2C8OA

Lysozyme (1sec) and uv lasr excited fluorescence
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Uv Laser-Excited Fluorescence as a Tool for the Visualization of Protein Crystals Mounted in Loops.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2c8oA00
3EXDA 2BQFA 1D0MA 2Z37A 5F9UA 4DD7A 3WVYA 1QQYA 4RDSA 1GAYA 1LJEA 4I8SA 4PJ2C 1IP7A 3KAMA 1IP6A 4DD0A 4ETCA 1LMPA 4BADA 5LA5A 5JENB 1RE2A 1LJHA 4QY9A 1IEEA 1HEMA 1LHHA 5DM9A 3ZVQB 154LA 1JSFA 2IHLA 4DD2A 4G4CA 5KJ9A 1GF8A 1LSPA 5LA8A 1LSGA 3A34A 1LJGA 1D9UA 3N9EA 1DI5A 1HSXA 1IX0A 1CKGA 4GCDA 5B1FA 1YL1X 2W1LA 3T36A 5EBHA 1B7RA 4NGOA 4ZIXA 4N8ZA 1JKDA 1LZ1A 4XYYA 1GFRA 5E4PA 4WOAA 2YDGA 4YM8A 1NBZC 4BS7A 1GB8A 2HU3A 3TXFA 1B5WA 1GXXA 1JHLA 1LSNA 1QDTA 1NWGA 2MEHA 1LZ9A 1RI8B 4NSHA 4PHIA 5F81A 5F9XA 5J7CA 1WTNA 4LYCA 1JISA 1IWXA 5FHWA 5DN5A 4OWEA 5C6IA 4DD9A 4M4OA 1GF6A 1HSWA 2BQCA 3EMSA 3P66A 1HFZA 4EOFA 1EL1A 1LKSA 1LZ6A 4DDAA 1FKQA 1H87A 1NDGC 2EQLA 3P65A 4WL6A 4BAPA 1HEOA 2CDSA 2ZWBA 3D9AC 4WO6A 3WH1A 4GCBA 4LYZA 2IFFY 5LYZA 1HERA 1LYYA 1QIOA 4A7DA 1KIPC 2D4JA 4XJIA 1LSCA 4IASA 2HEFA 1A4VA 1DZBX 3LZ2A 4B4EA 1YQVY 1NHEA 4LYBA 4NHQA 4TWSA 4DWXA 5LAGA 1KIRC 3EO5A 5HMJA 4WLYA 1T3PA 1LSEA 2ZILA 4BAFA 2DQCY 4KL7A 3A67Y 1GFJA 1YROA 4H9HA 1IWZA 1JPOA 3LN2A 1LJNA 1GE2A 4AXTA 1LSZA 2EKSC 4J7VA 3GXKA 1OUCA 3QE8A 1INUA 3CSRA 2CWIA 1LZEA 5II3A 4WLXA 1GWDA 2BQGA 1LMOA 4DDCA 1OP9B 1OUGA 1RCMA 2MEAA 3F6ZA 5T3FA 1LJJA 1NF5A 4PRQA 3RZ4A 3WMKA 3AGHA 5FCPA 4TSBA 5L9JA 1JITA 4NGYA 1KXXA 1LPIA 1IOQA 2HU1A 5LVGA 2AUBA 2CGIA 3IJUA 4B4IA 5C6JA 1LZSA 4CJ2A 1UIDA 1KXWA 4G9SA 4NG8A 5LAFA 2YVBA 1HEQA 3AYQA 3ULRA 5LVKA 1SLYA 3A3RX 4IATA 1CKHA 4KXIA 1LJFA 1LZ4A 4NFVA 5KY1A 1HC0A 5FDJA 2DQAA 5B59A 4WG1A 2A7DA 1BWHA 4PPOA 4NSJA 1TEWA 3P68A 4OWHA 5HQ1A 1REZA 5APCA 1IP4A 5KXMA 1IWTA 2VB1A 3P64A 1BWJA 2LHMA 1B5XA 1UA6Y 1EQ4A 2ZYCA 4LYOA 4ETAA 3IJVA 1GF7A 2WARA 3WXTA 1V7TA 1C46A 4FDYA 3WW5A 3B6LA 3RU5A 1GE0A 1B5ZA 1I20A 1LYSA 1NDMC 4XJGA 2Z19A 4YEMA 3WPKA 4C3WA 5KXLA 4NEBA 2G4QA 1LSFA 1IWYA 2A7FA 