1GFGA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KRFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfgA00
132LA 1GBYA 2XJWA 5I4YA 2FYCA 5I54A 4NY5A 1NBYC 2MEBA 5LA5A 4NHSA 3WUAA 4MCKA 4WG1A 4LYBA 5LVJA 1TEWA 1JTOL 2BQAA 1NMMA 1UC0A 1IO5A 4WO6A 4CJ2A 5KXZA 3CSRA 4NFVA 5A3EA 4AGAA 1LJJA 3LYTA 4B49A 4TSBA 1GF8A 4XJHA 1SLYA 2HEEA 3TXGA 3BKVA 4E3UA 1LSBA 2YDGA 1HERA 3J4GA 4J0LA 4WOAA 1FKQA 1FLYA 1N4FA 4NWHA 1LOZA 2IFFY 2F2NA 2DQGY 1LZ5A 1GFGA 3AGIA 1IWVA 1LJKA 5KKIA 3WU8A 1LJIA 1B5VA 3AW6A 1HHLA 1F6RA 1YIKA 1I1ZA 1YKXX 3A6CY 5I4XA 1IOTA 2N5ZA 4TX7A 4DD3A 5FSTA 1LZ4A 3D9AC 4TUNA 1I56A 1HFYA 1INUA 1IC4Y 1LSMA 2MEFA 2ZQ4A 1B7LA 1OUGA 3HBDA 1WVVA 4OOTA 5LVGA 1NDGC 2PC2A 4NGOA 1JTPL 1LZYA 1GF4A 5LVIA 1C45A 2DQFC 1D0KA 3TXFA 1XGUC 1OUHA 1G7JC 1YL1X 4HJVA 3RU5A 4H8ZA 1B7PA 2ZIJA 4N5RA 2BQOA 1DZBX 4X3BA 4CFOA 1BWJA 1GFJA 1WQQA 1GFVA 4ZFPA 1GB9A 1MLCE 5LIOA 4LYMA 4CHXA 4YEOA 4CGEA 4B4IA 1GB3A 1JITA 4M6DA 1IR9A 5HNLA 3RT5X 5KXRA 3ATOA 1LMPA 1GE0A 1DI5A 1O23A 1DXJA 1LZSA 2DQIY 5I5QA 1LZRA 3WL2A 2ZILA 1GE4A 1LHKA 4WL7A 5APEA 3LYMA 5HMVA 3OK0A 4DD2A 4XJIA 3T6UA 1HNLA 1I20A 3IJVA 2FBBA 1UIGA 4J1AA 4LGKA 1QUSA 3B72A 1IIZA 3TXBA 3MGWA 4NGZA 1OUBA 1OUIA 4G4CA 4NG1A 3WYHA 3QY4A 3TXIA 3LZ2A 2Z12A 5KXXA 1LJGA 1JWRA 1JPOA 4G4BA 2C8OA 5II3A 5C6IA 2EQLA 134LA 2A7DA 1JIYA 4N0JA 1D6PA 2MEAA 3B0OA 1BHZA 1GF6A 5A3ZA 4LYTA 1CKCA 1HENA 1LMAA 1RCMA 1LMNA 1RFPA 4H9IA 3OJPA 4PRQA 3AYQA 1LJHA 4HTNA 1AKIA 1GBSA 3A93A 4WM6A 2HU1A 4QEQA 1C43A 4B1AA 1LYZA 2CWIA 1LSCA 3B6LA 4NHIA 1GF0A 1DKKA 5KJ9A 3FI7A 2IHLA 4W96A 1REZA 5B59A 4ETDA 1YKYX 1CJ8A 4HTKA 1NBZC 4BAFA 3M18B 4IATA 1LJ3A 4YENA 1YAMA 4DC4A 2I26L 1A2YC 2Z19A 1C46A 4H94A 5DLAA 4H90A 4WL6A 1UBZA 1WQOA 2YBNA 4H93A 1AM7A 3W6FA 1GFEA 4LT1A 1HC0A 7LYZA 2BQNA 1LHMA 1BWHA 1REMA 1LZNA 2YBLA 1B7QA 3CT0A 2CGIA 2NWDX 3VWOA 1TBYA 2BQCA 4WG7A 1J1OY 2VB1A 1LSGA 3W6AA 1CKFA 1LZGA 4WO9A 1LSFA 1T6VL 1RJCB 1G7LC 133LA 1LPIA 3J6KA 4YM8A 2RSCA 5DL9A 6LYZA 5KY1A 4RDSA 4BS7A 1HELA 5KXTA 5E4PA 2D4IA 1HSXA 2DBTA 1OUCA 1NWGA 2MECA 1IP1A 4LFXA 3EMSA 1XEJA 4XN6A 