258LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 258lA00
1G0QA 4I7NA 3OE8A 252LA 1L14A 1JTNA 1L07A 3C7ZA 1L0JA 3DMVA 1L86A 1L49A 2RBNA 1D2YA 3HTFA 1P36A 1L39A 1C66A 1L97A 1SX7A 3CDQA 165LA 4W59A 1G0JA 160LA 172LA 1CV0A 1T8AA 148LE 1C6KA 3GUOA 1L0KA 1LGXA 4ARQB 2RBOA 1L47A 212LA 182LA 1G1VA 1DYEA 1DYFA 3V2WA 3HT6A 4I7TA 1L10A 1CV3A 1CV4A 1C6CA 187LA 243LA 1LI6A 1OV5A 3HU9A 1P5CA 1CVKA 126LA 138LA 1LGWA 1L41A 113LA 1CTWA 110LA 1L92A 3HH4A 231LA 2B7XA 4I7QA 2B74A 206LA 4OO9A 4DAJA 1LYJA 1P2LA 1L40A 1CU0A 127LA 1L15A 1CX6A 1QTBA 1L23A 1L48A 242LA 2L78A 1ZYTA 2OTYX 1CU2A 2Z6BA 4DKLA 2RB1X 210LA 1L05A 192LA 114LA 146LA 226LA 1L06A 1C67A 3GULA 1C62A 2B6XA 144LA 237LA 214LA 4YX7C 1PQIA 2HUKA 2RBSA 4K5YA 256LA 4E97A 1LI2A 1LYHA 184LA 129LA 1D3MA 1P7SA 125LA 2B6WA 2HUMA 3GUIA 4ARMA 3DN6A 232LA 2OE9X 2OU0X 3PBLA 1G06A 119LA 1C6QA 262LA 2A4TA 2QARC 1L25A 1C6GA 1L27A 1LYGA 3C81A 3NY9A 1C6JA 3OE6A 4EKQA 218LA 1KY1A 3UONA 1L28A 4ARPA 1JTMA 259LA 1L84A 1PQOA 1QT8A 2OE4X 1JQUA 1L30A 1G0KA 1L79A 2HULA 191LA 4I7OA 4W58A 255LA 228LA 1C6DA 1OV7A 1ZURA 238LA 244LA 198LA 2Q9DA 1B6IA 1L22A 1QUHA 3HUQA 1L72A 1XEPA 4EKRA 1T6HA 1QS5A 205LA 215LA 103LA 1L00A 2OTZX 1L18A 3F8VA 1L26A 162LA 250LA 1L56A 3HH6A 1L35A 4EPFA 1L73A 1L46A 4W56A 1NHBA 1L03A 166LA 3RUNA 217LA 1D9WA 3VW7A 1L16A 1PQDA 241LA 4W54A 1L59A 3HDEA 1L82A 1P2RA 225LA 1OWYA 156LA 111LA 1C60A 1CUPA 1T97A 1L88A 2IGCA 4EKSA 1L13A 140LA 2F47A 1L85A 1QUGA 246LA 3HUKA 168LA 2RAYX 1G1WA 1LWGA 185LA 1C6MA 1QSQA 1C6AA 2B70A 1PQJA 1LGUA 1L83A 2F2QA 3DN3A 1L51A 261LA 2B6YA 4I7KA 1CU6A 178LA 1DYGA 1QTVA 1CV5A 3SN6R 2NTGA 5I14A 1SWYA 2O4WA 128LA 4YXCA 1L65A 4LDEA 1L37A 1C6NA 130LA 1LYDA 1QS9A 1L90A 4DJHA 3G3WA 1C64A 251LA 2B75A 155LA 3SB6A 3EMLA 177LA 3DN2A 3OE0A 1KY0A 1L54A 2B6TA 104LA 3FA0A 3RZEA 3DNAA 1QSBA 1L67A 3HTDA 176LA 1LI3A 1G0MA 3HWLA 1L42A 3CDTA 181LA 1LYIA 1C6HA 4GRVA 122LA 248LA 229LA 195LA 1T8GA 221LA 1L08A 4W51A 1L21A 2OU9A 4EJ4A 159LA 3HT9A 3C83A 3DN8A 163LA 1L75A 3G3XA 4PJZA 115LA 3HUAA 199LA 3DKEX 157LA 1CU3A 