5KXWA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 6
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGLQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 49
structure length 128
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxwA00
1IC4Y 1QTKA 2YSSC 1GBYA 1AKIA 1D6PA 1LYOA 1Z55A 4NSGA 1BB7A 2ZQ4A 1V7SA 2EQLA 4GCFA 2H9JA 5B06A 2ZNWY 4Z41A 1LYZA 1JPOA 2MEAA 2PC2A 4LGKA 1W6ZA 2I26L 3MGWA 1JTTL 1N4FA 4HTKA 4WM3A 5KXYA 3WH1A 1REXA 1YANA 4L41A 1GD6A 154LA 2MEEA 4DD0A 4WM6A 3RW8A 1JWRA 1YL1X 2DQIY 5F16A 5KY1A 1OQMA 4IJ4A 1TEWA 1YILA 4H92A 2W1LA 5APFA 3BKVA 5KXNA 5B05A 1D9UA 1UICA 1QDTA 1NBYC 4HPIA 1B7PA 1LHMA 1LSMA 2BLXA 5C6LA 1AM7A 2ZIJA 3AW6A 1UIBA 1IP4A 2MEDA 3TXFA 1ALCA 3TMUA 4PGJB 1DKJA 1JTPL 1YAPA 4GN4A 4NGLA 2G4QA 2W1MA 1XGQC 2I6ZA 4UWNA 1WVUA 4TSCA 4DD7A 3FI7A 4OWAA 1LJ4A 1LJJA 3W6AA 2BQHA 5DN5A 2Y8PA 3OK0A 1F0WA 4YOPA 4H93A 1GWDA 3TXGA 1DI3A 5A3EA 4XJIA 2EKSC 5C6JA 4KL7A 4WOAA 2CJLA 1GB8A 3HBEX 4QEQA 4G4HA 5I4WA 1NMMA 4WG1A 2IHLA 1DQJC 2A7DA 3B0IA 3GXKA 4LFPA 1W08A 1NQIA 1LZ9A 2F2NA 1G7JC 3N9AA 4OW1A 1QTEA 3CT1A 5LA8A 1G7HC 1IWZA 4PJ2C 1IWUA 1GB6A 4N9RA 4NSHA 5LVHA 4KXIA 1LSEA 4GCDA 4XJFA 1UACY 1GE1A 4YEOA 3TXBA 3J4GA 1WQPA 4ZIXA 1LZDA 3TXIA 4H91A 4NGVA 4G49A 2WARA 5LVIA 5KXZA 1FLYA 4DD1A 1D0KA 3A92A 1B5XA 2BQAA 3A8ZA 4DD3A 4G9SA 2ZYPA 1LZRA 1JJ0A 1B9OA 1DI4A 1P2CC 2EIZC 1JUGA 3K3TA 4UWUA 1B5ZA 5KXWA 2BQEA 5L9JA 4OWCA 3WMKA 2FBBA 5HQ1A 1WQMA 2BQGA 1IORA 5E4PA 1VDTA 2MECA 2XBSA 4WLTA 7LYZA 1LSAA 1I56A 4XYYA 3D3DA 1UIFA 3GXRA 1LSYA 1UIHA 3AW7A 1BHZA 1QDRA 2ZYCA 4GCEA 1GFEA 1HC0A 1LZSA 3ATNA 5LYTA 4CJ2A 4J0LA 4NG1A 3LYOA 3WUAA 1KXWA 4NFVA 4NGWA 5APCA 4BADA 5APDA 1LSNA 1TAYA 2HTXA 1LZ6A 3WUMA 5FELA 2H9KA 4CGEA 2MEBA 5LYMA 1IR9A 1B5YA 3HBHA 1GF6A 1BGIA 2Z2EA 1RFPA 1FDLY 1HF4A 4FJRA 1IP5A 1LZYA 