5APDA

Hen egg white lysozyme not illuminated with 0.4thz radiation
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Terahertz Radiation Induces Non-Thermal Structural Changes Associated with Frohlich Condensation in a Protein Crystal
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5apdA00
4GN4A 4ZEEA 1IWYA 3WXTA 1LCNA 1QDTA 1B5UA 1D6PA 4KPMA 4ETDA 5I4WA 1LMCA 1D6QA 1LZ4A 1LJKA 3CSQA 2D4KA 5KXRA 2BQIA 2Z39A 4LYMA 1LSMA 2CGIA 4H9CA 1VEDA 4EOFA 2YSSC 5B07A 3W6AA 4NGOA 1UIAA 4DDBA 3LYTA 1IWZA 1LSEA 2Z18A 4UWNA 1GHLA 1G7IC 3WXUA 3TXEA 1IOTA 1LZ1A 3GXKA 1GBYA 4B4JA 3W6BA 1IC5Y 1CKGA 1NBYC 2DBTA 2IHLA 2MEAA 1GFUA 4QGZA 4P2EA 4Z41A 3LYZA 4NGWA 4WM4A 1HF4A 1BVXA 2LYOA 4N1EI 3RT5X 2Z12A 4XJFA 3W6DA 3WUAA 2CWIA 4WG1A 2HUBA 1B0DA 1OUAA 1IP1A 1G7JC 1XGTC 1REXA 1OUEA 5T3FA 4YM8A 4ETCA 2BPUA 1GB6A 1LJIA 1IWUA 1EQEA 3FE0A 5B1FA 1I20A 2HEAA 4H91A 1IO5A 1F0WA 4NGKA 4NHSA 5LYZA 1EL1A 5FEKA 1HSWA 1PS5A 1XGUC 1YROA 1NF5A 4NY5A 5DLAA 1LZTA 1HSXA 1HMKA 1LZEA 1CKFA 1IORA 1IEEA 3WH1A 1JPOA 2MEIA 3TMUA 1JWRA 4I0CA 3LYMA 2ZWBA 3A6CY 5KXLA 1VDPA 1BQLY 2DKVA 1LJJA 1EQ5A 1YQVY 4IASA 5KKIA 5I53A 1GF7A 1JTTL 3M18B 4H92A 5KXPA 2YBNA 4H9EA 1B5YA 4LFXA 1J1PY 1QTEA 3WUMA 4Z46A 5HQ1A 2Z2EA 4LYOA 3RW8A 5LYMA 3TXKA 1LMPA 2BQHA 5LYTA 3D9AC 2XJWA 1XGRC 5I54A 1IOCA 1CJ8A 1KIPC 1NBZC 1UIFA 3A34A 3VWOA 1HC0A 1NKHA 4PHIA 4ZIXA 1C08C 4J7VA 1G7HC 1LJ4A 1WVUA 1DXJA 2A7FA 1LYYA 2I26L 1GAZA 1GDXA 3AB6A 4NG8A 4XJIA 1LHIA 6LYTA 5KXKA 4C3WA 1CKCA 1BWHA 4HSFA 1ZVYB 5C6IA 2ZNWY 5DN5A 193LA 5KY1A 1B7MA 1JTPL 4NIJA 5B1GA 4NFVA 3LZTA 4H9FA 1GAYA 1C10A 1GXV2 4LYBA 4QEQA 1DPXA 1RCMA 1LMQA 1LZDA 1VDTA 1A2YC 4LT1A 4XENA 1XFPL 5AMYA 3WU7A 5B59A 3EO5A 4FDYA 1IVMA 1I56A 1UIGA 5APDA 3A3RX 3B6LA 4DC4A 3P64A 1NDMC 1IP7A 4LT3A 1G7LC 5DL9A 3HBDA 2ZYPA 4LT2A 4CFPA 3EXDA 1JKDA 5DN4A 1XEJA 1UACY 2W1YA 1IWWA 4G49A 1CKHA 2GV0A 1GFVA 4NHIA 3T6UA 3AYQA 4QY9A 4KT3A 2DQAA 3WPKA 2MEHA 3GXRA 3B0IA 3J6KA 4J1BA 3FI7A 1JEFA 1WQNA 1HERA 4LT0A 5KXMA 1AT5A 2F4GA 4H9HA 4NGJA 4NSIA 1RI8B 2W1LA 1GD6A 2YBLA 1HEPA 