1LKSA

Hen egg white lysozyme nitrate
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structures of monoclinic lysozyme iodide at 1.6 A and of triclinic lysozyme nitrate at 1.1 A.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lksA00
4LYTA 3CT0A 4YF2A 5F81A 4G49A 1IEEA 3WU8A 1INUA 1NKHA 2BQJA 1LHMA 1B5YA 1KIRC 1JJ3A 3WPKA 4R0FA 3A34A 2DQEY 1N4FA 5FSTA 2ZWBA 1VDTA 1LJJA 2HECA 1WQNA 1IOQA 2FBDA 4L41A 1JWRA 2YDGA 3ZVQA 1JTTL 2D4IA 4OWCA 1TCYA 4H94A 2MEFA 1GPQC 1G7HC 1UA6Y 5DM9A 1WVVA 2HEEA 5LXWA 1IWUA 1DKKA 5EBHA 4DYGA 4FJRA 132LA 2YBNA 4OW1A 1GE4A 1ZV5L 1REXA 1B7OA 1CJ7A 1JEFA 2B5ZA 4NGKA 4YM8A 5KXMA 3RZ4A 4MCKA 3AGHA 1T6VL 2D4KA 1LZ1A 1VATA 3IJUA 1GFRA 2CJLA 1C7PA 2ZQ4A 4KT3A 5C6IA 3WW5A 2HU1A 3CQLA 5LAFA 2Z12A 1B7RA 3CSQA 4XJFA 1HC0A 4H8ZA 1DKJA 2ZILA 4ET8A 5KXXA 1OUDA 5I53A 3A8ZA 1FDLY 1IORA 4LYOA 4WM3A 1IWWA 1E8LA 4NGYA 4QEQA 4KL7A 5FELA 1LZCA 2YSSC 4WG7A 4C3WA 1LHJA 1FKVA 4M4OA 4G4HA 1DPWA 4WM4A 1OP9B 4H9EA 1HF4A 4WL6A 4PPOA 2BQNA 4Z41A 1IR8A 2YBHA 1VEDA 1C10A 1YQVY 1CKGA 1HSWA 3WPJA 4A7DA 4DD2A 1B5XA 2BQBA 3A3RX 5M1YA 4XJBA 4HTKA 4NSJA 3EO5A 1B5VA 3G3AB 3W6AA 1RE2A 1AZFA 3WXTA 1D6PA 2DKVA 1B7SA 3GXRA 4H1PA 1B5WA 1NHEA 1DI3A 2VB1A 1UIAA 1YKZX 2LYMA 4KPMA 4NWHA 1GFEA 1REMA 4YENA 1QSAA 1YAQA 2BQEA 4H8XA 4LFPA 5B59A 4WO9A 2H9KA 1HEQA 2G4NA 2MEEA 5HMJA 1LCNA 1BGIA 1XEJA 3CSRA 4H9BA 4UWVA 4LT1A 4WL7A 4P2EA 1IP1A 4G9SA 2HEBA 2A7DA 3CT1A 4HTQA 4TUNA 2LZTA 1LKSA 1UICA 4NGLA 2HU3A 1EQ4A 1OUFA 1G7JC 2HEAA 5DLAA 1NBYC 4ZEEA 1UBZA 1KIPC 1ALCA 1BB7A 1LYYA 2W1LA 4FDYA 4B4JA 2BQFA 1WQQA 2DQDY 3A95A 2GV0A 4ETDA 1LMPA 1IO5A 3TMWA 4W94A 1IVMA 2FYDA 5LVHA 5LVGA 2IFFY 1IY3A 1KXXA 5FDJA 2YBLA 1LZ8A 1WTNA 135LA 1B7PA 1C45A 1DPXA 1LMTA 2BQAA 3W6FA 1IWTA 2MEGA 4RLNA 3ATOA 4LT0A 3AJNA 4H9AA 1GB9A 2Z2EA 4NHQA 5B07A 6LYTA 3TXFA 4Z46A 2Y8PA 3WUNA 3LYMA 1TBYA 5FEKA 1HELA 1G7MC 4LT2A 1LTMA 4NFVA 1IOCA 4B1AA 5KXWA 1JIYA 1W08A 5HLLA 2YBIA 1BWJA 1LZAA 2Z39A 5KXTA 1GE0A 1XGPC 5KXZA 4EMNA 1BB6A 1IWZA 1HEMA 3A67Y 3IJVA 3T6UA 1LZRA 4GCBA 2X0AA 