152LA

Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNCFEMLRCDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 54
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 152lA00
236LA 1CVKA 1CTWA 1L93A 1L95A 3K2RA 1L06A 186LA 1JTMA 2O79A 3VW7A 109LA 1C6DA 1KNIA 1B6IA 1OWZA 1CU5A 2B6WA 4GBRB 3RZEA 1QT4A 158LA 2OU0X 3HT9A 4ARMA 4EPIA 4W52A 1QUHA 1C6CA 1L48A 260LA 3CDTA 137LA 3HWLA 1XEPA 127LA 1KY0A 1OVHA 3CDOA 2OEAX 1L49A 1L11A 1LGUA 1CU0A 1L42A 1L24A 1CUPA 170LA 1G1VA 3C7YA 1QTDA 1LYEA 145LA 1DYBA 1L47A 4W56A 3HTFA 3HTDA 1L22A 3NY8A 221LA 2IGCA 1L92A 1D2WA 4EKQA 1LYJA 1ZYTA 241LA 1LLHA 1C6NA 3DNAA 1C6GA 1C6QA 3GUOA 1L81A 3OE9A 4YXCA 1L39A 1L45A 118LA 140LA 1C64A 1G0QA 112LA 3OE8A 1QUGA 1L00A 1C6LA 1CV4A 1L35A 7LZMA 3DN8A 1NHBA 227LA 3GUJA 1JTNA 1KW5A 2B6XA 120LA 1LYIA 1QS5A 1SX7A 1L50A 1L55A 3D4SA 1QUOA 3HU8A 2ANVA 178LA 4W55A 1L66A 156LA 2HULA 1C65A 3UONA 126LA 4YXAC 2F47A 4YX7C 1C62A 1P6YA 1LYGA 1L03A 168LA 1L44A 1L15A 1SSWA 1KY1A 1DYCA 102LA 1L82A 4I7OA 152LA 2OTYX 1OV5A 1L85A 2RBNA 1C60A 1SWZA 1D3MA 1L75A 4GRVA 1LGXA 1D9WA 1L68A 1P46A 2NTGA 4I7LA 1C6PA 2B73A 4I7JA 1L01A 4I7NA 181LA 3SBAA 1L86A 243LA 4EKSA 150LA 128LA 3C8RA 174LA 1WTHA 261LA 1P56A 1L51A 1L07A 1L61A 1CV0A 229LA 3DN1A 1L54A 1QS9A 1L43A 1L76A 3DMXA 171LA 2RB0X 1P7SA 3G3WA 1L14A 4W59A 1L37A 4W53A 3HT8A 1L98A 2O7AA 3HH6A 189LA 222LA 4ARQA 177LA 108LA 1P64A 1C6HA 1L29A 1TLAA 1L80A 1C67A 2B7XA 1G0PA 4EKPA 2L78A 1L12A 1T8GA 1LW9A 1QTZA 192LA 210LA 205LA 4S0WA 223LA 4DKLA 1PQDA 2Q9EA 161LA 2B6ZA 3HU9A 2RH1A 1ZURA 3SBBC 1QT8A 258LA 220LA 3HTGA 232LA 246LA 3L64A 4EJ4A 1EPYA 1L96A 1L53A 219LA 4ZPUA 3OE6A 2QARC 6LZMA 157LA 1JQUA 3DN6A 1L90A 233LA 1L46A 1L32A 209LA 3F8VA 1P5CA 3NYAA 4LDOA 1L10A 211LA 142LA 1L20A 1OVKA 3LZMA 4LDEA 1G0MA 122LA 185LA 1G0GA 146LA 4ARJA 1L25A 255LA 1G0JA 3SN6R 1D3JA 148LE 110LA 2OU9A 151LA 1L65A 1L73A 107LA 1C6KA 3C7ZA 1L60A 2B75A 1L97A 4I7PA 252LA 254LA 3QAKA 1QSBA 1OV7A 173LA 215LA 2B70A 1L79A 1LWGA 1P36A 3SB7A 1L77A 2B6TA 200LA 247LA 1L16A 160LA 1XJUA 3C8QA 1ZWNA 1C63A 1L34A 2NTHA 1DYDA 111LA 