3SB8A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h by synthetic symmetrization
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GGPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb8A00
181LA 1L08A 1P64A 2Q9EA 167LA 1L66A 1L07A 3RUNA 112LA 1QTZA 3C81A 1LYHA 219LA 1L26A 1LI6A 1L61A 3FA0A 1LGWA 1L60A 215LA 119LA 1QS5A 1C61A 218LA 151LA 1D3NA 180LA 120LA 184LA 4K5YA 1CU5A 1NHBA 1L64A 1D3FA 1XJUA 3NY9A 169LA 143LA 1L56A 1L98A 3QAKA 140LA 1KY0A 3HUKA 1G1WA 228LA 1QT7A 2F32A 109LA 1G0JA 1CU6A 227LA 3HTFA 229LA 3OE0A 1CV5A 3DN2A 196LA 3F8VA 1WTHA 2F2QA 189LA 1B6IA 1QTCA 1XJTA 214LA 2ANVA 3FADA 1L83A 130LA 4EXMA 1QTHA 1C63A 1OVKA 1L55A 4GRVA 4W52A 3HH6A 1I6SA 3PBLA 2B6TA 1C6NA 2QB0B 3RZEA 1L0JA 3GUMA 4W54A 2HUKA 1PQOA 1L53A 1QTDA 2B75A 1L99A 2OE9X 1L50A 1JQUA 1L25A 1CU0A 191LA 2O79A 1XEPA 236LA 2NTGA 1QUGA 3DN8A 2RBOA 1C6BA 1C6DA 158LA 1OV7A 4PJZA 211LA 2RB1X 110LA 3OE8A 1QTVA 2B74A 3D4SA 3VW7A 1OV5A 4I7LA 4EKPA 1C65A 216LA 1OWZA 239LA 1QT6A 1L80A 1L33A 156LA 206LA 4ARMB 4YX7C 256LA 257LA 2OE4X 3HT8A 1G1VA 2RH1A 1L91A 2LZMA 108LA 3HUQA 1DYCA 226LA 3HUAA 1L63A 107LA 1EPYA 2Z6BA 3C8QA 1L92A 1D9WA 3C7YA 129LA 3HWLA 5I14A 1L44A 1L14A 3K2RA 3CDTA 243LA 1L45A 1SX2A 1L0KA 4E97A 1L10A 1CV0A 1G0PA 126LA 149LA 1L23A 1SWYA 1LWKA 242LA 146LA 261LA 122LA 1LPYA 4AQNA 1L79A 1L87A 165LA 3GULA 3SB5A 142LA 4W58A 161LA 1QT5A 1L71A 1LWGA 163LA 1LI2A 3DMZA 197LA 1L59A 170LA 253LA 1L43A 4ARLA 212LA 248LA 1QSQA 3C8SA 4W57A 1G06A 1CUQA 4DAJA 7LZMA 1L65A 1SX7A 4YXAC 209LA 1C6GA 1G0QA 3C83A 1P2RA 3V2YA 144LA 1G0LA 1DYFA 1P7SA 141LA 259LA 230LA 1L21A 1L20A 1LGUA 2LC9A 3DN6A 4DJHA 4I7OA 2O7AA 3C82A 1CUPA 1PQMA 145LA 1QSBA 164LA 3NY8A 1L57A 1L93A 4EPIA 192LA 3CDOA 3G3VA 1L94A 1L19A 4IAPA 1L46A 3LZMA 1L76A 220LA 1P37A 1QT3A 1KY1A 1L27A 3OE9A 244LA 139LA 4EPFA 177LA 1L73A 148LE 1L06A 1L18A 2IGCA 183LA 3DMVA 3FI5A 2B73A 221LA 3HH3A 1C6JA 3HTDA 1LYDA 4LDEA 3DN1A 1QTBA 222LA 4I7PA 2L78A 1C6PA 178LA 174LA 1C6KA 1OWYA 4LDLA 173LA 3HTGA 1C69A 1LI3A 1L17A 1C60A 217LA 3CDRA 176LA 1L51A 1OVJA 1D2WA 1C6EA 188LA 