4LYBA 1IP5A 2W1MA 2H5ZA 1GF0A 1GFAA 1LHKA 4DD0A 3EXDA 3WYHA 1IP3A 2NWDX 1LKRA 2BQLA 4RW2A 1IOTA 4NHTA 2BQHA 4G4BA 2DQCY 3A6BY 4WM5A 4H92A 3KAMA 1GFUA 1WQOA 3AZ6A 2MEHA 2F2NA 3A90A 3AGGG 1YKXX 1FBIX 1QUTA 1KXYA 1TDYA 3B0IA 2LYOA 1LZSA 4XADA 1JKCA 4WLTA 3AZ5A 1D6QA 1IP6A 1LZ9A 3IWRA 5KXNA 1DI5A 1GBOA 3A93A 4C5FA 1B7NA 4DWXA 1BB5A 1HFXA 4N1EI 2YBMA 1A4VA 4HJZA 2EIZC 1JISA 4B0DA 5HNCA 1OUEA 2XTHA 4XENA 3ZEKA 5KXYA 1HERA 1FLUA 2F4GA 4CHXA 4RDSA 2D91A 5IHGA 3TMXA 1WVUA 3LYTA 1G7LC 4M6DA 5AMYA 1B5UA 1VDPA 3GXKA 4XJDA 1XSFA 4LYCA 2D6BA 5LVIA 3WMKA 2BAAA 5L3HA 4TSCA 1VDQA 1YAMA 1LSEA 3SP3A 1JKDA 4YEMA 1YKYX 1IP4A 3TXEA 4N9RA 1JKBA 1HENA 3LN2A 1GE1A 1J1PY 4D9ZA 1GB2A 4DD7A 3A96A 4GLVA 2MECA 1EQEA 1LZTA 1JJ1A 3CB7A 3P66A 2ZIKA 1LYOA 1RJCB 1NQIA 2AUBA 3TMUA 1LZEA 4ETCA 1LJIA 4BAPA 4OWEA 3D3DA 1JSEA 4XYYA 5KJ9A 4H90A 4UWNA 2Z37A 4WM6A 1AKIA 1LJKA 1KIQC 8LYZA 3FE0A 1IIZA 5F14A 1GB3A 1GB7A 1XGTC 4GN4A 1B5ZA 1LSFA 5HMVA 3WUAA 2BLXA 2BQOA 3B0OA 1IR9A 4H9HA 3W6BA 4Z3MA 4BS7A 1LJ4A 1O23A 3B6LA 5F16A 2HUBA 3OJPA 4PJ2C 1GF5A 1LSYA 2CGIA 3WH1A 1LMQA 1GE3A 5DN4A 3B0KA 4DDAA 2HEFA 1LZGA 4ANRA 4LGKA 1PS5A 3N9CA 1HMKA 2EPEA 4CFPA 1DI4A 5I4XA 3RU5A 5I4YA 1GF7A 1GEVA 1LSCA 1GB5A 1MLCE 1WQPA 1LZ5A 5JENB 5ILCA 2I6ZA 1JKAA 4HV1A 4WG1A 1F10A 2BQGA 2MEIA 1I1ZA 1LJNA 4LT3A 4PHIA 1GBWA 1QDTA 1YANA 3P4ZA 1CJ6A 1LMOA 5K7OA 4HPEA 1GBSA 1GF3A 5HQ1A 5I4WA 1XGRC 4MSTA 3K3TA 1LSGA 1IR7A 4H9IA 3WL2A 1YROA 1UIEA 1JTPL 2A7FA 4OWAA 4ETEA 1UIHA 3OK0A 1A2YC 1UIBA 3N9AA 1IWYA 4LYZA 5KXOA 1YAPA 2DQIY 1BQLY 5LINA 2XBRA 1HFZA 1LSPA 2FYCA 1QQYA 4YOPA 1JPOA 1HEPA 5B06A 1JSFA 9LYZA 4H9FA 5L9JA 2IHLA 5T3FA 3WVXA 4NGIA 1FN5A 4BADA 1LSZA 4UWUA 4LYMA 1QTEA 5LA8A 4TTDA 2ZIJA 1YAOA 1CKCA 3RNXA 1IP2A 4WLXA 2F30A 5ILFA 4H9CA 2Z19A 1F6SA 1HNLA 1W6ZA 4PGJB 5KXSA 2ZNXY 5IELA 3F6ZA 5F9XA 5LVKA 4N8ZA 5DN5A 3W6DA 1IC4Y 3ZVQB 208LA 3P65A 4N1CC 4GCEA 1OUCA 1TEWA 1LSBA 2LZ2A 2FBBA 1DXJA 3HBHA 4B4EA 4H93A 1LSMA 1CKHA 4WLDA 5APDA 1LYSA 2CWIA 4I0CA 3A91A 1LOZA 3QE8A 5LYZA 3W3EA 4Z98A 2F4AA 2N5ZA 