1L08A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGGWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l08A00
3C7YA 1L48A 1L92A 1QT7A 1QTCA 1L89A 4LDLA 113LA 3ODUA 1LPYA 189LA 160LA 1C60A 1L69A 2B74A 1KS3A 1CX6A 2RB1X 188LA 1L76A 4W55A 1G0KA 1SWYA 1ZURA 1C6AA 224LA 1C6KA 1CU0A 2OTYX 3DN4A 1L91A 1L22A 4ARMA 1L83A 3OE6A 4I7QA 4I7RA 1T8AA 1L21A 229LA 1C69A 1L36A 1L13A 2Z6BA 1LYDA 4W57A 3C8SA 3QAKA 1XEPA 1L44A 158LA 1G0MA 1L73A 1L19A 1P2RA 4LDOA 177LA 1G0JA 233LA 110LA 127LA 4I7KA 1G07A 1CUQA 245LA 1QSQA 172LA 1CV3A 109LA 2RH1A 1P3NA 1CV0A 213LA 1L81A 3HDFA 1L86A 3DN1A 2B75A 205LA 241LA 3CDOA 1C66A 112LA 1L45A 3EMLA 2B6ZA 1L77A 1OVKA 3LZMA 3SB7A 1L96A 3HT6A 2RB0X 4W59A 1QS9A 234LA 128LA 3DMXA 4I7PA 147LA 2O7AA 1L51A 211LA 3PDSA 170LA 190LA 4I7JA 212LA 1G0LA 217LA 180LA 3HTDA 237LA 4ARQA 1L57A 1QUHA 1OVJA 239LA 2B7XA 4YX7C 3GUJA 4EPIA 1QUOA 3SN6R 1C6JA 4E97A 1XJTA 1L04A 1D2WA 123LA 1C6GA 2QARC 1L67A 1P36A 3K2RA 1OVHA 1QT5A 2A4TA 3C7WA 3CDQA 1JQUA 168LA 1KY1A 104LA 122LA 1DYDA 3DKEX 184LA 4LZMA 227LA 1C63A 4I7MA 218LA 1L31A 149LA 246LA 120LA 2F2QA 1P2LA 1P5CA 3DN8A 3HDEA 1C6QA 200LA 1PQIA 3FA0A 4W52A 163LA 1LYIA 3C80A 2ANXA 3HU8A 1L12A 1CTWA 2NTGA 3HWLA 191LA 3SBBC 3NYAA 2QB0B 3DNAA 1L20A 1LI3A 261LA 4DAJA 1L34A 1L30A 152LA 2B6XA 248LA 4YXAC 1P56A 181LA 3DMZA 2B70A 3HT7A 1L42A 1L47A 1CU2A 210LA 257LA 1QTHA 1L37A 3DN0A 1LWGA 3GUOA 3HH5A 4EKSA 1C6NA 4GRVA 4W51A 3SB5A 164LA 195LA 187LA 3OE0A 3HTGA 1C6MA 1L01A 3RZEA 1L46A 1L49A 1L28A 4EKRA 1L94A 1LGUA 1QT3A 1L08A 1C65A 2B6WA 182LA 3GULA 3OE9A 3FADA 2L78A 3NY8A 1L18A 214LA 3G3VA 1C68A 4ARQB 1L70A 3HH3A 129LA 4EJ4A 2HUKA 167LA 4W54A 1C61A 1L79A 2RBOA 1CU5A 2Q9DA 4DKLA 3HUKA 3C82A 1DYFA 3F8VA 185LA 4I7OA 159LA 1NHBA 3GUNA 1OV7A 3GUPA 254LA 3DN6A 3SB9A 1C6BA 2O4WA 206LA 178LA 1C6CA 1LWKA 2ANVA 1PQDA 2F32A 1CX7A 186LA 3C8QA 3HH4A 1DYBA 4I7SA 4I7TA 1L71A 4W56A 251LA 4ARJA 1D9WA 192LA 1L99A 3HH6A 3G3WA 2Q9EA 1L93A 1SSYA 3CDRA 1D3NA 4W53A 3D4SA 1L95A 1B6IA 119LA 221LA 1QT6A 197LA 1L14A 4W58A 4EXMA 1D2YA 1K28A 1L23A 3FI5A 118LA 