1LYHA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIGKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyhA00
3SB6A 1L58A 3C8SA 1PQOA 1OV7A 3HUAA 2ANVA 1L35A 1ZURA 1C6JA 3DNAA 126LA 1P46A 3V2WA 3DN6A 1L06A 259LA 1CU3A 1PQMA 1L56A 2OU9A 1P7SA 113LA 1QTCA 2HUKA 1XJTA 164LA 243LA 1L70A 190LA 166LA 1CTWA 253LA 236LA 2L78A 1L05A 1L79A 111LA 172LA 183LA 241LA 4W58A 1L76A 3DN3A 1L88A 260LA 1L22A 1L36A 1OV5A 175LA 2OE4X 165LA 4I7JA 244LA 1ZYTA 3GULA 3DKEX 1XEPA 192LA 3UONA 115LA 205LA 1QTHA 3HH6A 1QTVA 102LA 3NY9A 1PQKA 3HT6A 1D9WA 182LA 138LA 103LA 4W51A 1SX2A 4W53A 3VW7A 1L46A 1LI3A 129LA 221LA 3GUIA 1L90A 1L96A 1G0LA 3DMZA 4LDOA 1CV1A 4YXCA 3DMXA 1LLHA 4EKSA 2LC9A 2A4TA 1L29A 1L19A 2O7AA 2Q9DA 1DYBA 162LA 3ODUA 158LA 2OTZX 3HDEA 1LPYA 1P2RA 4EPIA 209LA 1C66A 1L42A 1L91A 1CU6A 1L89A 1L95A 214LA 1P37A 159LA 1QT6A 1P3NA 1L49A 109LA 1QS5A 1PQJA 2B6WA 2RB1X 177LA 2F32A 1L81A 251LA 4W52A 3HH5A 227LA 3HH3A 1L84A 143LA 1L86A 140LA 1SX7A 156LA 1K28A 1CU2A 3C7WA 4EKPA 249LA 3FADA 238LA 211LA 239LA 3C83A 1L85A 3HT7A 3CDRA 1L54A 4W54A 2B7XA 1C67A 3EMLA 1LGUA 213LA 1LYIA 1ZWNA 4ARQA 1T6HA 1KY1A 2LZMA 223LA 3HTDA 161LA 2RBSA 3OE9A 3C8QA 218LA 3GUPA 104LA 224LA 4I7RA 1G0JA 1L75A 152LA 233LA 2F2QA 1CV6A 2F47A 1L60A 147LA 248LA 4K5YA 1CU5A 4EJ4A 220LA 1L15A 2QB0B 1L59A 1C6BA 1L34A 184LA 1L71A 180LA 1L53A 1QT5A 1L0KA 112LA 1G1WA 1L98A 1L44A 2IGCA 1C6NA 1L72A 3JR6A 1C6IA 3GUJA 230LA 3G3WA 216LA 1C64A 1L77A 2RB2X 3CDOA 1DYEA 1LYFA 1L57A 3HU8A 1L82A 118LA 1T8FA 6LZMA 3CDTA 174LA 242LA 3C7ZA 4ARLA 1SSWA 2OTYX 3HUKA 1LW9A 1L26A 3SBBC 2B73A 3NY8A 1L20A 199LA 1C6HA 200LA 2RBNA 4I7KA 222LA 219LA 1P56A 2B6YA 1L63A 229LA 2RAZX 1OWZA 1LI2A 4PJZA 1C6GA 4ARJA 1CU0A 1KNIA 2NTHA 2B72A 1L92A 139LA 1QTBA 1D3MA 1L33A 1L51A 163LA 1G06A 1LI6A 1CV3A 1T97A 120LA 1L27A 2OE9X 4YXAC 4DAJA 1LGWA 2LCBA 3HT8A 1OYUA 3L2XA 3V2YA 123LA 1OVKA 2RB0X 4DKLA 168LA 1P64A 1L43A 1L02A 198LA 1SWZA 4S0WA 237LA 2OE7X 1QT8A 1QUHA 1L23A 1LGXA 188LA 261LA 187LA 3FI5A 257LA 1JTMA 3DN0A 4I7QA 1L73A 3G3VA 1XJUA 4ARQB 