3N9AA 4WO9A 3LHMA 4II8A 3AW6A 5KXOA 1INUA 4EMNA 3TXGA 5L3IA 1ZVHL 1YAQA 1LJGA 5E4PA 1GEZA 4WOAA 2DQIY 1YANA 1OP9B 1BB3A 1JJ0A 1TBYA 1IR9A 3TXDA 3P65A 4NGZA 3AGIA 1JUGA 5FELA 1IIZA 4HP0A 1LMOA 1LSCA 4NSJA 1FLYA 207LA 4GCCA 5KXZA 1DPWA 4H94A 1HEQA 1MLCE 1VAUA 1OUHA 3CQLA 5LA8A 1IOQA 1GFGA 3A95A 4O34A 4UWUA 4XADA 2HECA 3WMKA 4DD3A 1LMAA 1XEIA 5M1YA 3T36A 1WQPA 3BKVA 2ZNXY 4WG7A 4MCKA 3CT5A 2LZ2A 4RLNA 4ETBA 3RNXA 1E8LA 1HHLA 2C8OA 4PGJB 1CJ6A 1H87A 4N5RA 4NHPA 4OWAA 1W6ZA 2YDGA 5D5CA 4OWBA 5F9UA 5EBHA 4CHXA 1OUBA 3RZ4A 133LA 4WM5A 4WL7A 3WPJA 3TXIA 2DQEY 3QY4A 4YF2A 1LHHA 5L9JA 1YL0X 5KXTA 1GF8A 4N0JA 1QTKA 4WMGA 1CKDA 5LINA 1OUJA 3B0OA 4OOOA 4WM6A 1LHKA 1LSDA 3WU9A 2HU3A 4WLDA 153LA 4TUNA 1ZMYL 4N8ZA 4PPOA 1GWDA 1IWVA 1OUGA 1I1ZA 1HNLA 1UC0A 4NGYA 2DQFC 5APCA 5LA5A 5LAFA 1B7OA 5ILCA 1XGQC 1BGIA 1KXXA 4AGAA 1TAYA 1GFEA 3WPLA 5LVGA 3A90A 2BQKA 2IFFY 4HTNA 3MGWA 1GBZA 4W94A 1KXYA 1UIEA 4NHQA 1JITA 1F10A 4GCBA 3AGHA 3ULRA 2BQBA 3HFMY 1MELL 2BLYA 2DQDY 1B7RA 2PC2A 1H6MA 135LA 1GF9A 1PZYA 4YENA 1JJ1A 1IC4Y 3LZ2A 5F16A 4PRUA 5F14A 2D4IA 4B49A 1REYA 1SLYA 4BAFA 1GB0A 3ZEKA 1B7NA 3OK0A 1OUDA 6LYZA 1LMNA 4XN6A 4BADA 2D4JA 1HFZA 4H93A 3WU8A 1JTOL 1C43A 1JKAA 5DM9A 1D9UA 4NWEA 1QSWA 2HEBA 4OOTA 1J1OY 4J0LA 3SP3A 5HMVA 5JENB 1ZV5L 4IATA 1OUFA 4H9IA 4NEBA 1IWXA 1AZFA 1B7PA 1DI4A 1DZBX 1NQIA 4OWCA 2Y8PA 3B72A 4C5FA 1NWGA 5LAGA 1B7SA 5LVHA 1GEVA 1LJ3A 4UWVA 1QIOA 3QE8A 2H9KA 3P68A 5F9XA 2VB1A 4TX7A 1LSNA 2MEDA 1JSFA 4W96A 1IC7Y 1D0LA 3KAMA 1LJNA 1KXWA 2BLXA 4G9SA 1HENA 1F6SA 4TSBA 5I4XA 1NMMA 3CSZA 5F81A 3P4ZA 1YKXX 4GCFA 1KIRC 4LFPA 4H9BA 4X3BA 4HTKA 1LKRA 4ET8A 1GFRA 4H8YA 1BB5A 1GDWA 4G4HA 4DD9A 4LYCA 3WL2A 3W3EA 2LYMA 2DQJY 1LSYA 1DI3A 1YAPA 3N9CA 4LYTA 3A3QA 1W08A 1FN5A 4RDSA 1LZ9A 1BB6A 3A93A 1VDQA 3HBHA 4RW1A 2I25L 4YEOA 3A8ZA 1LMTA 1GF4A 1LZ6A 3A92A 3HBEX 2G4NA 1TCYA 5FSTA 3WYHA 1IP2A 4GCEA 2G4QA 4TWSA 3OJPA 1GFTA 4DT3A 1HEMA 3J4GA 5E9RA 1LZBA 1QQYA 1JKBA 1LJEA 1LZ5A 3EMSA 5I5QA 3F6ZA 5B05A 1QDRA 8LYZA 2ZQ4A 4NGIA 1LPIA 1UCOA 2BQEA 2YBJA 