4BADA

Hen egg-white lysozyme structure in complex with the europium tris- hydroxymethyltriazoledipicolinate complex at 1.35 a resolution.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Clicked Europium Dipicolinate Complexes for Protein X-Ray Structure Determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4badA00
1JKCA 4B0DA 1B7LA 3WXUA 4ML7A 1JJ0A 1KIRC 1IO5A 1JPOA 1VAUA 1UIEA 1YAMA 1GFTA 1JWRA 3P66A 1PS5A 2XBRA 1IP6A 5FSTA 2BAAA 1B7OA 4NGVA 4ETCA 1B7NA 1VDPA 2YBHA 1IC4Y 1LZ9A 4NGWA 4UWVA 1LMCA 4HTQA 4CGEA 1HERA 1LZYA 4OWHA 2BQEA 4UWUA 5I5QA 193LA 1IY4A 1TBYA 4DD9A 3WUNA 4XN6A 1RJCB 3A96A 3CB7A 4QGZA 5LIOA 3ULRA 4NWEA 1MELL 1HHLA 2I26L 1LHKA 1IP1A 1HFXA 2HUBA 2LZ2A 4WM2A 5KXXA 4HPIA 1IR9A 5APFA 5B06A 1QUSA 4ETAA 2MEGA 3CT0A 4KL7A 4R6CA 2Z18A 3CT1A 4WLDA 4AGAA 1DPWA 5LVJA 1OUJA 4UWNA 5APCA 4ANRA 2Q0MX 4HTKA 4N1CC 3CSQA 1HEPA 1FKQA 4HV2A 3GXRA 5DN5A 4D9ZA 2PC2A 4IATA 1IC5Y 1BWHA 3EXDA 5A3ZA 1OUGA 1REMA 5F14A 4H9HA 5LYMA 1CJ8A 1B5ZA 1ZV5L 2D6BA 1XFPL 2W1LA 5L3HA 1WQOA 1LJKA 2BQOA 5KXLA 1B2KA 5KXRA 4LT2A 1LJ4A 4LFXA 4OWCA 5B1FA 4KT3A 1B5WA 1GE0A 4TSBA 1GHLA 3A3RX 5AMYA 3TXFA 2DQCY 2MEDA 4GLAA 5DL9A 3LN2A 5C6LA 4PJ2C 1LSPA 1LZBA 4LT0A 2F2NA 2Z38A 1LMPA 1JSEA 1PZYA 4CFPA 4NHSA 2LYZA 4WL7A 2IHLA 5IELA 1BVXA 1GAZA 4G9SA 1NDGC 3B0IA 4XYYA 194LA 4ET8A 1EQ4A 2ZYPA 4XJBA 4XJFA 4ETBA 4LYBA 4NWHA 1IP2A 2AUBA 2MEEA 1B7MA 4GN4A 2DQJY 4FDYA 2FYCA 1NWGA 4H8YA 4WL6A 3TXKA 1UCOA 2BQKA 4TWSA 5HNCA 5LYTA 1LSFA 4LT3A 4P2EA 2H9KA 4LYZA 4BADA 1ZVHL 2EPEA 4M6DA 3P4ZA 3J4GA 4DD0A 1NDMC 4DYGA 1B5VA 1LZGA 4OOOA 4U3XB 4NIJA 5B05A 1GBZA 2W1YA 5KXWA 3A67Y 1E8LA 4OOTA 1UIAA 4NHQA 1GB8A 1WQNA 2D4IA 4KPMA 1UIBA 1KIQC 1H6MA 1NKHA 1IP7A 1UA6Y 3CSZA 3K3TA 2BQDA 4NSIA 1B5XA 4TUNA 1LMTA 2DKVA 1BQLY 1GFKA 1T3PA 5LINA 1GAYA 1N4FA 1WQPA 1UICA 1KXWA 2F4GA 4YEMA 