1T8AA 1G07A 1CX6A 1SWYA 1CUQA 1QS9A 160LA 176LA 1QSBA 1C6LA 2Z6BA 195LA 1C61A 1C6FA 4ZPUA 215LA 3HTGA 1JTNA 1C6QA 2QARC 1L16A 4LDLA 3F8VA 1DYDA 1LYDA 1L07A 3C80A 131LA 1CVKA 185LA 1L40A 1C6CA 145LA 4I7SA 252LA 212LA 189LA 1L30A 1L12A 1C6DA 2HUMA 4IAPA 1L21A 1L31A 1G0PA 1L66A 3DN1A 3DN2A 1G0MA 1CX7A 2B70A 3GUOA 181LA 258LA 1C60A 1QTZA 4I7NA 1L50A 3SBAA 4E97A 1P2LA 1D2YA 4AQNA 1L01A 235LA 1L68A 1C6PA 110LA 2RBPA 1L14A 1L08A 201LA 127LA 3K2RA 3DN8A 1LYHA 3QAKA 4PK0A 4ARMB 1C69A 1KW5A 1P5CA 234LA 1PQIA 1L41A 1L24A 2RAYX 4LDEA 196LA 3SB9A 146LA 3FA0A 1L03A 119LA 1DYFA 1QUDA 169LA 3SN6R 1PQDA 1OWYA 149LA 3G3XA 1TLAA 1L09A 1L17A 186LA 1C68A 1DYGA 3HT9A 1L00A 2RH1A 2B74A 1CV4A 4OO9A 142LA 1DYCA 108LA 4I7PA 2B6TA 3HWLA 210LA 1C6EA 167LA 1G0GA 4W59A 1L18A 232LA 3GUNA 254LA 5LZMA 1L97A 256LA 1L52A 1L61A 2ANXA 3HTBA 3C81A 1L13A 3NYAA 1CV0A 250LA 170LA 144LA 2NTGA 4ARMA 1L37A 3HU9A 1KW7A 1KS3A 4DJHA 173LA 4LZMA 240LA 4YX7C 231LA 4W56A 1QTDA 1L47A 206LA 1CUPA 130LA 1L99A 3RUNA 1KY0A 1LYJA 1LWKA 1L80A 157LA 1L64A 2B75A 3C8RA 1B6IA 191LA 3CDVA 1QSQA 151LA 4EKQA 3OE0A 1DYAA 4I7MA 3LZMA 1NHBA 1C63A 1G1VA 3HDFA 3L64A 228LA 3HUQA 1C6AA 1G0QA 1QT3A 1L48A 1WTHA 197LA 1CV5A 3SB5A 1C6MA 4ARPA 3RZEA 1L04A 247LA 4GBRB 4EKRA 3PBLA 2OU0X 141LA 2CUUA 1QUGA 1I6SA 107LA 1SSYA 155LA 4EXMA 3HTFA 217LA 1L87A 1L32A 3PDSA 1LWGA 3SB7A 2O4WA 2OU8A 1C6TA 171LA 2O79A 1QUOA 4W57A 4I7TA 4GRVA 1EPYA 1JQUA 1L67A 1L55A 255LA 1T8GA 1L45A 178LA 3OE6A 3HH4A 1L93A 1OVJA 226LA 1L28A 1L74A 128LA 1L39A 150LA 1C6KA 2RBQA 2HULA 114LA 2Q9EA 1D2WA 1QT7A 137LA 3DMVA 1P36A 225LA 125LA 3OE8A 4I7LA 7LZMA 1L69A 5I14A 1C65A 246LA 262LA 3F9LA 2B6XA 1L83A 1LYGA 2B6ZA 3C82A 3CDQA 2RBRA 1C62A 1D3JA 3SB8A 4I7OA 3C7YA 245LA 2RBOA 1L11A 1L38A 3DN4A 2OEAX 4EPFA 3GUKA 1LYEA 1D3FA 1D3NA 1G0KA 1L94A 1L25A 4W55A 1L0JA 1P6YA 148LE 1L62A 1QT4A 3D4SA 1OVHA 1L10A 122LA 3GUMA 1L65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB6A 2A7DA 1JTOL 2YBLA 3HUAA 5LAFA 3DNAA 2VB1A 3DN6A 1L06A 3WXTA 259LA 1GDWA 1OUEA 2EIZC 1L56A 2OU9A 4GLAA 