244LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALANMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 244lA00
3GUMA 139LA 261LA 157LA 2RB2X 1G0GA 1OVHA 1XJUA 102LA 1WTHA 115LA 4LDEA 150LA 1L37A 1L36A 245LA 3JR6A 1SWZA 1L90A 2NTGA 185LA 167LA 1L54A 4PJZA 1L22A 4S0WA 1T8GA 209LA 4EXMA 221LA 3GUKA 1L16A 1L56A 2ANXA 1L12A 1L88A 1L93A 1P36A 1L86A 1T8FA 2LC9A 1LI6A 1L72A 1LYJA 2RBPA 3RUNA 110LA 177LA 145LA 2O79A 237LA 1L85A 1L39A 1CX6A 164LA 3DN3A 1D3FA 4YXCA 1D3JA 1PQMA 3NY9A 1L76A 4EKQA 3DN1A 128LA 3GUPA 1CUQA 217LA 4W57A 1JQUA 198LA 262LA 3HU8A 242LA 2B74A 4I7MA 1P7SA 1L27A 213LA 1OWYA 214LA 129LA 126LA 4W56A 3V2WA 3SBBC 4EJ4A 5LZMA 233LA 1CV3A 248LA 119LA 1L53A 2B6YA 2Q9DA 4AQNA 4ARMA 1L34A 1L03A 166LA 240LA 1PQIA 3LZMA 1L23A 2LCBA 3DMZA 1LYFA 3CDRA 1C67A 1L28A 1L26A 1EPYA 3G3VA 1L70A 2HUMA 173LA 1LWKA 232LA 108LA 205LA 146LA 1L68A 1L84A 1L94A 1L97A 1T97A 2OTYX 182LA 256LA 131LA 3DMXA 2F47A 1CU2A 3C7WA 1QS9A 4W54A 4DAJA 1L25A 1L00A 3OE6A 1P37A 4W58A 1OYUA 1G06A 1LYEA 3C80A 4I7RA 4W53A 1L46A 1L20A 3RZEA 3HH5A 1L95A 2QB0B 3NYAA 1G0PA 4EPFA 141LA 200LA 1C68A 4I7JA 2OU8A 3HTBA 1KNIA 3L2XA 163LA 1L59A 1L0KA 1KY0A 1L83A 1QT3A 3F9LA 1L35A 1QSQA 2RBQA 3C7ZA 161LA 3FA0A 3C7YA 3L64A 144LA 2B7XA 3SB6A 3C8SA 2HUKA 1L08A 1L09A 4ARPA 1QS5A 180LA 1DYGA 114LA 4I7PA 1L48A 1PQOA 3SN6R 118LA 151LA 3HUKA 235LA 1LWGA 1LYDA 3DNAA 162LA 1L49A 1C6JA 1QT5A 1G1WA 3DKEX 195LA 1LPYA 4ARJA 1P2LA 130LA 1L45A 1D2WA 4W52A 1LGXA 1C66A 4IAPA 3PBLA 1L13A 2HULA 160LA 224LA 1L67A 1C69A 4ARMB 1C6BA 1L77A 1L61A 1P3NA 2OU9A 3GUOA 1L74A 1L75A 196LA 2B73A 186LA 1CVKA 1L87A 2OTZX 236LA 2CUUA 3DN8A 1C62A 1K28A 234LA 2ANVA 2B6WA 2B6ZA 1G0KA 1D9WA 155LA 2RBNA 3SB9A 250LA 1C6EA 1L44A 137LA 4PK0A 175LA 1QT6A 225LA 1L11A 2RBOA 6LZMA 1C6FA 1C6NA 249LA 1ZURA 1L65A 255LA 1CV4A 1QSBA 109LA 1PQJA 3OE9A 3UONA 3D4SA 2Q9EA 2RB1X 1CU5A 1L71A 1OVKA 197LA 3C81A 1QTBA 1QT8A 246LA 1LYGA 1P6YA 2OE9X 1CTWA 1L58A 3CDQA 1SX2A 1KW5A 1L14A 1L01A 1LI2A 1ZWNA 1L17A 247LA 4GRVA 212LA 199LA 1L66A 2NTHA 4E97A 2F2QA 1LLHA 1L80A 1JTNA 