4GLVA 4M6DA 1OQMA 1YL1X 1TEWA 4LYZA 1IP3A 2LYZA 4B4IA 1GF6A 3TMXA 1IWTA 3D3DA 4YEMA 2ZQ3A 1B9OA 5LVIA 1NHEA 4ML7A 1FLQA 2LHMA 4DD0A 5KKJA 2HEEA 1GB3A 1VATA 1TDYA 2CDSA 5KXWA 1B5VA 2FBDA 1LKSA 1FLUA 3CB7A 4N9RA 1JJ3A 2MEBA 2YVBA 4WLYA 4BAPA 5LXWA 2BQGA 1YKYX 4I8SA 2NWDX 1AM7A 1WQMA 1GBWA 3WUNA 1REZA 3B0KA 5FHWA 2HU1A 1C7PA 1IY4A 1IY3A 2EIZC 4PRQA 1LJHA 5KXSA 3RU5A 1LSAA 1LTMA 3AW7A 2Z37A 3LYOA 1BWIA 3WW5A 1DKKA 4H90A 2HEFA 4CJ2A 2BQCA 4HV1A 1RJCB 2W1MA 4GN5C 1LOZA 1LSFA 1CJ9A 4HTQA 4OWHA 5KXXA 5I4YA 1VFBC 1JISA 208LA 2EPEA 2FYDA 4H8ZA 3TXFA 1LYZA 2BQDA 3AZ6A 9LYZA 5C6JA 1XSFA 2AUBA 1NDGC 3TXJA 3W6FA 1GE0A 1T3PA 4DD2A 2YBIA 1UICA 3AJNA 4DD1A 3AZ5A 1GB9A 3CSRA 3LN2A 4WO6A 2FYCA 1JKCA 2CJLA 4G4CA 3N9EA 4H1PA 1D0KA 1V7TA 3G3BB 1LZCA 1G7MC 1QUTA 4Z98A 1FLWA 1F6RA 3G3AB 1QSAA 1Z55A 4DDAA 2Z19A 1LHJA 4N1CC 134LA 3IJVA 4HJZA 4XJHA 2HEDA 5L3HA 1B5ZA 1BVKC 1HEWA 3AZ7A 4NGLA 1LJFA 1UUZC 1WQRA 2A7DA 2YBMA 2XBRA 1REMA 5C6LA 1IR7A 1IP6A 4GN3A 4WLXA 2X0AA 1YILA 2RSCA 2HTXA 4FJRA 4A7DA 1LZNA 1P2CC 4U3XB 194LA 4R6CA 4RW2A 3QNGA 4XJGA 1LSPA 2MECA 2BQOA 2F4AA 4NHTA 3TMWA 5IELA 5ILFA 4WM2A 5KXYA 4XYYA 5IDDA 1YAOA 4DD7A 2YBHA 3A96A 4WLTA 4B0DA 4ETAA 2N5ZA 3E3DA 4HPIA 4LGKA 5B06A 1LZYA 2Z38A 3M3UA 4HJVA 4QDNA 3WVYA 2ZILA 4WM3A 4MSTA 3IWRA 5LIOA 4BS7A 4XJDA 4DDCA 1RE2A 1WVVA 5HLLA 1YKZX 132LA 1UBZA 2ZIKA 2BAAA 4NSHA 1JHLA 4GLAA 1ALCA 2BQLA 2MEEA 5KJ9A 1A4VA 5FCPA 2H5ZA 1BB4A 4DWXA 5K7OA 1QUSA 1GB8A 4CGEA 1FDLY 1JSEA 1GE1A 5HNLA 3AZ4A 1IOSA 1LHLA 5J7CA 3BKHA 4OW1A 4NSGA 4D9ZA 4OWEA 4TTDA 2DQHY 2EKSC 3EBAB 2XTHA 5D5FA 1LZRA 4WM1A 1LZSA 2EQLA 2Z2FA 4TSCA 3A91A 3W6CA 1J1XY 1IP5A 4HJYA 1GF3A 1HFYA 1CJ7A 1GBOA 1D0MA 1DI5A 1IX0A 4H8XA 2FBBA 4R0FA 4ANRA 1KIQC 4WL6A 2W1XA 3WULA 4HV2A 2F30A 1LZAA 1GBXA 3AGGG 4CFOA 5A3ZA 1YIKA 1B5WA 1GE4A 1N4FA 4KXIA 5LVKA 3ATOA 1DQJC 2F2NA 1C46A 5APEA 2H9JA 2D91A 4DYGA 1HFXA 4NWHA 154LA 1GFKA 2Q0MX 1JIYA 1VDSA 1B7QA 1B2KA 2C8PA 1LHMA 3A94A 3W6EA 1LSGA 2MEFA 7LYZA 1V7SA 3CT0A 3A6BY 1GE2A 2ZYCA 5FDJA 3TXHA 3WW6A 1UIDA 1FKVA 1IP4A 1RFPA 