244LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALANMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 244lA00
3FA0A 1L38A 1C6AA 1XJUA 3V2YA 1JQUA 3HTGA 4W53A 1KS3A 2QARC 1LYDA 161LA 1PQKA 1P2RA 3HT7A 1G0MA 1OYUA 1L06A 4LZMA 1QS9A 1L00A 2RAZX 1L87A 1L19A 1L74A 3CDQA 198LA 240LA 4LDLA 1KW5A 128LA 3DMZA 244LA 2B6WA 3HT9A 3HU9A 1L45A 231LA 1LYEA 3FI5A 1WTHA 228LA 145LA 4YXCA 1L23A 4I7PA 3DNAA 230LA 251LA 108LA 2B73A 7LZMA 235LA 1L93A 1L83A 1ZYTA 2Q9EA 3NY9A 1SWYA 1T8AA 214LA 2OE7X 1C63A 1CV5A 1C69A 1DYCA 1L0KA 4PK0A 1L21A 1LYHA 104LA 142LA 119LA 1P64A 1L26A 1G07A 1L43A 1LPYA 1L56A 1T6HA 190LA 3DN6A 3VW7A 2B7XA 1CUPA 147LA 1SX2A 2OU0X 3JR6A 2RAYX 4I7KA 1C6EA 4GRVA 221LA 3F8VA 1L47A 216LA 1L34A 2OE4X 1L86A 2ANXA 1XEPA 1QT6A 243LA 1L76A 237LA 3HTFA 4YXAC 4ARQB 3DN1A 1QT3A 3SBBC 171LA 109LA 1L15A 137LA 3F9LA 3GUIA 1LI6A 120LA 157LA 3HT8A 1C6GA 1OVHA 1G1WA 111LA 165LA 1C68A 2OE9X 4S0WA 1K28A 1C6HA 2OU9A 4W51A 242LA 196LA 1LYFA 1KW7A 1DYAA 2RBRA 180LA 1L12A 1L99A 1D2WA 2B6XA 3HUAA 1CV3A 1L31A 1CU3A 1OV5A 1L29A 2O79A 1QS5A 223LA 3G3VA 2B6ZA 3HH4A 4GBRB 3C82A 1L03A 3HUKA 1DYEA 1P2LA 3HDFA 1L58A 1L07A 1L85A 1LYGA 169LA 1L14A 1CX6A 2A4TA 1L49A 258LA 2RB2X 5I14A 245LA 2LZMA 1L27A 4EXMA 1L20A 1L59A 1L73A 2B74A 3C81A 4YX7C 1L70A 162LA 1L13A 185LA 1L75A 2HULA 3GUMA 3K2RA 3SB8A 130LA 1C66A 1L17A 1D3MA 1CV4A 1L79A 1G0QA 192LA 3GUNA 3NY8A 1L42A 2RBOA 1JTMA 1L40A 1D3NA 195LA 3HH5A 1L05A 1XJTA 1G0PA 1DYBA 1KY0A 181LA 205LA 2RB0X 3HH6A 4DJHA 1QTHA 1T97A 1C62A 2CUUA 4I7SA 102LA 1LI2A 227LA 1L09A 257LA 4ARMB 166LA 2B75A 1PQJA 1L96A 209LA 1L08A 2RH1A 4DAJA 3DN8A 2RB1X 1LWGA 1L71A 3OE8A 1KY1A 1SX7A 3SB5A 4W59A 1G0LA 3GUJA 2L78A 3OE9A 1CV1A 131LA 1QUGA 3G3WA 1L01A 1L90A 189LA 1L92A 114LA 1L91A 1L37A 1LI3A 1L50A 2O7AA 3C8QA 1LW9A 1PQIA 4ZPUA 103LA 3C83A 3OE0A 3FADA 1C6MA 113LA 1NHBA 1SSYA 1P6YA 3SN6R 1C6PA 2NTHA 127LA 3GUKA 1QUDA 1SWZA 1L82A 4I7NA 3HDEA 4I7MA 3DN0A 1L04A 5LZMA 1L52A 141LA 148LE 1QTVA 246LA 226LA 201LA 4I7QA 215LA 4I7LA 1TLAA 1I6SA 262LA 126LA 115LA 4ARJA 1C6KA 