226LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 226lA00
3GULA 2OU0X 247LA 1SX7A 186LA 119LA 3SN6R 1L77A 1QTCA 3SB7A 1QTDA 214LA 4I7QA 1C6GA 224LA 227LA 1L56A 2RBOA 2L78A 127LA 3HDEA 1G1WA 4EKQA 1QT8A 4ARJA 1L06A 3HT7A 3OE0A 1L81A 158LA 166LA 1LWGA 1C6JA 220LA 3FADA 256LA 1L88A 187LA 1L80A 2B6ZA 1L68A 262LA 3HH6A 1G0JA 1G0QA 165LA 1C6IA 1L62A 1L15A 252LA 4I7SA 2HUKA 230LA 3CDTA 3D4SA 1L35A 141LA 177LA 2LCBA 3GUPA 1L38A 4IAPA 2ANVA 1P64A 1LYGA 160LA 1C6KA 4ARPA 1L37A 242LA 211LA 1G0LA 1L25A 2RH1A 3SB5A 164LA 1C6DA 1KNIA 1LI6A 2Z6BA 184LA 1CV3A 1L36A 1L96A 3DN3A 2B6WA 1P2RA 3HH4A 1L67A 197LA 234LA 1CU5A 1L52A 1WTHA 4GBRB 4EKSA 2RAYX 200LA 1C6HA 1B6IA 1L16A 2HUMA 3NY9A 1L21A 3F9LA 1C68A 1P7SA 182LA 1G0KA 2A4TA 3C83A 1CV5A 2NTGA 259LA 1OWYA 1L05A 1L93A 4ARLA 1P5CA 4DKLA 1LI3A 1C61A 3GUKA 237LA 1D2YA 3DN8A 3G3XA 1QUDA 3HDFA 1LGXA 4I7OA 3HU9A 123LA 1G06A 107LA 225LA 120LA 2B6TA 1CTWA 111LA 1L24A 239LA 145LA 2LC9A 4S0WA 1OVKA 238LA 1T6HA 1L55A 3C82A 2B73A 1L87A 1QTVA 1L47A 3DN1A 1D3MA 1C6QA 4EPFA 2RB2X 217LA 2B6YA 3C7YA 3VW7A 1C63A 261LA 176LA 2OE9X 128LA 1L57A 251LA 1CV0A 1L14A 3HWLA 3SB6A 1L00A 156LA 1PQJA 1T8AA 2O7AA 1L0KA 1QUGA 103LA 2ANXA 169LA 232LA 1L69A 2O79A 1ZURA 167LA 174LA 1LYJA 3PBLA 1G07A 4EXMA 3F8VA 1JQUA 4LDOA 2RBPA 3SBBC 1LYFA 199LA 1KW5A 4E97A 223LA 1CVKA 2RBNA 2NTHA 1C64A 3G3VA 3EMLA 150LA 201LA 3DNAA 213LA 140LA 3NYAA 188LA 3JR6A 1L31A 2B75A 3V2YA 147LA 1JTMA 1KW7A 243LA 3CDOA 3RUNA 1OWZA 1PQMA 104LA 1C6TA 3SB9A 1L34A 1QUHA 108LA 2OTYX 1CUQA 1L74A 170LA 1L42A 206LA 3FI5A 1PQIA 1CV1A 1L89A 1C69A 1L94A 151LA 4GRVA 1SX2A 3DMXA 3HT8A 1L32A 4K5YA 1L51A 4W59A 1P2LA 2HULA 191LA 1LPYA 1LYHA 3C80A 192LA 228LA 168LA 1L48A 1T8GA 1L59A 1T8FA 4DAJA 1P6YA 1CU3A 1L02A 1L72A 1L97A 1L60A 1P37A 1TLAA 1D3NA 1P56A 212LA 1OV5A 3QAKA 2O4WA 244LA 236LA 125LA 1L58A 1QTZA 4LDEA 1DYEA 3C8QA 2RB1X 3OE8A 1PQDA 3ODUA 1LGUA 3RZEA 1C6CA 2B7XA 1L76A 1L99A 1C62A 1OVJA 4W55A 3C7WA 2OU9A 3PDSA 1OYUA 1PQKA 3HTDA 110LA 2F32A 3DN4A 1QS9A 1C6LA 3DN6A 1SWZA 114LA 3NY8A 4PK0A 