2BQMA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAANAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqmA00
1CJ9A 3P65A 4LYMA 4NEBA 4LT2A 4G9SA 3CT0A 1UIGA 4IATA 3A93A 1GAZA 3LN2A 5DLAA 1DXJA 1WQPA 1LHLA 4DD9A 1GE1A 1JKDA 207LA 1EQ5A 3ATNA 1DPXA 2MECA 4WMGA 2B5ZA 4Z98A 2IFFY 3E3DA 5KXLA 153LA 2DBTA 1LJJA 5LYTA 1GEZA 2D4KA 4OOTA 4YENA 2ZQ4A 1J1PY 4OWHA 1LKSA 1UUZC 1LZ6A 4J1BA 2YDGA 1RCMA 3B6LA 4WLTA 1UICA 4YOPA 5FCPA 5IHGA 2C8OA 2A7DA 3HBDA 1HMLA 3LYZA 4HV2A 3CB7A 4A7DA 1REYA 4WM6A 1IP6A 1HSXA 1JUGA 1UIEA 3A95A 4HJVA 1B5WA 5DM9A 1YAQA 5LA8A 5DL9A 3P66A 4NWEA 1YKYX 3TXGA 5LVHA 1QTEA 1FDLY 1GBOA 4HP0A 1JKCA 1JTTL 5HNLA 1YL1X 1GF3A 1BWJA 1JPOA 1NF5A 2BQCA 1GXV2 4ETAA 2LYOA 5I53A 1EL1A 4PJ2C 4GN5C 1B7SA 1EQEA 5KXSA 1DZBX 2BQFA 1FKQA 2BQJA 1QQYA 3A96A 4WOAA 5IDDA 4DWXA 1AT6A 1LYZA 1IOCA 3ZEKA 1O23A 1A2YC 1BGIA 3W6FA 1RE2A 1TDYA 1LYOA 1T6VL 4XJDA 1LJIA 1V7TA 5B1GA 5KXXA 2DQHY 1OUCA 4QGZA 1LYYA 4QDNA 1HEWA 2HTXA 4M6DA 5K7OA 1FKVA 1SLYA 1V7SA 2HEAA 1C43A 3TXJA 4RDSA 3A6CY 1OUDA 5F81A 5I54A 1NWGA 2HECA 4LGKA 1JHLA 5KXKA 1Z55A 1OP9B 4LT1A 4LYBA 2I25L 5L9JA 1NKHA 4H90A 5HMJA 1A4VA 5KKJA 4J7VA 3CT5A 1LSDA 1AM7A 1GE3A 1H87A 1LZ4A 2Z2EA 4CFOA 4OWBA 2G4PA 3K3TA 5F16A 4U3XB 4HPIA 1GD6A 1GFTA 1KIQC 1B7NA 1WQQA 1JTPL 1LZTA 3FE0A 4IASA 1CJ6A 1I20A 4H94A 4NWHA 4WG7A 3MGWA 4RW2A 3TMVA 1IVMA 3WPJA 1NDGC 1GE0A 3LYMA 4BAPA 1LMCA 4NGOA 3TXKA 4NGYA 2ZIJA 1GXXA 1GF6A 1UBZA 1W08A 1HMKA 2BPUA 3WMKA 1IOTA 2D4IA 3ZVQB 4N9RA 1IORA 3TXDA 1YQVY 4H93A 1KIPC 4N8ZA 4LFXA 5B59A 4NGKA 1HERA 3RU5A 3TXEA 1HFZA 1CKFA 1FN5A 1GF0A 1REMA 3A3QA 1QSWA 4NGZA 132LA 1UIDA 5LYZA 4M4OA 4XJFA 4HPEA 1LYSA 1CJ7A 2VB1A 1BHZA 2Q0MX 4N1CC 4DD0A 1B7OA 1UA6Y 1IC7Y 1IP4A 2W1MA 1HEOA 1IWZA 1NDMC 3VWOA 1OUJA 1YANA 3A94A 3T36A 1HNLA 4HTKA 1GWDA 4MSTA 1HEMA 3WPLA 5FELA 1JKAA 1GBWA 5F9XA 1GFVA 3W6EA 4Z3MA 3AZ4A 5L3IA 2IHLA 2G4QA 4LYOA 2BQBA 4HJZA 4HTNA 1KIRC 4W94A 1F6SA 3EMSA 3WU7A 2H9JA 4OWEA 1GDXA 2LYZA 1IWWA 1LZCA 1UIHA 3LYTA 2YBJA 1G7MC 1LSBA 