2BLYA 1BB4A 1F6RA 4II8A 1XEKA 4H92A 2Y8PA 1GFVA 3VWOA 1FLWA 3N9EA 1YQVY 4NHPA 4WM4A 7LYZA 4GCFA 4H9CA 4NFVA 1V7TA 1LYOA 1NQIA 1GFUA 1BB3A 2YDGA 1JEFA 1YILA 4H8XA 1JHLA 3AW6A 4H9IA 4NHTA 3A91A 1EL1A 1GF3A 1IWXA 3A93A 4N8ZA 1LJIA 1G7IC 1IC7Y 4WG7A 5D5CA 3HFMY 4ET9A 3BKVA 4NGIA 1CKHA 2HEAA 4QEQA 5LVKA 2HECA 3OJPA 4X3BA 4DD3A 1KXXA 4MCKA 1GF0A 2FYDA 1GBYA 153LA 1BVKC 1WQRA 3CT5A 5I4YA 5KXTA 2DQHY 1LSAA 5HQ1A 1ALCA 3A8ZA 1AKIA 2LYOA 3IJUA 1IP3A 1HENA 1JSFA 5A3EA 5LYZA 3WU9A 4EMNA 5KXKA 1WQMA 3KAMA 5B07A 4WLTA 1MLCE 208LA 1KXYA 1LSEA 4FJRA 2D91A 3AZ7A 5HNLA 4BAFA 1GF9A 4NHIA 5C6JA 1T6VL 3A34A 1GE2A 3AYQA 1VFBC 135LA 4AXTA 1FN5A 2A7DA 4A7DA 3WVXA 4TTDA 2CDSA 3WULA 1XGPC 4XJHA 5APDA 3WYHA 1IVMA 2XJWA 1W6ZA 3LZ2A 1TDYA 4GN5C 4NGOA 1NHEA 1H87A 3ZVQB 4ETDA 134LA 3WW6A 1HSXA 2ZILA 4M4OA 1HEWA 2HTXA 3A6BY 4ETEA 4GLVA 2ZWBA 3TXHA 4WMGA 4GCCA 4DDCA 1JIYA 1WVUA 1LZCA 5LA8A 5APEA 2D4JA 4YF2A 5KXMA 1JKBA 1OUIA 1GXXA 4H90A 1YAOA 1LSYA 5IHGA 1EQ5A 1BB5A 2HEEA 2DQGY 2BQHA 2YVBA 4H1PA 1LTMA 5FHWA 1QDRA 3AB6A 2I25L 3B0OA 2EQLA 1B0DA 1BWIA 3WUAA 4H9BA 4NSJA 2MEAA 1JJ3A 5B1GA 4B49A 4GCEA 4XJIA 1SQ2L 1LHJA 4H9AA 4RLNA 3FI7A 1HEMA 3WH1A 4H9FA 1BB6A 1LZ5A 4Z3MA 1LHHA 1JITA 1GB6A 4DC4A 1IOCA 1AT6A 3WUMA 4NGJA 2MEFA 2YBJA 8LYZA 3WL2A 1GFHA 1TCYA 1KIPC 1WTNA 1GE3A 1GB5A 1GE1A 1FBIX 1VATA 1JUGA 2CWIA 2HU1A 1LZ4A 4PGJB 1I1ZA 2BQBA 2LHMA 4YM8A 3WPKA 2G4PA 1XGUC 2ZIJA 5F16A 1IORA 3EMSA 4J1AA 4LGKA 1IWTA 1GFGA 1LJHA 1REXA 3M3UA 4XENA 3HBEX 2YBNA 1GB9A 4L41A 4NY5A 1HMLA 4LZTA 4HV1A 4WM1A 3ATOA 1I56A 1LMAA 3A95A 3EO5A 4HJYA 1JTOL 4NGKA 4WOAA 2DQFC 3TXDA 2CGIA 2GV0A 4B4EA 2YBMA 2B5ZA 4H93A 1UIFA 2DQIY 5E9RA 3D3DA 1LJEA 2A7FA 4G4BA 4MR1A 2G4QA 1HC0A 1TAYA 4DWXA 1YAQA 2Z12A 6LYZA 1RE2A 2N5ZA 2Z39A 4GCBA 1CKGA 1ZMYL 1LKSA 1GD6A 2BQIA 5DM9A 3T6UA 5ILCA 1C7PA 1J1XY 1LZEA 