2OU8A 2RBQA 1I6SA 1L86A 1L82A 3C7ZA 161LA 4W56A 3DKEX 1DYDA 1L18A 3DMVA 5I14A 1L79A 1LYDA 171LA 112LA 4I7MA 126LA 1D3FA 1LW9A 241LA 3HUAA 1NHBA 1L27A 2LZMA 2B74A 152LA 1C65A 3GUMA 115LA 3L64A 2F47A 2QARC 1CV4A 4W53A 1LWKA 1SSWA 3SBAA 1C6MA 1L63A 185LA 4YXCA 1DYFA 4W57A 1L07A 1CX7A 1L22A 1C6PA 216LA 1K28A 3GUOA 257LA 3DN2A 4PJZA 4I7PA 1SSYA 1KY0A 5LZMA 1L19A 155LA 1L39A 254LA 3CDVA 163LA 1L04A 172LA 2RAZX 1L41A 1C6FA 3GUNA 3OE9A 7LZMA 4ARMA 1T97A 4I7NA 4ARMB 4EKRA 1QSQA 1L23A 253LA 102LA 175LA 1OV7A 2B72A 196LA 1L65A 3HTFA 1XJTA 1L33A 218LA 3LZMA 1L28A 1CU0A 1C6EA 3HT6A 245LA 1G0GA 4I7JA 1L61A 3CDRA 1L13A 3HUQA 258LA 250LA 131LA 1L84A 109LA 210LA 4EJ4A 1LYEA 1D2WA 4LDLA 1L85A 2OE7X 1C60A 2CUUA 1QUOA 2Q9EA 3HH3A 1L40A 1L11A 4EPIA 2B70A 1L83A 1L12A 2RB0X 1G0MA 1XEPA 3SB8A 181LA 1P36A 137LA 215LA 222LA 1L0JA 198LA 229LA 1EPYA 1CUPA 3HU8A 233LA 159LA 183LA 3DMZA 3OE6A 1QTBA 129LA 1CU2A 2OE4X 148LE 1KS3A 195LA 3V2WA 1C67A 1L43A 1QT7A 1L03A 249LA 1P46A 143LA 1CV6A 178LA 1LGWA 2RBRA 1DYGA 1L26A 3C8SA 231LA 1DYBA 1L95A 3C8RA 4I7KA 1L10A 1PQOA 162LA 1CU6A 1QT5A 1ZWNA 4LZMA 1XJUA 4W58A 1L64A 219LA 1D9WA 1QS5A 1LLHA 1JTNA 1L92A 1L75A 3GUJA 221LA 4W54A 4EKPA 146LA 4W51A 3HH5A 118LA 1C66A 149LA 1D3JA 1QT4A 255LA 235LA 3CDQA 3G3WA 113LA 1CX6A 1KY1A 1L17A 1L46A 1G0PA 1L08A 2IGCA 3DN0A 1L66A 2B6XA 1DYAA 1L44A 1L53A 4I7RA 1L98A 3L2XA 1L01A 1DYCA 1L70A 1L90A 1L30A 1L29A 4DJHA 1QT6A 139LA 1C6BA 1L71A 260LA 1OVHA 1G1VA 144LA 3GUIA 4ARQA 4ARQB 209LA 205LA 3HTGA 4W52A 1QSBA 173LA 1L73A 1P3NA 3HUKA 3HTBA 3UONA 2OEAX 2F2QA 1C6NA 3K2RA 4I7TA 1C6AA 1L20A 1SWYA 189LA 3HT9A 138LA 130LA 1L49A 1QT3A 226LA 157LA 1L45A 2RBSA 180LA 142LA 1L91A 2OTZX 1ZYTA 4ZPUA 4YX7C 3C81A 1L50A 248LA 4OO9A 2QB0B 2Q9DA 240LA 1QTHA 4AQNA 1LI2A 246LA 190LA 122LA 4YXAC 1L09A 1LYIA 4I7LA 1L54A 3FA0A 6LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IOQA 3TXGA 5B1GA 1L77A 3SB7A 1JTOL 1WQQA 4C5FA 1RI8B 2A7DA 3M3UA 4ARJA 166LA 1LWGA 5IELA 220LA 1LJ4A 187LA 1XEKA 1L80A 262LA 1J1XY 1LJJA 3HH6A 1G0JA 1G0QA 1IWTA 