1LJIA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence 10% sorbitol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljiA00
3TMUA 3WPLA 4TSCA 4LGKA 5KXWA 4H9AA 2W1MA 1HFYA 3WXUA 1OUIA 3LYMA 2ZQ3A 1UIFA 1WQNA 2BQLA 5KXLA 5B1GA 3LYOA 1B5VA 1GE1A 1LMQA 1O23A 4TUNA 4OW1A 4WLDA 9LYZA 2FYCA 2F4GA 3AYQA 4J7VA 3HBEX 5KY1A 1GFKA 4NHIA 4NFVA 1Z55A 4G4HA 4GLVA 2D4JA 1UIBA 5EBHA 3WXTA 3RZ4A 4OOTA 1LMAA 3LHMA 1JPOA 3GXKA 1B0DA 3CT1A 5LVKA 2LYZA 3TXDA 1KIQC 3FI7A 4J1BA 4BAFA 5L9JA 4WOAA 1IWTA 2XTHA 5LIOA 1YKXX 1LZ4A 4GN5C 5B07A 1WVVA 2EPEA 1IWUA 1CNSA 1UIGA 5LVIA 1LZDA 4CHXA 1LSFA 1GFAA 1XEKA 4WG1A 2LYOA 1VDPA 2MEDA 1IR9A 5T3FA 4NY5A 1OUEA 6LYZA 4HJZA 5F16A 1DI3A 4YEMA 2BLYA 3WVYA 1NBZC 1WTNA 4GCCA 3N9AA 2BAAA 1HSWA 1LZNA 1YAOA 1LSNA 2Z12A 4ETEA 3W6AA 5KJ9A 2HEEA 1CKHA 4XADA 5DM9A 1V7SA 1AZFA 1IOCA 2W1YA 1KXYA 5LVJA 4LFPA 1PS5A 1RJCB 4DD1A 1SLYA 1IR8A 4QY9A 2Z2FA 2DKVA 4LT2A 2DBTA 1YAMA 4GN4A 3TXHA 5L3IA 3W3EA 1NWGA 3W6CA 4H1PA 5KXYA 3E3DA 4BS7A 5LYTA 1BHZA 2YBMA 2ZYCA 1LSMA 4LYCA 1BB4A 5KKIA 1GE3A 2BQDA 2HUBA 5FDJA 2MEBA 5FEKA 1IWVA 4N1CC 3WW6A 4XJDA 3AZ7A 4M4OA 1D9UA 2HU3A 1YIKA 4II8A 1JJ3A 3EBAB 1HNLA 1F6SA 1IR7A 1HC0A 3T36A 1HMKA 1FLQA 1OUDA 1VATA 5LVGA 1LZSA 2BQIA 2BQEA 5APDA 4KPMA 3WUMA 1YKZX 1OP9B 3A34A 2YBJA 1GBZA 1XEIA 1J1XY 4PHIA 1QDRA 1PZYA 2LZ2A 4PGJB 3RT5X 1BB3A 1XGPC 4EOFA 4YM8A 1D0LA 3LZ2A 1LCNA 2D4KA 4X3BA 1VFBC 4NHPA 1LAAA 1NQIA 1LPIA 2EKSC 1QQYA 1INUA 2YBIA 1TEWA 4KL7A 4XJGA 4G4BA 3OK0A 1QUSA 3QE8A 1T3PA 3F6ZA 2BQJA 3A6CY 4QDNA 1G7IC 2Z18A 4DD9A 3A92A 1XGRC 5HNLA 4LYMA 4J1AA 1UIDA 2BQNA 1HENA 3J6KA 1GB7A 1UIAA 4B1AA 4Z3MA 1JTOL 1IP2A 3GXRA 5LAGA 3WU7A 1B5XA 1GDXA 4R6CA 4WL6A 4WL7A 5APEA 1KXWA 4ETCA 1HEMA 4LZTA 1AT5A 1LOZA 4NHQA 2Z19A 4DDBA 1LKRA 3P65A 4WO9A 5FELA 4A7DA 2Z37A 1LJIA 1LYSA 2MEIA 4RLMA 1XGQC 1B2KA 4CFPA 1ZMYL 4HJYA 4HV2A 1HF4A 5I4WA 5LA5A 4FDYA 1G7HC 1DZBX 4PRQA 4TX7A 4DYGA 5LXWA 3HBHA 2FBDA 3IWRA 2F30A 3TMWA 5FSTA 1LMOA 5KXSA 1D6PA 4J0LA 3J4GA 1LHJA 5FCPA 5HNCA 2B5ZA 1G7LC 