1UIDA

Analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRFGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the stability of mutant lysozymes at position 15 using X-ray crystallography.
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1uidA00
5HNLA 2W1MA 4UWUA 1NBYC 4Z41A 2XBSA 1V7TA 1ZV5L 4WLDA 2A7FA 2F4AA 1A4VA 2D4JA 4H9IA 2N5ZA 2ZNXY 194LA 4NG8A 4PRQA 1LSPA 4H9HA 1F0WA 2W1LA 1B7MA 1YIKA 3J4GA 4HTKA 3LYOA 4WLYA 1HFXA 4GCFA 4R0FA 2BQDA 1C08C 1C45A 3EMSA 5KXNA 1LJKA 4I8SA 4PGJB 1BQLY 4NSHA 5D5FA 1B7OA 2Z39A 4H9EA 3BKVA 4NWEA 4DD7A 5B1GA 3AGHA 3FI7A 1KIPC 3WPKA 4BAFA 4LT0A 5B06A 1LSGA 3P64A 3RNXA 2YBIA 2ZYPA 4LT3A 4WLTA 4CFOA 1A2YC 1JJ3A 4N1EI 1RCMA 3M3UA 1HSWA 3N9AA 5KY1A 2MEBA 1LZ6A 1GE4A 1LJEA 1LZ9A 5KKJA 1ZVHL 2HUBA 4PJ2C 1IWXA 1HFZA 4CJ2A 1B7QA 1GFHA 1B5VA 1G7MC 2YBMA 2Z2FA 4LFPA 5DM9A 3HBHA 4DD3A 1BHZA 1W6ZA 4QEQA 4RW2A 1UACY 3FE0A 1LZBA 1VDPA 3AGGG 1FLYA 1LHKA 1OUBA 2D91A 1J1OY 2F30A 2MEHA 2MEEA 1DI3A 2H9KA 2HU3A 2WARA 3B72A 4HP0A 5LAGA 2ZQ4A 1LJFA 5F16A 2BQGA 3E3DA 1IR8A 1UA6Y 1BWIA 1FLWA 3CSQA 3A34A 3B6LA 4NFVA 4AGAA 4YF2A 2W1YA 4N5RA 4NSJA 1GB3A 4GN4A 4ETDA 2BQLA 3AW7A 1GFTA 4OWEA 1ZMYL 4DD9A 4RLMA 3W6FA 1WVUA 1ZVYB 207LA 2ZYCA 4QY9A 1JHLA 1YROA 3WUMA 1LPIA 4NSIA 1I20A 1XFPL 1WQQA 4PRUA 1XEIA 3OK0A 1UUZC 3HBDA 1LSZA 4GCEA 1GF8A 3D3DA 4XADA 4NGLA 3IWRA 1I1ZA 3WVYA 1BVXA 1NBZC 1JTTL 1WQRA 2BLYA 3G3BB 2HU1A 2XBRA 1CKGA 5FELA 4H9AA 1JEFA 3WU7A 1GXV2 2BQIA 5D5CA 3WUAA 1QUTA 1D6QA 4HTQA 4WL7A 1GPQC 3GXKA 1NDGC 2BQAA 2LZTA 1CKDA 4LYBA 2CDSA 4NHQA 4RW1A 2LYMA 4YOPA 1JTPL 3CB7A 1RE2A 8LYZA 5FHWA 1ALCA 2BPUA 1HMLA 4D9ZA 4TX7A 3WU8A 1J1XY 2I25L 4WM3A 1IOCA 3J6KA 2BQOA 4GCCA 1YKXX 1AZFA 4HJVA 5LINA 3F6ZA 4AXTA 4J1BA 4J0LA 1KXYA 3AJNA 4H9BA 4NGJA 3A96A 4LT2A 2MEFA 4OWCA 1XGQC 2DQIY 3B0IA 1REYA 4MSTA 4XENA 1IWVA 1RFPA 5DN4A 1DPXA 5APCA 1GBYA 3ULRA 1GE3A 1GBWA 4DDAA 3WH1A 3TMWA 5I54A 1IWWA 1GB7A 2MEIA 3QE8A 4J7VA 1QUSA 1D6PA 1DZBX 1UIEA 1VFBC 4ETAA 1HENA 1HEWA 1TBYA 1OUJA 1GB2A 5E9RA 4G4CA 1JISA 1HNLA 2YDGA 3MGWA 