1GB3A 4H8ZA 2BQNA 4PRQA 5KXYA 1NBZC 4J7VA 2VB1A 1TEWA 1XGQC 4DDBA 1HMKA 4GN3A 4TSCA 4XJDA 1CJ7A 1G7MC 1J1OY 4RW2A 1GF5A 1LSCA 4XADA 4WO6A 4DD1A 1DI3A 1A2YC 1REZA 1UBZA 1OUAA 4CFOA 1ZVYB 3G3BB 1XGRC 1D9UA 4G4CA 4H91A 1GEZA 5LAGA 1LPIA 1LSDA 2DQDY 3RNXA 4NGZA 2H9JA 4I0CA 1LJ3A 2G4NA 1P2CC 1XEJA 3QE8A 1DKKA 1YROA 1UUZC 2BQLA 5I53A 2YBLA 1IOSA 1IOTA 3RU5A 1HSWA 2ZNXY 3AZ5A 6LYTA 1QSAA 1FDLY 5I4WA 4YOPA 1JTPL 3T36A 2ZIKA 1QSWA 2Z2FA 1AM7A 2ZYCA 4OWAA 5KXZA 1NBYC 3WPLA 1GBXA 1LSZA 1LJFA 5KXNA 2EIZC 1FKVA 1HFYA 1LZRA 1G7HC 1BB7A 5LA5A 2CJLA 3TMVA 1C46A 4H9EA 1CKDA 4WM5A 1O23A 2DQAA 1RFPA 1RCMA 4CJ2A 4PHIA 3W6AA 1WVVA 1IWZA 1JISA 1LZ6A 5LAFA 1GF6A 1YANA 4LT1A 132LA 1D6PA 1VDQA 1QTEA 1LSNA 1DZBX 1IY3A 1YL1X 1LJJA 5C6IA 1B9OA 3B6LA 3TMUA 4NEBA 3W6EA 1QUTA 3WMKA 1JJ1A 3J6KA 2MEIA 3LYOA 4B1AA 1HEOA 1G7JC 2NWDX 4OW1A 1OUBA 5K7OA 2C8OA 2WARA 1LZ1A 1DXJA 1UC0A 2RSCA 2BQMA 1LZSA 1IOQA 2HEDA 3W6BA 1LHLA 1G7LC 4GCDA 3N9AA 4G49A 1LMOA 1HNLA 3W6CA 2BLXA 3WVYA 5FCPA 4KXIA 5KJ9A 4WLYA 9LYZA 2H5ZA 1OUHA 2XBSA 1A4VA 2Z37A 3F6ZA 3RW8A 4DD2A 5M1YA 1RI8B 3A94A 5LVIA 3B0KA 1B7QA 5J7CA 2DBTA 1LSBA 5ILFA 4G4HA 1OUDA 2XTHA 2ZQ3A 1UIDA 1BGIA 3G3AB 1GEVA 1WQQA 2Z2EA 1OQMA 3TXIA 5KKJA 1INUA 5EBHA 4PPOA 5T3FA 3CQLA 2BPUA 3SP3A 2MECA 4N1EI 1GFJA 1GB7A 1CKFA 2LZTA 1CKCA 2MEBA 2W1XA 4HSFA 2I6ZA 3TMXA 1EQEA 1GFEA 1D0KA 4NGLA 1B7PA 1HF4A 4IJ4A 4CHXA 5HMVA 1LZNA 1IX0A 3LZTA 4OWBA 4XJGA 5I54A 4BAPA 1GF4A 1IWYA 1XSFA 1LCNA 1LZTA 4IASA 1JKDA 1JKAA 1LHIA 4Z46A 2BQCA 1YKYX 1GBWA 4PRUA 5LVHA 4WM3A 1C08C 1CJ6A 3W3EA 4C5FA 1LZ8A 3A3QA 2HEBA 3IJVA 4ZIXA 4WO9A 1GBSA 1GBOA 4RDSA 4W94A 3TXJA 3WU7A 1LJNA 5F9UA 5I4XA 1WTMA 4RW1A 2YSSC 1AZFA 1YL0X 1GE4A 3OK0A 1DQJC 1DI4A 4HJZA 4LYCA 4N5RA 3AGIA 1LSMA 5B59A 5II3A 1C45A 1GF7A 1XGTC 1DI5A 1XEIA 1UIHA 3D9AC 5KXOA 4WM6A 4DDAA 1C10A 2EKSC 