1L08A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGGWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l08A00
2Z6BA 3L2XA 1L23A 1C68A 1KW5A 1L39A 1XJUA 178LA 249LA 1L84A 226LA 1G0PA 214LA 4GBRB 4W55A 1L12A 4DAJA 3CDTA 3CDVA 2RBPA 4ARQA 128LA 1CV1A 3PDSA 3CDOA 142LA 4YXAC 1L68A 169LA 3PBLA 3GULA 1L55A 2QARC 1L19A 1L05A 1G0LA 175LA 1C66A 209LA 1L82A 206LA 1L87A 1QT4A 1L91A 3DMZA 3DN1A 1LLHA 4ARMB 1CV6A 147LA 3RUNA 248LA 1C6FA 2B6WA 3GUIA 1L51A 118LA 3QAKA 1L06A 2IGCA 2RB2X 3VW7A 1P56A 167LA 3LZMA 1QUHA 3DMXA 3SBBC 111LA 1CU3A 1PQJA 2OE9X 3C7YA 176LA 1L94A 3C7ZA 3HTGA 1CV5A 1L24A 181LA 3C80A 1L48A 1L96A 250LA 3C7WA 192LA 1C6KA 1TLAA 130LA 1LI2A 4EJ4A 1EPYA 197LA 2B73A 3SB5A 1LYGA 1L88A 3DNAA 229LA 1L30A 3DN0A 112LA 3FADA 1P2LA 1G0JA 2LZMA 1LI3A 1LYFA 143LA 2RB0X 4PK0A 1L16A 172LA 4I7OA 1L90A 1C6GA 223LA 180LA 235LA 4EXMA 1L61A 245LA 1T8FA 253LA 1D3JA 102LA 1L77A 1LGXA 1T8AA 2NTHA 1L74A 1L38A 224LA 1QTBA 3HDEA 4EPFA 1CV0A 3DN4A 236LA 1OV7A 1QTCA 1L17A 218LA 1C6CA 1D3FA 1JTMA 2F47A 3DN8A 4ARLA 188LA 3HH6A 157LA 114LA 211LA 1L54A 1C6LA 1KY0A 2O79A 1DYCA 1C61A 1DYGA 189LA 2QB0B 4EPIA 1L33A 1L57A 1L49A 1D2WA 1C65A 1P36A 1L81A 144LA 3FA0A 164LA 232LA 2RAYX 131LA 1ZURA 3SB6A 1OVHA 4LDEA 3HT8A 1L42A 1QSBA 1L86A 4IAPA 1L56A 1LYHA 3GUOA 4EKPA 1P2RA 125LA 1ZWNA 1L34A 1LYJA 256LA 4OO9A 3CDQA 3G3VA 148LE 2HULA 141LA 1L93A 1L73A 1WTHA 4ARJA 1C6TA 3OE9A 165LA 1CU2A 2RBOA 113LA 173LA 247LA 200LA 4I7TA 199LA 4I7QA 221LA 2Q9DA 163LA 1L18A 2RBSA 254LA 3G3XA 1L32A 2B72A 1CUQA 123LA 1QUGA 1QTDA 1CUPA 1CX6A 1L28A 4W58A 1L44A 1G1WA 1L64A 3G3WA 1LYDA 1P6YA 122LA 1PQMA 2ANXA 2RB1X 215LA 1L52A 3V2WA 1G1VA 170LA 246LA 3C83A 185LA 1L63A 3DMVA 4K5YA 3DN3A 1T8GA 1G06A 1L25A 2F2QA 3C82A 4I7RA 4I7MA 1JTNA 156LA 1QT6A 2RBNA 261LA 2LC9A 1QS5A 1QT8A 1L14A 1C6NA 1KNIA 1PQOA 3GUMA 4W54A 2B6ZA 1L03A 145LA 1D9WA 1SX2A 1PQIA 3RZEA 159LA 1C6EA 1CU6A 243LA 2RAZX 1P64A 1L29A 4EKQA 2HUKA 4YX7C 1L11A 259LA 4ARQB 1L50A 260LA 3HTBA 1I6SA 4YXCA 166LA 1L0KA 1LGWA 1C60A 1C6HA 4LDOA 1DYEA 3DKEX 1SX7A 1PQKA 1CTWA 