3ZVQB 3TMXA 1OUHA 1WTMA 4C5FA 4XJHA 4WLXA 4YENA 5J7CA 5B07A 1UIHA 1D0KA 1JJ0A 1LTMA 1YKZX 2YBJA 3TXEA 5M1YA 5JENB 4HPIA 2DQEY 1IC7Y 4WG7A 4TUNA 4NIJA 1GDWA 2BQBA 1IOSA 1LYZA 2CJLA 1REMA 1WVVA 4N8ZA 1HC0A 5F14A 3AW6A 1EQEA 4OWHA 1SLYA 1F6SA 2HEAA 1KXWA 4WM6A 2Y8PA 1GDXA 1LYYA 1OUDA 1RI8B 2ZQ3A 4ZIXA 1EL1A 4TSBA 1GBSA 1IY4A 2MEGA 1V7SA 3WPJA 4GN3A 4IATA 3WPLA 1YAQA 1QDRA 2LYZA 4NHTA 4WL6A 1C10A 5KXPA 3WXUA 2PC2A 1QSAA 2ZIJA 4HTNA 1FKVA 1LHJA 1BVKC 4DT3A 2DQAA 3ATOA 5APFA 3TXFA 5C6LA 5F9XA 1JKCA 1B5ZA 1TEWA 1OUGA 4H92A 1LZ5A 4NGWA 1WQOA 1FLQA 2F4GA 4DYGA 1H87A 3WYHA 1LMTA 1AT5A 7LYZA 1BB4A 1IP4A 1GF7A 3A3QA 3AB6A 1G7HC 1GEZA 4H90A 3RU5A 1YAMA 5K7OA 1FKQA 2BQNA 4ZFPA 1MLCE 5HLLA 4Z3MA 1IR9A 4E3UA 2FBDA 1VATA 1GWDA 3CT5A 5LVJA 2FBBA 5EBHA 1GF9A 2Z37A 3A95A 3HFMY 4GCBA 5IELA 4IASA 3CSRA 2EPEA 1DI4A 1BB3A 4GN5C 4B49A 1HEQA 3AZ4A 4H94A 4HSFA 1G7LC 1GB6A 1LKRA 2HEDA 1FN5A 2EQLA 1INUA 2HEFA 3LYTA 154LA 3WMKA 1HELA 4YM8A 4TSCA 1GFGA 1FLUA 5KXKA 1LSMA 2BLXA 1OUEA 4EOFA 1UC0A 3D9AC 1LZEA 2I6ZA 1UIAA 4NGZA 2RSCA 3AZ6A 4IJ4A 1IP1A 4BS7A 1D0LA 1IP7A 1IR7A 4QDNA 1JUGA 4XJGA 1B2KA 1GFKA 2EKSC 1HEOA 1LCNA 3WU9A 5APEA 1B5XA 1LZ1A 1IEEA 1LMPA 1YL0X 1KIRC 1JSEA 4NG1A 5IDDA 4W96A 3WXTA 1B7NA 5LVGA 1W08A 3KAMA 4DDCA 4X3BA 5HMVA 5II3A 1C43A 1UICA 1N4FA 1IP6A 1GAZA 1IC4Y 2MEDA 1T3PA 2YVBA 9LYZA 2BQKA 2HEEA 2LHMA 4XJDA 1OQMA 4N9RA 1NMMA 1QSWA 4RLNA 3RZ4A 4LZTA 1LYSA 4WM2A 1GFJA 2BQHA 1JKAA 3WL2A 4HPEA 1O23A 4GCDA 2VB1A 3P66A 1DQJC 1FBIX 1D9UA 4H93A 3TXJA 1BWHA 1TAYA 3K3TA 3LYZA 1IWUA 4G4BA 4NGOA 133LA 1DKKA 1YAPA 5B1FA 4WM5A 1LZDA 1IWTA 1KIQC 3M18B 2IFFY 1LJNA 1VEDA 1LHHA 2DBTA 2IHLA 3A6BY 4WO9A 5T3FA 1OUIA 1IOTA 1HEPA 1JWRA 3AZ5A 3W6BA 3W6EA 5KXMA 3OJPA 4B1AA 2Z12A 1GB5A 1T6VL 4DWXA 5KJ9A 3LHMA 3P65A 5B59A 1B5YA 1JITA 4GLAA 2DQCY 1HEMA 1OUAA 1LKSA 4Z46A 1B7LA 5APDA 1GD6A 3VWOA 4B4IA 1JKDA 2DQFC 2H5ZA 4II8A 1LSCA 4G9SA 4WG1A 4NGIA 2GV0A 3W6DA 2C8OA 1HF4A 1JSFA 5DLAA 3G3AB 1GF3A 4HJYA 4NGYA 3TXGA 1OUCA 2MECA 4G4HA 5A3EA 1IIZA 3CQLA 1XGUC 1YKYX 2ZWBA 