112LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKPELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 112lA00
3CDVA 4I7RA 3HH6A 3C8QA 165LA 1D2WA 1L54A 4DJHA 1L22A 2O79A 1ZURA 172LA 4PK0A 4I7JA 1L03A 1QTBA 1QTVA 130LA 1CV6A 3K2RA 2ANVA 1LYIA 4ZPUA 1L00A 3DMZA 1PQJA 1L87A 222LA 3FI5A 1LYDA 1C6PA 3LZMA 4EPIA 162LA 1L48A 1CVKA 1QUDA 170LA 2RH1A 2L78A 1SX2A 3HT7A 4ARMA 1TLAA 6LZMA 2OU9A 1L63A 3CDQA 3HH3A 4I7OA 103LA 4ARMB 1L57A 1D3NA 189LA 1L60A 1L94A 1L50A 2B72A 1CU2A 1KNIA 1L52A 1QUHA 1PQIA 1C6IA 1KY0A 3DNAA 1G1VA 131LA 1JTNA 3CDOA 155LA 3HTBA 250LA 1G07A 2B6YA 1C6KA 3C8RA 1L64A 1L21A 1L23A 139LA 2QARC 225LA 1LGUA 209LA 160LA 3SB6A 4S0WA 144LA 185LA 4W53A 234LA 118LA 1L71A 1LYGA 1L82A 125LA 1L83A 1L38A 1L33A 1L19A 1C67A 3DMXA 1DYCA 1SWYA 241LA 3CDTA 1NHBA 3C81A 1L97A 4I7PA 151LA 1L12A 2RBSA 1QTDA 205LA 1C6BA 192LA 1LW9A 1L45A 255LA 3SBAA 1CV3A 1LYEA 168LA 244LA 1LLHA 1LWGA 1KW7A 197LA 104LA 1KY1A 1L46A 1CUPA 3EMLA 1JQUA 2RAZX 1L37A 1PQKA 1I6SA 219LA 227LA 248LA 2B74A 3GUIA 3HT9A 3SB8A 3HU8A 4LDEA 3UONA 1L99A 237LA 2Q9EA 3GUOA 243LA 2OE7X 1L66A 141LA 1XJTA 1QTZA 3DN6A 1L74A 142LA 1QS5A 1C68A 149LA 1L93A 2RBRA 1L43A 1L04A 1L77A 2RB1X 5LZMA 175LA 1D2YA 183LA 2OU8A 253LA 3C7ZA 1C6EA 1KS3A 1XEPA 173LA 251LA 1L42A 4W54A 235LA 1WTHA 3OE0A 4EKQA 232LA 3HT8A 5I14A 148LE 3HDFA 1C6JA 129LA 1G0PA 1SWZA 4EXMA 1T8GA 3GULA 3SBBC 2OEAX 152LA 1P3NA 1QSBA 2RAYX 111LA 3PDSA 252LA 1L58A 1L92A 1SSWA 4DAJA 1G0KA 1L41A 1P46A 1L59A 4PJZA 1G0JA 1OWZA 200LA 1LGXA 1L88A 249LA 1L15A 1L49A 258LA 2F47A 186LA 1L10A 1KW5A 3GUJA 2OE4X 216LA 1L70A 1C6AA 4W58A 2A4TA 1L01A 1L28A 3OE6A 191LA 4W52A 145LA 150LA 1L0KA 3C82A 1D3JA 4AQNA 211LA 1L40A 140LA 159LA 1L69A 1LYJA 4LZMA 4GBRB 1L17A 214LA 239LA 182LA 1L67A 2HUMA 1P2LA 1CU0A 262LA 1T8AA 3CDRA 4YX7C 3DN8A 3FADA 2LZMA 226LA 1L06A 166LA 3QAKA 1QUGA 1T8FA 110LA 122LA 1CX7A 1L47A 146LA 114LA 2B6ZA 218LA 1L02A 1LWKA 1C6QA 174LA 3DN2A 259LA 1PQMA 3G3WA 1EPYA 180LA 1CV4A 1L31A 1C66A 2OE9X 199LA 3L64A 1C6NA 167LA 1CV0A 2Q9DA 158LA 3DMVA 1C6MA 2HULA 1L20A 