4W59A

T4 lysozyme l99a with n-hexylbenzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endolysin
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w59A00
4YXAC 248LA 2HUKA 3ODUA 2ANVA 1L21A 1L75A 1L55A 3GUJA 209LA 249LA 3HWLA 1T8GA 1L15A 1PQJA 3VW7A 2Z6BA 1L34A 4ARMB 122LA 1QTBA 2RBPA 235LA 1P2RA 1DYFA 2HUMA 1L85A 1XEPA 4E97A 1L53A 1QT3A 2ANXA 169LA 161LA 155LA 126LA 3PDSA 197LA 188LA 1LYFA 1C63A 2A4TA 1L22A 174LA 3SN6R 1OV5A 1KW5A 1D3FA 1QT6A 4I7RA 4DAJA 4LDOA 3DNAA 1CUPA 163LA 223LA 3HT7A 4YXCA 3OE6A 1L58A 1L26A 3SB8A 3K2RA 112LA 2RBNA 3C80A 143LA 4DJHA 1L60A 1CU5A 261LA 1L69A 1LI3A 1L29A 1XJTA 168LA 1L56A 1CV0A 2OE7X 1C6HA 245LA 1B6IA 3HTBA 4ZPUA 1L92A 229LA 1L33A 253LA 222LA 3DMVA 1C6FA 1QT7A 1OWYA 1CV4A 3HH4A 2OU0X 3SB7A 141LA 3HUQA 3HU8A 3DMXA 216LA 4OO9A 187LA 1L06A 1L30A 1L77A 230LA 1QUHA 1L08A 1C66A 2RH1A 1LYJA 1C6LA 1ZWNA 3DMZA 145LA 1CX7A 1C6IA 3NY8A 1CU6A 1L17A 3DN3A 108LA 166LA 1G0LA 4EKRA 2B72A 260LA 1C6GA 1L88A 152LA 2QB0B 109LA 159LA 1L91A 1QS9A 243LA 244LA 1L45A 146LA 1QTZA 257LA 102LA 3FADA 1L03A 1L12A 1L93A 1SSYA 1D3MA 1LYGA 4IAPA 1D3NA 1C67A 1G06A 1LYHA 262LA 3CDTA 1LPYA 1L00A 4K5YA 3GUPA 1KS3A 1L16A 2Q9DA 1CU2A 3C7WA 3SBAA 3SB9A 1OWZA 1L28A 3C8QA 1LI2A 181LA 1LI6A 4GRVA 1L0JA 3NY9A 1L80A 3CDRA 4I7LA 1L96A 232LA 3CDVA 224LA 1C6AA 151LA 4I7TA 1L25A 2B6ZA 2HULA 130LA 1D2WA 1L71A 1DYBA 1SSWA 246LA 1TLAA 1C6MA 1QUOA 4ARQA 1L14A 1P5CA 3DN1A 195LA 3GUKA 3NYAA 3C8RA 1SX7A 1L94A 227LA 210LA 1DYGA 1CV1A 3DKEX 3HDEA 3HU9A 214LA 1LYIA 2OE9X 120LA 1L18A 138LA 1C6JA 1LWKA 2B73A 247LA 110LA 1L46A 1D2YA 1L50A 2O7AA 3SB5A 254LA 2OEAX 3HTFA 3SB6A 1KY0A 1L59A 1L86A 1C6KA 217LA 6LZMA 1L07A 150LA 1L38A 3G3WA 3GUIA 1C6QA 1C6DA 1LW9A 3HTDA 1P2LA 4I7SA 4EKPA 184LA 1G0KA 1L66A 1L98A 1L84A 1QSQA 1QT5A 1CV5A 118LA 149LA 1OV7A 3L2XA 1P46A 129LA 142LA 140LA 3HDFA 3HT9A 1L35A 2B7XA 2LCBA 1L10A 1L05A 1LWGA 1PQIA 1L89A 2B70A 2OE4X 3F8VA 4YX7C 1L79A 1CX6A 238LA 1C6NA 131LA 3V2WA 1L64A 4AQNA 173LA 3C83A 4W59A 3C82A 258LA 2RB1X 3JR6A 1OVJA 123LA 3RZEA 1L48A 1L24A 1L83A 1SWYA 