5KY1A

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 10
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
129
structure length
126
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGLQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Isomerase
source organism Gallus gallus
total genus 60
structure length 126
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5ky1A00
1IC5Y 1LZYA 4LT1A 1DXJA 5F14A 4ZIXA 1VDQA 1LZSA 1BB4A 5II3A 1LJNA 1YKZX 1GPQC 4YEOA 2BPUA 7LYZA 1GEZA 1IP6A 1NMMA 2I26L 5KJ9A 1NKHA 2D6BA 1D0MA 1HERA 2DQGY 1GFEA 2I25L 1LZBA 1F6SA 2DQIY 1BB6A 133LA 1QQYA 1GE2A 1VDSA 4WG1A 4M6DA 4WO9A 2MEDA 1JJ1A 3T6UA 2BAAA 4HPEA 5E4PA 1CJ9A 3MGWA 3TMUA 5A3ZA 153LA 132LA 2HU1A 1C7PA 1LSYA 1GDWA 2DQDY 4NGLA 4WLDA 2EIZC 1HELA 5ILFA 5FEKA 1JTTL 3A3QA 3LZ2A 1JSEA 3RNXA 3LN2A 4WLXA 1GFTA 3EMSA 1LZGA 3J4GA 4GN5C 4X3BA 1BHZA 1OQMA 4EMNA 1UUZC 3W6EA 1IOSA 4E3UA 5LAFA 1LJGA 1WVVA 3ATOA 3B72A 4N1CC 1HSXA 1LYZA 5L3IA 4WL6A 3B0KA 2LYOA 2N5ZA 4M4OA 4RW1A 1HEOA 1D6QA 1IP2A 1TEWA 3W6BA 4H94A 1OP9B 1QSWA 4WL7A 4ETCA 1DPXA 1QTKA 1O23A 1TBYA 1GF6A 1G7IC 1C43A 1GB3A 4MR1A 4LYZA 3ZVQB 4ET9A 1GFVA 1LJJA 5FCPA 4DD7A 4I0CA 3TXBA 4OWCA 2I6ZA 3WL2A 4CFOA 4WM3A 1JIYA 1WTMA 1LYOA 1MLCE 1T3PA 1GXV2 4HV2A 5KXPA 1GB2A 1XGUC 1IWWA 1WQOA 1JKDA 4GLAA 4LT0A 2BLYA 1B5YA 2MEGA 2H9KA 2YBIA 4NHIA 2PC2A 1V7TA 1XEJA 4HTNA 4GN3A 1FKVA 4NGJA 1LSZA 1YAPA 1LKSA 4HJVA 1IP3A 4QEQA 2ZWBA 1XEKA 2BQGA 1BWIA 5IELA 1GFJA 3BKVA 3WUMA 1PZYA 4A7DA 1JKBA 1XSFA 1JTPL 5B1FA 1QIOA 1VEDA 4IJ4A 1XEIA 4LGKA 5HQ1A 1BQLY 1LSEA 5LVHA 1CKDA 1EQEA 1GF4A 1GDXA 1YKYX 1LPIA 4HP0A 3TXHA 2Z18A 2A7DA 4PHIA 2GV0A 1AT6A 5K7OA 1GF5A 2DQCY 4GCEA 1JISA 4XJDA 1GB7A 1LHLA 1YIKA 2BQCA 1GD6A 1B7OA 3B0IA 3M18B 3P66A 2ZYCA 1B5VA 4XJIA 4G4CA 3AGGG 5KKIA 3AW7A 5KXXA 4OWAA 5HMJA 5KXYA 4MCKA 3FE0A 1I20A 3P65A 1EQ5A 4NSIA 4H9FA 5L3HA 1ZMYL 4XYYA 2MEHA 4H9IA 5LA5A 4HTKA 2LZ2A 3AJNA 3HBDA 1GHLA 2YDGA 3N9EA 4EOFA 3WVXA 1GFRA 5DLAA 2MEBA 1CJ6A 6LYTA 4GLVA 4NSJA 3WPKA 1LMNA 1GFHA 2CJLA 4G4BA 1JSFA 1FBIX 2Y8PA 1CKFA 1J1OY 5DM9A 