4B0DA

Crystal structure of hen egg white lysozyme from an auto harvested crystal
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Crystal Direct: A New Method for Automated Crystal Harvesting Based on Laser-Induced Photoablation of Thin Films
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b0dA00
2YBIA 2YBNA 2ZQ3A 1JJ1A 1IIZA 1GBOA 1J1XY 1EQ4A 3A96A 4NG8A 3WYHA 2FBBA 4DT3A 5HQ1A 4G4CA 1HFYA 2GV0A 4AGAA 1YAMA 2B5ZA 1OUAA 4LYTA 5LAFA 1GF4A 3AYQA 5LYTA 4NGOA 2H5ZA 1IP2A 1UCOA 1IWXA 1GFAA 3LYTA 5KXLA 1GE4A 4NHPA 4BS7A 2LYZA 4OWAA 5LVHA 1JKCA 1NWGA 1BB5A 4RLNA 5DM9A 1GFEA 1YKZX 2VB1A 1GB0A 2HUBA 1D6PA 3J6KA 3AZ4A 3WVYA 1YL1X 4YF2A 1YIKA 1B5UA 4R6CA 1N4FA 1LSCA 1B7OA 1PZYA 1WQPA 1CJ8A 4L41A 4XJFA 1IORA 1CKCA 1UUZC 2EPEA 2BLYA 1C7PA 1KXYA 1FKVA 1I56A 4B4IA 3AGHA 1OP9B 1DXJA 1GF0A 1B5ZA 1LJ3A 2F2NA 3A90A 4NGZA 4WL7A 4XJBA 4H90A 3A93A 4OWHA 5FELA 5LVIA 1VATA 2DQHY 1LTMA 4ZEEA 4MR1A 4HJYA 5C6IA 1WTMA 4J1BA 1BB3A 5EBHA 3GXRA 3LZTA 4ET8A 4ML7A 4KL7A 1OUCA 2D91A 1UA6Y 3WU8A 4B4JA 5F16A 1LYOA 3CSZA 2C8PA 1D0KA 1H87A 3WW6A 1DI5A 1KXXA 1UIDA 1JTOL 3A94A 1CJ7A 3TXJA 2F4GA 1XGPC 6LYZA 5L9JA 4WG1A 1JHLA 5KXPA 4Z3MA 1C43A 3BKHA 4I8SA 4II8A 5B1GA 4UWNA 1QDRA 4D9ZA 5B59A 3WPJA 4HTKA 1IOQA 4M6DA 1D9UA 4Z98A 2LZTA 3W6AA 2HEFA 1VAUA 1LZBA 3WULA 4MSTA 1DKJA 4H91A 1IEEA 1LSDA 2LHMA 2IHLA 1IOTA 1C08C 4NWEA 1OUFA 2Q0MX 1INUA 2Z39A 1UICA 1OUJA 2ZIJA 1RE2A 1GEVA 1GFGA 4NGWA 1REXA 1LHHA 1XEJA 1LZ1A 1EQEA 1WQRA 2H9JA 1FKQA 2C8OA 3RU5A 1I20A 4OOOA 3AGIA 1YAOA 2EKSC 2MECA 5APDA 5ILFA 3P65A 5J7CA 2YBHA 2BQIA 4XJGA 4ETAA 1WTNA 1JKDA 3B0KA 4H8XA 5LYMA 2W1MA 194LA 1BWIA 2FBDA 2XTHA 3AB6A 1GFTA 2G4QA 4LYCA 4O34A 1LHIA 1GFUA 4U3XB 2EQLA 5DL9A 4B4EA 1BVXA 1QSAA 2BAAA 2MEIA 1OUEA 1UBZA 4GLAA 1YKXX 9LYZA 2YBMA 4GCEA 4LZTA 3WPLA 3EBAB 4RDSA 5HMJA 4X3BA 3W6DA 2ZYCA 1UIAA 4H94A 4XENA 4LGKA 1LZRA 1JTTL 1NF5A 1VDSA 4NSJA 4B49A 1IR7A 2BLXA 4YEOA 3W6EA 1LMAA 1NDMC 3TMXA 3B6LA 3WW5A 1LCNA 2HEBA 2MEGA 2ZYPA 1VDTA 4XN6A 3WU7A 1YAQA 1MLCE 4GN4A 4NFVA 1C45A 3ATOA 1REMA 4NEBA 1LJFA 