1L46A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAERVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l46A00
4ARJA 3G3VA 177LA 1C6AA 1CX7A 1CV4A 214LA 1L71A 4PJZA 1C64A 246LA 1L07A 1XJUA 3V2YA 1L22A 3CDVA 4GRVA 1L32A 163LA 1L0KA 185LA 226LA 2RBNA 1G0KA 229LA 1CV3A 1C65A 257LA 3L2XA 6LZMA 113LA 1L66A 209LA 3NYAA 160LA 212LA 2RBOA 1LGUA 1L93A 2B6TA 1CU5A 227LA 3DN6A 1L18A 1L43A 3GUMA 2OE7X 3HDFA 1SX2A 151LA 2NTHA 1L95A 1LYDA 1L00A 3PDSA 1L35A 1G0JA 1LGWA 1L04A 1LI3A 1L11A 3GUNA 4EPFA 1L49A 139LA 1SSWA 162LA 2RBPA 172LA 200LA 231LA 3SB6A 3HT6A 219LA 187LA 1QSBA 1QSQA 1T8AA 2RAZX 1L50A 4YXCA 1C6BA 1OVKA 3SB7A 1ZYTA 4EPIA 195LA 1L76A 4AQNA 1T8FA 7LZMA 2RB0X 3HTGA 205LA 1L86A 3CDQA 199LA 1C6EA 3DN1A 3HT7A 2LZMA 4IAPA 1D9WA 1QT7A 1C63A 4DAJA 1QT4A 1PQOA 1L68A 3L64A 156LA 218LA 225LA 1PQJA 4W51A 4W56A 175LA 130LA 1DYFA 3DKEX 164LA 1L65A 1C6CA 158LA 1L74A 2ANXA 169LA 1L21A 1P7SA 2OE9X 2IGCA 1L61A 1OYUA 1SWZA 1L55A 2B6YA 1L85A 1C66A 1DYCA 1L73A 4I7JA 1G0LA 178LA 4EKPA 1P36A 1JQUA 189LA 1L82A 1CV5A 3HH5A 109LA 210LA 1C6GA 1P2RA 1DYBA 1LGXA 3QAKA 4PK0A 3HUAA 4I7NA 240LA 2Z6BA 1G0QA 1L87A 2RB2X 1C6TA 3C82A 118LA 1NHBA 3SN6R 224LA 3NY8A 1OV5A 1QT6A 1SWYA 3HT9A 1C6DA 3HWLA 2RAYX 2B72A 1CUPA 119LA 1KNIA 1L39A 4I7KA 3FI5A 1P3NA 125LA 1D3NA 3HU9A 1JTMA 1L53A 228LA 1LYIA 2RB1X 4I7OA 157LA 1CV6A 238LA 4LDLA 1L23A 3GUOA 4ZPUA 2B75A 3C7WA 3DN2A 1L57A 260LA 150LA 1CUQA 1DYGA 1L0JA 1G0PA 2HUMA 2B6ZA 1OVJA 1LYEA 3LZMA 166LA 4LDOA 2LCBA 261LA 3CDTA 3NY9A 1L69A 1C6JA 1P6YA 4ARLA 1CTWA 3GUIA 1L12A 255LA 161LA 1T6HA 108LA 251LA 3OE8A 4ARPA 3GUKA 249LA 111LA 4I7MA 1P37A 1CU2A 1L16A 4I7LA 1C6IA 216LA 256LA 1SSYA 1P56A 3OE0A 1CV1A 1D3FA 1JTNA 2OEAX 3RZEA 4DKLA 171LA 4EXMA 183LA 1KY0A 1D3JA 3DNAA 2F2QA 3G3XA 1OVHA 120LA 137LA 4LDEA 1G0GA 1I6SA 3OE6A 1LPYA 1LLHA 115LA 3SBAA 3HT8A 142LA 1L62A 1LYFA 1G06A 1L80A 1L24A 2HUKA 2F32A 3DN0A 1C68A 1L67A 4YX7C 1L77A 1P2LA 1L30A 1L59A 4W57A 122LA 188LA 131LA 129LA 126LA 2O7AA 170LA 168LA 3HUQA 2B7XA 1KW7A 1L08A 2B6XA 1L70A 146LA 1KS3A 3C8RA 