1B5VA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and x-ray analysis of six ser->ala mutants
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRATDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b5vA00
4CHXA 1JTTL 1PS5A 1GHLA 1BHZA 3BKVA 2MEFA 4OW1A 1D9UA 1GFKA 1BWIA 4GCCA 3GXRA 4EMNA 1LSGA 4PRUA 5HLLA 1HFYA 2BQAA 4M6DA 4UWVA 1HNLA 1XSFA 4LT2A 4WLDA 2F4GA 6LYZA 4G9SA 1GF8A 1JTOL 4GCDA 1XEIA 4OWCA 1C10A 4OWEA 2RSCA 1HEMA 1GF3A 1BB3A 1PZYA 1IWYA 3N9CA 1OP9B 1H87A 3AJNA 4MSTA 4WG7A 5L9JA 1GXV2 5LYMA 1UACY 1WVVA 4FDYA 4GCEA 1YKXX 2Z39A 3G3BB 1QTKA 1YL0X 1GDXA 1GB8A 4LYTA 3CT1A 4LYOA 4LZTA 5KXNA 1YKYX 1GAYA 2I25L 4NGLA 1JISA 5KXRA 3WXUA 3E3DA 3AGHA 1GAZA 1GB7A 1LZ8A 1YANA 2YBLA 4HPEA 4G4HA 4HTNA 1CKCA 1DPXA 1NBZC 1RE2A 3A67Y 3T36A 2BLYA 135LA 3AGIA 1LMQA 1VFBC 1WQRA 4TTDA 3TXJA 1LSNA 5B59A 1DKKA 4NGOA 4WOAA 1SLYA 4G4CA 154LA 4NG8A 1IORA 1KIQC 4B49A 2ZYPA 1C45A 1LZEA 3CB7A 3LYZA 2XJWA 4I0CA 4OWHA 4KT3A 4YENA 4DD1A 1IOSA 3KAMA 1GFEA 1WQNA 5FHWA 1LYYA 1REYA 4OOTA 1GF6A 1CJ6A 4H8XA 2MEBA 2DQEY 4H9AA 4MR1A 2D6BA 1TEWA 3TMVA 2IHLA 5JENB 4H9IA 1YKZX 3CSRA 4NGKA 1J1XY 1ZMYL 2HEBA 1D0LA 2D4JA 3FI7A 1CJ9A 4X3BA 1EQEA 4DD7A 3IWRA 4J1BA 3EXDA 1XGRC 1LMNA 1QDRA 1B0DA 1GB0A 1FLYA 3WYHA 1KXWA 1XGPC 1FLQA 1G7HC 1LSAA 2HUBA 5E9RA 3D3DA 1ZVHL 2VB1A 1UIAA 5LYZA 2MECA 4W94A 1UA6Y 1HEOA 2F30A 2CGIA 2I26L 4HPIA 4J7VA 3CT0A 4PPOA 4TX7A 1GPQC 4LT1A 1VATA 5APDA 5FCPA 3A92A 3CT5A 1LYZA 2ZNWY 4II8A 1XEJA 5C6IA 133LA 4WLTA 2HTXA 1GFTA 4WM5A 5A3EA 4NGYA 1NWGA 1LCNA 2BQOA 3ZVQB 1ZV5L 1VDSA 1WTNA 5B05A 2W1YA 2YDGA 3D9AC 3WPJA 4H9EA 4WO6A 4IASA 1LJ3A 1Z55A 1T3PA 4UWUA 1LZ5A 1QQYA 1CKFA 1T6VL 1YROA 2YSSC 2DQIY 1UC0A 1GFHA 1LZ1A 4N8ZA 4BADA 5I4XA 1IWZA 1LSCA 1FDLY 1I56A 1REZA 5KXYA 1BWJA 5B07A 1DXJA 4AXTA 3RZ4A 1GXXA 2MEAA 1DI4A 3W6EA 4RW1A 3WPLA 3WUMA 4DD0A 1LPIA 1GBYA 5FDJA 1B5ZA 1B5WA 1IOCA 3P64A 1IC4Y 2CDSA 4RLMA 2BQNA 5HNLA 3WU9A 4XN6A 5LVKA 1W6ZA 3A6CY 1LHHA 1XEKA 1JKDA 2BQMA 5K7OA 5LXWA 1LZGA 1JIYA 3HBDA 4LT0A 4I8SA 5F9XA 3TXEA 