3HU8A 228LA 3GUJA 2NTGA 1L83A 1L36A 120LA 242LA 1G0QA 1D2YA 238LA 4W56A 4ZPUA 230LA 225LA 3C8RA 4W51A 3UONA 1SWYA 1L75A 1G0KA 3K2RA 3SB8A 1L89A 1OWYA 184LA 3SBAA 2OTZX 1L70A 1C6PA 4I7NA 1L59A 3OE8A 3L64A 1L41A 1T6HA 127LA 251LA 244LA 3F8VA 2CUUA 1L45A 1G0MA 255LA 6LZMA 1OWZA 1L09A 1XEPA 150LA 1XJTA 220LA 4LDLA 5I14A 2A4TA 1T97A 4ARPA 1QTVA 1L85A 3F9LA 3D4SA 4ARMA 3HT9A 2B75A 1KS3A 4DKLA 231LA 3CDRA 1OV5A 126LA 138LA 198LA 1LPYA 4PJZA 191LA 227LA 171LA 151LA 139LA 3FI5A 1P46A 3SB9A 1L00A 1G0GA 1L98A 217LA 4W53A 205LA 1L20A 1JQUA 241LA 3HH5A 1C63A 212LA 1L26A 5LZMA 183LA 108LA 3HWLA 1L79A 1P37A 1NHBA 158LA 201LA 233LA 1L15A 252LA 1L35A 1L47A 1C6BA 1L92A 1CX7A 1C64A 3HUAA 1QTZA 3GUPA 182LA 1OVJA 1QS9A 2RBRA 2B7XA 4W52A 1P3NA 3C81A 160LA 4I7KA 196LA 1L22A 2O4WA 1C6AA 1LGUA 1CV4A 1OVKA 4I7SA 1L95A 1L97A 1L69A 1C6MA 4I7JA 240LA 1L0JA 4EKRA 2L78A 137LA 1OYUA 3EMLA 1SWZA 4W57A 1LYIA 161LA 2OEAX 162LA 237LA 103LA 1P5CA 2RH1A 4E97A 1DYFA 1L65A 3C8SA 1B6IA 3OE6A 190LA 1C6DA 119LA 177LA 1L60A 3OE0A 4EKSA 1L67A 1CVKA 3GUNA 2RBQA 3HH4A 1G07A 2B6XA 1D3MA 1ZYTA 257LA 3V2YA 1L02A 3HUKA 4S0WA 2B6TA 3HT7A 149LA 1L07A 2B74A 1D3NA 3ODUA 1L13A 1LW9A 1LYEA 2F32A 2HUMA 109LA 1QSQA 1L71A 1C62A 1L01A 152LA 239LA 1CU0A 3NYAA 7LZMA 3SB7A 1QUDA 1CV3A 1C69A 1QT5A 4AQNA 1KY1A 1C6IA 1C6QA 222LA 3C8QA 3HT6A 1L76A 1QUOA 2OU0X 1C6JA 1L53A 1LI6A 1L10A 2LCBA 2Q9EA 4DJHA 219LA 1L43A 2OTYX 3NY9A 3DN2A 1L04A 1KW7A 262LA 2OU9A 1DYDA 4LZMA 4W59A 213LA 2ANVA 195LA 3DN6A 1C67A 1DYBA 1L58A 1LWKA 1L99A 1DYAA 2OE4X 2OE7X 1L21A 3HH3A 187LA 3SN6R 3GUKA 216LA 1L40A 1L31A 1L80A 1L37A 1P7SA 2O7AA 210LA 4I7PA 1SSWA 1CU5A 115LA 3HUQA 1L66A 1PQDA 1QT7A 1L62A 110LA 3HU9A 107LA 129LA 2B70A 3HTFA 146LA 1K28A 4I7LA 4GRVA 258LA 3HTDA 1L72A 1LWGA 3HDFA 234LA 3JR6A 1SSYA 3NY8A 174LA 2B6YA 1L46A 104LA 155LA 2OU8A 168LA 1L08A 1QTHA 140LA 1L27A 186LA 1QT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YEMA 2YBNA 4RDSA 5HLLA 1C68A 5K7OA 1NBYC 2G4PA 3OJPA 1H87A 214LA 5A3ZA 1NKHA 1L12A 3K3TA 3CDVA 1B7LA 1L68A 2W1XA 3PBLA 1L55A 4MSTA 1L19A 