2F4GA 2MEEA 1B2KA 1HHLA 2ZNWY 4L41A 2MEDA 1JUGA 1XGQC 4H94A 1UC0A 5APFA 3TXJA 2DQHY 3N9CA 3LYTA 4TUNA 4DYGA 1F10A 194LA 5LYTA 2BAAA 4TSCA 1GBOA 8LYZA 2EPEA 1B7OA 5IDDA 1IC4Y 4ETBA 4GN4A 4LGKA 1GDXA 1YAPA 2YBIA 3K3TA 3AGGG 1BB5A 1JKCA 4HSFA 2F4AA 133LA 1JJ3A 1DPXA 1FDLY 1OUEA 1LHMA 1LZBA 2B5ZA 2MECA 2XTHA 1DPWA 1UACY 3AJNA 3ATNA 4NHPA 6LYTA 5L3HA 3TXKA 3W6CA 1W6ZA 2BQNA 2EIZC 1JWRA 2ZNXY 1WVUA 1LZDA 2GV0A 1JKBA 3FI7A 2HEEA 1BB7A 4NGZA 1GE4A 1C45A 1XFPL 2DKVA 1IP5A 1XGPC 1VATA 3TXGA 5I4WA 3CB7A 3HBHA 2HEAA 2W1MA 3WUNA 5IHGA 3AZ6A 1UCOA 3B0IA 4GN5C 4NSIA 3OJPA 5KXSA 1VDPA 4LFPA 5A3EA 1GFEA 5HMVA 3W3EA 5KXYA 3N9AA 4DT3A 2LZTA 4NG1A 1LZNA 2D4KA 5I4XA 5LVJA 1VDSA 1CKCA 4DD3A 5KXNA 2F2NA 2DQFC 4NIJA 1B7QA 5HNLA 3CSZA 1MLCE 2BQKA 4ETDA 1XGRC 3B0OA 5B06A 1IP3A 4UWVA 2BQLA 5LYMA 1BB4A 207LA 1T6VL 3A3QA 4G49A 4CHXA 1HFYA 1GFTA 5LXWA 3WUMA 1ZVYB 1YILA 4XADA 4HP0A 1QUTA 2BLXA 2D6BA 3WL2A 1UIEA 1OUIA 5KXOA 2HUBA 3TXBA 1NKHA 4NGVA 1F0WA 1G7JC 1BB6A 1LZTA 3CT5A 1OUBA 4PGJB 4D9ZA 4DD1A 3A95A 3J6KA 1C43A 1DKKA 1WQPA 1YIKA 1AM7A 4NY5A 5B1GA 1WQQA 4NGJA 4UWNA 4H9CA 1HENA 5A3ZA 4DDBA 2HEBA 1B5UA 1LZGA 5APDA 1BWIA 1UIFA 3AW7A 3AZ7A 5D5CA 2FYDA 4B0DA 3ATOA 3FE0A 1AKIA 4H93A 4WMGA 1REMA 1QTKA 5APEA 5F14A 4NWEA 1IIZA 1FLQA 2I26L 3A92A 4MSTA 4G4BA 1G7LC 3BKHA 4WM5A 4J0LA 5I53A 4AGAA 5KKIA 1LTMA 1IOTA 3CT0A 3E3DA 4ET9A 1IOCA 3WULA 1NBYC 1DI3A 1GDWA 2YBMA 4H91A 1OUAA 2XBRA 3A93A 3WUAA 3MGWA 4ZEEA 2XBSA 4CFPA 1CJ9A 1IWUA 1ALCA 2D91A 3A90A 1B7SA 1D6PA 4LT3A 4NGIA 4HJVA 2Z38A 1IO5A 2FYCA 3A91A 1C7PA 2FBBA 1ZV5L 4N9RA 4W96A 1D0KA 1LSMA 3W6BA 1UBZA 2Z2FA 1OUJA 3LYZA 2C8PA 1TCYA 1HMKA 4YOPA 1JTTL 1J1OY 4OWBA 1AZFA 4WL7A 1FLWA 1VDTA 4Z98A 1GFAA 4J1BA 1LAAA 2G4NA 4WLTA 5I5QA 3WXUA 1AT5A 2NWDX 4TTDA 5FEKA 3SP3A 1GF3A 5KXPA 1GAZA 4H1PA 1HF4A 1GFHA 1JSEA 4N0JA 1B5YA 1KIQC 1IC7Y 4RW1A 1AT6A 2BQHA 4LYTA 1LZAA 2HEDA 5LVIA 1LCNA 4LZTA 2ZQ3A 1LOZA 2H5ZA 4LFXA 4WM2A 2LYOA 2W1YA 5I4YA 1FBIX 2DQIY 4YF2A 1F6SA 1PZYA 4QGZA 1GPQC 4OWAA 1GF0A 1GBYA 1HNLA 2MEIA 4NHIA 2YBHA 