1LGUA 178LA 1T8GA 3SB7A 1QTDA 1L54A 3HU8A 152LA 1QUOA 1L88A 1L55A 4DKLA 3DN2A 2ANVA 232LA 1P5CA 3CDTA 1QT8A 156LA 3HH3A 3G3XA 3HWLA 1C6BA 1C6JA 1DYDA 3HT6A 2RBSA 107LA 1C6FA 4LDOA 2B70A 1QSBA 4W56A 1C6NA 1L11A 3RZEA 233LA 4EJ4A 3PBLA 173LA 1P56A 1B6IA 1C6QA 256LA 4PJZA 260LA 150LA 2B72A 1L22A 1L51A 139LA 3C8SA 3V2WA 2RBQA 2OU8A 1L60A 1LWKA 2F2QA 4E97A 1L41A 3EMLA 1QT5A 1QTCA 1ZWNA 1L89A 2B6TA 1L18A 1JTNA 2LC9A 2OTZX 1LYJA 2RBPA 3C7YA 3C80A 186LA 1L33A 151LA 160LA 1QT7A 1CU0A 1LGXA 3HUQA 1CU6A 4K5YA 1L68A 1QTZA 3QAKA 4W57A 2B6YA 1CU2A 4EKPA 1L72A 239LA 1CVKA 1L48A 3NYAA 1CTWA 1L53A 200LA 1L98A 261LA 4ARLA 2OEAX 199LA 1L02A 1L32A 1L66A 187LA 3DN3A 4OO9A 1L65A 1T8FA 4EPFA 163LA 1OWYA 2OTYX 3DMVA 3OE6A 1PQOA 1DYFA 254LA 172LA 1L84A 1C6LA 1P7SA 3GUOA 249LA 1DYGA 253LA 4I7OA 225LA 175LA 1L35A 1G1VA 1SSWA 213LA 1D3JA 1P3NA 218LA 1PQMA 125LA 1L97A 143LA 1L61A 1OV7A 1P46A 1C60A 1D3FA 1L69A 1D2YA 3LZMA 188LA 129LA 3SBAA 3C7ZA 191LA 1C67A 1QUHA 234LA 1OVKA 4ARPA 3DKEX 4ARQA 170LA 1L24A 212LA 1LYIA 1P36A 3CDRA 4EKSA 3PDSA 1D9WA 123LA 236LA 3GULA 3CDVA 122LA 1L28A 1L64A 144LA 177LA 4I7JA 247LA 1L30A 3GUPA 164LA 4IAPA 159LA 1CV6A 1C6CA 1L46A 229LA 4LDEA 248LA 3D4SA 4W54A 146LA 3ODUA 1L0JA 1OWZA 112LA 4I7RA 1L16A 3SB6A 1L36A 1KNIA 1L77A 217LA 210LA 3CDOA 219LA 168LA 222LA 2F32A 138LA 6LZMA 176LA 174LA 3L64A 1PQDA 3L2XA 4W52A 1QTBA 4EPIA 4W55A 4EKRA 4I7TA 1LGWA 241LA 1C64A 2IGCA 1EPYA 1G0KA 1L94A 252LA 3RUNA 158LA 1L80A 1L44A 3UONA 1L95A 238LA 1C65A 1ZURA 2O4WA 110LA 183LA 1L25A 1L63A 259LA 118LA 3HTBA 2Q9DA 1L67A 1G0JA 184LA 1L39A 1L10A 149LA 2QB0B 3C7WA 2HUMA 2F47A 140LA 1P37A 1L62A 4EKQA 182LA 1C6TA 220LA 2HUKA 1CU5A 224LA 1L57A 167LA 1C61A 1LLHA 2NTGA 2Z6BA 3C8RA 255LA 1CUQA 1C6IA 3DMXA 3HTDA 3DN4A 4AQNA 250LA 155LA 1QSQA 1QT4A 1G0GA 2RBNA 2LCBA 197LA 4W58A 1G06A 211LA 4ARMA 206LA 3SB9A 1CX7A 1L81A 1OVJA 1CV0A 1C6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1INUA 3BKVA 3FA0A 1JQUA 1G7JC 4W53A 5C6JA 1LYDA 4CGEA 1L00A 1QUSA 3CDQA 1PS5A 240LA 1REMA 1LZSA 128LA 3DMZA 