2DQCY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant(hy33f) complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqcY00
1HMLA 3AGIA 1LKRA 5LXWA 3ZEKA 3GXRA 4TWSA 4Z3MA 1OUIA 3D9AC 1LZDA 5LA8A 1LZYA 4NHTA 5IDDA 2F30A 3TMWA 3FI7A 5LAFA 3HBEX 1WQQA 3A34A 1GBXA 1EQ4A 4KL7A 5LIOA 5KXWA 5KXNA 1GB8A 1GD6A 1HENA 1YKZX 2BQAA 4YM8A 2MEAA 4XN6A 1G7HC 1LCNA 1JSEA 4PRQA 4WG7A 3WVXA 1ALCA 1UIEA 3WXTA 1XGPC 3OK0A 2ZYCA 3B0KA 1IP6A 5KXOA 3WULA 4NHIA 1CKFA 1V7TA 208LA 1F0WA 1GFUA 1LMAA 4DDCA 1LKSA 3LYOA 4YEMA 2YBIA 4XJHA 1IP5A 1DI3A 3B0IA 4WM6A 1SQ2L 1BQLY 1IC4Y 5LVGA 1MLCE 1IWZA 1LZCA 4N1CC 1DKJA 2ZQ3A 4W94A 1GFGA 1IR9A 1LZEA 4XENA 1LJIA 4CHXA 5ILFA 4RLNA 5ILCA 2BQJA 1GBZA 5HMVA 1QIOA 1LZSA 1B5XA 1WTNA 3WPKA 1EQEA 1LZ9A 5JENB 5LAGA 3QE8A 1OUDA 1LHKA 5I4WA 2C8OA 2EIZC 3LYZA 4O34A 3ZVQA 4LGKA 1V7SA 5LYZA 4NGIA 3QY4A 5DL9A 4H91A 1ZV5L 1IR8A 5D5CA 3VWOA 1HSWA 3W6AA 1HELA 5I4XA 4H93A 2W1LA 4ZIXA 3W6CA 1XEIA 2MEBA 1B5VA 1F6SA 5LVIA 5KKJA 1LZBA 1LJ4A 4WOAA 1B7MA 3HBHA 5F81A 5KXYA 5A3ZA 3A93A 3A3RX 3TMXA 3RU5A 1IORA 1QDRA 1XGUC 3TXKA 4CFOA 5KKIA 1LHHA 1PZYA 1RI8B 4L41A 4MSTA 3WL2A 1LJKA 4PRUA 132LA 1YAMA 5I5QA 3WUAA 4DYGA 4GN3A 1LYYA 2ZNXY 4OWEA 2EQLA 3W3EA 1OUGA 3CSQA 1B7PA 4RW1A 4DDBA 1GFVA 207LA 1KIRC 1GAZA 1JTOL 3ULRA 3A3QA 3RT5X 1LMOA 2YVBA 3B0OA 1HEOA 4N8ZA 2Q0MX 1LJNA 3N9CA 1CKGA 4W96A 3WW6A 1B2KA 4RW2A 4TSCA 3D3DA 1GE3A 1SLYA 2BQEA 5KXSA 1JJ1A 4XADA 1BB4A 1NMMA 6LYTA 1BVKC 5LVKA 1P2CC 1LPIA 5FEKA 4HJYA 1JPOA 1IWUA 1JITA 1QSAA 5E9RA 2A7FA 1OUJA 2AUBA 1GBWA 4MR1A 4DD1A 1HMKA 4B4IA 1C7PA 1B5UA 1J1PY 2BQHA 2I6ZA 3EO5A 1AT5A 2MEFA 1LSAA 1AZFA 5F9UA 1BWHA 1VEDA 1GE1A 1HEQA 1LZ8A 3W6EA 3MGWA 3AW6A 5B59A 3CT5A 2DQEY 3WPLA 3A92A 4HJVA 4ZFPA 1B7QA 4LT0A 1KXWA 2YBLA 2BQIA 2BQCA 5B1GA 1W08A 1VFBC 4B49A 5B05A 2HTXA 4Z98A 2CWIA 1IIZA 1UC0A 1DI4A 1EL1A 4BADA 1IOQA 2NWDX 4ET8A 1IWYA 1CJ7A 1LMCA 1NHEA 2BQDA 1LHLA 3TXEA 5IHGA 2Z39A 4H8ZA 5DLAA 1GB6A 2C8PA 1GB9A 2BLXA 3T36A 4GLAA 1GF6A 1TCYA 1YROA 2FBDA 3ATOA 2MEGA 2WARA 