2DQGY 4RLMA 1GF0A 1FBIX 1T6VL 2B5ZA 1GE3A 2MEGA 1BB7A 1AKIA 1OUIA 4IJ4A 1AT6A 4J1AA 1GBSA 1GF5A 1LYOA 3K3TA 2BQFA 2BQMA 5HNCA 1BWJA 2DQCY 3WVXA 1WQQA 1B5XA 2D6BA 1SQ2L 4L41A 4NG1A 4ETEA 1WTMA 1UA6Y 1O23A 5KXNA 1WTNA 5II3A 2I6ZA 1OUCA 4B4EA 1FKQA 5LVJA 4KL7A 1BHZA 1GB5A 4HPEA 4E3UA 1GXXA 1GB7A 1GFJA 1DKJA 4GCDA 1LAAA 2ZIJA 4PJ2C 1LYSA 3ZVQB 3ZVQA 2BQJA 1LZGA 1HMLA 2BQAA 2XBSA 1WQOA 4LZTA 3TXBA 2BQNA 4ZFPA 1HEOA 4G4BA 4YOPA 4AXTA 1C45A 3A67Y 2WARA 4ET9A 2G4PA 1CNSA 1LSZA 3CT1A 1LSBA 1XEKA 1UIHA 1IR8A 5HMJA 1B7LA 1GFAA 3ATNA 3TMVA 1XGPC 4MR1A 5IHGA 1UIBA 1YAMA 1GB2A 3IJUA 4H9AA 4XJBA 1GPQC 5APFA 5A3EA 4NGVA 4B1AA 1EQ4A 2LZTA 1HELA 1GFHA 3P66A 4M4OA 4Z3MA 1LZ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
233LA 4GN4A 1G0JA 1IWYA 1QDTA 4KPMA 1SSWA 3CSQA 123LA 2Z39A 4LYMA 1LSMA 2CGIA 1PQDA 5B07A 4EOFA 1LSEA 4DKLA 2OE9X 1L02A 3HTGA 1IC5Y 190LA 1CKGA 4WM4A 1BVXA 3WUAA 1OUAA 1T8GA 1L04A 1IP1A 1G7JC 1REXA 4YM8A 3HUQA 1IWUA 3FE0A 1C6PA 1F0WA 3HH5A 1XGUC 4NY5A 1L27A 1P37A 4YXAC 1D2WA 1JPOA 4W58A 4I0CA 1VDPA 1BQLY 1LJJA 1GF7A 1JTTL 1B5YA 1L98A 1P64A 1QTEA 126LA 2BQHA 3W3EA 1DXJA 4NG8A 1GAZA 1GDXA 4XJIA 1LHIA 5KXKA 4C3WA 5C6IA 193LA 4NIJA 5B1GA 3LZTA 1C10A 1CV4A 4QEQA 1LMQA 1LZDA 3HUAA 1XFPL 2HUMA 5B59A 1I56A 1UIGA 3P64A 112LA 1IP7A 2ZYPA 1JKDA 1XEJA 1L87A 3HT8A 1G0KA 1GFVA 4NHIA 4QY9A 2DQAA 3J6KA 3GXRA 1L36A 3FI7A 4LT0A 5KXMA 4NGJA 138LA 1HEPA 1CU0A 3LHMA 3AW6A 1ZVHL 3QAKA 1YAQA 2DQIY 3TXDA 1JUGA 1LYGA 149LA 1LMOA 199LA 1FLYA 5KXZA 1OUHA 1IOQA 1XEIA 4MCKA 2LZ2A 1P3NA 1HHLA 4PGJB 4NHPA 209LA 1W6ZA 5D5CA 2Z6BA 4ARQA 110LA 2B7XA 4WL7A 3TXIA 1L42A 1CX6A 1L69A 1OUJA 4OOOA 1L60A 1LHKA 196LA 4WLDA 4I7KA 1OUGA 1I1ZA 1L76A 1UC0A 5LA5A 5LAFA 1B7OA 1L79A 5LVGA 4EXMA 4HTNA 3MGWA 4W94A 2F32A 2RBQA 4NHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GN4 A;  4ZEE A;  1IWY A;  3WXT A;  1LCN A;  1QDT A;  1B5U A;  1D6P A;  4KPM A;  4ETD A;  5I4W A;  1LMC A;  1D6Q A;  1LZ4 A;  1LJK A;  3CSQ A;  2D4K A;  5KXR A;  2BQI A;  2Z39 A;  4LYM A;  1LSM A;  2CGI