4W58A 259LA 3DN8A 4DKLA 1QT4A 3F9LA 1L95A 3C7ZA 1G1WA 186LA 113LA 1P7SA 1L27A 3C81A 1CV3A 114LA 1L20A 1OVHA 3L64A 4W52A 3DN4A 3LZMA 4LDLA 1C65A 1L41A 190LA 2QARC 1L99A 2NTGA 4W53A 1CUQA 1CV6A 170LA 1G07A 1PQDA 198LA 4I7KA 185LA 233LA 1L72A 2OTZX 1L90A 1QTVA 1L62A 220LA 234LA 251LA 231LA 148LE 2LZMA 119LA 1QT8A 3OE8A 1T97A 1L57A 1L63A 1L74A 255LA 1L40A 3RUNA 1G0GA 1C6PA 212LA 2L78A 4GBRB 3GULA 4EPFA 4W56A 3G3XA 4I7MA 196LA 162LA 1KY1A 1L47A 157LA 201LA 1G0MA 211LA 3EMLA 200LA 3HH3A 3DN2A 1L0KA 256LA 1P3NA 2B6XA 1LGXA 4W55A 2LC9A 1T8AA 156LA 3HH5A 189LA 144LA 1JQUA 1G0PA 4ARMA 1QUGA 1DYEA 183LA 4I7OA 1L11A 1P36A 1PQOA 2O79A 3GUOA 4ARLA 1L13A 1KW7A 4I7QA 3G3VA 3SBBC 1PQMA 4EPIA 1SX2A 2OTYX 1JTMA 1JTNA 3UONA 1C6CA 1L43A 1L09A 1DYAA 2F32A 1G1VA 1L02A 180LA 225LA 2RAZX 3HUAA 1QSBA 213LA 1C6BA 1KNIA 3GUNA 1C6TA 125LA 1L68A 1L36A 3D4SA 1L01A 1T8FA 1LYEA 191LA 3PBLA 2CUUA 1L81A 4ARJA 1EPYA 7LZMA 1QTHA 2B6YA 226LA 237LA 103LA 147LA 1NHBA 1C68A 104LA 2RAYX 3FA0A 4LZMA 182LA 167LA 3HH6A 128LA 4ARQB 4I7NA 1QTCA 1C69A 1LYDA 1L54A 1L19A 1C62A 239LA 1L67A 192LA 3CDOA 2B6TA 4EXMA 111LA 1CVKA 5I14A 2F2QA 178LA 2IGCA 1OYUA 2RBQA 3HT6A 3HUKA 115LA 172LA 1CU3A 250LA 137LA 3HT8A 1L97A 1LLHA 4EJ4A 1C6EA 199LA 1L65A 4LDEA 2F47A 1XJUA 4S0WA 1D9WA 1LGUA 3CDQA 1QUDA 1L31A 1G0QA 241LA 3V2YA 252LA 3OE0A 1L70A 1L39A 1C61A 1L04A 2NTHA 242LA 1LGWA 4EKSA 205LA 171LA 1C60A 1L37A 1QS5A 3OE9A 1L51A 1L82A 1CTWA 1L23A 3GUMA 4PK0A 1P37A 176LA 1DYDA 1QTDA 164LA 2Q9EA 3FI5A 3DN0A 215LA 2RBOA 1C64A 1DYCA 3C8SA 1P56A 3C7YA 1L61A 1ZURA 2RB2X 2B74A 2OU8A 2OU9A 228LA 1SWZA 1L73A 2RB0X 221LA 1WTHA 1T6HA 4W51A 2B6WA 3DN6A 4ARPA 1PQKA 1P6YA 236LA 2B75A 1I6SA 1K28A 3HTGA 1L42A 1G0JA 1L76A 4W57A 2RBSA 206LA 165LA 1P64A 2O4WA 219LA 240LA 127LA 177LA 158LA 1OVKA 4W54A 3QAKA 4PJZA 4EKQA 2RBRA 1L87A 160LA 1L32A 218LA 1L52A 107LA 1CU0A 4I7PA 5LZMA 139LA 175LA 4I7JA 1ZYTA 1L44A 1L49A 1D3JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZQ3A 1IC7Y 3GUJA 4B1AA 1B7MA 1T8GA 3A94A 3VW7A 1L34A 1NWGA 122LA 1QTBA 1P2RA 1INUA 4U3XB 