4W59A

T4 lysozyme l99a with n-hexylbenzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w59A00
1LWGA 131LA 2RBOA 1DYCA 3G3XA 261LA 246LA 3ODUA 1L15A 1L21A 1C6QA 1LYFA 255LA 239LA 115LA 2B6TA 1L82A 1L86A 4DAJA 2OU0X 1LI6A 1C6TA 149LA 4ARPA 235LA 1L07A 184LA 2F32A 4I7LA 1L33A 1L49A 221LA 3C83A 199LA 1P2RA 2OU9A 4I7SA 1LGWA 2OE9X 3QAKA 1L96A 1L77A 1L19A 128LA 2RBSA 252LA 1LYIA 1XJUA 1SSWA 161LA 2B6WA 138LA 177LA 1L85A 1T6HA 3CDQA 3SBBC 1CV0A 1LLHA 166LA 4DKLA 1QT6A 4EKPA 2F47A 242LA 4PK0A 1P56A 3DNAA 170LA 164LA 1CU3A 2RBNA 2HULA 4AQNA 1G1VA 1L06A 144LA 1CV1A 3V2YA 259LA 1C6DA 146LA 1D3FA 4W58A 4W57A 1L67A 256LA 122LA 3C8SA 262LA 4I7OA 3EMLA 1L54A 1JTMA 197LA 1LGXA 147LA 1C65A 3SBAA 1QT4A 224LA 1L11A 1L13A 2QB0B 1L24A 2NTHA 1L10A 3HWLA 4ZPUA 1PQMA 2Q9DA 1CU5A 4YX7C 3LZMA 1L28A 2RBPA 1L47A 1QS5A 1CX7A 1CTWA 1L03A 201LA 1P5CA 209LA 2L78A 238LA 1CV4A 1L32A 1L90A 3OE8A 3HT6A 1L79A 1L58A 1QUOA 3RZEA 1QUDA 1LPYA 220LA 130LA 210LA 223LA 3C80A 2A4TA 3GUJA 2O7AA 3C7WA 1L0KA 1L88A 1L31A 1L20A 1OWZA 181LA 3NY9A 1L92A 183LA 190LA 1QTZA 4DJHA 1G0GA 3GUPA 1CUPA 1P2LA 1LYJA 4ARQA 3F9LA 3L2XA 3DKEX 1PQKA 1P64A 2RBRA 1L75A 1C6GA 1L73A 218LA 1KNIA 1QTDA 4LZMA 1LYGA 1P46A 4GBRB 3SB9A 163LA 1TLAA 4GRVA 240LA 226LA 114LA 253LA 2O4WA 2Z6BA 4EKRA 1QTBA 3GUOA 219LA 3HH5A 1KY1A 1L72A 3K2RA 3PDSA 159LA 250LA 125LA 1L68A 1LYHA 2IGCA 143LA 4I7RA 4I7NA 1LI3A 2B70A 1LW9A 169LA 1LI2A 1SWYA 109LA 1SX2A 4I7PA 217LA 150LA 6LZMA 3FI5A 195LA 1KY0A 4EPIA 1WTHA 1L71A 171LA 1L64A 1C60A 3HTBA 1P6YA 3UONA 145LA 1C6IA 1L70A 1QT3A 4IAPA 1L35A 1L0JA 3NY8A 2OTYX 4EKQA 103LA 4W54A 243LA 1NHBA 1ZURA 192LA 2B72A 215LA 2OTZX 1SSYA 174LA 157LA 1CU2A 1DYAA 4ARMA 1C6FA 1B6IA 1CV3A 3C7YA 4I7TA 3C8RA 3GUIA 1C6MA 3DN3A 1DYEA 1LYEA 1G07A 111LA 1L22A 200LA 2B6XA 3DN0A 3HUQA 189LA 1PQOA 1C6AA 1L29A 2RH1A 1L74A 2RBQA 3OE9A 119LA 1L34A 1L65A 104LA 4ARLA 1SWZA 1L36A 1T8GA 1P37A 1L00A 2OE7X 1QUHA 2B6YA 3OE6A 227LA 2HUKA 2ANXA 1JTNA 1L08A 4EXMA 2B7XA 1CU6A 228LA 1C64A 1QTVA 1C6NA 4PJZA 141LA 176LA 3HH6A 5LZMA 1T8AA 3D4SA 4LDOA 