3SB9A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb9A00
1L45A 3DN3A 186LA 1L42A 4DAJA 3FADA 3GUMA 4IAPA 3C8SA 1T8AA 1SX7A 1SWYA 243LA 259LA 2RBNA 3SB7A 4ARMA 137LA 1D3MA 3DMXA 1C6FA 1L75A 1SSWA 232LA 4OO9A 197LA 1DYGA 1KY0A 206LA 4EKQA 4ARPA 1P36A 1C6NA 3DN1A 228LA 152LA 1L19A 3HTBA 3GUOA 1D3NA 213LA 3HT6A 1P2RA 1TLAA 4W58A 181LA 1C6KA 1LYIA 111LA 2NTHA 1L21A 178LA 4W59A 1C6QA 195LA 1L08A 1L91A 4ARMB 4I7RA 3QAKA 1L87A 191LA 4I7SA 1C6IA 1G0LA 1L34A 1CV5A 1P3NA 1L97A 1L11A 115LA 1L59A 1L01A 1L73A 3GULA 3DN8A 6LZMA 1LGUA 241LA 4ARQA 1OV5A 2F32A 2O4WA 1L30A 169LA 1QT4A 1L37A 123LA 1CX6A 164LA 1LI6A 161LA 1P64A 2CUUA 3OE9A 1LYJA 3L2XA 131LA 1L35A 1QT5A 146LA 1L29A 108LA 145LA 1DYFA 3HH4A 1C6BA 236LA 1L96A 253LA 3V2YA 1L69A 3VW7A 1C67A 2RBOA 3HTDA 4W52A 4LDLA 247LA 3NY8A 4ARLA 3DNAA 183LA 3CDQA 1L76A 2RB1X 1L39A 4ARQB 165LA 2B74A 3SB5A 1L65A 3DN2A 199LA 3SB6A 1L72A 113LA 1P37A 1C68A 1D2WA 1L23A 114LA 2RB0X 1L18A 1CU3A 4ARJA 1G0PA 1PQJA 1L16A 107LA 159LA 2Z6BA 2RAZX 1L63A 1P46A 2OE4X 1CV1A 4W53A 2Q9EA 3DN0A 1PQMA 4YX7C 257LA 3EMLA 3GUKA 4I7NA 1SWZA 130LA 4EKPA 1QSQA 171LA 148LE 254LA 102LA 1SX2A 262LA 1QUHA 2F2QA 4AQNA 188LA 1P56A 2B6WA 245LA 3C80A 1QT8A 2B6YA 3DMVA 1L15A 1QTVA 2ANXA 4W55A 3C83A 1QS5A 1L56A 2NTGA 1C6HA 212LA 1L60A 3CDVA 220LA 2IGCA 1C69A 1LYDA 1KY1A 1L17A 234LA 3HTFA 1P5CA 255LA 4I7LA 1C61A 210LA 238LA 2Q9DA 1L99A 3C81A 1L05A 1C6AA 218LA 119LA 155LA 1XJUA 1L53A 3GUIA 1DYCA 1D2YA 4I7PA 1C6TA 4YXAC 209LA 3JR6A 4EKSA 1G0JA 250LA 1L00A 3HH5A 140LA 1CX7A 246LA 1EPYA 216LA 1C6CA 1L26A 1L80A 1C6PA 1CV0A 3F8VA 4W56A 1L25A 3DN4A 1L24A 1L84A 1LLHA 3UONA 4E97A 3HUQA 104LA 201LA 142LA 221LA 1L95A 1CV4A 4I7TA 150LA 1L77A 3G3WA 1L98A 3FA0A 1G0KA 160LA 1XEPA 1QT3A 3ODUA 147LA 166LA 1L41A 3HH3A 1CU2A 2OTYX 4ZPUA 1L62A 3HT8A 1G0MA 1CUPA 3G3XA 3C82A 1CU0A 1KNIA 1L12A 1L79A 3G3VA 1G07A 185LA 1L10A 3CDOA 3PBLA 2LC9A 2OTZX 1L54A 4I7OA 1PQIA 176LA 1L48A 1L02A 1C63A 1DYDA 2OU8A 1C6LA 1L61A 3OE8A 4W51A 1QUOA 260LA 237LA 1L0JA 230LA 3DKEX 4S0WA 2B72A 