112LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKPELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 112lA00
1L12A 1D3NA 1L38A 1L46A 1WTHA 1G0QA 4YX7C 1XEPA 4I7PA 214LA 3C8RA 148LE 127LA 3C8SA 3UONA 3PDSA 1C6EA 143LA 138LA 1PQMA 4I7KA 1L62A 1D3FA 1L33A 1QTHA 1G0KA 1L29A 1PQJA 1QTZA 120LA 1P56A 254LA 2Q9EA 3PBLA 231LA 3V2WA 1L66A 3CDRA 196LA 2HUMA 1L55A 1L51A 6LZMA 115LA 158LA 1C63A 256LA 4GRVA 1G07A 4AQNA 3SB6A 2OE7X 1LWGA 1CV5A 3DN0A 2B6ZA 3CDVA 2B73A 3G3VA 3HU9A 1C6IA 178LA 1LI3A 220LA 2OE4X 2OU9A 114LA 212LA 2RAYX 4W56A 108LA 1KW5A 3HDEA 4I7OA 1L82A 3GUIA 1L03A 167LA 144LA 1C6MA 1L26A 1L65A 1L74A 168LA 166LA 1NHBA 157LA 1C6BA 1L08A 1L84A 1CU3A 1D3JA 1L22A 1G0MA 137LA 1QUDA 1LW9A 3OE9A 1L79A 183LA 1L01A 119LA 1L56A 1QUOA 3GUMA 1C69A 163LA 1L18A 245LA 209LA 1G06A 4W57A 1C6QA 2B6YA 3SBBC 4EKRA 1DYFA 1L81A 4PJZA 118LA 128LA 164LA 2RBNA 4EPIA 1QTDA 149LA 1CUPA 1L36A 1PQDA 1C61A 1C6CA 1CU2A 232LA 2RB1X 2IGCA 2O7AA 3VW7A 222LA 2RBRA 129LA 113LA 1OVHA 1L39A 3NY8A 1I6SA 3DKEX 3QAKA 1L44A 1L15A 1KY0A 1CUQA 1L52A 122LA 4ARLA 1LYGA 213LA 2QARC 140LA 1P46A 2LC9A 2F32A 1QT7A 2B74A 131LA 184LA 1EPYA 1L76A 1KS3A 5I14A 248LA 111LA 1L87A 4ARQB 239LA 4I7MA 4YXAC 1G0GA 1L05A 246LA 1K28A 3RUNA 4PK0A 1QTBA 1L67A 2B6XA 1L73A 1L00A 1L57A 1SSWA 1LYEA 3L64A 2ANXA 2RAZX 3GUOA 1L93A 147LA 1L88A 173LA 211LA 2HUKA 1L99A 1QT4A 1LGWA 1OV5A 1QUGA 1L94A 3GUJA 1L48A 4I7RA 159LA 1L21A 171LA 1KW7A 238LA 4I7LA 4ARQA 4ARMB 3C7WA 1QT3A 4IAPA 3HDFA 242LA 253LA 3DNAA 1L85A 4I7SA 1L95A 1XJUA 7LZMA 1L06A 1L02A 2LZMA 4EPFA 175LA 216LA 2RBSA 1ZURA 241LA 1ZWNA 150LA 1L50A 1L90A 1L89A 1QT6A 1P36A 201LA 2RBOA 2B7XA 3GULA 4ARMA 126LA 176LA 3F9LA 1QSBA 3D4SA 1LYJA 1LI6A 3HUAA 251LA 174LA 1QTCA 4DKLA 1QS9A 1KNIA 2OTZX 3C81A 4EJ4A 1P37A 1QTVA 3SBAA 1CV0A 125LA 1L60A 2F47A 2LCBA 2RB2X 1OYUA 107LA 1TLAA 240LA 1L31A 260LA 225LA 4OO9A 3SB8A 1L58A 249LA 4W53A 3RZEA 1L61A 3HWLA 1LYFA 1L47A 165LA 189LA 2RH1A 172LA 1L40A 1SSYA 2QB0B 4LDEA 1L16A 177LA 2B6WA 1L30A 1L80A 2B72A 1C6AA 1CTWA 3OE8A 3FI5A 4W51A 3DN1A 4ARJA 