2IFFY 3A67Y 1D0LA 3N9AA 2D4KA 4NGYA 3TXIA 1LYZA 3HBEX 4G4BA 1RFPA 4GCDA 2BQNA 2EIZC 1GE3A 4TSCA 4N1CC 4I0CA 1JSEA 5KXNA 1IR8A 1UIEA 4PHIA 5FEKA 3CSRA 1OUBA 3J4GA 1LMCA 1LSZA 1GPQC 2HEDA 4H1PA 5I4YA 1IC4Y 4GCFA 3BKVA 1LJGA 2DQGY 4LT2A 1VFBC 2Y8PA 5L3HA 1GB2A 3MGWA 4OWEA 5ILCA 5C6LA 2BQOA 1IWTA 1GBWA 4FJRA 4N9RA 3WVXA 1IX0A 1TCYA 1CKGA 1LJJA 3F6ZA 1G7IC 2DQIY 4XJHA 5LINA 1GHLA 1UIGA 1T6VL 1LKSA 3B72A 3W3EA 1UIBA 3AZ5A 3ZEKA 4KT3A 4N5RA 4WM1A 5KKIA 4N1EI 3TMUA 1WVUA 5KXRA 1GB7A 1GWDA 1WVVA 4NSGA 1H6MA 1LSEA 4NGIA 1B7MA 1IY4A 4OWBA 3TXGA 5KXYA 1QDTA 1XSFA 3WPKA 1MELL 1QTKA 4NY5A 5APCA 3A3QA 3WH1A 2DQDY 2RSCA 4P2EA 1GBXA 3CT0A 1YL0X 133LA 2Z2EA 4H92A 3AJNA 1QIOA 4Z46A 4WLTA 1LMQA 3WUMA 1HERA 1LMOA 1TDYA 1B9OA 4UWVA 4OOTA 4RW2A 2HECA 4WOAA 1XEIA 3EXDA 1DPWA 1CJ9A 2BQDA 3TMWA 1O23A 5LIOA 5APEA 1DZBX 2HU3A 1EQ5A 4PPOA 2PC2A 1W6ZA 4GN3A 3WU9A 4ZIXA 4GN5C 1YKYX 4WLYA 1B5VA 3TXHA 4H8ZA 4LYOA 1G7JC 1CNSA 1FLWA 1HMLA 1ZV5L 4PRUA 1V7TA 1RI8B 1I1ZA 2MEAA 2MEHA 4DYGA 1JWRA 4TX7A 1TAYA 2FYDA 3ATNA 1DI4A 4HP0A 5KXSA 3OK0A 2BQFA 1YROA 1OUHA 2FYCA 4KPMA 1IVMA 1LYYA 4HTNA 1GF6A 1T3PA 1IC5Y 1B5YA 1NMMA 3QE8A 4ETEA 5LA5A 3QY4A 1LSYA 1JJ3A 1GDWA 1LSAA 2BQMA 5FSTA 4WMGA 2LYMA 4YENA 4DD3A 3B0OA 3OJPA 5D5FA 3A34A 1BB4A 1IWYA 1GDXA 1FLQA 5B06A 3ZVQA 4TWSA 3A95A 4OW1A 1SQ2L 3AW7A 2BQCA 4DDAA 4GLVA 4H9CA 4ETDA 5A3ZA 5IELA 1GE1A 4XJIA 1GE0A 2ZNXY 4G49A 4HJZA 1XEKA 4RW1A 1F10A 4TSBA 1HC0A 1GBZA 2BQEA 3CB7A 1LZAA 1LZTA 4NIJA 1YANA 4XJDA 4H93A 4G9SA 1IR9A 4CHXA 1LZ6A 3VWOA 5B05A 4MCKA 3A6CY 2BQJA 3IJVA 3P68A 1FN5A 4J0LA 193LA 1IP6A 4NHTA 5JENB 1LZCA 3G3BB 8LYZA 1JISA 2X0AA 1C46A 1LJHA 1QSWA 1JUGA 1LMPA 1ZVHL 4NGLA 4A7DA 4Z41A 1C10A 1JIYA 2N5ZA 3HFMY 1UC0A 3EMSA 4W94A 1IY3A 4TUNA 3WUNA 4J1AA 1HF4A 2CWIA 3WXUA 1JITA 1IP5A 1BB6A 1DI3A 2MEDA 3P64A 4RLMA 1XFPL 4QEQA 3W6CA 5KXMA 1UACY 1JEFA 4HV1A 4XYYA 1VDPA 2BQBA 4NHQA 1LSNA 1ZMYL 1AKIA 1OQMA 1LKRA 1PS5A 4DC4A 1IOSA 3B0IA 1NBYC 4LYBA 4H9EA 2LZ2A 1GB8A 2I6ZA 3P4ZA 5HNCA 3T36A 4OWCA 2HU1A 5FHWA 3ULRA 1BVKC 5T3FA 4NHSA 