1OVHA 1QTHA 2B70A 2HULA 2RB2X 167LA 4LDEA 1L44A 1LWKA 3V2WA 103LA 1L43A 1OWZA 110LA 1G1VA 122LA 1QTDA 1G0GA 1L55A 2OU9A 3SB8A 2B6TA 1L94A 3C8QA 1P2LA 2HUKA 168LA 3C7ZA 2RBPA 4W54A 184LA 2L78A 248LA 1L89A 1CVKA 2LZMA 1L46A 158LA 3PDSA 217LA 4EPFA 1DYEA 127LA 231LA 261LA 1G1WA 1SSYA 1PQDA 157LA 3NYAA 1L40A 2O7AA 1L49A 214LA 1L47A 239LA 144LA 3FI5A 1D3FA 1L74A 1L81A 3HDEA 120LA 1L14A 3DMZA 2LCBA 1C6EA 1C6DA 3HDFA 1CUQA 172LA 2RH1A 1L88A 229LA 1B6IA 3F9LA 3SBBC 1QS9A 258LA 1PQKA 1CU5A 3HWLA 1L70A 1KW5A 1L03A 244LA 1JTNA 2B6XA 1CV6A 1L20A 252LA 2OE9X 1ZYTA 3L64A 2B75A 1L86A 1L64A 1T8FA 1JQUA 1QSBA 1T8GA 3SBAA 1L82A 233LA 109LA 3HT9A 2RAYX 1L0KA 4EKRA 177LA 224LA 1L90A 223LA 3C7WA 192LA 118LA 138LA 1L07A 4YXCA 1KS3A 1OVKA 1C66A 1QTCA 249LA 3CDRA 4EXMA 1KW7A 3D4SA 4I7MA 1LW9A 1QUGA 1QT6A 149LA 4K5YA 2RBSA 1G06A 1WTHA 4PJZA 2O79A 1L93A 1DYAA 1L51A 1C60A 1P7SA 3K2RA 4I7KA 1T97A 1L58A 1QUDA 156LA 1L22A 1LI2A 1LI3A 2F47A 215LA 226LA 2A4TA 3DN6A 2B6ZA 163LA 3SB9A 1L83A 1L28A 1QTZA 1LYEA 126LA 4PK0A 1CV3A 129LA 173LA 1ZURA 1LPYA 1CTWA 3OE0A 4W57A 1L06A 1D9WA 1L04A 1L33A 151LA 1P6YA 4LDOA 1L52A 3CDTA 1QT7A 1QTBA 3HH6A 3HT7A 4DKLA 1L50A 3RZEA 2OU0X 180LA 128LA 1ZWNA 1C6GA 1L27A 242LA 2RBQA 174LA 2B7XA 1DYBA 1L57A 251LA 1L13A 1LGWA 4EPIA 1K28A 3HU9A 3GUNA 170LA 3LZMA 240LA 2ANVA 1CU6A 125LA 1OVJA 2OEAX 1L36A 1L38A 189LA 1C6MA 3HUAA 1LYHA 196LA 141LA 4EJ4A 3HU8A 5LZMA 1OV7A 3HUKA 205LA 1G0QA 1LGXA 1C6JA 1NHBA 1C62A 4LZMA 1I6SA 4I7QA 1PQOA 162LA 187LA 1D3JA 2B73A 4I7JA 198LA 2QB0B 3GUPA 1L71A 1JTMA 3C8RA 143LA 3NY9A 139LA 2QARC 1L92A 1L32A 1L66A 256LA 1C65A 3OE6A 1L67A 112LA 1L09A 222LA 2HUMA 3SN6R 7LZMA 235LA 1T6HA 190LA 175LA 1L68A 3GUJA 1LYGA 1L31A 1XJTA 182LA 4GRVA 5I14A 4DJHA 219LA 1LYFA 2OE7X 225LA 1OWYA 1C64A 1OYUA 1L85A 4GBRB 3C7YA 1LWGA 2RBRA 227LA 3RUNA 211LA 3HTGA 200LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JENB 4LYBA 3B0OA 3HBHA 5B59A 1B7OA 1FKVA 1L42A 3HFMY 2BQHA 3LYTA 4WM1A 1T8AA 5KXPA 2D4KA 2RBNA 1IP1A 137LA 1LZ8A 1C6FA 4OO9A 1CJ7A 2H9KA 