1DI4A

Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 46
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1di4A00
153LA 1FLYA 2WARA 3AZ5A 4ZIXA 1YL0X 1LKRA 1LSCA 2RSCA 1HENA 1B5XA 1WQQA 4XJBA 5LXWA 5EBHA 1B7NA 2FYDA 4J1AA 1IP2A 4XYYA 1C43A 1GB0A 1JWRA 3A90A 3AGIA 5LVKA 3A6CY 3P68A 5KXTA 1HEOA 1P2CC 3MGWA 1HSXA 1LSDA 5B1FA 3CT0A 4CJ2A 1TEWA 3N9CA 2YBLA 4ZEEA 1IP3A 1LJFA 1B9OA 3LYOA 3F6ZA 5F9XA 3HBHA 1C45A 4WLDA 1QSAA 1T3PA 1OUIA 2BQIA 2G4QA 3LZTA 2F2NA 4LT2A 2Z12A 1JPOA 4PJ2C 4CFPA 3EBAB 1A4VA 4YF2A 1LZAA 1BB6A 1CNSA 4N1EI 2VB1A 3WPLA 5F14A 4WM4A 3WW6A 1LZEA 3ATNA 4TSCA 3A3QA 2ZNXY 1B7LA 1F0WA 4DT3A 1DKKA 5B1GA 4IJ4A 1EQ5A 5D5FA 4GN4A 1OUEA 4RW1A 1JUGA 1LJ3A 4WM6A 4DD9A 1UIFA 4G49A 4G4CA 2MEFA 3WMKA 4TSBA 1RCMA 2ZNWY 1G7HC 1CJ9A 2D4KA 3RW8A 1GDWA 3W6BA 1BWHA 3TXGA 1WQPA 1AM7A 4G4BA 4N8ZA 1WVVA 4WM3A 5B06A 1JKDA 1HMKA 3TMUA 5IHGA 3FI7A 1LSAA 1DPWA 1ZV5L 2EQLA 1GF8A 1T6VL 3TMXA 1IWZA 1GD6A 5ILCA 1JKCA 1VATA 4H93A 1LMTA 1LJ4A 4H8YA 3WXUA 1B5YA 3CSZA 1HEQA 2ZIKA 3ZVQB 1GDXA 1LZTA 3A34A 1JTOL 1LMPA 1GE4A 3GXRA 1IR8A 2BQLA 1MELL 4N0JA 4YEMA 1IWUA 5KXWA 1V7TA 5E9RA 4NFVA 1D0MA 3SP3A 5C6JA 2BQMA 1G7IC 4Z98A 4B4IA 4A7DA 2BQEA 1GB6A 2ZIJA 1J1PY 5M1YA 1GF6A 2ZWBA 4U3XB 1SQ2L 1FBIX 1GEVA 1LHHA 2BQHA 4ANRA 1OP9B 1F6RA 4DDAA 4YM8A 4NEBA 1GB2A 4LT3A 4RLMA 1KIQC 5A3ZA 2BQDA 4NSIA 3A96A 4PRQA 5FCPA 2BQBA 2BQFA 2HECA 2ZILA 4HV2A 5B07A 3RNXA 1LSBA 4GN5C 4CGEA 1GFJA 2HU3A 4KT3A 4HJZA 4RW2A 1UA6Y 2MEDA 1UCOA 4NGLA 4GLVA 1XGPC 4GLAA 2MECA 1XSFA 4NHIA 5KXYA 4M6DA 3AJNA 3WULA 3CQLA 5I4WA 5LA5A 4WLTA 5C6LA 3WVYA 2W1YA 1B7PA 3HBDA 5FHWA 5I54A 1NDGC 2MEAA 1GF0A 154LA 3TXEA 3A94A 2I6ZA 1GBYA 5K7OA 1F6SA 5I4YA 5LVJA 1LHLA 1NBYC 1HELA 4NHPA 1LSZA 4NWHA 4XN6A 1JIYA 5DLAA 2MEBA 4ZFPA 1LZBA 2BQAA 2BLXA 1UACY 2Z39A 5HQ1A 1LOZA 1HFZA 2YSSC 2CGIA 134LA 2MEGA 1LHJA 5KY1A 2G4NA 4NGOA 1IY4A 1LYYA 3TMVA 5E4PA 3W6FA 1C46A 1OUCA 4WOAA 1IORA 4ETAA 4LYCA 2LZ2A 4WMGA 4QY9A 2D6BA 1E8LA 3RZ4A 2X0AA 2G4PA 4B0DA 3RU5A 4XADA 2HUBA 1OUBA 