4I7JA 1L09A 1L69A 226LA 3OE0A 3HH3A 112LA 1L10A 3HT9A 4YXCA 1LYIA 3DN8A 1LGXA 4EKSA 4EKQA 3HTDA 1LPYA 4ARPA 2RBQA 3SB9A 162LA 3G3XA 2OU8A 3HTGA 180LA 3LZMA 1OVKA 1CU0A 139LA 1OV7A 1PQKA 1C6HA 1L96A 2O4WA 1LLHA 1CVKA 4S0WA 261LA 1CV4A 1L75A 3NYAA 1L86A 102LA 2RBPA 1L49A 2OTYX 110LA 1DYCA 4W52A 109LA 1OVJA 1T8AA 1L23A 1P2RA 1L37A 192LA 1QT5A 227LA 1L98A 1P3NA 155LA 262LA 2Z6BA 1ZYTA 1L0KA 2HULA 1L0JA 199LA 3HU8A 3G3WA 1OWZA 1D2WA 3DN2A 160LA 4I7NA 198LA 3HUQA 3GUKA 1D2YA 1JQUA 1T97A 1G0PA 1L34A 1L41A 2ANVA 181LA 2OU0X 1SX7A 210LA 3C7YA 3SN6R 221LA 1L45A 151LA 1SWYA 1C65A 1P7SA 1JTNA 3CDTA 3C83A 2NTHA 1QT8A 1L72A 3HT7A 4K5YA 1CV3A 1CU6A 200LA 1G0LA 1L91A 1PQIA 234LA 3HH5A 4W58A 1C60A 3HUKA 1C6LA 1C66A 1SX2A 1L71A 186LA 1LYDA 3HTFA 4LDOA 4LZMA 1L07A 145LA 1L27A 1T8FA 1L43A 2B75A 1CV6A 1PQOA 257LA 195LA 1P6YA 2OEAX 1C67A 1C62A 187LA 1P2LA 1L35A 1L19A 1G0JA 1T8GA 3HH4A 259LA 1C6TA 1JTMA 1LYHA 206LA 1CX7A 4DAJA 243LA 3CDQA 3SB5A 2A4TA 1L11A 1C6NA 1C68A 1L24A 1L97A 1KY1A 1L20A 205LA 218LA 1B6IA 1T6HA 219LA 1G1WA 3C80A 1L77A 1L17A 104LA 185LA 217LA 190LA 2B70A 2O79A 1L59A 1L68A 1C6DA 1C6KA 1P64A 1L25A 235LA 1L32A 3V2YA 156LA 152LA 4ZPUA 215LA 3FADA 146LA 233LA 1DYBA 142LA 3C7ZA 223LA 236LA 4DJHA 1DYAA 224LA 3DN6A 3NY9A 3K2RA 2F2QA 1LGUA 3HT6A 3SB7A 3F8VA 1DYGA 4I7QA 5LZMA 1L42A 237LA 3L2XA 3OE6A 4I7TA 4W59A 141LA 1CX6A 1L28A 4E97A 130LA 2CUUA 2NTGA 3GUPA 1CU5A 1L04A 1XJTA 3EMLA 1L64A 1L54A 188LA 103LA 1QSQA 1D9WA 1C64A 1L13A 3C8QA 1LI2A 1C6PA 3JR6A 250LA 4EXMA 2B6TA 3HH6A 1L92A 255LA 1L14A 1DYEA 1D3MA 1L63A 4LDLA 169LA 191LA 244LA 3FA0A 4GBRB 1G1VA 161LA 258LA 1P5CA 252LA 1C6JA 1C6FA 1CV1A 1QS5A 1C6GA 2Q9DA 4EKPA 1DYDA 228LA 197LA 1SWZA 1L53A 2OE9X 3DMZA 3HT8A 3DMVA 1LWKA 229LA 123LA 3CDOA 1QUHA 230LA 3DN4A 4W54A 3GUNA 3HTBA 3ODUA 3DMXA 1OWYA 170LA 3DN3A 4W55A 247LA 1L70A 2L78A 2RB0X 3C82A 182LA 1L83A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSGA 1L38A 1B5XA 3D3DA 1WTHA 4OWBA 3C8RA 3TXGA 4KL7A 1WQRA 3M18B 143LA 1L62A 1QTHA 1DI5A 1FKQA 4U3XB 1EQEA 1LOZA 4R6CA 5F9UA 1LZCA 