258LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 258lA00
4ARQA 137LA 1L77A 4YX7C 4GRVA 1L83A 1C6FA 3SBBC 4EJ4A 4W58A 112LA 238LA 1L81A 3DN3A 4I7NA 254LA 3RUNA 4ZPUA 1L99A 3GUKA 3QAKA 3SN6R 2B7XA 1LYDA 178LA 149LA 111LA 4I7MA 1L20A 1C6BA 1LW9A 232LA 2F2QA 4ARMB 195LA 4EKSA 131LA 1C6TA 3C81A 1QSBA 1LGUA 3HTFA 2F47A 3GULA 1KNIA 146LA 1LYEA 1PQIA 1PQOA 3C7YA 2OEAX 4I7JA 3DNAA 1L09A 3C7WA 129LA 1L57A 188LA 1L42A 2HUMA 1P2RA 3NY9A 1L28A 1C65A 2O4WA 1L64A 4YXAC 3GUMA 3SBAA 1P7SA 1CU2A 214LA 2HUKA 107LA 3HWLA 259LA 2RH1A 1B6IA 127LA 2B75A 1D3MA 150LA 4AQNA 1LYJA 1C66A 3HH5A 2RBQA 3HDEA 1C6AA 200LA 1C6GA 162LA 3F9LA 1L29A 1SX7A 4EKRA 1DYFA 1ZWNA 4LDLA 3HUKA 2B70A 1OWZA 205LA 234LA 243LA 161LA 1C6QA 3GUPA 1LWGA 1QSQA 3GUOA 242LA 3CDQA 102LA 1TLAA 1ZYTA 1CX6A 2RB0X 144LA 3GUIA 187LA 2RAZX 216LA 1LYIA 4EKQA 1L54A 3PBLA 3G3VA 1T8GA 1QT8A 227LA 1G1VA 1L37A 1C6DA 3HDFA 4DJHA 1L74A 1C6MA 1L0JA 2B6YA 2B74A 1L49A 3DN4A 4GBRB 236LA 183LA 1XJTA 3LZMA 2B73A 1L88A 1L93A 4EPIA 1QTBA 1QS9A 1DYBA 1P37A 3FA0A 1QTCA 1L80A 1CU0A 260LA 1L91A 1CU5A 3HTDA 3CDOA 1CU3A 1PQKA 1T8AA 1KY1A 206LA 1CV6A 3HT6A 1L00A 1L58A 2RBPA 2NTGA 1OVJA 104LA 4E97A 2L78A 1QUHA 156LA 3DMZA 3GUNA 2Q9DA 1JQUA 1L39A 165LA 3C8SA 155LA 1SSYA 1C6LA 1G0MA 2RBRA 1L31A 1L75A 1QS5A 3PDSA 119LA 4ARMA 1L55A 1L17A 3FADA 1OV5A 1L73A 4DKLA 4S0WA 233LA 3CDVA 253LA 1L40A 209LA 1L16A 4W55A 1L33A 147LA 3C80A 1L70A 1L30A 244LA 1LGXA 1L47A 1L69A 1K28A 4W59A 1EPYA 177LA 250LA 241LA 1WTHA 1LYGA 4I7TA 1L01A 1SSWA 115LA 3K2RA 2RBOA 3L2XA 1L92A 1SWYA 4EPFA 1L11A 1L65A 1L23A 1L45A 3OE9A 231LA 1L03A 185LA 4ARLA 1JTNA 139LA 1KW5A 3HH6A 2OE9X 1C6KA 141LA 1L66A 2OU8A 1CUPA 1G0JA 1L62A 2Q9EA 2OTZX 3ODUA 3HTBA 181LA 3V2WA 1C61A 4I7KA 215LA 3C8RA 123LA 1L26A 1OV7A 1L82A 1L18A 166LA 1C62A 191LA 3DN1A 4I7LA 169LA 148LE 221LA 1L19A 3SB5A 3SB9A 3C7ZA 222LA 2ANVA 3DN2A 3RZEA 1L50A 1L90A 1T8FA 1C6PA 4EKPA 1L68A 1QUOA 1OYUA 1QT5A 255LA 2RB1X 1L34A 1L60A 2B6XA 1OWYA 1L46A 2ANXA 2LC9A 1L10A 196LA 109LA 230LA 2OTYX 3DN8A 167LA 4W52A 2Z6BA 1G0QA 