3HU9A 201LA 4ARPA 4OO9A 3SBBC 1L49A 2RAYX 4ARQB 224LA 1SWZA 1L85A 2B6ZA 195LA 1KW5A 198LA 113LA 1QUDA 4I7MA 1C6IA 3SBAA 4EKQA 172LA 1L70A 1SSWA 186LA 1D2YA 1L15A 234LA 1P56A 205LA 249LA 3CDVA 3HDFA 187LA 4I7RA 1L75A 1L58A 260LA 3C80A 4W56A 114LA 2OU9A 1L36A 2HULA 1CX7A 3F9LA 1LYJA 1PQKA 251LA 3HDEA 3SN6R 1L52A 1T8GA 2QARC 3DN4A 3HT7A 1TLAA 245LA 3NYAA 1C66A 3GUNA 1LGXA 2B7XA 159LA 185LA 4ZPUA 137LA 3EMLA 1DYDA 1L62A 262LA 1L88A 247LA 166LA 2RB2X 2RBPA 3C7ZA 3CDQA 1P3NA 1L05A 213LA 1L24A 3UONA 2NTHA 2B6XA 1CV6A 190LA 3C8RA 4I7KA 1OVHA 1L32A 1L09A 1L47A 2RBNA 123LA 1L00A 3PDSA 2RAZX 3GUIA 4I7JA 1L81A 1L39A 1ZURA 1L28A 3GUKA 1P5CA 1L90A 4EKSA 1CU2A 1L67A 1CX6A 2RBSA 3G3XA 1DYAA 2B70A 1L40A 1L89A 2ANXA 2B72A 1PQDA 2LCBA 2CUUA 1CTWA 1CU3A 1CV1A 1PQJA 3HH5A 138LA 111LA 1OYUA 1L16A 1G07A 4EKRA 3JR6A 223LA 2B6YA 237LA 3HT6A 2OEAX 1C6LA 1L35A 3SB7A 200LA 3GUOA 3SB9A 2OU8A 1P2LA 1QS9A 3HU8A 2OU0X 1KNIA 1L03A 1KS3A 1L84A 128LA 182LA 104LA 115LA 1D3MA 240LA 1LYGA 3GUJA 3GUPA 1DYBA 1C64A 147LA 1P36A 1JTMA 1P46A 152LA 3DN0A 1C6CA 1QT8A 241LA 1L29A 1C6AA 1L95A 1CV4A 3DN3A 1P6YA 1G0GA 225LA 252LA 2OTZX 1C6HA 1C6TA 1T97A 4W55A 1L31A 4DKLA 175LA 3DKEX 1L97A 210LA 1L48A 103LA 1L22A 1QUHA 4ARJA 1L02A 3DMXA 1L54A 255LA 171LA 1L12A 4EJ4A 1L82A 2A4TA 4PK0A 102LA 2RBRA 4ARQA 1L38A 1L01A 4I7SA 3C7WA 1ZWNA 3SB8A 4ARMA 3G3WA 231LA 4S0WA 4I7NA 1L72A 1LYEA 1C6MA 4GBRB 131LA 2O4WA 1L13A 4W51A 1L34A 232LA 1JTNA 3OE6A 1LYIA 1L42A 168LA 1QUOA 2OTYX 1L11A 1C62A 150LA 1G0KA 1L41A 1QT4A 1DYGA 2B6WA 1C68A 1L96A 155LA 2F47A 2HUMA 1T8FA 1CV3A 2Q9DA 1L04A 1D3JA 4I7QA 4W59A 1L86A 1C67A 1DYEA 1PQIA 250LA 157LA 4YXCA 1L37A 4LZMA 118LA 1K28A 4I7TA 1L69A 4W53A 199LA 1C6FA 1KW7A 3SB6A 6LZMA 1L30A 4LDOA 3L2XA 125LA 127LA 5LZMA 1L77A 233LA 1T8AA 1LLHA 3V2WA 3DNAA 1SSYA 3HH4A 1T6HA 1ZYTA 1G0MA 238LA 258LA 254LA 2RB0X 1LW9A 246LA 3ODUA 1C6QA 2RBQA 1L68A 2OE7X 1CVKA 3L64A 162LA 1LYFA 1L74A 235LA 3HT9A 3HTBA 160LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DI4A 1L66A 3RUNA 1BWIA 1JTPL 219LA 1LI6A 135LA 119LA 1QS5A 1OUEA 