A;  4H9C A;  1VED A;  4EOF A;  2YSS C;  5B07 A;  3W6A A;  4NGO A;  1UIA A;  4DDB A;  3LYT A;  1IWZ A;  1LSE A;  2Z18 A;  4UWN A;  1GHL A;  1G7I C;  3WXU A;  3TXE A;  1IOT A;  1LZ1 A;  3GXK A;  1GBY A;  4B4J A;  3W6B A;  1IC5 Y;  1CKG A;  1NBY C;  2DBT A;  2IHL A;  2MEA A;  1GFU A;  4QGZ A;  4P2E A;  4Z41 A;  3LYZ A;  4NGW A;  4WM4 A;  1HF4 A;  1BVX A;  2LYO A;  4N1E I;  3RT5 X;  2Z12 A;  4XJF A;  3W6D A;  3WUA A;  2CWI A;  4WG1 A;  2HUB A;  1B0D A;  1OUA A;  1IP1 A;  1G7J C;  1XGT C;  1REX A;  1OUE A;  5T3F A;  4YM8 A;  4ETC A;  2BPU A;  1GB6 A;  1LJI A;  1IWU A;  1EQE A;  3FE0 A;  5B1F A;  1I20 A;  2HEA A;  4H91 A;  1IO5 A;  1F0W A;  4NGK A;  4NHS A;  5LYZ A;  1EL1 A;  5FEK A;  1HSW A;  1PS5 A;  1XGU C;  1YRO A;  1NF5 A;  4NY5 A;  5DLA A;  1LZT A;  1HSX A;  1HMK A;  1LZE A;  1CKF A;  1IOR A; 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 5LVK A;  3ATO A;  1DQJ C;  2F2N A;  1C46 A;  5APE A;  2H9J A;  2D91 A;  4DYG A;  1HFX A;  4NWH A;  154L A;  1GFK A;  2Q0M X;  1JIY A;  1VDS A;  1B7Q A;  1B2K A;  2C8P A;  1LHM A;  3A94 A;  3W6E A;  1LSG A;  2MEF A;  7LYZ A;  1V7S A;  3CT0 A;  3A6B Y;  1GE2 A;  2ZYC A;  5FDJ A;  3TXH A;  3WW6 A;  1UID A;  1FKV A;  1IP4 A;  1RFP A;  2DQG Y;  4RLM A;  1GF0 A;  1FBI X;  1T6V L;  2B5Z A;  1GE3 A;  2MEG A;  1BB7 A;  1AKI A;  1OUI A;  4IJ4 A;  1AT6 A;  4J1A A;  1GBS A;  1GF5 A;  1LYO A;  3K3T A;  2BQF A;  2BQM A;  5HNC A;  1BWJ A;  2DQC Y;  3WVX A;  1WQQ A;  1B5X A;  2D6B A;  1SQ2 L;  4L41 A;  4NG1 A;  4ETE A;  1WTM A;  1UA6 Y;  1O23 A;  5KXN A;  1WTN A;  5II3 A;  2I6Z A;  1OUC A;  4B4E A;  1FKQ A;  5LVJ A;  4KL7 A;  1BHZ A;  1GB5 A;  4HPE A;  4E3U A;  1GXX A;  1GB7 A;  1GFJ A;  1DKJ A;  4GCD A;  1LAA A;  2ZIJ A;  4PJ2 C;  1LYS A;  3ZVQ B;  3ZVQ A;  2BQJ A;  1LZG A;  1HML A;  2BQA A;  2XBS A;  1WQO A;  4LZT A;  3TXB A;  2BQN A;  4ZFP A;  1HEO A;  4G4B A;  4YOP A;  4AXT A;  1C45 A;  3A67 Y;  2WAR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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