4I8SA 4LFXA 1IP1A 4NY5A 4C5FA 4XYYA 3P64A 4NIJA 3AW7A 2F4GA 4IJ4A 1JJ0A 4II8A 5FDJA 1YAOA 3A96A 1EQ5A 2DQFC 5LA5A 4LFPA 5I4YA 4NGYA 1IEEA 1LZGA 1GHLA 1UCOA 1HFYA 4G4BA 2F4AA 1DQJC 3AGGG 1J1OY 5F9XA 1NWGA 1F10A 3A67Y 4J1BA 3TMUA 4CJ2A 4QGZA 1GXXA 1HFZA 4NSIA 4GCFA 1GBSA 2HEDA 5HQ1A 1DZBX 1FLWA 2LZTA 1REMA 4NEBA 1LJGA 4H9EA 1GE4A 1JTPL 4NGZA 1VDQA 1FKQA 1XFPL 2ZQ4A 1HNLA 4NSGA 4UWVA 4AXTA 5DN5A 1UIHA 1WTMA 3AYQA 1FLYA 1LZ1A 1GEZA 2Z12A 5T3FA 3AZ7A 3CSZA 4ML7A 3TXJA 4M4OA 2MECA 4H94A 4LYZA 3P65A 1GDWA 1NKHA 3EBAB 3P68A 1LSYA 2Z2FA 4PPOA 4WM1A 1GFTA 1LSCA 3WW5A 5FCPA 2X0AA 1LSFA 3LYMA 4QEQA 1GFEA 1CJ9A 3AGHA 4GN4A 3TXFA 1JKBA 4H8XA 2BQOA 3AJNA 4A7DA 5HNCA 1LAAA 1IWWA 4HP0A 4CFPA 1VDTA 3P4ZA 1TAYA 1QUTA 3AZ5A 9LYZA 1IY3A 3A91A 2Z37A 1GWDA 1FLQA 4ZEEA 8LYZA 2H9JA 3WPJA 5B07A 1LZ4A 1OUAA 3AZ4A 1AT6A 3LYTA 1LZ5A 1OUBA 2HEAA 4H9IA 1XGTC 1JJ3A 1W6ZA 1INUA 1IO5A 1NQIA 1XSFA 2FYCA 3CT1A 4HSFA 4OWHA 4DT3A 5KJ9A 3A94A 4D9ZA 1G7JC 4NHSA 3WU8A 2LYZA 4BAFA 1GFAA 1CNSA 2XBSA 1GAYA 3P66A 5II3A 5C6IA 1GF9A 1C46A 2MEEA 3CB7A 5F14A 1BB5A 1GF7A 4NGWA 2HUBA 1AKIA 3GXKA 1DKKA 3IWRA 5KXRA 1NDGC 1B5YA 4H9HA 1UIDA 1VAUA 1C45A 3J4GA 4N5RA 5I53A 4DD3A 1GF3A 1HEMA 2VB1A 1YKYX 4TTDA 4J0LA 2DKVA 4HTQA 1LMTA 2H9KA 4Z41A 4Z46A 1LSNA 2BQFA 4KT3A 1LSZA 1CKHA 1YAPA 2HU3A 1YKXX 2A7DA 2D4IA 1LOZA 1IP7A 1OP9B 4N9RA 3W6BA 5KXMA 1NF5A 1HERA 1OUCA 1LJHA 1REYA 4NWEA 4WM4A 4YENA 3WXUA 4P2EA 2CJLA 4WO6A 1IWXA 1WQMA 2MEDA 4C3WA 4NWHA 5J7CA 1UUZC 4CGEA 2BQLA 1JHLA 1JTTL 1ZMYL 1YL0X 3WU9A 1B7RA 2HEBA 1B5ZA 2HEFA 4N0JA 4ETEA 5L9JA 3M3UA 1HF4A 3ZVQB 3TXBA 1HFXA 4KPMA 4GCEA 4LT1A 4GCCA 3TXDA 1TDYA 5HLLA 2BAAA 3J6KA 2LYOA 1H87A 1IR7A 3G3AB 1WVUA 5A3EA 154LA 1GEVA 3WVYA 1E8LA 2CGIA 1BHZA 4E3UA 5KXKA 3TMVA 2EPEA 4QY9A 4WG1A 4H1PA 2DQCY 1LHIA 4H8YA 4DWXA 1DPWA 2I25L 1RE2A 1D6PA 1GF4A 5DM9A 5B1FA 1GDXA 5D5FA 3RZ4A 1NDMC 4J7VA 5AMYA 1IP3A 3CQLA 3A90A 2ZWBA 4OOOA 2LYMA 4HJZA 193LA 4XJIA 1XGRC 4TX7A 1UIAA 2W1MA 1WVVA 4U3XB 4DD2A 1HSXA 1LTMA 2DBTA 4ET9A 5APCA 