1DYFA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAMNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyfA00
1L74A 1L97A 111LA 161LA 3DN1A 1LYDA 243LA 258LA 1L25A 2OEAX 1L37A 1SX7A 170LA 3G3VA 180LA 230LA 160LA 4ARQB 1C6BA 225LA 1NHBA 2OTYX 3HTBA 4DKLA 149LA 1L40A 219LA 2LZMA 2RB2X 3NYAA 4I7OA 3HTDA 1P6YA 4GBRB 4I7NA 196LA 169LA 1CV3A 1OVHA 4ARQA 1CU5A 4EKRA 2O4WA 1L08A 1CV5A 1L86A 1DYBA 3CDVA 3V2YA 1P56A 216LA 1LYFA 1L27A 1L31A 1SX2A 1LGWA 1L66A 1PQJA 1CU2A 1QUGA 1G1VA 1L80A 4ARMB 1G0QA 1G0GA 3NY9A 4W59A 155LA 1SWZA 3CDQA 1L61A 1L16A 209LA 1C62A 1QTHA 1L13A 2QB0B 4EKPA 201LA 186LA 2B73A 1L33A 2L78A 2HULA 4ARMA 1L82A 1L96A 145LA 1QTBA 3DMZA 1L63A 3CDOA 2ANVA 197LA 3C7WA 4I7MA 3HTFA 1LYGA 2OU9A 1C6IA 1I6SA 2Q9EA 1L46A 223LA 1C6KA 2LCBA 1KW7A 1PQMA 1QUOA 2B6TA 4YXAC 233LA 1SSYA 3PDSA 1C6DA 156LA 162LA 1ZWNA 3GUNA 4EKQA 1C6EA 1CVKA 2RAZX 3C83A 4GRVA 262LA 1DYDA 103LA 3FADA 4EKSA 211LA 3DN3A 1L47A 1L51A 236LA 1LYEA 240LA 167LA 2RB1X 120LA 2RBQA 3GUPA 171LA 1CV1A 3DN8A 3DN0A 3HT9A 200LA 143LA 2B74A 3OE9A 4I7QA 1T8GA 3DNAA 1C6HA 3GUJA 119LA 3QAKA 3C80A 3OE0A 1P64A 213LA 4I7TA 2OU0X 1D3JA 182LA 1L87A 137LA 1L76A 1QS5A 3HT6A 1ZYTA 1CUPA 1WTHA 1L03A 2LC9A 2QARC 220LA 1DYAA 1L73A 1P46A 1L71A 3PBLA 181LA 1P5CA 3HDFA 131LA 5I14A 2B7XA 1L65A 1LYIA 3LZMA 3HUQA 3C8QA 244LA 4PK0A 1L29A 3HUAA 1C6TA 6LZMA 1L12A 4OO9A 4W52A 1L75A 1L94A 1C6MA 112LA 1L58A 1QTCA 1C64A 1C65A 1L15A 2IGCA 1L22A 1L55A 1T8FA 2NTHA 128LA 3HDEA 188LA 3HH6A 130LA 3EMLA 3OE8A 4W57A 1D2YA 1PQDA 1G0KA 249LA 222LA 1L28A 2B75A 1KS3A 150LA 4YXCA 1P36A 2Z6BA 115LA 152LA 1DYCA 1G0MA 1QTVA 252LA 175LA 1L30A 1L98A 3C82A 3SB5A 248LA 199LA 4DAJA 1L35A 1T97A 168LA 4ARPA 3FA0A 190LA 1QT3A 3HUKA 256LA 1QT4A 242LA 1L60A 4LDOA 1L88A 2B6XA 2NTGA 3SB6A 1L36A 148LE 3HH4A 1PQKA 1L45A 138LA 1G0LA 1QT6A 1QTDA 118LA 257LA 2B72A 4W56A 215LA 1L92A 1G06A 229LA 1G07A 1QTZA 129LA 173LA 2OU8A 1TLAA 1QSBA 3C7YA 2OTZX 1CV6A 1DYEA 1LYHA 1L00A 2RAYX 144LA 178LA 102LA 1G0PA 1L90A 183LA 1L0KA 1LLHA 4I7LA 184LA 1L72A 1L01A 226LA 