1FLUA 1YAOA 1IWXA 2HEEA 1G7MC 1JWRA 3TMXA 3TMWA 3EO5A 1QSWA 1CKGA 1ZVYB 1G7IC 1WVUA 3LZTA 1AKIA 3ATOA 4U3XB 4WG1A 2Z18A 3AZ5A 4MCKA 4NHTA 1RFPA 2HEFA 1LZBA 1GB6A 1BVKC 3LHMA 1LMOA 3WW5A 1JHLA 4ET8A 3BKHA 1IIZA 1JSFA 1RCMA 2C8OA 4HP0A 3A91A 4KL7A 1JJ0A 1DZBX 4J1AA 1LJ4A 5I53A 1VAUA 1BGIA 5DN5A 1LJHA 3P4ZA 5FELA 4CFPA 1NDMC 2D4IA 1QSAA 1BB4A 1F6SA 4RW2A 1QUTA 1IOTA 5LVHA 3QNGA 3OK0A 1XGUC 2H9JA 4QY9A 1P2CC 1LYOA 1NMMA 2A7FA 5DL9A 2DBTA 4RDSA 1UICA 4PGJB 3B0IA 1LSYA 4NGJA 5APCA 1UBZA 2DKVA 3A94A 2ZQ4A 5EBHA 5B1GA 1B7OA 4G4BA 1IP1A 1TCYA 1IR7A 4GLVA 1TDYA 3WVXA 1B5YA 1BWHA 4GLAA 4NWEA 5LINA 3AGGG 5KKIA 1LZTA 4DD3A 3FE0A 1CKDA 1LMPA 1IP3A 1VDPA 1J1OY 1LKSA 1BB6A 4H91A 4TSBA 1OUGA 4XENA 6LYTA 1LJJA 3B6LA 5KXTA 1QDTA 2BQFA 2LHMA 5I4YA 3LN2A 4DDAA 3TXHA 4DDCA 1O23A 3M18B 2FBDA 2G4PA 4NG1A 4WMGA 3G3AB 1GWDA 2LYMA 5LIOA 5KKJA 4NSGA 5E4PA 5DLAA 5KXKA 1I1ZA 1B7QA 4CGEA 4WLYA 1D0MA 9LYZA 1B5VA 1MELL 1C08C 2DQDY 3A34A 2W1LA 1CJ8A 1B5UA 4WLXA 1LSEA 1LJIA 1LZNA 2G4NA 1IWTA 1CNSA 1WQOA 1GF0A 1ALCA 3AYQA 1GEZA 1DPWA 4WM6A 1HENA 1GD6A 4RLNA 3P66A 1LZDA 1NBYC 1YIKA 4H92A 4Z46A 2ZYCA 5C6JA 4H8ZA 4NWHA 4YM8A 4PJ2C 5A3ZA 1IP6A 3N9AA 5D5CA 5D5FA 3WU7A 1WQMA 8LYZA 2DQGY 2Q0MX 4NGIA 4H90A 4KPMA 2FYDA 2N5ZA 2XTHA 1GFRA 5F16A 1A2YC 5FEKA 5IDDA 3SP3A 5KXSA 5I5QA 1IP4A 4B4EA 5HMVA 193LA 1MLCE 2ZWBA 5KXPA 3W6BA 4OWAA 1GDWA 4WM4A 1UIHA 3IJUA 4PRQA 4R6CA 4DD9A 4J0LA 1JITA 1LZCA 4CJ2A 1JKAA 1C46A 1B7PA 5DN4A 1LZ6A 3WULA 1TAYA 2BQCA 4GN3A 1LHLA 4XJDA 1HSXA 2EQLA 1IVMA 1IWVA 1GE1A 3LYOA 2HU1A 5L3HA 4GN4A 2CWIA 1FKQA 1LZYA 5KXMA 4YEMA 3WPKA 4N5RA 1KXYA 5J7CA 1GBSA 1FKVA 1OUJA 1FBIX 4C3WA 4DYGA 2XBRA 4ETDA 4Z41A 5LVIA 1JJ3A 2YBJA 1QUSA 1LZRA 2Z19A 208LA 3A96A 4LGKA 5KXZA 5HNCA 1IY4A 1LSMA 134LA 4H1PA 4XJFA 2LZ2A 4A7DA 2Z37A 4FJRA 1HEQA 1LZAA 3CQLA 4LYZA 4NY5A 4HSFA 2HU3A 1NQIA 1IC7Y 4ETBA 1LZ9A 5ILCA 4GCFA 4WL7A 4ZFPA 3ULRA 3A90A 5I4WA 2YBNA 1GF7A 1LSFA 1GE3A 1GB5A 1OUDA 2ZNXY 3A3RX 1FLWA 2EKSC 5LAGA 1WQPA 1AZFA 2PC2A 4XJIA 4Z98A 1HELA 1HEPA 1OUAA 2HECA 