1LGXA 1QS5A 3SB8A 6LZMA 1L06A 1L35A 1L60A 226LA 4OO9A 3UONA 1L75A 223LA 5I14A 1C6LA 148LE 114LA 4LDEA 174LA 232LA 1SSWA 255LA 1LGWA 3DN3A 1P7SA 222LA 1G0GA 1G1WA 244LA 2RBSA 1CV6A 4EKQA 3GUMA 1L62A 3GUIA 4S0WA 1C6IA 3L2XA 175LA 1L72A 2RB2X 1C6EA 1KNIA 1L11A 4EPFA 1JTNA 4IAPA 3HUAA 1L25A 1C67A 1D3FA 1L66A 4ARMB 242LA 150LA 1QTZA 1L74A 4ARPA 4I7LA 1L38A 4PK0A 2CUUA 1LYEA 2B73A 1L56A 7LZMA 140LA 2LC9A 126LA 1WTHA 1CU6A 1LW9A 141LA 1L32A 1SX7A 231LA 198LA 1CV4A 1C6TA 1L16A 1L55A 3V2YA 169LA 1LYFA 155LA 215LA 201LA 219LA 216LA 2OE7X 2RAYX 2RBQA 1L43A 260LA 258LA 1QTBA 1I6SA 1L17A 1QT8A 145LA 3C7ZA 4I7NA 1L41A 1DYAA 1ZWNA 3NY9A 1JTMA 1T8FA 3JR6A 1C6FA 262LA 2HULA 1QSBA 137LA 1L00A 1C6PA 3GUKA 1L03A 1P6YA 3CDTA 1OV5A 1L63A 2RBNA 249LA 4PJZA 1L82A 1P37A 1L98A 238LA 2NTHA 2F47A 235LA 1G06A 209LA 1L61A 142LA 1L53A 1L84A 1EPYA 1L15A 1L88A 183LA 2RAZX 1LLHA 4ARLA 3C83A 3C8RA 1SX2A 5LZMA 1L02A 1D3MA 1L0JA 157LA 1L54A 1L09A 1L59A 1L97A 1PQJA 1P46A 1P64A 3SB6A 1DYEA 1L05A 2O79A 196LA 166LA 115LA 1L27A 1QUDA 1G0QA 143LA 1T8GA 3SBAA 1KW7A 2OU0X 2OU8A 107LA 4K5YA 2OU9A 102LA 2B72A 3DN2A 1CV5A 1L52A 230LA 4YXCA 1QT4A 1L65A 1OWZA 1L58A 3HUQA 256LA 2B6YA 131LA 225LA 1CVKA 146LA 4AQNA 1L0KA 2IGCA 108LA 2LCBA 1L90A 1QTVA 1LI2A 1TLAA 139LA 1L39A 156LA 3V2WA 236LA 3HU9A 1QTDA 3G3XA 1L29A 3F9LA 1OWYA 1ZYTA 1G0PA 1L40A 1OYUA 3CDVA 130LA 250LA 4EKPA 1CV1A 171LA 1LI6A 3L64A 252LA 2LZMA 1D3JA 1LYHA 1L68A 247LA 1C6DA 2RBPA 1XJUA 2OTZX 1PQKA 3PBLA 162LA 3HT9A 4DJHA 2OE9X 103LA 1PQMA 3RUNA 138LA 161LA 2OE4X 1L26A 1QUGA 220LA 1L07A 1KY0A 4ZPUA 1L64A 1CU3A 2B6TA 1T97A 1CUPA 1L33A 243LA 2OEAX 173LA 228LA 1L85A 151LA 3HTFA 176LA 1G1VA 1L87A 1DYCA 125LA 1LYGA 1L80A 1SWZA 3HTBA 2HUMA 1T6HA 3C81A 3DMVA 3OE8A 111LA 1PQOA 240LA 1L24A 259LA 1C62A 199LA 1L10A 144LA 2RBRA 253LA 1C64A 3HT8A 1C6HA 165LA 1L50A 1LYJA 1DYGA 1KW5A 3VW7A 4GBRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP4A 1WQNA 1FKQA 1L92A 4QEQA 1QTCA 1UCOA 113LA 1LPYA 5LAFA 189LA 160LA 3CT5A 1HERA 1GE3A 5DN5A 1B7OA 1ZURA 4NWHA 1CKDA 1CU0A 2A7FA 