1DYFA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAMNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyfA00
3NY9A 1L21A 250LA 3C81A 143LA 2L78A 4ARMB 1LPYA 3RZEA 1L32A 3SN6R 4AQNA 4W57A 222LA 115LA 4W56A 262LA 1LI2A 1L71A 1L79A 3OE8A 1L90A 1LGUA 149LA 1C6LA 1LYFA 1L76A 3HH5A 2RBPA 4ZPUA 4ARMA 1PQIA 1L84A 1L0JA 2A4TA 1OYUA 3L64A 3C80A 1LW9A 3CDQA 186LA 1QTCA 2B6ZA 2RAYX 1XEPA 159LA 3C7WA 3DMXA 181LA 4I7OA 1G0GA 1KNIA 1QUOA 2Q9EA 1TLAA 2LC9A 107LA 1L96A 1L66A 1L28A 1C6KA 1JTNA 1XJUA 1PQOA 113LA 130LA 242LA 3NYAA 254LA 1G0LA 2IGCA 155LA 1C6NA 1L35A 1LI3A 225LA 4I7JA 3C7YA 176LA 1L30A 1L80A 3DMVA 221LA 3GUNA 3JR6A 4LDOA 1C6TA 236LA 1T6HA 3D4SA 228LA 234LA 123LA 3UONA 1L46A 141LA 1L33A 3DN0A 1LYHA 1LYDA 1L98A 200LA 1CUQA 120LA 108LA 3HT9A 3DKEX 4DKLA 2OU9A 3C82A 3GUOA 1C65A 1WTHA 1D3MA 244LA 1C6EA 191LA 3HH4A 1L41A 1LYJA 1CV4A 1SWZA 1L25A 2B7XA 2O7AA 3DN4A 1L14A 3CDVA 189LA 1ZURA 2F47A 3HTBA 3SB5A 144LA 178LA 1C6HA 171LA 172LA 238LA 2NTGA 1OVKA 205LA 111LA 1CU3A 1CU5A 1L91A 2OTYX 4W59A 1DYCA 2QARC 3LZMA 185LA 3DN2A 1CVKA 1L31A 127LA 160LA 3HT7A 1OWZA 129LA 1C6BA 1QTHA 1OVJA 1L75A 1QUHA 131LA 1L94A 3GUJA 3HT8A 4I7RA 1L55A 3K2RA 1P2RA 2O4WA 2HULA 3V2WA 3DMZA 1L73A 1L18A 1L39A 1L89A 1L69A 166LA 1PQMA 1OVHA 1L85A 4GBRB 1L13A 1C69A 173LA 2RBRA 1CV5A 4I7KA 4DAJA 138LA 4W53A 4I7PA 4YX7C 4YXCA 1OV5A 4W51A 196LA 3DN8A 170LA 1G0QA 1LYGA 1LGXA 209LA 2B70A 1L95A 3HTGA 2HUMA 118LA 3SB7A 1SWYA 1L11A 1SSYA 3G3WA 2RBSA 1L54A 1C6DA 3SBBC 1L09A 3GUMA 1L34A 4LDLA 1C6JA 1CV1A 1QT5A 240LA 139LA 231LA 1QT4A 1L02A 2OE9X 1G1WA 3GULA 260LA 1L29A 168LA 3VW7A 220LA 219LA 1L56A 1KW7A 1QT3A 1QT6A 1L42A 1L49A 1I6SA 232LA 126LA 1LYEA 1L64A 2NTHA 1DYDA 261LA 2F32A 183LA 245LA 110LA 1C60A 140LA 1C63A 1L74A 1L60A 1C64A 1QT8A 1SX2A 3CDRA 1L40A 1T8FA 1L17A 1L59A 169LA 1G0MA 3DNAA 5I14A 175LA 5LZMA 1G1VA 1D3JA 1P2LA 1CU2A 1P6YA 1G07A 4EJ4A 182LA 3G3XA 4IAPA 1L43A 3OE9A 3QAKA 3RUNA 128LA 4EKRA 1L93A 3PBLA 142LA 1L23A 2RH1A 165LA 2ANXA 1L0KA 1C6FA 249LA 1EPYA 2RBOA 1L16A 2QB0B 4PJZA 1L10A 1T8GA 259LA 