3DN2A 3NY8A 159LA 2RBSA 4LDLA 104LA 3OE0A 1OV7A 1C6KA 174LA 3HDFA 2B75A 2L78A 2A4TA 2O7AA 4ARQA 1CX7A 2QARC 1CV6A 188LA 1LYHA 3PDSA 1SWYA 2RB0X 3HT7A 1LI3A 2RH1A 3HTFA 3OE8A 1OV5A 1L43A 258LA 1LYIA 1DYBA 2B6XA 165LA 1JTMA 220LA 3HH6A 230LA 4I7LA 4I7OA 1LGWA 1L04A 1L96A 1G07A 3HT9A 7LZMA 158LA 4DKLA 1CV1A 1KS3A 3DN6A 1CUPA 1KY1A 3HU9A 222LA 3GUJA 4ARLA 3C82A 1L47A 1CU3A 147LA 227LA 243LA 254LA 1QTZA 4LZMA 253LA 3ODUA 1L33A 3V2YA 1KW7A 2LZMA 1C6TA 1L40A 5I14A 4I7NA 2RAZX 3HT8A 1G0MA 1QUHA 1L06A 1L98A 1QTVA 184LA 1C6AA 4EKPA 2F32A 171LA 1I6SA 2OE7X 4OO9A 2OEAX 1C6LA 1C6PA 1L38A 1QUDA 4GBRB 3HUQA 1LGUA 189LA 3C83A 1L99A 259LA 1L10A 228LA 1NHBA 103LA 241LA 183LA 1L30A 3GUNA 1QT7A 210LA 127LA 1C60A 3GULA 3K2RA 142LA 3VW7A 1QTHA 1D2YA 143LA 2IGCA 1C6MA 170LA 1C6DA 1P2RA 1XJTA 3C8QA 3SB7A 1C6IA 149LA 4ARQB 1SSYA 4W51A 244LA 3FI5A 1L79A 140LA 125LA 3HWLA 1C6GA 3F8VA 1CV0A 1L32A 107LA 1L92A 215LA 2Z6BA 1L24A 3EMLA 3G3XA 1L62A 1L31A 1T6HA 1L50A 2OU0X 2B72A 1L51A 251LA 1DYDA 3HT6A 1L91A 1P46A 1L18A 192LA 1DYFA 4YXAC 2O4WA 178LA 1DYCA 1TLAA 1L0JA 1L57A 252LA 4YX7C 1L15A 1L64A 176LA 3HH3A 3HTGA 1C63A 1L52A 1T8AA 4EPIA 238LA 4K5YA 2OE4X 1QUOA 1L69A 1P5CA 1XEPA 4I7TA 4W55A 1L19A 229LA 3DN4A 3GUIA 1C6HA 156LA 3C8RA 1L07A 1L73A 1G0QA 3HDEA 1L41A 2B70A 3HTDA 1DYEA 4I7SA 1C65A 120LA 216LA 1LW9A 1OVJA 1L42A 1L02A 2RAYX 1L05A 4ZPUA 190LA 2B6TA 206LA 1QTCA 1CU6A 113LA 257LA 4W59A 191LA 1CU0A 211LA 1PQKA 181LA 3SB8A 1L29A 1G0JA 1OWZA 2RBRA 1C6QA 1G0LA 201LA 4EKSA 3QAKA 172LA 1L89A 122LA 1QT4A 3CDVA 1L21A 1SX7A 3DMVA 3DN0A 1D3NA 1QTDA 1C6CA 1D3MA 4I7KA 1L82A 239LA 1P64A 223LA 3HH4A 1P56A 138LA 1SSWA 1G1VA 1L60A 168LA 148LE 1ZYTA 1QUGA 3SB5A 1C64A 218LA 219LA 260LA 1L63A 1B6IA 1L81A 187LA 1C61A 1L55A 226LA 3CDOA 3CDTA 1PQDA 4LDOA 3SBAA 3FADA 3HUAA 112LA 1DYAA 152LA 4I7QA 4DJHA 169LA 111LA 3G3WA 4EKRA 123LA 231LA 1CV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSGA 139LA 1KXWA 3TXJA 4RDSA 3TXEA 2BPUA 1YAPA 1IP5A 1OP9B 4ETDA 4NHSA 2ZIKA 1L90A 1IX0A 5ILFA 1IVMA 4PJZA 1GFUA 221LA 3GUKA 1LJJA 