3TXEA 2ZNWY 3GXKA 1IIZA 3BKHA 4I8SA 1VDTA 1V7SA 3ZVQA 1D6QA 1QTKA 1GFRA 1Z55A 2BQAA 1LHMA 3A6CY 3AZ4A 3W6DA 1IP4A 1IEEA 4W96A 4ZFPA 3RT5X 1F6SA 4RLMA 154LA 5L3IA 1NF5A 2HU3A 133LA 1REYA 3LYTA 1HFZA 1LYSA 1QIOA 3TXBA 1BHZA 1GFAA 1CNSA 1OP9B 3P64A 3M18B 4Z98A 4E3UA 1GB0A 1HEQA 4HP0A 3AGGG 4WG1A 1QQYA 1IWVA 3AZ6A 1I20A 1GF8A 1UACY 5E4PA 4NG8A 1LKRA 2W1MA 4HJVA 1CJ9A 4HTNA 4B4IA 4NG1A 5KXSA 1LYYA 2X0AA 3LHMA 1SLYA 5DN4A 3N9CA 4LFPA 5FDJA 5LVGA 1GXV2 4C3WA 1QDTA 1D0MA 1J1PY 1OUEA 4R0FA 2YBIA 4EOFA 3P68A 5FEKA 1GWDA 1YKXX 4J0LA 4N9RA 3WW5A 3RZ4A 2C8PA 1FLQA 4BS7A 3TXGA 3TMWA 1LYZA 3FE0A 5HMJA 3B72A 5JENB 1F10A 1LMNA 3CSRA 1IR8A 1D0LA 3E3DA 2Z19A 1LZAA 4OWEA 4YENA 4QY9A 1C43A 1IWUA 2ZQ4A 3WPJA 3WXTA 4NSGA 1B5UA 2FBDA 1YKZX 4HPEA 3QY4A 4QDNA 4MSTA 4J1BA 3A92A 4LYOA 4TX7A 5KY1A 4LYMA 5HLLA 1VDSA 1B5YA 1VEDA 3AJNA 4LYTA 5KXPA 4DD7A 3LYMA 1LZDA 1GPQC 2BQFA 3AW7A 1IR7A 207LA 4WLXA 5IDDA 1LAAA 1OUFA 1GB2A 2F4AA 1FLUA 2FBBA 1JTTL 3P65A 1B7SA 2BQGA 5F81A 2HEFA 3ZEKA 1LSGA 1OUCA 5D5FA 5L9JA 1HELA 2IFFY 4DT3A 1NMMA 4YEOA 1LMQA 3IWRA 4Z41A 1BWJA 1IWWA 1YIKA 2F30A 3MGWA 1GDXA 4N0JA 3HBDA 3EBAB 3HBHA 4O34A 1FLYA 4NSHA 3W6FA 3WU8A 5LXWA 2BQJA 2D4KA 5F9XA 5FELA 1B7RA 1W08A 4H94A 1UIGA 1YAPA 1DKJA 3ATNA 5KKIA 1GDWA 1IP5A 1F0WA 2MEHA 1LOZA 2LYMA 3QNGA 5DLAA 3A90A 1DPXA 3LYZA 1LJGA 4ZEEA 4B4JA 4NGYA 3AGHA 2DQEY 1AT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JKCA 4B0DA 4ML7A 1JPOA 1VAUA 1UIEA 1YAMA 1GFTA 1JWRA 1PS5A 1B7OA 4NGVA 2YBHA 1IC4Y 1LZ9A 2OE4X 1LMCA 4HTQA 1L57A 4OWHA 4DD9A 4UWUA 1IY4A 1TBYA 1L90A 3CB7A 1MELL 2I26L 4WM2A 1IR9A 150LA 2MEGA 4R6CA 3CT1A 4AGAA 186LA 1DPWA 4ARPA 1L92A 1OUJA 4N1CC 2HUKA 1L15A 5A3ZA 1BWHA 3EXDA 1OUGA 3HDEA 4DAJA 1ZV5L 1L38A 2W1LA 5L3HA 5KXLA 1B2KA 144LA 209LA 4LT2A 185LA 1B5WA 3HTDA 1GE0A 3A3RX 4DQ7A 2MEDA 4PJ2C 