1LZBA 1H87A 3B0KA 1LSDA 1GB7A 3A3QA 5K7OA 2G4NA 1JSEA 1GFVA 5B07A 2Z2FA 4Z98A 4WL6A 1LJIA 1LZGA 5F81A 1OUFA 2VB1A 4G4CA 1GBWA 2F4AA 1YKXX 1IR8A 2BQMA 3B72A 4HPEA 2F4GA 1JKCA 1DPXA 1IP2A 1HHLA 1QQYA 1D0LA 1YKZX 4HJZA 4C5FA 2Z37A 1KIPC 3A34A 2LYZA 1GPQC 1EQ4A 4RW1A 2DKVA 2RSCA 1BWJA 1LYYA 1GF9A 1OP9B 2CGIA 1GFAA 3FE0A 1C10A 1CKHA 1LJEA 1UC0A 3LYTA 4TWSA 1GDWA 1UIEA 5DN4A 3RU5A 4NHQA 1DKKA 1HMLA 1KXYA 5LINA 4ZEEA 1NF5A 1QIOA 1LMOA 1HEMA 4PRUA 4ETBA 2D91A 2HEDA 1PZYA 4B1AA 1IX0A 1LZEA 1HEQA 1GBXA 5F9XA 3WUNA 1WTNA 3EMSA 4NEBA 3A90A 3AZ4A 4MCKA 4PRQA 1GFKA 1LZCA 5I4XA 2DQCY 5JENB 3TXDA 2ZIKA 2W1XA 4H90A 1HMKA 5KXKA 5F9UA 4NG8A 1F6RA 1CJ6A 5I5QA 4WO6A 3A3RX 5I4YA 1FBIX 4ETEA 1GEVA 1HSWA 2HECA 5KXPA 5LVJA 1LHLA 1QSAA 3ULRA 2DQHY 1O23A 1D6QA 2BLYA 4GLVA 3W6FA 1JKBA 2Z39A 1JISA 1GFJA 4TSBA 2MEFA 5KKJA 5KXTA 4HJVA 1CKCA 2ZWBA 1HEWA 4NHIA 1H6MA 2XTHA 1REZA 1E8LA 2Z38A 1EQ5A 5LIOA 1OUBA 133LA 3A95A 4ANRA 5KJ9A 5M1YA 3SP3A 4WG7A 4YM8A 5ILFA 3QY4A 4NGKA 4XENA 5ILCA 4H8ZA 5D5FA 3B0OA 2B5ZA 3LYMA 4MR1A 4OOOA 3CSRA 5FHWA 1YKYX 3A94A 1UA6Y 3AYQA 4KPMA 3WYHA 3ZVQB 1GB5A 1GF4A 1LHIA 4H9IA 3TMWA 1UCOA 4LZTA 1AT6A 3ZEKA 4LYOA 1TDYA 1LZ8A 1QUSA 1CNSA 1XGUC 1YIKA 2DQEY 2Z19A 4NGOA 4X3BA 5B59A 1IWYA 2BPUA 4ETDA 2LYMA 4TTDA 3WVYA 4BS7A 1UUZC 4NHPA 4AXTA 4M6DA 1GF3A 1IOCA 1LJHA 5T3FA 8LYZA 1BB3A 4ET8A 1VEDA 3W6BA 3WPKA 1IOQA 3ATOA 4DC4A 4RLNA 1LZ5A 2DQDY 2CWIA 4LYBA 1ZVYB 3AJNA 4WLXA 193LA 2FYCA 3D9AC 1GF5A 1WTMA 2D4KA 4XJHA 4DWXA 4QY9A 2BQLA 1DZBX 4WL7A 2I25L 2YVBA 1ZMYL 1OUCA 4QGZA 4H9CA 4DDCA 4WLDA 5LAFA 2BQIA 3TXEA 1NDMC 3A67Y 1LJGA 5FEKA 1PS5A 1AZFA 1YQVY 1IY4A 1VAUA 1WQNA 2BQFA 2BQNA 5KXXA 1VFBC 1IP1A 2W1YA 3AB6A 3P64A 5E9RA 3WPLA 5HMVA 2XJWA 4NGJA 4NWHA 2N5ZA 4OWHA 207LA 1HEPA 1B5UA 2EPEA 1UIDA 4A7DA 1IWTA 2MEGA 4XN6A 5L3HA 4HP0A 1XEJA 