5ILFA 151LA 1LZNA 1UC0A 4UWUA 4W96A 1L64A 1D3FA 3F6ZA 4LZTA 3TMXA 4DQJA 3LHMA 140LA 4II8A 1G1WA 1GE3A 5KKIA 1GXV2 1QT7A 2F32A 4PGJB 4GCEA 1GB3A 3HTFA 229LA 1CV5A 1XEJA 1LZDA 1WTHA 2F2QA 4WM6A 2W1LA 1LZRA 5LIOA 4G49A 3FADA 1GWDA 5APCA 1HEQA 4GRVA 2Z2FA 2B6TA 2QB0B 1L0JA 3GUMA 1L53A 1GFEA 1LZGA 1L99A 2OE9X 1L50A 1LZ6A 2O79A 1LZ8A 3ATNA 1XGUC 1OUBA 1QUGA 3DN8A 1QTKA 2Y8PA 1C08C 158LA 1W08A 211LA 2PC2A 1T3PA 3TXFA 1YIKA 3AZ4A 4H8XA 4J1BA 216LA 4MSTA 239LA 1QT6A 4LT0A 1QSAA 5KXPA 2VB1A 1JWRA 1G1VA 1YKYX 3GXRA 1L91A 1J1XY 4KL7A 1D0MA 2X0AA 3GXKA 5I54A 5HMVA 1LOZA 5I14A 3K2RA 4N1EI 3CSQA 1FKQA 243LA 4H9CA 4LYOA 1IWVA 1SX2A 4E97A 5LA5A 1YAMA 4DD2A 1LWKA 3AW6A 122LA 1L79A 2BQCA 1JUGA 3RZ4A 5L3IA 165LA 142LA 4W58A 1ALCA 2DQFC 4ETAA 163LA 4M6DA 1JPOA 1LI2A 170LA 3HBHA 1L43A 1GB9A 1YL1X 1QSQA 1GF8A 1CUQA 1SX7A 4CJ2A 1QUSA 1C6GA 2MEAA 5LAGA 1NHEA 2YDGA 3QE8A 4IASA 4RW2A 4W94A 1DYFA 1TBYA 2ZYCA 4CHXA 4KXIA 1GB6A 1LHKA 2G4QA 5KXMA 4R6CA 5B1FA 1EL1A 145LA 4EPIA 1GFAA 1GFVA 1L94A 1L19A 3LZMA 4Z3MA 1QTEA 1QT3A 1L27A 3OE9A 4EPFA 4EMNA 177LA 1EQ5A 2IGCA 1L18A 3FI5A 4WMGA 2B73A 1C6JA 1JKBA 1QTBA 5F81A 3WVXA 4TTDA 178LA 1V7TA 1C6KA 2LZTA 1LMAA 4XJDA 4I8SA 2ZNWY 3WU7A 1C69A 2YBLA 1LI3A 3P4ZA 1L17A 1H87A 3CDRA 2Q0MX 4NEBA 2D91A 1LHJA 1C6EA 4NGOA 4BADA 1RFPA 3HU9A 1HNLA 3SBBC 1L49A 2RAYX 2BQHA 224LA 2BQGA 1IWXA 2Z19A 198LA 113LA 2GV0A 4TSBA 1ZV5L 3SBAA 2ZIKA 1C45A 186LA 4IJ4A 1P56A 205LA 1XEIA 249LA 1B5XA 1L75A 4BAFA 1UICA 2ZNXY 3IJVA 1BB4A 3ATOA 3N9CA 1GFRA 3WUNA 3HDEA 2DQAA 1B7QA 1GFGA 5C6IA 3W6EA 1GXXA 1LGXA 2AUBA 4XJIA 1L62A 1LJFA 1L88A 247LA 166LA 3C7ZA 1LZSA 2LYMA 3WU8A 3RW8A 1LMTA 213LA 3TXBA 3UONA 2BQKA 2B6XA 190LA 9LYZA 132LA 4I7KA 3MGWA 4TSCA 1L32A 3IJUA 3TXEA 1L00A 1GB0A 1J1PY 1B7OA 1LPIA 1ZURA 4EKSA 1P5CA 1CU2A 1L67A 1CX6A 1BQLY 5FSTA 1JSFA 2ANXA 4NGZA 2B72A 1PQDA 4RLNA 2F2NA 138LA 1KIQC 2I25L 1G07A 4LYMA 1B7PA 2OEAX 1AT5A 200LA 1HHLA 3SB9A 2OU8A 1CJ6A 4AGAA 104LA 4NSJA 1LJNA 2XQOA 1HEOA 3B0OA 3GUPA 1O23A 3EMSA 3N9EA 3AZ6A 2DQIY 152LA 5LYTA 1L29A 1KXYA 1VDTA 1P6YA 2HECA 1C6HA 5LVHA 1IP2A 1L97A 