1LAAA 2Z12A 4W96A 2F30A 1LZEA 4HSFA 4CFPA 1NKHA 5IDDA 1NBZC 3RT5X 4ETCA 1LSGA 4CFOA 1LZ4A 4E3UA 1IWVA 4B1AA 2YBLA 1B7SA 4EMNA 1NQIA 1WQOA 2W1LA 3KAMA 3AZ7A 2D4IA 2CJLA 2YBJA 2XJWA 2W1YA 2NWDX 1HNLA 3D9AC 1UIHA 4DD1A 2DQCY 3CT5A 1BB7A 1G7HC 1F6RA 2D6BA 1YILA 4NWHA 5B07A 2I26L 3LZ2A 4C5FA 1LOZA 1JKAA 4AXTA 4IJ4A 5F81A 1FLYA 4WM6A 3P66A 2DBTA 1XGQC 5DLAA 4CGEA 4NG1A 2I25L 5L3IA 1JKBA 3LN2A 2XBSA 1LSBA 4GCBA 1BGIA 4IATA 1B7NA 1BQLY 5APFA 4BAPA 1JJ0A 5A3EA 5LVGA 1GB9A 2Z38A 4ET9A 1LSMA 1QTEA 3EO5A 4QDNA 3ZVQB 5HMVA 4H9AA 1GF5A 5LYZA 1IP3A 3WL2A 1XGUC 1KIRC 2AUBA 3CT1A 1HFZA 1WQNA 3M3UA 5DN4A 4ANRA 4DDBA 1P2CC 6LYTA 1LJ4A 4LYZA 1WQQA 3TXBA 5I53A 3TXEA 1GFJA 4N0JA 1B7QA 1CKHA 3D3DA 1LZNA 4WO9A 134LA 4WM2A 1BHZA 1LJKA 1RCMA 3RZ4A 2LYOA 2W1XA 4DDCA 5I4WA 1LZ5A 1GAZA 1HENA 1EL1A 4LT1A 1GAYA 1GE2A 7LYZA 1HSWA 1NDGC 2YSSC 135LA 1LSPA 1OUIA 4H9IA 3WMKA 1A4VA 1XGTC 1GF7A 4B0DA 1GB5A 5I54A 5II3A 5F14A 2YDGA 1TEWA 1GEZA 1RJCB 1AZFA 2YVBA 4LT0A 2DKVA 4WM3A 4CJ2A 1IP1A 3A8ZA 208LA 5M1YA 4G4HA 1IO5A 1B7PA 3LYZA 4HTQA 1IC7Y 1LPIA 1GF3A 3LYMA 1LMNA 2ZIKA 3WUAA 4PJ2C 4N8ZA 1FLUA 4R0FA 1OUDA 4H8YA 2ZQ4A 5FDJA 5KY1A 2BQKA 2A7FA 4LFXA 1AT5A 4YEMA 1QUTA 2HEEA 4PRQA 1F6SA 1SLYA 2HEAA 1DKKA 207LA 1LJEA 1GBSA 4GCCA 4HJVA 3CSQA 1IOCA 1LJIA 3RNXA 2CGIA 1AM7A 1HSXA 4HPEA 5E4PA 3W6BA 5HLLA 2BQGA 3SP3A 1YQVY 1LSFA 3AGGG 3N9EA 4LT3A 1GXXA 4DD9A 1IP4A 2CDSA 1D6QA 5K7OA 3HBHA 1JPOA 3E3DA 5F9XA 3TXKA 1BWHA 1HHLA 1B5WA 1CKFA 1REYA 3N9CA 5F9UA 4UWUA 1FDLY 4PGJB 1DQJC 3LHMA 5IHGA 3FI7A 4WLDA 1LZ9A 3TMVA 4QGZA 1JTPL 5I4XA 1B2KA 1LHJA 1LZDA 3LYOA 2DQEY 1VDQA 4XADA 5KJ9A 3A92A 1QQYA 1G7MC 1G7LC 1GBYA 1J1OY 1KIPC 2MEBA 4FDYA 4QY9A 1J1PY 1HEMA 3A3RX 1GFRA 3WXTA 2ZILA 1LZSA 2MEEA 4H9BA 1HEWA 4NSIA 2BPUA 4WLXA 3A91A 5LXWA 1JSFA 1HEPA 1HELA 1NHEA 1LHKA 2A7DA 4M4OA 5I5QA 4EOFA 4WL6A 4NGKA 3GXKA 4IASA 3W6FA 4C3WA 1D0MA 2XBRA 1UIFA 1Z55A 5AMYA 5FCPA 1IWWA 1GF8A 1B7RA 5KXOA 154LA 1HEQA 1IP7A 2H9KA 3M18B 4H9HA 4LYMA 1TBYA 5DN5A 1E8LA 5B1FA 5LVJA 4DD2A 5E9RA 5KXTA 4HV2A 1GXV2 1LHLA 5KXXA 