1D3NA 120LA 1L20A 3D4SA 3PDSA 1L77A 224LA 2O7AA 1L58A 1P37A 1ZWNA 158LA 3G3VA 1CU5A 1OVJA 2QB0B 1G07A 3DN1A 4LDOA 240LA 186LA 4S0WA 1L60A 1SSYA 4ARMB 180LA 4YXAC 1P6YA 1D3JA 2OEAX 2NTHA 1G0PA 230LA 1L74A 3C7YA 1LYEA 234LA 4GBRB 4ARJA 1LPYA 1L43A 1QTDA 109LA 1C6IA 2RB0X 1L64A 1LYFA 171LA 1L01A 3C80A 1QTHA 1L99A 1CV6A 1WTHA 233LA 223LA 150LA 2B6ZA 3HTBA 3SBBC 1QT3A 3NYAA 4I7JA 1L04A 6LZMA 3SB9A 107LA 1PQKA 3DN0A 201LA 151LA 1L53A 1C6LA 1L81A 2RB2X 4W57A 1C63A 190LA 1C6BA 1L31A 1K28A 164LA 169LA 161LA 3DMZA 2CUUA 1G0LA 1L50A 3F9LA 3V2YA 1EPYA 219LA 152LA 1L98A 189LA 1L17A 3GUNA 220LA 4I7SA 3QAKA 1XJUA 2OE7X 211LA 123LA 2OU8A 118LA 1DYCA 4I7PA 1QT7A 1QT6A 3CDOA 4W55A 260LA 167LA 1C6FA 3GUJA 1TLAA 1L12A 1P46A 141LA 1PQMA 149LA 1L36A 173LA 1P56A 4ARLA 2RBPA 174LA 239LA 1G0GA 1L24A 4ARQA 145LA 1QT4A 1OVHA 1LWKA 3FI5A 3HU8A 247LA 4EPIA 112LA 1DYBA 257LA 2B73A 4PK0A 1L29A 3DMXA 2ANXA 1L02A 2LC9A 1CUQA 1L32A 143LA 1QTZA 1KW7A 4I7MA 2RBQA 4I7RA 3SB8A 1L80A 1CV1A 1L19A 3HT7A 4W52A 249LA 3C8RA 1L63A 1L55A 1L70A 170LA 3GUKA 1T8FA 3L64A 131LA 1LLHA 2O79A 3CDVA 1OVKA 3C8SA 1LW9A 4EXMA 1L69A 1L57A 3HH5A 245LA 1L91A 183LA 2LZMA 3L2XA 3FADA 3SBAA 253LA 1QUOA 2RBRA 1L96A 3GUPA 1L89A 3HTGA 1L38A 3HDFA 7LZMA 1L44A 222LA 4EKPA 3C8QA 1C69A 4LZMA 1L09A 188LA 213LA 1P3NA 3C82A 175LA 1L71A 235LA 197LA 1L93A 1L62A 2RH1A 3DN4A 1L66A 147LA 1L33A 1C68A 236LA 1L95A 1P64A 1C6EA 1L52A 1L68A 4W53A 1L61A 1DYAA 4I7LA 196LA 3CDRA 1I6SA 139LA 1SX2A 1C6TA 2LCBA 3LZMA 1C61A 216LA 1L87A 1QTCA 102LA 1D2WA 3ODUA 3NY8A 209LA 142LA 1OYUA 1SWZA 227LA 2RAZX 3JR6A 3HH3A 2F32A 254LA 1KS3A 3SB7A 3HT8A 3K2RA 1XJTA 3GUMA 3OE9A 4ZPUA 4IAPA 258LA 1L11A 1L45A 1KNIA 1L76A 1OWZA 1KW5A 1CX7A 2ANVA 3SB5A 1L34A 108LA 1SSWA 1C6PA 5LZMA 200LA 4LDLA 1D3FA 1QUDA 1L94A 1DYDA 2B72A 137LA 1QT5A 3C7WA 1C65A 2Q9EA 4AQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BVXA 2BQHA 2EQLA 1G7JC 4TSCA 3CQLA 1OUGA 3A95A 1SX7A 1IOCA 1DQJC 1GF7A 1C08C 172LA 1CV0A 1GFGA 1UACY 1C6KA 3GUOA 4H9FA 4N5RA 1LJFA 1G1VA 3WL2A 1C6CA 187LA 1LI6A 