1BB6A 4QEQA 2DQDY 4NSHA 5KXPA 9LYZA 1I56A 1XGRC 2Y8PA 3M3UA 5M1YA 4OOOA 3WUNA 2BQHA 4DYGA 5KXOA 1IOSA 1JJ3A 2DQGY 5ILFA 1GF9A 1YROA 4B4JA 2HEBA 1HELA 4WL6A 4G49A 4LYCA 3EBAB 4B4EA 1WQOA 4DD1A 3WXTA 4BS7A 1GFKA 8LYZA 4WM2A 5KJ9A 2PC2A 2YBNA 4ET9A 1WTNA 2BQOA 4TX7A 4NFVA 1LPIA 2CDSA 4L41A 4LFPA 1KXXA 1XSFA 1JSEA 1GBYA 2XBSA 1IC4Y 1CNSA 5LXWA 4ZEEA 4HSFA 3EXDA 5II3A 1LMOA 2DKVA 5D5CA 1RI8B 1GB9A 1IIZA 3WXUA 1GB0A 4GN3A 1B5YA 1JTOL 2MEDA 1B7LA 1GE2A 2YBIA 3D9AC 4KL7A 4ZIXA 4NGLA 1FBIX 1LOZA 4D9ZA 1VDQA 2CJLA 2WARA 5JENB 1B5VA 1B7MA 1LZSA 1ZVHL 2D91A 2FBDA 1YKXX 1AKIA 4XENA 1WVVA 1OQMA 2ZWBA 4BAFA 4G4CA 1QDTA 1YILA 1G7JC 4E3UA 1GB5A 4CHXA 4QY9A 4B4IA 1LZ9A 4UWUA 1LMPA 1JITA 4PPOA 3TMXA 1PZYA 1C08C 4N1EI 3ATOA 1GF8A 1DPWA 1XEKA 2HEEA 2LZ2A 4NSGA 1LHMA 5APCA 1D6PA 1BVKC 1GPQC 4PGJB 3FI7A 1LSCA 1GBXA 4NG8A 3W6AA 1B0DA 1F6RA 1OUEA 1IWTA 3CQLA 3A91A 3D3DA 3WL2A 5APDA 3CSZA 1DI3A 3WVYA 3HFMY 1J1OY 4G4HA 1ZMYL 4PHIA 3IJUA 1GB6A 1XGPC 2HU1A 4B0DA 1E8LA 3G3BB 4H9AA 3AGGG 3W6BA 2EPEA 1N4FA 4GCBA 1LTMA 4MCKA 5LVGA 3TMUA 4DD2A 3N9CA 3F6ZA 4YEOA 3RW8A 4GCFA 1XEIA 1LZEA 1D6QA 1JJ0A 3OJPA 4XN6A 4H8ZA 3J4GA 1LMNA 4UWNA 2HEFA 4DDCA 1CKCA 2A7FA 1HFXA 1KXWA 3BKVA 3AYQA 5LVJA 3WUMA 1XFPL 4O34A 4Z41A 4RLNA 4C3WA 1BQLY 1JISA 5DN5A 3A34A 1IWYA 4G4BA 5LVIA 2DQIY 2ZQ3A 1IO5A 1DKJA 1J1XY 1NMMA 1OUBA 2W1YA 5APFA 3B0KA 3A8ZA 4H9FA 3P64A 1RJCB 1UIAA 1W6ZA 3CT1A 4EMNA 4DDAA 3IJVA 1IP3A 2I6ZA 1B5ZA 1B2KA 1GFEA 1WQMA 4NHTA 3W6DA 1H6MA 2DQFC 2DQAA 1INUA 2F30A 5HNCA 1XGUC 1UIBA 1IP2A 3LZ2A 3TMWA 2HUBA 1IP5A 4FJRA 1LHKA 3TXHA 1TEWA 4I8SA 1GFGA 2YBHA 5KXRA 5KXMA 4XJHA 1D0KA 5LAFA 3WU8A 3N9AA 4TUNA 1C45A 2ZNXY 3AZ6A 1JJ1A 4H9EA 4B1AA 4CJ2A 3AGIA 5FHWA 4W96A 1C10A 2LHMA 4GCCA 4AXTA 1GFHA 1HSWA 1LZDA 2N5ZA 2MEBA 2BQLA 4WM3A 1LSNA 4NSJA 6LYZA 5ILCA 4DDBA 3BKHA 4NIJA 4ETEA 3WU9A 1OUIA 5DN4A 3WW6A 1OUGA 1IY3A 4NHIA 4Z46A 2EIZC 2XTHA 1QSAA 1C7PA 5KKIA 194LA 7LYZA 3A67Y 1OUFA 4OWAA 4EOFA 1CKHA 1GAYA 4J0LA 208LA 4R6CA 4YM8A 3G3AB 1BB4A 2Z39A 2F2NA 