1OUFA 4NWEA 1IWXA 1N4FA 1V7TA 5HQ1A 1GD6A 1LHLA 4H90A 6LYTA 4NEBA 3W6DA 4CFOA 1GB0A 1H87A 4C3WA 4E3UA 208LA 1TBYA 4EMNA 4NGLA 1LZGA 3CT0A 4HSFA 3CB7A 4I0CA 4Z98A 1OUBA 4TWSA 1CJ8A 2YBHA 4M6DA 2BQFA 3TXEA 1LSBA 3M18B 1HEQA 3AZ4A 3D9AC 1FLUA 1WQMA 3FE0A 1EL1A 1CJ9A 5K7OA 5C6JA 1LMPA 5II3A 1DI5A 1IC5Y 1DKKA 3T6UA 4XYYA 1OUJA 4LYZA 3TXJA 4BAPA 2F4AA 2AUBA 4ETBA 3WL2A 1MELL 1NDGC 4WM5A 1T6VL 1LZAA 2BPUA 2DQJY 4H9EA 5ILCA 4AXTA 1GF9A 3CQLA 1BWHA 5I54A 5DL9A 5D5FA 3WYHA 1BVXA 1F0WA 1IVMA 1QUTA 1GBSA 5KXRA 1GFVA 4OWCA 1B9OA 1BB7A 1VDQA 3WW5A 4N9RA 4ET8A 2ZNXY 1GXXA 2XBSA 3A3QA 1GHLA 4LT0A 1JIYA 1JUGA 8LYZA 4NGOA 1JWRA 2DQAA 3N9CA 2H9JA 1BWJA 4HP0A 1CKDA 1LJGA 4KT3A 1QIOA 1F10A 4NG8A 2MEAA 4NHTA 1F6RA 1GEZA 1IOQA 1E8LA 194LA 1JSEA 1LSYA 1QSWA 4P2EA 3IJVA 1JHLA 1LMTA 4HJVA 4LYOA 1UC0A 4GCFA 1CJ6A 1LZEA 3K3TA 2MEGA 1GF7A 5KXZA 1NKHA 1GF0A 2ZWBA 2Z38A 5I53A 1G7JC 3P64A 4DD7A 1JKDA 3TMVA 1GDWA 1NBYC 3AGGG 1YROA 3ULRA 1LMCA 3AGHA 4N5RA 1YAQA 2DQEY 2BQBA 1IP1A 1ZVYB 1BB5A 3ATOA 1IORA 1B7OA 3LYZA 4UWVA 4R0FA 7LYZA 1RI8B 2D91A 1WQRA 4NGJA 1HMLA 3D3DA 1IWYA 2BQOA 1J1OY 3MGWA 4GN3A 1LJEA 4N0JA 5E9RA 4RDSA 154LA 3BKVA 4MSTA 1B7RA 5L3HA 1DXJA 1YANA 3AZ6A 4ZFPA 4ZEEA 1GFHA 1LMNA 1LHHA 1REMA 1TAYA 3QNGA 1HEWA 1LZTA 1NDMC 1REYA 3AGIA 4G49A 3P66A 4GLAA 5LYZA 1AKIA 1VEDA 4XENA 2FYDA 4XJHA 4B4IA 3AB6A 4HTQA 5APCA 1DQJC 4RW2A 1B7SA 2ZNWY 4LYTA 2G4NA 1WQPA 4DD2A 1LKSA 1C43A 1JJ0A 1OUHA 3WMKA 1REZA 1GAZA 1LJJA 1YKYX 4PPOA 4GCBA 5HLLA 1C45A 4N8ZA 5KXNA 1GF6A 1B5UA 1GFJA 1IC4Y 4H92A 2A7DA 2DQDY 3TXGA 1B5YA 1GFEA 1LHMA 2XBRA 4NHSA 2I6ZA 1IP4A 4NGYA 3EXDA 4NSGA 2BQAA 3LN2A 1AM7A 2HECA 2W1LA 3A67Y 2X0AA 1XGTC 3A94A 4WM4A 3A6BY 3A95A 1IX0A 3ZEKA 2MEHA 3CT5A 4WM6A 5LINA 1JJ1A 2Z39A 3WUNA 2YBLA 4YOPA 4H9CA 4OOOA 4O34A 1IP6A 1LZ5A 3AZ5A 1HHLA 2DQFC 3B0KA 5LA8A 1GWDA 5IHGA 1D0MA 1IEEA 4OWEA 3AW7A 5DN4A 2D6BA 1IP5A 4N1EI 1JKCA 2PC2A 4WM1A 4C5FA 1LSPA 1KIPC 1VAUA 5DN5A 1NHEA 2HU1A 3KAMA 5C6LA 5KXTA 1LHIA 2N5ZA 1LJ4A 2CWIA 2Y8PA 4WM2A 4B4JA 