1OVKA 196LA 138LA 1LI6A 1DYFA 1JTMA 1L85A 3HUKA 1L27A 1L86A 163LA 2F32A 3RZEA 4EKRA 1OWYA 1L75A 3F9LA 112LA 1L81A 2B7XA 1SX7A 4I7TA 1L35A 1QT5A 1D3MA 230LA 3NY8A 1C63A 188LA 1QS9A 1L34A 1T6HA 1C64A 3NY9A 3PBLA 1QTCA 1L44A 2RBOA 4EPFA 1L29A 1C61A 215LA 3GUKA 3DN4A 3HTGA 3GUPA 1L79A 2LC9A 3HH4A 247LA 1C6FA 1SSYA 2LCBA 3SB9A 1LI3A 1L84A 7LZMA 2RB2X 2Z6BA 3HTFA 1P56A 1G06A 1L30A 3DKEX 1C6LA 1L98A 1QT7A 4ARPA 137LA 1LYHA 1QT3A 4I7LA 164LA 1L95A 4EKSA 1LI2A 1QT4A 2NTHA 1QT8A 1OVHA 3HWLA 4OO9A 2OTZX 3DN0A 1L62A 1G0GA 3GUNA 4ARQA 242LA 190LA 4W56A 206LA 1LGWA 4ARQB 1DYBA 2QB0B 1L0JA 176LA 256LA 1DYGA 4W55A 1C6CA 195LA 3C80A 3V2WA 1C60A 169LA 1L90A 109LA 2B6WA 181LA 3ODUA 238LA 4LDOA 113LA 3V2YA 1L56A 240LA 147LA 217LA 3HDEA 3HU9A 1G0LA 3JR6A 4E97A 1G1WA 143LA 1OYUA 4I7MA 3C83A 187LA 221LA 4ARJA 1XJUA 171LA 4I7KA 1L68A 224LA 3SB7A 3RUNA 1L11A 3OE9A 1P7SA 3HUQA 128LA 229LA 1C6TA 102LA 1C65A 1L07A 3DN3A 257LA 1P36A 1OV7A 1CU5A 1L53A 2IGCA 3OE8A 127LA 261LA 3SB5A 1OV5A 3GUMA 213LA 1L08A 3DN1A 198LA 115LA 2B6XA 1ZWNA 1L76A 2O4WA 1L18A 1CUQA 4W51A 123LA 1P5CA 1PQOA 3D4SA 2O7AA 4GRVA 1L61A 3VW7A 1DYAA 1C6HA 1QT6A 3L2XA 201LA 254LA 1L51A 1L14A 1CV1A 3HUAA 4K5YA 3F8VA 223LA 3HT6A 1L89A 107LA 4YXAC 1C62A 1OVJA 1T97A 4YXCA 1B6IA 1G0QA 1L91A 1CU3A 1P6YA 260LA 3G3XA 1L09A 1P37A 1L32A 184LA 4W59A 1G0MA 157LA 4I7NA 1L80A 4ARLA 1L72A 2B70A 161LA 2ANXA 2NTGA 3C7YA 1L36A 1LPYA 4W57A 2CUUA 126LA 4EKPA 228LA 1L13A 178LA 1L26A 3C8SA 108LA 1CX6A 3HTDA 236LA 1L25A 4LDLA 3C7WA 1L24A 4I7SA 2OU0X 1QTHA 1D9WA 246LA 3HH5A 1L55A 1CTWA 1L05A 245LA 1PQDA 4IAPA 1C6DA 1CU6A 1LYFA 177LA 3SN6R 1K28A 1L39A 1D3FA 1C6GA 2B73A 3FA0A 156LA 1P2RA 4DKLA 2B75A 4EJ4A 1DYEA 1L96A 2OTYX 1P64A 1CV5A 1DYDA 1L65A 2RBPA 220LA 2RBNA 1L73A 1QSQA 233LA 1ZYTA 2B6TA 3NYAA 2RB0X 2RBQA 212LA 3G3VA 120LA 1QUOA 1L16A 210LA 4I7QA 2F2QA 1C69A 119LA 2HUKA 231LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CDVA 4I7RA 1H6MA 3HH6A 2FBDA 2BQEA 3A3QA 4HTNA 2O79A 4W96A 4HP0A 1EQ5A 1L03A 1CV6A 4OWAA 1JJ0A 1LMCA 5C6JA 3WH1A 1LYIA 1DKKA 1VDTA 