244LA 2B6WA 5LIOA 3HT9A 231LA 1GHLA 4ETBA 1LSGA 1VDQA 193LA 1GEVA 4I7PA 4NGIA 2XQOA 2IFFY 1JTOL 1OUAA 5K7OA 5KXZA 1SWYA 4HJZA 2OE7X 1XEIA 4DDAA 4OWCA 1BB7A 1L0KA 1L21A 1NDGC 1LZBA 1LYHA 119LA 4AGAA 1G07A 1L43A 1L56A 190LA 1N4FA 3DN6A 4ETDA 147LA 1RCMA 2OU0X 4I7KA 4GRVA 4GCFA 3AZ4A 3TMVA 1J1PY 1XEPA 1L76A 2W1YA 1FKVA 237LA 3DN1A 4LZTA 1IR7A 137LA 1LI6A 120LA 4S0WA 4H9FA 2MEGA 1K28A 4WL7A 242LA 1DI4A 1KW7A 1A2YC 1BVKC 1D2WA 1BWHA 2B6XA 3CT5A 3RU5A 1WQPA 223LA 2B6ZA 2GV0A 1HEMA 1XEJA 1L03A 3HUKA 1P2LA 2ZYPA 1L07A 1LMNA 1OUDA 4TUNA 2A4TA 1GFVA 4QY9A 1GFEA 2MEDA 3SP3A 2HU1A 4N0JA 3N9EA 4EXMA 1IC5Y 1L20A 2B74A 4YX7C 5HNCA 3HBDA 5LXWA 1L75A 2HULA 5I54A 3RNXA 4OOTA 1D3MA 3AJNA 1GFJA 3NY8A 1JTMA 1D3NA 5B1GA 135LA 1KY0A 3ZVQB 4HJYA 3HH6A 4ZIXA 1T97A 227LA 1JIYA 2W1MA 1PQJA 1L08A 4NGJA 1YL0X 2Z19A 1GF0A 1LWGA 3OE8A 1SX7A 3SB5A 4OWHA 3OE9A 4L41A 3LZTA 2DQGY 1L91A 3WUAA 1PQIA 3WULA 5KKJA 1FKQA 1B2KA 3F6ZA 1CJ9A 5LVGA 1QUDA 5I4XA 1SWZA 4ZFPA 4I7NA 1TCYA 5FELA 1ZV5L 4PRQA 5LZMA 1L52A 2DQIY 148LE 1GXV2 1IEEA 3ZEKA 4I7LA 3A94A 4O34A 3LYOA 1C6KA 1GB7A 1UIAA 4IJ4A 3SB7A 1JJ3A 4DDBA 1IP4A 4NHQA 4DDCA 4XJIA 5FSTA 4XN6A 1JKBA 4DWXA 1AZFA 3DN2A 2ANVA 4WLXA 1B7RA 1O23A 4GLVA 3G3XA 4J1BA 4WM6A 1HMLA 1C6JA 4ET9A 1B5XA 2BLXA 1YAPA 4WO6A 2RBSA 107LA 2BQCA 2C8PA 2B70A 4W94A 1LHJA 4W56A 5KXNA 1L11A 233LA 1FDLY 1SQ2L 4EJ4A 4PJZA 1VEDA 1BQLY 4PJ2C 3B72A 3C8SA 4GCDA 1LZYA 4NFVA 4H92A 4CFPA 3CSZA 2RBQA 1LWKA 2F2QA 1IY4A 1BB3A 1ZWNA 4DQ7A 2XTHA 3WPKA 3C80A 1XGQC 4NGWA 1L33A 4WG1A 1UIEA 4K5YA 4WLDA 4NGKA 5B07A 1BB4A 1L72A 4EKPA 1L48A 1IIZA 1KIRC 1NKHA 2YBNA 1L02A 3EXDA 4RW1A 187LA 4PHIA 3EBAB 5LVJA 3DMVA 2BQKA 2ZILA 4WLTA 4KPMA 1TAYA 3LHMA 1DYGA 253LA 1HSWA 3HBEX 1D0MA 1UIFA 2BQFA 1GB8A 1TDYA 4H9BA 4N8ZA 3TXKA 1P46A 1IWYA 1D3FA 1GDXA 4B4JA 1D2YA 2HEEA 2Z38A 129LA 1UIHA 2ZQ4A 4LT1A 2CGIA 1DXJA 5LINA 4DT3A 4R0FA 4XENA 1C46A 234LA 4ARQA 1L24A 1LYIA 1P36A 4DC4A 122LA 1CKDA 3TXHA 2W1XA 3TMXA 2ZQ3A 3GUPA 229LA 1C6CA 1LZTA 5I53A 3ODUA 112LA 5KXWA 1F10A 210LA 3CDOA 1CJ7A 1LZAA 4J7VA 5IDDA 4WM1A 3P65A 1I56A 