4B4EA 2LZTA 1LZYA 4GCEA 1GBXA 1JTPL 2HEDA 2BQCA 4MCKA 4GCDA 5KXMA 2ZYPA 5KXOA 1B7NA 3WH1A 2H5ZA 3B6LA 1WQOA 1UBZA 3EMSA 3G3AB 1YILA 2IHLA 2YSSC 5DLAA 1LSDA 4DWXA 4H9BA 1LZ6A 5I5QA 1LZ1A 3CSRA 1FKQA 3TXBA 1OUAA 2WARA 5APFA 4MR1A 3WPJA 1D0KA 1BVKC 3N9EA 1NMMA 1RE2A 1JKBA 1YL0X 1XFPL 2DQHY 4PJ2C 4W96A 1CKFA 135LA 2ZQ4A 1GF5A 4NSJA 5HMJA 1GE4A 4UWUA 2ZILA 5B06A 1GFTA 3WU8A 2RSCA 5F9XA 2C8PA 3A3RX 4LT1A 1VDSA 3P68A 1P2CC 2A7FA 5B1FA 1LSEA 3CSQA 1GEVA 1AT6A 1WVUA 1C7PA 4NGWA 1BB6A 3HBDA 2IFFY 1HEOA 3W6FA 2XJWA 1LJFA 4OWBA 1LZRA 3RU5A 2BQKA 2FBBA 4DDAA 133LA 4G4CA 1JTTL 4CGEA 4W94A 5F9UA 4QEQA 1QSAA 4UWNA 1C10A 4NG1A 3A8ZA 5ILFA 1B7QA 1ZV5L 1WTMA 1IY3A 4IATA 1HELA 1H6MA 1VDTA 1LYZA 4OWHA 1GB8A 1GAYA 4IJ4A 1GB6A 2CGIA 3B0IA 207LA 3OJPA 4H9FA 4Z41A 1LZ9A 1JITA 5HMVA 2Z2EA 4IASA 1B7PA 3B72A 1LHKA 4YENA 3A93A 5F81A 1TDYA 1I1ZA 1LYYA 2HTXA 4WLTA 5D5CA 2H9KA 4XJFA 3B0OA 3TXKA 5A3ZA 4NGIA 1HSXA 1OUGA 1GXV2 1IO5A 1UIEA 4NIJA 134LA 1CJ7A 1REXA 4H94A 5LVHA 1DPXA 1JSFA 3A96A 2VB1A 4ETDA 3WPKA 193LA 1IOTA 4HTKA 4HV1A 1LJNA 1B7MA 2HEBA 1W6ZA 5KXKA 1GFUA 1GB3A 5KKJA 2EIZC 2GV0A 2HEFA 4NGVA 4RLNA 1UACY 4H9HA 4DT3A 1BQLY 4LYBA 1YL1X 2YDGA 2BQMA 5IDDA 1LYOA 1OQMA 2MEFA 3CSZA 1LJKA 3WU9A 3BKHA 1B5WA 4Z46A 3WUAA 1GBWA 3WVXA 4AGAA 1JISA 4XJIA 4YF2A 1UIHA 2G4PA 3RW8A 1W08A 4L41A 4HPEA 1LSAA 4XN6A 1LJ3A 2C8OA 4ZIXA 1FN5A 1ALCA 1FKVA 2LHMA 2YBNA 3HFMY 4TSBA 5E4PA 1HEPA 2CJLA 2D4IA 4TTDA 4WG7A 1J1PY 1A4VA 3P4ZA 1GB2A 1YAPA 1CKGA 4NGZA 5FHWA 4DD0A 3IJUA 1EQEA 1GB9A 5M1YA 1IC7Y 4ML7A 4NWHA 4OWAA 3W6EA 1GFRA 1GF4A 2F2NA 1HERA 2LYMA 3AW6A 1JKAA 1KXXA 1IP3A 1C08C 1QTKA 1GE2A 2DQIY 2BQHA 4KXIA 4H9IA 5J7CA 1LZBA 1IOSA 1YQVY 1FLYA 1TCYA 1IP7A 1OUCA 1B5ZA 1QTEA 3AJNA 3WULA 3QY4A 4PRUA 4DD3A 4H8ZA 5LAFA 3TMXA 1DKJA 2ZIKA 1GF3A 4YEOA 1UA6Y 2HEAA 5I4XA 4H93A 1SQ2L 4DDCA 1IWWA 1FLWA 2I26L 5B59A 1IWZA 1LSGA 1G7MC 5C6IA 3LYTA 1WQQA 1EQ5A 3A91A 4XJBA 1C46A 1LSZA 1GPQC 1HFXA 3M3UA 4HTNA 1GE0A 1FDLY 1LZ8A 1LTMA 2MECA 1IY4A 3G3BB 3TXIA 3W6BA 3VWOA 