226LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 226lA00
2OEAX 3C8QA 217LA 196LA 4I7KA 249LA 139LA 1L65A 1L77A 246LA 1L11A 104LA 3HWLA 4EKRA 1L49A 1L92A 224LA 7LZMA 2RBSA 4LZMA 155LA 164LA 184LA 3HU8A 205LA 3HH6A 1LLHA 252LA 1P5CA 233LA 1CVKA 151LA 210LA 2RBRA 197LA 115LA 4EPIA 2HULA 1QS5A 2B6XA 3DMVA 1DYEA 3C7WA 3D4SA 187LA 1XJTA 2CUUA 122LA 243LA 1L53A 1K28A 1P64A 4LDLA 4W59A 1L81A 1SSYA 1D3JA 172LA 1SWYA 1ZURA 3FA0A 1KS3A 1C61A 130LA 1LI3A 2RH1A 1L99A 3SBBC 3HT9A 244LA 191LA 2OE4X 2B72A 1OVKA 1L14A 2O79A 1OWYA 2B6WA 3HTFA 1L17A 3UONA 1L87A 3DKEX 1QT4A 1G0PA 162LA 4ARQB 1OVJA 3HTBA 3GUPA 1G1VA 1L18A 1L71A 3SB7A 216LA 220LA 1P7SA 1L51A 1L89A 148LE 254LA 149LA 1CV6A 1L95A 1CV4A 1C63A 1L93A 3G3XA 1L66A 4PJZA 225LA 4K5YA 1P36A 1L61A 1L59A 1L50A 186LA 199LA 2RBOA 1C6EA 5LZMA 4ARPA 3HDEA 1OYUA 4GBRB 1QT5A 1CU5A 1QS9A 1SX2A 1CV1A 1L47A 188LA 1PQOA 181LA 1CU0A 6LZMA 2B6YA 226LA 182LA 253LA 2B6ZA 1L55A 2Q9EA 161LA 2A4TA 4ARMB 1C6GA 1L09A 1P2LA 241LA 1L28A 147LA 113LA 3DMZA 1PQMA 3CDOA 3L2XA 4W53A 1C62A 4I7RA 1C6NA 1DYDA 4IAPA 1LPYA 1KNIA 1L39A 1XEPA 3PBLA 3HDFA 112LA 245LA 1D2YA 1PQKA 141LA 261LA 159LA 3HUQA 3HU9A 1QTDA 4GRVA 152LA 1L79A 4I7SA 1L06A 1G0KA 4I7NA 3FI5A 1G0JA 3C8RA 4W57A 4ARJA 256LA 1L76A 1KW5A 1L05A 1L84A 1L34A 1L31A 238LA 1PQIA 2F32A 156LA 1L48A 2LC9A 211LA 3HH4A 3C82A 4EKPA 5I14A 1L96A 1L60A 1L04A 1L27A 1L15A 4W51A 1LYFA 2NTHA 1C6PA 3K2RA 174LA 1QTHA 201LA 1T97A 1CUQA 1TLAA 2RAZX 3LZMA 3F8VA 4I7QA 1L43A 1C65A 4DAJA 168LA 3G3WA 1C6CA 3GUIA 1L85A 1L64A 190LA 1P6YA 1L80A 2QARC 4S0WA 178LA 1QT7A 119LA 2Z6BA 3GUKA 160LA 4I7TA 180LA 1LI6A 1QSQA 3SB6A 125LA 1KW7A 4E97A 1C6IA 1L62A 4W54A 108LA 3OE9A 4W56A 138LA 1LYIA 2OTYX 158LA 1EPYA 1L45A 3C7ZA 227LA 3HH3A 3CDVA 3GUMA 1L69A 1T6HA 1CX7A 1LYHA 1DYBA 177LA 1QTVA 1KY0A 240LA 3C8SA 228LA 1P37A 163LA 2RB2X 1L0JA 4I7MA 3PDSA 4I7JA 1T8AA 1C69A 236LA 1CX6A 1G0QA 1PQJA 1G0LA 128LA 146LA 2QB0B 171LA 3QAKA 1L07A 4W58A 2RB1X 3C81A 3HT8A 4EXMA 3C7YA 235LA 198LA 2HUKA 1L63A 4ARLA 3NY9A 2B74A 1L40A 3DN8A 1L46A 