1QTVA 2NTGA 2F47A 3GUJA 254LA 1B6IA 223LA 1L58A 1PQMA 250LA 236LA 1P64A 4W55A 1L88A 1L06A 143LA 1L54A 1KW5A 1C6LA 3VW7A 1L92A 186LA 3D4SA 1LWKA 1LWGA 3CDOA 221LA 1ZURA 1D2WA 4W54A 3F9LA 3DMZA 1L91A 1CU0A 1L20A 1CX6A 1QTBA 3UONA 4OO9A 1C60A 1XEPA 3HH6A 1L17A 155LA 217LA 2RH1A 1L96A 2O4WA 1L14A 4S0WA 4YXAC 190LA 2A4TA 3DMXA 1C61A 3HU8A 1PQIA 1L56A 242LA 1C67A 2OU8A 1L29A 1G0MA 2B73A 3GUPA 1L25A 3HTFA 1L51A 1LYHA 1OWZA 5LZMA 1L72A 1LW9A 152LA 3C8SA 1QT3A 262LA 1XJTA 1CU3A 2OTYX 1CV0A 1DYAA 1L47A 4EKSA 1L28A 247LA 1QS9A 4ARQB 4EKRA 1L97A 1C6HA 1QT5A 1QT8A 4EJ4A 1LYGA 192LA 1C69A 1L40A 4EKQA 2RBSA 182LA 1L48A 1L05A 3PBLA 3GULA 1K28A 2B74A 3HDEA 1QUDA 1L89A 1L13A 1L19A 1LI6A 4LZMA 3F8VA 1L46A 1OV7A 4I7TA 110LA 4E97A 165LA 244LA 167LA 3V2WA 148LE 197LA 1LI2A 2Q9EA 159LA 1C6KA 1L99A 1CU6A 2QB0B 241LA 1D3MA 4I7QA 5I14A 4W58A 1L84A 1TLAA 1L02A 2ANVA 144LA 176LA 4ARMB 1L26A 233LA 3HUKA 3DN3A 145LA 102LA 2HULA 1QTHA 4ARMA 4I7RA 3C7YA 243LA 3DMVA 3FA0A 174LA 1L38A 2OU9A 104LA 4W53A 3G3WA 2OE4X 1QTDA 1G07A 1QS5A 181LA 1DYEA 4W52A 3C83A 3K2RA 3SB5A 112LA 1QTZA 1QUGA 3JR6A 222LA 2Q9DA 234LA 1L98A 2RBQA 1L44A 3DN4A 1C62A 1L33A 230LA 198LA 1T8GA 4K5YA 1QUOA 1L36A 1WTHA 4W59A 239LA 1C6MA 3C80A 2L78A 128LA 3EMLA 1L03A 103LA 1L41A 2OTZX 1L09A 2LC9A 140LA 3HTBA 1L42A 123LA 3SBBC 211LA 191LA 1L27A 1L64A 1L90A 1P5CA 3DN8A 196LA 253LA 3C81A 1QTCA 4GBRB 1L52A 1LYJA 220LA 2CUUA 1T97A 248LA 1L34A 1EPYA 3C8QA 2QARC 1C6FA 1L60A 235LA 1G1VA 1L81A 149LA 3CDRA 3SB8A 2OU0X 3RUNA 1QUHA 1PQKA 215LA 1L01A 1L10A 1C6QA 1L79A 1ZWNA 3C7ZA 3HH4A 141LA 1L45A 1P46A 2B6WA 2O79A 2B70A 237LA 1KY1A 1PQDA 3OE9A 3FADA 2RBRA 1L37A 173LA 1SX7A 1L75A 1C6PA 114LA 1D2YA 258LA 1L63A 127LA 107LA 201LA 1DYDA 252LA 184LA 1L31A 245LA 1CVKA 232LA 4ARQA 206LA 147LA 4DJHA 3ODUA 138LA 4I7SA 1L83A 3HH3A 1L94A 1G1WA 213LA 1L15A 259LA 3HTDA 180LA 3SB9A 4I7PA 1OWYA 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFRA 4ARJA 3G3VA 5LVJA 1GF4A 1CX7A 3HBDA 194LA 4PJZA 4EMNA 1C64A 1CNSA 246LA 4YM8A 1XJUA 5KXPA 4DWXA 4GCCA 3N9AA 