1L85A 3B0OA 6LYZA 5L9JA 2BQDA 3HBEX 4NSGA 169LA 4LYMA 2NWDX 1A4VA 5L3IA 2W1XA 1KW5A 5HMJA 2ZIJA 1UUZC 4LDOA 3HT7A 3OE6A 1BB7A 1IOSA 5LVIA 1L58A 2LZ2A 1GE3A 5B07A 5LXWA 1LMTA 132LA 1WVUA 1L29A 5DM9A 1XJTA 168LA 1B5VA 1CV0A 1B5YA 4GCBA 2OE7X 1C6HA 3W6DA 245LA 1GF6A 1CJ6A 3HTBA 1L92A 3QE8A 1ZMYL 253LA 4XENA 1GE4A 3N9EA 3B0IA 2BQEA 2Z2FA 3HH4A 4NIJA 4GLVA 4NSJA 141LA 3A3RX 5F9UA 2CWIA 1HNLA 4NGIA 3LYMA 1L77A 1QUHA 1UIAA 1TEWA 2EKSC 2HEDA 1HHLA 1OUJA 3NY8A 8LYZA 1CU6A 2I6ZA 1KIQC 1L17A 4W96A 1G0LA 4EKRA 1GEVA 1IP5A 152LA 1GB8A 1QS9A 5KXLA 243LA 4H9IA 1GF0A 3EBAB 257LA 102LA 2YBHA 1L93A 3F6ZA 1D3MA 207LA 4GCFA 3IWRA 1LYHA 3CDTA 1L16A 3C7WA 1CU2A 4LT3A 4DD1A 4WL7A 1GF3A 1OWZA 1LI2A 181LA 1LI6A 4GRVA 1L0JA 1GB0A 1LZYA 3CDRA 1C46A 3CDVA 1LZDA 151LA 1L25A 4H9CA 130LA 1IWZA 1D2WA 1L71A 1SSWA 2I25L 1IO5A 1C6MA 1QUOA 4M6DA 5I4WA 1L94A 210LA 1CV1A 1BB4A 1LYIA 2MEFA 5D5CA 2ZYCA 247LA 5AMYA 4OOOA 4N8ZA 2Q0MX 4ETBA 4EOFA 1ZVYB 4HJYA 1GB7A 217LA 1LJKA 1L07A 1RE2A 150LA 1L38A 1QDRA 2LHMA 2ZYPA 3HTDA 1B5WA 2DKVA 1KIRC 1QSQA 1GXXA 1HEOA 1JSEA 1QT5A 2BLXA 1IY3A 149LA 5M1YA 1P46A 1GDWA 3HDFA 2B7XA 2LZTA 4J1BA 1L05A 1JTOL 3VWOA 4YX7C 5L3HA 1LYSA 131LA 4O34A 2WARA 1TBYA 3WU8A 3JR6A 258LA 2RB1X 1OVJA 5B1FA 3A93A 1IWWA 1SWYA 259LA 135LA 5B59A 2IHLA 1ZV5L 5LYTA 2A7DA 3C7ZA 1REXA 1OUDA 1F6RA 4LDLA 1BHZA 1LZCA 3FE0A 190LA 1YKYX 1L99A 1KXWA 4PRQA 4YF2A 3T36A 4I7KA 185LA 4H9HA 2MEIA 4PJ2C 4YOPA 5KXOA 251LA 2LZMA 1NHEA 1T97A 1LHMA 4RW2A 255LA 1L40A 3RUNA 2F4AA 212LA 3GULA 5APFA 1LJ4A 1KY1A 157LA 211LA 1B0DA 1J1PY 1L0KA 1P3NA 193LA 1T8AA 1OUEA 4NGZA 1FLUA 1UA6Y 5HQ1A 1LMCA 5I4XA 4ARLA 133LA 1NQIA 1L13A 1F6SA 2OTYX 3UONA 3M18B 2RAZX 180LA 1GD6A 3GUNA 1IORA 4DD2A 2H9KA 1C6TA 3D4SA 1GF4A 2Z37A 4LYBA 1RI8B 3OJPA 1HEMA 4LT1A 2H9JA 1XGQC 4YEMA 1GFJA 3RW8A 4XJFA 4DDAA 1JKAA 192LA 4E3UA 2LYMA 2ZILA 1HMLA 1IWYA 2EPEA 5I14A 2F2QA 2XBSA 1LSPA 1AZFA 2MEAA 2I26L 4H9FA 1QIOA 3B0KA 1LSZA 5LVHA 1LSAA 1C6EA 1L65A 5FHWA 2F47A 1XJUA 1OUCA 1H87A 1MLCE 3CDQA 1IWUA 4WOAA 3EO5A 1L31A 1OUBA 3OE0A 1D0MA 1L70A 1T3PA 1UACY 1B7RA 