161LA 1PQDA 3GUKA 163LA 122LA 151LA 1QSQA 1L04A 187LA 237LA 3OE0A 162LA 4S0WA 215LA 2RB0X 1DYAA 4ARQB 1JTMA 3SB8A 211LA 229LA 4EKPA 188LA 112LA 4W58A 1L88A 1DYFA 1L27A 210LA 1C6PA 3EMLA 226LA 1C66A 1B6IA 3HUAA 3SB6A 1OV7A 2RBQA 2F2QA 1SX7A 1L77A 1QTZA 3ODUA 114LA 1L24A 224LA 248LA 1C6AA 1CV0A 3G3VA 2B74A 3C8QA 157LA 4EPFA 241LA 197LA 1C68A 1L53A 1LYIA 3CDOA 190LA 1G0PA 174LA 119LA 167LA 1LWKA 7LZMA 1P46A 192LA 4I7TA 4ARJA 2O79A 253LA 1LLHA 148LE 1LI6A 4OO9A 1C61A 1CTWA 1D2WA 2OE4X 2OEAX 1L03A 2ANVA 1L62A 4LDEA 3FA0A 195LA 1QSBA 1SSWA 177LA 4W54A 1D3FA 1L50A 1P56A 1CX6A 201LA 3DN1A 147LA 1D9WA 1KS3A 1P7SA 4YXAC 1L20A 1L15A 3HH3A 1C62A 1L87A 1L63A 1CX7A 1L36A 1P64A 1L68A 243LA 3DN3A 3PDSA 1CUPA 3FI5A 1L22A 1L19A 103LA 2B72A 1PQKA 1L05A 227LA 1C67A 3OE6A 1KW5A 1C6CA 4I7QA 1P37A 251LA 1G06A 3C83A 3HTFA 255LA 213LA 2LZMA 146LA 1DYGA 1P5CA 214LA 1KY0A 1PQJA 4EKQA 239LA 2B6YA 2RB2X 3SBAA 1NHBA 3HH6A 1C6GA 206LA 2Q9DA 2OTZX 1ZWNA 1JQUA 1QS5A 1L65A 1L67A 230LA 104LA 1L81A 2HUKA 4K5YA 3GUPA 4PK0A 102LA 1QUGA 217LA 2RB1X 1L45A 233LA 1L83A 3SB9A 216LA 1L44A 3CDTA 152LA 109LA 1L72A 4I7LA 3HDEA 3F8VA 4I7SA 1L97A 1L37A 246LA 1G0KA 1L01A 150LA 1K28A 3C8RA 256LA 156LA 145LA 1L38A 1D2YA 1L00A 1KY1A 1L07A 1L47A 1P36A 1QS9A 1CU0A 1QUDA 1L92A 1CU6A 2LCBA 2RAZX 1L48A 247LA 1QTVA 4I7MA 2B6TA 1L51A 3DN6A 2OU8A 164LA 4EKSA 1DYEA 4ARLA 2B6XA 1L70A 3HTDA 1QT7A 3HWLA 2RBNA 1CV6A 2B73A 1G0JA 1LWGA 184LA 1L12A 212LA 198LA 3HT6A 4ARPA 1XJTA 258LA 1QTDA 1L58A 3FADA 4GRVA 4ARQA 4W55A 4EPIA 1C6QA 1L06A 3C7ZA 3F9LA 1L86A 1L99A 3HUKA 2B6WA 1T97A 1L26A 4EXMA 3HU9A 1L52A 2Z6BA 1C6IA 3HDFA 3L2XA 1T8AA 125LA 1L57A 137LA 1LGWA 1L08A 223LA 3C8SA 3HU8A 4I7NA 1C6MA 1P3NA 1ZYTA 2B75A 6LZMA 1D3NA 4W52A 3GUIA 4E97A 1OWYA 252LA 2CUUA 1L82A 218LA 235LA 3HUQA 180LA 1CV3A 1DYBA 2OE7X 1L61A 4LZMA 199LA 1QTBA 158LA 257LA 3V2YA 2OU0X 4DJHA 3NY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H90A 4ARMB 3RZEA 1L32A 4AQNA 2XJWA 4W56A 262LA 1GBSA 1VDSA 1HFZA 4BS7A 1LGUA 1LYFA 2YVBA 4XN6A 3RZ4A 1CKHA 1WQQA 4ARMA 5HMVA 1FLQA 