1ZMYL

Cabbcii-10 vhh framework with cdr loops of cablys3 grafted on it and in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords Antibody cabbcII-10:lys3
publication title Identification of a universal VHH framework to graft non-canonical antigen-binding loops of camel single-domain antibodies
pubmed doi rcsb
source organism Camelus dromedarius
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zmyL00
1AT6A 4GLAA 1HSXA 1NBZC 135LA 1YIKA 5D5CA 1GBXA 2LYZA 4QEQA 1ZVYB 2Z37A 1IR8A 1XGQC 2A7FA 1RCMA 3LYMA 4H9HA 1B5UA 1FLQA 2C8OA 3K3TA 4WM5A 1D6PA 4NSHA 1LZAA 1JSFA 4PHIA 5E9RA 1C10A 4B49A 2BQBA 3W6CA 1AM7A 3QE8A 1OP9B 4LYCA 4J7VA 1LSFA 2FBBA 1GXXA 2BQCA 3CT1A 3RNXA 3WULA 1DKKA 5HNLA 4WL6A 4DD7A 3CB7A 3AGGG 3OJPA 4DD9A 1LJIA 1LSYA 1LMTA 3B0IA 4G9SA 5T3FA 1GFJA 1BQLY 3T6UA 1CJ7A 1LYZA 3TXFA 3WW5A 1NBYC 4H9AA 1FN5A 1LZ9A 2BQLA 2PC2A 1WQNA 3IWRA 4J1AA 4HV2A 4N1EI 4W96A 3W6FA 3LYZA 1LZRA 4LYMA 2LZTA 2D4JA 3T36A 1JJ0A 2G4QA 1IX0A 5IELA 1CKDA 1C46A 3P4ZA 5L9JA 1LSDA 5APDA 1IWWA 4IASA 154LA 1IO5A 5EBHA 1HFYA 2I25L 1JJ3A 4LT0A 1GWDA 3ZVQA 4NY5A 1QSWA 1GF0A 1E8LA 5KXRA 3A67Y 4LGKA 3A94A 1JEFA 4H91A 2RSCA 1LZ8A 4QGZA 2HEBA 4LYZA 4DDAA 1JITA 4O34A 4CHXA 4Z41A 1B7NA 1GB0A 1GBOA 2G4PA 4OWBA 2ZNWY 3AW6A 5ILFA 3M18B 1RJCB 3BKVA 2MEAA 3IJVA 4MSTA 5F16A 1DXJA 1GF9A 5DM9A 1GB9A 1WTNA 2N5ZA 2ZIKA 4NSJA 1GB3A 4RW2A 4U3XB 1IOTA 1G7HC 4NEBA 4XADA 4ETBA 2BAAA 5AMYA 4NGLA 1J1OY 1UIEA 1OUBA 3J6KA 1CJ6A 2Z39A 5JENB 3AZ5A 3AB6A 2HEDA 1LMNA 1SQ2L 4ZIXA 2I6ZA 1UIFA 1DPWA 4HJZA 1IEEA 4H8YA 4N0JA 1GE4A 1NDGC 4N5RA 1MLCE 1LZCA 3P68A 1B5WA 1IWUA 2XTHA 1LJKA 9LYZA 1IOSA 1N4FA 4WO9A 3HFMY 3ZVQB 5LA5A 4II8A 1HMLA 3W6DA 1GF5A 4NGJA 1B7LA 1BB5A 3B0KA 4NG8A 2B5ZA 1D6QA 2HEFA 4NHSA 5DLAA 2EIZC 5FSTA 4G4HA 4RW1A 5FEKA 2MECA 4XJHA 1JWRA 2BQFA 1GBSA 1V7SA 4DD3A 3P66A 3RU5A 3TMUA 3TXBA 3W6EA 1LZGA 3EO5A 1F6RA 4XENA 4AXTA 5HQ1A 3LN2A 5KXNA 5KJ9A 1XGPC 3A96A 2BLYA 1KIPC 1LSAA 3WYHA 5E4PA 1BGIA 4E3UA 2D4KA 1LKSA 2W1XA 4OOTA 3WU8A 2F2NA 2D91A 3B0OA 1LJFA 3A6CY 1FLWA 2YDGA 3CT5A 2BQJA 1GFAA 1HEQA 