223LA 1L54A 1L70A 3OE8A 1C6KA 3HTDA 1L91A 4EKSA 1C6MA 3EMLA 242LA 1L98A 3DN2A 127LA 1C6AA 3V2YA 2B75A 1L37A 165LA 1L74A 4ZPUA 4DJHA 1P2RA 3FADA 1L01A 3SB8A 3VW7A 2B70A 1C6LA 1QT3A 1D2WA 1L83A 4EPFA 1L03A 1DYAA 2RBQA 3SB9A 1L36A 1L32A 1T8FA 1L16A 173LA 1L19A 1L08A 144LA 3DMXA 3SBAA 3HTGA 2RBNA 1C6HA 3V2WA 1QTCA 1L75A 258LA 3HUAA 3ODUA 120LA 1LWKA 229LA 3SB5A 213LA 1QSBA 1L00A 215LA 3SN6R 126LA 1XJUA 1G0GA 1L41A 1L57A 1C6QA 170LA 1C6JA 1L02A 1C64A 222LA 1WTHA 1OV7A 1L0KA 1SX7A 1LYGA 2F2QA 1LGWA 3CDQA 1QUGA 2ANVA 1L86A 102LA 3JR6A 143LA 1D9WA 231LA 1L35A 1P56A 1L82A 4EKQA 2NTGA 3HT6A 1C60A 1P3NA 3DN6A 3F9LA 4I7OA 1C6BA 169LA 1DYCA 1JTMA 3OE0A 3DN0A 1B6IA 2B7XA 123LA 1L23A 3HUKA 4EJ4A 1P46A 3DN4A 2OU0X 109LA 192LA 2RBPA 1SWZA 2OU9A 1LWGA 1OVHA 131LA 247LA 3DN3A 1QTBA 262LA 2IGCA 250LA 111LA 1LYEA 2F47A 1CU3A 176LA 1D3NA 137LA 209LA 1L20A 1QTZA 1L21A 218LA 2ANXA 3GUOA 212LA 4W55A 1L10A 1ZYTA 1DYFA 3NYAA 1QUDA 1L25A 1QUHA 185LA 1JQUA 183LA 3G3VA 4ARQA 3C83A 1LI2A 219LA 221LA 1L52A 232LA 4YXCA 129LA 1G0MA 1ZWNA 251LA 1PQDA 140LA 195LA 1G1WA 2L78A 1C67A 3CDTA 3CDRA 1QUOA 4LDEA 2OTZX 1LW9A 3RUNA 118LA 2RAYX 2O4WA 1SSWA 3L64A 4YX7C 1L88A 110LA 1JTNA 1L67A 2OU8A 1L73A 1OWZA 3DNAA 4I7PA 2RB0X 2OE7X 150LA 234LA 1L12A 4I7LA 175LA 167LA 3NY8A 239LA 4YXAC 4W52A 4OO9A 157LA 4ARMA 3C80A 3DN1A 4AQNA 145LA 2HUMA 1L33A 1DYGA 3HT7A 1C6TA 3RZEA 3HH5A 1CTWA 1G07A 1L44A 230LA 1CU2A 1L24A 1QT8A 1C66A 1G06A 4DKLA 1QT6A 1L13A 3OE6A 1CV3A 142LA 1C6DA 214LA 1L90A 1NHBA 1L72A 260LA 3GUNA 1L29A 1CU6A 1OV5A 259LA 3GUJA 3GULA 4PK0A 1L94A 1CV5A 114LA 1CV0A 1D3FA 1L42A 2LCBA 237LA 1I6SA 1D3MA 1L30A 248LA 1L38A 2O7AA 1L68A 2LZMA 1L58A 257LA 1T8GA 1L22A 1LGUA 1LYJA 2OE9X 1CUPA 103LA 189LA 1L26A 166LA 1C68A 255LA 1L56A 1C6FA 200LA 1LYDA 206LA 4LDOA 2B6TA 107LA 2Q9DA 1L97A 1LGXA 2B73A 1KY1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OEAX 2YBJA 217LA 1UIGA 139LA 1L65A 4TUNA 4H8XA 3B72A 1LJ3A 1T6VL 1VDQA 4QDNA 3TXKA 4D9ZA 4YF2A 233LA 1CVKA 151LA 210LA 4X3BA 1IVMA 115LA 3F6ZA 3B0IA 5ILFA 1QS5A 