1LKSA

Hen egg white lysozyme nitrate
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Structures of monoclinic lysozyme iodide at 1.6 A and of triclinic lysozyme nitrate at 1.1 A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lksA00
4AGAA 5I54A 1CJ8A 4N0JA 5C6LA 2CWIA 1GD6A 3QE8A 1LYZA 1JKAA 1LHHA 5C6IA 3QNGA 3WVXA 5APFA 4RW2A 4WL7A 5A3EA 4OWCA 2DQJY 5I4WA 1LSEA 1YKXX 1JWRA 2FBBA 3P4ZA 207LA 1IC7Y 1OP9B 3A67Y 4P2EA 4TWSA 1WQNA 4G49A 4IATA 1XEKA 4DDCA 4CJ2A 5KJ9A 1GFEA 1ZVYB 3QY4A 4DC4A 1RJCB 2MEDA 1LZEA 1LZGA 1OQMA 1GWDA 1GFVA 3A3QA 1TCYA 2YBJA 3WXUA 5IHGA 1LJHA 1YAPA 1XGQC 4MCKA 1B0DA 3A94A 2HEBA 1XEJA 2ZILA 1UIGA 2ZYPA 5KXPA 1FLUA 5IDDA 4MSTA 1GB5A 1WQRA 4IASA 4W96A 133LA 1AKIA 1YL0X 1LHJA 4G4BA 4ET9A 1IY4A 4H9EA 5B1GA 4Z46A 1IWXA 4H9BA 4GCEA 1IX0A 4EOFA 1VDPA 1LJ3A 2BQDA 3A95A 1PS5A 5I53A 5LAFA 1OUGA 1HF4A 1NQIA 4ANRA 1HSWA 5KXSA 4FJRA 1YROA 1A2YC 1AT5A 1C7PA 1F6RA 1WQQA 2EPEA 1WQOA 1B7QA 2YBNA 1DI5A 1YILA 3P64A 4GN4A 4DD1A 4NEBA 2H5ZA 1CJ7A 1HSXA 3AJNA 4PPOA 3TXDA 1IP7A 3D9AC 1UC0A 1HEWA 3RW8A 4NGYA 2YBHA 3IWRA 4RLNA 1VATA 1LJGA 3B0KA 3WPLA 2NWDX 1GE1A 1F10A 5B1FA 2RSCA 1LHKA 2HTXA 4J0LA 5LVJA 1HNLA 2FYDA 4H90A 4W94A 4ZIXA 1IR8A 2BPUA 4HJZA 1SLYA 5IELA 2D4JA 5B05A 5L9JA 2YDGA 4AXTA 1RE2A 5HNCA 1JTTL 1OUIA 3A34A 1KIRC 3TXGA 5E9RA 3VWOA 4I0CA 4L41A 1D0KA 1CKGA 4TSBA 5EBHA 5FSTA 1B7RA 1PZYA 4WM5A 4OOTA 4WLXA 4KL7A 1LZ4A 4PRQA 3BKVA 4LFPA 4OWAA 1GE2A 4GLAA 1JJ1A 3AZ7A 4WG1A 1J1PY 1GB7A 3TMUA 1JSEA 2HEDA 2CDSA 2MEIA 3TXIA 1D6PA 4B0DA 1QIOA 1GBZA 1WTNA 3WL2A 1CKHA 1UA6Y 4TX7A 154LA 4B4JA 3ZVQB 1JKBA 5LXWA 1GB2A 1C45A 1GFHA 4CFPA 1LJ4A 1LYOA 1RI8B 2FYCA 5E4PA 5HLLA 2BQMA 1IR9A 1IP3A 1QUTA 1GEZA 3CB7A 4UWVA 5FDJA 3HBHA 2BQGA 4QGZA 1HFXA 135LA 4PRUA 3ZEKA 1VDQA 4PGJB 3W6CA 1GAZA 3J6KA 2BQNA 1IWZA 2BQLA 1RCMA 134LA 3T36A 1G7LC 4N9RA 2Z38A 1JIYA 4ETCA 1YIKA 4TUNA 5LIOA 1GF6A 2BQFA 3W6DA 1UCOA 4NG8A 1QTKA 1A4VA 3AW6A 4NIJA 1YL1X 2MEFA 2HEEA 1W6ZA 1GF5A 5KXZA 4H94A 3LZTA 1IOTA 1B7PA 1LSDA 4WM3A 1B5UA 1CNSA 5HQ1A 1CJ6A 