3SB8A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h by synthetic symmetrization
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GGPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb8A00
1L08A 1JQUA 1OVKA 4I7MA 3HH5A 1C66A 3DN0A 158LA 1QUHA 2B74A 1QS9A 2NTHA 1XJTA 1L79A 1JTMA 1L20A 1LI6A 4EKRA 4EJ4A 142LA 1QSQA 2OTZX 233LA 4I7PA 1L80A 3SB6A 3D4SA 1LYIA 211LA 1QT3A 4ZPUA 214LA 1OV5A 1L51A 2RBNA 1CX7A 185LA 4LDLA 1L22A 3C7ZA 1L24A 3PDSA 1K28A 110LA 1OVJA 1L56A 3G3VA 1L18A 3NYAA 3DMZA 252LA 1LYFA 1L84A 1KW7A 3HU9A 1L23A 3SBBC 3CDTA 4I7KA 4LDEA 3DN8A 3DN3A 226LA 1L15A 104LA 1C6EA 3FADA 2LC9A 1TLAA 1ZURA 1D3MA 1CX6A 1QTCA 1C6KA 2QARC 4EKPA 1L61A 2B72A 1L05A 1L85A 1L0JA 2O4WA 151LA 4I7LA 1OVHA 1L92A 3CDOA 1C69A 229LA 201LA 4ARMA 205LA 1P46A 1JTNA 1P6YA 1L71A 2A4TA 3HT6A 1G0MA 1LPYA 163LA 3DNAA 1DYBA 3C8QA 1L98A 222LA 2QB0B 2Q9EA 2RB1X 197LA 1L68A 4PK0A 1CV4A 1C6NA 248LA 1ZYTA 243LA 2RB0X 1L25A 4W56A 251LA 249LA 1SSWA 1CU3A 1L36A 1L99A 1L57A 232LA 4EPFA 1L65A 1PQDA 1LWGA 1L97A 2RAZX 1KS3A 1P5CA 4I7TA 195LA 3JR6A 1PQOA 152LA 1LYDA 4ARJA 2OTYX 1L95A 257LA 4W55A 1DYEA 1C6AA 4YX7C 1L72A 2RB2X 3GUKA 4S0WA 3GUJA 2B70A 1T6HA 1L52A 172LA 246LA 1T8FA 4W53A 4W51A 108LA 130LA 261LA 3DKEX 1L41A 1OV7A 1LYEA 2HULA 3HH3A 1L91A 2OE4X 260LA 2RBOA 1L39A 4YXCA 4YXAC 162LA 1D9WA 1L73A 1L09A 2B7XA 175LA 4ARQA 206LA 2CUUA 1L69A 4OO9A 103LA 5LZMA 3RUNA 4ARMB 210LA 187LA 1CV6A 2OEAX 1CV0A 1CU5A 1L01A 1WTHA 114LA 2OU8A 200LA 2F47A 3C8SA 3K2RA 1C6TA 1C6MA 1QT7A 223LA 1CVKA 1C6GA 155LA 244LA 1LLHA 1LGXA 1C60A 1L93A 3VW7A 4I7NA 1P2LA 3SBAA 2RH1A 3V2YA 1L26A 1XEPA 1LGWA 1QT4A 1KNIA 239LA 119LA 240LA 4I7RA 3NY8A 3OE8A 4I7SA 1L28A 1C63A 1C6CA 1DYGA 3V2WA 3OE0A 1NHBA 1QS5A 180LA 1SSYA 4AQNA 1C6FA 1L12A 1P2RA 1ZWNA 2F32A 115LA 1D3FA 1P56A 2O79A 2OU0X 4I7OA 4W58A 1OWYA 198LA 1C62A 4DAJA 247LA 1T97A 1QSBA 3SB8A 118LA 1SX2A 2F2QA 181LA 1PQKA 164LA 4EKSA 169LA 3CDRA 1OYUA 1L50A 1L40A 228LA 4W59A 219LA 1G0GA 212LA 1LYJA 256LA 113LA 3G3XA 184LA 3HT7A 146LA 160LA 1QTBA 1QTZA 188LA 1L14A 1L06A 1CV3A 1C6HA 3DMVA 1L60A 2NTGA 