1P2RA 3HDFA 1G1WA 2ANXA 3C82A 4ARPA 218LA 240LA 235LA 4EKRA 1L18A 256LA 225LA 182LA 183LA 3V2YA 217LA 1G0KA 3OE0A 1LGWA 1L27A 3PDSA 1L30A 1L59A 113LA 190LA 4EPFA 1L99A 143LA 1LI2A 224LA 4K5YA 1PQIA 2RAZX 3DN2A 3C80A 201LA 197LA 1C66A 1LI3A 187LA 2B72A 1L08A 1L56A 1L0KA 167LA 3SB8A 1L71A 4I7QA 242LA 1G07A 3HT7A 2RB1X 1C6IA 1QTVA 238LA 2LZMA 199LA 1C6MA 1C6BA 3NY9A 1C6EA 1L70A 166LA 4LDLA 1CX7A 1CV6A 1L13A 1CUQA 1OVJA 4ARMB 244LA 1C6AA 1LWKA 129LA 257LA 3JR6A 4IAPA 1C6FA 1QUDA 3HT6A 2O4WA 3GULA 1QT5A 1L67A 115LA 1KW7A 4PJZA 1I6SA 3GUKA 5I14A 1QTBA 191LA 262LA 1G06A 3CDVA 1CV1A 1K28A 213LA 1L28A 3G3XA 3GUPA 1QSQA 4W57A 103LA 1LI6A 4I7SA 155LA 1DYEA 1L62A 3FADA 1L36A 3RUNA 3GUMA 1D3FA 212LA 1L58A 3SB6A 1C69A 172LA 1L63A 1C68A 249LA 2OTZX 2Q9DA 2B74A 2RBQA 3DMZA 250LA 162LA 1P2LA 1SWYA 3PBLA 1C6TA 3FA0A 125LA 1L40A 2OE4X 2B6YA 1CU2A 1L72A 3C7WA 1T8FA 1C6JA 2RBPA 3DKEX 2F2QA 169LA 3EMLA 1L87A 2HUKA 1D3NA 228LA 3HH4A 4OO9A 3C83A 1L17A 2RBOA 4E97A 1G0LA 131LA 1DYFA 1L91A 237LA 1L31A 3HTBA 4DJHA 1L33A 188LA 1L26A 2F32A 1L02A 3V2WA 4AQNA 1CU6A 3DN0A 253LA 164LA 147LA 1CV5A 1LYFA 119LA 4I7KA 1L23A 138LA 2CUUA 1CV3A 1LYDA 3CDQA 2A4TA 231LA 2HUMA 1P3NA 1PQOA 4ARLA 3FI5A 245LA 1L52A 2OE7X 3HUQA 4DAJA 5LZMA 1SX2A 214LA 1SSYA 144LA 234LA 184LA 1T6HA 2OE9X 1QT7A 1L21A 2OU8A 206LA 1D2YA 1L84A 196LA 2LCBA 3F9LA 4EXMA 195LA 1OYUA 2Z6BA 230LA 1PQKA 2RBRA 114LA 3HH3A 3GUNA 3C8SA 1LPYA 149LA 4I7MA 1P37A 1L04A 2RB2X 3G3VA 4ARQB 4W54A 3DN3A 1QT6A 1L05A 2QB0B 176LA 2RBSA 1L89A 259LA 3DMVA 1L83A 163LA 1QTCA 226LA 2RAYX 1L19A 3HH5A 130LA 3SB9A 1DYAA 251LA 104LA 1L09A 1CX6A 3SB5A 4LZMA 3C81A 1C61A 1PQJA 3HUKA 1L57A 239LA 1KS3A 1L64A 3DN4A 1L69A 1T97A 198LA 1XJTA 3L2XA 4I7RA 3CDRA 3HDEA 3HUAA 4I7TA 139LA 1L94A 1PQMA 4W51A 165LA 2LC9A 3GUIA 175LA 1CU3A 216LA 1L41A 3ODUA 1QTHA 180LA 4PK0A 1OWYA 1LYHA 1L74A 1L88A 1QT3A 248LA 4W58A 1L0JA 1T8AA 141LA 1DYGA 123LA 1L38A 159LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HTKA 3TXJA 1FN5A 3ZVQB 3VW7A 109LA 4TSCA 1GBXA 3TMVA 4QY9A 1FDLY 1CU5A 1CNSA 1B7SA 3ZEKA 1IOTA 158LA 