4I0CA 5DL9A 5HLLA 1AKIA 1JKAA 2Z2FA 3LHMA 4NSHA 3ATOA 1I56A 1LJJA 1LZYA 3AW7A 1LZ6A 1GF3A 1RE2A 1UC0A 1BB3A 1WQRA 1J1OY 1BHZA 3CT5A 2W1MA 1REMA 1YAPA 1NWGA 4G9SA 6LYTA 1GFKA 1GFTA 4LYMA 4LGKA 1TDYA 1HEPA 1VDPA 3D3DA 4NSJA 1FKVA 1QUTA 1C08C 1W08A 3AB6A 3LYZA 4DWXA 4XJDA 4GCCA 1NF5A 1GB8A 2LZTA 1LZDA 1NQIA 1AT6A 1UBZA 1LZCA 1IOTA 4X3BA 4H90A 4PPOA 4TWSA 4P2EA 2YBHA 4DD0A 1MLCE 2DQCY 1LSPA 1YQVY 4WL6A 1LYOA 4R6CA 4HPIA 5D5CA 3TXDA 2BQKA 5KXRA 5APEA 1LSEA 4QDNA 5KXNA 4WLXA 3KAMA 4W94A 1WTNA 1DI5A 4H1PA 1GEZA 4GCFA 1FN5A 1REXA 1QTEA 2AUBA 4D9ZA 4OWHA 1NBZC 1UIAA 1AT5A 2PC2A 1B0DA 3IJUA 4MSTA 3ZVQA 4HP0A 5KXZA 1GBSA 3A91A 1LYSA 1IP5A 1B5UA 1UIHA 2B5ZA 2CDSA 1LMCA 1N4FA 1FLUA 5APCA 5KXPA 4XJFA 2ZYPA 5APFA 1B2KA 4Z41A 1IR7A 1F10A 1GBOA 3WU8A 1OUJA 4C5FA 2BQJA 1LJEA 3W6AA 1PS5A 1KXWA 1UIGA 4B1AA 1FDLY 4WM1A 1ZMYL 1HC0A 2H5ZA 5FEKA 3IWRA 4ETEA 1DQJC 1GFGA 1HF4A 1Z55A 2CJLA 1VDSA 4HTKA 2MEHA 3ULRA 1GPQC 4H9AA 135LA 1LMNA 3WUAA 5I4XA 1IWWA 1HEMA 4XENA 3T6UA 3TXKA 2F4AA 1GXXA 3EO5A 1YIKA 1CKCA 1BWIA 3EMSA 1IWXA 5IDDA 4B49A 4HSFA 3K3TA 4HTNA 5LAFA 1YROA 1A2YC 1GXV2 3WU7A 3BKVA 4H9FA 1LJKA 2YBIA 4W96A 3AW6A 1IR9A 1D0LA 1OUGA 1ZVYB 4R0FA 1RFPA 1CJ6A 4KXIA 5J7CA 4H8XA 5LVGA 4H9CA 1IP4A 3W6CA 4RLNA 1WVUA 3QY4A 3WU9A 4WO9A 5KXKA 1VDQA 3HBEX 3J4GA 1LPIA 2XJWA 3HFMY 1TBYA 4DD1A 2Z18A 3WH1A 4GN3A 2HEAA 4OWAA 2BLYA 1LMAA 1YANA 4EOFA 1BGIA 5JENB 5LINA 1JEFA 1GE0A 4II8A 4OW1A 133LA 5T3FA 1IC4Y 1UICA 3M3UA 4UWNA 2N5ZA 4LYBA 1YAQA 2Z37A 1LJIA 3OK0A 4DYGA 1GB5A 2Z2EA 1XEKA 2IFFY 4O34A 2HU1A 2GV0A 5KKIA 1QQYA 1JJ3A 3LYMA 1CKFA 1J1XY 2ZQ3A 1IOSA 2XBSA 1IY3A 5KJ9A 4PGJB 4UWVA 4AXTA 1KIRC 1DI3A 1LMOA 2YBJA 4XJHA 1BVKC 4DC4A 5L9JA 4H94A 3AGGG 4G4HA 4IATA 4NGJA 2FBBA 2H9JA 1FLWA 2I26L 1LSMA 3B0IA 3TXHA 4ETBA 1UIDA 4KPMA 1B7SA 1GF9A 4IASA 1W6ZA 1HFXA 2NWDX 3QNGA 4BADA 5IELA 1QIOA 1LSNA 1GBXA 4H9HA 1EQ4A 1LZNA 3W6EA 1YL1X 1BB7A 1NMMA 2BQOA 4J1BA 4BAFA 2D4JA 4E3UA 4N5RA 4NIJA 3TXJA 1I20A 1GF4A 3A95A 1UIBA 5I5QA 3W6DA 4B4JA 5LA8A 3OJPA 