3CSZA 1GEZA 1GHLA 1GF6A 5D5CA 1GBZA 7LYZA 4HTNA 1SLYA 4XJIA 1LZ4A 1JUGA 2ZYCA 3TXIA 4EOFA 1UCOA 4NGVA 1LZBA 154LA 4YEOA 5C6JA 1OUHA 5C6LA 3E3DA 1FLQA 4RLMA 4B4IA 1HEWA 3VWOA 1TAYA 4X3BA 4J1BA 3TXKA 5LYMA 133LA 1UC0A 5KXLA 1NDGC 2YVBA 1H87A 3BKHA 3P64A 1REZA 2PC2A 1CKFA 2G4PA 5D5FA 1PZYA 4HPIA 4IJ4A 1LHHA 1MELL 2G4QA 4ETBA 1BVXA 1LJ3A 4KXIA 1OUGA 2HEDA 1BB4A 4DD1A 4OOTA 1GD6A 4OOOA 4WOAA 1QDRA 1LYZA 3AW6A 5LIOA 4NGOA 4LFXA 1LZ6A 3WUMA 4NGZA 3P68A 4U3XB 1BWIA 5DL9A 5APFA 5L3IA 1XGQC 1YL0X 1GB0A 6LYZA 1CNSA 1IOSA 5B1GA 1J1XY 2Z38A 5KY1A 4QDNA 5LA5A 1FLWA 3EBAB 1GFGA 134LA 1VFBC 2DQHY 1C46A 2I26L 4QGZA 1WTMA 2I25L 4CFOA 1IY4A 1HFYA 5KXPA 3A6CY 4J7VA 4TX7A 1LPIA 4NGJA 1QUSA 3QNGA 5A3EA 1VAUA 2C8PA 3ULRA 4B49A 1BHZA 2DQAA 1GFTA 3EMSA 4NSGA 5FCPA 1VDSA 1UIDA 5HNLA 3W6CA 4NG1A 3W6EA 1GE2A 4CGEA 1GF8A 5KKJA 3AZ4A 2BQIA 3J4GA 1CKDA 1LMCA 4ZFPA 4TSBA 1KXWA 4HJYA 2ZYPA 3LHMA 2LYZA 3D9AC 2XJWA 4NHPA 1RFPA 3ATNA 5J7CA 1LJGA 1GFHA 3A3QA 2Q0MX 2ZQ3A 1WQMA 3A94A 3LYZA 3QY4A 1NDMC 207LA 5B1FA 4GCDA 1T3PA 1V7TA 1P2CC 4H8YA 1UUZC 4WM1A 1EL1A 1OUAA 3AYQA 5I54A 1IC5Y 3AGIA 1CJ9A 4HP0A 1OUIA 1GXV2 1IWXA 1WQRA 2HTXA 1FKQA 1GAYA 4NEBA 2DBTA 1LSDA 3G3BB 4HJVA 2Z18A 4NG8A 1GFVA 1HMLA 4DD3A 5KXRA 1LZYA 4ET9A 1BB3A 3TXJA 1LJHA 4IASA 4OWHA 2MEDA 4PRQA 1IP7A 3M3UA 4NSHA 1GDWA 1LAAA 1IC7Y 4RW1A 4DDCA 1GAZA 1GF4A 1NF5A 1GB6A 1UIGA 4QY9A 2W1YA 1D0KA 1LSAA 194LA 2ZNWY 5LYTA 5KKIA 4IATA 1NWGA 1GWDA 1OUJA 4H91A 1OUBA 2W1XA 1JHLA 1F0WA 4GLAA 5KXKA 1Z55A 1LZDA 1GBYA 1OQMA 1JJ0A 1NMMA 2MEBA 2LHMA 1NBZC 1ZMYL 3J6KA 2YBJA 1XGUC 4WLYA 1YIKA 4XJGA 1I56A 4XJHA 3T36A 1IWVA 5IDDA 4NHIA 1RI8B 1GBXA 4NSIA 3WVYA 1IX0A 1ZVYB 3N9EA 4NIJA 1D0LA 3AW7A 5E9RA 1LJEA 1V7SA 1HEOA 4DD9A 4DDBA 1B7QA 4TWSA 1GFJA 4N0JA 4NY5A 3WU9A 4NWEA 1J1OY 3CT5A 4XN6A 1D9UA 1B7MA 3TXGA 4DC4A 4BAFA 1DQJC 4WO6A 1QTKA 4E3UA 5II3A 2BLYA 5I5QA 3WW6A 5A3ZA 3AB6A 2H9JA 4AGAA 3RW8A 2BQMA 1C08C 4WMGA 3LZTA 1HSXA 1REYA 1XEKA 1XFPL 2BQDA 1QSWA 1C43A 1JTOL 1AM7A 4O34A 3RT5X 1YL1X 1HHLA 1SQ2L 4HSFA 1LJFA 1UIFA 