4C3WA 4XN6A 5ILCA 1HFYA 1B7SA 3EBAB 3EO5A 3EXDA 5LA8A 208LA 1OP9B 4GLVA 4DD0A 2DQJY 1I56A 2EIZC 1GAYA 4ETEA 5HMJA 1XGPC 4XJFA 5KXOA 1FDLY 1C7PA 4EMNA 4ETBA 1CJ9A 4L41A 1IY3A 5LVIA 1XGTC 4N0JA 1CKCA 1XGRC 1B5WA 1QDTA 4FDYA 1HERA 4H9FA 4OOOA 5KXZA 1P2CC 1IOQA 1LMQA 2HTXA 1B7PA 3LZ2A 2Z18A 4MR1A 4Z98A 4B4EA 3ZEKA 5IHGA 1VAUA 4NEBA 2BQJA 5KXYA 132LA 1LHMA 1UBZA 3A67Y 3IJUA 1LJJA 1LZ4A 1GFEA 4LGKA 1BB6A 2LYOA 5L9JA 3TXKA 1LJHA 5DL9A 1E8LA 3WUNA 1XSFA 1LHIA 4A7DA 2HECA 1LSFA 1BB7A 3ATNA 2YSSC 4OWAA 2MEAA 4P2EA 4MCKA 4ANRA 3LZTA 5FCPA 4YEOA 3A90A 3TXHA 4NSGA 1NF5A 1UCOA 1EQ4A 1QIOA 2B5ZA 1WQNA 3P4ZA 4H8YA 4H8XA 1NWGA 3IJVA 1LJ4A 2ZNWY 4NWHA 4CGEA 3T36A 1HMKA 4HV2A 1GFUA 4TWSA 2LZ2A 1UIFA 4RDSA 1REXA 1B9OA 1VDSA 3RW8A 4YEMA 1G7JC 2I26L 2YBLA 1LZRA 3QNGA 5E4PA 1QTKA 3W6AA 2CWIA 1G7IC 1AM7A 1LZGA 1AKIA 4OOTA 4OW1A 4FJRA 2BAAA 1IORA 5KXLA 4LFXA 5L3HA 5F81A 4LYTA 4KT3A 1GB0A 4WMGA 4DD1A 1GF0A 2DKVA 3CT0A 4LYMA 1LSNA 5KXSA 5DN5A 1HSXA 3AYQA 4NY5A 3HBEX 2X0AA 2C8PA 5FDJA 2HEBA 3W6CA 1NDMC 4ET8A 2CGIA 2G4QA 1H6MA 4OWBA 2BQMA 3A93A 4R6CA 1YL1X 1GEVA 2Z38A 1GB9A 4PPOA 1EQ5A 1DXJA 1GXXA 1IWZA 4WM4A 5F9UA 1LSYA 4NHSA 1D0MA 3WULA 2NWDX 4H1PA 5B05A 4H9CA 1GE2A 3P68A 1PS5A 1LZNA 4LYZA 5I53A 3TMVA 1GBXA 4B4JA 4CFPA 2YBNA 3WW5A 1B7RA 4ETCA 3CT1A 1WQPA 6LYTA 4QGZA 3TXBA 1YAOA 2DQDY 1CJ6A 1REZA 5HNCA 1IC5Y 2Z2EA 1LSAA 1LZAA 4ML7A 1F6RA 5C6IA 5FSTA 1LZYA 4J1AA 2G4PA 1GBOA 1WTNA 3B0KA 5LYTA 1LJGA 4WO6A 1LMAA 3A3RX 1XEKA 1LHLA 5I5QA 1GFVA 3WVXA 1IX0A 1TDYA 1AT6A 1JJ1A 3N9CA 4KXIA 2DQGY 4NHPA 2AUBA 2BQFA 1DPWA 3CSZA 2FYDA 5I4YA 1GE0A 4B0DA 3GXRA 4G49A 5FEKA 4BADA 134LA 1LZSA 5ILFA 1CKFA 1CKHA 1UIBA 3AGIA 193LA 1IP5A 1NQIA 4LYCA 135LA 3N9EA 4HV1A 4H8ZA 5HQ1A 5LIOA 4O34A 2A7DA 4UWVA 1IP2A 4XYYA 1HHLA 2FYCA 1LZCA 2ZIKA 3WW6A 5I4WA 1PZYA 1OUFA 4KPMA 153LA 1BB5A 3A8ZA 5C6JA 5L3IA 1LAAA 1B5UA 4DD2A 5LXWA 1IP3A 1KXXA 1LMOA 2BQCA 4NHIA 4XJIA 3RT5X 3A91A 3TXDA 4ZEEA 1B0DA 3A6CY 1IWYA 4HJZA 2H9JA 1TCYA 2YBHA 5AMYA 1WQMA 5I4XA 4N1CC 3LN2A 4PHIA 2D6BA 2ZILA 2G4NA 1UIGA 