1I20A 4G4HA 1YIKA 4NG1A 4NG8A 2GV0A 4BS7A 3LN2A 3BKVA 1Z55A 1IOTA 4I0CA 5LYMA 4UWNA 4B1AA 4HPEA 1LHJA 3K3TA 4WLXA 4ETDA 2N5ZA 2IHLA 4FJRA 2DQAA 1LSBA 5LYTA 4WMGA 1B5WA 1IOCA 1WQOA 5LVHA 1RFPA 1XEJA 2Y8PA 1H6MA 3KAMA 3W6FA 3WUNA 3LHMA 1J1XY 4ANRA 1FDLY 1KIPC 3A6BY 5LVJA 1LSEA 3A6CY 4OWCA 4QDNA 4LYBA 4WLTA 4LYCA 1JKAA 2YBNA 1IWTA 1FKVA 1UIBA 2DQHY 3N9AA 5E4PA 5HMJA 2RSCA 3W6DA 4DD9A 1B0DA 4J1AA 5KXXA 4LYTA 1LSDA 3TXIA 3WUMA 1LJJA 1QSWA 4NGVA 1D0LA 1GPQC 1BB3A 1GXV2 4GCDA 5HNLA 4B4EA 1C43A 4BAPA 4X3BA 1GBOA 1LMQA 2EKSC 3LZTA 1GBYA 2BLYA 2ZILA 3B6LA 1LJ3A 1QQYA 1GF5A 1A2YC 2XBRA 2YBHA 194LA 2I26L 1B7SA 2DQGY 2FBBA 1GFJA 4HTNA 1MELL 4DDAA 5KXTA 1A4VA 1B9OA 2MEIA 5KXLA 1YAQA 1REZA 1JISA 2D6BA 1OQMA 1UA6Y 2D4KA 1T3PA 5L3IA 4LT3A 1VDSA 4XJGA 1JUGA 1B7NA 2F2NA 1IY4A 3WU7A 3WYHA 1CJ6A 135LA 1BB7A 4M6DA 1LZNA 1YILA 3M18B 1IX0A 1JWRA 4B0DA 4ETAA 1KIQC 1C10A 1DXJA 1GB2A 1LJFA 1GB0A 4G4CA 1BB6A 1CJ8A 1GFRA 1IWVA 1KXXA 5KY1A 4IATA 4HV2A 4NGOA 1LMPA 4ETBA 134LA 2ZIJA 5C6JA 5I54A 4H90A 5B06A 3CT0A 1BWIA 1GF8A 5APDA 3CSRA 1LZTA 1YANA 2DQJY 4WM3A 5KXPA 3LZ2A 2G4QA 1BWJA 2G4NA 5APFA 4R6CA 1OUEA 1GF0A 4DD0A 1OUFA 4HV1A 1QTKA 4FDYA 1LYSA 4YEOA 1AM7A 1QDTA 3BKHA 1IP4A 2H5ZA 3A95A 4IASA 5KXZA 3G3BB 1GB7A 1WQPA 3OJPA 1PS5A 4WM2A 2W1YA 2Z38A 1LYOA 1CKDA 2ZNWY 1JEFA 1WQNA 2IFFY 4MCKA 2BQBA 1BGIA 1FBIX 2DQIY 1HEPA 4NGJA 1CKCA 1I1ZA 1IOSA 2D91A 1D0MA 4RDSA 1LJEA 3TXHA 1TBYA 1GE0A 4XJBA 1OUHA 4G49A 1FN5A 5C6LA 1NBYC 1GB5A 4H9AA 4XJFA 5FELA 1N4FA 1IC7Y 1IP2A 1XEKA 2XJWA 2HU1A 2B5ZA 2Z18A 4WLYA 3A8ZA 4NGKA 1BVXA 1GFKA 4EMNA 1QUSA 5IELA 1F6RA 2DQDY 1G7LC 2BPUA 3IJVA 4H9FA 1VDPA 4OWAA 2LZ2A 4NHQA 1JIYA 2YBMA 2LHMA 5LINA 4TUNA 4XJDA 4EOFA 1B7OA 2PC2A 1LZ6A 1D9UA 6LYZA 3HFMY 1LYZA 4H9CA 4R0FA 4YOPA 2HEEA 3B72A 4UWUA 2BQGA 2XTHA 3EXDA 4WL6A 3WMKA 4HTKA 1O23A 1UACY 1GB3A 4G9SA 4WM5A 1RJCB 5APEA 4AGAA 4RLMA 3QNGA 2Z19A 5L3HA 2D4JA 1JSFA 1NBZC 3IJUA 5FSTA 1JKDA 5DN4A 1TEWA 1LMNA 2Z2EA 1RCMA 3AB6A 4OWBA 5F16A 4YF2A 4PJ2C 1YQVY 2CDSA 2YDGA 