3HT9A 4NGJA 5KXLA 4LYBA 3HWLA 1J1OY 1XEPA 4M6DA 1KY0A 135LA 4HJVA 2OEAX 2XBSA 1TEWA 3C7YA 2MEFA 145LA 3FE0A 1GB7A 5HQ1A 3HTFA 5LYZA 4WO6A 4WL7A 1LCNA 3NY8A 5DL9A 4DD9A 1XEIA 1BB4A 5C6IA 4EKQA 241LA 1LLHA 3ATOA 3DNAA 1C6GA 2D4KA 1L39A 4KXIA 3W6FA 1L45A 118LA 1HEOA 7LZMA 1OUIA 5APFA 2BQMA 227LA 1RJCB 1B7RA 1KW5A 3AZ7A 3G3BB 5IDDA 120LA 1LYIA 2Y8PA 4WMGA 1DQJC 3D4SA 2ANVA 4GCFA 4NSHA 1W6ZA 1L66A 156LA 4WLYA 126LA 1AZFA 1CKHA 2F47A 4YX7C 4PJ2C 5ILFA 1IO5A 5F81A 4J0LA 1GFKA 1SSWA 1HMKA 1IOSA 1L75A 1LZRA 4NGYA 4WL6A 2C8OA 2FYDA 1C6PA 3EMSA 1QSAA 2B73A 4NHQA 1UACY 2HEFA 2FYCA 1IP2A 4Z41A 128LA 1LHLA 1FKQA 1L61A 6LYZA 1L76A 1LZ1A 2RB0X 5EBHA 3G3WA 1L14A 1L98A 2O7AA 3HH6A 3TMUA 189LA 108LA 1P64A 1GB6A 1C6HA 1LJGA 1L29A 2ZWBA 2B7XA 5B05A 2A7DA 1LZEA 4H9BA 1DPWA 192LA 1DI5A 2Q9EA 1GDXA 161LA 1LZ8A 3WMKA 2RH1A 4AXTA 2DQIY 4U3XB 220LA 1MELL 3L64A 4GN3A 4YEOA 3IJVA 2XTHA 3HBHA 4CFPA 6LZMA 1JQUA 1D6PA 2Q0MX 233LA 1L46A 1L32A 5II3A 2HEEA 4NGVA 1ALCA 4BAFA 1GF8A 211LA 1G0MA 185LA 1LHKA 1G0JA 1HEWA 4NSIA 148LE 4PHIA 151LA 1B7NA 3RT5X 1C6KA 2B75A 1L97A 1VEDA 1LSZA 1LHIA 5KXRA 3P66A 1LWGA 1WQPA 1P36A 3SB7A 1QTEA 200LA 247LA 1IY3A 1HFYA 2D6BA 4WLTA 3RZ4A 1P2RA 3C82A 235LA 3CSRA 1L18A 4LFXA 1T3PA 1L30A 2ZQ4A 4NGKA 1OUFA 2BLYA 1PQIA 153LA 3C80A 1C66A 3WUAA 5I54A 2B72A 1L08A 5FHWA 1L0KA 4NSGA 1L71A 2F2NA 4GLAA 4HV2A 4YEMA 9LYZA 1C6MA 166LA 4LDLA 1A4VA 5APEA 1OVJA 1YILA 244LA 1C6AA 1JJ3A 1NBZC 257LA 3JR6A 4IAPA 1QUDA 1QT5A 1LJ3A 2F4AA 1KW7A 2WARA 1LYOA 3GUKA 5APCA 3TXEA 4B49A 1UIHA 3CDVA 4YF2A 1CV1A 213LA 1FLUA 4GCEA 5KJ9A 1VDTA 5B1FA 4HSFA 155LA 1CJ6A 4AGAA 1GF9A 2MEAA 2W1YA 3FADA 3WXTA 5D5FA 172LA 4WG7A 1IC7Y 1YQVY 1KIQC 4N1EI 2RBQA 1LZCA 3TXGA 5I53A 2LYOA 1C6TA 1WQMA 2OE4X 1CU2A 4H9FA 3DKEX 1G7LC 1YAPA 1L87A 1D3NA 5FELA 1NQIA 2RBOA 4E97A 1L91A 3HTBA 1GEZA 4RLMA 4J1BA 1YKXX 4DWXA 3DN0A 1C08C 3AW7A 5LA8A 138LA 2CUUA 1LZ4A 3M3UA 4ARLA 245LA 4NWHA 2OE7X 1SLYA 2AUBA 4DAJA 1NKHA 4TUNA 3EBAB 1SSYA 4H9EA 206LA 1VAUA 4WO9A 1D2YA 1JKCA 3AJNA 1OYUA 5HMJA 4CJ2A 1OP9B 3HH3A 1TBYA 4WM4A 2N5ZA 1LMPA 4I7MA 1P37A 5KXNA 2RB2X 