1DPXA 1GFHA 1HFXA 2BQLA 5KKJA 2ZWBA 4WG7A 5KXZA 3A6BY 4YM8A 1ALCA 1HEOA 1GFKA 3IJUA 5HNLA 1CJ6A 3QNGA 2Z19A 1LHMA 2ZNWY 1LZ8A 132LA 3IWRA 1GFVA 2DQFC 1REZA 1GF9A 1V7SA 5LA8A 1VEDA 5LAGA 1FBIX 3AZ6A 2Z37A 4LFPA 1CKDA 1HMKA 2BQAA 2F4AA 3G3AB 1F0WA 4NGJA 1IWZA 2BQHA 2Z2FA 1GD6A 4BADA 2DQJY 1ZVYB 5D5CA 3CQLA 2WARA 4NHIA 4ETBA 1YAPA 1KXWA 4DD0A 1GB6A 1LMTA 4KXIA 1LYSA 4DWXA 5C6JA 5KXWA 2HTXA 1A2YC 1AT6A 2MEFA 2G4NA 2Z18A 4NGVA 2G4PA 1OUGA 2D4JA 4YOPA 1WQMA 3AW6A 4WM4A 4H9FA 4ZFPA 1B7LA 3TXFA 3FE0A 1B0DA 4WM5A 1LZYA 4HPIA 1IWUA 1XGRC 3T6UA 3HBDA 1BWJA 4TTDA 4WO6A 1QUSA 5LVKA 3TXDA 1B5XA 2DQAA 1W08A 4BAFA 1LZGA 4J7VA 1LJNA 3RW8A 1GB3A 4NSHA 4DD7A 153LA 1KIQC 5KXKA 3K3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YBIA 2YBNA 2ZQ3A 176LA 1L89A 1YAMA 1C64A 4W57A 1OUAA 4LYTA 5LAFA 2Q9EA 3AYQA 213LA 1L35A 1IP2A 5KXLA 2O79A 4BS7A 2LYZA 4OWAA 1JTNA 2VB1A 1LSCA 1PZYA 4L41A 4XJFA 1UUZC 2BLYA 1FKVA 4LZMA 1DXJA 102LA 3A90A 1LJ3A 4H90A 3A93A 1VATA 1WTMA 1BB3A 4ET8A 4KL7A 1OUCA 125LA 1LWKA 1LYOA 2C8PA 3WW6A 1KXXA 1XGPC 4WG1A 5KXPA 4Z3MA 4I8SA 4II8A 1T6HA 2F2QA 1QT5A 4M6DA 4EXMA 1C6TA 3W6AA 1VAUA 2RBSA 2LHMA 2Z39A 1DYFA 1OUJA 2ZIJA 1LZ1A 1L33A 159LA 3PDSA 4OOOA 3P65A 4ETAA 3B0KA 185LA 2W1MA 194LA 2FBDA 1GFTA 4U3XB 2EQLA 2MEIA 1L25A 1OUEA 4GLAA 2YBMA 4GCEA 3EBAB 4EJ4A 259LA 3ODUA 4LGKA 1VDSA 4B49A 1OYUA 230LA 3W6EA 3WU7A 1MLCE 4NFVA 1QSBA 4NEBA 1LJFA 2D4KA 4I7LA 4G4BA 1GE3A 2RAYX 1LGUA 4TSCA 4I0CA 1PQOA 1QUHA 1DYBA 4PHIA 3CSRA 1CUPA 1LSZA 4H1PA 4LT2A 5L3HA 1SX7A 5C6LA 1IWTA 1GBWA 143LA 2QB0B 2OE4X 1QT8A 1UIGA 4EKPA 3B72A 3AZ5A 5KKIA 3C82A 1C61A 1L70A 3TXGA 3A3QA 2RSCA 181LA 145LA 1YL0X 1P6YA 258LA 165LA 1C6CA 155LA 4ARJA 3EXDA 3TMWA 1OWZA 1L51A 2PC2A 1PQMA 3TXHA 4H8ZA 4LYOA 1CNSA 1QSQA 1SWYA 1RI8B 2MEHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YBI A;  2YBN A;  2ZQ3 A;  1JJ1 A;  1IIZ A;  1GBO A;  1J1X Y;  1EQ4 A;  3A96 A;  4NG8 A;  3WYH A;  2FBB A;  4DT3 A;  5HQ1 A;  4G4C A;  1HFY A;  2GV0 A;  4AGA A;  1YAM A;  2B5Z A;  1OUA A;  4LYT A;  5LAF