1H6MA 1B7RA 2DQEY 2Z12A 4HV1A 135LA 1YL1X 2EQLA 1V7SA 3LYMA 1IP5A 1H87A 1HSWA 2BQBA 2DQAA 3QE8A 4J1AA 4MSTA 5KXKA 1UACY 3SP3A 4XJHA 2LHMA 4NHSA 4NGIA 1QUSA 4WM6A 5KXMA 1B5ZA 1WQQA 5KXZA 3TXDA 4IATA 4B4EA 1IWYA 1OUDA 3ATNA 1GXXA 3CSQA 4PRQA 4HTQA 4L41A 3N9CA 4UWVA 4YM8A 2Z2EA 1UICA 2FBDA 2F30A 1B7NA 1G7JC 5LYMA 4UWNA 2C8PA 4NHPA 5LVKA 4NSHA 4XJBA 4B1AA 2ZNWY 1UIDA 4PRUA 4WM1A 5I4WA 1OUCA 1LJIA 4YEMA 1ZVYB 1C46A 1N4FA 1VFBC 1Z55A 1IWXA 1TDYA 1JPOA 1BVXA 3WPLA 5LINA 1EQ4A 1QDRA 1CKGA 3A67Y 3E3DA 1C45A 1VATA 2YBJA 1UIHA 1XGPC 4KPMA 1A2YC 1GAZA 5FDJA 1HFZA 2MEEA 3CB7A 2F2NA 4QGZA 1GEVA 3B6LA 1BWJA 1D0KA 1LHKA 2DKVA 4H93A 5D5FA 2CWIA 5LYZA 4B0DA 1A4VA 1LSNA 1OUIA 3WMKA 3W6FA 1T6VL 3CQLA 1LZ4A 4WM5A 2DQJY 3FI7A 1LZTA 1YROA 4DWXA 4QDNA 3D9AC 4DD2A 2W1MA 5DN5A 5T3FA 1LHMA 2HUBA 1VDPA 1HMLA 5LA8A 3M3UA 4OWHA 1LMQA 1INUA 1FLQA 1REYA 3QY4A 4DDAA 5D5CA 6LYZA 1GE1A 1G7MC 1UIEA 1GE0A 4OOTA 3WW5A 3A6BY 4G49A 4KL7A 3CT1A 1OUAA 1KXWA 3A34A 4WMGA 2NWDX 1RFPA 3AZ6A 3TMXA 4GN4A 1PS5A 1LSPA 1IR8A 1QSAA 2BQHA 5KXNA 4DD1A 3K3TA 1NBZC 5LIOA 1GE4A 1LJ4A 2A7FA 1BB5A 3AW6A 4G9SA 5APCA 1IOTA 1TCYA 1IWUA 1HNLA 2BQLA 2BQDA 4LZTA 4WM2A 4D9ZA 207LA 2ZYPA 3A91A 2HEAA 3W6AA 2AUBA 1UIBA 1YAOA 5B06A 2D4IA 193LA 5HNLA 2HEFA 2IFFY 3A96A 1G7HC 3TXIA 1DQJC 3HBHA 1LSCA 5KY1A 1HEQA 5DL9A 4B4JA 1RI8B 1XFPL 3F6ZA 3WXUA 5HLLA 4BAFA 9LYZA 2EKSC 3TXEA 1JEFA 2YBLA 194LA 1GF9A 1IP7A 4FDYA 2C8OA 1IWVA 2HEDA 3OJPA 4WG7A 1OUHA 3AGIA 4YOPA 4NGZA 3TMWA 5LYTA 4ZEEA 3N9AA 1NDGC 1HFYA 5C6JA 4ETDA 1G7LC 1WQRA 2HEEA 2W1LA 3AZ5A 4NGVA 2G4QA 4N8ZA 134LA 1IP4A 1SQ2L 3WYHA 1LSFA 4DYGA 1LMCA 4XADA 2BQKA 1HEMA 1JWRA 4TSCA 1XGRC 3GXRA 1GFKA 4AXTA 1TAYA 1IIZA 1LZ6A 2BQJA 4PJ2C 2LZTA 4GCDA 5I53A 4HSFA 5J7CA 2XBRA 2XBSA 3GXKA 4LT2A 4NIJA 1LYSA 2ZQ4A 3IWRA 1F0WA 1QDTA 1WQNA 2B5ZA 2BQEA 4OW1A 3EXDA 1HENA 1NBYC 2BQMA 2W1YA 3T36A 3AGHA 2D4JA 2XTHA 1UC0A 1BVKC 1J1PY 1GBYA 4CHXA 1JITA 4HPIA 1KIPC 3HBEX 2YBNA 4NGYA 5ILCA 2ZILA 2HECA 2FYDA 2CGIA 3AB6A 3B0OA 3IJUA 4Z46A 4TSBA 1FKQA 4LFXA 2MEFA 3VWOA 4O34A 1LZ5A 1LJHA 1DKKA 