3WW6A 1KY0A 5LVKA 206LA 5HMVA 2H9JA 4N8ZA 1NQIA 228LA 1BB6A 3HTBA 1D3NA 1B9OA 1P2RA 4OWBA 1FLQA 1GF3A 4W59A 2Z39A 4WM4A 1IOQA 1C6IA 1P3NA 4XJIA 4XYYA 1BB5A 1KIRC 1IORA 2BQIA 3A95A 5APFA 4ML7A 1CKFA 3W6EA 1OV5A 2F32A 1L30A 1YANA 2DQDY 169LA 1B5ZA 5E4PA 3OE9A 1CKHA 3AGIA 145LA 3LYOA 2YBIA 3LHMA 253LA 1GFJA 1C67A 1GXXA 1LHIA 1VFBC 2DBTA 1L76A 3ATOA 1CKCA 1GFUA 1L65A 3SB6A 3EO5A 113LA 1WVUA 1D2WA 1L23A 114LA 4NHQA 5DLAA 1IOSA 2ZNWY 5APEA 1V7TA 2IHLA 1D0KA 4W53A 2Q9EA 3DN0A 1PQMA 4ZEEA 4YX7C 1LJEA 4IATA 3ATNA 1OUIA 130LA 4EKPA 3EMSA 4ETEA 102LA 1IC7Y 4TUNA 2BQNA 3TXHA 245LA 2B6YA 3WXTA 1B0DA 1LAAA 1IO5A 2NTGA 3J4GA 1C6HA 3RNXA 212LA 4L41A 3CDVA 1OUEA 1LYDA 4GCCA 1L17A 1FLUA 1IOTA 4B4EA 210LA 4DQJA 238LA 1C6AA 119LA 4LYCA 1DQJC 4HJVA 2EPEA 1D2YA 2MEIA 3IWRA 1G0JA 1YKZX 140LA 4H94A 1GFTA 1C6PA 3F8VA 4UWUA 1L24A 3A96A 1LSNA 3HUQA 1L95A 1JHLA 1L77A 3G3WA 4ZFPA 3AZ7A 4W96A 5B07A 4CHXA 1XSFA 1LZ4A 2Z37A 160LA 1CKDA 1QT3A 3QNGA 4NGVA 4P2EA 1L41A 3HH3A 2CGIA 3A92A 1XGQC 4ZPUA 4NHIA 4ET8A 4TSBA 1CUPA 4KPMA 1LHMA 1L79A 185LA 3CDOA 4H90A 4J1AA 2F2NA 1HMLA 2HEBA 5B05A 1HFZA 1L02A 4NG8A 1C6LA 132LA 4W51A 4GCEA 4B49A 4YM8A 1JKAA 4S0WA 3CT5A 2B72A 1YQVY 4CJ2A 3TXKA 1NMMA 1L43A 5F9XA 1G0GA 2OU9A 2B6TA 1GE3A 1C43A 2DQEY 168LA 3AZ6A 3AZ4A 1IWVA 1HFYA 2L78A 248LA 4Z98A 1CVKA 2HEEA 3PDSA 3WPJA 4DD0A 4UWNA 4EOFA 1QSAA 1LMCA 1GB2A 1REXA 2O7AA 1A4VA 5I53A 239LA 3FI5A 1L74A 4XJGA 1LMQA 2AUBA 1C6DA 1GF4A 2RH1A 229LA 1B6IA 3FI7A 2MEHA 1RI8B 5FEKA 3A8ZA 1A2YC 4YEMA 3CSRA 1CV6A 252LA 1GFEA 1ZYTA 2B75A 4DD1A 1L86A 1IWWA 4PRQA 1YAOA 1T8FA 1T8GA 1AZFA 5LAGA 3SBAA 1L82A 4IASA 4NFVA 109LA 4NSGA 4NG1A 3VWOA 4G4CA 3A91A 4YXCA 1NKHA 1QTCA 2HU3A 1KW7A 1SLYA 4I7MA 4XJBA 1QUGA 3AGHA 1QT6A 2DQJY 1EQEA 3KAMA 1JJ1A 5KXYA 4NGKA 1BVKC 1L51A 4I7KA 1L58A 5IHGA 1OUFA 4NGZA 2CDSA 3TXIA 133LA 215LA 3DN6A 1LHJA 1B7QA 1FBIX 1LYEA 129LA 4W57A 5FSTA 4W94A 1UIDA 1ZV5L 5KXNA 2YVBA 3K3TA 1L52A 1QT7A 4QGZA 1RJCB 5L9JA 1OUGA 2C8PA 4Z3MA 5LYZA 2D6BA 242LA 2RBQA 4HV1A 1GE0A 1L13A 1K28A 1GF9A 1NBYC 170LA 1XGUC 