4GCBA 4H9BA 4KXIA 4ETCA 1UIGA 1UICA 1HEWA 1KXYA 1LHMA 1UBZA 4LZTA 5EBHA 4PHIA 2HECA 3TXGA 4WO9A 4NSHA 2G4PA 5M1YA 3E3DA 1D0KA 1LSGA 1JKCA 4H92A 2ZIKA 4WLDA 3FE0A 4NGLA 1XGQC 4OW1A 1HHLA 3T6UA 7LYZA 2ZYPA 1G7MC 1G7IC 1HC0A 4GLVA 1GFHA 3EMSA 2FYDA 4N1EI 1VATA 1LZAA 2BQMA 1DPXA 3HBDA 3RW8A 4GN5C 153LA 3ATNA 4DC4A 1B7LA 4LT2A 4LYOA 1WQRA 2W1XA 2YSSC 4TSBA 4NSJA 5FHWA 4B4JA 4NHPA 1D6QA 1GE2A 1IC5Y 1LSMA 2BQKA 1REXA 3N9EA 1IVMA 1YL1X 4OOTA 4HPIA 1LSPA 4PGJB 1ZVYB 1FLUA 1C08C 1T6VL 4WL7A 3WH1A 1I56A 2BQNA 1DI5A 2YBJA 3AZ6A 4LYMA 1UIFA 4NFVA 2MEHA 3SP3A 4DD7A 5K7OA 1LZRA 3F6ZA 1ZVHL 3RNXA 133LA 1QTEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HMLA 1LKRA 4TWSA 5LA8A 1LZYA 1G0JA 1L22A 4LDOA 3TMWA 143LA 3FI7A 1C67A 5LAFA 3A34A 4KL7A 1GD6A 1G7HC 1L05A 1UIEA 120LA 1CV1A 1P2RA 3OK0A 3B0KA 1F0WA 1LMAA 4DDCA 4XJHA 3B0IA 4W59A 4WM6A 1BQLY 1IC4Y 1DKJA 2ZQ3A 4CHXA 5ILFA 2BQJA 5HMVA 2RBSA 3QE8A 1L83A 1OUDA 1LHKA 119LA 2EIZC 4O34A 3GUPA 1L75A 3QY4A 5DL9A 5D5CA 3W6CA 258LA 1B5VA 1OVKA 5LVIA 1B7MA 1L84A 1IORA 1QDRA 4PRUA 132LA 4DYGA 4GN3A 4OWEA 1P2LA 1L17A 3ULRA 206LA 1HEOA 2Q0MX 3WW6A 1DYAA 4XADA 3SB9A 1BB4A 1NMMA 1BVKC 1D2YA 1SSYA 1NHBA 4HJYA 1KY0A 1JPOA 113LA 1QSAA 5E9RA 2I6ZA 234LA 1AZFA 1VEDA 3W6EA 3MGWA 5B59A 1QSBA 3GUJA 3HDEA 3RZEA 3WPLA 4ZFPA 4Z98A 1P36A 2B6TA 1G0KA 2NWDX 4ET8A 166LA 2Z39A 4H8ZA 1P7SA 1L01A 5DLAA 2C8PA 3DNAA 1CVKA 1TCYA 196LA 1L37A 4XYYA 1C65A 4NIJA 2F4GA 1HFYA 1CU2A 3AGGG 5F9XA 3A67Y 232LA 3TMUA 3SN6R 1GBSA 1C66A 1C6AA 1REMA 1LJGA 260LA 4NGZA 1FKQA 3DN8A 4UWVA 5DN5A 1UIHA 2Z12A 5T3FA 3AZ7A 4ML7A 4M4OA 3P65A 1GDWA 160LA 3EBAB 3P68A 1GFTA 1GFEA 3TXFA 4H8XA 1QS5A 1IWWA 3P4ZA 168LA 1C6IA 2Z37A 8LYZA 4ZEEA 2F32A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HML A;  3AGI A;  1LKR A;  5LXW A;  3ZEK A;  3GXR A;  4TWS A;  4Z3M A;  1OUI A;  3D9A C;  1LZD A;  5LA8 A;  1LZY A;  4NHT A;  5IDD A;  2F30 A;  3TMW A;  3FI7 A;  5LAF A;  3HBE X;  1WQQ A;  3A34 A;  1GBX A;  1EQ4 A;  4KL7 A;  5LIO A;  