1CKFA 1C61A 2NTHA 4N5RA 3HBDA 1L37A 1CKHA 1DI5A 1DYDA 2Q9EA 1J1OY 215LA 1DYCA 3C8SA 1CKGA 2HU1A 2HEAA 2BQMA 1YKXX 5A3ZA 2FBDA 1CNSA 4B0DA 5LYMA 1C10A 1L73A 2RB0X 1WTHA 1T6HA 3P68A 236LA 1K28A 1L42A 1G0JA 5LVKA 4PHIA 219LA 240LA 127LA 1T6VL 158LA 3A67Y 3QAKA 1YKZX 5FEKA 2XQOA 1J1XY 1G7IC 4Z3MA 1UCOA 5APEA 5LAGA 1HEPA 5LVJA 1JEFA 4YXAC 1XGTC 4H8YA 3M3UA 3LZTA 3WUAA 1IEEA 2DQCY 1L55A 209LA 249LA 1LMOA 1GFAA 5KXNA 2YBMA 1XEPA 3LYTA 1L53A 1QT3A 3A96A 2ANXA 3PDSA 2HU3A 2BAAA 3ZEKA 1L22A 3LYOA 154LA 3N9CA 5FDJA 9LYZA 4GCDA 5II3A 1QT6A 163LA 1BQLY 223LA 3TXKA 3TXDA 4HJVA 1SQ2L 1GDXA 112LA 3AZ5A 1W08A 2RBNA 3C80A 3QY4A 1XEIA 3AGHA 4LZTA 1L56A 1GE1A 1JKBA 3BKVA 5DL9A 3ATOA 4ZPUA 1NKHA 229LA 1LSEA 2BQFA 1DPXA 5I5QA 1VDSA 4LT2A 2F2NA 3FI7A 3DMXA 187LA 1NDMC 1LMPA 3TXIA 1L08A 2RH1A 2AUBA 3CT5A 1IC5Y 5APCA 3DN3A 108LA 1LJNA 2B72A 1RJCB 1L88A 4YENA 4HPIA 1QTZA 1WVVA 2MECA 4ETEA 4M4OA 3FADA 1L03A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZQ3 A;  1IC7 Y;  3GUJ A;  4B1A A;  1B7M A;  1T8G A;  3A94 A;  3VW7 A;  1L34 A;  1NWG A;  122L A;  1QTB A;  1P2R A;  1INU A;  4U3X B;  1L85 A;  3B0O A;  6LYZ A;  5L9J A;  2BQD A;  3HBE X;  4NSG A;  169L A;  4LYM A;  2NWD X;  1A4V A;  5L3I A;  2W1X A;  1KW5 A;  5HMJ A;  2ZIJ A;  1UUZ C;  4LDO A;  3HT7 A;  3OE6 A;  1BB7 A;  1IOS A;  5LVI A;  1L58 A;  2LZ2 A;  1GE3 A;  5B07 A;  5LXW A;  1LMT A;  132L A;  1WVU A;  1L29 A;  5DM9 A;  1XJT A;  168L A;  1B5V A;  1CV0 A;  1B5Y A;  4GCB A;  2OE7 X;  1C6H A;  3W6D A;  245L A;  1GF6 A;  1CJ6 A;  3HTB A;  1L92 A;  3QE8 A;  1ZMY L;  253L A;  4XEN A;  1GE4 A;  3N9E A;  3B0I A;  2BQE A;  2Z2F A;  3HH4 A;  4NIJ A;  4GLV A;  4NSJ A;  141L A;  3A3R X;  5F9U A;  2CWI A;  1HNL A;  4NGI A;  3LYM A;  1L77 A;  1QUH A;  1UIA A;  1TEW A;  2EKS C;  2HED A;  1HHL A;  1OUJ A;  3NY8 A;  8LYZ A;  1CU6 A;  2I6Z A;  1KIQ C;  1L17 A;  4W96 A;  1G0L A;  4EKR A;  1GEV A;  1IP5 A;  152L A;  1GB8 A;  1QS9 A;  5KXL A;  243L A;  4H9I A;  1GF0 A;  3EBA B;  257L A;  102L A;  2YBH A; 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