1I56A 2G4QA 4WM3A 4DC4A 2BLXA 2NWDX 4B0DA 1RCMA 2YVBA 5IELA 1GBYA 3LZTA 3ATNA 4NGKA 1NF5A 2I25L 4WO6A 2BQGA 5AMYA 153LA 1GB5A 1CKCA 4WLXA 4U3XB 1JEFA 5A3EA 5I4YA 2Q0MX 2MEEA 4ANRA 4HPIA 2DQCY 2CDSA 1D6QA 4I8SA 1MLCE 1XSFA 1XEJA 1XGUC 4B49A 4WMGA 1DPWA 1KIRC 4H91A 1GFGA 1LJHA 3ZVQB 1A2YC 5JENB 5KXXA 4NSHA 1GF8A 5B05A 1B7LA 3A90A 4G9SA 5KXPA 3SP3A 1BWIA 4D9ZA 1UCOA 4NSIA 1UUZC 1GBOA 1ZVHL 1BGIA 3RNXA 3TXFA 2EQLA 1I20A 4FJRA 1IIZA 4H8YA 1QDTA 4CJ2A 1EQ4A 5LYMA 4QGZA 4LFXA 1LSCA 1DI4A 1HFZA 1LZCA 132LA 3ZVQA 3EO5A 4H8XA 2DQGY 4BADA 4LT3A 1UICA 2W1XA 2ZIJA 4ET9A 1FBIX 1RFPA 4ETAA 5F14A 4RW1A 4WLYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TMUA 1L50A 4TSCA 5KXWA 4H9AA 1UIFA 1C6TA 3C81A 3LYOA 1D3NA 1LMQA 4I7KA 4TUNA 4OW1A 4WLDA 3AYQA 1TLAA 4J7VA 4NHIA 3RZ4A 2D4JA 1UIBA 3LHMA 3GXKA 3TXDA 2LYZA 4BAFA 4YXCA 241LA 1IWTA 1YKXX 1UIGA 3CDQA 1L39A 1GFAA 2LYOA 2LC9A 5T3FA 2B7XA 228LA 2BLYA 2BAAA 1C6HA 3G3XA 1LSNA 3W6AA 1CKHA 5DM9A 2W1YA 4I7TA 1KXYA 5LVJA 1RJCB 2DKVA 2DBTA 1YAMA 3TXHA 3EMLA 4BS7A 167LA 110LA 2YBMA 1LSMA 1BB4A 5KKIA 2B72A 2BQDA 5FDJA 1L80A 1P36A 2MEBA 2HU3A 1T8FA 1LZSA 1L66A 4KPMA 1OP9B 3A34A 1J1XY 227LA 2LZ2A 5I14A 1XGPC 2B73A 4EOFA 3C8SA 3LZ2A 1LPIA 1TEWA 129LA 4XJGA 4G4BA 3OK0A 3F6ZA 4QDNA 1L37A 2Z18A 3DN8A 1UIDA 4Z3MA 1HENA 1GB7A 3WU7A 1SX2A 4ETCA 1OWYA 1AT5A 4DDBA 1G0KA 6LZMA 1C68A 1LJIA 2Z37A 4RLMA 1XGQC 1B2KA 4CFPA 4HJYA 1HF4A 5LA5A 3D4SA 195LA 1L59A 4PRQA 5LXWA 5KXSA 3J4GA 1LHJA 3HH6A 2F2QA 1G7LC 1XEPA 1LHLA 3W6DA 4CFOA 1TBYA 3UONA 1L86A 169LA 1C6MA 1OUBA 4Z98A 3AZ4A 1FLUA 1WQMA 5K7OA 1L07A 2L78A 1IC5Y 3T6UA 1LI2A 4XYYA 1QTCA 1OUJA 4LYZA 1L93A 4ETBA 1SX7A 157LA 2BPUA 4H9EA 1SWYA 1GF9A 1BVXA 5KXRA 1GFVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TMU A;  3WPL A;  4TSC A;  4LGK A;  5KXW A;  4H9A A;  2W1M A;  1HFY A;  3WXU A;  1OUI A;  3LYM A;  2ZQ3 A;  1UIF A;  1WQN A;  2BQL A;  5KXL A;  5B1G A;  3LYO A;  1B5V A;  1GE1 A;  1LMQ A;  1O23 A;  4TUN A;  4OW1 A;  4WLD A;  9LYZ A;  2FYC