1LPIA 5C6LA 2ANVA 1LMNA 1EQ4A 1L36A 3OK0A 5I54A 1LYHA 196LA 3TXBA 1VEDA 5I4XA 3E3DA 4NHSA 2XQOA 1LZYA 3B0IA 1OV7A 1G0QA 2ZNXY 3A3RX 1GHLA 4WLTA 4YOPA 3W6BA 162LA 2B73A 5FELA 153LA 4H93A 1D6PA 5KXRA 193LA 1L66A 256LA 3OE6A 4B0DA 235LA 5I4YA 3GUJA 4OOTA 3BKHA 2HUBA 3P4ZA 3WMKA 3A6BY 4WL7A 219LA 225LA 4XJFA 3T6UA 4OOOA 1OYUA 1L85A 4YENA 1HSWA 211LA 4H9AA 200LA 2Z38A 186LA 5LVIA 1SX7A 4A7DA 259LA 4ARMA 4ETAA 1REMA 3DMXA 2W1YA 1GFAA 4GLVA 1OQMA 2DQFC 1P36A 3DN1A 4WM6A 5IELA 3GUOA 1BWJA 1LKRA 3LYMA 1TLAA 4Z46A 2YBHA 1IIZA 4ARMB 4ETDA 3QAKA 191LA 3AW7A 4I7SA 1GWDA 5A3EA 1LJ4A 1L11A 1LMTA 115LA 3GULA 5C6IA 1D0MA 1LGUA 3LZ2A 194LA 1QT4A 4KL7A 1IWUA 123LA 1L37A 1LI6A 5L3IA 3L2XA 1IP4A 1L35A 2MEGA 1P2CC 1E8LA 5KXLA 1Z55A 1GAYA 4DQ5A 1L96A 1HMKA 1YL0X 2RBOA 4ET9A 1JTTL 3A67Y 3WUMA 4LDLA 1GB5A 4DT3A 5LYTA 1YAMA 1UICA 3DNAA 1BQLY 1L39A 165LA 2B74A 3WUAA 3SB5A 4BAPA 5KKJA 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 5JEN B;  4LYB A;  3B0O A;  3HBH A;  5B59 A;  1B7O A;  1FKV A;  1L42 A;  3HFM Y;  2BQH A;  3LYT A;  4WM1 A;  1T8A A;  5KXP A;  2D4K A;  2RBN A;  1IP1 A;  137L A;  1LZ8 A;  1C6F A;  4OO9 A;  1CJ7 A;  2H9K A;  3WW6 A;  1KY0 A;  5LVK A;  206L A;  5HMV A;  2H9J A;  4N8Z A;  1NQI A;  228L A;  1BB6 A;  3HTB A;  1D3N A;  1B9O A;  1P2R A;  4OWB A;  1FLQ A;  1GF3 A;  4W59 A;  2Z39 A;  4WM4 A;  1IOQ A;  1C6I A;  1P3N A;  4XJI A;  4XYY A;  1BB5 A;  1KIR C;  1IOR A;  2BQI A;  3A95 A;  5APF A;  4ML7 A;  1CKF A;  3W6E A;  1OV5 A;  2F32 A;  1L30 A;  1YAN A;  2DQD Y;  169L A;  1B5Z A;  5E4P A;  3OE9 A;  1CKH A;  3AGI A;  145L A;  3LYO A;  2YBI A;  3LHM A;  253L A;  1GFJ A;  1C67 A;  1GXX A;  1LHI A;  1VFB C;  2DBT A;  1L76 A;  3ATO A;  1CKC A;  1GFU A;  1L65 A;  3SB6 A;  3EO5 A;  113L A;  1WVU A;  1D2W A;  1L23 A;  114L A;  4NHQ A;  5DLA A;  1IOS A;  2ZNW Y;  5APE A;  1V7T A;  2IHL A;  1D0K A;  4W53 A;  2Q9E A;  3DN0 A;  1PQM A;  4ZEE A;  4YX7 C;  1LJE A;  4IAT A;  3ATN A;  1OUI A;  130L A;  4EKP A;  3EMS A; 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