5KXW A;  5KXN A;  1GB8 A;  1GD6 A;  1HEN A;  1YKZ X;  2BQA A;  4YM8 A;  2MEA A;  4XN6 A;  1G7H C;  1LCN A;  1JSE A;  4PRQ A;  4WG7 A;  3WVX A;  1ALC A;  1UIE A;  3WXT A;  1XGP C;  3OK0 A;  2ZYC A;  3B0K A;  1IP6 A;  5KXO A;  3WUL A;  4NHI A;  1CKF A;  1V7T A;  208L A;  1F0W A;  1GFU A;  1LMA A;  4DDC A;  1LKS A;  3LYO A;  4YEM A;  2YBI A;  4XJH A;  1IP5 A;  1DI3 A;  3B0I A;  4WM6 A;  1SQ2 L;  1BQL Y;  1IC4 Y;  5LVG A;  1MLC E;  1IWZ A;  1LZC A;  4N1C C;  1DKJ A;  2ZQ3 A;  4W94 A;  1GFG A;  1IR9 A;  1LZE A;  4XEN A;  1LJI A;  4CHX A;  5ILF A;  4RLN A;  5ILC A;  2BQJ A;  1GBZ A;  5HMV A;  1QIO A;  1LZS A;  1B5X A;  1WTN A;  3WPK A;  1EQE A;  1LZ9 A;  5JEN B;  5LAG A;  3QE8 A;  1OUD A;  1LHK A;  5I4W A;  2C8O A;  2EIZ C;  3LYZ A;  4O34 A;  3ZVQ A;  4LGK A;  1V7S A; 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 1LZ6 A;  1D9U A;  6LYZ A;  3HFM Y;  1LYZ A;  4H9C A;  4R0F A;  4YOP A;  2HEE A;  3B72 A;  4UWU A;  2BQG A;  2XTH A;  3EXD A;  4WL6 A;  3WMK A;  4HTK A;  1O23 A;  1UAC Y;  1GB3 A;  4G9S A;  4WM5 A;  1RJC B;  5APE A;  4AGA A;  4RLM A;  3QNG A;  2Z19 A;  5L3H A;  2D4J A;  1JSF A;  1NBZ C;  3IJU A;  5FST A;  1JKD A;  5DN4 A;  1TEW A;  1LMN A;  2Z2E A;  1RCM A;  3AB6 A;  4OWB A;  5F16 A;  4YF2 A;  4PJ2 C;  1YQV Y;  2CDS A;  2YDG A;  4GCB A;  4H9B A;  4KXI A;  4ETC A;  1UIG A;  1UIC A;  1HEW A;  1KXY A;  1LHM A;  1UBZ A;  4LZT A;  5EBH A;  4PHI A;  2HEC A;  3TXG A;  4WO9 A;  4NSH A;  2G4P A;  5M1Y A;  3E3D A;  1D0K A;  1LSG A;  1JKC A;  4H92 A;  2ZIK A;  4WLD A;  3FE0 A;  4NGL A;  1XGQ C;  4OW1 A;  1HHL A;  3T6U A;  7LYZ A;  2ZYP A;  1G7M C;  1G7I C;  1HC0 A;  4GLV A;  1GFH A;  3EMS A;  2FYD A;  4N1E I;  1VAT A;  1LZA A;  2BQM A;  1DPX A;  3HBD A;  3RW8 A;  4GN5 C;  153L A;  3ATN A;  4DC4 A;  1B7L A;  4LT2 A;  4LYO A;  1WQR A;  2W1X A;  2YSS C;  4TSB A;  4NSJ A;  5FHW A;  4B4J A;  4NHP A;  1D6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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