134LA 1L0KA 1C10A 226LA 229LA 3WVXA 1MELL 212LA 1CKDA 1GBSA 1CU5A 5KXXA 4B0DA 1WTNA 1SX2A 3LYZA 1JSFA 2MEAA 1LYDA 3WU9A 1L00A 3PDSA 1LZ9A 3A90A 4OWEA 1L11A 5E9RA 139LA 1QSBA 1T8AA 1HFZA 4LFPA 3SB7A 4J7VA 5APEA 4NFVA 195LA 4WM5A 2RB0X 1LJ3A 3CDQA 5J7CA 3ATNA 5KXRA 1EL1A 1IY4A 1C63A 1KIPC 1L68A 3L64A 1HERA 5KXZA 130LA 1HELA 4B4EA 1UA6Y 1L65A 5LIOA 3N9EA 1L74A 4DDBA 1B9OA 5LXWA 3WMKA 4XJFA 5I4WA 3B0IA 1IR8A 1L55A 5DN5A 178LA 4W94A 2LYOA 1JQUA 3P66A 1LMQA 1C7PA 3T6UA 1AT6A 210LA 4DQ7A 1LZAA 4H8YA 118LA 1QT6A 3HWLA 2RAYX 1BB7A 1YROA 1CUPA 5FSTA 2ZWBA 4I7KA 1P3NA 1VDQA 1D0KA 1L53A 1WQPA 2RB1X 1BB4A 157LA 3GUOA 4ETEA 3KAMA 1PZYA 1CUQA 1DYGA 2Q0MX 2HUMA 1W08A 2A7DA 4II8A 5ILCA 3W6DA 4LDOA 4G49A 2LCBA 1UCOA 1GF9A 3CDTA 3QY4A 3NY9A 2DQHY 4GN5C 1CTWA 4H9BA 161LA 3A96A 3OE8A 4OWBA 249LA 4XJDA 1FBIX 1CU2A 4I7LA 216LA 2D4JA 3CB7A 1SSYA 1P56A 3WPJA 2HEDA 1CJ8A 4OWHA 2AUBA 1GXXA 2OEAX 4EXMA 183LA 1KY0A 3DNAA 3G3XA 1B7NA 1JTPL 1JJ3A 1IP6A 4LDEA 1DPXA 1LPYA 1LLHA 115LA 3SBAA 1G06A 1L80A 1BB3A 4WLDA 1C68A 1L30A 2Z38A 2DQCY 131LA 1HEWA 168LA 3HUQA 1IP4A 1KS3A 2NTGA 5FDJA 5A3ZA 250LA 4DD1A 5II3A 4W55A 1IC7Y 4WLXA 1UIBA 3VW7A 3B72A 1L92A 2DBTA 186LA 3IWRA 221LA 4XJHA 4NG1A 3DMZA 4IASA 1GFAA 3UONA 1JTOL 4OO9A 4CFOA 1L17A 4D9ZA 155LA 1J1XY 3A95A 1LZ1A 4ZFPA 1G7MC 1LSMA 3HU8A 1UICA 1C67A 2MEEA 7LYZA 4MSTA 2B73A 1L25A 2D6BA 1L51A 1YAMA 4H92A 1LW9A 3C8SA 1B5UA 4G4HA 1INUA 1DYAA 1UC0A 5LVHA 4ET9A 3ZVQB 1YIKA 1UIDA 1ZVYB 1YAOA 2ZILA 1QT5A 1UIEA 3OK0A 1GB2A 1LYGA 1C69A 4FDYA 3VWOA 3AGIA 1L05A 1K28A 3ATOA 3W6BA 1JWRA 4LYTA 4E3UA 3WW5A 4M6DA 4LZMA 1IR7A 4P2EA 1L46A 1OV7A 1CKCA 244LA 197LA 4J1BA 1C45A 5LVKA 1LI2A 2Q9EA 1L99A 4PJ2C 5F81A 1D3MA 1GFGA 4NHQA 3P65A 5I14A 4AGAA 1G7HC 1WVUA 144LA 1GF7A 1L26A 4NSGA 3HUKA 3DN3A 5D5FA 1LMNA 2HULA 1YAQA 4OW1A 1JSEA 243LA 1LJKA 5KXNA 3FA0A 174LA 4W53A 5LA8A 1G07A 4ML7A 3SB5A 1LZ5A 2ZYPA 1TBYA 4K5YA 2CGIA 4RLNA 1OP9B 1HEOA 1L36A 1WTHA 1GB3A 132LA 1JJ1A 128LA 1LSZA 1LJGA 5F9XA 2HEFA 3HTBA 3A91A 123LA 4H94A 3SBBC 2HUBA 4LGKA 5I54A 1F6SA 3K3TA 4DD2A 5K7OA 