2Z2FA 3J6KA 154LA 2BQDA 4CFPA 1BVXA 2BQMA 4TSBA 1BWIA 1GE4A 3AJNA 3GXRA 5L3HA 4WLXA 2MEIA 1LHIA 5D5FA 1LSMA 1GB2A 1TCYA 1LAAA 2MEHA 1GF5A 2BAAA 4GLAA 5FSTA 3WUAA 2ZYCA 4DC4A 4NHQA 5A3ZA 1I1ZA 3WPKA 2DQEY 4GCEA 4N5RA 2YVBA 1LZAA 4H91A 2CGIA 1QUTA 5KXYA 4LYZA 4NG1A 1HEPA 1OUHA 3A3RX 1LZYA 1XGTC 4OWCA 1YKZX 1B9OA 5I5QA 2RSCA 4ANRA 1AT5A 1QTKA 1HFYA 4WL7A 1LKRA 1UACY 3A92A 1LJNA 4PRQA 1LMQA 5F14A 2NWDX 2ZIKA 4NY5A 1T3PA 1XGQC 4KXIA 5J7CA 3AZ5A 4TTDA 1IC5Y 4J1AA 2D4JA 3AW6A 3LYOA 1DI5A 2F4AA 1BB3A 2F4GA 1B5UA 5I4XA 3CSRA 2GV0A 4II8A 4B49A 3QE8A 4HTQA 4NGJA 1LHJA 1QIOA 1JEFA 3TXIA 2ZYPA 1IWUA 4H9BA 5LA5A 1FLQA 4GLVA 4NGWA 3KAMA 5HQ1A 5FDJA 2BLXA 1KXYA 4I0CA 2CWIA 1LSGA 2ZILA 4KT3A 1B7PA 1LJEA 1HF4A 1JKBA 3LHMA 2HU3A 5I4WA 1FLWA 3HBHA 1IOQA 3OK0A 5A3EA 4H8XA 1TAYA 1LMTA 1B5XA 4WM4A 1D0MA 4H9CA 5LAGA 3ULRA 2MEEA 3TXBA 4RW1A 3WYHA 2EKSC 3AZ7A 3LZTA 1JSFA 1LMAA 4ETDA 1GFUA 4YF2A 2MEFA 1LZGA 2Z37A 4LZTA 3ZVQA 3N9EA 1DI4A 2H5ZA 2LZTA 1XEJA 1HC0A 2BQNA 5HLLA 1FLYA 5C6JA 3WH1A 1CKGA 1REXA 1LCNA 1ALCA 133LA 1LJFA 1LZ1A 1CKDA 1GBSA 1PS5A 2Z19A 4X3BA 4KPMA 2FYDA 1OUAA 3GXKA 1IR7A 4XADA 1LZ8A 1YAMA 3B0OA 1GF4A 4UWVA 5KY1A 4LT3A 4IJ4A 5KXZA 5FEKA 1B7QA 1VDTA 5T3FA 1UC0A 4WM1A 2EQLA 3IWRA 4H1PA 3P4ZA 1IY4A 2BQAA 1G7LC 5C6IA 2Z18A 2Z38A 1VATA 5E4PA 1MELL 2Z12A 1LZNA 4H9IA 1UCOA 1G7HC 4DT3A 5IELA 4YEMA 1ZVYB 4FDYA 1F10A 4ETBA 2YBMA 4ML7A 4WO9A 3WULA 3CSQA 2I26L 1B7RA 2BQEA 1DKKA 4HJYA 1LZBA 1SQ2L 4WLDA 5AMYA 3A90A 1MLCE 3AB6A 4NHSA 3RZ4A 1LJHA 4RLMA 1RFPA 4TWSA 2LYMA 2W1LA 4N0JA 5LVKA 1HHLA 4CGEA 1YAOA 1F0WA 1WQNA 2X0AA 3EO5A 1C46A 4WO6A 1QDRA 1HEQA 1VFBC 1IWVA 1YAPA 1GB3A 1P2CC 2BQGA 5LIOA 4C5FA 4XJIA 1LHHA 3RT5X 3A6BY 3AW7A 1EQ4A 2HEDA 2BQKA 4WM5A 1LJGA 1VEDA 4ET8A 1REZA 2BLYA 4R0FA 1VDPA 1D0LA 2DQJY 1BB7A 4WLYA 4DD7A 1IR9A 3W6CA 3B0IA 1JIYA 4GCDA 2AUBA 134LA 4ETCA 1G7IC 5KXWA 2MEAA 4P2EA 3M18B 4H8YA 5APEA 3TXFA 1BB5A 1NBYC 5B06A 2YSSC 4MR1A 5KXTA 1GHLA 3T6UA 1LSFA 3HBEX 5B1FA 4XJGA 1GB8A 4BADA 2W1XA 2XJWA 1LSPA 4LT0A 