245LA 1G0QA 4EKPA 1LMPA 1BVXA 2RBRA 1EQ4A 4ETBA 1QUHA 4LYBA 175LA 1L94A 2AUBA 262LA 2BQKA 4BADA 1ZVHL 1C6FA 3J4GA 3RZEA 4DD0A 1B5VA 4NIJA 1GBZA 1L36A 3A67Y 1UIAA 4NHQA 151LA 4KPMA 1KIQC 1H6MA 1IP7A 1DYEA 4NSIA 1GFKA 4W52A 1QT3A 1N4FA 1WQPA 4YEMA 2RB2X 1C6TA 5LZMA 2F2QA 3N9EA 1YQVY 4WM4A 4EKQA 1LYOA 2Q9DA 1GFUA 110LA 1BB3A 4H9IA 4NHTA 1G0KA 1GF3A 1IWXA 1L10A 4N8ZA 1L51A 3FI5A 3HFMY 4DD3A 5LVKA 1KXXA 1GBYA 153LA 1ALCA 3C80A 2NTHA 1HENA 1JSFA 1G0PA 4EMNA 198LA 3KAMA 208LA 1L32A 3AZ7A 4NHIA 1T6VL 3AYQA 214LA 135LA 1FN5A 2A7DA 1I6SA 3OE6A 1IVMA 1XEPA 1W6ZA 231LA 3LZ2A 1TDYA 1HEWA 1QSBA 123LA 4WMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JKC A;  4B0D A;  1B7L A;  3WXU A;  4ML7 A;  1JJ0 A;  1KIR C;  1IO5 A;  1JPO A;  1VAU A;  1UIE A;  1YAM A;  1GFT A;  1JWR A;  3P66 A;  1PS5 A;  2XBR A;  1IP6 A;  5FST A;  2BAA A;  1B7O A;  4NGV A;  4ETC A;  1B7N A;  1VDP A;  2YBH A;  1IC4 Y;  1LZ9 A;  4NGW A;  4UWV A;  1LMC A;  4HTQ A;  4CGE A;  1HER A;  1LZY A;  4OWH A;  2BQE A;  4UWU A;  5I5Q A;  193L A;  1IY4 A;  1TBY A;  4DD9 A;  3WUN A;  4XN6 A;  1RJC B;  3A96 A;  3CB7 A;  4QGZ A;  5LIO A;  3ULR A;  4NWE A;  1MEL L;  1HHL A;  2I26 L;  1LHK A;  1IP1 A;  1HFX A;  2HUB A;  2LZ2 A;  4WM2 A;  5KXX A;  4HPI A;  1IR9 A;  5APF A;  5B06 A;  1QUS A;  4ETA A;  2MEG A;  3CT0 A;  4KL7 A;  4R6C A;  2Z18 A;  3CT1 A;  4WLD A;  4AGA A;  1DPW A;  5LVJ A;  1OUJ A;  4UWN A;  5APC A;  4ANR A;  2Q0M X;  4HTK A;  4N1C C;  3CSQ A;  1HEP A;  1FKQ A;  4HV2 A;  3GXR A;  5DN5 A;  4D9Z A;  2PC2 A;  4IAT A;  1IC5 Y;  1BWH A;  3EXD A;  5A3Z A;  1OUG A;  1REM A;  5F14 A;  4H9H A;  5LYM A;  1CJ8 A;  1B5Z A;  1ZV5 L;  2D6B A;  1XFP L;  2W1L A;  5L3H A;  1WQO A;  1LJK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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