5KXSA 2BQOA 3N9CA 4ZPUA 4NFVA 1L00A 4TTDA 2D4JA 3A95A 1G7MC 3M3UA 135LA 162LA 3BKVA 2YBHA 5I54A 5APEA 1B7MA 1B7RA 4XJDA 1GF7A 2L78A 1BGIA 1TLAA 3WXTA 103LA 4LFXA 1L57A 4IATA 1L50A 4LT2A 2B72A 3TMVA 2BAAA 2YDGA 1G1VA 3G3BB 6LYZA 4HJYA 3HTBA 1LZ4A 2HEEA 1B0DA 1G07A 1C6KA 1L21A 1L23A 2QARC 225LA 3A92A 4ZEEA 1LGUA 1GPQC 160LA 3SB6A 2ZILA 4S0WA 4W53A 234LA 118LA 1IWXA 1CKDA 1L71A 1J1PY 1GB9A 134LA 1A4VA 1SWYA 3LZ2A 3GXKA 5HNCA 1L97A 4I7PA 151LA 1CNSA 1HF4A 3TXEA 205LA 255LA 1CV3A 1LYEA 2X0AA 168LA 1LLHA 1KW7A 1LZ8A 1QSWA 3EMLA 1JKAA 1DQJC 248LA 2B74A 3GUIA 2DKVA 1L99A 237LA 1CJ8A 1FLYA 3TXBA 4NGLA 1G7JC 1LJKA 2BQDA 142LA 1C68A 1L93A 1WVVA 4XADA 1YAOA 4N8ZA 2YBIA 2OU8A 3A3RX 253LA 3C7ZA 1C6EA 4DD9A 4W54A 2BQNA 1JJ1A 4B0DA 1GB2A 2BQGA 4MCKA 5EBHA 4Z41A 1XGUC 1YAPA 4HSFA 1IWZA 1P3NA 2RAYX 111LA 4CFPA 1G0JA 1OWZA 1VFBC 1LGXA 1GHLA 1LKSA 4KPMA 3A8ZA 1L15A 4HJVA 5B59A 193LA 2YBLA 1LAAA 4W58A 2A4TA 3OE6A 5M1YA 1D6PA 4PHIA 1GWDA 1LJIA 4GLAA 211LA 1GFHA 1SQ2L 1OQMA 159LA 1L69A 1LYJA 4LZMA 4GBRB 4OWCA 239LA 3A67Y 3DN8A 2LZMA 4XJFA 226LA 1L47A 1LZRA 1GF8A 1UIBA 2C8PA 1PQMA 1EPYA 1CV4A 5LVKA 1C66A 2OE9X 1I56A 5DLAA 4B49A 1C6NA 1FLWA 1CV0A 4TX7A 158LA 1C6MA 1L20A 1OVKA 2HTXA 5FEKA 196LA 2F4AA 1L85A 3HUKA 3AZ7A 3WULA 1GE4A 1L35A 1OUCA 230LA 1GFVA 3AZ6A 1QS9A 5IDDA 1L34A 1BB6A 1GFAA 1T6HA 1L44A 1LZAA 2F2NA 4WO9A 1JKCA 4WG1A 1L29A 5D5FA 3GUKA 1E8LA 4LT0A 3HTGA 3GUPA 1L79A 2LC9A 2Z12A 4BAFA 1QDRA 4WLYA 4A7DA 3SB9A 1LI3A 194LA 7LZMA 2RB2X 5LAFA 3W6CA 1B7PA 1QT7A 4I7LA 164LA 1WTMA 3HWLA 1OVHA 3HFMY 1LSAA 1L62A 1B5VA 1G0GA 4MR1A 2GV0A 1WQOA 3B0KA 3EMSA 1ZVYB 6LYTA 4WLXA 4H9BA 1LZ9A 3C80A 5I4WA 1UIEA 2XBSA 169LA 5FCPA 3HBEX 4LDOA 3EXDA 1GB0A 3W6BA 1LJNA 2Z19A 5B06A 3C83A 1IC7Y 1IP3A 1QIOA 4J7VA 1L68A 5APCA 5KKJA 3OE9A 229LA 4U3XB 1L07A 2C8OA 1JTTL 2HEAA 1YKXX 5ILCA 1OV7A 1L53A 1GFEA 2IGCA 1WQNA 3A6CY 2YBJA 1I20A 1UUZC 1BVXA 2Q0MX 8LYZA 2BLXA 3RNXA 1L76A 4GCCA 3WVXA 1CUQA 1P5CA 1PQOA 2O7AA 1B5UA 1L61A 3VW7A 4DD7A 5APDA 2PC2A 4ET9A 201LA 254LA 1L51A 4Z98A 3EO5A 4K5YA 1VEDA 3HT6A 1GF4A 154LA 4YXAC 1LZ6A 