1ZMYL

Cabbcii-10 vhh framework with cdr loops of cablys3 grafted on it and in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Camelus dromedarius
publication title Identification of a universal VHH framework to graft non-canonical antigen-binding loops of camel single-domain antibodies
pubmed doi rcsb
molecule keywords Antibody cabbcII-10:lys3
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zmyL00
1A2YC 2BQEA 1INUA 2Z37A 5IHGA 5HNLA 3LZTA 1LPIA 1OUAA 3TXGA 4J7VA 1AT6A 1B5VA 1BB5A 1LZBA 3LN2A 4NGLA 4DD3A 1IC5Y 3A67Y 1LMNA 4N8ZA 1FLWA 2CWIA 1GB2A 2W1LA 3W3EA 4ETAA 4PRQA 2RSCA 4ZFPA 5HMVA 4KXIA 3SP3A 1WQOA 1IVMA 1LJNA 3LHMA 5LVHA 4P2EA 2I26L 3A94A 1FBIX 3E3DA 1IC4Y 5A3ZA 5KXTA 4GN4A 3TXDA 3AYQA 1DKJA 4H9FA 4H1PA 3WUAA 4HV2A 4WM2A 3RT5X 1J1PY 1LZGA 3TXBA 4B4IA 4YEMA 1IIZA 2MEHA 4M4OA 4Z41A 1LJJA 1FKQA 3CSZA 4H93A 4KT3A 1B0DA 1LMQA 4HP0A 4LYOA 5KXRA 1GF4A 3A8ZA 2MECA 3FE0A 2BQOA 4PPOA 1B5WA 3KAMA 1HEOA 1LHHA 1LMAA 1UIDA 1YANA 4DWXA 1TDYA 4XYYA 1XGTC 1UIGA 3WW6A 1IOQA 1GXV2 1IR9A 1NQIA 3W6DA 4XJBA 1YQVY 2MEDA 1LSAA 1HELA 1T3PA 1HSWA 1GB9A 1C08C 1GFVA 1GBOA 4DD1A 4OWBA 4LT2A 1LJEA 3LYOA 5APDA 1GWDA 3A3QA 1IP3A 1QQYA 1EQ5A 4ETBA 1GFJA 2FBDA 5APFA 1KIRC 1LZ8A 5II3A 1AZFA 1GFRA 2DQAA 2ZQ4A 4NWEA 4XJFA 3RNXA 4LYMA 1XEKA 1B7SA 1XGRC 4XADA 1GEZA 4H9AA 1NWGA 1GAYA 2DQHY 3G3BB 1KIPC 1B7LA 4WLYA 2N5ZA 1HFXA 1GFEA 1UIEA 4H90A 2H9JA 1B5UA 1JKCA 5KXSA 4WLXA 3A92A 2EPEA 3G3AB 5DM9A 2EKSC 3CT0A 4NHIA 1VDPA 5L3HA 1LZYA 4IJ4A 1F6SA 1VAUA 3WPKA 4HTKA 3ZEKA 1LHMA 3A96A 1LHJA 1WVVA 3TXIA 4J0LA 3CT5A 3W6AA 5JENB 1IWUA 3WXUA 1GB5A 1W08A 3AZ4A 4YEOA 4Z3MA 2BQKA 4NIJA 1EL1A 3RU5A 5LAGA 1GAZA 4H94A 1IP1A 1ZVYB 3TXKA 4B1AA 1XGQC 1WTNA 5I5QA 1G7HC 1XFPL 5J7CA 5KY1A 5B1FA 1TAYA 1CKGA 2YVBA 3GXKA 4LFPA 4I8SA 1B7MA 1V7TA 4OWHA 3WMKA 1LSGA 4GCFA 3AJNA 1GBSA 1LOZA 4M6DA 2ZILA 2ZNXY 3LYTA 1LKSA 1GF7A 3M18B 4NSJA 4DD7A 1IR7A 5C6LA 1NDMC 193LA 1IWZA 1D6PA 2HEFA 1LZRA 3WH1A 4C3WA 2BQCA 4H9BA 4WM6A 1QDTA 1RJCB 2XJWA 2DQIY 3RZ4A 3OJPA 1VFBC 3B0KA 1BWIA 1IWVA 1OUFA 1GD6A 1HEQA 1BB7A 2DBTA 