2XBSA 2HTXA 3WPKA 3A67Y 1LHHA 1PS5A 1YL0X 3ZVQA 1F10A 1J1PY 2DQAA 1VDPA 4ZIXA 2DQHY 1LSYA 1B5ZA 1GB2A 3WUNA 2ZYCA 194LA 1GE1A 4WMGA 2MEDA 1QTKA 3AB6A 3TXKA 3A96A 1GDXA 1H6MA 4DWXA 1LJFA 1LTMA 1LSNA 1G7IC 1TCYA 2GV0A 4ETEA 1LCNA 2HEAA 4OWBA 1DI3A 3KAMA 4HPEA 5I4WA 1W08A 4KPMA 4NSIA 1JJ3A 3AZ4A 3N9CA 4II8A 4AXTA 3WULA 1CJ6A 4H8XA 4RW1A 1JKBA 1KIPC 2BQFA 1LMCA 2F4GA 2HEFA 3D3DA 1WQMA 4DDCA 3A95A 1AT6A 1JJ0A 4C5FA 2EIZC 9LYZA 3WXTA 4H1PA 5K7OA 4LYOA 4XJDA 4XJFA 1QSWA 4XENA 3WVXA 3LN2A 1JKCA 5FDJA 4FJRA 4G9SA 4NHPA 3TXDA 1GBOA 1VDTA 2HECA 1LZ6A 1GB8A 2H5ZA 5F14A 4WM1A 2HEDA 1XGRC 4KXIA 4H91A 5LYTA 2H9KA 1JSEA 4NGJA 1GE3A 4IJ4A 4C3WA 4WLXA 4FDYA 1B5XA 3K3TA 5F81A 2YBMA 3WPJA 1REYA 1GFRA 1AZFA 2BQBA 3HBHA 1GBWA 4ETAA 1LZDA 2YSSC 1B5UA 1C08C 1JKDA 1GF5A 1LYOA 4NGKA 2ZQ3A 2AUBA 1JJ1A 1SQ2L 2BQMA 1G7MC 1HEWA 2LHMA 2W1XA 5M1YA 2ZIKA 5F9UA 154LA 1KXYA 2YBJA 5JENB 5HLLA 1GPQC 1VFBC 2DQJY 5IDDA 4WM2A 1LMTA 3TMWA 1GE2A 1GWDA 1GD6A 5APFA 1WQPA 4NSHA 4GLVA 4GN4A 4PHIA 1GAZA 5D5CA 2W1MA 4RLNA 4H9HA 1XSFA 4XYYA 1QIOA 5J7CA 2D91A 1UUZC 5LVKA 1WVUA 4OWAA 1LZBA 4HJZA 1GFAA 1IY3A 3A8ZA 4NSGA 3LZTA 3QNGA 5KXWA 3A34A 1UIBA 1HF4A 207LA 2HUBA 3EO5A 2Z18A 4HV1A 1LKSA 2ZYPA 1FBIX 1NDMC 4H9BA 2BQDA 1HFXA 3TMUA 4YOPA 2MEHA 1QSAA 4H9EA 1IP6A 1LSDA 1QDTA 1XGQC 2BLYA 1MELL 2DQEY 4MSTA 4LT0A 5FEKA 1BB5A 2BQHA 1CNSA 2DQDY 4I8SA 1UIDA 3CSQA 3ZVQB 8LYZA 5B06A 5AMYA 2Z37A 1HMKA 2I25L 4WLYA 5KXKA 1B5WA 1V7TA 3AGHA 3T36A 5F16A 1GEZA 1T3PA 4XJGA 5E9RA 135LA 2YBIA 3QE8A 1AT5A 1VDSA 1GFKA 1GB7A 1NF5A 1OQMA 4DYGA 1IEEA 1ZVYB 2H9JA 1CJ9A 1A4VA 4R6CA 2CJLA 193LA 3RNXA 2Z38A 3TXEA 4GCDA 1B7NA 4NGIA 3WU7A 5KXLA 4GCEA 3AZ6A 1IOSA 5B07A 3A3QA 1GB6A 3AJNA 4J7VA 1FN5A 1LZ9A 1BVXA 4TWSA 3WW6A 4G49A 5EBHA 1HSWA 4NGWA 1BB4A 4W94A 3AZ5A 2ZNXY 4NGLA 1W6ZA 1IC7Y 4DD9A 1LHJA 3LHMA 1IC5Y 4H9AA 5LVHA 1BB7A 2C8PA 2G4NA 1GFUA 2BQJA 4ANRA 2W1YA 4ZEEA 2B5ZA 1E8LA 1KIRC 4O34A 4QY9A 5FCPA 3ATNA 1J1XY 3WH1A 2MEEA 1IWZA 3FE0A 3N9EA 5KXNA 1GF9A 5L9JA 4EOFA 4TTDA 2CDSA 5D5FA 1YILA 1NHEA 1XGTC 4LYZA 3SP3A 3GXRA 1F0WA 1IORA 4PRUA 