1OV5A 2Z12A 138LA 1LGWA 2HU1A 113LA 3HH4A 1OUFA 4I7QA 1LYJA 1P2CC 4ETCA 2LZ2A 2WARA 127LA 1TDYA 4J1AA 2DQFC 5LVIA 1ZYTA 1CU2A 2Z6BA 1NKHA 1L05A 4WL7A 1REYA 1FKVA 146LA 226LA 4N1EI 1EQEA 1LKSA 4OWHA 144LA 214LA 2ZNWY 1HERA 4DD1A 4RW2A 4HTNA 1YQVY 1LPIA 184LA 1OUHA 1D3MA 3B0OA 2YBNA 3LZ2A 2OU0X 2A4TA 3WU7A 1DI3A 3NY9A 3AW7A 218LA 3W6BA 1BB3A 4DQ7A 1KY1A 3UONA 1IP4A 1DXJA 1B7QA 1L28A 1QDRA 1YL0X 1PQOA 3A91A 1CNSA 1L79A 1WVUA 4DYGA 1IY4A 191LA 1C6DA 5FHWA 1OV7A 4NGJA 1L22A 1QUHA 1LHLA 5HQ1A 3A6BY 3A67Y 2OTZX 4YEOA 250LA 2DBTA 1E8LA 2XTHA 3RUNA 4XYYA 3VW7A 1PQDA 241LA 225LA 1OWYA 3W6AA 1CUPA 3AW6A 4L41A 1T97A 2DQCY 4NSIA 4DWXA 2F47A 1L85A 1QUGA 3HUKA 1QSAA 3WW5A 2RAYX 1LHJA 2YBLA 1LWGA 1QSQA 2B70A 1PQJA 1LGUA 4H9CA 1CU6A 1DYGA 5II3A 5I14A 6LYTA 2ZNXY 4B4EA 3WPJA 1HFXA 1HNLA 1FKQA 4TWSA 5LVKA 1JJ3A 2FYDA 1L90A 4DJHA 1JJ0A 5LYMA 1IWXA 4DDCA 1KIQC 2D4JA 4WM4A 1HEWA 3T6UA 3DN2A 3OE0A 3FA0A 5C6LA 2BQDA 3HTDA 1BWIA 176LA 1LI3A 1G0MA 3HWLA 2FYCA 3AZ4A 2HUBA 1RI8B 4W51A 4EJ4A 3P64A 3HT9A 1DKKA 2VB1A 4PHIA 1LZ4A 3K3TA 193LA 157LA 1KIRC 1D3NA 5HNCA 224LA 4LFXA 2O7AA 1LZBA 1GD6A 1WQMA 1ZWNA 2DQDY 1B5YA 1OVJA 3BKVA 1LZRA 4Z41A 1G07A 3DN1A 2Z19A 4LDOA 240LA 1L60A 2ZIJA 1IP6A 1D3JA 2OEAX 1G0PA 1L74A 2BQOA 1G7MC 4NWHA 234LA 4ARJA 3HBEX 109LA 1REMA 1IWVA 5F14A 1LYFA 171LA 5K7OA 3P4ZA 1QTHA 223LA 3HTBA 4PJ2C 5LXWA 1PZYA 1GE3A 3WW6A 1GF8A 3SB9A 107LA 1PQKA 4GCCA 5JENB 4LT3A 2C8PA 1L53A 1GF5A 4W57A 2IHLA 1B5UA 169LA 1CKCA 1IOTA 5KKIA 5D5FA 1L98A 189LA 132LA 1LKRA 2DQIY 2OE7X 4GN5C 1DYCA 1LZNA 3CDOA 3J6KA 5DN5A 1LJ4A 167LA 1C6FA 1GFTA 1HFYA 1L12A 1GB2A 4N9RA 1LSZA 149LA 1IC5Y 4ARLA 1TCYA 4RW1A 4X3BA 1QDTA 4NG8A 1F6SA 1G0GA 1OUBA 2BLXA 2D6BA 4ARQA 145LA 1QT4A 4G49A 4H8ZA 247LA 4B4JA 2BQIA 1GDWA 4PK0A 1L02A 3A34A 3SB8A 1AT6A 4BAFA 3TXJA 249LA 3C8RA 1L70A 1LCNA 3L64A 3GXKA 3C8SA 4EXMA 1GBSA 4TSBA 1MELL 3L2XA 1TBYA 1B7SA 1YAQA 4NFVA 4GLAA 2RBRA 1L96A 3HTGA 4H9HA 3HDFA 1GFRA 222LA 4E3UA 1RJCB 1L09A 1P3NA 3P68A 4H9EA 3WPKA 175LA 2BQMA 2RH1A 2BLYA 1LYSA 1YAOA 3E3DA 2B5ZA 1C68A 1VDPA 5B1GA 