5HNCA 3W6BA 1GE1A 3AZ4A 4UWVA 2CGIA 3KAMA 4ETCA 1KXYA 1UIGA 5LYTA 2DQEY 5J7CA 4H9FA 4XJBA 1UACY 5I53A 2BQKA 1YQVY 5B05A 1GXV2 3WU7A 4TWSA 1HEWA 5B59A 1G7MC 1FBIX 1LTMA 5KKJA 2YVBA 3WUMA 3WXUA 1GEZA 4LFXA 4BADA 2DKVA 1EL1A 5F9XA 1P2CC 4BAPA 4DT3A 5KXOA 5KXZA 1LYYA 1OUFA 1UIHA 3WPKA 1GB2A 193LA 2LZ2A 1RE2A 1JIYA 3AJNA 1UUZC 2W1LA 3TXGA 3A6BY 5LAGA 5I4YA 1TEWA 1CKGA 1XFPL 4FJRA 1NDMC 1B7MA 4J0LA 4KL7A 1LZ6A 3A34A 4RLNA 5APFA 1DQJC 2BQHA 4DDCA 3WVYA 1HHLA 4XJGA 1FKVA 1NQIA 4I0CA 1QTEA 1B5VA 3TMWA 2YBLA 2C8PA 2Z19A 3AZ7A 4WM6A 1YANA 4WOAA 2MEBA 3AZ6A 2ZILA 4Z46A 1HF4A 1OUGA 4XJIA 1WVVA 3ULRA 1F10A 1LZYA 1OUDA 3SP3A 4B4EA 1A2YC 1NWGA 3ATOA 4TX7A 1HFXA 1GFHA 3AYQA 1VEDA 1I56A 1LSBA 4RDSA 4GN4A 2MEIA 4EMNA 1TAYA 5M1YA 4A7DA 1DI5A 2ZYPA 1GE3A 1WQPA 4NHTA 1GDWA 1IWTA 1REYA 1VAUA 5KXYA 2YBMA 1UIAA 1LSGA 2DQJY 2XJWA 3WUNA 4ETAA 1BB4A 1ZV5L 1UC0A 1LHKA 3B6LA 1HFZA 1B7OA 5DN4A 2HU1A 4M4OA 3LZTA 1PZYA 4DD1A 1DZBX 3WMKA 1LHIA 5ILCA 5APCA 1W6ZA 2YSSC 1IWVA 4N1CC 4ET8A 5LYZA 2Z38A 3AGHA 5LVGA 132LA 1IIZA 1J1XY 1IP7A 1D0LA 1GF6A 3MGWA 194LA 2MEFA 2NWDX 1FLUA 3G3BB 4HTKA 4WM4A 1CKCA 2BQDA 4XJFA 1GFGA 4Z3MA 5F9UA 4IATA 1B0DA 1LJ4A 1CNSA 5HLLA 4EOFA 2HTXA 1IC5Y 1GB5A 1LMCA 1UICA 2XBRA 4LT2A 4G49A 4YENA 1GE0A 1H87A 5DN5A 3TXIA 4ZEEA 2I26L 1YKZX 2BQGA 4BS7A 1AZFA 4D9ZA 5KXLA 4H92A 3GXRA 1GF7A 1GAZA 2BQMA 4CGEA 1BB3A 4LT1A 5K7OA 1JKAA 2A7DA 1IP5A 1HERA 2ZQ4A 2LYOA 1VATA 4NGKA 1UIBA 1JSEA 2ZQ3A 5KXWA 4HSFA 4M6DA 2BQNA 3A91A 1HMKA 2DQFC 2GV0A 1OQMA 1HENA 1RFPA 2DQIY 3E3DA 5HMVA 2BLXA 4R0FA 1GFUA 208LA 1UCOA 1IWXA 5HMJA 4H9CA 1REMA 3EXDA 4H93A 5C6JA 1B5XA 4YOPA 4NSGA 1BVKC 4WMGA 1IP1A 1C7PA 1BHZA 3D9AC 4NWHA 1IVMA 3WPLA 5KY1A 1LKRA 1YAQA 4NFVA 1CKFA 4TUNA 2AUBA 1QUTA 4OWHA 1KIQC 3HBDA 1SLYA 5FELA 3TXEA 1JTPL 5KXSA 1LJJA 1GFRA 2LYMA 1UIDA 2H5ZA 4NIJA 4TTDA 3QY4A 4WL7A 4DC4A 1LMQA 4HP0A 3A93A 5F14A 1HEOA 2G4NA 3G3AB 5LYMA 1WQRA 5L3IA 4NGWA 3B72A 4N8ZA 5LVKA 4B0DA 3WVXA 4H9IA 4LZTA 4KXIA 4PRUA 4WLTA 4J1BA 4NGOA 1OUAA 1UBZA 5LVJA 4NGZA 3ATNA 4QDNA 1D0KA 4RLMA 3WL2A 1IOCA 1GFTA 1HEMA 1JISA 