2RAYX 1T97A 1C6KA 206LA 3G3WA 4I7QA 165LA 1L40A 1C6HA 1C61A 1L57A 1L42A 1L84A 1QUGA 1DYFA 213LA 4LDEA 4YXAC 3DN2A 1D9WA 249LA 1L97A 1D3NA 3JR6A 1L01A 1L44A 1P7SA 4K5YA 5I14A 3HT8A 1C67A 187LA 1K28A 2ANVA 4I7JA 3RUNA 245LA 257LA 251LA 178LA 3DN1A 1L69A 120LA 1L93A 1DYDA 4W56A 112LA 1SX7A 1L04A 1C6JA 4YXCA 108LA 158LA 3OE0A 1L43A 1G0PA 173LA 241LA 1L99A 4W52A 2HUMA 168LA 1L60A 3HTDA 152LA 1C6BA 3GUNA 1L18A 3HDFA 2LC9A 4W59A 198LA 248LA 4ARJA 1G0KA 3SN6R 1C6LA 214LA 196LA 1L26A 4W53A 1G06A 1L17A 3HTFA 1L39A 1CVKA 1EPYA 1L51A 1ZYTA 1L87A 1L81A 129LA 258LA 1L83A 2O79A 3C82A 247LA 191LA 3HU8A 2RB2X 2RAZX 1OVHA 2RB0X 1OV7A 3HH4A 2OEAX 1L94A 1KW7A 188LA 3DMXA 260LA 1DYBA 3L64A 1L14A 1CX6A 1G1WA 1JQUA 1OVKA 1L16A 1L63A 230LA 1L38A 3GUMA 140LA 1D2WA 1P36A 3DN8A 1OV5A 151LA 212LA 4W51A 186LA 2LZMA 1C63A 231LA 4EJ4A 4ARQB 4W55A 4EPFA 1DYGA 1C68A 216LA 1L12A 1QTCA 1C6CA 7LZMA 1L61A 236LA 1QS9A 1OWYA 1QT7A 3VW7A 4LDLA 1L46A 1C6EA 175LA 3DMZA 2QARC 1D2YA 167LA 1I6SA 1T8FA 2F2QA 1C66A 2LCBA 3HUKA 1L25A 1L91A 113LA 3C7ZA 3SB6A 3DN4A 1L66A 1L62A 4I7KA 1KS3A 3PBLA 1LWKA 1C69A 182LA 1L89A 3CDTA 110LA 185LA 2B73A 1D3MA 1PQIA 4EKSA 126LA 1L80A 3HUAA 1L48A 1PQDA 1LGUA 180LA 1PQJA 3HT9A 1G0JA 3G3VA 1L59A 222LA 1OYUA 3HT7A 1L52A 3HDEA 102LA 123LA 2RB1X 2NTGA 233LA 1L37A 205LA 1L02A 225LA 254LA 4OO9A 4S0WA 4ARMB 2OU8A 2B6ZA 1G0LA 1L09A 1L27A 1L76A 3C8QA 1CV6A 1XJTA 107LA 3SB7A 2B75A 1KW5A 1L55A 1XEPA 1G0MA 3GULA 1CU0A 172LA 1OVJA 3F8VA 127LA 1L45A 4I7MA 162LA 229LA 3C81A 237LA 1G0QA 3FADA 2CUUA 137LA 1D3JA 3SB8A 2OE4X 1LYDA 3DMVA 1QT5A 211LA 148LE 1L41A 160LA 156LA 1QSQA 3CDOA 1L30A 1L23A 1L56A 155LA 3CDRA 3DN6A 2B74A 3HTGA 1CV5A 1QTHA 1C6PA 232LA 3NYAA 234LA 1L95A 1L98A 2Q9EA 3HH3A 1CUQA 118LA 1C62A 4E97A 244LA 3GUKA 1L05A 3CDVA 1L53A 1P3NA 139LA 1QSBA 3V2WA 3FA0A 142LA 1ZWNA 3HU9A 1L50A 3SB5A 1QT8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LWGA 2RBOA 246LA 3B0OA 1L15A 1CKGA 5KXMA 5LA5A 1C6QA 4AXTA 4DAJA 1T6VL 4ARPA 2DQEY 4NWEA 1L49A 1P2RA 1XGTC 1JTOL 4G4CA 5LVJA 3IJVA 2DQHY 1NMMA 