2CGIA 5C6LA 4DD0A 5B1FA 4WM4A 3EBAB 1FLUA 187LA 154LA 1XJTA 2CUUA 1G7LC 1L53A 1WVUA 5KXRA 5B1GA 5HQ1A 4YEMA 2BQJA 1LI3A 4HJVA 1B5YA 3WXUA 3TXHA 1YKXX 191LA 1L14A 4GLAA 3J6KA 3DKEX 4PGJB 1I20A 1QT4A 2HEEA 2X0AA 4NHSA 3HTBA 1SQ2L 3GUPA 1L18A 3AZ4A 1LSYA 4NG1A 1CV4A 4PJZA 2VB1A 1F6RA 1P36A 4TSCA 186LA 1GE1A 1HENA 4WLDA 4HTNA 3TXJA 4ETDA 2CDSA 4UWVA 4RW2A 1LZYA 2G4QA 4HP0A 1CU0A 4NHTA 1HC0A 226LA 2YBMA 1IIZA 2B6ZA 1B5VA 2DKVA 147LA 5FSTA 1PQMA 1IP3A 3L2XA 5I4XA 4DQ5A 1WQMA 4I7RA 1BHZA 4MSTA 1DYDA 1LZAA 1XEPA 1IC5Y 3WUAA 1JTTL 112LA 4I8SA 1D2YA 261LA 4NFVA 4DDBA 159LA 1L79A 1A4VA 4EOFA 4NGWA 2MEAA 4I7SA 3FI5A 1IC4Y 4H9HA 5IDDA 1OUGA 4IJ4A 3WW5A 1IWWA 4CHXA 1L48A 1HNLA 4OWHA 1L60A 2LYZA 2NTHA 1C6PA 1JSEA 4CFPA 1T97A 4OWAA 4I7QA 1L43A 2DBTA 5LVHA 4DAJA 4DT3A 1GB3A 4H93A 168LA 3A8ZA 1BWJA 1LZDA 3GUIA 1L64A 190LA 1L80A 1GDWA 1LYYA 1YROA 1CJ9A 1NBZC 1GF6A 3A6CY 1IP4A 1GDXA 3OJPA 1GF5A 3QY4A 3WW6A 1D0LA 5I4WA 1TCYA 2W1XA 1L45A 2NWDX 2FBDA 3HH3A 5D5CA 5B06A 1DYBA 1YILA 1LSNA 1AT5A 1P37A 1FLQA 1A2YC 2BQEA 5KXZA 1BB6A 1EQ5A 3WL2A 236LA 2D4JA 1G0QA 1PQJA 1LSBA 4RLMA 1SLYA 146LA 3ATOA 4NG8A 171LA 3T6UA 4W58A 1IEEA 3LHMA 2RB1X 3C81A 1Z55A 3HT8A 4A7DA 2YBLA 1DI4A 5IELA 1B7LA 198LA 1GBZA 4ARLA 5DN4A 3HBHA 3HBDA 1TAYA 1L40A 2DQCY 4W96A 3HFMY 4G9SA 1OUAA 1FKQA 1BQLY 2YSSC 3G3BB 3HTDA 5LINA 1LHKA 2YVBA 3P68A 1GE4A 1HEOA 4OWEA 1L98A 3QNGA 1GF4A 1L37A 1LZGA 2MEFA 2W1LA 2N5ZA 2BQKA 1WQQA 3SB8A 3VW7A 4YENA 4EPFA 2HEFA 1UIFA 4J1BA 4G4HA 1GF0A 1LMCA 4WO6A 1L08A 2Q0MX 4NWEA 1ZVYB 3HTGA 4CGEA 258LA 229LA 1HSXA 213LA 126LA 1XJUA 5T3FA 1L57A 3AYQA 1LZTA 1YL0X 1YAOA 3LYZA 4DQ7A 1UIAA 1GAZA 1C64A 1WTHA 4AGAA 2Y8PA 5FDJA 1SX7A 1LYGA 1VDSA 4H9FA 4CFOA 1BB7A 3QE8A 5KXWA 1LYOA 1L35A 1C08C 1L82A 4H9BA 2NTGA 1XEKA 1GFVA 5KY1A 1UCOA 3W6FA 3DN0A 1B6IA 1GWDA 1D9UA 4ANRA 4YM8A 1WTMA 2RBPA 5D5FA 2W1MA 1OVHA 1GBXA 3TXEA 2IGCA 4LYTA 111LA 2F47A 1CU3A 176LA 4R6CA 218LA 2ANXA 3GUOA 1ZVHL 1GEVA 1L10A 4DYGA 1OUFA 3D3DA 1H6MA 4OOOA 3C83A 1B2KA 5F9UA 4B4EA 1TBYA 232LA 1DPXA 2Z39A 3KAMA 4YXCA 129LA 1G1WA 5LAFA 