1P2RA

T4 lysozyme core repacking mutant i78v/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGVLRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p2rA00
1L75A 196LA 1LI2A 3OE8A 2CUUA 1CU5A 3C8RA 1LGWA 246LA 155LA 4I7RA 1G1WA 182LA 3OE0A 164LA 3NYAA 228LA 1G0MA 143LA 1L33A 150LA 4ARLA 2L78A 3CDVA 216LA 3SB8A 1L15A 3HT6A 181LA 141LA 2RBNA 2B6ZA 1L51A 1OVKA 1C64A 1TLAA 1QT6A 1L38A 3HH4A 195LA 232LA 1G0KA 2ANXA 110LA 1KY0A 108LA 3FADA 2Z6BA 3C8SA 1L59A 1C68A 1K28A 1L91A 3HH5A 3CDQA 1CUPA 220LA 1T6HA 1ZURA 1C6CA 1D2WA 3C80A 1L60A 2RAZX 4S0WA 1CV4A 1L77A 1D3JA 1C6NA 1L63A 1SSYA 1G1VA 227LA 161LA 3ODUA 253LA 1P6YA 209LA 214LA 4ARMB 1C69A 1DYDA 2HULA 1L85A 239LA 1L32A 1QSBA 1P5CA 1I6SA 1L94A 4I7NA 1L18A 1OV5A 3OE9A 4LZMA 2RB0X 1G0LA 1L90A 129LA 1D3MA 1CTWA 1PQOA 1CX7A 1L14A 169LA 2OE9X 3CDTA 205LA 1P3NA 262LA 1SX7A 213LA 3SBBC 1L64A 1SWYA 2B74A 1OYUA 177LA 1L34A 6LZMA 1L36A 1JTNA 4ARQB 3V2YA 242LA 1DYEA 1L29A 3HH3A 1JQUA 1LYIA 2RH1A 1LLHA 3SB7A 1PQDA 2OU8A 1L11A 3GULA 4PJZA 1DYFA 2OTZX 3PDSA 1OVHA 3C7WA 1P37A 1QUGA 4PK0A 104LA 2RBQA 261LA 166LA 3GUMA 223LA 1L70A 3HTDA 1P56A 160LA 1DYBA 4DJHA 188LA 1QT4A 1L05A 2ANVA 1C6LA 144LA 224LA 4AQNA 1DYGA 1L12A 1C60A 1L26A 1QUHA 1L39A 3G3WA 3HT7A 2B6WA 1L55A 1L03A 1L68A 3NY9A 1L95A 254LA 1LGXA 1QTCA 2F47A 3FI5A 3F9LA 1D9WA 3G3VA 158LA 241LA 225LA 3DN6A 4EKRA 4W59A 1L08A 1OWZA 4W55A 2NTGA 235LA 3PBLA 1P7SA 1C6MA 3JR6A 178LA 230LA 1T8GA 142LA 4W56A 1CV5A 3CDOA 1L16A 4YX7C 7LZMA 3K2RA 1T97A 1G0QA 3SB9A 3HTGA 1CV1A 3DKEX 4W57A 1L86A 1QT3A 233LA 3GUNA 3DN4A 251LA 250LA 3FA0A 4EXMA 2B70A 149LA 172LA 3CDRA 3D4SA 1L06A 4I7MA 1CV0A 1L40A 244LA 1L48A 170LA 192LA 4ARMA 215LA 1PQMA 1G07A 1CU6A 1SWZA 167LA 1L82A 112LA 2QARC 2RB1X 1L58A 1OWYA 1L31A 1KNIA 3SN6R 168LA 1L97A 4I7QA 1L56A 189LA 218LA 1L0JA 1L69A 4W51A 1L99A 2Q9DA 1NHBA 1QTBA 4EPFA 1LWGA 1L01A 1L66A 1L93A 4EJ4A 2Q9EA 4ARQA 236LA 1C6DA 256LA 3SB5A 1L21A 1L92A 3RUNA 1L19A 122LA 4E97A 1QTVA 2F2QA 4EKPA 156LA 102LA 2B75A 1LYEA 1QTHA 137LA 3DN8A 1L53A 2B6YA 1L83A 165LA 1C6GA 1XJTA 3DN2A 