1C6EA 1L68A 4J1BA 4W53A 5APEA 3CDRA 2LHMA 4HV1A 2LCBA 4OWEA 1UC0A 216LA 1IEEA 3CT5A 3WPLA 2MEHA 3NY8A 142LA 1OYUA 4NSJA 4RDSA 5F9XA 3HH3A 4M6DA 4ET9A 3TMUA 5IELA 3GUMA 3WXTA 1YKXX 1LJHA 1B5ZA 5KXTA 1IC7Y 2ANVA 2BQCA 2I6ZA 3RU5A 4B1AA 4W94A 1GE4A 1FLQA 5B59A 3WUAA 1D3FA 1IP3A 2Z39A 3W6FA 3A92A 1AKIA 1CKHA 1HSWA 4H93A 3WVYA 1IIZA 1LSNA 2W1MA 1OQMA 4AQNA 3TMVA 4I7NA 252LA 1L14A 1JTNA 1L07A 1LMNA 3DMVA 1B7PA 1LZ5A 2RBNA 1LJKA 4CGEA 1YANA 4LYZA 1B7LA 1GFAA 3CDQA 165LA 2BQEA 148LE 4ARQB 4U3XB 1VDQA 3V2WA 3AGIA 1CV4A 4DT3A 2CDSA 1QUSA 5IDDA 1CVKA 1L41A 4H9AA 1CTWA 1L92A 1MLCE 4H8XA 231LA 1NDMC 3J4GA 1P2LA 1L40A 4YOPA 1L15A 1L23A 2ZIKA 2L78A 5KXOA 1UCOA 1XFPL 3TXFA 1QQYA 1HEMA 1B7OA 4TX7A 2D4IA 2F30A 4GCDA 2HEAA 4A7DA 192LA 4XJBA 5KXWA 5T3FA 1AT5A 1H87A 4H94A 4YX7C 2HEEA 2NWDX 3P66A 2H9JA 1JEFA 4K5YA 1YKZX 2MECA 5LINA 5E9RA 4H9BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BVX A;  2BQH A;  2EQL A;  1G7J C;  4TSC A;  3CQL A;  1OUG A;  3A95 A;  1SX7 A;  1IOC A;  1DQJ C;  1GF7 A;  1C08 C;  172L A;  1CV0 A;  1GFG A;  1UAC Y;  1C6K A;  3GUO A;  4H9F A;  4N5R A;  1LJF A;  1G1V A;  3WL2 A;  1C6C A;  187L A;  1LI6 A;  1OV5 A;  2Z12 A;  138L A;  1LGW A;  2HU1 A;  113L A;  3HH4 A;  1OUF A;  4I7Q A;  1LYJ A;  1P2C C;  4ETC A;  2LZ2 A;  2WAR A;  127L A;  1TDY A;  4J1A A;  2DQF C;  5LVI A;  1ZYT A;  1CU2 A;  2Z6B A;  1NKH A;  1L05 A;  4WL7 A;  1REY A;  1FKV A;  146L A;  226L A;  4N1E I;  1EQE A;  1LKS A;  4OWH A;  144L A;  214L A;  2ZNW Y;  1HER A;  4DD1 A;  4RW2 A;  4HTN A;  1YQV Y;  1LPI A;  184L A;  1OUH A;  1D3M A;  3B0O A;  2YBN A;  3LZ2 A;  2OU0 X;  2A4T A;  3WU7 A;  1DI3 A;  3NY9 A;  3AW7 A;  218L A;  3W6B A;  1BB3 A;  4DQ7 A;  1KY1 A;  3UON A;  1IP4 A;  1DXJ A;  1B7Q A;  1L28 A;  1QDR A;  1YL0 X;  1PQO A;  3A91 A;  1CNS A;  1L79 A;  1WVU A;  4DYG A;  1IY4 A;  191L A;  1C6D A;  5FHW A;  1OV7 A;  4NGJ A;  1L22 A;  1QUH A;  1LHL A;  5HQ1 A;  3A6B Y;  3A67 Y;  2OTZ X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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