2DQFC 3QNGA 3WUAA 1LZ9A 3AZ4A 4DD3A 1DZBX 1WVUA 1I56A 1FDLY 1JJ0A 1W08A 1FLUA 1B2KA 1OUBA 4WM4A 5IDDA 4WLYA 4NY5A 3LHMA 1GF7A 4ML7A 4II8A 5IHGA 2ZNXY 2LYMA 1GB8A 2Z39A 1LSAA 3P68A 3P4ZA 1DI3A 4NG1A 4UWUA 4YF2A 2H5ZA 1XGQC 2MEAA 3LYOA 208LA 4U3XB 1GBXA 5FSTA 5LAGA 1ALCA 1LMTA 1C08C 3G3BB 4ANRA 4H9EA 4DD0A 1KXYA 2Z37A 1YAMA 1IC4Y 3J6KA 4XENA 1GWDA 1LJ3A 1LMAA 4IASA 5KXRA 1LHIA 5M1YA 4OWBA 4J7VA 1GFAA 2LYZA 3LYTA 4N9RA 4LYOA 8LYZA 2RSCA 5APDA 4CGEA 3RZ4A 1SLYA 5LVJA 1IEEA 1LSDA 4N1EI 4HJYA 1LZCA 1IR7A 5LVGA 1FLWA 1REZA 1B7LA 1FN5A 2EPEA 2X0AA 2DQHY 2YBHA 4H91A 1LZRA 4ETAA 1CJ7A 1LZDA 5B1GA 1NDMC 4HJZA 3A92A 1HF4A 1AKIA 4H8ZA 4NEBA 1LSMA 2YSSC 1GBSA 1NQIA 4XJFA 5APEA 3W3EA 1D0LA 4W96A 4H9HA 4KXIA 5L9JA 4R6CA 4LT3A 5KKJA 2MEIA 1BWHA 5A3EA 3CSZA 1DPWA 3P64A 4AGAA 1LJFA 4DT3A 3HFMY 3WULA 1NHEA 1YAQA 1E8LA 4R0FA 1OUFA 1KIQC 1B5WA 4TX7A 4KT3A 1IORA 4ET8A 2Q0MX 3LYZA 1C10A 2DBTA 4RLMA 5I54A 4H9BA 4DDCA 4B4IA 2FBBA 3KAMA 4BS7A 1B7QA 1UIAA 3CT5A 3IJVA 4H90A 1JUGA 5I5QA 1J1XY 4TUNA 1FLYA 3WPJA 1OUJA 4DC4A 2CDSA 5FELA 1HHLA 3A95A 1KXXA 4TWSA 5C6IA 3A6CY 1IOCA 3TXKA 5B05A 1WQMA 4N5RA 1JHLA 2BQNA 1B7PA 4GCFA 4LYCA 5EBHA 1VAUA 3CT0A 4PPOA 2Z19A 4BAPA 1D9UA 1REMA 3WW6A 3WXTA 3WU8A 4H9CA 1IP1A 4N0JA 4NSGA 4NHTA 3TXJA 1YQVY 3A94A 3RT5X 1JTOL 4I8SA 4NHQA 5B07A 1GF3A 4DDBA 1UA6Y 1IY3A 3G3AB 1IO5A 1IOQA 3EBAB 1HFXA 1LMOA 4TTDA 1REXA 2XJWA 5F16A 4LYBA 4ETBA 5I4XA 1GF8A 1LZEA 1ZVHL 2D91A 1IWTA 1LZAA 2HU3A 4NGWA 1B5UA 1IY4A 1GB5A 5KXSA 1GE3A 4DD9A 1UIGA 4RW2A 5I4YA 2ZIJA 4C5FA 1QTEA 1IR9A 5F81A 1WTNA 4C3WA 5DN4A 5C6LA 2HTXA 5B59A 1ZV5L 4YENA 3A8ZA 1BB3A 1CNSA 5E9RA 5AMYA 1LZ1A 1B7SA 4J0LA 1AM7A 1UBZA 1UCOA 5JENB 1LTMA 5LVIA 3TXFA 4PGJB 4WLTA 4BADA 1BB7A 1DKJA 1GBOA 1IVMA 1IX0A 1HEWA 1YKXX 1IC7Y 1D6PA 1F10A 1HC0A 1GF0A 3EO5A 1JKCA 3D3DA 3W6DA 154LA 3AZ7A 3WVYA 1QUTA 4LYTA 5FHWA 1WQPA 4G4HA 2Z2FA 1LZNA 1UIFA 4W94A 1GB0A 1OUGA 4Z41A 1OUEA 1HMKA 3TXGA 2IHLA 1VDTA 5KXLA 1RE2A 2Z38A 5HNCA 1AZFA 1CJ8A 1LSBA 1B5XA 3TMVA 2ZQ3A 1NWGA 5F9XA 3ZVQA 2BLXA 5APFA 1MELL 1LYYA 4QY9A 1GB6A 4ETEA 