2BQLA 3J6KA 4XENA 3P66A 1WQRA 3LYZA 3WVYA 4NGVA 1LSYA 1LSEA 4B4EA 3A34A 4YM8A 1AM7A 1DPXA 1JSEA 4HTNA 5F14A 4QGZA 2DKVA 2D91A 5LYTA 8LYZA 2W1MA 1NHEA 2D6BA 1C10A 4NGKA 1G7JC 1GE0A 1IOTA 5KXYA 4RLNA 2DQDY 1VATA 4L41A 1XGUC 2C8PA 1UIHA 1YL1X 3P65A 1JISA 5KXXA 5F9UA 4GCCA 1JPOA 1LZ1A 1UBZA 5ILCA 2BQFA 2MEGA 3TMWA 2ZYCA 1LJ3A 4NGZA 2Z12A 1TEWA 2F4GA 3D9AC 1B5YA 1CJ6A 1J1XY 1UC0A 5T3FA 4WM3A 4B49A 1LZDA 5APEA 4OWAA 1YKXX 4U3XB 1LMCA 5FELA 5B06A 4DT3A 154LA 2CGIA 4NG1A 2Z38A 194LA 1DZBX 1T6VL 2HEAA 4NGYA 5I4XA 1GBWA 1NF5A 4G4BA 1IP2A 1B7RA 3WXTA 3A6BY 5HNCA 1WTMA 4X3BA 5L3IA 5IDDA 2PC2A 2BQBA 4LFXA 3P68A 4C5FA 2DQCY 1D9UA 1UACY 1DQJC 1V7SA 2CJLA 1LHLA 4OWCA 1LTMA 5LA8A 1LHIA 2XBRA 3AW6A 1JSFA 3CT1A 4DYGA 1D0MA 1FN5A 1GB7A 2Z39A 5DN5A 5KXLA 1PS5A 1TCYA 3TMVA 3A6CY 1GE2A 1HENA 4NGWA 3WW5A 4LYTA 4TSCA 1LZ4A 4AXTA 4YENA 1REZA 1HMKA 3WL2A 2W1XA 3HBDA 3TMUA 2G4QA 1QDRA 1CJ9A 4H8ZA 4DDCA 2DQEY 1QSWA 2MEIA 1LYYA 4N0JA 1JJ1A 4WM1A 4CFOA 1HNLA 3B0OA 4QY9A 4IATA 1TBYA 3N9EA 2DQJY 4J1AA 2BQDA 5E4PA 1FKVA 1GFGA 3OK0A 4OW1A 135LA 1REXA 4GCDA 2X0AA 1REYA 1WQQA 1GF5A 2YBMA 4G4HA 1OUEA 2BQJA 1IX0A 3EBAB 5HLLA 1HMLA 4R6CA 2MEEA 5FSTA 4DD9A 1OUIA 1DI4A 1JJ0A 9LYZA 3WVXA 5L9JA 4H9IA 2HUBA 3ULRA 4BAFA 5KXOA 1NBZC 1OUBA 2F30A 2HTXA 1HC0A 1XSFA 1KIQC 1JTOL 4J1BA 2LZTA 2MEAA 1CKCA 1GBZA 2HECA 4NSHA 4CJ2A 1LJIA 4B0DA 5I4WA 6LYTA 1GEVA 1YAMA 4II8A 2Z2EA 1OUDA 4KPMA 2MEFA 4Z46A 4IASA 4DC4A 2HU3A 1VDSA 4LT3A 4FJRA 4NHPA 2HEDA 4NEBA 1IEEA 5FDJA 5FHWA 5I54A 4LYZA 1B7QA 1GE1A 1LZSA 3AB6A 4N1EI 4XN6A 1JJ3A 2YDGA 4RDSA 1QUTA 1MLCE 1REMA 1B7PA 2BQIA 1LSMA 4QEQA 1OUCA 132LA 1IC7Y 3CQLA 4NSGA 5C6IA 1JUGA 2XBSA 4G49A 3GXRA 4GLVA 2BQAA 2Z2FA 3VWOA 4E3UA 3LZ2A 1FDLY 4N1CC 1VDTA 1B5XA 1FLUA 1F0WA 1CJ7A 4YOPA 4H8YA 5D5CA 1GDXA 1HHLA 3P64A 1LSNA 1AT5A 1LJ4A 4Z98A 1QUSA 1IORA 1BB6A 3B0IA 4PJ2C 1LMPA 133LA 1HEPA 2I6ZA 3IJUA 2YBIA 2MEBA 4LT1A 1LKRA 1DI5A 2BQHA 5LVGA 1YIKA 4GCBA 5B1GA 5HQ1A 1AKIA 1B5ZA 3M3UA 3FI7A 4XJHA 2BPUA 4G9SA 5B07A 3W6EA 2LYOA 2WARA 1OP9B 2YSSC 5KXWA 1GPQC 3W6BA 3WULA 4XJDA 4LGKA 