1ZV5L 193LA 1IX0A 2ZNWY 2FBBA 1AZFA 2DQCY 2D6BA 4AGAA 5C6LA 1DQJC 1YIKA 1NHEA 1LSYA 5I4YA 5EBHA 3AGHA 5HMVA 5KXNA 1LZRA 1YL0X 5B07A 4LYTA 4H92A 1GF7A 4H9HA 3QNGA 1VAUA 2FYCA 5B05A 1HENA 1FLUA 1LZ5A 3B72A 4GN4A 1IR8A 2MEGA 1WQRA 4NSIA 1VDSA 3WVXA 3SP3A 1UIFA 6LYTA 5LYMA 1BWHA 1GDWA 3QY4A 5E9RA 4NGIA 5F9UA 1JWRA 1LJ3A 1LJKA 1TBYA 2BQIA 1CJ8A 4XJBA 1LJ4A 1IWXA 1LSAA 1GEVA 1IEEA 3RNXA 135LA 1LSZA 3P68A 4XYYA 4HV1A 4TSCA 1GFJA 1WVUA 1IP1A 4DD3A 1D9UA 1WTMA 4NGVA 4OW1A 1NQIA 4NHPA 1GBZA 1QUSA 4WG1A 3WW5A 1NBZC 4PRUA 3W3EA 1IP7A 4ZFPA 2C8PA 2YBLA 5LINA 1GFRA 1LSEA 2G4NA 2H9KA 1GFAA 1GB7A 2XBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYMA 4NEBA 2XQOA 123LA 1C6QA 4DD9A 1JKDA 256LA 3LZMA 153LA 2B5ZA 216LA 3E3DA 1LJJA 1GEZA 149LA 1J1PY 1L70A 4J1BA 1L98A 2A4TA 4YOPA 1UICA 1OVKA 3A95A 5LVHA 3SB6A 236LA 3DN6A 1OWZA 5HNLA 1GF3A 137LA 1JPOA 5I53A 1K28A 1LYEA 4WOAA 161LA 2OE7X 1IOCA 223LA 1RE2A 4XJDA 2DQHY 2HTXA 1V7SA 1XEPA 3TXJA 1PQMA 189LA 4LT1A 5L9JA 1L67A 4EKQA 1A4VA 5KKJA 1LSDA 110LA 4U3XB 1GFTA 2B6TA 1JTPL 4H94A 1NDGC 2QB0B 1CTWA 1LMCA 4NGOA 1UBZA 1HMKA 2D4IA 1IORA 4LFXA 5B59A 3RU5A 3TXEA 1HFZA 1GF0A 4DJHA 1CX6A 4NGZA 1L82A 2Q0MX 1UA6Y 1IC7Y 241LA 1IP4A 2W1MA 103LA 1HEOA 1NDMC 1YANA 4HTKA 244LA 2B7XA 2B6ZA 2OU9A 1LYDA 1L24A 3NY8A 2BQBA 1QT4A 3WU7A 174LA 3HTGA 1BB6A 1I56A 3FA0A 3M3UA 5M1YA 3OE9A 1JJ3A 1L23A 1GF9A 233LA 2HEBA 1HELA 3GUKA 3JR6A 4B4EA 4BS7A 1GFKA 2B6XA 2YBNA 2BQOA 2NTHA 1OYUA 5LXWA 5D5CA 160LA 3WXUA 131LA 1B7LA 4KL7A 2RBOA 4NGLA 1FBIX 180LA 1LOZA 1VDQA 1T8GA 1LZSA 1B7MA 4I7NA 1YKXX 3L2XA 1QDTA 1NHBA 4E3UA 4QY9A 2B75A 4PPOA 2OEAX 1C08C 4N1EI 1DPWA 4NSGA 1D6PA 1L55A 1LSCA 1L87A 1C67A 1T8AA 1J1OY 3IJUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CJ9 A;  3P65 A;  4LYM A;  4NEB A;  4LT2 A;  4G9S A;  3CT0 A;  1UIG A;  4IAT A;  3A93 A;  1GAZ A;  3LN2 A;  5DLA A;  1DXJ A;  1WQP A;  1LHL A;  4DD9 A;  1GE1 A;  1JKD A;  207L A;  1EQ5 A;  3ATN A;  1DPX A;  2MEC A;  4WMG A;  2B5Z A;  4Z98 