1UCOA 1IR7A 1P36A 1INUA 4G4BA 1T8FA 2BQMA 1IO5A 1GBOA 1LYJA 3RUNA 110LA 1DI5A 177LA 2O79A 1RI8B 4PRQA 1D3FA 4YXCA 2ZNXY 1JKDA 1D3JA 1GAZA 4UWVA 3NY9A 1GF5A 3DN1A 4GLAA 1MELL 4Z46A 198LA 1JQUA 5IDDA 2Z2FA 242LA 3HU8A 1BWHA 4U3XB 1OUCA 4LYOA 132LA 4WO6A 4WMGA 4YOPA 3AJNA 129LA 4DD3A 3SBBC 4FDYA 1VDTA 4EJ4A 1F10A 233LA 248LA 119LA 1L53A 1Z55A 2B6YA 4H8ZA 2BQEA 1L03A 166LA 1CKFA 4WL6A 2N5ZA 3DMZA 3CDRA 1XGRC 1ZVHL 1L26A 1HEQA 1BB5A 3P64A 1GB9A 1L97A 2ZWBA 1B5XA 1WQPA 1P2CC 2B5ZA 1GBSA 1F0WA 1LPIA 1OYUA 3C80A 5LYMA 1L20A 2C8OA 3NYAA 1DXJA 5KXXA 200LA 2OU8A 1KNIA 163LA 1L83A 4H9EA 3F9LA 1QSQA 1UICA 4NGIA 3FA0A 3CSRA 1HSXA 2B7XA 5DLAA 1J1XY 2HUKA 4DDBA 3QE8A 4BAPA 114LA 1GE2A 151LA 1YAMA 162LA 5HNCA 3W3EA 2ZYCA 5FCPA 4ARJA 1P2LA 4NGKA 3TXKA 4IJ4A 1OUEA 2HULA 4WLTA 4LYTA 1C6BA 1L74A 2PC2A 186LA 1CVKA 1G7IC 1JHLA 4FJRA 234LA 4H91A 2B6WA 2HTXA 5A3ZA 2I6ZA 2RBNA 3SB9A 1AM7A 4PK0A 2G4QA 2DQGY 5F81A 225LA 6LZMA 2Q0MX 5E4PA 2Z19A 249LA 1L65A 3A92A 1EQEA 1GDXA 4R6CA 3D4SA 3OJPA 2DBTA 2Q9EA 4B1AA 4W94A 1CU5A 1L71A 4RLNA 135LA 1B7RA 3A90A 5HQ1A 1P6YA 2OE9X 1CTWA 3LYTA 3CDQA 1SX2A 3LYZA 1YROA 1LI2A 1ZWNA 1L17A 2H5ZA 199LA 1IWZA 1EQ4A 1L66A 1RCMA 5LINA 3NY8A 159LA 1CJ6A 3BKHA 1OV7A 3OE0A 4HSFA 1UIEA 174LA 1LJGA 1YANA 4DQJA 4X3BA 3WUAA 5A3EA 1IOTA 4WM4A 4NGVA 4ARQA 1WVVA 4WM2A 1EQ5A 1CV6A 2MEIA 1LYHA 4ZFPA 5I53A 1CJ9A 1LZ5A 2H9KA 4OW1A 1FKVA 258LA 1DYBA 4TWSA 3HH6A 230LA 4I7LA 5KXTA 1REMA 1L04A 1LSNA 1QDTA 4B4JA 7LZMA 158LA 1CV1A 5KJ9A 1LJIA 1GB2A 4LYCA 5APCA 147LA 1HF4A 2DQHY 2LYOA 3ODUA 1GF8A 4LT0A 2F4GA 1LJNA 2LZMA 4TTDA 1RE2A 3HT8A 1GB8A 184LA 4HV1A 4EKPA 1C6LA 1C6PA 1QUDA 4DWXA 1GBXA 3WMKA 1L99A 228LA 4NG1A 1WQRA 1NHBA 1BVKC 1GB5A 183LA 1GF4A 3GUNA 210LA 1C60A 4QEQA 2IHLA 3C8QA 4IASA 3RU5A 1TBYA 5DM9A 1QUTA 4QGZA 5I4YA 3FI5A 125LA 3HWLA 1C6GA 3F8VA 3TXBA 1LYYA 1YL1X 3A34A 2I25L 3B0IA 4NHQA 2Z12A 2B72A 1HEOA 3T6UA 178LA 1DYCA 1TLAA 1L57A 4WLDA 4YX7C 1L15A 4PPOA 1WTMA 2Z2EA 3HH3A 4W96A 1IWVA 1L69A 2W1LA 1NDMC 1LZBA 2A7DA 1GBWA 3EO5A 1GFKA 1C6HA 1NHEA 156LA 3WVYA 1OUHA 1JEFA 1L41A 1JSFA 