4B49A 1GF4A 2Z18A 4WLDA 1FLYA 1CKFA 3W6DA 2W1XA 5D5FA 1WQNA 1JJ0A 1FKVA 4H8XA 5LVHA 4HJZA 4PRUA 3QY4A 1D6QA 3AB6A 4H9EA 2X0AA 1BGIA 3AZ4A 5IELA 1EQEA 5KXKA 1YKZX 1B9OA 4OWCA 1GB3A 4OOTA 3G3AB 4GN3A 2MEFA 3A6BY 2BQIA 3A94A 1IORA 2BQEA 4WM3A 1QSWA 2D4IA 2BQAA 2N5ZA 4ML7A 2DQGY 4WM4A 1KXYA 4B4JA 4RLMA 3RT5X 1BQLY 4H90A 5E9RA 5L3IA 1YAMA 1CJ7A 1D0LA 3CT1A 3HFMY 2XJWA 1HMLA 1MELL 1XGUC 1SQ2L 3ZVQA 1VAUA 4WG7A 4NHSA 1O23A 1GB5A 1CNSA 1JIYA 1N4FA 1RJCB 1DKJA 5ILCA 2I6ZA 3BKVA 1B7PA 1RFPA 2ZQ4A 2Y8PA 1CJ8A 3TXEA 1C08C 3W6FA 1GEZA 3LHMA 4X3BA 3AW6A 1UIAA 1LJKA 1LYOA 1ZMYL 4N1EI 5B07A 2LYMA 1B0DA 1UIGA 2DQEY 4HTKA 3HBDA 1B7NA 1LZRA 1LMAA 2BQOA 3WVXA 4RLNA 4ETEA 2BQMA 1G7MC 2PC2A 1LHIA 3AGIA 1XEKA 1G7HC 1J1XY 3OK0A 4WO9A 1GB9A 208LA 2DQDY 4N1CC 1LJ4A 3WU7A 3TMWA 4M6DA 1DI4A 2YBNA 1GFGA 1W08A 4XJDA 1GBZA 1YL0X 4R0FA 1LHLA 4GCFA 1IY4A 4N5RA 3T6UA 5KXZA 1UUZC 1VFBC 3WW6A 6LYZA 1VDQA 4II8A 1BVKC 1JEFA 1YKXX 134LA 193LA 1WQMA 3LZTA 4HPIA 4G4HA 4C5FA 1G7IC 1QTEA 2HTXA 4HTNA 1XSFA 1GB2A 4FJRA 4MR1A 2CJLA 3QNGA 4HTQA 4TX7A 1I1ZA 1V7SA 132LA 4RW2A 1DQJC 1OUFA 2BPUA 1LSBA 2H9KA 5FSTA 5M1YA 3TMXA 1LSYA 3J4GA 4GLVA 1WTMA 1GBSA 1QSAA 1IR8A 4NGLA 5LIOA 3RNXA 3WPJA 4NWHA 4ANRA 2LYZA 1B7LA 1REXA 4CFOA 1XEIA 2ZIKA 4GCCA 4Z46A 1HFXA 1IR7A 2BQDA 3LYOA 1XEJA 1UICA 1WVVA 1LHJA 1UIBA 1GBWA 3P4ZA 1LMTA 1IWWA 4WM6A 1IP2A 1F6RA 1HELA 1C10A 1GF5A 3CSQA 4GLAA 4H8ZA 1TBYA 3TXDA 4O34A 3VWOA 2ZYPA 1TDYA 2YBLA 1EQ5A 1LJIA 1J1PY 4LT1A 5HLLA 3TMVA 2DQJY 2BLYA 1B5VA 1IVMA 1BVXA 4B1AA 4CGEA 4W94A 1IOSA 4LT2A 4GCEA 5KXWA 1DXJA 1LSAA 5DLAA 4P2EA 3WU9A 4ET8A 3TMUA 1TAYA 5KKJA 135LA 1JJ1A 4H9IA 4IJ4A 4MCKA 2Q0MX 1E8LA 4QEQA 1UIHA 4Z3MA 4WM1A 1LMCA 5HNCA 3AZ5A 3TXIA 4H8YA 1PS5A 5F16A 4H9BA 4KT3A 3LYMA 4DC4A 1CKDA 5B05A 1GEVA 2H9JA 1B7MA 5KXTA 2C8OA 3GXRA 4XJHA 5I54A 153LA 1LKRA 1CJ6A 4NGKA 5ILFA 1LZYA 4OOOA 2ZIJA 4XJBA 2BQJA 1OUDA 1WQOA 5C6LA 2LZ2A 4HV2A 7LYZA 4XENA 1GE3A 3WU8A 4EMNA 1GE1A 1FN5A 2DBTA 1YANA 2FBDA 1OQMA 4NHTA 2MEGA 3ZEKA 1LZCA 4XJFA 1A2YC 4ZFPA 1LHKA 4XN6A 4HV1A 