1AM7A 1B5UA 1BWHA 3OK0A 1YAMA 208LA 111LA 5ILCA 5B1FA 1AT6A 2D4KA 1GE2A 3RW8A 2FBDA 1L36A 2OE4X 3AZ5A 5EBHA 1GF7A 3DKEX 1LHHA 2CGIA 1XEPA 2BLYA 3HH6A 102LA 4WM6A 5B07A 1D9WA 138LA 4H9AA 4W51A 1LHIA 1SX2A 4W53A 1YAOA 3TMWA 1G0LA 1IWXA 1IORA 1LZ5A 4LDOA 1CV1A 4YXCA 1LLHA 2LC9A 4QDNA 1B2KA 2ZYCA 3ODUA 1BVKC 3HDEA 1P2RA 2Q0MX 1LZ1A 1GB3A 214LA 159LA 2YBHA 2MEIA 3IJUA 4P2EA 5F81A 4W52A 3HH3A 4OWBA 2F4AA 2DQIY 156LA 1IIZA 5JENB 4LZTA 1I56A 5C6IA 5A3ZA 1GEZA 3CSZA 4QY9A 3EMLA 1LGUA 1YANA 2BAAA 3OE9A 3LN2A 3CSQA 1G0JA 4WOAA 233LA 4LYZA 4W94A 1ZV5L 4EJ4A 2BQLA 1LJHA 2H5ZA 1REYA 1HEMA 4H8XA 3WPJA 1GE4A 3TXHA 1IP4A 4DDAA 1IC7Y 1L72A 1VFBC 1C08C 4ETDA 118LA 1FLYA 4NY5A 174LA 2BQGA 1GFHA 1GBWA 2Z18A 2RBNA 1GWDA 1C10A 1L63A 1GBOA 1C6GA 1KNIA 1L92A 2HEEA 1TAYA 1L51A 1B7OA 120LA 2W1XA 3WH1A 1LGWA 2LCBA 1IWZA 123LA 4MR1A 2DQFC 4XJBA 2RB0X 3TXFA 1B7MA 2OE7X 5K7OA 1L23A 4NGIA 1LKSA 188LA 1WQRA 1LJJA 3G3AB 4I7QA 1IOCA 1L73A 3AYQA 1LMCA 4ARQB 4HPIA 5LVKA 5APEA 1PZYA 1QSBA 2Z6BA 4LGKA 4II8A 1G7IC 1QSWA 2QARC 1L16A 2ZQ3A 3F8VA 1DYDA 3WVYA 2DBTA 1L07A 1CKCA 1LSEA 2H9JA 252LA 3W6AA 5I4YA 1L30A 2HUMA 1G0PA 1L66A 4G9SA 1G0MA 3GUOA 1IWVA 1QTZA 4H9CA 3CB7A 5D5CA 1L50A 1NDGC 4ML7A 3SBAA 4AQNA 3D9AC 1C6PA 2BQCA 110LA 1JJ0A 1ZMYL 1OUCA 1L14A 3QAKA 1C69A 1P5CA 234LA 1LZ6A 4H91A 1L24A 4LT2A 4LYTA 1LCNA 196LA 3MGWA 1NMMA 4CFPA 4B4JA 1DYFA 3SN6R 1TLAA 1C68A 1UIHA 3WUAA 1L00A 2HEAA 142LA 1UICA 3ATOA 4YOPA 210LA 2XTHA 4WM5A 1W6ZA 1HMKA 167LA 1QTKA 4W59A 1GFTA 3TXKA 1LJ4A 1VDTA 4GN4A 2ANXA 1LMOA 4G49A 2H9KA 1JHLA 1EQ4A 2NTGA 3HU9A 1KW7A 3HBDA 173LA 1YL0X 240LA 2BQNA 3J4GA 4W56A 5B59A 4DQJA 5DLAA 3RUNA 4LT1A 157LA 1L64A 1PS5A 1B6IA 3D3DA 5I5QA 5HNLA 3LYZA 1QSQA 1FKQA 2HECA 3OE0A 2GV0A 1DYAA 1NHBA 5IDDA 4XJGA 1QUSA 3L64A 4WM1A 3TXIA 4WL7A 2DQGY 3B0OA 197LA 4MCKA 4DWXA 2I25L 3LYTA 4GBRB 1LJKA 2W1YA 2OU0X 3PBLA 5FCPA 1QUGA 107LA 1LSGA 5KXLA 155LA 3HTFA 1L32A 3A3QA 4FJRA 1XEIA 2BQOA 4GN5C 4BAFA 1J1XY 3AW6A 1C6TA 2B5ZA 4CHXA 2XQOA 1GPQC 5L9JA 1LYYA 4N1CC 4GRVA 4GCDA 1IWWA 1VDSA 1T8GA 1L45A 3OE6A 1GF9A 226LA 