1CTWA 3HDFA 2ANVA 1I6SA 123LA 3C83A 3HUKA 1G0PA 138LA 2O7AA 1L81A 1L89A 2ANXA 1L88A 2B6TA 3DN2A 4GBRB 234LA 167LA 250LA 1L21A 4GRVA 1L02A 235LA 1L13A 3HT9A 2LCBA 1XJUA 148LE 242LA 1D3JA 227LA 1L37A 3SB5A 3HUQA 3GUIA 1CU0A 191LA 3C7YA 186LA 1LGUA 3G3WA 1LI3A 137LA 144LA 3LZMA 2B6XA 1P37A 1G0JA 1QTHA 3HUAA 1P3NA 1L94A 6LZMA 1L90A 1L87A 1CUPA 4W57A 168LA 1CV5A 165LA 1L83A 245LA 1L35A 2B6YA 1L82A 217LA 1T8AA 3HTGA 2RBPA 190LA 1L42A 143LA 3HTFA 1LW9A 3HH4A 259LA 253LA 1PQJA 3GUNA 1L44A 241LA 112LA 107LA 4EPIA 1L59A 2HUKA 255LA 4DJHA 139LA 4W52A 3SB9A 141LA 125LA 3HDEA 1L66A 1L34A 1L62A 1L70A 1C6DA 3ODUA 1D2YA 1L19A 1L75A 1T8GA 1L46A 3HT8A 4LDOA 4PJZA 1L33A 3CDQA 1L54A 196LA 1QTDA 1QUDA 3C82A 2L78A 4I7JA 2Q9DA 3HH6A 4DKLA 1C6IA 182LA 1L16A 230LA 4E97A 4ARPA 1L04A 1L43A 1B6IA 4LZMA 1CU2A 1L47A 1KY0A 3CDVA 3SN6R 1C6BA 5I14A 1L48A 2OE9X 157LA 1C68A 1G07A 3GULA 145LA 1EPYA 3L64A 3OE6A 1C67A 4EXMA 127LA 3DN6A 3HTDA 4ARLA 192LA 1LWKA 2B75A 129LA 1CU6A 1SWYA 254LA 1L17A 1L11A 2Z6BA 1L30A 177LA 159LA 3GUMA 1L53A 1L49A 2IGCA 2B6ZA 156LA 3RZEA 1L64A 1DYCA 258LA 1P64A 1C6PA 4W54A 1P7SA 1L07A 1L77A 1L0KA 3C8RA 1C61A 102LA 1C6QA 1QT5A 1L32A 147LA 225LA 2RBSA 3FI5A 128LA 1L86A 1KY1A 1C6JA 149LA 3UONA 1L00A 4K5YA 171LA 4EKQA 189LA 262LA 3DMXA 4I7QA 109LA 1L76A 1C6LA 1DYFA 1L03A 1L74A 166LA 2RAYX 140LA 3L2XA 221LA 4ARQB 1DYDA 1L67A 213LA 199LA 1QUGA 3GUOA 176LA 1C64A 3F8VA 238LA 183LA 2OU9A 1SWZA 3HU8A 1QTVA 1L38A 1QUOA 1G1WA 236LA 1L29A 2RBQA 170LA 1L10A 224LA 1KW5A 2OE7X 1LYHA 1LYGA 1L55A 231LA 161LA 1LI2A 3HWLA 1PQMA 1CUQA 2RBRA 1G0LA 3NY9A 3HTBA 174LA 3F9LA 126LA 220LA 1D2WA 2B73A 7LZMA 3QAKA 3C7WA 216LA 2HUMA 3GUPA 1D3NA 1G06A 1L96A 1C65A 3SB7A 1P36A 215LA 237LA 1L31A 209LA 1PQIA 1G0QA 2LZMA 173LA 3EMLA 1G1VA 1L63A 1CV1A 3DN1A 218LA 3DN4A 1OWZA 1DYAA 1L27A 1L58A 3C80A 111LA 131LA 1SX7A 4IAPA 3OE9A 1QT6A 120LA 178LA 3FA0A 1G0KA 1L45A 3C81A 1QT8A 122LA 3PBLA 2B6WA 150LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKDA 1L08A 1BB4A 1UIEA 3LZTA 3HH5A 4LGKA 1BB5A 1LJHA 5LYMA 4NHTA 4FJRA 1BGIA 3WPJA 1WQNA 1JTMA 