2HECA 4B4EA 5KXMA 2I26L 1BB5A 4DD3A 1GXV2 4TTDA 1AT6A 1JTPL 1FBIX 1LZAA 4LT0A 1UIAA 5L3HA 4WO6A 3P66A 1LZYA 4U3XB 4HV1A 1LZ6A 3W3EA 3HBEX 2HUBA 3CSQA 3N9AA 1JKDA 1LJKA 2DKVA 5D5CA 4KXIA 5A3ZA 2WARA 1JJ0A 1NHEA 5KKJA 5B06A 1FKVA 1LJFA 2LYMA 1LHLA 2Z2FA 4UWNA 5LYMA 2YBLA 4WL6A 4EMNA 1WQMA 1IIZA 3P65A 4R0FA 1HENA 1GE3A 1VAUA 4KPMA 3TXFA 2Z39A 1FKQA 4II8A 4B49A 5LVKA 1LSBA 1UIFA 2BQBA 1D0MA 1G7IC 4O34A 1VFBC 2X0AA 1IC5Y 2W1XA 1YKYX 2F4AA 2N5ZA 4NWEA 1UBZA 3TMXA 3TXEA 3WW5A 1CKFA 1GDWA 4NHTA 1C10A 3EMSA 5FCPA 1GF4A 4GN5C 1BWJA 1DPXA 2ZQ3A 4ETDA 5ILCA 2D4IA 1JISA 3B6LA 1YKZX 3AYQA 5F16A 1B5YA 1REYA 4UWUA 1LSZA 4BS7A 1DKJA 2MEBA 4NHPA 4OWHA 1GHLA 1IP2A 1JUGA 1WVVA 3WPJA 1HEPA 4HTQA 4H9IA 1EQ5A 4HV2A 1NMMA 4LT1A 2YVBA 1QSWA 2IFFY 4NGIA 3TXKA 3W6EA 2VB1A 4MR1A 1LHMA 2BQJA 1ALCA 1IOCA 2EKSC 2Z37A 3HBDA 3K3TA 4ET8A 2DQDY 1NDMC 1BHZA 1VDSA 4ML7A 4NGKA 2MECA 4R6CA 4RW1A 2LYZA 1F6SA 2BQCA 3KAMA 2ZIKA 1P2CC 4H91A 4BAFA 3G3AB 4BADA 6LYZA 2BLYA 3G3BB 1UIDA 5ILFA 2G4QA 1GB8A 1GEVA 3A92A 5T3FA 1XGRC 1REXA 4HPIA 4NSIA 2YBIA 4H8ZA 1HEOA 2BQHA 3EBAB 3M3UA 1C08C 1CKDA 3CQLA 4NGJA 2XBRA 4WMGA 3TMWA 1GBOA 4GLVA 2D91A 4J7VA 4ZFPA 208LA 1MELL 5II3A 4KT3A 1IWUA 1B7LA 1B7SA 2LHMA 4HTKA 5JENB 3CT1A 3B0IA 1IWYA 1LMQA 1KIQC 8LYZA 1JITA 1JEFA 3FE0A 3TMVA 1LMOA 1IWTA 1C43A 1IVMA 2G4NA 1BQLY 1LZSA 5LAGA 1XGPC 4IJ4A 7LYZA 4GCFA 5LYTA 1LJIA 1LSPA 1LSNA 1GF8A 2BQIA 5K7OA 1B9OA 3N9EA 4RDSA 4G4HA 1GF7A 1LZCA 5HNLA 1GE4A 3SP3A 1GFKA 1QQYA 1TEWA 1B5VA 4LYBA 5KXNA 3B72A 1E8LA 5HMJA 4DD2A 4N5RA 1NBZC 1HERA 4PHIA 3WUAA 1W08A 2W1YA 3CT5A 3ATNA 1OUAA 1GXXA 1QDRA 2DQFC 4OWEA 1HC0A 5F81A 1BWHA 3A96A 3ZVQA 4H93A 4LZTA 1HHLA 5KXOA 4H9CA 4TSCA 1CKCA 4C3WA 1T3PA 4OOOA 5KXKA 1LMCA 2D4KA 1JKCA 1XFPL 3RNXA 1FLWA 1DQJC 1JHLA 1NDGC 1TDYA 2H9JA 1LZDA 4GCDA 4HPEA 1GAYA 1GFJA 6LYTA 2A7DA 1D6QA 2ZYCA 3BKHA 1I1ZA 5FEKA 3TXJA 4M6DA 1LZTA 3A8ZA 4WM6A 4WM4A 1IP5A 1REMA 3P68A 5DN4A 5HMVA 1FLQA 4WLDA 2ZWBA 1HMKA 3AZ5A 2HU1A 1LTMA 1B5WA 4XN6A 1QSAA 1DPWA 1B7NA 4WLTA 5J7CA 4OWBA 4NGWA 5KXLA 