1L26A 3HU8A 1QT8A 185LA 189LA 1ZURA 3DMXA 3GUOA 4S0WA 250LA 1DYGA 1C69A 4I7SA 1XEPA 228LA 261LA 108LA 239LA 1OWYA 174LA 1L04A 1L20A 177LA 1L69A 4EJ4A 3UONA 245LA 1PQIA 187LA 1CTWA 1D3FA 224LA 1L85A 3GULA 3G3XA 3V2WA 1D2WA 1C67A 1P37A 1OV5A 1LI6A 1P2LA 165LA 3CDRA 1C68A 1CU6A 2OE9X 4I7PA 1K28A 260LA 2RB0X 4EPFA 1C6CA 1L41A 1OYUA 1JTNA 1L39A 3L2XA 151LA 1L57A 1KY0A 3GUIA 1OVKA 158LA 1D9WA 1JTMA 3L64A 2CUUA 2RBPA 3DN2A 3HWLA 212LA 238LA 1L23A 3SB9A 4W58A 114LA 4ARJA 1L34A 1L54A 1L06A 247LA 4EPIA 123LA 259LA 2A4TA 206LA 2O7AA 2F47A 3SB8A 1LGXA 4LDLA 217LA 104LA 1CUQA 1P2RA 4K5YA 2RBNA 3DN4A 7LZMA 214LA 1CU3A 1LI3A 1L56A 210LA 205LA 1L70A 1T8AA 231LA 141LA 3F9LA 4PJZA 2RBSA 1P3NA 107LA 4I7KA 2OE4X 3HT7A 234LA 1QUDA 3RUNA 1L21A 1L62A 2ANXA 1JQUA 1QUHA 221LA 4W51A 192LA 1LYJA 1QT5A 2B6YA 1L24A 3VW7A 1L43A 3F8VA 4LDEA 3GUKA 1C6QA 159LA 1L14A 1L77A 232LA 1KY1A 1L18A 1XJUA 1L91A 146LA 3G3WA 1KNIA 3DN6A 1LWGA 3HTGA 113LA 1L53A 2F32A 1L64A 1DYFA 191LA 4W54A 4W53A 1L79A 157LA 1C6GA 2Q9DA 3SB7A 255LA 3FI5A 1L50A 4I7RA 1L10A 163LA 3JR6A 1B6IA 4AQNA 1L95A 1PQOA 127LA 246LA 2RH1A 122LA 4ZPUA 1G1WA 1L99A 4I7JA 1C6AA 3HH5A 2O79A 1QS9A 1C66A 3ODUA 227LA 4W55A 3DKEX 1L89A 241LA 1C6LA 1CU0A 254LA 1CV4A 2OE7X 1SWYA 1D3MA 195LA 3SBAA 1L19A 139LA 147LA 1CV0A 2HUKA 1C6JA 218LA 235LA 1C60A 1L48A 1C6NA 5LZMA 1L84A 1C6FA 3C8SA 125LA 1L0JA 2B70A 3OE6A 1L49A 4E97A 176LA 3C7ZA 3K2RA 1QT7A 1XJTA 1L32A 4ARLA 3GUMA 4IAPA 1L83A 126LA 1L17A 1T6HA 1L52A 1L67A 3RZEA 2B6WA 4YX7C 1KW5A 1OVJA 3HU9A 1OV7A 3SBBC 1LW9A 251LA 1C61A 198LA 3C8RA 1L93A 1L44A 166LA 1L38A 1LI2A 3NY8A 1G0JA 1CX6A 1L68A 3CDTA 3SN6R 1OWZA 2B6ZA 172LA 1L02A 4EXMA 140LA 164LA 110LA 4DJHA 2F2QA 1D3NA 1L11A 3HT8A 142LA 1L81A 1L05A 2RBRA 1L09A 3DMVA 1P7SA 109LA 1C63A 3C81A 4LZMA 237LA 3D4SA 1CX7A 1SSWA 253LA 2HUMA 1L07A 1LWKA 1LPYA 1EPYA 1L59A 2RBOA 1L42A 3HH3A 1LGUA 1C6PA 1QSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L74A 111LA 161LA 3DN1A 1LYDA 2OEAX 1DI4A 7LYZA 3N9AA 2MEDA 230LA 4ARQB 2OTYX 225LA 4N8ZA 4XADA 4WLXA 1YROA 