142LA 233LA 1JJ3A 4OWHA 4NGKA 3SB6A 1IP1A 3TXGA 214LA 2BQAA 2CDSA 1YIKA 1L51A 5E9RA 4GCDA 1KIRC 4ETBA 3NYAA 1L84A 3CDTA 1T6VL 4DD3A 1GF0A 4EOFA 104LA 4OWAA 2LC9A 1ZURA 1IP6A 1LYZA 1C6KA 1ZVHL 2BQMA 2O4WA 3CDOA 2I26L 229LA 201LA 1P46A 4NSGA 1YAQA 193LA 1KXWA 4G4HA 1G0MA 163LA 2BQGA 1VDQA 1DI3A 1DYBA 1LZYA 222LA 1B5ZA 1HF4A 1BQLY 197LA 1GF6A 4N0JA 2LZ2A 1SSWA 1LZ6A 3MGWA 4ETEA 2ZQ3A 2IFFY 4EPFA 3HBHA 2RAZX 4N9RA 1QIOA 2C8PA 4PRUA 4BADA 3VWOA 4ARJA 5KKJA 2OTYX 1DYEA 3LZ2A 1L72A 4NGJA 4S0WA 3GUJA 4XJIA 1T6HA 172LA 5LVIA 3DKEX 1LYEA 1L91A 2RBOA 3B0IA 1UBZA 4YXCA 4YXAC 162LA 175LA 5L3IA 1LJNA 3RUNA 4ARMB 187LA 1CV6A 2OEAX 1JPOA 4N8ZA 4NIJA 4NHIA 1LJGA 1YILA 155LA 1B2KA 1GFEA 1LSZA 1JTTL 4XYYA 1OUBA 3V2YA 1LGWA 1GB6A 2YBIA 4WO9A 3N9CA 1GPQC 5LYZA 1HERA 1L12A 1ZWNA 1IP4A 115LA 4O34A 1P56A 1JUGA 1NQIA 2ZQ4A 4B4JA 5B06A 4KT3A 3SB8A 4H9IA 1YAOA 4NSHA 5D5FA 3A8ZA 1UC0A 181LA 164LA 3FE0A 2H9KA 3P65A 1L40A 1LHMA 1G0GA 3ATOA 1LYJA 113LA 184LA 1OQMA 160LA 1GB9A 1QTZA 1HEQA 4RLMA 4XADA 1OUGA 1GFTA 1SLYA 123LA 3C83A 1VDSA 1CNSA 138LA 1L88A 3N9AA 4NGVA 1L21A 4B1AA 1YANA 3HT9A 3SB5A 227LA 1L37A 1IWXA 1T3PA 4YEOA 3FI7A 4NWEA 5B07A 186LA 1IOTA 3G3WA 1JTOL 4AGAA 137LA 5LYTA 1G0JA 3TXHA 5J7CA 1P3NA 2LZTA 1LHLA 3K3TA 5KXMA 1CUPA 1LJ4A 1CV5A 4QEQA 1B7SA 2F4GA 1IWZA 4W94A 1IC5Y 217LA 2BAAA 143LA 1XEKA 5I4WA 3HH4A 1C43A 1PQJA 112LA 1TDYA 4EPIA 1LZ1A 1GE0A 139LA 1XGPC 2LHMA 4DYGA 4XJDA 1IWTA 3TMXA 1QDRA 3A91A 4XJGA 3ODUA 5FHWA 2YBLA 1L19A 1BB6A 1GAZA 2LYMA 196LA 4OOTA 1LCNA 1LSBA 1TBYA 2L78A 2Q9DA 3HH6A 4DKLA 5I4XA 2ZILA 2I6ZA 3AGGG 182LA 1VFBC 230LA 1LMAA 1LPIA 1CKFA 1Z55A 1B7PA 1DZBX 4M6DA 4WG7A 3HBEX 1LZ5A 1GFKA 1L48A 157LA 1LZBA 1G07A 1GE3A 1WQOA 1C67A 4EXMA 127LA 2BQNA 2HTXA 3DN6A 5F14A 3TXFA 4DD0A 3EBAB 2Z12A 2B75A 208LA 1A4VA 1CU6A 1SWYA 5KXOA 1DPWA 4HSFA 3GXKA 2MEAA 1FKVA 4WL7A 5HQ1A 3CB7A 4WOAA 1L49A 2IGCA 1JISA 2B6ZA 3RZEA 1GHLA 5KJ9A 2ZIJA 1LZCA 1FLUA 102LA 1QT5A 1L32A 3F6ZA 225LA 5M1YA 4HTKA 2Q0MX 1L86A 1KY1A 4TSCA 1UACY 1C6JA 149LA 1L00A 4K5YA 1GBXA 3WUNA 171LA 4EKQA 3A93A 1ALCA 3DMXA 109LA 1IWVA 1L74A 