252LA 4B4JA 2B6WA 1KIQC 1UIEA 1L85A 1T6HA 1OUGA 2BQOA 2WARA 3CDQA 3D3DA 4DKLA 4PK0A 3DNAA 170LA 164LA 2YSSC 2HULA 1JISA 1CV1A 146LA 1SQ2L 4W57A 4W58A 1XGUC 5B06A 4DD1A 3C8SA 4I7OA 3EMLA 4HTKA 4UWNA 1FKVA 3CSRA 3LYOA 4LYBA 4BADA 1WQPA 1L13A 5I4XA 1GB8A 1BWHA 4X3BA 5LYZA 1L10A 1IEEA 4N5RA 1L47A 1QS5A 1CTWA 1EL1A 5IDDA 3WVYA 3HT6A 1I20A 210LA 1LSBA 223LA 4H1PA 3C80A 3C7WA 1LJJA 4ML7A 1L31A 1L20A 1HFYA 3GUPA 2BQDA 1CUPA 2H5ZA 1P64A 3AGIA 1OUAA 1B5UA 1C6GA 5C6LA 1LKRA 2W1YA 4NGLA 3M3UA 1P46A 5KXYA 133LA 1LZRA 4GLAA 4EKRA 1B5YA 3GUOA 3HH5A 1HHLA 1L72A 4LYTA 1DQJC 125LA 4I7NA 1LW9A 1SWYA 1GPQC 1B7SA 109LA 217LA 3FI5A 1KY0A 1L71A 1LZNA 3ATNA 3OJPA 4N1CC 5LVKA 4W54A 1XEKA 2B72A 2IFFY 1UICA 2OTZX 1B7MA 4ARMA 2HEEA 3C7YA 3GUIA 2Z38A 1C6MA 1DYEA 1L22A 3DN0A 2YBMA 189LA 1BWIA 2H9KA 4CHXA 4LYCA 1C6AA 1L74A 193LA 2I6ZA 3B72A 2W1XA 1SWZA 1L36A 1P37A 4HSFA 4DC4A 1JTNA 5L9JA 1OUJA 1CU6A 228LA 5T3FA 3RW8A 1C64A 5KXOA 4PJZA 176LA 1IP7A 3TXBA 1C6KA 5FSTA 3A6BY 1KXYA 1I1ZA 3LYTA 4LDEA 4YXAC 1D9WA 1L01A 1P7SA 1IIZA 1HSXA 1C67A 1JHLA 1L69A 3WYHA 3RU5A 1L04A 1C6JA 4YXCA 158LA 1L43A 2MEFA 1JJ0A 241LA 1LSEA 4CJ2A 1HELA 1L60A 5B59A 3HDFA 4W59A 4HV1A 4Z41A 3SN6R 5HMJA 1LYYA 4PHIA 1V7TA 1ZMYL 1ALCA 3HTFA 1JIYA 5KXXA 1ZYTA 4LT1A 5JENB 129LA 3A92A 258LA 1BB3A 1L83A 1GBWA 2W1LA 4OWHA 3HU8A 1JJ3A 2RB0X 3RNXA 1KW7A 1LSYA 2LZTA 1HENA 1CX6A 1B7LA 1VDQA 1JQUA 2BQCA 230LA 1L38A 5I54A 3GUMA 3CT0A 1IOTA 1P36A 1LSCA 1TAYA 1G7LC 2Z19A 3N9EA 4H9EA 212LA 4W51A 4H90A 1HERA 1C63A 4ZEEA 4HP0A 2XBRA 1C6CA 1L61A 1B9OA 1GFUA 1OWYA 1LYZA 2DBTA 3DMZA 2QARC 1UIGA 3P68A 167LA 4NGVA 1I6SA 1C66A 3HUKA 2F4GA 2CGIA 5LVIA 1L91A 2MEIA 3C7ZA 3SB6A 3DN4A 1JKDA 3PBLA 3K3TA 1C69A 182LA 3WUMA 2BQLA 2DQIY 1L89A 2A7FA 4ETDA 1HFZA 1PQDA 1LGUA 1BB7A 2LYMA 1G7JC 1G0JA 1GFGA 1L59A 5HLLA 1L52A 3HDEA 3W6AA 1IC4Y 2Z12A 3HFMY 1B2KA 1YKXX 4P2EA 2XBSA 205LA 1YANA 225LA 254LA 4S0WA 1HC0A 1L09A 1CV6A 1XJTA 107LA 4WG7A 1GHLA 1XGQC 3T6UA 1WQOA 1LJ3A 1L55A 4XJFA 1B5WA 2DQCY 3EBAB 1UIBA 1CJ7A 1OVJA 1LZ5A 1YIKA 4NFVA 4NHPA 229LA 3J6KA 237LA 3P4ZA 