3D3DA 1LPIA 4XJFA 1LZRA 1JPOA 4LYTA 1Z55A 3A6CY 1LSGA 1ZMYL 2HU3A 1AZFA 1EQ4A 3J4GA 4H9AA 2D6BA 3LYOA 4DT3A 4HSFA 4ETAA 1GB9A 1HFYA 1GDXA 1IR7A 1B7OA 2LZ2A 3CSZA 1IP6A 1LSAA 4GN3A 4NG1A 5DLAA 2F30A 1XGTC 1LMAA 3EO5A 1GBSA 4LYOA 1LZNA 3WUNA 2FBDA 4BAPA 1BVKC 2DQIY 2CGIA 1B5ZA 4H92A 4H1PA 1LZBA 1D0LA 1FN5A 1OUJA 1N4FA 4LFXA 1VDTA 2YSSC 2C8OA 1LSYA 1B2KA 1QDTA 2DQGY 1HEMA 1O23A 2AUBA 1B5XA 1EL1A 4YENA 3AGIA 3LZ2A 1GPQC 3MGWA 4Z98A 3RT5X 194LA 3RU5A 1QUSA 4OW1A 5M1YA 1VEDA 1XEIA 4WOAA 1IC4Y 4WLYA 3WW6A 4ZEEA 2C8PA 2Y8PA 4G4CA 1KIPC 3WVYA 1IORA 1UACY 4NGLA 4B1AA 4DYGA 1IP4A 2F2NA 4G9SA 1GF9A 2BQKA 4DDBA 5LVHA 4YOPA 4E3UA 1XGUC 1YAQA 4WO9A 1NBYC 4LT2A 5LA8A 5DM9A 2Z18A 5APCA 2CJLA 2HEFA 1IY3A 4H8XA 3F6ZA 2Z2EA 1QTEA 1EQEA 1BB7A 3W6FA 2ZQ4A 2BQEA 1GFUA 1JTOL 4PJ2C 1DKKA 5B59A 1D9UA 5LYZA 5KXRA 1REZA 1B7MA 4HP0A 1NKHA 1YANA 5DL9A 1BB6A 1LMNA 1UIBA 5I5QA 3WXTA 4XJIA 1BB4A 1FLYA 5AMYA 1LZ9A 1HELA 4ETBA 4YEMA 1JJ3A 1NF5A 1GB3A 1J1XY 2B5ZA 3AB6A 3E3DA 3ULRA 1OUHA 1IOSA 1LJNA 2ZNXY 2XTHA 1TAYA 2PC2A 3FI7A 3IJVA 3LYMA 2IHLA 3AZ4A 193LA 2DQAA 1LZ5A 4Z3MA 1WQPA 2BLXA 2HEAA 4CHXA 4D9ZA 1LJEA 3A3RX 4H8YA 1OUFA 1OUEA 4HJVA 1XSFA 3OJPA 5C6JA 1GF3A 5L3IA 1HFZA 1LOZA 1RFPA 3AGGG 132LA 3LYTA 4ETEA 3WUMA 4B4IA 2G4PA 3WPKA 2DBTA 3WU8A 2DQHY 1LAAA 4J1BA 4NHIA 3W6BA 1YAMA 2I25L 3TXBA 1LCNA 4NY5A 4H9HA 1LJJA 4YF2A 2LYOA 3CSRA 3N9CA 3GXRA 1GBWA 1KXYA 4QEQA 4NGOA 1I56A 1GE0A 4DWXA 4XADA 2A7FA 1LSMA 3A91A 1HEQA 4LYCA 1NWGA 1ZV5L 1GFAA 1AM7A 2MEHA 4GCCA 1LYYA 2H9KA 4NHSA 2DQCY 4N1EI 4LYMA 3RZ4A 1GB6A 1V7TA 1LKSA 2LZTA 1H87A 3ATOA 1UICA 4NSGA 3WH1A 4NSJA 9LYZA 4DD7A 5LA5A 1LZ1A 4WM2A 4LT3A 4NGZA 1C46A 5KXXA 4NWHA 1LYSA 1UIEA 4N8ZA 2EIZC 5FELA 4GCBA 2YBMA 1GFRA 4NGVA 5LVIA 1GBXA 5KY1A 1UIHA 4WG7A 1GFTA 3EXDA 5LINA 1OUCA 4XJDA 1H6MA 2ZNWY 5KXWA 3WULA 4QY9A 4HTNA 2MEEA 1LZ8A 3AGHA 1IWWA 1CJ9A 1G7HC 5D5FA 5I4YA 1YAOA 5KXYA 3WMKA 1BGIA 2XJWA 4A7DA 4LGKA 4J1AA 4I8SA 1TBYA 1WVUA 3GXKA 1IO5A 3IJUA 5APDA 1OUBA 3A93A 3A90A 1LSCA 1F0WA 3A6BY 4NFVA 4DD0A 1FDLY 1SQ2L 