3C82A 3SB6A 2OEAX 4LDLA 1QS5A 1L87A 5I14A 3C7ZA 3NY8A 1L10A 1L43A 2O79A 1L81A 1L80A 3C81A 3DN0A 131LA 260LA 3VW7A 3QAKA 1L76A 3GUJA 1ZYTA 1C6PA 2B7XA 4GBRB 1CV3A 1QS9A 1KY1A 163LA 4I7LA 126LA 1KW7A 1ZWNA 173LA 1QUDA 1LI6A 1L79A 247LA 1G06A 1CU3A 1P46A 1XEPA 2HUKA 1L52A 1L27A 4ZPUA 206LA 3G3XA 1QTDA 237LA 2B72A 212LA 4YXAC 109LA 118LA 1JTMA 1QUOA 152LA 1LYDA 221LA 4I7SA 3HUAA 1L28A 2LCBA 4ARJA 1L07A 3GUKA 3DMXA 190LA 2B6TA 3C7YA 1LYJA 123LA 1QSQA 2OE4X 1G0PA 197LA 1L57A 1L30A 1QTZA 1B6IA 2NTHA 229LA 4EPIA 219LA 3L2XA 1G0GA 157LA 1D3FA 1L23A 146LA 4DAJA 1C6AA 1L02A 1C6IA 130LA 1L09A 1SX2A 210LA 1D2YA 1L49A 3C83A 111LA 1L04A 1CVKA 1L54A 3GUIA 120LA 1KS3A 1XJUA 1L13A 1P36A 1LYFA 198LA 2OE7X 183LA 1L42A 1L84A 107LA 1L73A 1L88A 5LZMA 1C6EA 140LA 2RB2X 1DYAA 1OV7A 243LA 3F8VA 127LA 211LA 4W58A 1L98A 3HU9A 3EMLA 3HUQA 2RBSA 1C65A 1C6TA 2A4TA 1EPYA 138LA 249LA 4K5YA 4OO9A 257LA 1L71A 222LA 1PQIA 1T8FA 113LA 3HH6A 217LA 103LA 4DKLA 1OVJA 4I7PA 3L64A 2RBRA 1LGUA 2O4WA 1L62A 3GUPA 2B6XA 1C6KA 1L89A 4YXCA 1L25A 259LA 114LA 200LA 4I7KA 2LC9A 174LA 4I7JA 1LWKA 1KW5A 1CV6A 1C6JA 2OU9A 4I7OA 1DYCA 1L00A 3HTBA 1L65A 1C63A 240LA 1L46A 3HTFA 1L17A 1P2RA 2O7AA 2OTYX 180LA 1SSWA 1L96A 4EKSA 255LA 1C67A 1C62A 1G0JA 3DNAA 4ARPA 1LI3A 171LA 3HWLA 3V2WA 2RAYX 4IAPA 3DN1A 3OE6A 1L35A 1L37A 128LA 1CUQA 1L45A 1P64A 125LA 185LA 4LDEA 1C6FA 3HDFA 145LA 1CU0A 139LA 1CU2A 119LA 1L41A 1P2LA 234LA 162LA 252LA 3DMVA 4W52A 147LA 176LA 4EKQA 4W53A 2F32A 1L72A 4GRVA 115LA 151LA 1C6HA 231LA 1C6QA 1LYGA 3RZEA 1C61A 3C8QA 1LPYA 258LA 3LZMA 1L74A 175LA 1L47A 1PQKA 238LA 2LZMA 3HU8A 4I7TA 1L20A 1QT7A 3HT8A 1C6BA 248LA 1T8AA 1LW9A 226LA 148LE 1C66A 2B73A 1L0KA 2OU0X 3HT9A 187LA 4W54A 1L22A 2QB0B 1D3NA 186LA 1PQJA 3HUKA 184LA 3HDEA 4LDOA 1L61A 245LA 2HUMA 191LA 1L44A 1WTHA 201LA 2RBOA 2IGCA 159LA 3DMZA 1CX6A 3GUOA 2RBPA 1QT5A 1LYHA 1L24A 199LA 1L67A 3SBAA 3DN3A 3UONA 1QT8A 1L50A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA6Y 1LI2A 3C8RA 4NWHA 164LA 2A7FA 4Z41A 228LA 1VDQA 143LA 150LA 1LSCA 3CDVA 181LA 1BWJA 