1TAYA 3TXIA 4DDAA 1G0LA 1LZAA 3RU5A 1GF6A 1GDWA 209LA 1GFTA 1T3PA 3DN1A 1LLHA 1CV6A 248LA 4MR1A 3GUIA 1L06A 5KXPA 4G4BA 1LZ6A 1YANA 3HTGA 4WM3A 1L96A 1B7SA 1F10A 3WXUA 250LA 2AUBA 192LA 1KXWA 2YBIA 3HBHA 1LI2A 1GB3A 2BQAA 4ZIXA 2Z2FA 1LYGA 4LYOA 1XEJA 208LA 3FADA 1D6PA 1REMA 2LZMA 4R6CA 1BB6A 223LA 1BQLY 1N4FA 1GDXA 1GBXA 5APFA 1LTMA 1JTTL 4EPFA 4LFPA 1IC4Y 1UA6Y 2BQBA 1L17A 1LYSA 1C6CA 3DN8A 4ARLA 188LA 3HH6A 114LA 1HENA 5L3HA 1C6LA 1LMCA 4J1AA 1WVUA 4EPIA 1L49A 3TMUA 3FA0A 2HECA 4Z3MA 232LA 5FDJA 1REZA 131LA 5I4YA 4H9BA 1GXV2 3HT8A 1QSBA 1IOSA 1LYHA 3GUOA 3RZ4A 1LZ1A 1LZ9A 1GF5A 2A7DA 1L73A 4NSIA 1QTKA 5LVJA 1LSFA 1DI3A 4LT3A 4EMNA 1CU2A 2RBOA 113LA 173LA 1LHMA 3AW7A 4BAPA 4I7QA 3M3UA 7LYZA 3FI7A 4ETEA 3G3XA 4TSCA 1QUGA 3TMXA 1NHEA 1CX6A 1L28A 2DQDY 1WTNA 1L44A 1JPOA 3G3WA 1P6YA 1C10A 3A95A 215LA 1L52A 5FCPA 3V2WA 3WW5A 1LMNA 1L63A 4ML7A 5I4XA 1T8GA 1BB5A 1GBOA 3W6FA 1G06A 3C82A 2G4QA 4I7RA 156LA 1QT6A 1F6RA 1GFUA 261LA 1GFRA 1H6MA 1RJCB 5KJ9A 4OWHA 4PGJB 3WU7A 3WVXA 1HSXA 1CU6A 1QQYA 1LHKA 1JITA 3N9CA 1L11A 4DWXA 4ARQB 1L50A 260LA 1CKDA 3W6DA 1I6SA 3B6LA 4ETDA 4DD9A 1HERA 1NBZC 3DKEX 1JSEA 4I8SA 228LA 1OUIA 120LA 1G0QA 1D2YA 1XSFA 1CJ7A 1HMLA 4DD0A 1IOCA 230LA 225LA 5DL9A 4WL6A 1VAUA 3K2RA 4WO9A 2OTZX 2LZTA 4I7NA 5F81A 1GB2A 1XGQC 1AT5A 3B0KA 127LA 1XEIA 4DD7A 3F8VA 2CUUA 4FJRA 4WM1A 255LA 4LYMA 1L09A 1LJEA 3CT0A 150LA 220LA 2DBTA 1GFHA 2EQLA 4DQ7A 1T97A 3J6KA 1HFXA 5DN4A 2Z12A 2BQDA 1LZ5A 4XJHA 5FSTA 1LAAA 1IWVA 1YILA 191LA 227LA 151LA 3FI5A 3SB9A 1L98A 205LA 4YENA 2W1LA 3AGHA 1I1ZA 183LA 2HTXA 5II3A 2H5ZA 1IORA 1L47A 1LZEA 1OVJA 1BWHA 160LA 4DQJA 4RW1A 4I7KA 1IVMA 5KXLA 2O4WA 1YAOA 1SQ2L 1UBZA 1LSPA 1C6MA 1IP2A 4H8YA 4EKRA 1DPWA 2L78A 3A90A 1RFPA 1LYIA 4IATA 161LA 2Z38A 2ZNWY 103LA 1P5CA 1DYFA 3C8SA 3OE6A 2F4AA 1GD6A 1XFPL 9LYZA 4ZEEA 1L67A 3WPLA 1G07A 1G7JC 2B6XA 2CDSA 1ZYTA 1UCOA 2DQEY 3HUKA 1D3NA 2N5ZA 1L13A 1GFJA 2F32A 2HUMA 109LA 1LZNA 1L71A 152LA 3NYAA 4GCCA 4A7DA 4H9IA 4C3WA 1QT5A 1C6QA 1F0WA 1VDTA 4DJHA 1L43A 1P2CC 1GF7A 1YAQA 4UWVA 262LA 3RNXA 3AW6A 4N1EI 