2MEEA 1RCMA 3P64A 219LA 1XEJA 4H92A 1P6YA 4NWEA 3LHMA 3TMWA 1CU5A 4EKRA 3AGIA 1CV5A 1W6ZA 5LVHA 5B1GA 1LMOA 1XEKA 1SX2A 3WPLA 1G7MC 4B4EA 1L66A 1QSAA 2FBDA 1SWZA 5LINA 1C62A 1HENA 1L13A 4RDSA 4EKPA 186LA 1IIZA 2DBTA 2I6ZA 1OP9B 1LZBA 3B6LA 1BB7A 4ARMA 145LA 3DMZA 2W1YA 1L63A 2HEDA 1BB5A 1FBIX 1UIDA 3BKVA 3C7WA 1JITA 1I6SA 4NIJA 1KW7A 1QUOA 3QY4A 4XYYA 1VFBC 3D9AC 5DN4A 1B7NA 1ZWNA 1CVKA 1GD6A 1REZA 3FADA 3DN3A 2YBLA 3WUNA 1MELL 2XBSA 4LYOA 1BGIA 2DQAA 3AB6A 2RBQA 5KXWA 5K7OA 4HPIA 2F4AA 1YKYX 200LA 2B74A 1T8GA 4HV1A 119LA 1UIAA 1V7SA 5LIOA 4DYGA 4OOOA 1LMNA 1ZVHL 137LA 3W6DA 4XJDA 1QS5A 1CUPA 2FYDA 2LC9A 2QARC 2LYOA 5D5CA 3TXEA 1P46A 4HTQA 1RFPA 5C6JA 181LA 1G7HC 4PPOA 1GAZA 4WM1A 1GWDA 1IP2A 1LYIA 4NFVA 4DWXA 3HUQA 1L29A 1YANA 4OO9A 1IR8A 3W3EA 1J1PY 1JSFA 1LMPA 1L58A 2MEFA 1T8FA 4RLNA 3HDEA 4RW2A 3HH6A 130LA 3M18B 3LYOA 1Z55A 2B75A 4OW1A 1LZRA 1GEZA 1QTVA 1L30A 3SB5A 1GFRA 4WM5A 4II8A 4ETEA 4IASA 4NGIA 4WLYA 1CJ7A 1LYSA 3FA0A 1XFPL 1IP1A 3TXGA 4HP0A 4GCDA 148LE 1WQMA 3A3RX 138LA 3AYQA 3ZVQA 1LTMA 1OUIA 3N9EA 5HNCA 1XGTC 3WU9A 1LZ5A 3CSQA 2NWDX 129LA 4NSIA 3RW8A 3AZ4A 1TLAA 1LZAA 4NGJA 1JKCA 5LA8A 102LA 1G0PA 3AZ5A 1LLHA 4I7LA 5APEA 1L01A 4DD9A 3HU8A 4LT0A 4P2EA 2BQGA 1ZURA 2LYZA 3DMXA 4WOAA 1HF4A 3QNGA 250LA 2YBIA 1CJ9A 4NGKA 1C69A 2Q0MX 1B7RA 5B06A 1TAYA 4TSCA 108LA 239LA 174LA 1L04A 2Z19A 4C3WA 4Z3MA 187LA 5LYMA 1PZYA 3IWRA 3V2WA 1C67A 1D6QA 2HU3A 2D6BA 3WPKA 1OYUA 4HTNA 1WQNA 1L39A 1GFTA 1GE2A 3L2XA 1KY0A 1GF5A 2BQLA 3GUIA 158LA 1JTMA 3L64A 8LYZA 3DN2A 1F6SA 1L23A 3WH1A 2BQHA 3SB9A 1BWHA 2YBNA 1OUBA 4ETDA 1L06A 2O7AA 208LA 3SP3A 3SB8A 5DLAA 1LGXA 1GB8A 104LA 4XJFA 5LAGA 4MCKA 7LZMA 1LZNA 210LA 205LA 1L70A 1T8AA 3EXDA 4WLTA 1LZSA 5APFA 3WW5A 1GF8A 3HT7A 4PRUA 1IR7A 1JQUA 4W51A 1LYJA 3M3UA 5HMJA 1IWZA 1BHZA 3GUKA 1FLWA 3ULRA 1IWXA 1VDTA 5IDDA 1L91A 135LA 3G3WA 1KNIA 4NGLA 3DN6A 1LWGA 1XGQC 4DD3A 1OUCA 134LA 5II3A 4W54A 2XBRA 2Q9DA 3EO5A 1UC0A 5A3ZA 5D5FA 4J1AA 1LSMA 4YEOA 3CT1A 1B6IA 5KXKA 5HLLA 1IOQA 1C6AA 1GB5A 4NSGA 3W6EA 1I20A 4Z98A 1LSYA 241LA 4XJBA 2Z2EA 