1IOQA 1CKDA 4AXTA 1L39A 1OUIA 3K3TA 154LA 2RBQA 1QT7A 1HSXA 1F0WA 1C65A 3WU8A 3F9LA 1B7SA 3EXDA 2HTXA 3SB8A 1NQIA 4I7OA 3C7YA 245LA 2RBOA 4NSIA 5KXXA 4EPFA 4YENA 1D3FA 1D3NA 1HNLA 1L25A 4Z41A 1L0JA 1P6YA 148LE 3FE0A 3AGIA 2Z38A 122LA 3GUMA 1GF6A 1L58A 1DI3A 1OP9B 1L35A 1ZURA 2ANVA 1C6JA 4KXIA 126LA 4I0CA 1P46A 5HQ1A 5KXSA 3AJNA 3ZVQB 1LZGA 1DPWA 5ILFA 1WQOA 1P7SA 5F14A 1QTCA 1XJTA 5M1YA 243LA 1L70A 166LA 1KXWA 1CTWA 253LA 1B7RA 2L78A 1L79A 1UIAA 172LA 183LA 1OUFA 241LA 1A2YC 4W58A 1LZCA 4M6DA 1L22A 4XN6A 1QTEA 3W6EA 4H9EA 1AKIA 1LYOA 1OUBA 1LZAA 1HMLA 3VW7A 1L46A 1OUGA 129LA 3WUMA 221LA 1D0LA 3WUNA 4CJ2A 3DMZA 1IWTA 4EKSA 1L29A 1JITA 2O7AA 2YSSC 2D4IA 5KJ9A 4E3UA 2N5ZA 158LA 2MEHA 4U3XB 2NWDX 1L91A 5AMYA 5APDA 1GB9A 1L49A 1QS5A 1PQJA 2DQDY 5C6LA 2F32A 1L81A 251LA 1L84A 1CJ9A 2BQEA 4LT0A 4WLXA 1JJ1A 4AGAA 1YIKA 4BS7A 4OWAA 3AZ4A 1KXYA 4H1PA 1IWUA 1B5YA 3FADA 238LA 211LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SB6 A;  2A7D A;  1JTO L;  2YBL A;  3HUA A;  5LAF A;  3DNA A;  2VB1 A;  3DN6 A;  1L06 A;  3WXT A;  259L A;  1GDW A;  1OUE A;  2EIZ C;  1L56 A;  2OU9 A;  4GLA A;  1AM7 A;  1B5U A;  1BWH A;  3OK0 A;  1YAM A;  208L A;  111L A;  5ILC A;  5B1F A;  1AT6 A;  2D4K A;  1GE2 A;  3RW8 A;  2FBD A;  1L36 A;  2OE4 X;  3AZ5 A;  5EBH A;  1GF7 A;  3DKE X;  1LHH A;  2CGI A;  1XEP A;  2BLY A;  3HH6 A;  102L A;  4WM6 A;  5B07 A;  1D9W A;  138L A;  4H9A A;  4W51 A;  1LHI A;  1SX2 A;  4W53 A;  1YAO A;  3TMW A;  1G0L A;  1IWX A;  1IOR A;  1LZ5 A;  4LDO A;  1CV1 A;  4YXC A;  1LLH A;  2LC9 A;  4QDN A;  1B2K A;  2ZYC A;  3ODU A;  1BVK C;  3HDE A;  1P2R A;  2Q0M X;  1LZ1 A;  1GB3 A;  214L A;  159L A;  2YBH A;  2MEI A;  3IJU A;  4P2E A;  5F81 A;  4W52 A;  3HH3 A;  4OWB A;  2F4A A;  2DQI Y;  156L A;  1IIZ A;  5JEN B;  4LZT A;  1I56 A;  5C6I A;  5A3Z A;  1GEZ A;  3CSZ A;  4QY9 A;  3EML A;  1LGU A;  1YAN A;  2BAA A;  3OE9 A;  3LN2 A;  3CSQ A;  1G0J A;  4WOA A;  233L A;  4LYZ A;  4W94 A;  1ZV5 L;  4EJ4 A;  2BQL A;  1LJH A; 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