1GB8A 1QUSA 1LPIA 4GCCA 1HSWA 3AW7A 4B4JA 1D0MA 1H6MA 3TXKA 3RT5X 1REXA 2HUBA 1GBYA 2EKSC 3BKHA 2FYDA 1OUHA 1TDYA 3J4GA 4HJYA 1LJHA 1JTTL 1Z55A 1ZMYL 4H8ZA 1QQYA 1YKYX 4WM1A 3GXKA 5C6LA 1IC4Y 3WUAA 3TXJA 2BQOA 1DI4A 1IP6A 1JHLA 4N9RA 4LT3A 5LAFA 3HBHA 4NGYA 1W08A 1B9OA 3HBEX 1LJNA 4XJDA 2W1YA 4H94A 4DD2A 5D5FA 1YILA 4HPEA 2F30A 2HEEA 3D3DA 3A3QA 1LHJA 4WG1A 3A95A 4DD0A 1J1PY 1LZTA 1B2KA 4WLXA 4QY9A 1LZ4A 4I8SA 2DQAA 3RW8A 4X3BA 1XSFA 2BPUA 4FDYA 3W6AA 5B06A 3VWOA 4YM8A 2HEAA 1DPXA 1OUIA 4PPOA 1G7IC 1LOZA 4AGAA 1QTKA 4DWXA 4R6CA 3RZ4A 5F81A 153LA 1XGRC 1XGUC 1BWJA 4NGIA 3CSQA 4H9BA 4DYGA 4WO6A 4G4BA 4P2EA 4L41A 4OW1A 1KXXA 1EQ5A 5LIOA 4NGVA 3FI7A 1MELL 1GPQC 1NMMA 2BQAA 4CJ2A 1XEJA 1CJ9A 5I54A 2IFFY 1TBYA 2CWIA 3CSZA 4B4IA 7LYZA 5II3A 2EQLA 4ZFPA 1KXWA 4XN6A 1LHHA 2BQEA 2ZWBA 4NHQA 5I4WA 4HTNA 2DQDY 2LHMA 1IWYA 1IY4A 2Q0MX 4HJVA 1O23A 2Y8PA 1BVXA 4WM2A 4CFOA 1GF3A 2W1MA 1QDTA 4H90A 3F6ZA 1JKCA 3N9AA 4HPIA 1RI8B 1IP4A 4KT3A 5LXWA 1LMPA 4UWNA 2CDSA 1LSCA 5KXTA 6LYZA 1IR7A 1LJEA 1YAMA 4OOOA 2Z12A 2YBNA 5A3EA 2WARA 2FBDA 4W94A 4GCEA 1T6VL 207LA 2YBIA 1JPOA 4MCKA 2VB1A 1NKHA 4LYBA 1B7PA 4OWAA 5APEA 4ET9A 2Z2FA 1LSEA 3LYOA 4LYOA 1LZSA 1VDSA 4C5FA 1LZBA 1GBZA 2X0AA 3N9EA 4BAFA 8LYZA 5KXMA 2DBTA 4HTQA 2MEHA 4YEMA 3TXDA 5KXKA 5FDJA 1F0WA 2YBHA 5I4XA 4GCBA 2F4GA 5FHWA 5C6IA 1FLYA 1BB6A 1V7TA 1LSPA 1YROA 5LA8A 3TXHA 4LYTA 4WLDA 2MEEA 2ZIJA 4GLVA 1WVUA 1GF8A 4WM3A 5A3ZA 1YL0X 1FDLY 4NSIA 3AGIA 4YEOA 5DL9A 5FCPA 1LYOA 3QNGA 2ZNXY 4YF2A 1LZEA 3TMXA 1VFBC 133LA 1TCYA 1NF5A 3P64A 1IP3A 5LINA 1GDXA 6LYTA 1LHLA 2CJLA 1LSZA 1XEIA 4B1AA 1LSMA 4GN3A 2H9JA 3LHMA 1D9UA 1GFKA 5B07A 1LJ3A 5IDDA 2HECA 4CFPA 5LVHA 1C45A 1LAAA 4UWUA 1A4VA 1CJ8A 2ZYCA 4ML7A 1JKDA 4KPMA 1YKXX 1G7LC 1QDRA 1GF4A 1VDPA 1LMOA 1GE2A 1LSNA 1WQQA 1GB7A 1WTMA 3IJUA 1IP2A 4LFPA 1WQOA 1B7RA 1LCNA 4NHPA 4NG1A 3WH1A 1LZDA 4IJ4A 4OWEA 1B5YA 1G7JC 1LJGA 1ZVHL 2DQHY 1IC7Y 5L3HA 2MEGA 3EMSA 1DI3A 1FKQA 1GAYA 1WQMA 1JJ1A 3LYTA 1OUJA 2DQCY 3W3EA 1AT5A 5I5QA 2D6BA 1JUGA 1C43A 1JTOL 3ZEKA 1YAOA 134LA 3LZ2A 1BB7A 1LMAA 