3HBEX 1JKAA 4HJVA 4GN5C 4NG8A 1LZCA 1GB0A 4NSIA 1HEWA 1GF3A 1SLYA 3EO5A 3TXFA 1JIYA 3N9CA 2Z18A 4G4CA 5D5FA 1CKDA 1WQNA 5KJ9A 1IWYA 1IY4A 2H9KA 4ETCA 1LSDA 4MR1A 1GB6A 4NHQA 4DDBA 5KKJA 1LHKA 2GV0A 4ZIXA 1XEJA 4ETEA 1RI8B 5FCPA 4R0FA 4NHTA 3AGGG 1LSCA 2C8OA 3TXJA 1WQPA 3T36A 5LVIA 3W6FA 2LYZA 4GLAA 4CFPA 1KXXA 2BLXA 3TMXA 3TXEA 1UA6Y 4WLTA 5KXZA 4HTQA 1LZNA 1BVXA 1B9OA 1HSXA 1YAOA 2YBHA 3IWRA 4LZTA 1JHLA 4RW1A 5AMYA 1GF6A 1YROA 4ML7A 4WL6A 4ET8A 1VDQA 4OOTA 1LZ6A 1VEDA 1XEIA 3AZ5A 3CB7A 4H9HA 4EMNA 4CHXA 2FYCA 1LYZA 1QIOA 4BAPA 4GCEA 3A91A 1GB8A 5F16A 1I20A 1FLQA 1BGIA 1A4VA 5I53A 1G7MC 1GF8A 1E8LA 2LZ2A 4QDNA 1YKZX 1JEFA 1IWWA 1BVKC 1PZYA 2HEEA 2ZWBA 1HFZA 1IR8A 1LJFA 1QTKA 1YAQA 2Y8PA 3AGIA 3BKVA 3LYMA 4KL7A 2HU1A 4A7DA 3CSQA 4UWUA 1JKBA 1LMTA 1LZ9A 1ZMYL 4PHIA 4TSBA 2A7FA 2NWDX 5LINA 208LA 3B72A 3BKHA 4MSTA 4YF2A 1W6ZA 4BS7A 5LIOA 2HEBA 2I25L 1LJHA 1UUZC 2VB1A 3P4ZA 4TUNA 5LA5A 1GE4A 3W6CA 5LXWA 1YAPA 1OUJA 1CKFA 4PRUA 3TXHA 1GFHA 4UWVA 4W96A 1BB4A 1GF9A 1LYOA 2BQGA 1UIAA 2AUBA 1C45A 1YILA 4H91A 4NY5A 4WG7A 4D9ZA 1HF4A 1IO5A 1BWHA 1DPWA 3AZ6A 1HEMA 3D3DA 3HBHA 2BAAA 153LA 4NFVA 1WQMA 1LSZA 4DDAA 4WOAA 1JWRA 1JTTL 2BQNA 2A7DA 207LA 1BWJA 4DD2A 1JITA 4NGJA 4NHSA 1CNSA 3WU7A 1J1OY 2BLYA 4W94A 1GBYA 1EQ4A 1I1ZA 1LSBA 2Z19A 4LYCA 4CGEA 5LVJA 3RW8A 2YBJA 5LVKA 2ZIKA 1YL0X 2YBNA 4N5RA 2G4PA 5E9RA 1DKKA 1LMOA 3IJVA 4TTDA 1P2CC 4DD0A 3J4GA 4H8XA 1BHZA 4OOOA 3WPJA 2ZYPA 4H9EA 1LJGA 4OWEA 1G7IC 2LHMA 3T6UA 3WYHA 4HJZA 4MCKA 1HFYA 4WM4A 2EQLA 4N9RA 1D0KA 1KXYA 7LYZA 4HSFA 1QSAA 1UIFA 1C7PA 3AGHA 5LYZA 1XGPC 1BQLY 1G7LC 1LAAA 2D4KA 3A90A 3F6ZA 1B7NA 3K3TA 2D4JA 1IOCA 3ZVQB 1NKHA 4HPEA 1UICA 4TX7A 1GHLA 2ZIJA 1HERA 1IP5A 4TWSA 4H92A 1DXJA 4XJIA 1OUGA 5B59A 2W1YA 3WPLA 4ETDA 1Z55A 3B6LA 2G4NA 134LA 3AZ7A 5LYMA 1NDGC 4BADA 1I56A 4H9CA 5A3EA 1JTPL 3EXDA 1C46A 1OQMA 4RLMA 1GFKA 5M1YA 3HFMY 4HV1A 4WG1A 4WO6A 1OUHA 1LZEA 1ZV5L 5APCA 4WO9A 5EBHA 4NGIA 1IWTA 3EMSA 1IOSA 1YKYX 6LYZA 3ATNA 1MELL 3AW7A 1LCNA 1RCMA 5B05A 1LSFA 4ET9A 1D6QA 1GFAA 2DQFC 4ZEEA 1IP4A 1LZTA 2CDSA 1H87A 