2B6ZA 1GDWA 2HUBA 2RAYX 159LA 1LZRA 4OWBA 1LSYA 3C7WA 1LMQA 3DMXA 1NQIA 2LC9A 107LA 1L96A 1LYZA 3D3DA 1JTNA 3A95A 5LVGA 1PQOA 4II8A 242LA 254LA 1G0LA 4XYYA 5E9RA 5HQ1A 1L30A 3CT5A 1L80A 3DMVA 1GEVA 1UIEA 221LA 1BHZA 3QE8A 1UIHA 236LA 1GE2A 1JSEA 5IDDA 123LA 4ML7A 1L46A 1IP7A 4LT0A 1LSNA 5I4YA 2DQAA 120LA 108LA 4DYGA 2OU9A 3GUOA 2A7DA 4TUNA 1C6EA 3B0OA 1RI8B 1NBZC 4P2EA 1LSAA 1TBYA 1LZ5A 2HECA 3DN4A 1GE1A 3CDVA 189LA 1LZEA 3HTBA 1C6HA 172LA 1OVKA 4XJHA 111LA 1CU3A 1CU5A 1YANA 4NG1A 1QUTA 4TSBA 2OTYX 3AZ5A 2QARC 1AKIA 2LZTA 1LJ3A 127LA 5KXRA 5FDJA 7LYZA 1L75A 4R0FA 5KXTA 4HTKA 4I7RA 1LMCA 2MEFA 4KL7A 4TSCA 1L73A 1L39A 4DD7A 1IR7A 1JTPL 3LHMA 2G4NA 2W1LA 173LA 1KXYA 2RBRA 1CV5A 1IWWA 1GWDA 1YROA 3WU7A 170LA 1LYGA 4LT1A 1LGXA 1L95A 1IY4A 4HTQA 4NHIA 3SB7A 3A8ZA 3TXDA 1LHMA 1UC0A 1L11A 3WMKA 1L54A 5F9UA 3AGIA 1GXV2 1F10A 4NGVA 1LMTA 3M3UA 4LDLA 2BQCA 231LA 1QT4A 1L29A 1MLCE 1GB7A 2FYDA 2ZILA 4DQ5A 2LHMA 1L42A 1L49A 4UWUA 1O23A 1LYEA 261LA 1BB7A 4AXTA 1L74A 1IP5A 1SX2A 3DNAA 175LA 1CKGA 5C6IA 1D3JA 1P2LA 2F4GA 1G07A 4MSTA 1IR9A 4CFOA 1TAYA 142LA 1NDGC 1C6FA 249LA 2RBOA 2QB0B 1L10A 1T8GA 2H9JA 2WARA 1HMKA 3KAMA 162LA 215LA 3M18B 2RB0X 4WG1A 4ETDA 3P4ZA 211LA 229LA 3WVXA 4EKPA 2HU3A 1JWRA 4W58A 1L88A 3EMLA 1LZGA 2F30A 4J7VA 4C3WA 1QTZA 2B74A 3C8QA 157LA 4EPFA 197LA 1L53A 3N9AA 4B49A 2X0AA 1B0DA 1G0PA 1XEKA 5D5FA 5I54A 1DI5A 1P46A 1KXWA 4ARJA 4H92A 5L3IA 3CB7A 2ZYCA 5L9JA 4NGOA 1SLYA 2DQFC 1LLHA 3RNXA 1D2WA 5APEA 1QTEA 1OP9B 4ETCA 4W54A 154LA 1L50A 2Z38A 3WYHA 2HTXA 1P56A 201LA 1P7SA 4NWEA 1L15A 5DLAA 243LA 1L68A 3PDSA 2MEAA 1GBYA 3FI7A 103LA 2B72A 3BKVA 1HFXA 3WXTA 2DQIY 1DKJA 1KW5A 3AB6A 1LJ4A 1DI4A 3C83A 213LA 2BLYA 1PQJA 239LA 3WH1A 1QQYA 1UIDA 4KT3A 1VAUA 4BADA 1UIGA 3IWRA 1JQUA 1QS5A 1L67A 2MEEA 3IJUA 104LA 4K5YA 3GUPA 4HTNA 2D91A 5I4XA 1GF4A 4BAPA 3TMUA 1TDYA 217LA 1L45A 3CDTA 4I7LA 1GF9A 3HDEA 3BKHA 5FHWA 1L01A 2MECA 145LA 1L38A 4WLXA 1LJEA 1L07A 1L47A 1LZAA 1L92A 4H91A 1LZ1A 4B4EA 1E8LA 3A91A 5APFA 1GD6A 3SP3A 3HFMY 5LIOA 1GB8A 4WM6A 4ARLA 4NSJA 5KJ9A 2B6XA 2YBMA 4HJVA 2RBNA 