1YROA 1LSAA 5L3HA 3WU9A 1VEDA 4TSCA 1UIHA 1D6QA 4EMNA 1HEMA 3B0KA 1JSFA 1DPWA 1EQ5A 1JUGA 3TXHA 4B0DA 4DDBA 1IWUA 5HNCA 1LZAA 5HQ1A 1UACY 1LMQA 1LSPA 3P64A 4NEBA 1CKHA 2ZWBA 1FLQA 1QQYA 1IWXA 1YKZX 1BB3A 4HPIA 4CFPA 1FLUA 4WLDA 1LJ4A 1CJ7A 1HEPA 5I53A 5LAGA 3A90A 5LXWA 5DN5A 1GB0A 1UIAA 4HJYA 4UWNA 3N9AA 2BPUA 4PPOA 4Z46A 4Z98A 1QUTA 1IP4A 3E3DA 4IASA 6LYTA 1YAQA 3WMKA 1TDYA 1JTTL 4OW1A 5HMJA 2D6BA 4LT3A 2BQLA 4QDNA 1D9UA 1DPXA 1FLWA 3EBAB 3G3BB 4G4HA 4NIJA 4Z3MA 5ILFA 1IVMA 3A91A 1IOQA 4D9ZA 4A7DA 1FDLY 4PGJB 1LMOA 4ML7A 3WPLA 2BQIA 4N1CC 1QDRA 3F6ZA 4DD7A 5KKJA 1LAAA 1GXXA 3A92A 1OUAA 5B1FA 1Z55A 1GHLA 1BB6A 3CT5A 4MR1A 1GFHA 1ZMYL 4KT3A 2MEIA 3RW8A 1CKGA 1ZV5L 4I0CA 1GEVA 3GXKA 2LZ2A 1UCOA 1JHLA 2LYMA 4BAPA 2Q0MX 2W1LA 1GXV2 4H9CA 4N9RA 4J1BA 5LA8A 1LZ1A 2XTHA 5KXYA 1GB5A 1OUDA 3P65A 2D4JA 4WM3A 2DKVA 2Z39A 4WM4A 1IWYA 1P2CC 5KXSA 2BQKA 3W6BA 1RI8B 2XBRA 1GDWA 208LA 4WM5A 1LYSA 3LYZA 5ILCA 2WARA 5B05A 2BQGA 1LZ8A 1DKJA 1B2KA 4ET9A 2DQCY 1VAUA 3CT1A 1B7OA 1D0MA 2FBDA 1UIEA 3CB7A 4OWCA 3TXJA 1LYYA 3W3EA 5C6LA 1LJNA 1F6SA 1BGIA 4Z41A 2LYZA 1GF7A 1LKRA 3M3UA 2BLXA 3HBEX 4H9FA 1DI4A 4GCFA 1B0DA 1DQJC 1KXXA 3A6BY 4LFPA 4NHTA 1GBZA 4BADA 2YBHA 4P2EA 1IY4A 1RE2A 4LT2A 4R0FA 1BWIA 1FKVA 2MEGA 3WW5A 1LHLA 1OUEA 4B4JA 4YEMA 1NQIA 1WTNA 1OUFA 1HFZA 1KXWA 2G4QA 4LZTA 4DD0A 1EL1A 4GCCA 4UWUA 5APCA 2LYOA 2F4AA 1B9OA 1UICA 4GCBA 1IR7A 4H8YA 3P4ZA 4L41A 1GAYA 1IP3A 1XGPC 1JEFA 4OOOA 1OUJA 1ZVHL 3W6DA 4NHQA 1V7SA 3W6CA 1EQEA 2BAAA 5DM9A 2Y8PA 4ETBA 1BQLY 4GN3A 4M4OA 2X0AA 1G7HC 3IWRA 1JISA 5LINA 1GF3A 4RLMA 1TAYA 3B0IA 3TMVA 1LJEA 5KXPA 2EKSC 4N8ZA 5FHWA 4XADA 1XEIA 3WVYA 4OWEA 4RW2A 5IHGA 4GN5C 4NGVA 4OWHA 1KIQC 3EXDA 3HFMY 3P68A 1GFTA 5C6JA 2HU3A 1IX0A 3IJUA 5T3FA 1VDQA 4XJBA 1IR8A 2Z2FA 3A3RX 3CQLA 1UIFA 1XEKA 1OP9B 1XFPL 5KXOA 4NGYA 5LAFA 4WLTA 1QTEA 1H87A 1B7RA 2G4PA 1YANA 4QGZA 5DN4A 3AW7A 1LSEA 4NSJA 1C7PA 4HSFA 4ET8A 5APDA 1UA6Y 5F9XA 1C10A 3RZ4A 1HEOA 3WXUA 4ETCA 2I6ZA 1LZTA 2ZNWY 4KL7A 1JKAA 5B1GA 2Z2EA 1NKHA 4NWEA 1PZYA 4GLAA 1GBXA 4HV2A 1BVKC 4H92A 1IP2A 4NG8A 1VATA 