4ANRA 2BQMA 5KXMA 1BB3A 2ZQ3A 1KXWA 1RFPA 1NMMA 1IP6A 2D4IA 2XTHA 1LZ5A 5FEKA 5IELA 1IWXA 3A95A 1CKHA 2B5ZA 2EIZC 2DQGY 1GE3A 3WU8A 1F6RA 4HPIA 1H6MA 3ZVQA 3WUNA 4WM5A 4WLDA 1ALCA 4O34A 1O23A 4WL7A 3ATOA 4LYBA 3N9AA 1FLYA 2Q0MX 5DL9A 2H5ZA 3A3RX 1GXXA 2FBBA 5HMJA 1SQ2L 5I4YA 2IHLA 1NBYC 1GB3A 5KXNA 1GFUA 5KXPA 3QE8A 1WVUA 1LJKA 2YBLA 2FYDA 4GN3A 1C43A 5LAFA 4EOFA 1JKDA 1GBXA 1N4FA 1IY3A 1LZAA 5DN4A 1QTEA 4LT0A 1D0LA 4B4JA 2F2NA 4PGJB 4RW2A 3A93A 1EQEA 1UCOA 1F10A 5KKIA 4I0CA 1B2KA 2IFFY 3QY4A 1DI3A 1B7OA 4FDYA 1LSPA 3WU9A 1ZVHL 5DLAA 5F9XA 1LYSA 3MGWA 1CJ8A 1UIBA 2ZNWY 4NWHA 4WMGA 5KXKA 4NGOA 1GDWA 1GF0A 4XJGA 3QNGA 5ILFA 5K7OA 3WUMA 5C6JA 4HJYA 4UWNA 4AGAA 1GFTA 2F4AA 2LYMA 1IP7A 1RE2A 5F81A 3CSRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C66A 5IHGA 5HNLA 3LZTA 1L48A 4J7VA 1B5VA 1BB5A 2CWIA 3W3EA 2LCBA 187LA 1CV0A 1LJNA 3LHMA 1L74A 4P2EA 3E3DA 1L82A 5A3ZA 4YX7C 4H9FA 1C61A 1LZGA 4H93A 1LMQA 1LGWA 2MECA 1B5WA 1LMAA 4DWXA 2B6TA 1LSAA 1GBOA 3LYOA 5APDA 1GWDA 1L04A 1QQYA 1CU6A 4W54A 1B7SA 1WTHA 2RB2X 1NWGA 2DQHY 2N5ZA 1HFXA 1UIEA 1B5UA 1JKCA 4LZMA 1P36A 3G3AB 222LA 3CT0A 1L34A 3C83A 1VDPA 5L3HA 3FADA 4IJ4A 1LHJA 1P56A 212LA 3GUNA 4EPIA 4YEOA 2BQKA 4NIJA 3RU5A 1GAZA 3TXKA 1IP1A 4B1AA 3DN8A 1L25A 1G7HC 1D9WA 2YVBA 1V7TA 3AJNA 1LOZA 4M6DA 3LYTA 1LKSA 148LE 3F8VA 193LA 1IWZA 2HEFA 1DYGA 3B0KA 1IWVA 3HH4A 3J6KA 4XENA 2BQLA 4YM8A 168LA 1DPXA 5F14A 2B73A 3QAKA 2DKVA 3HTFA 2D6BA 2DQDY 1C6IA 175LA 253LA 5F9UA 1JPOA 2MEGA 3TMWA 1OVHA 3EMLA 3G3XA 3G3WA 5APEA 138LA 1YKXX 1LMCA 4NG1A 2Z38A 5I4XA 1C6QA 1NF5A 4G4BA 237LA 4PJZA 5IDDA 2PC2A 102LA 4LFXA 2Q9DA 4C5FA 1QS5A 1QUDA 1PQKA 3CT1A 4DYGA 1D0MA 1QTDA 1DYDA 5KXLA 1QT3A 1PS5A 260LA 1C6EA 3WW5A 4LDOA 214LA 1L30A 2G4QA 1QDRA 1ZURA 4H8ZA 1QSWA 242LA 4CFOA 1L68A 5E4PA 1L62A 1FKVA 1CV3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1A2Y C;  2BQE A;  1INU A;  2Z37 A;  5IHG A;  5HNL A;  3LZT A;  1LPI A;  1OUA A;  3TXG A;  4J7V A;  1AT6 A;  1B5V A;  1BB5 A;  1LZB A;  3LN2 A;  4NGL A;  4DD3 A;  1IC5 Y;  3A67 Y;  