A;  2F4G A;  3AYQ A;  4J7V A;  3HBE X;  5KY1 A;  1GFK A;  4NHI A;  4NFV A;  1Z55 A;  4G4H A;  4GLV A;  2D4J A;  1UIB A;  5EBH A;  3WXT A;  3RZ4 A;  4OOT A;  1LMA A;  3LHM A;  1JPO A;  3GXK A;  1B0D A;  3CT1 A;  5LVK A;  2LYZ A;  3TXD A;  1KIQ C;  3FI7 A;  4J1B A;  4BAF A;  5L9J A;  4WOA A;  1IWT A;  2XTH A;  5LIO A;  1YKX X;  1LZ4 A;  4GN5 C;  5B07 A;  1WVV A;  2EPE A;  1IWU A;  1CNS A;  1UIG A;  5LVI A;  1LZD A;  4CHX A;  1LSF A;  1GFA A;  1XEK A;  4WG1 A;  2LYO A;  1VDP A;  2MED A;  1IR9 A;  5T3F A;  4NY5 A;  1OUE A;  6LYZ A;  4HJZ A;  5F16 A;  1DI3 A;  4YEM A;  2BLY A;  3WVY A;  1NBZ C;  1WTN A;  4GCC A;  3N9A A;  2BAA A;  1HSW A;  1LZN A;  1YAO A;  1LSN A;  2Z12 A;  4ETE A;  3W6A A;  5KJ9 A;  2HEE A;  1CKH A;  4XAD A;  5DM9 A;  1V7S A;  1AZF A;  1IOC A; 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 1QTE A;  3AJN A;  3WUL A;  3QY4 A;  4PRU A;  4DD3 A;  4H8Z A;  5LAF A;  3TMX A;  1DKJ A;  2ZIK A;  1GF3 A;  4YEO A;  1UA6 Y;  2HEA A;  5I4X A;  4H93 A;  1SQ2 L;  4DDC A;  1IWW A;  1FLW A;  2I26 L;  5B59 A;  1IWZ A;  1LSG A;  1G7M C;  5C6I A;  3LYT A;  1WQQ A;  1EQ5 A;  3A91 A;  4XJB A;  1C46 A;  1LSZ A;  1GPQ C;  1HFX A;  3M3U A;  4HTN A;  1GE0 A;  1FDL Y;  1LZ8 A;  1LTM A;  2MEC A;  1IY4 A;  3G3B B;  3TXI A;  3W6B A;  3VWO A;  1I56 A;  2G4Q A;  4WM3 A;  4DC4 A;  2BLX A;  2NWD X;  4B0D A;  1RCM A;  2YVB A;  5IEL A;  1GBY A;  3LZT A;  3ATN A;  4NGK A;  1NF5 A;  2I25 L;  4WO6 A;  2BQG A;  5AMY A;  153L A;  1GB5 A;  1CKC A;  4WLX A;  4U3X B;  1JEF A;  5A3E A;  5I4Y A;  2Q0M X;  2MEE A;  4ANR A;  4HPI A;  2DQC Y;  2CDS A;  1D6Q A;  4I8S A;  1MLC E;  1XSF A;  1XEJ A;  1XGU C;  4B49 A;  4WMG A;  1DPW A;  1KIR C;  4H91 A;  1GFG A;  1LJH A;  3ZVQ B;  1A2Y C;  5JEN B;  5KXX A;  4NSH A;  1GF8 A;  5B05 A;  1B7L A;  3A90 A;  4G9S A;  5KXP A;  3SP3 A;  1BWI A;  4D9Z A;  1UCO A;  4NSI A;  1UUZ C;  1GBO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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