4DDAA 4UWVA 1LHIA 1LSZA 1CKDA 3AZ7A 1IOCA 3G3AB 4LYCA 4HP0A 5IELA 2F30A 5LYMA 1YAPA 3P66A 1WQNA 4PJ2C 1HEQA 3CSZA 4DD1A 1B7SA 1D0LA 3LYOA 1B7MA 1REXA 1B5YA 4U3XB 1YQVY 1IWTA 2HEBA 2EPEA 2YVBA 1IWWA 5FELA 4DT3A 1LZCA 1IP5A 2A7FA 3ULRA 1EQ4A 1HMLA 4B4EA 3W6EA 3AGGG 153LA 1IP7A 2BQEA 4N1EI 2D4KA 5LYZA 3BKHA 3ZEKA 4YF2A 3A94A 5L3IA 1LZEA 1YAOA 1WTMA 2LZTA 3WUMA 5KXMA 2FYDA 1ALCA 3TMXA 4HTQA 1WQRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
132LA 2FYCA 5I54A 1C6IA 1PQOA 3HH4A 4WG1A 5LVJA 1L74A 1JTNA 1L03A 4CJ2A 3CSRA 1LJJA 4B49A 3TXGA 1L31A 1LYJA 1HERA 1N4FA 114LA 5KKIA 1L96A 110LA 1IOTA 1C6JA 1QSQA 1I56A 3HBDA 2MEFA 1B7LA 1WVVA 3F9LA 2PC2A 1LZYA 5LVIA 1C45A 2DQFC 3TXFA 249LA 1XGUC 1YL1X 4HJVA 3RU5A 4N5RA 2BQOA 1DZBX 1BWJA 2RAYX 1PQIA 4YEOA 4CGEA 4B4IA 1KS3A 1GB3A 156LA 3HU8A 1IR9A 1LZRA 1DXJA 2DQIY 4W57A 2ZILA 3OK0A 1PQJA 3IJVA 161LA 1UIGA 1QUSA 214LA 3CDTA 4G4CA 4NG1A 1SWZA 241LA 3WYHA 3TXIA 1OVKA 1XEPA 1G0MA 134LA 4N0JA 1GF6A 1HENA 1RFPA 3V2WA 3OJPA 4DAJA 4HTNA 1AKIA 1L77A 3A93A 248LA 2HU1A 1LYZA 4ARPA 228LA 2IHLA 1L04A 5B59A 4ETDA 1C6EA 1NBZC 4BAFA 4IATA 4YENA 4H94A 1CX6A 2YBNA 172LA 3W6FA 1LHMA 1LYDA 1LZNA 2YBLA 1B7QA 3CT0A 3VWOA 2BQCA 1L24A 4WG7A 2RBNA 3DMVA 1J1OY 4WO9A 1RJCB 1G7LC 133LA 2RSCA 5DL9A 5E4PA 1C6TA 1HSXA 2D4IA 213LA 2MECA 1L39A 1L19A 3EMSA 4XN6A 212LA 1L22A 1L11A 2HTXA 3A67Y 219LA 4DJHA 2DQAA 150LA 2OE4X 1QSBA 4WMGA 2MEDA 2RBOA 4ETEA 2RAZX 4HPEA 4LDEA 4KPMA 3HTBA 4I7NA 3SB6A 1CJ6A 3SB7A 1CU3A 1CTWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 132L A;  1GBY A;  2XJW A;  5I4Y A;  2FYC A;  5I54 A;  4NY5 A;  1NBY C;  2MEB A;  5LA5 A;  4NHS A;  3WUA A;  4MCK A;  4WG1 A;  4LYB A;  5LVJ A;  1TEW A;  1JTO L;  2BQA A;  1NMM A;  1UC0 A;  1IO5 A;  4WO6 A;  4CJ2 A;  5KXZ A;  3CSR A;  4NFV A;  5A3E A;  4AGA A;  1LJJ A;  3LYT A;  4B49 A;  4TSB A;  1GF8 A;  4XJH A;  1SLY A;  2HEE A;  3TXG A;  3BKV A;  4E3U A;  1LSB A;  2YDG A;  1HER A;  3J4G A;  4J0L A;  4WOA A;  1FKQ A;  1FLY A;  1N4F A;  4NWH A;  1LOZ A;  2IFF Y;  2F2N A;  2DQG Y;  1LZ5 A;  1GFG