4QEQA 1ZVHL 1L22A 1GE2A 3DMXA 4DQ5A 1L54A 2BQNA 4EJ4A 2A4TA 4PHIA 4LT1A 4I7SA 3C7WA 1ZWNA 4ARMA 2MEDA 3HBDA 4J7VA 4S0WA 1L72A 4DDCA 1LYEA 4LT2A 2MEEA 1LKSA 4NG1A 5B59A 3K3TA 4N8ZA 1LYIA 5DLAA 4L41A 3E3DA 2HU3A 5HNCA 168LA 1OUAA 4H91A 3W6CA 2FBDA 2F47A 1L04A 1D3JA 2MEFA 4W59A 1L86A 1B7NA 1FBIX 2N5ZA 4I7TA 1LHMA 1KW7A 4NGLA 1W6ZA 2BQOA 4GN5C 5LZMA 1UIDA 3ZEKA 4XYYA 4H9AA 3HH4A 1ZYTA 254LA 2RB0X 1OP9B 246LA 1GF0A 2YBIA 1GDWA 1L68A 1CVKA 5FEKA 1LYFA 2Z37A 3CT0A 235LA 1GF3A 1UBZA 3HT9A 5L3HA 1TDYA 2CJLA 2DKVA 5L9JA 1JHLA 1P64A 167LA 1HF4A 1H6MA 133LA 1HFXA 1GBOA 1WTNA 1JEFA 1L61A 2HTXA 1GPQC 2W1YA 1LGWA 1VDQA 4YEOA 1GB8A 1CJ8A 2W1XA 1D3NA 1GFTA 1GF9A 4FJRA 4DD9A 2MEGA 1NF5A 1WQMA 1VDPA 1B2KA 3QAKA 5I5QA 1HFYA 1G0JA 4ETCA 196LA 1B7RA 1LTMA 189LA 1REYA 1OUGA 1F6SA 1GHLA 1IEEA 1GBWA 1L83A 4EXMA 1B7SA 1BWHA 1JITA 1L55A 1GD6A 1I6SA 4W54A 2HUKA 4LYCA 1QTDA 1JQUA 3KAMA 1CU0A 1MLCE 236LA 2RBOA 2IHLA 3CB7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DI4 A;  1L66 A;  3RUN A;  1BWI A;  1JTP L;  219L A;  1LI6 A;  135L A;  119L A;  1QS5 A;  1OUE A;  5ILF A;  151L A;  1LZN A;  1UC0 A;  4UWU A;  4W96 A;  1L64 A;  1D3F A;  3F6Z A;  4LZT A;  3TMX A;  4DQJ A;  3LHM A;  140L A;  4II8 A;  1G1W A;  1GE3 A;  5KKI A;  1GXV 2;  1QT7 A;  2F32 A;  4PGJ B;  4GCE A;  1GB3 A;  3HTF A;  229L A;  1CV5 A;  1XEJ A;  1LZD A;  1WTH A;  2F2Q A;  4WM6 A;  2W1L A;  1LZR A;  5LIO A;  4G49 A;  3FAD A;  1GWD A;  5APC A;  1HEQ A;  4GRV A;  2Z2F A;  2B6T A;  2QB0 B;  1L0J A;  3GUM A;  1L53 A;  1GFE A;  1LZG A;  1L99 A;  2OE9 X;  1L50 A;  1LZ6 A;  2O79 A;  1LZ8 A;  3ATN A;  1XGU C;  1OUB A;  1QUG A;  3DN8 A;  1QTK A;  2Y8P A;  1C08 C;  158L A;  1W08 A;  211L A;  2PC2 A;  1T3P A;  3TXF A;  1YIK A;  3AZ4 A;  4H8X A;  4J1B A;  216L A;  4MST A;  239L A;  1QT6 A;  4LT0 A;  1QSA A;  5KXP A;  2VB1 A;  1JWR A;  1G1V A;  1YKY X;  3GXR A;  1L91 A;  1J1X Y;  4KL7 A;  1D0M A;  2X0A A;  3GXK A;  5I54 A;  5HMV A;  1LOZ A;  5I14 A;  3K2R A;  4N1E I;  3CSQ A;  1FKQ A;  243L A;  4H9C A; 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