2RBNA 1L51A 1C64A 3CSQA 3HH4A 195LA 1G0KA 1BQLY 5LIOA 1SLYA 4B4IA 3SP3A 3FADA 3TXHA 1XGRC 1EL1A 2Z6BA 134LA 2AUBA 4N5RA 1GB0A 4XJDA 1BGIA 220LA 1LTMA 1O23A 5F81A 2YBLA 3AYQA 3HBHA 2MEFA 3WW6A 4AGAA 1LJFA 1SQ2L 227LA 253LA 2XJWA 1GE2A 209LA 3TXKA 3P64A 4OWAA 2HULA 1CJ8A 1LZYA 1QSBA 1P5CA 1L94A 4I7NA 4H9IA 2RB0X 2XBSA 1G0LA 6LYZA 1HEMA 2OE9X 1G7JC 1SX7A 213LA 1L64A 1SWYA 2B74A 1OYUA 1JSFA 1JTNA 3V2YA 4BADA 3A93A 2BQDA 4I8SA 1JQUA 1LYIA 3SB7A 3GULA 4PJZA 4DT3A 3PDSA 1IR9A 4PK0A 1IP3A 2RBQA 1CJ9A 3F6ZA 166LA 5LVJA 2DBTA 3CSRA 1JPOA 1LSDA 4DJHA 1ALCA 4XADA 4RW1A 1C6LA 1MLCE 1HERA 1L12A 3B72A 1IP1A 1IORA 1GBYA 2A7DA 3G3WA 4YENA 1V7SA 2Q0MX 1L68A 3NY9A 4XENA 4XJGA 4DYGA 158LA 1UICA 225LA 1FKQA 4W59A 4ETCA 3PBLA 1P7SA 1C6MA 4U3XB 2FYCA 1YANA 5B1GA 1IIZA 1CV5A 4DDAA 1G0QA 2VB1A 4W57A 2G4QA 154LA 3EMSA 1HC0A 4TUNA 3D4SA 4EMNA 2FYDA 2DQDY 4WLXA 3WUMA 4IATA 215LA 1PQMA 1F6SA 4L41A 1UBZA 5I54A 1CU6A 167LA 1QTEA 2RB1X 1KNIA 3FI7A 3RNXA 1E8LA 1XGUC 5KXRA 3A90A 3AGHA 1L0JA 1LZ8A 1GFVA 1B7MA 1LWGA 4J0LA 4BAPA 236LA 4UWNA 1EQ4A 1LZBA 1YQVY 256LA 1L92A 4LGKA 1IOSA 4E97A 4H92A 1FDLY 3WXTA 156LA 102LA 1YILA 1HFYA 3DN8A 4N0JA 1L83A 4OWBA 1I20A 5I14A 4TSCA 3NY8A 4YF2A 1C10A 2Z18A 1LJGA 1T3PA 4CGEA 3A3RX 1D0KA 260LA 3WW5A 1UIHA 3VW7A 1WTMA 3QAKA 4GCEA 2MEBA 4TTDA 1C6PA 1C45A 4GBRB 1QS9A 1LSZA 3HFMY 1IO5A 163LA 4I7LA 173LA 1GBZA 1QUDA 3A8ZA 4PPOA 3EO5A 2HUKA 5T3FA 1YIKA 3CSZA 3AW6A 1GE0A 1L27A 1QTDA 4OWEA 4E3UA 5A3ZA 1JTMA 1GE1A 1EQ5A 4W96A 1FLUA 1L07A 4WLDA 123LA 4TSBA 1L57A 1L30A 1QTZA 4EPIA 5KXYA 3L2XA 1G0GA 157LA 4ANRA 3LYTA 146LA 1LJEA 4NGYA 3ZVQA 130LA 1LZ4A 210LA 3C83A 1G7MC 1L54A 120LA 1KS3A 1P36A 5KXLA 2OE7X 4KXIA 1L42A 107LA 1L73A 1L88A 5LZMA 1C6EA 1JEFA 4OWHA 2RB2X 4OW1A 1CJ7A 1IWUA 4CJ2A 3WH1A 3T6UA 1C65A 1EPYA 1PQIA 113LA 3HH6A 217LA 1LOZA 4DKLA 4I7PA 4GN5C 1L62A 5FHWA 5LAFA 3EBAB 1OUIA 1KW5A 1CKCA 4I0CA 5LVGA 5B06A 2X0AA 1DYCA 3HTBA 1L65A 1L46A 1A2YC 2HEBA 2O7AA 2HEAA 180LA 1IP2A 3A96A 1LZDA 5F9UA 3LHMA 1C67A 5D5CA 3AZ5A 5HNCA 2CWIA 3DNAA 4ARPA 3TXIA 171LA 1JJ1A 3HWLA 2RAYX 6LYTA 