1T3PA 2OE7X 1IVMA 2CGIA 1SWYA 1IC7Y 1L19A 3RU5A 147LA 4NHQA 1C60A 1L48A 3OJPA 1LHHA 1LJIA 1L84A 1DQJC 2B5ZA 1NHEA 2ZWBA 3OE6A 1L49A 1IWVA 4ML7A 4B49A 1VDQA 1YAQA 2D4KA 1WQOA 1L32A 4IAPA 1UICA 2D4IA 3E3DA 4HV2A 3FE0A 1NF5A 1L52A 3RZEA 1DI5A 1OVJA 3HU9A 1LOZA 251LA 3ATOA 4KXIA 166LA 1LSFA 3CDTA 3AGGG 2B6ZA 1LZ4A 172LA 4EXMA 1B7SA 5I4XA 4DJHA 1UIFA 1IC4Y 4R0FA 3LYMA 3TXFA 1IY3A 1GF0A 1GDXA 4J7VA 1SSWA 2HUMA 4GLVA 1EPYA 1L59A 3HH3A 1FLQA 1C6PA 4I7RA 1L97A 4ZFPA 1QSWA 243LA 1L25A 1GFKA 180LA 2XQOA 4UWNA 4HJZA 4DKLA 1GBXA 5KJ9A 1JTPL 1L40A 5B59A 2LZMA 2RB2X 3NYAA 3HTDA 4E3UA 2EPEA 1GDWA 4ARQA 4W94A 4H9BA 1L86A 3V2YA 1IP4A 216LA 1H6MA 2LYMA 1WQQA 1L27A 1LGWA 1PQJA 1JPOA 4ET8A 4QGZA 155LA 194LA 1EQ5A 1CKGA 3CDQA 1LZEA 4Z46A 1HELA 5HNLA 2B73A 4DD2A 1CJ6A 1YIKA 5LVJA 2L78A 4YENA 1QTBA 1GF7A 1QUTA 4DC4A 1GB0A 2ZNXY 4G9SA 1GAYA 2FBBA 3HTFA 5LAFA 1LYGA 1C6IA 2DQFC 1C6KA 2MEIA 2B6TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L74 A;  111L A;  161L A;  3DN1 A;  1LYD A;  2OEA X;  1DI4 A;  7LYZ A;  3N9A A;  2MED A;  230L A;  4ARQ B;  2OTY X;  225L A;  4N8Z A;  4XAD A;  4WLX A;  1YRO A;  2MEE A;  1RCM A;  3P64 A;  219L A;  1XEJ A;  4H92 A;  1P6Y A;  4NWE A;  3LHM A;  3TMW A;  1CU5 A;  4EKR A;  3AGI A;  1CV5 A;  1W6Z A;  5LVH A;  5B1G A;  1LMO A;  1XEK A;  1SX2 A;  3WPL A;  1G7M C;  4B4E A;  1L66 A;  1QSA A;  2FBD A;  1SWZ A;  5LIN A;  1C62 A;  1HEN A;  1L13 A;  4RDS A;  4EKP A;  186L A;  1IIZ A;  2DBT A;  2I6Z A;  1OP9 B;  1LZB A;  3B6L A;  1BB7 A;  4ARM A;  145L A;  3DMZ A;  2W1Y A;  1L63 A;  2HED A;  1BB5 A;  1FBI X;  1UID A;  3BKV A;  3C7W A;  1JIT A;  1I6S A;  4NIJ A;  1KW7 A;  1QUO A;  3QY4 A;  4XYY A;  1VFB C;  3D9A C;  5DN4 A;  1B7N A;  1ZWN A;  1CVK A;  1GD6 A;  1REZ A;  3FAD A;  3DN3 A;  2YBL A;  3WUN A;  1MEL L;  2XBS A;  4LYO A;  1BGI A;  2DQA A;  3AB6 A;  2RBQ A;  5KXW A;  5K7O A;  4HPI A;  2F4A A;  1YKY X;  200L A;  2B74 A;  1T8G A;  4HV1 A;  119L A;  1UIA A;  1V7S A;  5LIO A;  4DYG A;  4OOO A;  1LMN A; 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