2CDSA 2DQJY 1QIOA 1I20A 4DT3A 3AZ7A 3LZ2A 5APEA 1UACY 1XEIA 3HFMY 5LAGA 1B9OA 1LHLA 3HBDA 4GN5C 4J0LA 1BVKC 4MR1A 4II8A 1ZVHL 2WARA 4NGWA 1LSNA 3M18B 3BKVA 1GDXA 1LZNA 4N5RA 4ZIXA 2D4JA 1B7LA 1YILA 2DQGY 1FLYA 193LA 1GB8A 1LMNA 5E4PA 3TXDA 2Z2FA 4W96A 4AXTA 4ETAA 153LA 2BQCA 3HBEX 3LYOA 1AT5A 4CJ2A 1GXXA 4I8SA 3TXHA 5FHWA 1JITA 3WPLA 5LVJA 1GFKA 1LMAA 2C8OA 3MGWA 4ML7A 2BPUA 4WM2A 3A92A 3FI7A 4GN3A 4J1AA 1RCMA 3TXBA 3WU7A 1B0DA 1BWHA 1EQ5A 1D0MA 1G7IC 4R6CA 5APCA 1CJ8A 3B72A 1B2KA 2EQLA 1F6RA 4GCFA 2DQFC 4HV2A 1DZBX 4GCCA 3WULA 4PRUA 1H6MA 2MEAA 2RSCA 3WXUA 1GF9A 4OWBA 2EKSC 4NHSA 5B05A 2XBSA 1AT6A 3TMVA 4LZTA 5F9UA 1LHIA 2BQKA 4G4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CT0A 4YF2A 5F81A 4G49A 3SB6A 1N4FA 2HECA 1WQNA 3GUOA 3ZVQA 1L02A 1L60A 1SSYA 4OWCA 2QB0B 4H94A 1JTMA 1D3MA 1L69A 1L61A 1CJ7A 4YM8A 3RZ4A 1T6VL 2D4KA 196LA 3WW5A 139LA 3CSQA 4ET8A 1OUDA 3DNAA 1T97A 1IORA 3C80A 1L46A 1LZCA 4M4OA 4G4HA 4I7NA 4WM4A 1HF4A 4PPOA 245LA 1C10A 1CKGA 1B5XA 3A3RX 4NSJA 3EO5A 3G3AB 1RE2A 1D6PA 1C6BA 1KNIA 198LA 1NHEA 1L76A 2VB1A 4KPMA 2LYMA 1JQUA 4NWHA 4H8XA 5HMJA 3G3XA 4I7QA 129LA 4LT1A 4P2EA 4DJHA 128LA 197LA 3CT1A 4TUNA 4WM1A 4GRVA 4ZEEA 1KIPC 1ALCA 2W1LA 1L19A 3TMWA 4W94A 5LVHA 1LPYA 5FDJA 2YBLA 1LZ8A 1B7PA 3W6FA 1C6HA 1G7MC 4LT2A 1LYJA 1W08A 3DKEX 1LZAA 1XGPC 1BB6A 1L20A 3CDOA 2X0AA 1L64A 4OO9A 1IP5A 1LHKA 1IP3A 3CDVA 2BQHA 4G4BA 3A6BY 254LA 2MEHA 2B75A 2CUUA 1FBIX 125LA 1LZSA 4WLTA 3AZ5A 234LA 3IWRA 4C5FA 1B7NA 4HJZA 1JISA 3C8SA 2XTHA 4XENA 1FLUA 3C83A 4RDSA 5IHGA 1WVUA 2F47A 4W58A 1L36A 1VDPA 1L14A 4PK0A 5LVIA 1YAMA 1JKDA 4YEMA 1G1VA 152LA 1L77A 4N9RA 2O4WA 3C8QA 4GLVA 1L86A 3P66A 1EQEA 190LA 246LA 1LYOA 3DMVA 3DN6A 1JSEA 3DN4A 1AKIA 1KIQC 1B5ZA 5HMVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LYT A;  3CT0 A;  4YF2 A;  5F81 A;  4G49 A;  1IEE A;  3WU8 A;  1INU A;  1NKH A;  2BQJ A;  1LHM A;  1B5Y A;  1KIR C;  1JJ3 A;  3WPK A;  4R0F A;  3A34 A;  2DQE Y;  1N4F A;  5FST A;  2ZWB A;  1VDT A;  1LJJ A;  2HEC A;  