4GBRB 1VATA 1C08C 3AB6A 4NG8A 3C8QA 4LYOA 1OUCA 2I6ZA 1IWXA 3FI7A 1L60A 3CT5A 1YKZX 3SB8A 1VAUA 3C7ZA 1AT5A 2Z39A 2MECA 1LYYA 1P46A 2B6WA 2O79A 5APDA 1LZ4A 1PQDA 3OE9A 5HNLA 173LA 1SX7A 1L75A 5ILFA 258LA 1B7MA 1F6RA 1HFYA 252LA 184LA 3N9CA 1C43A 1G7IC 1DKJA 206LA 4CGEA 4N1CC 4NGKA 5KJ9A 4I7SA 3HH3A 1L94A 1LSFA 1G1WA 1QSWA 213LA 3HTDA 180LA 1LZGA 1OWYA 4XENA 2MEDA 1L07A 1GBOA 1LSPA 3V2YA 1L22A 2Z2FA 2F2NA 5LA5A 4NSIA 3TMWA 2Y8PA 1C46A 2RBNA 4PRQA 2BQKA 1HENA 1C65A 5C6JA 6LZMA 3LYOA 1LGUA 1YKYX 2B6TA 227LA 3BKVA 1L43A 3GUMA 3WL2A 1NDMC 4CHXA 4XADA 1IP1A 2DQFC 2NTHA 4LT0A 1B7OA 1I20A 5KXKA 5FELA 3D3DA 4RLMA 1L35A 4X3BA 1G0JA 2D91A 4NY5A 1QTEA 1LI3A 3GUNA 4NGWA 3SB6A 162LA 231LA 3T36A 2RAZX 4GCFA 4YXCA 1C6BA 3WXTA 4Z3MA 2DQJY 1L76A 4AQNA 1T8FA 3RU5A 2D4IA 205LA 2BQEA 3HT7A 2LZMA 3TXDA 1QT7A 1TEWA 218LA 4RW1A 1DYFA 3D9AC 2BQNA 1LYZA 2MEIA 4CJ2A 8LYZA 1L21A 3GXKA 4B4JA 1CKFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GFR A;  4ARJ A;  3G3V A;  5LVJ A;  1GF4 A;  1CX7 A;  3HBD A;  194L A;  4PJZ A;  4EMN A;  1C64 A;  1CNS A;  246L A;  4YM8 A;  1XJU A;  5KXP A;  4DWX A;  4GCC A;  3N9A A;  134L A;  1L0K A;  1C10 A;  226L A;  229L A;  3WVX A;  1MEL L;  212L A;  1CKD A;  1GBS A;  1CU5 A;  5KXX A;  4B0D A;  1WTN A;  1SX2 A;  3LYZ A;  1JSF A;  2MEA A;  1LYD A;  3WU9 A;  1L00 A;  3PDS A;  1LZ9 A;  3A90 A;  4OWE A;  1L11 A;  5E9R A;  139L A;  1QSB A;  1T8A A;  1HFZ A;  4LFP A;  3SB7 A;  4J7V A;  5APE A;  4NFV A;  195L A;  4WM5 A;  2RB0 X;  1LJ3 A;  3CDQ A;  5J7C A;  3ATN A;  5KXR A;  1EL1 A;  1IY4 A;  1C63 A;  1KIP C;  1L68 A;  3L64 A;  1HER A;  5KXZ A;  130L A;  1HEL A;  4B4E A;  1UA6 Y;  1L65 A;  5LIO A;  3N9E A;  1L74 A;  4DDB A;  1B9O A;  5LXW A;  3WMK A;  4XJF A;  5I4W A;  3B0I A;  1IR8 A;  1L55 A;  5DN5 A;  178L A;  4W94 A;  2LYO A;  1JQU A;  3P66 A;  1LMQ A;  1C7P A;  3T6U A;  1AT6 A;  210L A;  4DQ7 A;  1LZA A;  4H8Y A;  118L A;  1QT6 A;  3HWL A;  2RAY X;  1BB7 A;  1YRO A;  1CUP A;  5FST A;  2ZWB A;  4I7K A; 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