2G4PA 2X0AA 1UBZA 4XJGA 3P65A 5HLLA 1QUTA 5LA5A 1D0MA 1GE0A 2NWDX 5KXMA 1A2YC 1GFUA 1BWIA 1IP7A 1LMTA 5FCPA 1GXV2 4I0CA 1HERA 3W3EA 4LT0A 1UIAA 1VDPA 4W96A 1KXXA 4RLMA 4OOTA 4WM1A 1LMPA 153LA 1GBSA 4HV1A 5IELA 3B6LA 1GFGA 3P66A 1B2KA 1IEEA 1XFPL 3G3AB 4B4EA 5F14A 1SLYA 1CKGA 1IWWA 1GB3A 1IWVA 1LZ1A 2HEAA 3A6BY 3IWRA 4ETAA 5LXWA 3CQLA 1JKDA 1GXXA 3WU8A 3ZVQA 4C3WA 4NHTA 4J7VA 5FSTA 2IFFY 1GE3A 2H5ZA 1CKFA 4LT3A 5FDJA 2ZQ3A 1YROA 4OWBA 1GHLA 3E3DA 2YBHA 4H9BA 1HENA 1RE2A 4LFXA 1B7RA 1JITA 1BVKC 5B1GA 4LYZA 4WM5A 3EXDA 3WPJA 3T6UA 1OUDA 1REYA 1V7TA 3RZ4A 4OWEA 1CKDA 2C8OA 1I1ZA 1GBOA 1J1XY 4N0JA 4H9EA 1HEOA 1IP6A 4P2EA 4DT3A 4B4JA 2F30A 5KXOA 4DD2A 1LMNA 4N8ZA 3P68A 5KXRA 3EO5A 2Z12A 1GAZA 5DM9A 6LYTA 3CSQA 1JKAA 1BQLY 4QDNA 1GF0A 1JSFA 1RJCB 1WQQA 3A93A 4WLYA 4DYGA 4M4OA 4RW2A 1B7MA 4XJBA 3M18B 2BQDA 4N5RA 1B7OA 1YAOA 194LA 1LTMA 3AZ7A 1YAMA 1WQRA 1LSCA 1LMAA 1BWHA 1AT5A 2HUBA 5APEA 3IJUA 3N9EA 1J1OY 1IC5Y 4EOFA 1C43A 3P4ZA 1IY3A 2AUBA 4H94A 1LCNA 2D4JA 1LSBA 3QE8A 4LT1A 1GB0A 132LA 4YEMA 134LA 1GFTA 4LYMA 1B7LA 4TX7A 1REMA 4WM4A 4D9ZA 1B7QA 1LZ4A 4ET9A 1C7PA 2A7FA 5EBHA 4B0DA 1LZAA 1GFHA 3W6EA 3VWOA 1JEFA 1LSPA 4H8YA 5LVKA 1B0DA 1VDQA 3IJVA 1C46A 1IR7A 1FN5A 3F6ZA 4FDYA 3WW6A 4W94A 1CJ9A 3EBAB 1HNLA 1LJNA 4LT2A 2ZNXY 3LZTA 4HSFA 3QNGA 4CFPA 1LPIA 3N9CA 4NSIA 1RI8B 4Z46A 4IASA 1B5WA 5A3ZA 1LMCA 1WVVA 2XBRA 4G4BA 1BB6A 1FLWA 4O34A 3WU7A 1G7MC 3CT0A 1OUGA 2LYOA 1LKRA 1LSZA 3TXKA 4BAFA 1VATA 2GV0A 1JHLA 2MEIA 2DQGY 5IHGA 1YAQA 4NGZA 1NHEA 2MEHA 1IOTA 1XGTC 1GEZA 6LYZA 1WQOA 3AZ5A 2YDGA 2BQBA 1YL0X 4YF2A 2BQOA 5KKIA 2DQJY 3KAMA 4II8A 5KXSA 1G7LC 1OUJA 3WXUA 1C08C 1HFXA 1UIGA 1FLQA 1GBZA 4J1BA 5B1FA 1FKVA 1LJ3A 3WW5A 4RDSA 2DQFC 4DDAA 5C6IA 5II3A 1NKHA 1I20A 2LZTA 4NY5A 1OUHA 1DI5A 4YENA 4KT3A 1LJKA 3HBDA 1EL1A 4PHIA 5DL9A 