2FYCA 4WLYA 1XGTC 4GN5C 1I1ZA 4GCFA 1B5ZA 4HV1A 1B7SA 3EBAB 1EQEA 3OK0A 1PS5A 1I20A 2Z2EA 3TMVA 1KIRC 1UA6Y 5KXPA 3WXTA 1OUEA 1IY3A 1IWZA 1ALCA 1QIOA 4GCDA 2F4AA 1QSAA 3A90A 1GFVA 1BWHA 1VDTA 4G4CA 1DKJA 2XBSA 1IOQA 2DQGY 1LYSA 2HU3A 4PRQA 3WU9A 3A92A 3N9CA 1GHLA 3FE0A 1C08C 1OUCA 1HC0A 1GFEA 2D4IA 4TSCA 5B1FA 2H9KA 2IHLA 5LVIA 5KXXA 1LZ1A 3CT0A 4XYYA 1EQ4A 2BQIA 3CQLA 4H9EA 4ANRA 1IR9A 4C3WA 4H1PA 4H8XA 1REZA 3WPJA 1GEVA 1T3PA 1BWIA 1YL1X 1AKIA 1VDQA 1B7QA 1GB6A 1HEPA 3A8ZA 1INUA 1HELA 3CSRA 3A3RX 3P65A 5IHGA 2Z18A 3M3UA 1HNLA 4TSBA 4ETDA 4WG7A 4ETEA 4PJ2C 1GD6A 1LHMA 4OWCA 5KKIA 1YAPA 4MR1A 1GBWA 4Z98A 1F6SA 1IORA 1CKHA 2EPEA 1JKBA 2YBJA 1NHEA 4NWEA 3WW6A 2MEDA 1LZ5A 4DDBA 1XEKA 1LZNA 4NHIA 4PGJB 5B1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AT6A 1NBZC 1GBXA 4YXAC 1XGQC 2A7FA 1B5UA 4PHIA 1LZAA 115LA 3W6CA 2FBBA 1GXXA 3WULA 4WL6A 3CB7A 110LA 1GFJA 1BQLY 1LYZA 3TXFA 4EKSA 1NBYC 4W96A 3HH3A 3HWLA 3CDQA 4LYMA 1JJ0A 3CDOA 1LYJA 4IASA 2I25L 1JJ3A 1GWDA 1C6BA 1C6JA 5KXRA 3G3XA 2RSCA 2HEBA 1P3NA 3DMVA 1GBOA 4OWBA 2ZNWY 3BKVA 2MEAA 4W59A 1GB9A 2ZIKA 1GB3A 1L11A 4ETBA 1L35A 3J6KA 3AZ5A 3AB6A 1SQ2L 2I6ZA 1DPWA 1C6EA 145LA 4H8YA 3GUNA 4HJZA 1C6TA 231LA 2XTHA 4II8A 2LCBA 1P36A 1GF5A 4NGJA 243LA 3B0KA 109LA 2B5ZA 1D6QA 2HEFA 3DN2A 4NHSA 1DYBA 3V2WA 1LZGA 3EO5A 1F6RA 5HQ1A 1XGPC 114LA 4E3UA 3WU8A 1LJFA 2YDGA 258LA 3ODUA 1UACY 2B7XA 1GXV2 5B59A 1G7MC 244LA 3WUMA 1GEZA 1EL1A 1P2CC 4BAPA 4DT3A 195LA 1L20A 1LYYA 1OUFA 1LYHA 3TXGA 1QT5A 4FJRA 3A34A 5APFA 1L79A 2BQHA 4DDCA 1FKVA 1NQIA 1L45A 3AZ7A 1CX6A 1YANA 3AZ6A 3OE6A 1PQDA 1WVVA 1G0PA 209LA 3DN3A 3C8QA 2MEIA 4RDSA 206LA 4GN4A 234LA 2OEAX 161LA 1WQPA 1REYA 1VAUA 1L19A 4ETAA 2DQJY 1C6KA 1P7SA 4W53A 1QTDA 3B6LA 2HU1A 1C6HA 1PZYA 4DD1A 1DZBX 3WMKA 4N1CC 1T8AA 1LLHA 1L62A 3MGWA 2NWDX 3G3BB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AT6 A;  4GLA A;  1HSX A;  1NBZ C;  135L A;  1YIK A;  5D5C A;  1GBX A;  2LYZ A;  4QEQ A;  1ZVY B;  2Z37 A;  1IR8 A;  1XGQ C;  2A7F A;  1RCM A;  3LYM A;  4H9H A;  1B5U A;  1FLQ A;  