4DD2A 2Y8PA 3IJVA 4LFXA 1LKSA 3AGHA 4LYOA 1INUA 1KXYA 3N9AA 4OOTA 3A92A 8LYZA 1HEWA 1HSWA 1LHKA 1QDRA 1D6PA 2W1XA 1GF5A 1VDTA 4WG1A 3G3BB 1RJCB 4NGZA 4NY5A 1EQEA 4LZTA 4NG1A 3WW5A 1JSFA 1LZ8A 1IIZA 2CWIA 4HJYA 4ETDA 9LYZA 1LZ4A 2EKSC 1LSGA 5B59A 4NGKA 5HNCA 1VFBC 5B05A 1G7LC 5FSTA 4LYZA 1GFHA 1BVXA 1G7JC 2MEIA 5HNLA 1LZ9A 1LCNA 7LYZA 5L3IA 2Z38A 1IO5A 1GFEA 3TMWA 1JJ0A 1D0KA 1QDTA 5DN5A 4HJVA 4WL7A 1GF7A 1B5ZA 1JHLA 1JJ1A 4DD3A 3B0KA 1QUSA 2HEEA 1GFRA 1VEDA 1WTMA 1YKYX 2F4GA 2HEFA 4NGWA 5HMJA 4FDYA 5ILFA 3G3AB 5KXLA 1B7RA 2ZYCA 1GB3A 4WM2A 6LYZA 1FLQA 3P65A 4HTQA 3WPKA 1H87A 5KXSA 1RI8B 3AZ7A 4ML7A 2DBTA 1YKXX 4GCBA 5A3EA 1IC5Y 1BB4A 2DQDY 1OQMA 1IWTA 1YAMA 4WG7A 4WO6A 1UUZC 1LZ1A 1TAYA 1BWJA 2FBDA 3P64A 3ZEKA 2YDGA 3WVXA 5F81A 4NGYA 1XGUC 2W1LA 1LZRA 2BAAA 1B5WA 1GE2A 2BQNA 193LA 2ZQ4A 5LYMA 4YOPA 1GWDA 1LJHA 2EPEA 4TTDA 5F16A 1XFPL 4H9BA 1WQNA 4J0LA 1YKZX 2DQGY 1G7MC 5KKJA 1BQLY 1LJNA 2DQHY 4DDBA 1LJGA 1XEJA 1QTKA 2MEEA 1HFYA 1IEEA 4PHIA 3J6KA 2LYZA 1KXXA 1PZYA 4N1CC 4Z46A 3WUMA 3B72A 4I8SA 4KL7A 1IP6A 2BQGA 4LYTA 4OWEA 1IP7A 5LVHA 1LSYA 4UWUA 1LHMA 2DQAA 4CFOA 1UIEA 3CB7A 3M18B 4DDCA 1IX0A 4J7VA 5LYZA 1GAZA 2DQFC 3LZ2A 3FE0A 3WUNA 4DD7A 1IWYA 2XTHA 1KIPC 4TX7A 1IP1A 4OWBA 2BQCA 4NGVA 1AZFA 1GBZA 4BS7A 4LT1A 1OUHA 4XJGA 4NHSA 1CKGA 3AZ6A 4OOOA 1DXJA 3VWOA 5FELA 5I53A 4YENA 5C6IA 1XGQC 4NGIA 1YILA 1GBWA 3LYTA 4NSGA 1B7OA 2F30A 3P4ZA 3EXDA 1GB9A 1XEIA 1HERA 2D4IA 4M4OA 2HTXA 5L3HA 1JITA 1HHLA 3CT1A 4NWEA 1DI4A 2C8PA 2XBRA 4XJIA 4AGAA 3TXFA 4GCEA 1D9UA 4ETCA 2I25L 1GB7A 4H92A 4ET8A 1LMQA 2YVBA 4WLYA 4QGZA 1NKHA 2YBMA 1GHLA 4HPEA 1HNLA 1XGRC 3AZ4A 1H6MA 2FYCA 4PRUA 1IWVA 4H8ZA 3B0OA 3A93A 1LZSA 207LA 1D6QA 4NG8A 5LIOA 4BAPA 1JKBA 2IHLA 2LYOA 3N9EA 4LT0A 5LYTA 208LA 1O23A 4GCDA 2BPUA 5HMVA 1TCYA 1WQMA 1IOCA 1IC7Y 2LHMA 4MR1A 5APDA 2H9KA 1IVMA 1B7MA 1VAUA 1I1ZA 4QEQA 4MCKA 1LZGA 4NHTA 2LYMA 1ZVHL 2DKVA 1DPXA 1LSFA 2HEBA 5DN4A 3BKHA 1REYA 1LYZA 2DQIY 1XGTC 2C8OA 1CKHA 2YBNA 4N9RA 5AMYA 5F9UA 3A3RX 4H9EA 