4NSGA 4U3XB 4YEOA 3CQLA 1NMMA 3WYHA 1FLUA 9LYZA 1GF9A 4UWUA 1IP1A 3M3UA 3B0KA 1XGTC 5AMYA 1IR9A 1NQIA 4HJYA 1LZ8A 5FELA 1LMNA 1GD6A 1IY3A 1P2CC 3WPLA 4E3UA 3RW8A 5KXXA 1Z55A 4Z41A 1I56A 4J1AA 3B72A 1GFVA 1JKAA 1LJ3A 2F30A 5K7OA 3IWRA 1H6MA 1GB6A 1GFKA 1YAQA 3M18B 1HEPA 1JTPL 1QUSA 2YBJA 3A6CY 5DN4A 1QDRA 1YAOA 4HPEA 1GFUA 2G4PA 1LMQA 4OW1A 3A96A 5DL9A 2HECA 1OUHA 2Z39A 1LYZA 4NGWA 1HEWA 4R6CA 3W6AA 1GHLA 1LSDA 1VEDA 3W6EA 4H9FA 4QDNA 1JTOL 1REYA 5KXRA 2Z2EA 1GB0A 3G3BB 4LYMA 1IC5Y 4LT0A 3HBEX 1ZVHL 3A8ZA 4H92A 1GBXA 1YKYX 4KPMA 3TXHA 1BHZA 2MEBA 4H9AA 1BB3A 1LZ5A 1WQRA 4I0CA 2RSCA 1GB7A 2Z12A 2BQBA 1IWVA 2YSSC 2I25L 3D3DA 5LINA 3EBAB 1GXV2 4YENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DD7A 3WVYA 4RDSA 1GAYA 2OU0X 4I8SA 1IP7A 1L56A 1IP6A 1LMPA 4BADA 1RE2A 4DD2A 4G4CA 175LA 2O4WA 1LSGA 1DI5A 1IX0A 1G06A 1QT6A 227LA 1B7RA 4NGOA 4ZIXA 4N8ZA 1NBZC 2OU9A 1B5WA 4PHIA 1QDTA 2MEHA 5J7CA 3HDFA 4GRVA 4I7MA 1GF6A 1L35A 186LA 1H87A 4WL6A 4BAPA 2CDSA 4GCBA 4EPIA 4LYZA 1HERA 211LA 1LYYA 4W55A 4XJIA 1LSCA 1A4VA 1L89A 2XQOA 4TWSA 5LAGA 4WLYA 1YROA 159LA 1LJNA 3V2WA 4J7VA 248LA 2CWIA 1L70A 1P3NA 1LZEA 1GWDA 3HH4A 4DDCA 4ARJA 4TSBA 1C6QA 4NGYA 2HU1A 2OU8A 1PQIA 4G9SA 4NG8A 2YVBA 3ULRA 1LZ4A 259LA 1L46A 1BWHA 4PPOA 4NSJA 3P68A 5APCA 5KXMA 3P64A 4LYOA 1UA6Y 1L94A 2WARA 1V7TA 3DKEX 1I20A 3CDTA 4I7KA 1LSFA 1IWYA 2A7FA 1JUGA 5APFA 4TUNA 4DYGA 5LYTA 4TSCA 4ETBA 1GDXA 113LA 1JJ3A 2XTHA 1LZBA 4NHPA 1UACY 3W6CA 2BQNA 1LZDA 2GV0A 2DKVA 195LA 1IP5A 3HBHA 2W1MA 3WUNA 3EMLA 5KXSA 3OJPA 5I14A 1L13A 4EXMA 3W3EA 4DT3A 5I4XA 5KXNA 2RB2X 2BQKA 2LCBA 141LA 1L0KA 2BQLA 1GFTA 3SBAA 4ARPA 1L45A 1YILA 4HP0A 4W53A 2D6BA 1OUIA 4DQ5A 2OEAX 1L40A 4PGJB 4D9ZA 255LA 1L02A 3A95A 3J6KA 1AM7A 1WQQA 4UWNA 3GUIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EXD A;  2BQF A;  1D0M A;  2Z37 A;  5F9U A;  4DD7 A;  3WVY A;  1QQY A;  4RDS A;  1GAY A;  1LJE A;  4I8S A;  4PJ2 C;  1IP7 A;  3KAM A;  1IP6 A;  4DD0 A;  4ETC A;  1LMP A;  4BAD A;  5LA5 A;  5JEN B;  1RE2 A;  1LJH