1LMN A;  4N8Z A;  1FLW A;  2CWI A;  1GB2 A;  2W1L A;  3W3E A;  4ETA A;  4PRQ A;  2RSC A;  4ZFP A;  5HMV A;  4KXI A;  3SP3 A;  1WQO A;  1IVM A;  1LJN A;  3LHM A;  5LVH A;  4P2E A;  2I26 L;  3A94 A;  1FBI X;  3E3D A;  1IC4 Y;  5A3Z A;  5KXT A;  4GN4 A;  3TXD A;  3AYQ A;  1DKJ A;  4H9F A;  4H1P A;  3WUA A;  4HV2 A;  4WM2 A;  3RT5 X;  1J1P Y;  1LZG A;  3TXB A;  4B4I A;  4YEM A;  1IIZ A;  2MEH A;  4M4O A;  4Z41 A;  1LJJ A;  1FKQ A;  3CSZ A;  4H93 A;  4KT3 A;  1B0D A;  1LMQ A;  4HP0 A;  4LYO A;  5KXR A;  1GF4 A;  3A8Z A;  2MEC A;  3FE0 A;  2BQO A;  4PPO A;  1B5W A;  3KAM A;  1HEO A;  1LHH A;  1LMA A;  1UID A;  1YAN A;  4DWX A;  1TDY A;  4XYY A;  1XGT C;  1UIG A;  3WW6 A;  1IOQ A;  1GXV 2;  1IR9 A;  1NQI A;  3W6D A;  4XJB A;  1YQV Y;  2MED A;  1LSA A;  1HEL A;  1T3P A;  1HSW A;  1GB9 A;  1C08 C;  1GFV A;  1GBO A;  4DD1 A; 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 4WG1 A;  4WO6 A;  1OUH A;  1LZE A;  1ZV5 L;  5APC A;  4WO9 A;  5EBH A;  4NGI A;  1IWT A;  3EMS A;  1IOS A;  1YKY X;  6LYZ A;  3ATN A;  1MEL L;  3AW7 A;  1LCN A;  1RCM A;  5B05 A;  1LSF A;  4ET9 A;  1D6Q A;  1GFA A;  2DQF C;  4ZEE A;  1IP4 A;  1LZT A;  2CDS A;  1H87 A;  4ANR A;  2BQM A;  5KXM A;  1BB3 A;  2ZQ3 A;  1KXW A;  1RFP A;  1NMM A;  1IP6 A;  2D4I A;  2XTH A;  1LZ5 A;  5FEK A;  5IEL A;  1IWX A;  3A95 A;  1CKH A;  2B5Z A;  2EIZ C;  2DQG Y;  1GE3 A;  3WU8 A;  1F6R A;  4HPI A;  1H6M A;  3ZVQ A;  3WUN A;  4WM5 A;  4WLD A;  1ALC A;  4O34 A;  1O23 A;  4WL7 A;  3ATO A;  4LYB A;  3N9A A;  1FLY A;  2Q0M X;  5DL9 A;  2H5Z A;  3A3R X;  1GXX A;  2FBB A;  5HMJ A;  1SQ2 L;  5I4Y A;  2IHL A;  1NBY C;  1GB3 A;  5KXN A;  1GFU A;  5KXP A;  3QE8 A;  1WVU A;  1LJK A;  2YBL A;  2FYD A;  4GN3 A;  1C43 A;  5LAF A;  4EOF A;  1JKD A;  1GBX A;  1N4F A;  1IY3 A;  1LZA A;  5DN4 A;  1QTE A;  4LT0 A;  1D0L A;  4B4J A;  2F2N A;  4PGJ B;  4RW2 A;  3A93 A;  1EQE A;  1UCO A;  1F10 A;  5KKI A;  4I0C A;  1B2K A;  2IFF Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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