254LA 1D0MA 231LA 6LZMA 115LA 2H9JA 5LINA 1ZVYB 158LA 1J1XY 4GRVA 2OE7X 3CDVA 2WARA 3G3VA 4NHSA 5LVHA 1C6IA 2OE4X 2OU9A 2RAYX 3M3UA 4WM4A 1L82A 1WQPA 1C6MA 4LT3A 1JHLA 4WM1A 1C6BA 1L08A 1CU3A 1EQ4A 8LYZA 1D3JA 3FI7A 1L22A 1G0MA 4TUNA 1JTPL 1VDQA 1LW9A 3EO5A 1L79A 3AB6A 2Z39A 4XJDA 1JISA 3AGHA 4UWUA 2YBHA 1OUGA 3TXDA 4NGJA 1GF5A 3W6CA 5L3HA 5DL9A 4DD7A 2RBNA 4BADA 1IR7A 1CUPA 1L36A 1REYA 1LSYA 232LA 2RB1X 1LHLA 1HMLA 2RBRA 2XBRA 1BWHA 129LA 5D5FA 3NY8A 2YSSC 3B0KA 3DKEX 1B7QA 1LZ8A 4XJIA 1CUQA 1LYGA 4D9ZA 2QARC 2W1XA 2ZNXY 4GN4A 184LA 1JJ0A 248LA 4H9EA 1BWIA 1IOQA 4YXAC 1G0GA 1L05A 3A92A 1JKBA 1FLUA 4PK0A 2B6XA 5I54A 3EXDA 1LYEA 1CJ6A 5FCPA 1IWUA 3GUOA 5FEKA 147LA 2F4GA 1L99A 2MEDA 1LGWA 1GB0A 1CKCA 1Z55A 1KIQC 4YEOA 1KW7A 2HEFA 3QE8A 4RLMA 1QT3A 2CGIA 5LYMA 3LZTA 3HDFA 5B06A 3DNAA 1L85A 5F9XA 7LZMA 2X0AA 1L02A 1YAOA 2LZMA 2RBSA 216LA 4DD9A 4EPFA 1ZWNA 1ALCA 201LA 2Z2EA 4ET9A 1GFHA 4ARMA 4ANRA 5L3IA 3WVXA 1QSBA 1LI6A 3HUAA 4DKLA 1QS9A 1KNIA 2OTZX 4EJ4A 1B7MA 1CV0A 1IWYA 5E4PA 107LA 4H92A 1L31A 3AGIA 3SB8A 1F0WA 1GEZA 3RZEA 1JTOL 2DQJY 1DPWA 1NF5A 2RH1A 4WO9A 1L40A 2VB1A 2QB0B 1SQ2L 1L16A 1CKFA 1IR9A 2B72A 1GFJA 3OE8A 4M6DA 3TXFA 2LZ2A 5HLLA 1NMMA 2NWDX 3HH3A 3HFMY 1LHIA 3AZ5A 2ZYCA 1CJ7A 1J1OY 4HPIA 3SB9A 1BB5A 2C8OA 2OU8A 180LA 3LZMA 5FDJA 2BQKA 261LA 4H8YA 5LVGA 4NSJA 1L75A 4TSBA 1HC0A 1L49A 3A3RX 1T8AA 2YBJA 1HELA 1L37A 192LA 3B0IA 1L98A 155LA 1OQMA 2Z6BA 5APDA 4QGZA 1LZ5A 2G4NA 1LMOA 2MEFA 199LA 1B5UA 1YKZX 3A90A 3DN2A 198LA 3HUQA 3WXTA 5T3FA 1YIKA 1G0PA 1IX0A 2I6ZA 1SWYA 1VDPA 4DQJA 3C83A 1GE1A 5B07A 2YVBA 4OOTA 4XJGA 4GCFA 234LA 1C60A 5L9JA 3WPJA 5A3ZA 1CV6A 1PQOA 2N5ZA 4RDSA 4W96A 4G4CA 2OEAX 5A3EA 1HERA 1L35A 3AW7A 4N1EI 1TEWA 2MECA 1JPOA 3B6LA 2EIZC 206LA 4XN6A 2PC2A 2YBLA 3SB5A 5ILCA 1L97A 4NGYA 1LSDA 205LA 4H9AA 1B7PA 1G1WA 1GF6A 3C80A 1LKRA 1L17A 4H93A 185LA 3IWRA 190LA 2B70A 2ZWBA 2O79A 2ZQ4A 1C6DA 1C6KA 5HMVA 5IHGA 2G4QA 1L32A 3F6ZA 156LA 1CKGA 2HU1A 4MR1A 4NWHA 223LA 1GD6A 1DYAA 1AKIA 4DDAA 3WU7A 3F8VA 4I7QA 1BB3A 3WPKA 1GXV2 1UICA 1GF9A 1HFXA 3L2XA 4LYOA 1HENA 