1GFRA 1CJ7A 4M6DA 3A92A 4XJBA 4I0CA 4WM1A 2BQEA 3TXIA 1NHEA 5KXXA 3T6UA 1IVMA 1C46A 4LT1A 1Z55A 3TMUA 3ZVQA 4KL7A 5KKIA 3AZ7A 1LZ8A 3B0OA 4DC4A 1LJ3A 3QY4A 1JIYA 1GE1A 1QTEA 4NGKA 1GBZA 5LVKA 4DDBA 1CJ8A 1YILA 1LOZA 3W3EA 1GF4A 5LYMA 2W1XA 1GF5A 1IO5A 1MELL 1JPOA 1F10A 1J1PY 2D4IA 2Z19A 4W94A 4TTDA 1DI5A 1QQYA 4H91A 2DQHY 6LYZA 5LA5A 4UWNA 5LAFA 4ET9A 5KXTA 1LMCA 1DKJA 3A94A 1BGIA 5LYZA 2D4KA 4M4OA 4U3XB 3BKHA 4CHXA 1LSEA 1LMNA 1LSBA 1GB8A 1GFAA 4WOAA 1LYOA 1SQ2L 1NKHA 5KXRA 4NGVA 1XEJA 1LSDA 2XTHA 1JKBA 1JTOL 3LYMA 1YQVY 4LYOA 4BAPA 1RJCB 5A3ZA 5LVHA 1LJIA 1GF6A 1GHLA 1YANA 1VDQA 2Q0MX 1UIDA 1BWJA 2XJWA 1CNSA 3SP3A 1LZTA 5KXWA 2F2NA 1VDTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HNLA 2W1MA 2XBSA 1ZV5L 2RBNA 4WLDA 1QUHA 1F0WA 2W1LA 3HT8A 3J4GA 4HTKA 176LA 2BQDA 1C08C 3DN2A 3EMSA 1L26A 1BQLY 4NSHA 5D5FA 1LLHA 2Z39A 127LA 4H9EA 4DQJA 4DD7A 1KIPC 5B06A 3RNXA 2ZYPA 1A2YC 4N1EI 1RCMA 5KKJA 3DMZA 3DMXA 2HUBA 1HFZA 1P2LA 165LA 1B5VA 1G7MC 3FE0A 1OUBA 1IR8A 4NFVA 3B6LA 2W1YA 2LCBA 155LA 4RLMA 4QY9A 1WQQA 3HBDA 4EPIA 1OYUA 1ZWNA 3HTFA 1C6QA 4HTQA 1NDGC 1CKDA 4LYBA 2CDSA 4YOPA 1JTPL 1QTCA 4D9ZA 4TX7A 2I25L 4WM3A 3J6KA 5LINA 1YKXX 4HJVA 3AJNA 4H9BA 4NGJA 4OWCA 3B0IA 1REYA 4MSTA 1RFPA 1DPXA 5APCA 3TMWA 5I54A 2MEIA 1DZBX 1L92A 149LA 4I7NA 1CV5A 4ETAA 4G4CA 1JISA 1QTZA 1HNLA 4WLXA 3GUKA 3GUMA 3TXEA 2DQEY 1IC7Y 1GDWA 1L91A 1WVVA 4OWHA 1F6SA 2Y8PA 1L79A 178LA 3ZVQA 1LPYA 2LYZA 3HH6A 3WXUA 262LA 1DYCA 1FKVA 1QTBA 2DQAA 1JKCA 1TEWA 1QT3A 1LZ5A 3C82A 3WYHA 3A3QA 1G7HC 1YAMA 1FKQA 3D4SA 2BQNA 4E3UA 1VATA 2FBBA 5EBHA 1GF9A 2Z37A 1L25A 1BB3A 1P37A 1WTHA 4B49A 1HEQA 1G7LC 185LA 1LKRA 1L20A 254LA 2HEFA 174LA 3HDFA 1CUPA 1GFGA 122LA 3DN3A 4LDLA 1L99A 2I6ZA 4NGZA 2RSCA 230LA 4XJGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HNL A;  2W1M A;  4UWU A;  1NBY C;  4Z41 A;  2XBS A;  1V7T A;  1ZV5 L;  4WLD A;  2A7F A;  2F4A A;  1A4V A;  2D4J A;  4H9I A;  2N5Z A;  2ZNX Y;  194L A;  4NG8 A;  4PRQ A;  1LSP A;  4H9H A;  1F0W A;  2W1L A;  1B7M