1WQN A;  1IOQ A;  2FBD A;  4L41 A;  1JWR A;  2YDG A;  3ZVQ A;  1JTT L;  2D4I A;  4OWC A;  1TCY A;  4H94 A;  2MEF A;  1GPQ C;  1G7H C;  1UA6 Y;  5DM9 A;  1WVV A;  2HEE A;  5LXW A;  1IWU A;  1DKK A;  5EBH A;  4DYG A;  4FJR A;  132L A;  2YBN A;  4OW1 A;  1GE4 A;  1ZV5 L;  1REX A;  1B7O A;  1CJ7 A;  1JEF A;  2B5Z A;  4NGK A;  4YM8 A;  5KXM A;  3RZ4 A;  4MCK A;  3AGH A;  1T6V L;  2D4K A;  1LZ1 A;  1VAT A;  3IJU A;  1GFR A;  2CJL A;  1C7P A;  2ZQ4 A;  4KT3 A;  5C6I A;  3WW5 A;  2HU1 A;  3CQL A;  5LAF A;  2Z12 A;  1B7R A;  3CSQ A;  4XJF A;  1HC0 A;  4H8Z A;  1DKJ A;  2ZIL A;  4ET8 A;  5KXX A;  1OUD A;  5I53 A;  3A8Z A;  1FDL Y;  1IOR A;  4LYO A;  4WM3 A;  1IWW A;  1E8L A;  4NGY A;  4QEQ A;  4KL7 A;  5FEL A;  1LZC A;  2YSS C;  4WG7 A;  4C3W A;  1LHJ A;  1FKV A;  4M4O A;  4G4H A;  1DPW A; 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 3CT5 A;  4XN6 A;  1D9U A;  1B7M A;  3TXG A;  4DC4 A;  4BAF A;  1DQJ C;  4WO6 A;  1QTK A;  4E3U A;  5II3 A;  2BLY A;  5I5Q A;  3WW6 A;  5A3Z A;  3AB6 A;  2H9J A;  4AGA A;  3RW8 A;  2BQM A;  1C08 C;  4WMG A;  3LZT A;  1HSX A;  1REY A;  1XEK A;  1XFP L;  2BQD A;  1QSW A;  1C43 A;  1JTO L;  1AM7 A;  4O34 A;  3RT5 X;  1YL1 X;  1HHL A;  1SQ2 L;  4HSF A;  1LJF A;  1UIF A;  2CDS A;  2DQJ Y;  1QIO A;  1I20 A;  4DT3 A;  3AZ7 A;  3LZ2 A;  5APE A;  1UAC Y;  1XEI A;  3HFM Y;  5LAG A;  1B9O A;  1LHL A;  3HBD A;  4GN5 C;  4J0L A;  1BVK C;  4MR1 A;  4II8 A;  1ZVH L;  2WAR A;  4NGW A;  1LSN A;  3M18 B;  3BKV A;  1GDX A;  1LZN A;  4N5R A;  4ZIX A;  2D4J A;  1B7L A;  1YIL A;  2DQG Y;  1FLY A;  193L A;  1GB8 A;  1LMN A;  5E4P A;  3TXD A;  2Z2F A;  4W96 A;  4AXT A;  4ETA A;  153L A;  2BQC A;  3HBE X;  3LYO A;  1AT5 A;  4CJ2 A;  1GXX A;  4I8S A;  3TXH A;  5FHW A;  1JIT A;  3WPL A;  5LVJ A;  1GFK A;  1LMA A;  2C8O A;  3MGW A;  4ML7 A;  2BPU A;  4WM2 A;  3A92 A;  3FI7 A;  4GN3 A;  4J1A A;  1RCM A;  3TXB A;  3WU7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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