A;  3AGI A;  1IWV A;  1LJK A;  5KKI A;  3WU8 A;  1LJI A;  1B5V A;  3AW6 A;  1HHL A;  1F6R A;  1YIK A;  1I1Z A;  1YKX X;  3A6C Y;  5I4X A;  1IOT A;  2N5Z A;  4TX7 A;  4DD3 A;  5FST A;  1LZ4 A;  3D9A C;  4TUN A;  1I56 A;  1HFY A;  1INU A;  1IC4 Y;  1LSM A;  2MEF A;  2ZQ4 A;  1B7L A;  1OUG A;  3HBD A;  1WVV A;  4OOT A;  5LVG A;  1NDG C;  2PC2 A;  4NGO A;  1JTP L;  1LZY A;  1GF4 A;  5LVI A;  1C45 A;  2DQF C;  1D0K A;  3TXF A;  1XGU C;  1OUH A;  1G7J C;  1YL1 X;  4HJV A;  3RU5 A;  4H8Z A;  1B7P A;  2ZIJ A; 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 1GF3 A;  4RLM A;  1TAY A;  3B0I A;  3TMV A;  1LJE A;  5KXP A;  2EKS C;  4N8Z A;  5FHW A;  4XAD A;  1XEI A;  3WVY A;  4OWE A;  4RW2 A;  5IHG A;  4GN5 C;  4NGV A;  4OWH A;  1KIQ C;  3EXD A;  3HFM Y;  3P68 A;  1GFT A;  5C6J A;  2HU3 A;  1IX0 A;  3IJU A;  5T3F A;  1VDQ A;  4XJB A;  1IR8 A;  2Z2F A;  3A3R X;  3CQL A;  1UIF A;  1XEK A;  1OP9 B;  1XFP L;  5KXO A;  4NGY A;  5LAF A;  4WLT A;  1QTE A;  1H87 A;  1B7R A;  2G4P A;  1YAN A;  4QGZ A;  5DN4 A;  3AW7 A;  1LSE A;  4NSJ A;  1C7P A;  4HSF A;  4ET8 A;  5APD A;  1UA6 Y;  5F9X A;  1C10 A;  3RZ4 A;  1HEO A;  3WXU A;  4ETC A;  2I6Z A;  1LZT A;  2ZNW Y;  4KL7 A;  1JKA A;  5B1G A;  2Z2E A;  1NKH A;  4NWE A;  1PZY A;  4GLA A;  1GBX A;  4HV2 A;  1BVK C;  4H92 A;  1IP2 A;  4NG8 A;  1VAT A;  4DDA A;  4UWV A;  1LHI A;  1LSZ A;  1CKD A;  3AZ7 A;  1IOC A;  3G3A B;  4LYC A;  4HP0 A;  5IEL A;  2F30 A;  5LYM A;  1YAP A;  3P66 A;  1WQN A;  4PJ2 C;  1HEQ A;  3CSZ A;  4DD1 A;  1B7S A;  1D0L A;  3LYO A;  1B7M A;  1REX A;  1B5Y A;  4U3X B;  1YQV Y;  1IWT A;  2HEB A;  2EPE A;  2YVB A;  1IWW A;  5FEL A;  4DT3 A;  1LZC A;  1IP5 A;  2A7F A;  3ULR A;  1EQ4 A;  1HML A;  4B4E A;  3W6E A;  3AGG G;  153L A;  1IP7 A;  2BQE A;  4N1E I;  2D4K A;  5LYZ A;  3BKH A;  3ZEK A;  4YF2 A;  3A94 A;  5L3I A;  1LZE A;  1YAO A;  1WTM A;  2LZT A;  3WUM A;  5KXM A;  2FYD A;  1ALC A;  3TMX A;  4HTQ A;  1WQR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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