1C67A 4W54A 1L79A 1G07A 3D4SA 1L71A 256LA 3G3WA 1DYDA 3HT8A 1QT3A 4LZMA 128LA 2HULA 189LA 1LI2A 2F32A 3VW7A 151LA 3NY8A 252LA 5I14A 1D3JA 1SWZA 218LA 1D2WA 1L61A 224LA 212LA 2O79A 1L97A 1NHBA 3DMXA 2OE4X 171LA 1LPYA 1LLHA 262LA 138LA 2OU9A 1L12A 3UONA 1CV3A 1L22A 1P46A 201LA 1G0PA 1CV4A 1L95A 1L14A 1P56A 110LA 4K5YA 1L02A 3C8QA 245LA 125LA 3HT9A 120LA 152LA 1P5CA 220LA 257LA 1L56A 175LA 1T97A 1T6HA 4DAJA 190LA 4LDOA 1L13A 1L36A 3HU9A 114LA 140LA 2OU0X 3C82A 145LA 1D9WA 3DN6A 4ARPA 2LCBA 3OE0A 1CV1A 163LA 2B6TA 1L52A 198LA 2RBSA 1L87A 1C60A 1DYGA 103LA 2OE7X 1OVHA 1DYCA 3DMVA 1L53A 1I6SA 176LA 1QTDA 173LA 118LA 228LA 226LA 1LI3A 1L35A 159LA 1L85A 2B72A 108LA 4ARQB 4I7SA 3L64A 1QTHA 1L44A 3HH4A 1DYEA 113LA 1L94A 2O7AA 1L51A 1QUDA 1LYHA 217LA 7LZMA 1L63A 1L41A 210LA 168LA 1CV0A 122LA 1XEPA 1CTWA 1L67A 235LA 1QT4A 3HUAA 2NTHA 3G3XA 258LA 2IGCA 1XJUA 1KY0A 157LA 1QTZA 248LA 1PQJA 5LZMA 1QT6A 3HT7A 213LA 3SB7A 4OO9A 1CUQA 1L48A 3HU8A 6LZMA 1QUGA 164LA 4W56A 229LA 1PQMA 4EXMA 1D2YA 130LA 1L05A 3DN0A 3CDTA 1L72A 3V2YA 4W57A 1L89A 1C68A 3DKEX 246LA 2LZMA 1CX7A 126LA 261LA 2RB2X 1L08A 4IAPA 3HH3A 172LA 2B6WA 4PK0A 3SB8A 1G0KA 1L25A 1L86A 1L04A 1C69A 3GUJA 1PQDA 4W53A 1CU6A 1QT7A 1G0LA 160LA 1P3NA 1KS3A 143LA 3HTGA 1L15A 2QB0B 1G0GA 4YXCA 2QARC 1D3NA 1L27A 225LA 2RAYX 3JR6A 4LDEA 1L32A 1KW7A 1D3FA 1L98A 239LA 186LA 180LA 1L06A 1L24A 3F8VA 1P64A 3OE6A 4PJZA 199LA 3SB6A 142LA 2B6ZA 1P6YA 3CDRA 4I7QA 174LA 251LA 1CV5A 1L84A 1L59A 1LWKA 184LA 1C6JA 3NYAA 1C6EA 1C6IA 1L76A 1SX2A 1C6CA 1C64A 223LA 158LA 1P36A 4I7RA 1P2LA 1C63A 1C6NA 1L38A 3HUQA 1OVKA 247LA 4I7PA 211LA 3OE8A 2RBNA 219LA 2CUUA 249LA 3EMLA 3FI5A 1L43A 1ZURA 1L21A 1LI6A 1LYFA 182LA 1JTMA 1L96A 240LA 1L0KA 1C6HA 1QTVA 1G1WA 1G06A 197LA 3C83A 170LA 1DYAA 1L07A 4W51A 4I7OA 4ARJA 237LA 1CVKA 192LA 2A4TA 1LGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