1L15A 4XENA 2HUKA 1TDYA 4ETCA 1L35A 2ZYCA 3GUPA 1GAYA 3W6CA 2ANVA 3P68A 1P64A 2AUBA 4PGJB 1UIEA 4W94A 3WYHA 1UIHA 134LA 5T3FA 4R6CA 2Z18A 2YBIA 4BAPA 1C6DA 3WMKA 1IP4A 2FBBA 5HLLA 1CV3A 1REZA 1L96A 1LOZA 4LGKA 3DN3A 2B6WA 4HSFA 1I56A 1O23A 1INUA 1V7TA 5E9RA 1DQJC 1W6ZA 4YEMA 4NWHA 5LIOA 1LMPA 2Y8PA 1XGUC 1L16A 1CJ7A 1IP7A 5F81A 3A93A 3AYQA 4ET9A 5L3IA 1UACY 5APCA 3C83A 2BQNA 1GFRA 5C6IA 1WVUA 5HNLA 193LA 4DKLA 1LI3A 1B9OA 237LA 1LYOA 3HDFA 1WVVA 1IC4Y 123LA 111LA 2LC9A 2DQFC 3AZ4A 1T6HA 1L55A 2N5ZA 3C82A 1QTKA 1GB5A 1QTVA 4PPOA 3T6UA 3C7YA 1C63A 4Z46A 1L14A 3HWLA 3SB6A 5M1YA 1B7NA 1T8AA 1L0KA 169LA 1LZEA 1HEMA 232LA 2B5ZA 167LA 174LA 3PBLA 4DDBA 1LJIA 1LYFA 1KW5A 5APEA 223LA 1LYSA 1B7SA 2NTHA 3G3VA 1LSYA 3EMLA 3A8ZA 3DNAA 201LA 3TXBA 3WW5A 1ZVHL 1TAYA 2LHMA 1BWIA 4LYZA 147LA 3RUNA 3SB9A 1L34A 1QUHA 4PHIA 3TXKA 4ZIXA 4LFPA 1HFXA 1D6PA 5I4YA 2OTYX 1T6VL 2DQDY 4ETEA 1GF0A 1YL1X 170LA 1PQIA 1LZTA 4OWEA 2IFFY 3TXIA 1H87A 5F9XA 2MEAA 3HT8A 5F14A 3AJNA 3A91A 191LA 1LYHA 3C80A 5DLAA 168LA 1IO5A 1L48A 1B7OA 4G4BA 4ZFPA 1KXXA 4XYYA 3MGWA 1D3NA 5B06A 212LA 4C3WA 4IASA 125LA 1OUFA 1LZ6A 1YIKA 2BQJA 3RZEA 3TMWA 2HEAA 4M6DA 1B5UA 4HJZA 1HSWA 2OU9A 1JHLA 1PQKA 2F32A 1A2YC 2BQBA 2Z38A 3ATNA 1HEQA 1I6SA 4W56A 1QSAA 3B6LA 4NHQA 5I14A 1ALCA 1LSFA 1IC5Y 4GCCA 112LA 5A3ZA 3RU5A 1D3FA 1LW9A 3HUAA 2HU1A 1NHBA 4YEOA 4DYGA 1GBXA 3LZ2A 4NGLA 1C65A 3IJVA 4KT3A 1QUSA 3L64A 1YKZX 2QARC 5C6JA 1LWKA 2DQHY 4B1AA 3M18B 1DYFA 1BB3A 1CX7A 1JITA 4QGZA 216LA 1JSFA 4FDYA 1IVMA 1XEJA 3LYTA 4PJZA 2ZWBA 5LZMA 254LA 3HBEX 3WXTA 172LA 3GUNA 4ZEEA 4WM3A 7LZMA 1GFJA 4H94A 1QSQA 1IY3A 1C7PA 1G7IC 4HTKA 218LA 3LZMA 9LYZA 2BQGA 1C6EA 2HTXA 2MEGA 4NSGA 2W1LA 3HUQA 1LHJA 1GXV2 210LA 4GN4A 4EJ4A 1LYEA 5IDDA 1D2WA 1D0LA 2HU3A 4WLXA 2Q0MX 5I4WA 1L85A 1LYZA 2Z2EA 2D91A 5HQ1A 2RB0X 2EKSC 4QEQA 1BWJA 5KXKA 1EPYA 1XGRC 1CUPA 3TMXA 4XJFA 4XADA 1LZ4A 249LA 2W1YA 1LZAA 3AZ5A 5KJ9A 3C8SA 1GB7A 3C8RA 1D0MA 1WQPA 3GXKA 1XJUA 4EOFA 4GLAA 1IWUA 4TWSA 4J1BA 1LLHA 4NGOA 1KXYA 1L92A 4R0FA 118LA 4HTQA 1QDTA 3LZTA 1C10A 1LJKA 