3WH1A 2D4KA 4CFPA 1YILA 3WUNA 4H9AA 2VB1A 3CSRA 3A93A 4H8YA 1F6RA 1GBZA 4WO6A 1GFUA 1I1ZA 1BGIA 4H92A 5KXTA 5KXOA 4NFVA 3RU5A 1LHJA 2BQFA 2BQOA 1LZ8A 2MECA 4RDSA 2G4PA 1GAYA 1LMPA 2F4AA 1IWZA 2HEBA 3A3RX 1DI4A 1NF5A 2YVBA 4LFPA 4NGOA 4H8XA 4XJGA 5HMVA 2BQIA 2FYCA 4GCBA 1CKHA 3BKHA 3ZEKA 5KXWA 2W1XA 1B9OA 1RJCB 1CKCA 2F4GA 4OOOA 5LXWA 2BQAA 4NG8A 4WOAA 1B7MA 4J1BA 1GB9A 1GFGA 1LAAA 3AYQA 4H1PA 4P2EA 4Z98A 3W6CA 1YL0X 2YBMA 1W6ZA 4NWEA 2H9JA 1LSGA 3A90A 4NGKA 1LOZA 3LZTA 4Z3MA 1B0DA 1LCNA 1RCMA 1P2CC 1LHHA 1XGTC 4GCCA 4LYMA 4OWEA 1LKRA 4XN6A 5F9UA 4NWHA 1JJ3A 2ZIKA 3ULRA 3WU7A 1DI5A 1EL1A 1KIRC 3RW8A 1JKAA 4ZFPA 4B49A 1AT5A 4CJ2A 3WU9A 1GBWA 1YANA 2G4NA 4RLNA 3OK0A 1LJKA 4FJRA 1LJEA 1HEPA 2WARA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZSA 1BB4A 5II3A 247LA 4EJ4A 1NMMA 5KJ9A 1HERA 1CU0A 4K5YA 2BAAA 1C61A 5E4PA 4EPIA 2OTYX 2EIZC 1WTHA 4LDLA 1L20A 1C6FA 3L2XA 3RNXA 3VW7A 2HUMA 3J4GA 4GN5C 3HDEA 4I7LA 4N1CC 1HSXA 1CV0A 1L39A 5L3IA 173LA 4RW1A 1OP9B 233LA 1LYHA 209LA 1L50A 229LA 3ZVQB 1LJJA 4DD7A 2OE9X 4CFOA 1L06A 1LYJA 4HV2A 1GB2A 1IWWA 2MEGA 1P3NA 2YBIA 2PC2A 4GN3A 1LKSA 1P56A 4QEQA 1BWIA 1PZYA 1XSFA 1XEIA 1LSEA 1L83A 1GF4A 239LA 2Z18A 2A7DA 4PHIA 2GV0A 1AT6A 258LA 4XJDA 1GB7A 1LHLA 1YIKA 1L01A 3P66A 151LA 5KXYA 4MCKA 1PQOA 3C7WA 1I20A 1PQJA 4H9FA 2MEHA 1L03A 195LA 1L86A 162LA 1GFRA 3CDQA 3GUMA 4GBRB 5DLAA 1CJ6A 4GLVA 1L81A 187LA 1LMNA 1P36A 4G4BA 2Z12A 141LA 2OU0X 1SSYA 2EQLA 2F2QA 4MSTA 2BQBA 2B6YA 3SP3A 4XJHA 2LHMA 3HT6A 4NHSA 1B5ZA 5KXZA 147LA 1T6HA 3TXDA 4B4EA 1GXXA 2O79A 4UWVA 4UWNA 1L67A 2C8PA 4XJBA 1VFBC 1Z55A 206LA 1TDYA 1QDRA 1L66A 1KY0A 1A2YC 1GAZA 1HFZA 125LA 5I4YA 1BWJA 2DKVA 3HUKA 1A4VA 150LA 1LLHA 1YROA 1ZWNA 2W1MA 1I6SA 1KW5A 2HUBA 4OWHA 171LA 3QY4A 6LYZA 1GE1A 1UIEA 1CV5A 4WMGA 2NWDX 1B6IA 1CU2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IC5 Y;  1LZY A;  4LT1 A;  1DXJ A;  5F14 A;  4ZIX A;  1VDQ A;  1LZS A;  1BB4 A;  5II3 A;  1LJN A;  1YKZ X;  1GPQ C;  4YEO A;  2BPU A;  7LYZ A;  1GEZ A;  1IP6 A;  1NMM A;  2I26 L;  5KJ9 