5LVGA 1G7MC 2ZIJA 4H9FA 4HJYA 3M18B 1T6VL 3WU9A 4C5FA 5DN5A 4FDYA 5KKIA 1YQVY 1DI4A 5KXTA 1KXWA 3CT0A 1BB3A 2Z19A 4QDNA 3AW7A 4CFOA 1GBYA 3LHMA 4DDAA 2MEGA 2Q0MX 3WYHA 1BWIA 3TXHA 2XBSA 3WU7A 1GB0A 2W1LA 1JSFA 1G7JC 2BQAA 1J1OY 1WTMA 3OK0A 1HMLA 2EQLA 2MEAA 4YEOA 1KXXA 5F14A 2DQEY 3LYZA 5FHWA 1IP1A 4M4OA 2F4GA 3B0OA 3HFMY 2I6ZA 5F9UA 1DZBX 4LYZA 5B07A 1OUDA 5F9XA 1DXJA 153LA 1IWVA 4DD9A 4YM8A 2BAAA 3T6UA 4XJHA 1IOQA 1V7SA 3LN2A 4WM1A 1ZVHL 1MLCE 1LSFA 4NHQA 4RLMA 4N1CC 1GFGA 4CGEA 4XYYA 1IEEA 2BQOA 4XJGA 1UUZC 1DI3A 3W6AA 2Z12A 5APEA 2GV0A 2W1MA 1I20A 1LMTA 1GF0A 4NSHA 4Z41A 4X3BA 1LMPA 1BVXA 4XENA 3AZ6A 5I4XA 4XJBA 1INUA 1LKRA 1LHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ARPA 1CJ8A 1GD6A 1LYZA 3QNGA 5APFA 1DYDA 4RW2A 5I4WA 1LLHA 1JWRA 4ARMA 1XEKA 2MEDA 1GWDA 3WXUA 1TCYA 2B6XA 1YAPA 1L94A 4S0WA 4MCKA 1L50A 233LA 5IDDA 3SBAA 1WQRA 2NTGA 2BQDA 1LJ3A 1NHBA 1PS5A 173LA 1HSWA 5KXSA 1B7QA 1YILA 3G3VA 4DD1A 4NEBA 4EXMA 3TXDA 1IP7A 2YBHA 4GBRB 1LJGA 3OE9A 1GE1A 238LA 1I6SA 1L30A 2RSCA 1KY1A 4J0LA 5L9JA 2YDGA 4AXTA 3HT7A 1L01A 1RE2A 1P5CA 1C6MA 4L41A 5EBHA 1CKGA 1B7RA 4WM5A 3BKVA 4LFPA 104LA 4OWAA 3TMUA 3UONA 1L06A 3DKEX 4B0DA 1GBZA 1CKHA 154LA 1G0JA 5LXWA 1C45A 1L25A 2B74A 2BQMA 1IP3A 1QUTA 4UWVA 1L14A 3HBHA 3GUKA 4QGZA 1HFXA 195LA 4PGJB 3W6CA 4ETCA 1YIKA 1QTKA 2HEEA 3HDEA 1CV6A 1B7PA 216LA 4TTDA 1C69A 1LZAA 1UIAA 1P37A 1LZYA 1QS9A 2HUBA 1JKDA 2DKVA 5D5CA 1LWGA 1CU5A 1NHEA 1FKVA 1LHLA 4UWNA 4W58A 1GE3A 2RBPA 1SWYA 1G7IC 1VFBC 2X0AA 2IGCA 2F4AA 3TMXA 3WW5A 1UBZA 1CKFA 1GDWA 1L09A 1QUGA 1PQJA 2B6ZA 5FCPA 128LA 1GF4A 1DPXA 1QT5A 3AYQA 5F16A 1B5YA 1REYA 4UWUA 1L32A 4NHPA 113LA 3WPJA 1CU6A 252LA 2YVBA 1QSWA 1WTHA 2Z37A 2DQDY 2OE4X 3HH3A 3V2WA 4RW1A 1F6SA 3KAMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AGA A;  5I54 A;  1CJ8 A;  4N0J A;  5C6L A;  2CWI A;  1GD6 A;  3QE8 A;  1LYZ A;  1JKA A;  1LHH A;  5C6I A;  3QNG A;  3WVX A;  5APF A;  4RW2 A;  4WL7 A;  5A3E A;  4OWC A;  2DQJ Y;  5I4W A;  1LSE A;  1YKX X;  1JWR A;  