IR7 A;  1GHL A;  5KXS A;  1GF6 A;  4WG7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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