2DKVA 4I7RA 4NGLA 1L36A 1L13A 4BADA 1CKFA 3RZ4A 1XEPA 158LA 3QNGA 1G0MA 4NIJA 4WM1A 177LA 233LA 127LA 1C08C 245LA 5A3EA 4X3BA 1JJ1A 3DN1A 3A34A 241LA 1LSFA 4LYBA 1L45A 1RFPA 1OVKA 3CT0A 1LYYA 3HT6A 3FI7A 4W59A 147LA 2O7AA 1BB7A 211LA 170LA 1IORA 4I7JA 2W1LA 5LYMA 3HTDA 1LSEA 237LA 1XGRC 1JPOA 239LA 4YX7C 2LZ2A 2D4IA 1IWWA 5B59A 1C6JA 3EXDA 1LYOA 3AZ5A 1LSBA 1J1PY 1JQUA 2Q0MX 3ATOA 104LA 122LA 1KY1A 3DKEX 4QY9A 1W08A 4OWAA 184LA 1NWGA 4HSFA 1LMAA 1UIDA 1T6VL 246LA 2ZNWY 5HNLA 1P5CA 3DN8A 2YBLA 3FA0A 2D6BA 4W52A 3AW6A 1CTWA 2LYMA 191LA 1L34A 4L41A 2B6XA 4YXAC 3AB6A 3W6BA 4PPOA 4EKSA 1DZBX 1PZYA 5F9UA 1QTEA 2C8PA 1L46A 4H92A 5DN4A 1HEOA 1L49A 1L28A 1L94A 1GBWA 1C65A 3GULA 2L78A 1GB0A 214LA 1JIYA 4G9SA 1LHJA 1A2YC 1JKDA 1GXXA 2YVBA 3N9EA 4W54A 1L79A 3RW8A 3AZ7A 3A92A 1DYFA 3F8VA 1ALCA 4I7OA 159LA 1NHBA 1OV7A 1LZSA 1LZEA 7LYZA 1DKKA 2O4WA 206LA 1C6CA 1LWKA 1LZCA 3HH4A 2Z2EA 4I7TA 1WTMA 1L99A 3G3WA 2ZIJA 3B0KA 1SSYA 1D3NA 4HP0A 1B6IA 1UIEA 1IC5Y 3LN2A 4O34A 3WUMA 4J1BA 1L14A 1NDMC 2RSCA 4CFOA 1D2YA 1B0DA 6LZMA 1HSWA 2VB1A 3UONA 1YKXX 4LDEA 1G1WA 5L9JA 4UWNA 1WVVA 4EKQA 1ZMYL 4S0WA 3L2XA 1GHLA 2Z19A 3TXEA 2I6ZA 132LA 3MGWA 1FN5A 4OOTA 1LJGA 1GFAA 4ARMB 150LA 1L74A 1L38A 2BQMA 126LA 1CU6A 141LA 3CSRA 2G4QA 1L16A 1LYFA 4RW1A 1JKAA 219LA 1QTBA 145LA 4I7NA 1L41A 5KXOA 1ZWNA 3NY9A 262LA 3WPLA 4HV1A 3B6LA 1GF6A 1P6YA 1GAZA 1CJ6A 1L82A 1P37A 1XGQC 1LYSA 3CB7A 4ANRA 3A90A 4NFVA 1FDLY 1L53A 2HEEA 2MEIA 2XTHA 4NSJA 183LA 1H6MA 1GFJA 2BQNA 4MCKA 5LZMA 1FLQA 4KXIA 1L54A 1L09A 1L97A 1P64A 207LA 3SB6A 1DYEA 1VDQA 5KXKA 5M1YA 1JKCA 2ZWBA 115LA 134LA 1G0QA 2H9KA 1T8GA 2OU8A 102LA 2BQEA 1L52A 1YIKA 1WTNA 1I56A 2W1YA 1B5VA 1BGIA 1LZ8A 4DD3A 1QSWA 2B6YA 3SP3A 1GBXA 1CVKA 4TSCA 2A7DA 2XBRA 1TLAA 1LSNA 156LA 236LA 4GCBA 4PGJB 1QTDA 3WU8A 1F0WA 1ZYTA 4H9HA 1L40A 3CDVA 130LA 1FLUA 2BLXA 4Z46A 1Z55A 1BB6A 1CV1A 3ZVQB 4GLVA 5E9RA 1GFTA 5HQ1A 5F81A 2LZMA 4WM2A 2RBPA 1UIAA 1PQKA 2H9JA 4IJ4A 4PJ2C 3WL2A 2ZIKA 3HT9A 4DJHA 4PRUA 3CQLA 4MSTA 1VDTA 1JKBA 4XJDA 2OE4X 4I0CA 1L07A 4NHSA 4ZPUA 2LYZA 2F30A 2B6TA 1T97A 