4PHIA 2BQBA 2EIZC 2LZTA 1D0KA 3HBHA 5LVGA 4XJGA 4WM2A 1HMLA 1IP2A 2ZIKA 3TXIA 3WL2A 153LA 2DQAA 2Z38A 1DQJC 4N0JA 1XGQC 1NF5A 1GBXA 1UIBA 2BQIA 4DDBA 4H93A 1IR9A 1DI5A 2BQJA 1LOZA 4CFOA 1JKCA 4N9RA 4NHQA 1B7SA 1YILA 3QY4A 1YAMA 1INUA 4D9ZA 5KXWA 2MEGA 4HV2A 1IO5A 2MEIA 1CKHA 1NHEA 4NGZA 1GFGA 4GCBA 1LTMA 4H9CA 1IX0A 4M4OA 4H8YA 2FYCA 4ETAA 2HEAA 1REXA 2LYOA 3QE8A 4NGWA 1GBZA 1IWWA 4ML7A 4YF2A 1JKBA 5LA5A 1B2KA 1GEVA 3TXBA 3AW7A 1IY3A 3J4GA 1YQVY 1B7MA 2XBSA 1REMA 3EBAB 4NHIA 2DQCY 4NSHA 1YAPA 3RW8A 3W6AA 5LVJA 1IR8A 5ILFA 1BVXA 1CJ7A 2EPEA 4H9HA 2F2NA 1LHIA 3B0OA 4H94A 1UIFA 1RI8B 4XJBA 1LJGA 3MGWA 1WQQA 5IHGA 5LAFA 1OUBA 3TXGA 4ETCA 3CSQA 1AM7A 4OWBA 2C8PA 2MEDA 4HJZA 1RJCB 4LT3A 1N4FA 3LYMA 1DKJA 1GFJA 1GF4A 2BQEA 2H9KA 3N9EA 4IATA 4O34A 4EOFA 3AZ7A 1OUIA 4GN5C 1YL1X 2BQDA 1HF4A 1GF9A 1UIGA 1UIEA 4NFVA 1JPOA 1SQ2L 3A93A 4OOOA 1J1PY 2X0AA 4N1EI 2BQKA 1LMTA 1IP5A 5L3IA 1GFUA 1GE2A 5APFA 1F6RA 1JTPL 2BLXA 5B1FA 2BQHA 2CJLA 1G7JC 1IEEA 4NGVA 1XFPL 4DWXA 1OUEA 2BAAA 1BQLY 4L41A 1XGTC 3WMKA 3AB6A 2DQFC 1BB5A 2Y8PA 5F14A 1HSWA 4YEOA 2BQLA 5HMJA 4ZEEA 4QDNA 1HHLA 5HQ1A 2BPUA 4NIJA 4R0FA 2YBIA 4LYCA 1C7PA 3A3QA 3GXKA 4H9BA 2DQJY 5KJ9A 3RT5X 5KXOA 1LJFA 5AMYA 4B0DA 2MEHA 3IJVA 1EQ4A 2I6ZA 3CSZA 3WH1A 4AGAA 2HEDA 3WXTA 2F4AA 1B9OA 5II3A 3W6DA 4NHPA 207LA 3J6KA 4B4JA 4NSJA 5F81A 4HTQA 1LSPA 3LZ2A 4NEBA 3TMUA 1B7RA 2W1XA 2DQHY 3AZ6A 1HEWA 2G4QA 2IFFY 1OUHA 1LZSA 5LA8A 4W96A 4ANRA 132LA 1KXXA 3WUAA 4C5FA 4ZIXA 5FSTA 1VEDA 1V7SA 1JSEA 1LSZA 4XADA 3VWOA 3A8ZA 1NDGC 3WW6A 1D6QA 4LFXA 1HERA 7LYZA 1BB7A 1OUFA 2Z12A 2ZIJA 4HTKA 3AZ4A 1KIRC 1LMCA 1TBYA 1F10A 1UUZC 4WM3A 3TXFA 1B7NA 1GB3A 3ZVQA 4B1AA 5I54A 1LHJA 1LSDA 1JEFA 3OJPA 2YBHA 1GE0A 4NSIA 1QIOA 2Z2EA 1IC5Y 3B0KA 3LYTA 3F6ZA 1GB2A 1QTEA 2MEEA 3TXKA 3WUNA 4UWNA 1GB9A 1NKHA 4LFPA 1B5XA 5T3FA 4WL6A 2D4KA 2GV0A 1LZ4A 2A7DA 3W6FA 1EQ5A 1LYSA 1LJNA 1IWUA 1G7LC 4BAFA 1C43A 4B4IA 4HJYA 1HMKA 4TWSA 5M1YA 3WU8A 3ATNA 1DI3A 2D91A 2W1MA 1LJEA 1VDTA 4N1CC 2Z2FA 1KIPC 194LA 2ZQ3A 4YOPA 3W3EA 