A;  1YIK A;  3J4G A;  4HTK A;  3LYO A;  4WLY A;  1HFX A;  4GCF A;  4R0F A;  2BQD A;  1C08 C;  1C45 A;  3EMS A;  5KXN A;  1LJK A;  4I8S A;  4PGJ B;  1BQL Y;  4NSH A;  5D5F A;  1B7O A;  2Z39 A;  4H9E A;  3BKV A;  4NWE A;  4DD7 A;  5B1G A;  3AGH A;  3FI7 A;  1KIP C;  3WPK A;  4BAF A;  4LT0 A;  5B06 A;  1LSG A;  3P64 A;  3RNX A;  2YBI A;  2ZYP A;  4LT3 A;  4WLT A;  4CFO A;  1A2Y C;  1JJ3 A;  4N1E I;  1RCM A;  3M3U A;  1HSW A;  3N9A A;  5KY1 A;  2MEB A;  1LZ6 A;  1GE4 A;  1LJE A;  1LZ9 A;  5KKJ A;  1ZVH L;  2HUB A;  4PJ2 C;  1IWX A;  1HFZ A;  4CJ2 A;  1B7Q A;  1GFH A;  1B5V A;  1G7M C;  2YBM A;  2Z2F A;  4LFP A;  5DM9 A;  3HBH A;  4DD3 A;  1BHZ A;  1W6Z A;  4QEQ A;  4RW2 A;  1UAC Y;  3FE0 A;  1LZB A;  1VDP A;  3AGG G;  1FLY A;  1LHK A;  1OUB A;  2D91 A;  1J1O Y;  2F30 A;  2MEH A;  2MEE A; 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 5I4W A;  1PZY A;  1OUF A;  4KPM A;  153L A;  1BB5 A;  3A8Z A;  5C6J A;  5L3I A;  1LAA A;  1B5U A;  4DD2 A;  5LXW A;  1IP3 A;  1KXX A;  1LMO A;  2BQC A;  4NHI A;  4XJI A;  3RT5 X;  3A91 A;  3TXD A;  4ZEE A;  1B0D A;  3A6C Y;  1IWY A;  4HJZ A;  2H9J A;  1TCY A;  2YBH A;  5AMY A;  1WQM A;  5I4X A;  4N1C C;  3LN2 A;  4PHI A;  2D6B A;  2ZIL A;  2G4N A;  1UIG A;  1GFR A;  1CJ7 A;  4M6D A;  3A92 A;  4XJB A;  4I0C A;  4WM1 A;  2BQE A;  3TXI A;  1NHE A;  5KXX A;  3T6U A;  1IVM A;  1C46 A;  4LT1 A;  1Z55 A;  3TMU A;  3ZVQ A;  4KL7 A;  5KKI A;  3AZ7 A;  1LZ8 A;  3B0O A;  4DC4 A;  1LJ3 A;  3QY4 A;  1JIY A;  1GE1 A;  1QTE A;  4NGK A;  1GBZ A;  5LVK A;  4DDB A;  1CJ8 A;  1YIL A;  1LOZ A;  3W3E A;  1GF4 A;  5LYM A;  2W1X A;  1GF5 A;  1IO5 A;  1MEL L;  1JPO A;  1F10 A;  1J1P Y;  2D4I A;  2Z19 A;  4W94 A;  4TTD A;  1DI5 A;  1QQY A;  4H91 A;  2DQH Y;  6LYZ A;  5LA5 A;  4UWN A;  5LAF A;  4ET9 A;  5KXT A;  1LMC A;  1DKJ A;  3A94 A;  1BGI A;  5LYZ A;  2D4K A;  4M4O A;  4U3X B;  3BKH A;  4CHX A;  1LSE A;  1LMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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