3E3DA 4H9IA 2DQJY 1C10A 1GFAA 3T36A 4H91A 4HV1A 1GFVA 1HMLA 1IOQA 4FJRA 1LHIA 1DZBX 3A67Y 5LAGA 2A7FA 5KXMA 1SLYA 1CJ7A 1C7PA 1WQOA 3TXBA 5KXOA 4ET9A 2DQEY 1GFUA 3P66A 1CJ8A 4LFPA 1JTTL 2Q0MX 2A7DA 3AYQA 4WM5A 3A8ZA 5II3A 2D91A 4B4EA 1GAYA 3W3EA 3TXIA 1GE3A 1LZ5A 5LVIA 3WXTA 1LAAA 3A6BY 1FKQA 1QSWA 2Z19A 4Z3MA 1B5VA 1V7SA 1CKDA 3CSQA 4L41A 4C3WA 1ALCA 2HEDA 4RDSA 194LA 1YAOA 132LA 1EL1A 1JSEA 3WL2A 4EMNA 3WYHA 3LN2A 4YEOA 5KXXA 1LTMA 1JISA 3D9AC 4CHXA 3WPJA 1OUDA 5FDJA 1OUAA 2EIZC 1NHEA 1JTPL 3GXKA 1GE1A 5DM9A 4NHQA 3RT5X 1REZA 1BB5A 4OWCA 4TUNA 3B6LA 1DKJA 3QE8A 1OUFA 1B7QA 3CSRA 1NDMC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN8A 1FLYA 2WARA 1YL0X 2RSCA 1LSCA 4XJBA 5LXWA 1B7NA 1LYGA 3RNXA 1IP2A 3A90A 5LVKA 1P56A 1HEOA 1D3NA 1P2CC 6LZMA 4ZEEA 1LJFA 1SX2A 3HTDA 1B9OA 3LYOA 5F9XA 4WLDA 1L60A 1QSAA 1T3PA 1OUIA 2F2NA 4IAPA 4CFPA 1BB6A 1L01A 4N1EI 3WPLA 1LZEA 5B1GA 1PQKA 1EQ5A 5D5FA 1JUGA 1LJ3A 2HUKA 4WM6A 1UIFA 4G4CA 201LA 3RW8A 1GDWA 1BWHA 1WQPA 1AM7A 4N8ZA 1WVVA 1JKDA 5IHGA 1SSYA 1DPWA 1ZV5L 1IWZA 4ZPUA 1GD6A 4I7QA 1JKCA 1C66A 1KY1A 3NY9A 3ZVQB 3A34A 3HTGA 1QT8A 1JTOL 3GUPA 1LMPA 1GE4A 4EKPA 1MELL 1L57A 1D0MA 1L39A 4B4IA 2BQEA 2ZIJA 250LA 5M1YA 4U3XB 1FBIX 1GEVA 4YM8A 5A3ZA 2BQDA 5B07A 2HECA 4HV2A 3DN4A 247LA 3C7WA 2HU3A 1UCOA 4NGLA 249LA 1L72A 4GLAA 1LPYA 2W1YA 1B7PA 5FHWA 1P64A 1F6SA 5I4YA 1LHLA 4NHPA 1LW9A 2BQAA 1PQJA 2Z39A 5KY1A 2G4NA 1L54A 1DYEA 1C46A 4ETAA 4LYCA 1E8LA 2D6BA 2X0AA 2G4PA 4YXAC 1G0LA 3RU5A 4XADA 1OUBA 1AKIA 4GBRB 3ATOA 3QAKA 1J1OY 2Q9DA 4DAJA 4DQ5A 3CT5A 4LZMA 1NWGA 6LYTA 1QUDA 1G0GA 1TDYA 1VDPA 3SBAA 4XJDA 4GCCA 1NQIA 4X3BA 2YBHA 4DD0A 1L55A 1LSPA 143LA 1C6LA 2BQKA 4I7OA 4ARJA 1LSEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 153L A;  1FLY A;  2WAR A;  3AZ5 A;  4ZIX A;  1YL0 X;  1LKR A;  1LSC A;  2RSC A;  1HEN A;  1B5X A;  1WQQ A;  4XJB A;  5LXW A;  5EBH A;  1B7N A;  2FYD A;  4J1A A;  1IP2 A;  4XYY A;  1C43 A;  1GB0 A;  1JWR A;  3A90 A;  3AGI A;  5LVK A;  3A6C