1WTMA 4BS7A 1IOQA 2LYZA 1A4VA 3HBEX 1F0WA 3K3TA 3TXDA 5IELA 2H5ZA 4P2EA 4ET9A 1GBOA 4HV1A 1VDQA 1LHMA 1LJKA 1D6PA 5B06A 1LAAA 3RNXA 4H9FA 4Z3MA 3P68A 3T6UA 4ETEA 5KY1A 4XJHA 4BAPA 1LKRA 1JJ1A 3EMSA 4NHSA 3RU5A 4G49A 1LHKA 2YBMA 3A6BY 4LYBA 1HC0A 4QEQA 3ZEKA 1AT5A 3M3UA 1H6MA 1V7TA 1I20A 2FBBA 3A95A 3P65A 3WVYA 1JUGA 4DT3A 4KXIA 2YVBA 1OQMA 1W08A 2ZILA 4TSCA 4HJVA 4QGZA 4E3UA 5F9UA 2BQGA 4IJ4A 4DC4A 5C6LA 1UIDA 1B7LA 5APEA 2AUBA 1LMAA 1GF5A 3W6CA 1YAQA 1OUCA 2WARA 3B72A 1IP7A 1GFVA 2NWDX 5DM9A 1GFAA 2B5ZA 3HFMY 5KXXA 1GBWA 1HFXA 4TUNA 5KXLA 4XYYA 1EL1A 1HFZA 4DD2A 1E8LA 1GE4A 1LSBA 1AT6A 1UCOA 4WM1A 3AW6A 4WO9A 5LYTA 4LYMA 1FN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHXA 1JTTL 1L88A 3BKVA 4OW1A 142LA 4UWVA 4LT2A 2F4GA 4G9SA 1JTOL 1XEIA 5LYMA 4MSTA 1GXV2 226LA 173LA 177LA 3CT1A 1YKYX 1L39A 211LA 3WXUA 2OE9X 4HPEA 4G4HA 2B73A 3AGIA 1WQRA 2B6TA 4NGOA 2QARC 4G4CA 1G0JA 4AQNA 2ZYPA 4B49A 1EPYA 1L32A 3CB7A 3EMLA 4KT3A 1LYYA 4OOTA 1OVHA 1GF6A 4H8XA 4H9AA 1L27A 1TEWA 2IHLA 1L43A 3TMVA 1L20A 1L89A 1CJ9A 4DD7A 192LA 184LA 1LMNA 1KXWA 5LYZA 2MECA 4HPIA 115LA 4TX7A 1G1WA 241LA 3DNAA 2ZNWY 3DN1A 5C6IA 1GFTA 4WM5A 1NWGA 1OYUA 2BQOA 3ZVQB 1NHBA 1L40A 1WTNA 198LA 1ZWNA 4H9EA 3FADA 4IASA 1LJ3A 2O79A 1T3PA 4UWUA 1LZ5A 2YSSC 1QTHA 1I56A 4RW1A 1LPIA 127LA 1B5WA 1G7MC 1KW5A 1JWRA 3EO5A 1QSWA 1QTBA 1WVUA 3LZTA 4WG1A 2F2QA 2HEFA 1LZBA 2B6ZA 1QT7A 4GRVA 2A4TA 1JSFA 4ARMB 3C8RA 5I53A 4EPFA 1QSAA 1L52A 1BB4A 1L19A 1QUTA 2H9JA 1XJUA 4QY9A 1NMMA 1L17A 4RDSA 1L73A 1UICA 3B0IA 2DKVA 1IP1A 1TDYA 148LE 4GLAA 1LMPA 1LYEA 160LA 5KXTA 4H91A 4TSBA 258LA 232LA 3G3AB 1QTZA 3A34A 1CJ8A 1C6PA 1B5UA 1LSEA 1LZNA 2G4NA 1WQOA 2HULA 2ZYCA 2LCBA 5C6JA 1LYHA 1IP6A 3DMXA 2O7AA 5D5FA 8LYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CHX A;  1JTT L;  1PS5 A;  1GHL A;  1BHZ A;  3BKV A;  2MEF A;  4OW1 A;  1D9U A;  1GFK A;  1BWI A;  4GCC A;  3GXR A;  4EMN A;  1LSG A;  4PRU A;  5HLL A;  1HFY A;  2BQA A;  4M6D A;  4UWV A;  1HNL A;  1XSF A;  4LT2 A;  4WLD