4HPIA 1ZMYL 2XBSA 184LA 4BAFA 4D9ZA 1J1OY 3OJPA 4ARQA 1NF5A 4PJ2C 1YAPA 5LVKA 3WUAA 1L06A 4YM8A 3B0KA 1LSBA 1I20A 3WPJA 1L26A 2BQOA 3P65A 1W6ZA 4EXMA 1L57A 3C8SA 4B0DA 1C6MA 1P3NA 4H9HA 1GFTA 1ZVYB 1BB5A 1D3NA 5KKJA 3W6EA 3WW6A 1L82A 218LA 235LA 1DYBA 1UICA 2OE7X 1L61A 4I0CA 199LA 3V2YA 4H93A 4GN3A 4GN5C 3NY8A 3NY9A 4LT2A 4NFVA 4PGJB 3HBDA 1IP1A 3SN6R 2F2NA 115LA 1KXXA 1LI2A 2ZQ4A 1L71A 1UACY 3TXHA 5T3FA 5ILFA 4XADA 1C6LA 1L76A 4LYZA 1PQIA 3TXBA 4WLYA 1KIRC 1QDRA 1LW9A 4NGKA 2BQAA 1QTCA 1XEPA 1CKCA 5KXYA 1A2YC 4G4HA 4TX7A 1G0GA 1KNIA 1LOZA 3EBAB 1L66A 1L28A 3TMVA 1XGPC 1OUHA 1GFJA 2Z12A 3W6BA 4ETEA 1G7HC 4H9BA 3W6CA 2IGCA 1L35A 1LZYA 1LI3A 4I7JA 4OW1A 4N9RA 4GCBA 1WTNA 1DI3A 3W6DA 4LDOA 6LYZA 1C6TA 1B7MA 1T6HA 3D4SA 1NKHA 228LA 2BQNA 4NY5A 3UONA 4H1PA 5IELA 2YDGA 4H8YA 1L98A 207LA 3C82A 1C65A 1HEMA 1HEWA 1WQNA 1LHJA 1CV4A 2BQLA 1SWZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H90 A;  4ARM B;  3RZE A;  1L32 A;  4AQN A;  2XJW A;  4W56 A;  262L A;  1GBS A;  1VDS A;  1HFZ A;  4BS7 A;  1LGU A;  1LYF A;  2YVB A;  4XN6 A;  3RZ4 A;  1CKH A;  1WQQ A;  4ARM A;  5HMV A;  1FLQ A;  2B6Z A;  1GDW A;  2HUB A;  2RAY X;  159L A;  1LZR A;  4OWB A;  1LSY A;  3C7W A;  1LMQ A;  3DMX A;  1NQI A;  2LC9 A;  107L A;  1L96 A;  1LYZ A;  3D3D A;  1JTN A;  3A95 A;  5LVG A;  1PQO A;  4II8 A;  242L A;  254L A;  1G0L A;  4XYY A;  5E9R A;  5HQ1 A;  1L30 A;  3CT5 A;  1L80 A;  3DMV A;  1GEV A;  1UIE A;  221L A;  1BHZ A;  3QE8 A;  1UIH A;  236L A;  1GE2 A;  1JSE A;  5IDD A;  123L A;  4ML7 A;  1L46 A;  1IP7 A;  4LT0 A;  1LSN A;  5I4Y A;  2DQA A;  120L A;  108L A;  4DYG A;  2OU9 A;  3GUO A;  2A7D A;  4TUN A;  1C6E A;  3B0O A;  1RI8 B;  1NBZ C;  4P2E A;  1LSA A;  1TBY A;  1LZ5 A;  2HEC A;  3DN4 A;  1GE1 A;  3CDV A;  189L A;  1LZE A;  3HTB A;  1C6H A;  172L A;  1OVK A;  4XJH A;  111L A;  1CU3 A;  1CU5 A;  1YAN A;  4NG1 A;  1QUT A;  4TSB A;  2OTY X;  3AZ5 A;  2QAR C;  1AKI A;  2LZT A;  1LJ3 A;  127L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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