1I1ZA 1KIRC 2RBSA 1DKJA 3W6BA 176LA 2BQNA 3DMVA 1LZSA 1GBYA 1HC0A 2RAYX 1L19A 1XEKA 1JUGA 1JKDA 1DYAA 2DQCY 1IR7A 1CX6A 3HUKA 3C81A 1PQJA 2BQAA 1LMAA 4G9SA 1LSPA 1L64A 3DN4A 2C8PA 1F10A 2BQGA 4J1AA 1QTKA 1GB2A 1LYSA 194LA 1B0DA 139LA 1IC5Y 4W51A 1IEEA 2EKSC 2LC9A 2YBNA 1YL0X 4NY5A 1F0WA 1QTHA 4PK0A 1LYHA 1QT3A 4LT0A 248LA 4W58A 1L0JA 4ETAA 1T8AA 236LA 1L93A 1L95A 3K2RA 3B6LA 1JTMA 1EL1A 4QEQA 3AW6A 4I0CA 3RZEA 1RE2A 1QT4A 1WQOA 5KKJA 1REYA 2X0AA 1C7PA 4ARMA 1LZ9A 2HU3A 2LZTA 5KXXA 1NWGA 5FSTA 3CDTA 5LYMA 1D9UA 1OUEA 1C43A 1GB9A 5B06A 1L49A 2DBTA 2MEDA 1UIAA 1ZVYB 1GHLA 1YKYX 2DQJY 170LA 1G1VA 1XGQC 1DYBA 3HTDA 1WQRA 1NMMA 1J1PY 221LA 1D2WA 1B7MA 2LYZA 1HEMA 1IC4Y 4OWHA 1JIYA 1C6QA 2ZIKA 1L81A 1IP1A 1LAAA 1DXJA 1FLWA 4YXCA 1C64A 1C6LA 1IORA 3DN8A 3GUJA 1GF3A 3A90A 1QS5A 1GB5A 1L55A 1QUOA 3HU8A 1DPXA 3CQLA 4W55A 5DN4A 1B5WA 1C65A 4ZFPA 3FI7A 1GBWA 1GF0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HTK A;  3TXJ A;  1FN5 A;  3ZVQ B;  3VW7 A;  109L A;  4TSC A;  1GBX A;  3TMV A;  4QY9 A;  1FDL Y;  1CU5 A;  1CNS A;  1B7S A;  3ZEK A;  1IOT A;  158L A;  3HT9 A;  4NGJ A;  5KXL A;  4LYB A;  3HWL A;  1J1O Y;  1XEP A;  4M6D A;  1KY0 A;  135L A;  4HJV A;  2OEA X;  2XBS A;  1TEW A;  3C7Y A;  2MEF A;  145L A;  3FE0 A;  1GB7 A;  5HQ1 A;  3HTF A;  5LYZ A;  4WO6 A;  4WL7 A;  1LCN A;  3NY8 A;  5DL9 A;  4DD9 A;  1XEI A;  1BB4 A;  5C6I A;  4EKQ A;  241L A;  1LLH A;  3ATO A;  3DNA A;  1C6G A;  2D4K A;  1L39 A;  4KXI A;  3W6F A;  1L45 A;  118L A;  1HEO A;  7LZM A;  1OUI A;  5APF A;  2BQM A;  227L A;  1RJC B;  1B7R A;  1KW5 A;  3AZ7 A;  3G3B B;  5IDD A;  120L A;  1LYI A;  2Y8P A;  4WMG A;  1DQJ C;  3D4S A;  2ANV A;  4GCF A;  4NSH A;  1W6Z A;  1L66 A;  156L A;  4WLY A;  126L A;  1AZF A;  1CKH A;  2F47 A;  4YX7 C;  4PJ2 C;  5ILF A;  1IO5 A;  5F81 A;  4J0L A;  1GFK A;  1SSW A;  1HMK A;  1IOS A;  1L75 A;  1LZR A;  4NGY A;  4WL6 A;  2C8O A;  2FYD A;  1C6P A;  3EMS A;  1QSA A;  2B73 A;  4NHQ A;  1UAC Y;  2HEF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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