A;  1GF4 A;  3AYQ A;  5LYT A;  4NGO A;  2H5Z A;  1IP2 A;  1UCO A;  1IWX A;  1GFA A;  3LYT A;  5KXL A;  1GE4 A;  4NHP A;  4BS7 A;  2LYZ A;  4OWA A;  5LVH A;  1JKC A;  1NWG A;  1BB5 A;  4RLN A;  5DM9 A;  1GFE A;  1YKZ X;  2VB1 A;  1GB0 A;  2HUB A;  1D6P A;  3J6K A;  3AZ4 A;  3WVY A;  1YL1 X;  4YF2 A;  1YIK A;  1B5U A;  4R6C A;  1N4F A;  1LSC A;  1B7O A;  1PZY A;  1WQP A;  1CJ8 A;  4L41 A;  4XJF A;  1IOR A;  1CKC A;  1UUZ C;  2EPE A;  2BLY A;  1C7P A;  1KXY A;  1FKV A;  1I56 A;  4B4I A;  3AGH A;  1OP9 B;  1DXJ A;  1GF0 A;  1B5Z A;  1LJ3 A;  2F2N A;  3A90 A;  4NGZ A;  4WL7 A;  4XJB A;  4H90 A;  3A93 A;  4OWH A;  5FEL A;  5LVI A;  1VAT A;  2DQH Y;  1LTM A;  4ZEE A;  4MR1 A;  4HJY A;  5C6I A;  1WTM A;  4J1B A;  1BB3 A;  5EBH A;  3GXR A;  3LZT A;  4ET8 A;  4ML7 A;  4KL7 A;  1OUC A;  2D91 A;  1UA6 Y; 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 4EOF A;  4WL6 A;  4NGK A;  3GXK A;  4IAS A;  3W6F A;  4C3W A;  1D0M A;  2XBR A;  1UIF A;  1Z55 A;  5AMY A;  5FCP A;  1IWW A;  1GF8 A;  1B7R A;  5KXO A;  154L A;  1HEQ A;  1IP7 A;  2H9K A;  3M18 B;  4H9H A;  4LYM A;  1TBY A;  5DN5 A;  1E8L A;  5B1F A;  5LVJ A;  4DD2 A;  5E9R A;  5KXT A;  4HV2 A;  1GXV 2;  1LHL A;  5KXX A;  1DPX A;  1GFH A;  1HFX A;  2BQL A;  5KKJ A;  2ZWB A;  4WG7 A;  5KXZ A;  3A6B Y;  4YM8 A;  1ALC A;  1HEO A;  1GFK A;  3IJU A;  5HNL A;  1CJ6 A;  3QNG A;  2Z19 A;  1LHM A;  2ZNW Y;  1LZ8 A;  132L A;  3IWR A;  1GFV A;  2DQF C;  1REZ A;  1GF9 A;  1V7S A;  5LA8 A;  1VED A;  5LAG A;  1FBI X;  3AZ6 A;  2Z37 A;  4LFP A;  1CKD A;  1HMK A;  2BQA A;  2F4A A;  3G3A B;  1F0W A;  4NGJ A;  1IWZ A;  2BQH A;  2Z2F A;  1GD6 A;  4BAD A;  2DQJ Y;  1ZVY B;  5D5C A;  3CQL A;  2WAR A;  4NHI A;  4ETB A;  1YAP A;  1KXW A;  4DD0 A;  1GB6 A;  1LMT A;  4KXI A;  1LYS A;  4DWX A;  5C6J A;  5KXW A;  2HTX A;  1A2Y C;  1AT6 A;  2MEF A;  2G4N A;  2Z18 A;  4NGV A;  2G4P A;  1OUG A;  2D4J A;  4YOP A;  1WQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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