A;  4QY9 A;  1IEE A;  1HEM A;  1LHH A;  5DM9 A;  3ZVQ B;  154L A;  1JSF A;  2IHL A;  4DD2 A;  4G4C A;  5KJ9 A;  1GF8 A;  1LSP A;  5LA8 A;  1LSG A;  3A34 A;  1LJG A;  1D9U A;  3N9E A;  1DI5 A;  1HSX A;  1IX0 A;  1CKG A;  4GCD A;  5B1F A;  1YL1 X;  2W1L A;  3T36 A;  5EBH A;  1B7R A;  4NGO A;  4ZIX A;  4N8Z A;  1JKD A;  1LZ1 A;  4XYY A;  1GFR A;  5E4P A;  4WOA A;  2YDG A;  4YM8 A;  1NBZ C;  4BS7 A;  1GB8 A;  2HU3 A;  3TXF A;  1B5W A;  1GXX A;  1JHL A;  1LSN A;  1QDT A;  1NWG A;  2MEH A;  1LZ9 A;  1RI8 B;  4NSH A;  4PHI A;  5F81 A;  5F9X A;  5J7C A;  1WTN A;  4LYC A;  1JIS A;  1IWX A;  5FHW A;  5DN5 A;  4OWE A;  5C6I A;  4DD9 A;  4M4O A;  1GF6 A;  1HSW A;  2BQC A;  3EMS A;  3P66 A;  1HFZ A;  4EOF A;  1EL1 A;  1LKS A;  1LZ6 A;  4DDA A;  1FKQ A;  1H87 A;  1NDG C;  2EQL A;  3P65 A;  4WL6 A; 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 3GXR A;  4XJH A;  5I54 A;  153L A;  1LKR A;  1CJ6 A;  4NGK A;  5ILF A;  1LZY A;  4OOO A;  2ZIJ A;  4XJB A;  2BQJ A;  1OUD A;  1WQO A;  5C6L A;  2LZ2 A;  4HV2 A;  7LYZ A;  4XEN A;  1GE3 A;  3WU8 A;  4EMN A;  1GE1 A;  1FN5 A;  2DBT A;  1YAN A;  2FBD A;  1OQM A;  4NHT A;  2MEG A;  3ZEK A;  1LZC A;  4XJF A;  1A2Y C;  4ZFP A;  1LHK A;  4XN6 A;  4HV1 A;  4NSG A;  4U3X B;  4YEO A;  3CQL A;  1NMM A;  3WYH A;  1FLU A;  9LYZ A;  1GF9 A;  4UWU A;  1IP1 A;  3M3U A;  3B0K A;  1XGT C;  5AMY A;  1IR9 A;  1NQI A;  4HJY A;  1LZ8 A;  5FEL A;  1LMN A;  1GD6 A;  1IY3 A;  1P2C C;  3WPL A;  4E3U A;  3RW8 A;  5KXX A;  1Z55 A;  4Z41 A;  1I56 A;  4J1A A;  3B72 A;  1GFV A;  1JKA A;  1LJ3 A;  2F30 A;  5K7O A;  3IWR A;  1H6M A;  1GB6 A;  1GFK A;  1YAQ A;  3M18 B;  1HEP A;  1JTP L;  1QUS A;  2YBJ A;  3A6C Y;  5DN4 A;  1QDR A;  1YAO A;  4HPE A;  1GFU A;  2G4P A;  1LMQ A;  4OW1 A;  3A96 A;  5DL9 A;  2HEC A;  1OUH A;  2Z39 A;  1LYZ A;  4NGW A;  1HEW A;  4R6C A;  3W6A A;  1GHL A;  1LSD A;  1VED A;  3W6E A;  4H9F A;  4QDN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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