1CUPA 2CJLA 243LA 4ETDA 3LZTA 193LA 1V7SA 228LA 1GBOA 1RCMA 2ZYCA 3HTBA 1IY4A 5APFA 3DMVA 2YBIA 4J7VA 1OUGA 1YKYX 1LSMA 1L24A 4N8ZA 1CKCA 1GWDA 2BLYA 2Z37A 1L10A 1EQ5A 1GPQC 1UACY 1C6HA 1L50A 1LZ6A 3VW7A 3TXGA 1GF9A 1LZGA 4UWVA 1CJ8A 1T3PA 3IJUA 1L69A 2B5ZA 2B74A 4LT2A 2RB1X 1VATA 4HJVA 2BQOA 1LJNA 1IVMA 1G0KA 1C6AA 4ETCA 4E3UA 224LA 1C6KA 3DN4A 1AT5A 1DI5A 4PRQA 1XEIA 1B5UA 1L21A 5APDA 3TXHA 2DBTA 1KIQC 1EL1A 1UC0A 3GXRA 1LSYA 3QAKA 2YBMA 1NBZC 4HTQA 1L19A 1G07A 1CUQA 2I26L 109LA 1CKGA 3HDFA 3FE0A 4HPIA 1NF5A 4B4IA 1JTPL 1C66A 5LVKA 4CJ2A 3AJNA 1BB3A 4OWEA 1OUJA 1GF3A 1L96A 1REYA 1KIPC 4I7PA 4CHXA 1LZRA 4WL7A 5F14A 4WMGA 4W96A 2FBDA 1GAYA 3M3UA 1I1ZA 4YOPA 4G4BA 1D0KA 1L57A 1OVJA 2DQHY 3W6CA 4QDNA 1LJEA 4XYYA 4E97A 1XJTA 4H8XA 1L67A 5DL9A 3K2RA 1G7MC 1OVHA 3HFMY 1QT5A 4NGYA 3C7WA 2DQDY 3RNXA 4LGKA 1LSZA 227LA 1C63A 1L31A 149LA 2F2QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IP4 A;  1WQN A;  1FKQ A;  1L92 A;  4QEQ A;  1QTC A;  1UCO A;  113L A;  1LPY A;  5LAF A;  189L A;  160L A;  3CT5 A;  1HER A;  1GE3 A;  5DN5 A;  1B7O A;  1ZUR A;  4NWH A;  1CKD A;  1CU0 A;  2A7F A;  2DKV A;  4I7R A;  4NGL A;  1L36 A;  1L13 A;  4BAD A;  1CKF A;  3RZ4 A;  1XEP A;  158L A;  3QNG A;  1G0M A;  4NIJ A;  4WM1 A;  177L A;  233L A;  127L A;  1C08 C;  245L A;  5A3E A;  4X3B A;  1JJ1 A;  3DN1 A;  3A34 A;  241L A;  1LSF A;  4LYB A;  1L45 A;  1RFP A;  1OVK A;  3CT0 A;  1LYY A;  3HT6 A;  3FI7 A;  4W59 A;  147L A;  2O7A A;  1BB7 A;  211L A;  170L A;  1IOR A;  4I7J A;  2W1L A;  5LYM A;  3HTD A;  1LSE A;  237L A;  1XGR C;  1JPO A;  239L A;  4YX7 C;  2LZ2 A;  2D4I A;  1IWW A;  5B59 A;  1C6J A;  3EXD A;  1LYO A;  3AZ5 A;  1LSB A;  1J1P Y;  1JQU A;  2Q0M X;  3ATO A;  104L A;  122L A;  1KY1 A;  3DKE X;  4QY9 A;  1W08 A;  4OWA A;  184L A;  1NWG A;  4HSF A;  1LMA A;  1UID A;  1T6V L;  246L A;  2ZNW Y;  5HNL A;  1P5C A;  3DN8 A;  2YBL A;  3FA0 A;  2D6B A;  4W52 A;  3AW6 A;  1CTW A;  2LYM A;  191L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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