2CUUA 1IWVA 1JTTL 1LYOA 3AZ5A 4H91A 1NDMC 3CDOA 2ZIKA 1OUBA 132LA 4RDSA 5I5QA 134LA 5LVHA 1CV5A 1C6PA 5C6IA 2LYZA 1IX0A 2ZYCA 4KL7A 1CUQA 118LA 3GUKA 1L05A 5KJ9A 3QY4A 3CDVA 3ZVQB 3W6CA 4GLVA 4B4EA 1L50A 4HPEA 4WM3A 3HBEX 1GEZA 131LA 3A8ZA 1DYCA 3G3XA 4PRQA 1L21A 1BB5A 4XN6A 4YF2A 255LA 115LA 4XYYA 1L82A 1L86A 2OU0X 1C6TA 1QTKA 1L07A 3TXGA 5LIOA 2F32A 4I7LA 1LZCA 1L33A 199LA 2OU9A 1ZVYB 1QSAA 2CWIA 1IWYA 1L96A 4NG8A 4MSTA 5L3HA 1LYIA 5C6JA 1OUHA 3SBBC 1LLHA 1QQYA 1QT6A 3B6LA 2PC2A 1P56A 1HEQA 4CFOA 4EOFA 2BLXA 2HEDA 4FDYA 4FJRA 1D3FA 5EBHA 1JJ1A 1L54A 1JTMA 5APDA 197LA 147LA 4YEMA 2QB0B 2NTHA 3A90A 1T3PA 1J1XY 4LT0A 1IWXA 1PQMA 2Q9DA 1CU5A 3CQLA 4WO6A 4YX7C 4B1AA 1BVKC 2ZNXY 3OK0A 1CX7A 1L03A 1P5CA 4Z3MA 4B4IA 238LA 1CV4A 1L32A 1DI5A 3OE8A 1L79A 1QUOA 1GE2A 4LFXA 1LMOA 1QUDA 4TSBA 1CKCA 1LJHA 1TDYA 2HTXA 1EQEA 181LA 3SP3A 3T36A 1QTZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LWG A;  2RBO A;  246L A;  3B0O A;  1L15 A;  1CKG A;  5KXM A;  5LA5 A;  1C6Q A;  4AXT A;  4DAJ A;  1T6V L;  4ARP A;  2DQE Y;  4NWE A;  1L49 A;  1P2R A;  1XGT C;  1JTO L;  4G4C A;  5LVJ A;  3IJV A;  2DQH Y;  1NMM A;  252L A;  4B4J A;  2B6W A;  1KIQ C;  1UIE A;  1L85 A;  1T6H A;  1OUG A;  2BQO A;  2WAR A;  3CDQ A;  3D3D A;  4DKL A;  4PK0 A;  3DNA A;  170L A;  164L A;  2YSS C;  2HUL A;  1JIS A;  1CV1 A;  146L A;  1SQ2 L;  4W57 A;  4W58 A;  1XGU C;  5B06 A;  4DD1 A;  3C8S A;  4I7O A;  3EML A;  4HTK A;  4UWN A;  1FKV A;  3CSR A;  3LYO A;  4LYB A;  4BAD A;  1WQP A;  1L13 A;  5I4X A;  1GB8 A;  1BWH A;  4X3B A;  5LYZ A;  1L10 A;  1IEE A;  4N5R A;  1L47 A;  1QS5 A;  1CTW A;  1EL1 A;  5IDD A;  3WVY A;  3HT6 A;  1I20 A;  210L A;  1LSB A;  223L A;  4H1P A;  3C80 A;  3C7W A;  1LJJ A;  4ML7 A;  1L31 A;  1L20 A;  1HFY A;  3GUP A;  2BQD A;  1CUP A;  2H5Z A;  1P64 A;  3AGI A;  1OUA A;  1B5U A;  1C6G A;  5C6L A;  1LKR A;  2W1Y A;  4NGL A;  3M3U A;  1P46 A;  5KXY A;  133L A;  1LZR A;  4GLA A;  4EKR A;  1B5Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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