1YILA 1QTBA 4YEMA 1C64A 1G0KA 158LA 1L80A 1L44A 2BQHA 1C65A 2O4WA 5EBHA 2LZ2A 1JPOA 2VB1A 1L25A 154LA 5LAFA 2D91A 4WLYA 1UICA 4P2EA 2BLYA 118LA 1C43A 4YF2A 1L10A 1IP3A 1L62A 1LZ8A 1HSXA 1HEPA 1QQYA 3KAMA 1C61A 1LLHA 1YAMA 2Z6BA 255LA 5KXPA 1GFRA 3A91A 132LA 1LSFA 3HTDA 3DN4A 2BAAA 2ZWBA 5B06A 1G0GA 4BADA 5APFA 197LA 4W58A 4WM4A 1CX7A 2HEFA 2BQGA 1CV0A 1HENA 3TXFA 1L38A 5KXRA 1KS3A 1MELL 2XJWA 3OK0A 1L06A 4LZMA 1QS9A 3B0OA 198LA 1L19A 1XGTC 5C6IA 3HU9A 1L45A 1EQEA 2HEAA 1NHEA 1VFBC 3CQLA 4YXCA 1LKSA 108LA 4ETEA 1GB0A 4Z41A 1LHHA 5KJ9A 2Q9EA 4IATA 3D3DA 214LA 1C63A 1CV5A 1GE0A 1JUGA 5DL9A 1P64A 1L26A 4XJDA 1T6HA 3T6UA 4LFXA 1ALCA 3A96A 1SX2A 4LT2A 1VATA 2RAYX 4DD3A 207LA 3HFMY 4WMGA 3RT5X 2OE4X 1FLYA 1L34A 2PC2A 1YAOA 1L86A 3WXTA 1G7IC 4YXAC 4ARQB 1JSFA 1IOCA 3SBBC 109LA 1REXA 157LA 1DPXA 165LA 3N9CA 4ANRA 1DYAA 2RBRA 1L12A 1B7OA 3P64A 1CV3A 1T6VL 1CU3A 2O79A 3C82A 1XFPL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1INU A;  3BKV A;  3FA0 A;  1JQU A;  1G7J C;  4W53 A;  5C6J A;  1LYD A;  4CGE A;  1L00 A;  1QUS A;  3CDQ A;  1PS5 A;  240L A;  1REM A;  1LZS A;  128L A;  3DMZ A;  244L A;  2B6W A;  5LIO A;  3HT9 A;  231L A;  1GHL A;  4ETB A;  1LSG A;  1VDQ A;  193L A;  1GEV A;  4I7P A;  4NGI A;  2XQO A;  2IFF Y;  1JTO L;  1OUA A;  5K7O A;  5KXZ A;  1SWY A;  4HJZ A;  2OE7 X;  1XEI A;  4DDA A;  4OWC A;  1BB7 A;  1L0K A;  1L21 A;  1NDG C;  1LZB A;  1LYH A;  119L A;  4AGA A;  1G07 A;  1L43 A;  1L56 A;  190L A;  1N4F A;  3DN6 A;  4ETD A;  147L A;  1RCM A;  2OU0 X;  4I7K A;  4GRV A;  4GCF A;  3AZ4 A;  3TMV A;  1J1P Y;  1XEP A;  1L76 A;  2W1Y A;  1FKV A;  237L A;  3DN1 A;  4LZT A;  1IR7 A;  137L A;  1LI6 A;  120L A;  4S0W A;  4H9F A;  2MEG A;  1K28 A;  4WL7 A;  242L A;  1DI4 A;  1KW7 A;  1A2Y C;  1BVK C;  1D2W A;  1BWH A;  2B6X A;  3CT5 A;  3RU5 A;  1WQP A;  223L A;  2B6Z A;  2GV0 A;  1HEM A;  1XEJ A;  1L03 A;  3HUK A;  1P2L A;  2ZYP A;  1L07 A;  1LMN A;  1OUD A;  4TUN A;  2A4T A;  1GFV A;  4QY9 A;  1GFE A;  2MED A; 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