1JJ3A 1L35A 1CUQA 1JIYA 2Z37A 1G7LC 1P64A 185LA 3HDFA 2I25L 5FELA 145LA 4DC4A 4NIJA 5I4WA 2Z39A 162LA 1GHLA 4W53A 2BQHA 231LA 1C6QA 5KXPA 1JSEA 3TXGA 1C61A 1LPYA 4H93A 3LZMA 4WLYA 3D9AC 5KXZA 2F2NA 238LA 4NG8A 2LZMA 4DDCA 248LA 1LW9A 226LA 3N9CA 3M3UA 5KKIA 3WL2A 2B73A 153LA 1L0KA 1REYA 4HTNA 3E3DA 186LA 1PQJA 4EOFA 1CKDA 184LA 245LA 2HUMA 2HECA 4NG1A 1BB4A 2RBOA 2LYMA 2IGCA 3RU5A 159LA 3DMZA 133LA 1GFTA 3SBAA 199LA 1PZYA 3DN3A 1QT8A 1L50A 1GB9A 5FDJA 4LYTA 3M18B 2Y8PA 3WPLA 3TXJA 2HEFA 1CU5A 194LA 1LGWA 155LA 4H8ZA 4I7RA 182LA 3ZEKA 1LKRA 3NYAA 1L33A 5HMVA 3SB8A 141LA 1TCYA 3RW8A 2W1LA 1LMNA 1XGTC 1QT6A 1NF5A 3T36A 4C3WA 1L38A 5J7CA 4IJ4A 4NGVA 3WPJA 2ANXA 1ZV5L 3HBEX 1GD6A 1L59A 4HP0A 1L91A 3CDQA 1GBOA 1LYSA 2RSCA 1T6HA 4DQ5A 1C6CA 1CJ6A 2W1XA 1LYYA 1D2WA 3C80A 2RAZX 2WARA 1L77A 1D3JA 1L63A 161LA 1KXWA 1BVKC 1C69A 1DYDA 1DPXA 1L85A 1LSYA 207LA 2BQEA 4N1CC 1NWGA 1L32A 1LJHA 1I6SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UA6 Y;  1LI2 A;  3C8R A;  4NWH A;  164L A;  2A7F A;  4Z41 A;  228L A;  1VDQ A;  143L A;  150L A;  1LSC A;  3CDV A;  181L A;  1BWJ A;  2RBN A;  1L51 A;  1C64 A;  3CSQ A;  3HH4 A;  195L A;  1G0K A;  1BQL Y;  5LIO A;  1SLY A;  4B4I A;  3SP3 A;  3FAD A;  3TXH A;  1XGR C;  1EL1 A;  2Z6B A;  134L A;  2AUB A;  4N5R A;  1GB0 A;  4XJD A;  1BGI A;  220L A;  1LTM A;  1O23 A;  5F81 A;  2YBL A;  3AYQ A;  3HBH A;  2MEF A;  3WW6 A;  4AGA A;  1LJF A;  1SQ2 L;  227L A;  253L A;  2XJW A;  1GE2 A;  209L A;  3TXK A;  3P64 A;  4OWA A;  2HUL A;  1CJ8 A;  1LZY A;  1QSB A;  1P5C A;  1L94 A;  4I7N A;  4H9I A;  2RB0 X;  2XBS A;  1G0L A;  6LYZ A;  1HEM A;  2OE9 X;  1G7J C;  1SX7 A;  213L A;  1L64 A;  1SWY A;  2B74 A;  1OYU A;  1JSF A;  1JTN A;  3V2Y A;  4BAD A;  3A93 A;  2BQD A;  4I8S A;  1JQU A;  1LYI A;  3SB7 A;  3GUL A;  4PJZ A;  4DT3 A;  3PDS A;  1IR9 A;  4PK0 A;  1IP3 A;  2RBQ A;  1CJ9 A;  3F6Z A;  166L A;  5LVJ A;  2DBT A;  3CSR A;  1JPO A;  1LSD A;  4DJH A;  1ALC A;  4XAD A;  4RW1 A;  1C6L A;  1MLC E;  1HER A; 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