5E9RA 4KXIA 1C67A 1L99A 2BPUA 3A3QA 3EMSA 194LA 1BB4A 3WULA 1G7HC 1WQPA 4NWEA 1TCYA 1ZV5L 187LA 3GUKA 216LA 1L80A 4N9RA 4M4OA 115LA 4ETBA 3E3DA 3HUQA 4KT3A 1GFAA 1PQDA 1QT7A 4NGOA 4O34A 1K28A 4R0FA 2DKVA 1LWGA 1OUAA 1DKKA 234LA 1BB3A 3JR6A 1HEQA 174LA 3ATOA 1L46A 4OOOA 5ILFA 3TXDA 168LA 1L08A 2MEEA 3IJVA 2BQEA 1L27A 3A6BY 3EO5A 2Z6BA 3L2XA 1L23A 2ZIKA 2BQKA 1KW5A 178LA 1L84A 1G0PA 1YL1X 4GBRB 2B5ZA 4DAJA 4NGZA 3TMVA 2RBPA 4IJ4A 128LA 1CV1A 3CDOA 4WG7A 142LA 1CNSA 1HFZA 1L05A 4GN4A 175LA 1C66A 1LSCA 1L82A 206LA 1L87A 2HU1A 4H90A 4XJDA 1G7IC 1P56A 5ILCA 167LA 3LZMA 1QUHA 3DMXA 1CU3A 1PQJA 3C7YA 176LA 5HQ1A 4PHIA 1XGPC 1FLUA 3CT5A 1L24A 5L3IA 2W1MA 2Q0MX 1JWRA 3WMKA 3TXJA 4UWNA 3C7WA 1C6KA 5KXTA 130LA 1B7QA 2MEIA 1LSYA 5J7CA 4CGEA 1LSMA 1L88A 3DNAA 154LA 112LA 1G0JA 2RB0X 3CQLA 143LA 2HEEA 1C6GA 1TBYA 3WU8A 180LA 235LA 1LJ4A 4EXMA 1L61A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YEM A;  2YBN A;  4RDS A;  5HLL A;  1C68 A;  5K7O A;  1NBY C;  2G4P A;  3OJP A;  1H87 A;  214L A;  5A3Z A;  1NKH A;  1L12 A;  3K3T A;  3CDV A;  1B7L A;  1L68 A;  2W1X A;  3PBL A;  1L55 A;  4MST A;  1L19 A;  1TAY A;  3TXI A;  4DDA A;  1G0L A;  1LZA A;  3RU5 A;  1GF6 A;  1GDW A;  209L A;  1GFT A;  1T3P A;  3DN1 A;  1LLH A;  1CV6 A;  248L A;  4MR1 A;  3GUI A;  1L06 A;  5KXP A;  4G4B A;  1LZ6 A;  1YAN A;  3HTG A;  4WM3 A;  1L96 A;  1B7S A;  1F10 A;  3WXU A;  250L A;  2AUB A;  192L A;  1KXW A;  2YBI A;  3HBH A;  1LI2 A;  1GB3 A;  2BQA A;  4ZIX A;  2Z2F A;  1LYG A;  4LYO A;  1XEJ A;  208L A;  3FAD A;  1D6P A;  1REM A;  2LZM A;  4R6C A;  1BB6 A;  223L A;  1BQL Y;  1N4F A;  1GDX A;  1GBX A;  5APF A;  1LTM A;  1JTT L;  4EPF A;  4LFP A;  1IC4 Y;  1UA6 Y;  2BQB A;  1L17 A;  1LYS A;  1C6C A;  3DN8 A;  4ARL A;  188L A;  3HH6 A;  114L A;  1HEN A;  5L3H A;  1C6L A;  1LMC A;  4J1A A;  1WVU A;  4EPI A;  1L49 A;  3TMU A;  3FA0 A;  2HEC A;  4Z3M A;  232L A;  5FDJ A;  1REZ A;  131L A;  5I4Y A;  4H9B A;  1GXV 2; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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