137LA 4H8ZA 1C6FA 4EJ4A 2I25L 1LSZA 5HMJA 3RUNA 4ZPUA 4KXIA 2D6BA 1GBXA 2DQCY 3B0IA 4Z41A 4MR1A 1LW9A 4E3UA 1EQEA 1LJJA 2CGIA 5FELA 131LA 3C81A 1OUDA 1QSBA 5LINA 1BHZA 1KNIA 3EXDA 4NSHA 1NF5A 1L09A 1GF6A 129LA 2HUMA 4BS7A 1BWIA 1GB0A 1P2RA 1L64A 1GEVA 2F2NA 3IJVA 2NWDX 1CU2A 3HWLA 259LA 3WU9A 4EMNA 2B75A 1GB7A 3OK0A 3TMXA 3F9LA 4II8A 3A96A 1GB5A 3A34A 1SX7A 1MELL 1OWZA 3WMKA 1I56A 5HNLA 1ZV5L 1C6QA 3AGHA 4OOTA 102LA 1ZYTA 4ZFPA 1CX6A 2RB0X 1VDPA 1LJGA 1G7HC 3EBAB 2BQEA 1T8GA 5ILCA 227LA 2B6YA 4G9SA 1F0WA 2MEGA 2XTHA 3RZ4A 2AUBA 3A90A 4GLVA 1LHJA 3B6LA 2B73A 4EPIA 1GD6A 1IWWA 1DYBA 1P37A 3WW5A 4CGEA 1L80A 3LZTA 1L91A 1CU5A 3OJPA 5FSTA 5FCPA 3HT6A 1LMTA 1L58A 1IP4A 4IATA 3TMVA 2HEFA 156LA 3DMZA 3GUNA 2Q9DA 1QUSA 1LJFA 1GF7A 4ML7A 1UBZA 3ULRA 1GFKA 165LA 4G4BA 1C6LA 1L31A 1L75A 4WO6A 1IVMA 5E9RA 1L55A 1LZCA 2H9KA 4DKLA 244LA 1JIYA 1LGXA 1JJ1A 4RDSA 1JJ0A 5HNCA 1WTHA 1L01A 1KXYA 3TXHA 1GBZA 4NSIA 1L11A 4GN3A 193LA 1LHKA 4ARLA 139LA 5KXRA 1C6KA 141LA 2OU8A 4B4IA 1B7NA 1D6QA 3V2WA 4G4CA 123LA 3W6FA 1OV7A 1L82A 4ANRA 1C62A 191LA 5KXZA 3AZ4A 4HJYA 148LE 1L19A 5DM9A 3C7ZA 3TXKA 3BKHA 4N9RA 5KKIA 3RZEA 1L50A 1L90A 1LSNA 4NHQA 1B2KA 5T3FA 1FDLY 5FHWA 1CKFA 3A6BY 1QT5A 1HELA 1L60A 2FBDA 4PJ2C 1CJ8A 5B07A 1NHEA 2N5ZA 3W6EA 2OTYX 4L41A 1O23A 4HV2A 1IWXA 1C67A 1FLUA 3A92A 3HT8A 1YQVY 128LA 1RCMA 4NSJA 1GXXA 1OUIA 2F32A 1GB8A 1LSMA 5I14A 1WQOA 1GBSA 252LA 2ZILA 1GE4A 1I20A 2Z19A 2W1XA 4HTQA 2W1MA 3WPJA 1D2WA 224LA 2O79A 4BAFA 4Z46A 2OE4X 171LA 2ZQ4A 1LPYA 262LA 3W6DA 138LA 1L12A 1CV3A 4TX7A 1AM7A 1P56A 1OUHA 4GCFA 1L02A 120LA 152LA 1NWGA 1P5CA 220LA 257LA 4LYTA 3HBDA 190LA 1LMAA 1GFTA 140LA 1IY3A 4UWNA 3WPLA 1L52A 4WG7A 4DD2A 1D0LA 1IOTA 4YENA 1C60A 103LA 4WL7A 2YDGA 1GFEA 1LJEA 2EKSC 4GCCA 1QDRA 4DYGA 5APDA 4ET9A 2WARA 4YEOA 173LA 2MEIA 2I6ZA 5APFA 226LA 1XFPL 1GPQC 1LZGA 5FEKA 5I4XA 1INUA 3AW6A 1BB3A 3WUAA 1QUDA 3RT5X 1JPOA 168LA 4H92A 4PPOA 122LA 5B06A 5KY1A 4YEMA 4GCBA 2BQOA 3HUAA 258LA 1DPXA 4J7VA 5B1FA 1IX0A 1XGRC 1HENA 5LZMA 1DKKA 3TXDA 3HT7A 4RLNA 5KXOA 3HU8A 6LZMA 4B49A 4NHPA 2MEFA 1B7PA 1D2YA 1FLWA 1GEZA 3VWOA 1L05A 3DN0A 5KKJA 2MEAA 4WM6A 3V2YA 4W57A 1TEWA 1C68A 5KXXA 1CKCA 1NMMA 1L08A 3M18B 3HH3A 4ARJA 3SB8A 1C69A 3WXTA 