4YXCA 1G0QA 2F4GA 4C5FA 4NG1A 2LYOA 1P6YA 3G3XA 5T3FA 1GFGA 5LXWA 184LA 1B9OA 4W59A 1L80A 1L72A 161LA 2EQLA 2ANXA 2FYDA 1FN5A 1L36A 1GEVA 4EKPA 1D9UA 4CGEA 4OWEA 3RT5X 4YENA 2YBNA 4TSBA 236LA 1L24A 3ZEKA 1D9WA 246LA 4RLMA 2DQHY 245LA 1LYFA 3WU9A 1T3PA 3SN6R 177LA 2D91A 1L39A 4HTQA 4YOPA 5LYMA 2CJLA 7LYZA 3NYAA 212LA 4I7QA 1C7PA 5KXMA 1HFZA 2HUKA 5APFA 3LZTA 2CGIA 2DQIY 1V7TA 1REYA 1L54A 1B7NA 2MEEA 3WU7A 5B1FA 1ZURA 172LA 4I7JA 1GXXA 1C10A 1IP2A 3GXRA 1C6PA 3LZMA 4H9HA 5F9XA 1GB3A 3FE0A 5IELA 1V7SA 1SX2A 3CT0A 1YKYX 1VDQA 4I7OA 1B5XA 207LA 1DI3A 189LA 1L60A 1CU2A 5L9JA 1GE3A 1KY0A 4W94A 131LA 4AGAA 5I4YA 155LA 5LINA 3CT5A 1IWWA 3WYHA 5C6LA 3C8RA 1L64A 4NHIA 3AZ5A 3P4ZA 1UA6Y 3T36A 4DDCA 2HEFA 4NHTA 4OWBA 1W08A 1HC0A 4GN3A 1WTNA 1L83A 1B5WA 1L19A 4KL7A 2ZQ3A 1C67A 3DMXA 5F16A 1D0MA 4RW2A 1FDLY 1BB4A 4G4BA 1LZNA 1DI5A 1LW9A 192LA 1GBZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CDV A;  4I7R A;  1H6M A;  3HH6 A;  2FBD A;  2BQE A;  3A3Q A;  4HTN A;  2O79 A;  4W96 A;  4HP0 A;  1EQ5 A;  1L03 A;  1CV6 A;  4OWA A;  1JJ0 A;  1LMC A;  5C6J A;  3WH1 A;  1LYI A;  1DKK A;  1VDT A;  5KXS A;  2BQO A;  3N9C A;  4ZPU A;  4NFV A;  1L00 A;  4TTD A;  2D4J A;  3A95 A;  1G7M C;  3M3U A;  135L A;  162L A;  3BKV A;  2YBH A;  5I54 A;  5APE A;  1B7M A;  1B7R A;  4XJD A;  1GF7 A;  2L78 A;  1BGI A;  1TLA A;  3WXT A;  103L A;  4LFX A;  1L57 A;  4IAT A;  1L50 A;  4LT2 A;  2B72 A;  3TMV A;  2BAA A;  2YDG A;  1G1V A;  3G3B B;  6LYZ A;  4HJY A;  3HTB A;  1LZ4 A;  2HEE A;  1B0D A;  1G07 A;  1C6K A;  1L21 A;  1L23 A;  2QAR C;  225L A;  3A92 A;  4ZEE A;  1LGU A;  1GPQ C;  160L A;  3SB6 A;  2ZIL A;  4S0W A;  4W53 A;  234L A;  118L A;  1IWX A;  1CKD A;  1L71 A;  1J1P Y;  1GB9 A;  134L A;  1A4V A;  1SWY A;  3LZ2 A;  3GXK A;  5HNC A;  1L97 A;  4I7P A;  151L A;  1CNS A;  1HF4 A;  3TXE A;  205L A;  255L A;  1CV3 A;  1LYE A;  2X0A A;  168L A;  1LLH A;  1KW7 A;  1LZ8 A;  1QSW A;  3EML A;  1JKA A;  1DQJ C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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