1PS5A 3HTDA 1GHLA 2CGIA 4A7DA 1B5WA 1GDWA 3EMSA 2RAYX 2YDGA 4ZPUA 4E3UA 4KPMA 1NBYC 4YM8A 5FEKA 113LA 257LA 1DPXA 4W59A 4HP0A 1D6PA 3ATNA 1TCYA 4GN5C 1C08C 1G0JA 1GEZA 2BQKA 1LSFA 1QSAA 2HEFA 201LA 3QAKA 172LA 1L89A 1OUDA 1QT4A 1C6CA 4I7KA 1L82A 3A6CY 3HH4A 1P56A 3EBAB 2D4JA 4RLMA 1ZYTA 218LA 1B6IA 1L81A 226LA 1C61A 2W1YA 5APDA 4LDOA 4DDAA 3FADA 1LOZA 4NGYA 1LHHA 4XJBA 111LA 4RW2A 4B0DA 1GBZA 5M1YA 1VDQA 3RNXA 2BQAA 1LZTA 3GUMA 4N1EI 1HEWA 157LA 5LYZA 5KXSA 1DKJA 115LA 4DT3A 3EXDA 1LZ1A 2CJLA 150LA 1L37A 3ZVQB 3B0OA 2DKVA 1UUZC 4EMNA 209LA 4EXMA 1L56A 1B5ZA 1D0MA 1HFYA 3AZ7A 1FLQA 1LI6A 2RBPA 2YBJA 1CX6A 3DN3A 2VB1A 1JWRA 1LMTA 1L76A 2BAAA 4EKQA 3W6DA 1DI3A 3GUPA 1QIOA 1CUQA 217LA 3E3DA 1LSAA 5LVJA 262LA 1RJCB 1GFRA 2B74A 2LYMA 1P7SA 5IHGA 1HELA 3LYMA 4L41A 4Z98A 214LA 126LA 1JITA 1TAYA 3HBEX 1FN5A 5LZMA 1IOCA 4AQNA 1L34A 2D4KA 4H9AA 1PQIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSG A;  139L A;  1KXW A;  3TXJ A;  4RDS A;  3TXE A;  2BPU A;  1YAP A;  1IP5 A;  1OP9 B;  4ETD A;  4NHS A;  2ZIK A;  1L90 A;  1IX0 A;  5ILF A;  1IVM A;  4PJZ A;  1GFU A;  221L A;  3GUK A;  1LJJ A;  1UCO A;  1IR7 A;  1P36 A;  1INU A;  4G4B A;  1T8F A;  2BQM A;  1IO5 A;  1GBO A;  1LYJ A;  3RUN A;  110L A;  1DI5 A;  177L A;  2O79 A;  1RI8 B;  4PRQ A;  1D3F A;  4YXC A;  2ZNX Y;  1JKD A;  1D3J A;  1GAZ A;  4UWV A;  3NY9 A;  1GF5 A;  3DN1 A;  4GLA A;  1MEL L;  4Z46 A;  198L A;  1JQU A;  5IDD A;  2Z2F A;  242L A;  3HU8 A;  1BWH A;  4U3X B;  1OUC A;  4LYO A;  132L A;  4WO6 A;  4WMG A;  4YOP A;  3AJN A;  129L A;  4DD3 A;  3SBB C;  4FDY A;  1VDT A;  4EJ4 A;  1F10 A;  233L A;  248L A;  119L A;  1L53 A;  1Z55 A;  2B6Y A;  4H8Z A;  2BQE A;  1L03 A;  166L A;  1CKF A;  4WL6 A;  2N5Z A;  3DMZ A;  3CDR A;  1XGR C;  1ZVH L;  1L26 A;  1HEQ A;  1BB5 A;  3P64 A;  1GB9 A;  1L97 A;  2ZWB A;  1B5X A;  1WQP A;  1P2C C;  2B5Z A;  1GBS A;  1F0W A;  1LPI A;  1OYU A;  3C80 A;  5LYM A;  1L20 A;  2C8O A;  3NYA A;  1DXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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