2C8O A;  3K3T A;  4WM5 A;  1D6P A;  4NSH A;  1LZA A;  1JSF A;  4PHI A;  5E9R A;  1C10 A;  4B49 A;  2BQB A;  3W6C A;  1AM7 A;  3QE8 A;  1OP9 B;  4LYC A;  4J7V A;  1LSF A;  2FBB A;  1GXX A;  2BQC A;  3CT1 A;  3RNX A;  3WUL A;  1DKK A;  5HNL A;  4WL6 A;  4DD7 A;  3CB7 A;  3AGG G;  3OJP A;  4DD9 A;  1LJI A;  1LSY A;  1LMT A;  3B0I A;  4G9S A;  5T3F A;  1GFJ A;  1BQL Y;  3T6U A;  1CJ7 A;  1LYZ A;  3TXF A;  3WW5 A;  1NBY C;  4H9A A;  1FN5 A;  1LZ9 A;  2BQL A;  2PC2 A;  1WQN A;  3IWR A;  4J1A A;  4HV2 A;  4N1E I;  4W96 A;  3W6F A;  3LYZ A;  1LZR A;  4LYM A;  2LZT A;  2D4J A;  3T36 A;  1JJ0 A;  2G4Q A;  1IX0 A;  5IEL A;  1CKD A;  1C46 A;  3P4Z A;  5L9J A;  1LSD A;  5APD A;  1IWW A;  4IAS A;  154L A;  1IO5 A;  5EBH A;  1HFY A;  2I25 L;  1JJ3 A;  4LT0 A;  1GWD A;  3ZVQ A;  4NY5 A;  1QSW A;  1GF0 A;  1E8L A;  5KXR A;  3A67 Y; 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 1G7J C;  1LJG A;  1ZVH L;  2DQH Y;  1IC7 Y;  5L3H A;  2MEG A;  3EMS A;  1DI3 A;  1FKQ A;  1GAY A;  1WQM A;  1JJ1 A;  3LYT A;  1OUJ A;  2DQC Y;  3W3E A;  1AT5 A;  5I5Q A;  2D6B A;  1JUG A;  1C43 A;  1JTO L;  3ZEK A;  1YAO A;  134L A;  3LZ2 A;  1BB7 A;  1LMA A;  2FYC A;  4WLY A;  1XGT C;  4GN5 C;  1I1Z A;  4GCF A;  1B5Z A;  4HV1 A;  1B7S A;  3EBA B;  1EQE A;  3OK0 A;  1PS5 A;  1I20 A;  2Z2E A;  3TMV A;  1KIR C;  1UA6 Y;  5KXP A;  3WXT A;  1OUE A;  1IY3 A;  1IWZ A;  1ALC A;  1QIO A;  4GCD A;  2F4A A;  1QSA A;  3A90 A;  1GFV A;  1BWH A;  1VDT A;  4G4C A;  1DKJ A;  2XBS A;  1IOQ A;  2DQG Y;  1LYS A;  2HU3 A;  4PRQ A;  3WU9 A;  3A92 A;  3N9C A;  1GHL A;  3FE0 A;  1C08 C;  1OUC A;  1HC0 A;  1GFE A;  2D4I A;  4TSC A;  5B1F A;  2H9K A;  2IHL A;  5LVI A;  5KXX A;  1LZ1 A;  3CT0 A;  4XYY A;  1EQ4 A;  2BQI A;  3CQL A;  4H9E A;  4ANR A;  1IR9 A;  4C3W A;  4H1P A;  4H8X A;  1REZ A;  3WPJ A;  1GEV A;  1T3P A;  1BWI A;  1YL1 X;  1AKI A;  1VDQ A;  1B7Q A;  1GB6 A;  1HEP A;  3A8Z A;  1INU A;  1HEL A;  3CSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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