1C67A 5LXWA 1IP1A 1QIOA 3L64A 4YX7C 1IR8A 2OU8A 4WLXA 1G7MC 3P66A 1D6QA 2OE7X 1LJKA 3B0KA 4B1AA 2MEIA 239LA 2D91A 4OO9A 157LA 1GFGA 2I6ZA 145LA 1L33A 3HT7A 4LYOA 1IP5A 5KXKA 1GEZA 3TXDA 5LVGA 1W6ZA 1G06A 1L13A 3OE6A 1REZA 142LA 5I4YA 214LA 1L90A 3TXFA 4XJBA 260LA 3GULA 1OV5A 1YAPA 1KXYA 1L94A 3BKVA 2HEBA 1DI5A 3A93A 4M4OA 1L58A 1H87A 1GFAA 1T8GA 4L41A 1LYJA 2MEGA 189LA 1LHLA 1L26A 1ZMYL 2Z2FA 4NGYA 5B07A 1HHLA 1C6FA 3GXRA 1B7OA 1OUIA 206LA 4LDOA 4B4IA 1L97A 4I7KA 1L77A 246LA 1L11A 4XJFA 3LYMA 1L49A 224LA 4GCEA 2RBSA 4MCKA 1C45A 3RNXA 184LA 3M3UA 1LHMA 205LA 2BQBA 4H9CA 1CJ6A 3TMUA 1YAQA 5ILCA 197LA 4H9AA 2HULA 3A91A 2BLYA 2B6XA 1DYEA 3C7WA 122LA 1CNSA 4XYYA 1LMNA 1P64A 4LDLA 1VDPA 1D3JA 172LA 3ZVQB 1REYA 1HMLA 3CT1A 1IORA 1JWRA 1YKZX 3HT9A 4BAFA 2B72A 1OWYA 1CKHA 1DPWA 1GB0A 1L17A 2DQDY 3HTFA 3UONA 5KKJA 135LA 3A96A 1UIHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OEA X;  2YBJ A;  217L A;  1UIG A;  139L A;  1L65 A;  4TUN A;  4H8X A;  3B72 A;  1LJ3 A;  1T6V L;  1VDQ A;  4QDN A;  3TXK A;  4D9Z A;  4YF2 A;  233L A;  1CVK A;  151L A;  210L A;  4X3B A;  1IVM A;  115L A;  3F6Z A;  3B0I A;  5ILF A;  1QS5 A;  2CGI A;  5C6L A;  4DD0 A;  5B1F A;  4WM4 A;  3EBA B;  1FLU A;  187L A;  154L A;  1XJT A;  2CUU A;  1G7L C;  1L53 A;  1WVU A;  5KXR A;  5B1G A;  5HQ1 A;  4YEM A;  2BQJ A;  1LI3 A;  4HJV A;  1B5Y A;  3WXU A;  3TXH A;  1YKX X;  191L A;  1L14 A;  4GLA A;  3J6K A;  3DKE X;  4PGJ B;  1I20 A;  1QT4 A;  2HEE A;  2X0A A;  4NHS A;  3HTB A;  1SQ2 L;  3GUP A;  1L18 A;  3AZ4 A;  1LSY A;  4NG1 A;  1CV4 A;  4PJZ A;  2VB1 A;  1F6R A;  1P36 A;  4TSC A;  186L A;  1GE1 A;  1HEN A;  4WLD A;  4HTN A;  3TXJ A;  4ETD A;  2CDS A;  4UWV A;  4RW2 A;  1LZY A;  2G4Q A;  4HP0 A;  1CU0 A;  4NHT A;  1HC0 A;  226L A;  2YBM A;  1IIZ A;  2B6Z A;  1B5V A;  2DKV A;  147L A;  5FST A;  1PQM A;  1IP3 A;  3L2X A;  5I4X A;  4DQ5 A;  1WQM A;  4I7R A;  1BHZ A;  4MST A;  1DYD A;  1LZA A;  1XEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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