5HMJA 1GDXA 1HSXA 5HNCA 4DD9A 1GF7A 2HEEA 2LHMA 3W6DA 3G3BB 3WVXA 4WO9A 1HELA 2BQCA 1XSFA 2YBIA 1LAAA 4U3XB 135LA 3CB7A 1JJ1A 4HJYA 4NHSA 2ZILA 4XJDA 3TMVA 2Q0MX 1GFRA 1OUEA 2DQAA 3BKHA 1LMQA 1VDSA 4GCCA 1TCYA 3T36A 3AGGG 4ETCA 4E3UA 1LHHA 4I8SA 4GCBA 4HTQA 1ZV5L 4BAPA 208LA 4Z3MA 4N1CC 3M3UA 1IOSA 1DXJA 5IDDA 1BVXA 1T6VL 1IP3A 1GB2A 2YBLA 1ZVHL 4NGYA 3OJPA 4N1EI 1LSGA 2HU3A 1LKSA 1F10A 3W6CA 4NIJA 4UWVA 1INUA 1IWXA 2BQJA 4CFOA 1JJ3A 5KXLA 5LYZA 1OUAA 4HTNA 1DPWA 1C45A 2D4IA 1MLCE 5HNLA 4NGIA 4B4IA 1XGPC 1HFYA 1NDGC 1KIRC 3AGIA 1J1PY 3LN2A 1B5VA 4J1AA 1OUIA 2HEBA 4PPOA 3A91A 2HU1A 4R0FA 1GAYA 4LYTA 4B49A 4ML7A 1GF8A 1EQEA 1B7SA 4DDBA 1XGRC 4AGAA 3WULA 1T3PA 2YBJA 3A96A 1F6SA 1KIQC 3WXTA 1LOZA 1LZTA 4R6CA 5DLAA 5I53A 1XEKA 5AMYA 1MELL 5LVGA 2LZ2A 5J7CA 2FBDA 1IC7Y 5LAGA 1JTOL 1IO5A 1JIYA 1GE4A 1RCMA 2DBTA 5L3IA 3LYZA 3RT5X 1CJ8A 1GB9A 2HEFA 3CSZA 4H9AA 1NBZC 3HFMY 1TBYA 1SQ2L 2YBMA 1IIZA 3J6KA 4NSJA 4WMGA 4WM2A 4IATA 1XEIA 4H9HA 4NWEA 3TXJA 4ZFPA 2CDSA 1B7NA 1LJFA 1FKQA 2D6BA 4GN3A 1GE2A 1LSFA 9LYZA 2BAAA 2FYDA 4TUNA 2Z18A 4HV2A 3TMXA 2BQKA 3LHMA 4LYCA 1A4VA 4XADA 3TXHA 1QSWA 1LYSA 4H9FA 1BB5A 3CT5A 3AGHA 4MSTA 4GLAA 3RNXA 1IVMA 1LZNA 1G7IC 3A6CY 5D5CA 1FLUA 3AZ6A 2YBNA 1NWGA 1HFZA 4H1PA 1CJ7A 3WU9A 3LZ2A 4CHXA 1BB4A 4GN5C 2C8PA 1LHJA 3WL2A 4EMNA 5I54A 4H8XA 1LHKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
130LA 1Z55A 1D2WA 2EQLA 4GCFA 2H9JA 2ZNWY 235LA 2MEAA 4LGKA 1W6ZA 1JTTL 1N4FA 1REXA 2MEEA 3RW8A 1EPYA 5KY1A 1OQMA 3FA0A 5APFA 5KXNA 1QDTA 1B7PA 1LHMA 4ARLA 173LA 236LA 3OE9A 3AW6A 1UIBA 2RBPA 4PGJB 4GN4A 2G4QA 1XGQC 4TSCA 1LJ4A 155LA 3OK0A 4IAPA 4H93A 1GWDA 4XJIA 5C6JA 4QEQA 4G4HA 1NMMA 112LA 2IHLA 1DQJC 2A7DA 3GXKA 4LFPA 1CUPA 1G0GA 1NQIA 1LZ9A 1G7JC 1P56A 1GB6A 4N9RA 1LSEA 4XJFA 1QUDA 1UACY 1L71A 3TXIA 