A;  2F4G A;  6LYZ A;  4G9S A;  1GF8 A;  1JTO L;  4GCD A;  1XEI A;  4OWC A;  1C10 A;  4OWE A;  2RSC A;  1HEM A;  1GF3 A;  1BB3 A;  1PZY A;  1IWY A;  3N9C A;  1OP9 B;  1H87 A;  3AJN A;  4MST A;  4WG7 A;  5L9J A;  1GXV 2;  5LYM A;  1UAC Y;  1WVV A;  4FDY A;  4GCE A;  1YKX X;  2Z39 A;  3G3B B;  1QTK A;  1YL0 X;  1GDX A;  1GB8 A;  4LYT A;  3CT1 A;  4LYO A;  4LZT A;  5KXN A;  1YKY X;  1GAY A;  2I25 L;  4NGL A;  1JIS A;  5KXR A;  3WXU A;  3E3D A;  3AGH A;  1GAZ A;  1GB7 A;  1LZ8 A;  1YAN A;  2YBL A;  4HPE A;  4G4H A;  4HTN A;  1CKC A;  1DPX A;  1NBZ C;  1RE2 A;  3A67 Y;  3T36 A;  2BLY A;  135L A;  3AGI A;  1LMQ A;  1VFB C;  1WQR A;  4TTD A;  3TXJ A;  1LSN A;  5B59 A;  1DKK A;  4NGO A;  4WOA A;  1SLY A;  4G4C A;  154L A;  4NG8 A;  1IOR A;  1KIQ C;  4B49 A;  2ZYP A;  1C45 A;  1LZE A; 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 1QTE A;  2MEE A;  3TXK A;  3WUN A;  4UWN A;  1GB9 A;  1NKH A;  4LFP A;  1B5X A;  5T3F A;  4WL6 A;  2D4K A;  2GV0 A;  1LZ4 A;  2A7D A;  3W6F A;  1EQ5 A;  1LYS A;  1LJN A;  1IWU A;  1G7L C;  4BAF A;  1C43 A;  4B4I A;  4HJY A;  1HMK A;  4TWS A;  5M1Y A;  3WU8 A;  3ATN A;  1DI3 A;  2D91 A;  2W1M A;  1LJE A;  1VDT A;  4N1C C;  2Z2F A;  1KIP C;  194L A;  2ZQ3 A;  4YOP A;  3W3E A;  1WTM A;  4BS7 A;  1IOQ A;  2LYZ A;  1A4V A;  3HBE X;  1F0W A;  3K3T A;  3TXD A;  5IEL A;  2H5Z A;  4P2E A;  4ET9 A;  1GBO A;  4HV1 A;  1VDQ A;  1LHM A;  1LJK A;  1D6P A;  5B06 A;  1LAA A;  3RNX A;  4H9F A;  4Z3M A;  3P68 A;  3T6U A;  4ETE A;  5KY1 A;  4XJH A;  4BAP A;  1LKR A;  1JJ1 A;  3EMS A;  4NHS A;  3RU5 A;  4G49 A;  1LHK A;  2YBM A;  3A6B Y;  4LYB A;  1HC0 A;  4QEQ A;  3ZEK A;  1AT5 A;  3M3U A;  1H6M A;  1V7T A;  1I20 A;  2FBB A;  3A95 A;  3P65 A;  3WVY A;  1JUG A;  4DT3 A;  4KXI A;  2YVB A;  1OQM A;  1W08 A;  2ZIL A;  4TSC A;  4HJV A;  4QGZ A;  4E3U A;  5F9U A;  2BQG A;  4IJ4 A;  4DC4 A;  5C6L A;  1UID A;  1B7L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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