A;  1NKH A;  2D6B A;  1D0M A;  1HER A;  2DQG Y;  1GFE A;  2I25 L;  1LZB A;  1F6S A;  2DQI Y;  1BB6 A;  133L A;  1QQY A;  1GE2 A;  1VDS A;  4WG1 A;  4M6D A;  4WO9 A;  2MED A;  1JJ1 A;  3T6U A;  2BAA A;  4HPE A;  5E4P A;  1CJ9 A;  3MGW A;  3TMU A;  5A3Z A;  153L A;  132L A;  2HU1 A;  1C7P A;  1LSY A;  1GDW A;  2DQD Y;  4NGL A;  4WLD A;  2EIZ C;  1HEL A;  5ILF A;  5FEK A;  1JTT L;  3A3Q A;  3LZ2 A;  1JSE A;  3RNX A;  3LN2 A;  4WLX A;  1GFT A;  3EMS A;  1LZG A;  3J4G A;  4GN5 C;  4X3B A;  1BHZ A;  1OQM A;  4EMN A;  1UUZ C;  3W6E A;  1IOS A;  4E3U A;  5LAF A;  1LJG A;  1WVV A;  3ATO A;  3B72 A;  4N1C C;  1HSX A;  1LYZ A;  5L3I A;  4WL6 A;  3B0K A;  2LYO A;  2N5Z A;  4M4O A;  4RW1 A;  1HEO A;  1D6Q A;  1IP2 A;  1TEW A;  3W6B A;  4H94 A;  1OP9 B;  1QSW A;  4WL7 A;  4ETC A;  1DPX A;  1QTK A;  1O23 A;  1TBY A;  1GF6 A; 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 1LZN A;  1UIF A;  4W94 A;  1GB0 A;  1OUG A;  4Z41 A;  1OUE A;  1HMK A;  3TXG A;  2IHL A;  1VDT A;  5KXL A;  1RE2 A;  2Z38 A;  5HNC A;  1AZF A;  1CJ8 A;  1LSB A;  1B5X A;  3TMV A;  2ZQ3 A;  1NWG A;  5F9X A;  3ZVQ A;  2BLX A;  5APF A;  1MEL L;  1LYY A;  4QY9 A;  1GB6 A;  4ETE A;  3WH1 A;  2D4K A;  4CFP A;  1YIL A;  3WUN A;  4H9A A;  2VB1 A;  3CSR A;  3A93 A;  4H8Y A;  1F6R A;  1GBZ A;  4WO6 A;  1GFU A;  1I1Z A;  1BGI A;  4H92 A;  5KXT A;  5KXO A;  4NFV A;  3RU5 A;  1LHJ A;  2BQF A;  2BQO A;  1LZ8 A;  2MEC A;  4RDS A;  2G4P A;  1GAY A;  1LMP A;  2F4A A;  1IWZ A;  2HEB A;  3A3R X;  1DI4 A;  1NF5 A;  2YVB A;  4LFP A;  4NGO A;  4H8X A;  4XJG A;  5HMV A;  2BQI A;  2FYC A;  4GCB A;  1CKH A;  3BKH A;  3ZEK A;  5KXW A;  2W1X A;  1B9O A;  1RJC B;  1CKC A;  2F4G A;  4OOO A;  5LXW A;  2BQA A;  4NG8 A;  4WOA A;  1B7M A;  4J1B A;  1GB9 A;  1GFG A;  1LAA A;  3AYQ A;  4H1P A;  4P2E A;  4Z98 A;  3W6C A;  1YL0 X;  2YBM A;  1W6Z A;  4NWE A;  2H9J A;  1LSG A;  3A90 A;  4NGK A;  1LOZ A;  3LZT A;  4Z3M A;  1B0D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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