A;  2IFF Y;  3E3D A;  5KXL A;  153L A;  2DBT A;  1LJJ A;  5LYT A;  1GEZ A;  2D4K A;  4OOT A;  4YEN A;  2ZQ4 A;  1J1P Y;  4OWH A;  1LKS A;  1UUZ C;  1LZ6 A;  4J1B A;  2YDG A;  1RCM A;  3B6L A;  4WLT A;  1UIC A;  4YOP A;  5FCP A;  5IHG A;  2C8O A;  2A7D A;  3HBD A;  1HML A;  3LYZ A;  4HV2 A;  3CB7 A;  4A7D A;  1REY A;  4WM6 A;  1IP6 A;  1HSX A;  1JUG A;  1UIE A;  3A95 A;  4HJV A;  1B5W A;  5DM9 A;  1YAQ A;  5LA8 A;  5DL9 A;  3P66 A;  4NWE A;  1YKY X;  3TXG A;  5LVH A;  1QTE A;  1FDL Y;  1GBO A;  4HP0 A;  1JKC A;  1JTT L;  5HNL A;  1YL1 X;  1GF3 A;  1BWJ A;  1JPO A;  1NF5 A;  2BQC A;  1GXV 2;  4ETA A;  2LYO A;  5I53 A;  1EL1 A;  4PJ2 C;  4GN5 C;  1B7S A;  1EQE A;  5KXS A;  1DZB X;  2BQF A;  1FKQ A;  2BQJ A;  1QQY A;  3A96 A;  4WOA A;  5IDD A;  4DWX A;  1AT6 A; 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 2HED A;  2BQK A;  4WM5 A;  1LJG A;  1VED A;  4ET8 A;  1REZ A;  2BLY A;  4R0F A;  1VDP A;  1D0L A;  2DQJ Y;  1BB7 A;  4WLY A;  4DD7 A;  1IR9 A;  3W6C A;  3B0I A;  1JIY A;  4GCD A;  2AUB A;  134L A;  4ETC A;  1G7I C;  5KXW A;  2MEA A;  4P2E A;  3M18 B;  4H8Y A;  5APE A;  3TXF A;  1BB5 A;  1NBY C;  5B06 A;  2YSS C;  4MR1 A;  5KXT A;  1GHL A;  3T6U A;  1LSF A;  3HBE X;  5B1F A;  4XJG A;  1GB8 A;  4BAD A;  2W1X A;  2XJW A;  1LSP A;  4LT0 A;  1ZV5 L;  193L A;  1IX0 A;  2ZNW Y;  2FBB A;  1AZF A;  2DQC Y;  2D6B A;  4AGA A;  5C6L A;  1DQJ C;  1YIK A;  1NHE A;  1LSY A;  5I4Y A;  5EBH A;  3AGH A;  5HMV A;  5KXN A;  1LZR A;  1YL0 X;  5B07 A;  4LYT A;  4H92 A;  1GF7 A;  4H9H A;  3QNG A;  1VAU A;  2FYC A;  5B05 A;  1HEN A;  1FLU A;  1LZ5 A;  3B72 A;  4GN4 A;  1IR8 A;  2MEG A;  1WQR A;  4NSI A;  1VDS A;  3WVX A;  3SP3 A;  1UIF A;  6LYT A;  5LYM A;  1BWH A;  1GDW A;  3QY4 A;  5E9R A;  4NGI A;  5F9U A;  1JWR A;  1LJ3 A;  1LJK A;  1TBY A;  2BQI A;  1CJ8 A;  4XJB A;  1LJ4 A;  1IWX A;  1LSA A;  1GEV A;  1IEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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