2FBB A;  3P4Z A;  207L A;  1IC7 Y;  1OP9 B;  3A67 Y;  4P2E A;  4TWS A;  1WQN A;  4G49 A;  4IAT A;  1XEK A;  4DDC A;  4CJ2 A;  5KJ9 A;  1GFE A;  1ZVY B;  3QY4 A;  4DC4 A;  1RJC B;  2MED A;  1LZE A;  1LZG A;  1OQM A;  1GWD A;  1GFV A;  3A3Q A;  1TCY A;  2YBJ A;  3WXU A;  5IHG A;  1LJH A;  1YAP A;  1XGQ C;  4MCK A;  1B0D A;  3A94 A;  2HEB A;  1XEJ A;  2ZIL A;  1UIG A;  2ZYP A;  5KXP A;  1FLU A;  5IDD A;  4MST A;  1GB5 A;  1WQR A;  4IAS A;  4W96 A;  133L A;  1AKI A;  1YL0 X;  1LHJ A;  4G4B A;  4ET9 A;  1IY4 A;  4H9E A;  5B1G A;  4Z46 A;  1IWX A;  4H9B A;  4GCE A;  1IX0 A;  4EOF A;  1VDP A;  1LJ3 A;  2BQD A;  3A95 A;  1PS5 A;  5I53 A;  5LAF A;  1OUG A;  1HF4 A;  1NQI A;  4ANR A;  1HSW A;  5KXS A;  4FJR A;  1YRO A;  1A2Y C;  1AT5 A;  1C7P A;  1F6R A;  1WQQ A;  2EPE A;  1WQO A;  1B7Q A; 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 1OUC A;  4XJD A;  1H6M A;  2ZNW Y;  5KXW A;  3WUL A;  4QY9 A;  4HTN A;  2MEE A;  1LZ8 A;  3AGH A;  1IWW A;  1CJ9 A;  1G7H C;  5D5F A;  5I4Y A;  1YAO A;  5KXY A;  3WMK A;  1BGI A;  2XJW A;  4A7D A;  4LGK A;  4J1A A;  4I8S A;  1TBY A;  1WVU A;  3GXK A;  1IO5 A;  3IJU A;  5APD A;  1OUB A;  3A93 A;  3A90 A;  1LSC A;  1F0W A;  3A6B Y;  4NFV A;  4DD0 A;  1FDL Y;  1SQ2 L;  5LVG A;  1G7M C;  2ZIJ A;  4H9F A;  4HJY A;  3M18 B;  1T6V L;  3WU9 A;  4C5F A;  5DN5 A;  4FDY A;  5KKI A;  1YQV Y;  1DI4 A;  5KXT A;  1KXW A;  3CT0 A;  1BB3 A;  2Z19 A;  4QDN A;  3AW7 A;  4CFO A;  1GBY A;  3LHM A;  4DDA A;  2MEG A;  2Q0M X;  3WYH A;  1BWI A;  3TXH A;  2XBS A;  3WU7 A;  1GB0 A;  2W1L A;  1JSF A;  1G7J C;  2BQA A;  1J1O Y;  1WTM A;  3OK0 A;  1HML A;  2EQL A;  2MEA A;  4YEO A;  1KXX A;  5F14 A;  2DQE Y;  3LYZ A;  5FHW A;  1IP1 A;  4M4O A;  2F4G A;  3B0O A;  3HFM Y;  2I6Z A;  5F9U A;  1DZB X;  4LYZ A;  5B07 A;  1OUD A;  5F9X A;  1DXJ A;  153L A;  1IWV A;  4DD9 A;  4YM8 A;  2BAA A;  3T6U A;  4XJH A;  1IOQ A;  1V7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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