1AZFA 3WW6A 1DZBX 1QT4A 3TXJA 3RNXA 2IGCA 1DYAA 2LZTA 1L53A 1NKHA 1L70A 4IATA 2LYOA 4LYTA 5C6LA 1L30A 1DKJA 1L29A 1QT6A 1B7RA 4E3UA 5JENB 144LA 1XSFA 4ARQB 5LYZA 209LA 4OOOA 3QNGA 1LTMA 1CJ6A 5J7CA 3OK0A 1P3NA 4N0JA 1LMCA 1YL0X 3HUKA 3LYOA 3HTBA 1DPWA 1CKCA 2OEAX 1IORA 3K2RA 1HEPA 4OW1A 4YENA 1SWYA 2H5ZA 4G49A 4N1EI 3HT9A 2DQCY 1L45A 4GCFA 3E3DA 2OTZX 1GEVA 1C46A 1LJGA 4A7DA 4CHXA 3CQLA 2QB0B 240LA 5KXTA 1JJ1A 5D5FA 246LA 7LYZA 4LYMA 6LZMA 4WMGA 1IY4A 2OU0X 4H8ZA 1IP2A 1GB0A 1QTCA 2BPUA 3FI7A 2F4AA 214LA 4UWNA 4I7QA 4MR1A 3J6KA 2L78A 3HDEA 4EKQA 1L06A 3BKHA 1DI5A 1LZCA 1UUZC 4WLDA 1IX0A 1L68A 2EQLA 1IIZA 4H9CA 5KY1A 1KXWA 165LA 1L62A 4H9BA 5LYTA 1UA6Y 4I7SA 230LA 3CDTA 2H9KA 4H9AA 1GF9A 3D3DA 1YAQA 4H93A 211LA 1VDSA 1G0LA 3ULRA 3WU7A 1LZ1A 4NWEA 4ML7A 1L36A 3W6EA 5F9UA 5B05A 1YROA 3LN2A 234LA 3K3TA 1CU5A 2MECA 4EKSA 4GN3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IOQ A;  3TXG A;  5B1G A;  1L77 A;  3SB7 A;  1JTO L;  1WQQ A;  4C5F A;  1RI8 B;  2A7D A;  3M3U A;  4ARJ A;  166L A;  1LWG A;  5IEL A;  220L A;  1LJ4 A;  187L A;  1XEK A;  1L80 A;  262L A;  1J1X Y;  1LJJ A;  3HH6 A;  1G0J A;  1G0Q A;  1IWT A;  1L15 A;  4XEN A;  2HUK A;  1TDY A;  4ETC A;  1L35 A;  2ZYC A;  3GUP A;  1GAY A;  3W6C A;  2ANV A;  3P68 A;  1P64 A;  2AUB A;  4PGJ B;  1UIE A;  4W94 A;  3WYH A;  1UIH A;  134L A;  5T3F A;  4R6C A;  2Z18 A;  2YBI A;  4BAP A;  1C6D A;  3WMK A;  1IP4 A;  2FBB A;  5HLL A;  1CV3 A;  1REZ A;  1L96 A;  1LOZ A;  4LGK A;  3DN3 A;  2B6W A;  4HSF A;  1I56 A;  1O23 A;  1INU A;  1V7T A;  5E9R A;  1DQJ C;  1W6Z A;  4YEM A;  4NWH A;  5LIO A;  1LMP A;  2Y8P A;  1XGU C;  1L16 A;  1CJ7 A;  1IP7 A;  5F81 A;  3A93 A;  3AYQ A;  4ET9 A;  5L3I A;  1UAC Y;  5APC A;  3C83 A;  2BQN A;  1GFR A;  5C6I A;  1WVU A;  5HNL A;  193L A;  4DKL A;  1LI3 A;  1B9O A;  237L A;  1LYO A;  3HDF A;  1WVV A;  1IC4 Y;  123L A;  111L A;  2LC9 A;  2DQF C;  3AZ4 A;  1T6H A;  1L55 A;  2N5Z A;  3C82 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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