166LA 4U3XB 4M4OA 1NF5A 2HEFA 199LA 3TXBA 3AGIA 1C64A 1JKAA 1REYA 2DQIY 3AJNA 1JEFA 1SWZA 1D6PA 1B7RA 1L38A 1LSMA 236LA 5DM9A 5IHGA 1GF4A 1LYGA 1GB8A 1L55A 1OUAA 161LA 4CGEA 5LA8A 2RBRA 3CSZA 174LA 2BQBA 3RW8A 2B73A 1IWUA 3C7WA 2EQLA 3A34A 1L96A 1C65A 2EKSC 237LA 3LN2A 1G0QA 1A2YC 5C6IA 1L63A 1LMTA 3C80A 131LA 1SX7A 1IP7A 2Z39A 120LA 1UIGA 122LA 2B6WA 4LDOA 4L41A 2DKVA 4I7MA 1LZ8A 5F9XA 4HV1A 2FYDA 3DN0A 158LA 1QUHA 1QUSA 2HEDA 1QS9A 5DLAA 1B5XA 1XJTA 4KL7A 1L79A 1XFPL 1WTMA 1BWHA 1LI6A 5I5QA 2YBJA 2A7FA 3AGHA 1GB2A 2DQCY 3OJPA 1QT3A 2HECA 4Z41A 2F4AA 5KXSA 1NMMA 1L22A 3C7ZA 1HSWA 1L24A 1UIBA 3PDSA 3G3VA 252LA 1KW7A 1GDWA 1DI5A 1L15A 1LJIA 1TLAA 1UIDA 2BQLA 4TUNA 2QARC 4EKPA 2Z19A 1L05A 3WUAA 1B5YA 1L85A 4ML7A 1G7LC 5K7OA 1WQQA 4I7LA 3G3AB 1C69A 1LHHA 4HJYA 1ZV5L 1UCOA 4H90A 1P6YA 1IIZA 2A4TA 1DKJA 1C08C 1GFRA 3C8QA 1IR7A 4WL6A 1JITA 2Q9EA 1G7MC 5LVHA 248LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CKD A;  1L08 A;  1BB4 A;  1UIE A;  3LZT A;  3HH5 A;  4LGK A;  1BB5 A;  1LJH A;  5LYM A;  4NHT A;  4FJR A;  1BGI A;  3WPJ A;  1WQN A;  1JTM A;  142L A;  233L A;  1JJ3 A;  4OWH A;  4NGK A;  3SB6 A;  1IP1 A;  3TXG A;  214L A;  2BQA A;  2CDS A;  1YIK A;  1L51 A;  5E9R A;  4GCD A;  1KIR C;  4ETB A;  3NYA A;  1L84 A;  3CDT A;  1T6V L;  4DD3 A;  1GF0 A;  4EOF A;  104L A;  4OWA A;  2LC9 A;  1ZUR A;  1IP6 A;  1LYZ A;  1C6K A;  1ZVH L;  2BQM A;  2O4W A;  3CDO A;  2I26 L;  229L A;  201L A;  1P46 A;  4NSG A;  1YAQ A;  193L A;  1KXW A;  4G4H A;  1G0M A;  163L A;  2BQG A;  1VDQ A;  1DI3 A;  1DYB A;  1LZY A;  222L A;  1B5Z A;  1HF4 A;  1BQL Y;  197L A;  1GF6 A;  4N0J A;  2LZ2 A;  1SSW A;  1LZ6 A;  3MGW A;  4ETE A;  2ZQ3 A;  2IFF Y;  4EPF A;  3HBH A;  2RAZ X;  4N9R A;  1QIO A;  2C8P A;  4PRU A;  4BAD A;  3VWO A;  4ARJ A;  5KKJ A;  2OTY X;  1DYE A;  3LZ2 A;  1L72 A;  4NGJ A;  4S0W A;  3GUJ A;  4XJI A;  1T6H A;  172L A;  5LVI A;  3DKE X;  1LYE A;  1L91 A;  2RBO A;  3B0I A;  1UBZ A;  4YXC A;  4YXA C;  162L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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