4YOPA 1PZYA 160LA 143LA 2BQBA 2BQIA 1F6SA 5I53A 4ETBA 1JWRA 4J0LA 1D3NA 225LA 4UWUA 4LDEA 1KW7A 239LA 1XEKA 186LA 3F8VA 1B5VA 1L06A 1L24A 2BQMA 4DC4A 1LYSA 1LJHA 1IC4Y 5EBHA 1AKIA 1B0DA 1B7OA 1VAUA 1C6EA 4DQ5A 4AXTA 1GBWA 5K7OA 1P36A 1P2LA 1LJIA 1WTMA 1HERA 1GE2A 1OVKA 4I7PA 211LA 219LA 1LHLA 5L3HA 1ZURA 2HTXA 1LI6A 182LA 3SP3A 1SQ2L 1IR9A 1ZMYL 4C5FA 5B59A 1DYAA 3B0KA 1IWYA 4W51A 1G7IC 4H94A 1CVKA 4N1EI 2NTHA 3B72A 192LA 2F4GA 1L77A 2BQHA 1IO5A 3SBBC 1UIBA 3CT1A 112LA 1L81A 3QY4A 1UICA 2C8PA 254LA 5B1GA 2B7XA 1MLCE 4LFPA 2DQFC 1C6BA 2YBLA 1GE1A 4ARMB 6LYTA 4MSTA 4EKSA 1C6TA 1IWUA 2BQKA 3LYOA 4QY9A 1AT5A 1LYEA 4D9ZA 3TMWA 1PQOA 3C7YA 4H9HA 1BWJA 5HMVA 4NGVA 1FN5A 1L57A 1L42A 188LA 1YKXX 1REXA 4YXAC 1C43A 2LYOA 4WM1A 3SBAA 5LVJA 1B6IA 127LA 2RBQA 1C6AA 3TXBA 3LYZA 1LZSA 3AGGG 3CSQA 1BB4A 1YAMA 1PS5A 234LA 243LA 3IWRA 161LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 137L A;  4H8Z A;  1C6F A;  4EJ4 A;  2I25 L;  1LSZ A;  5HMJ A;  3RUN A;  4ZPU A;  4KXI A;  2D6B A;  1GBX A;  2DQC Y;  3B0I A;  4Z41 A;  4MR1 A;  1LW9 A;  4E3U A;  1EQE A;  1LJJ A;  2CGI A;  5FEL A;  131L A;  3C81 A;  1OUD A;  1QSB A;  5LIN A;  1BHZ A;  1KNI A;  3EXD A;  4NSH A;  1NF5 A;  1L09 A;  1GF6 A;  129L A;  2HUM A;  4BS7 A;  1BWI A;  1GB0 A;  1P2R A;  1L64 A;  1GEV A;  2F2N A;  3IJV A;  2NWD X;  1CU2 A;  3HWL A;  259L A;  3WU9 A;  4EMN A;  2B75 A;  1GB7 A;  3OK0 A;  3TMX A;  3F9L A;  4II8 A;  3A96 A;  1GB5 A;  3A34 A;  1SX7 A;  1MEL L;  1OWZ A;  3WMK A;  1I56 A;  5HNL A;  1ZV5 L;  1C6Q A;  3AGH A;  4OOT A;  102L A;  1ZYT A;  4ZFP A;  1CX6 A;  2RB0 X;  1VDP A;  1LJG A;  1G7H C;  3EBA B;  2BQE A;  1T8G A;  5ILC A;  227L A;  2B6Y A;  4G9S A;  1F0W A;  2MEG A;  2XTH A;  3RZ4 A;  2AUB A;  3A90 A;  4GLV A;  1LHJ A;  3B6L A;  2B73 A;  4EPI A;  1GD6 A;  1IWW A;  1DYB A;  1P37 A;  3WW5 A;  4CGE A;  1L80 A;  3LZT A;  1L91 A;  1CU5 A;  3OJP A;  5FST A;  5FCP A;  3HT6 A;  1LMT A;  1L58 A;  1IP4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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