Y;  3P68 A;  5KXT A;  1HEO A;  1P2C C;  3MGW A;  1HSX A;  1LSD A;  5B1F A;  3CT0 A;  4CJ2 A;  1TEW A;  3N9C A;  2YBL A;  4ZEE A;  1IP3 A;  1LJF A;  1B9O A;  3LYO A;  3F6Z A;  5F9X A;  3HBH A;  1C45 A;  4WLD A;  1QSA A;  1T3P A;  1OUI A;  2BQI A;  2G4Q A;  3LZT A;  2F2N A;  4LT2 A;  2Z12 A;  1JPO A;  4PJ2 C;  4CFP A;  3EBA B;  1A4V A;  4YF2 A;  1LZA A;  1BB6 A;  1CNS A;  4N1E I;  2VB1 A;  3WPL A;  5F14 A;  4WM4 A;  3WW6 A;  1LZE A;  3ATN A;  4TSC A;  3A3Q A;  2ZNX Y;  1B7L A;  1F0W A;  4DT3 A;  1DKK A;  5B1G A;  4IJ4 A;  1EQ5 A;  5D5F A;  4GN4 A;  1OUE A;  4RW1 A;  1JUG A;  1LJ3 A;  4WM6 A;  4DD9 A;  1UIF A;  4G49 A;  4G4C A;  2MEF A;  3WMK A;  4TSB A;  1RCM A;  2ZNW Y;  1G7H C;  1CJ9 A;  2D4K A;  3RW8 A;  1GDW A;  3W6B A;  1BWH A;  3TXG A;  1WQP A;  1AM7 A; 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 5LIO A;  4BAP A;  1JKB A;  2IHL A;  2LYO A;  3N9E A;  4LT0 A;  5LYT A;  208L A;  1O23 A;  4GCD A;  2BPU A;  5HMV A;  1TCY A;  1WQM A;  1IOC A;  1IC7 Y;  2LHM A;  4MR1 A;  5APD A;  2H9K A;  1IVM A;  1B7M A;  1VAU A;  1I1Z A;  4QEQ A;  4MCK A;  1LZG A;  4NHT A;  2LYM A;  1ZVH L;  2DKV A;  1DPX A;  1LSF A;  2HEB A;  5DN4 A;  3BKH A;  1REY A;  1LYZ A;  2DQI Y;  1XGT C;  2C8O A;  1CKH A;  2YBN A;  4N9R A;  5AMY A;  5F9U A;  3A3R X;  4H9E A;  3E3D A;  4H9I A;  2DQJ Y;  1C10 A;  1GFA A;  3T36 A;  4H91 A;  4HV1 A;  1GFV A;  1HML A;  1IOQ A;  4FJR A;  1LHI A;  1DZB X;  3A67 Y;  5LAG A;  2A7F A;  5KXM A;  1SLY A;  1CJ7 A;  1C7P A;  1WQO A;  3TXB A;  5KXO A;  4ET9 A;  2DQE Y;  1GFU A;  3P66 A;  1CJ8 A;  4LFP A;  1JTT L;  2Q0M X;  2A7D A;  3AYQ A;  4WM5 A;  3A8Z A;  5II3 A;  2D91 A;  4B4E A;  1GAY A;  3W3E A;  3TXI A;  1GE3 A;  1LZ5 A;  5LVI A;  3WXT A;  1LAA A;  3A6B Y;  1FKQ A;  1QSW A;  2Z19 A;  4Z3M A;  1B5V A;  1V7S A;  1CKD A;  3CSQ A;  4L41 A;  4C3W A;  1ALC A;  2HED A;  4RDS A;  194L A;  1YAO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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