2WARA 1FLYA 3A92A 1B5XA 1L00A 4DD3A 1L82A 1B9OA 2EIZC 1JUGA 1L93A 5L9JA 5KXWA 2FBBA 5HQ1A 1WQMA 165LA 3VW7A 1L20A 1VDTA 160LA 2L78A 3C80A 4DQ5A 1UIFA 3GXRA 4W58A 1C6GA 3ATNA 1CV1A 4NGWA 5APCA 4E97A 5APDA 2HTXA 1L49A 1GF6A 4EKSA 5K7OA 1JSEA 4Z98A 5F81A 1OUFA 2VB1A 1IR8A 4LZMA 2F4GA 1DPXA 1IP2A 1HHLA 1YKZX 4HJZA 1C65A 3A34A 1L64A 1BWJA 1GF9A 1L50A 3RU5A 1DKKA 4ZEEA 1NF5A 110LA 4ETBA 163LA 3WUNA 3EMSA 3DNAA 3A90A 4MCKA 3C8RA 4PRQA 2NTHA 1L12A 4H90A 1HMKA 5F9UA 4K5YA 4WO6A 1FBIX 1L01A 3NY9A 1LI3A 3GUNA 2BLYA 4GLVA 1GFJA 1CV5A 2MEFA 4NHIA 1HEWA 1H6MA 1REZA 243LA 1C63A 4ANRA 3A95A 5M1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IC4 Y;  1QTK A;  2YSS C;  1GBY A;  1AKI A;  1D6P A;  1LYO A;  1Z55 A;  4NSG A;  1BB7 A;  2ZQ4 A;  1V7S A;  2EQL A;  4GCF A;  2H9J A;  5B06 A;  2ZNW Y;  4Z41 A;  1LYZ A;  1JPO A;  2MEA A;  2PC2 A;  4LGK A;  1W6Z A;  2I26 L;  3MGW A;  1JTT L;  1N4F A;  4HTK A;  4WM3 A;  5KXY A;  3WH1 A;  1REX A;  1YAN A;  4L41 A;  1GD6 A;  154L A;  2MEE A;  4DD0 A;  4WM6 A;  3RW8 A;  1JWR A;  1YL1 X;  2DQI Y;  5F16 A;  5KY1 A;  1OQM A;  4IJ4 A;  1TEW A;  1YIL A;  4H92 A;  2W1L A;  5APF A;  3BKV A;  5KXN A;  5B05 A;  1D9U A;  1UIC A;  1QDT A;  1NBY C;  4HPI A;  1B7P A;  1LHM A;  1LSM A;  2BLX A;  5C6L A;  1AM7 A;  2ZIJ A;  3AW6 A;  1UIB A;  1IP4 A;  2MED A;  3TXF A;  1ALC A;  3TMU A;  4PGJ B;  1DKJ A;  1JTP L;  1YAP A;  4GN4 A;  4NGL A;  2G4Q A;  2W1M A;  1XGQ C;  2I6Z A;  4UWN A;  1WVU A;  4TSC A;  4DD7 A;  3FI7 A;  4OWA A;  1LJ4 A;  1LJJ A;  3W6A A;  2BQH A;  5DN5 A;  2Y8P A;  3OK0 A;  1F0W A;  4YOP A;  4H93 A;  1GWD A;  3TXG A;  1DI3 A;  5A3E A;  4XJI A;  2EKS C;  5C6J A;  4KL7 A;  4WOA A;  2CJL A;  1GB8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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