1OP9B 4W59A 1CX6A 2RSCA 3P65A 1A4VA 4E97A 4BAFA 1CU5A 1H87A 1XJTA 5F14A 1L64A 4H9IA 1C64A 1LSAA 1C6PA 1HFZA 4B0DA 1WVUA 2B6TA 2XTHA 2Z18A 3HH6A 1L92A 4B4IA 1DI4A 4DD0A 1L14A 4NSGA 4OW1A 2BQBA 207LA 1D3MA 3TXHA 3A3QA 1L63A 2LYZA 4LDLA 4LFXA 1AM7A 3ATNA 3FA0A 4GBRB 1G1VA 1IC5Y 258LA 1CJ9A 1FBIX 1GFAA 4NGWA 1DYDA 1LSZA 228LA 1JIYA 1LSBA 1IOTA 1T6VL 4TTDA 4XJFA 4EOFA 3CDOA 1QUHA 3HTBA 3ODUA 1LJKA 4L41A 3C82A 4LT2A 4ETAA 1L12A 2HUBA 3P4ZA 1L46A 1EQ5A 4I7PA 148LE 1PQMA 2IFFY 1D3FA 1UIDA 1OUDA 1PQJA 5EBHA 4PRQA 4LYTA 2BQNA 2Q9EA 2HUMA 2MEEA 1L55A 1WVVA 1HSXA 1UIAA 1B7NA 3AW6A 4CFOA 3HU9A 1YAPA 3A6CY 212LA 4GCBA 1CKDA 1CNSA 2HTXA 3QY4A 4OWHA 1JUGA 1L03A 1MELL 2LHMA 5I53A 167LA 4HV2A 4MCKA 2DQGY 1L26A 1G7JC 166LA 1GF0A 2DQCY 4OWEA 3W6DA 1GHLA 1NHEA 4EMNA 3RW8A 137LA 5B1FA 2MEGA 1REXA 1L01A 1HEQA 4X3BA 1W6ZA 2YDGA 5II3A 1C6QA 2B6YA 3SBBC 1L81A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSG A;  1L38 A;  1B5X A;  3D3D A;  1WTH A;  4OWB A;  3C8R A;  3TXG A;  4KL7 A;  1WQR A;  3M18 B;  143L A;  1L62 A;  1QTH A;  1DI5 A;  1FKQ A;  4U3X B;  1EQE A;  1LOZ A;  4R6C A;  5F9U A;  1LZC A;  254L A;  1D0M A;  231L A;  6LZM A;  115L A;  2H9J A;  5LIN A;  1ZVY B;  158L A;  1J1X Y;  4GRV A;  2OE7 X;  3CDV A;  2WAR A;  3G3V A;  4NHS A;  5LVH A;  1C6I A;  2OE4 X;  2OU9 A;  2RAY X;  3M3U A;  4WM4 A;  1L82 A;  1WQP A;  1C6M A;  4LT3 A;  1JHL A;  4WM1 A;  1C6B A;  1L08 A;  1CU3 A;  1EQ4 A;  8LYZ A;  1D3J A;  3FI7 A;  1L22 A;  1G0M A;  4TUN A;  1JTP L;  1VDQ A;  1LW9 A;  3EO5 A;  1L79 A;  3AB6 A;  2Z39 A;  4XJD A;  1JIS A;  3AGH A;  4UWU A;  2YBH A;  1OUG A;  3TXD A;  4NGJ A;  1GF5 A;  3W6C A;  5L3H A;  5DL9 A;  4DD7 A;  2RBN A;  4BAD A;  1IR7 A;  1CUP A;  1L36 A;  1REY A;  1LSY A;  232L A;  2RB1 X;  1LHL A;  1HML A;  2RBR A;  2XBR A;  1BWH A;  129L A;  5D5F A;  3NY8 A;  2YSS C;  3B0K A;  3DKE X;  1B7Q A;  1LZ8 A;  4XJI A;  1CUQ A;  1LYG A;  4D9Z A;  2QAR C;  2W1X A;  2ZNX Y;  4GN4 A;  184L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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